利用电子差异展示方法克隆人类睾丸特异性新基因

目的克隆一个新的人睾丸特异性基因。方法运用电子差异展示方法筛选人类睾丸特异表达新基因,获得有差异显示的代表新基因的克隆重叠群,挑选其中一个克隆重叠群Hs.180197进行多组织RT-PCR验证该重叠群在人睾丸中的表达。然后从包含该重叠群的IMAGE克隆出发,采用生物信息学方法克隆一个人类新基因的全长cDNA序列。结果新基因全长1197bp,开放阅读框为504～806bp,定位于6p21.1-p21.2,编码由100个氨基酸组成,相对分子质量为10000,等电点为6.81的一个蛋白,该蛋白与已知蛋白无同源性。克隆实验验证该基因阅读框完全正确,推测其可能与精子生成相关,暂命名为TDRG1(testis development related gene1),GenBank登录号为DQ168992。结论电子差异展示方法与实验验证相结合用于发现人类功能新基因是行之有效的。

基于RT-dd PCR技术的食品中诺如病毒定量检测

目的:构建基于逆转录微滴式聚合酶链式反应(reverse transcriptase droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)技术的食品中诺如病毒(norovirus,NoV)定量检测方法。方法:筛选引物探针,建立并优化GI、GII型NoV和MS2噬菌体一步法RT-ddPCR检测体系,确定特异性。利用NoV RNA标准物质和MS2噬菌体RNA确认RT-ddPCR检测体系的定量限、准确度和重复性。制备人工阳性样品,分析MS2噬菌体对定量结果的影响。结果:3个RT-ddPCR检测体系具有良好的特异性、准确度和重复性,NoV RT-ddPCR检测体系的定量限包含10~4~10~0拷贝/μL 5个数量级,MS2噬菌体RT-ddPCR检测体系定量限与NoV相当,添加与不添加MS2噬菌体的人工阳性样品的定量结果无显著差异(P≥0.05)。结论:NoV RT-ddPCR检测体系可准确定量NoV RNA,MS2噬菌体不影响定量结果,可作为过程控制的模式病毒被添加到食品中,指示回收率,计算食品中NoV实际载量。

A群轮状病毒一步法RT-ddPCR方法的建立

目的:建立A群轮状病毒(rotavirus,RV)一步法反转录微滴式数字聚合酶链式反应(reverse transcriptase droplet digital polymerase chain reaction,RT-ddPCR)方法。方法:筛选特异性引物探针,建立并优化一步法RT-ddPCR方法,确定特异性;制备含A群RV目的片段的RNA标准物质,确定建立方法的检测限、准确度、重复性和复现性。A群RV阳性粪便样品梯度稀释后制作染毒液,制备人工染毒样品,分离病毒与食品基质,浓缩得到病毒悬液,提取RNA后,比较不同食品基质中一步法RT-ddPCR检测结果。结果:建立的一步法RT-ddPCR方法定量限为58000.00~5.80拷贝/μL,具有良好的特异性、准确性、灵敏度、重复性和复现性。各染毒水平下A群RV检出量和回收率在不同食品基质中存在显著性差异(P<0.05)。结论:研究建立的一步法RT-ddPCR方法可准确定量A群RV RNA,食品基质可影响一步法RT-ddPCR检测结果,通过病毒回收率可计算食品中A群RV的实际载量。

苹果茎沟病毒微滴数字RT-PCR检测方法的建立和应用

我国是第一大苹果生产国。苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)在我国各苹果产区分布广泛,侵染果树导致树势变弱,生长量减少,果实品质下降,严重威胁我国苹果产业的可持续发展。病毒检测是果树病毒病防控的重要前提。本研究根据苹果茎沟病毒外壳蛋白基因保守序列,设计了引物和探针,建立了微滴数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)检测方法。所建立的检测方法能特异性检出苹果茎沟病毒,检测重复性好,灵敏度比qRT-PCR法高10倍,可适用于田间样品及组培苗检测。该方法的建立为苹果茎沟病毒的检测提供了重要的技术手段。

玉米矮花叶病毒微滴数字RT-PCR检测方法的建立

为准确检测进境玉米可能携带的玉米矮花叶病毒(maize dwarf mosaic virus,MDMV),基于MDMV外壳蛋白(coat protein,CP)保守基因序列,筛选3对引物和2组探针,并优化退火温度,构建基于微滴数字RT-PCR(droplet digital reverse transcription-polymerase chain reaction,ddRT-PCR)的MDMV精准检测方法。该方法可特异性检测MDMV,对MDMV CP阳性质粒样品的检测灵敏度可以达到1×10^(3)拷贝/μL,对69份进口玉米种子检测,检出5批次玉米种子携带MDMV,而荧光定量RT-qPCR仅检出4批次玉米种子,表明建立的ddRT-PCR相对于RT-qPCR有更高的灵敏度和可靠性,可用于玉米上MDMV的检测鉴定。