新疆Kaposi肉瘤患者感染的人类疱疹病毒8型ORF75基因多态性研究

目的通过对人类疱疹病毒8型(HHV-8)ORF75基因多态性研究,初步探讨其与新疆Kaposi肉瘤的相关性。方法对25例新疆Kaposi肉瘤患者石蜡包埋组织进行HHV-8 DNA抽提、扩增及双向测序,使用CLUSTALW软件和PHYLIP软件包对ORF75基因进行核苷酸多态性分析。结果①25例新疆Kaposi肉瘤患者有21例HHV-8感染阳性,阳性率为84%,其中7例艾滋病相关型Kaposi肉瘤(AIDS-KS)患者HHV-8感染均为阳性。②新疆Kaposi肉瘤患者HHV-8 ORF75基因核苷酸具有多态性,存在462、618、647三个主要突变位点。结论人类疱疹病毒8型ORF75基因多态性与新疆Kaposi肉瘤具有相关性。

人类疱疹病毒8型ORF75亚型的研究进展

人类疱疹病毒8型是新发现的-种人类致瘤病毒，根据不同的开放阅读框架（open reading frames，ORFs）可以把HHV-8分为不同的亚型，近年来对ORF75亚型的大量研究表明其与HHV-8相关疾病的关系密切。

人类疱疹病毒8型ORF75基因亚型在鳞癌中的分布

目的:明确鳞癌感染人类疱疹病毒8型(HV-8)ORF75基因亚型分类并初步探讨其与鳞癌的相关性。方法:对40例皮肤鳞癌、46例食管鳞癌石蜡包埋组织进行HHV-8 DNA抽提、扩增、双向测序,使用DNASTAR软件、Crustal W软件和PHYLIP软件包对测序结果进行系统发生学分析,从而确定HHV-8 ORF75基因亚型,最后运用Fisher确切概率法对结果进行统计学分析。结果:①40例皮肤鳞癌有10例HHV-8感染为阳性,阳性率为25.0%;46例食管鳞癌有12例为阳性,阳性率为26.1%.②皮肤鳞癌感染HHV-8 ORF75亚型6例为A亚型,4例为C亚型;食管鳞癌感染HHV-8 ORF75亚型8例为A亚型,4例为C亚型③鳞癌感染HHV-8 ORF75基因亚型与鳞癌患者感染部位及病理分级之间没有统计学意义(P>0.05)。结论:鳞癌患者感染HHV-8 ORF75亚型属于A亚型和C亚型;鳞癌感染HHV-8 ORF75基因亚型与鳞癌患者感染部位及病理分级无关。

安徽省克氏原螯虾白斑综合征病毒变异区序列分析

白斑综合征已给安徽省克氏原螯虾产业带来了巨大的经济损失。为了解安徽省白斑综合征病毒(white spot syndrome virus,WSSV)分子流行病学,2016年4—8月在安徽省6个市采集9个养殖的克氏原螯虾样本进行WSSV套式PCR检测,扩增病毒可变区ORF94、ORF75和ORF125,将获得序列进行比较分析。结果显示,9个样本均在第1轮PCR扩增中获得阳性结果,其ORF94的重复单元(repeat unit,RU)数量为2、4、7、8和12,2RUs为常见基因型,ORF75的组合RUs总数为3、6、9、10和11,9 RUs为常见基因型,排列顺序为45、102、45、102、3×45、102和45,ORF125的RUs为5~9,其中7 RUs和6 RUs为常见基因型。

大白菜雄性不育系RC_7育性相关基因克隆与特性分析

根据orf138的保守序列设计引物,以大白菜萝卜胞质雄性不育系RC7的mtDNA为模板进行PCR扩增,扩增出大小为588 bp的特异条带,该片段在叶片和花蕾中均有表达,没有转录后加工,可编码75个氨基酸,定名为orf75。同源性分析结果表明:orf75推导的氨基酸序列N末端与萝卜Ogu CMS所具有的ORF138一致性为100%,有28个氨基酸完全相同,C末端与钾依赖钠钙交换蛋白-1一致性为54%。初步认为,orf75可能是orf138与钾依赖钠钙交换蛋白-1的编码基因发生重排产生的新的开放阅读框。RC7的不育性与Ogu CMS具有相似性。该588 bp片段还可编码1个含有1个疏水基团和1个跨膜区的67aa的蛋白片段,定名为orf67,属可溶性蛋白。

家蚕核型多角体病毒ORF 75基因的克隆及表达

根据GenBank发表的序列(L33180)设计引物,利用PCR技术扩增了编码家蚕核型多角体病毒(Bombyxmori Nucleopolyhedrovirus,BmNPV)ORF75基因的DNA片段,将其连接至pMD18-T载体上,获得了该基因成熟蛋白阅读框序列.利用设计的酶切位点将目的基因从克隆载体上切下.表达质粒pGEX-4T-2经BamHI/XhoI双酶切,与目的片断连接,得到重组表达质粒pGEX/Bm75.将重组表达质粒pGEX/Bm75转化入大肠杆菌BL 21中,经IPTG诱导表达后,12%SDS-PAGE分析表明产生57 kDa左右的特异蛋白质条带.对表达产物进行Westernblotting分析,结果表明,pGEX/Bm75经IPTG诱导产生的57 kDa蛋白条带与抗体发生了很强的交叉反应,融合蛋白得到了表达.

家蚕核型多角体病毒ORF 75基因的生物信息学分析

通过对家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori,nucleopolyhedrovirus:BmNPV)ORF 75基因核苷酸序列进行生物信息学分析,BmNPVORF 75基因位于病毒基因组70 485 bp和71 264 bp之间,编码259个氨基酸残基的多肽,预测分子相对质量为30.8 kDa,等电点为7.67,分子式为C1409H2157N351O390S19;蛋白在大肠杆菌内的半衰期大于10 h;酸性氨基酸(Asp+Glu)占10.5%,碱性氨基酸(Arg+Lys)占10.8%;蛋白的不稳定指数为42.67,是不稳定蛋白.利用Prosite数据库扫描,查到4类9个蛋白修饰位点.通过Blast搜索氨基酸同源序列发现,BmNPVORF 75同源蛋白存在于所有测序的鳞翅目昆虫杆状病毒中,不存在于其他非鳞翅目昆虫杆状病毒中.同源序列比对结果,BmNPVORF75蛋白的氨基酸序列与苜蓿银纹夜蛾核型多角体病毒(Autographa californica MNPV)ORF92之间的同源性达到100%,应为相同基因.依照BmNPVORF75同源基因序列相似性,对13种昆虫杆状病毒进行进化树构建分析,其中,BmNPVORF75与薄荷灰夜蛾多粒包埋型核型多角体病毒(Rachiplusia ouMN-PV)ORF89基因进化距离很近,同源性较高.

2017年中国部分地区白斑综合征病毒高变异区的序列分析

白斑综合征病毒(WSSV)自暴发以来给全球范围内的对虾养殖产业带来了巨大的损失。为了解我国凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)养殖区WSSV的流行变异情况,选取2017年中国部分地区的42个WSSV阳性样本,对ORF14/15、ORF23/24、ORF75、ORF94和ORF125共5个可变区进行PCR特异性扩增,分析其序列的缺失变异和重复单元(Ru)中单核苷酸多态性的变化。研究结果显示,在ORF14/15的扩增中共出现4种缺失片段;ORF23/24只出现11945bp的缺失片段;ORF75扩增中,总RUs数目为3、4、9,其中45bp的RUs在12、27、80位点发生多核苷酸多态性;ORF94的RUs数目为6,其各重复单元在48位发生单核苷酸多态性;ORF125的RUs数目为4、6、7不等,其各重复单元分别在20、27、50、53、61位发生碱基突变。研究结果表明,2017年样本中,WSSV在中国大部分地区均出现一定程度的缺失变异,其中部分可变区表现出缺失情况的稳定性,某些可变区的重复单元数目及SNP表现出地区的差异性以及不稳定性。