人吻素1、脂肪酸结合蛋白质4与糖脂代谢指标的相关性分析及其对妊娠糖尿病的早期诊断价值

目的探讨人吻素1、脂肪酸结合蛋白质4(FABP4)与糖脂代谢指标的相关性及其对妊娠糖尿病(GDM)的早期诊断价值。方法选取2018年1月至2022年1月在河北大学附属医院产科门诊建卡的496例孕妇作为研究对象,根据是否发生GDM分为GDM组和正常组。比较两组孕妇的临床资料。采用Pearson相关分析GDM患者人吻素1、FABP4水平与糖脂代谢指标的相关性。采用多因素Logistic回归分析孕妇发生GDM的危险因素。绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析人吻素1、FABP4单独及联合检测对GDM的诊断价值。结果两组孕妇孕前体质量指数(BMI)、孕24周增长体质量、稳态模型胰岛素抵抗指数(HOMA-IR)、稳态模型胰岛β细胞功能指数(HOMA-β)、空腹血糖(FBG)、口服葡萄糖耐量试验(OGTT)1 h血糖(1 hPG)、OGTT 2 h血糖(2 hPG)、糖化血红蛋白(HbA1c)、甘油三酯(TG)、低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)、空腹胰岛素(FINS)、人吻素1、FABP4水平比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。Pearson相关分析结果显示,GDM孕妇人吻素1水平与孕前BMI、HOMA-IR、FBG、OGTT 1 hPG、OGTT 2 hPG、HbA1c、TG、FINS水平均呈正相关(P<0.05),与HOMA-β呈负相关(P<0.05);GDM孕妇FABP4水平与孕24周增长体质量、HOMA-IR、TG、LDL-C、FINS水平均呈正相关(P<0.05),与高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平、HOMA-β均呈负相关(P<0.05)。多因素Logistic回归分析结果显示,孕24周增长体质量、HOMA-IR、HOMA-β、FBG、OGTT 1 hPG、OGTT 2 hPG、HbA1c、TG、FINS、人吻素1、FABP4水平升高是孕妇发生GDM的独立危险因素(P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,人吻素1、FABP4联合诊断GDM的曲线下面积(AUC)为0.865,高于人吻素1、FABP4单独诊断GDM的AUC(Z=4.563、5.681,P<0.05)。结论人吻素1、FABP4对GDM的早期诊断具有重要意义,2项指标联合检测能够有效提高GDM的诊断率。

矩阵热转移技术鉴定有机酸类代谢物的结合蛋白质

有机酸类代谢物在表观遗传、肿瘤发生和发展以及细胞内信号转导等方面发挥着重要作用,对这类代谢物在体内的结合蛋白质进行鉴定,将有助于从分子学层面理解和揭示它们的功能。本研究采用矩阵热转移技术(mTSA),在HeLa细胞裂解液中系统鉴定了3种有机酸类代谢物(琥珀酸、富马酸和乳酸)的结合蛋白质。首先,向细胞裂解液中加入一系列不同浓度的琥珀酸、富马酸或乳酸,在52℃下加热3 min,离心并收集上清蛋白质,进行酶解及后续质谱分析。在数据非依赖性采集(DIA)模式下,本研究在琥珀酸、富马酸和乳酸的mTSA实验中分别鉴定到5870、5744和5816个蛋白质;通过对蛋白质热稳定性的显著性差异值(p)和皮尔森相关系数平方值(R^(2))进行考察,该研究鉴定到了多个高可信度的有机酸类代谢物结合蛋白质。此外本研究发现,虽然富马酸和琥珀酸均能够与α-酮戊二酸依赖的双加氧酶(FTO)结合,但琥珀酸是FTO更强的竞争性抑制剂。除此之外,本研究还鉴定到了两个先前未曾报道过的乳酸结合蛋白质,即鸟氨酸转氨酶(OAT)和3-巯基丙酮酸硫转移酶(MPST),并通过溶剂诱导沉淀技术(SIP)和两种数据检验方法证明了其可信度;同时,OAT和MPST的发现有助于揭示乳酸在氨基酸合成和细胞内氧化还原平衡调节方面的重要作用。

GraphPLA:一种预测蛋白质–配体结合亲和力的图神经网络方法

蛋白质–配体结合亲和力是蛋白质与配体相互作用强度的一个重要指标。准确预测蛋白质–配体结合亲和力对于发现药物的新应用至关重要。迄今为止,已经开发了许多计算技术来预测结合亲和力;然而,这些技术中的一部分需要并不常见的蛋白质三维结构,一些方法还将配体表示为不是分子的适当表示的SMILES串。为了避免这些问题,本文开发了一种名为GraphPLA的新模型,使用具有直接结合配体的独特特征的蛋白质结合口袋作为局部输入特征。还使用扩展卷积来捕捉蛋白质的多尺度远程相互作用,图神经网络来学习配体的图表示。实验结果表明,GraphPLA的RMSE为1.388,MAE为1.118,R为0.795,SD为1.345,CI为0.796,优于目前最先进的预测方法,可以有效预测蛋白质–配体结合亲和力。

蛋白质-香气化合物结合作用的研究方法及影响因素研究进展

食品中包含蛋白质在内的多种大分子及微量风味物质,香气化合物与蛋白基质之间的结合作用对食品整体风味的释放和感知具有重要影响。本文对蛋白质与香气化合物结合作用的机制、测定方法、理论模型和影响因素进行了系统阐述,概括了蛋白质与香气化合物之间的结合作用方式,包括非共价键合、共价键合和传质效应等;系统比较了荧光光谱、圆二色光谱和傅里叶变换红外光谱等多光谱技术在蛋白质-香气化合物结合作用中的应用;并介绍了蛋白质与香气化合物结合作用研究中常用的几种理论模型和新兴的分子对接和分子动力学模拟方法。此外,围绕蛋白质、香气化合物和食品中的配料成分3个方面对香气化合物在蛋白基质中释放与保留的影响因素进行论述,并归纳了当前研究中主要存在的问题,同时针对未来的研究方向提出了建议,以期为香气化合物在食品蛋白基质中的可控释放提供科学依据和参考。

评分函数在蛋白质-配体结合方面的应用研究进展

评分函数作为一种计算方法,广泛应用于基于结构的药物设计中,用于评估蛋白质与配体的相互作用,但分类有些混乱。提出一种适当的分类方案及命名约定并讨论这些分类的区别与联系,有助于反映评分函数在预测蛋白质与配体结合情况这一领域的最新进展,并明确进一步的研究方向。简要介绍不同类型的评分函数在蛋白质与配体相互作用中的应用情况,并对当前评分函数所存在的一些问题进行总结,从研究和应用两个方面对评分函数的发展方向进行展望。

山药多糖结合蛋白质对抗氧化作用的影响

通过测定还原能力、清除H2O2、O2-·、·OH的能力,对未除蛋白质、Sevag法、蛋白酶法去除蛋白质后的3种山药粗多糖的抗氧化性进行比较。结果表明,Sevag法去除蛋白得到的山药粗多糖抗氧化能力最强,除蛋白前的山药粗多糖次之,而用蛋白酶法除蛋白得到的山药粗多糖抗氧化能力最弱。由此可见,山药多糖结合蛋白具有较高的体外抗氧化能力。

SDS结合法测定蛋白质的疏水性

SDS(sodium dodecyl sulfate,十二烷基磺酸钠)与蛋白质溶液混合,在一定浓度和pH值的缓冲液中透析一段时间后,用Epton's方法测SDS含量,通过标准曲线读出蛋白质结合的SDS数量。得到最佳测定条件为透析时间24h、温度30℃、SDS溶液40ml、缓冲液pH8。并且将SDS结合法与荧光探针法相比较,结果表明这两种方法具有较好的相关性。

丹参对体外葡萄糖与蛋白质非酶结合的影响

目的研究在体外人血清白蛋白（ＨＳＡ）的非酶糖化反应中，加入丹参对反应的影响。方法用３Ｈ标记的葡萄糖和ＨＳＡ进行非酶糖化反应，定量测定被标记的ＨＳＡ的放射活性，同时用过碘酸钠氧化法测定反应液中Ａｍａｄｏｒｉ产物甲醛释放来比较对照组及含丹参液组的差异。结果丹参组３Ｈ葡萄糖每日掺入ＨＳＡ的量明显低于对照组，反应第８天时丹参组为对照组的５７．７％，甲醛释放量为６１．１％，增加丹参浓度，ＨＳＡ非酶糖化被进一步抑制。结论丹参对体外蛋白质非酶糖化有抑制作用。

高压和热结合处理对牛肉蛋白质变性和脂肪氧化的影响

以不同压力(从200～800MPa)和温度(20、40和60℃)结合处理20min对牛肉蛋白质的变性和脂肪氧化的影响进行了研究。差示扫描量热仪(DSC)温度扫描图谱显示胶原蛋白对压力十分稳定,只有在60℃下压力处理才部分变性;而肌球蛋白对热和压力都不稳定,并且在压力变性的同时形成新的结构,这个新的结构对热表现出较低的稳定性。在较高温度(60℃)下,压力对温度引起的蛋白质变性起到部分抑制作用。压力和热以及两者结合处理都能加速脂肪的氧化过程,尤其是在400MPa及其以上压力。处理后的冷藏过程中,除20℃和40℃0.1MPa两个处理外,其它处理的TBA值均呈现快速增加。压力和热处理后蛋白质结构的破坏和变性,导致铁的释放在脂肪氧化过程中起着重要的作用,因铁离子是脂肪氧化的主要催化剂之一。差示扫描量热法(DSC)的扫描结果也显示,在400MPa及其以上压力时大部分蛋白质发生变性。

蛋白质相互作用：界面分析,结合自由能计算与相互作用设计

蛋白质相互作用在生命活动中起着重要作用.研究蛋白质间相互作用的本质有助于了解生命活动中这些基本单元的作用.本文主要综述了近期蛋白质相互作用研究的进展,包括蛋白质相互作用界面的基本性质,蛋白质结合自由能的计算方法,不同相互作用在蛋白质结合/解离中的角色和差异,以及上述知识在蛋白质相互作用设计中的应用.蛋白质相互作用界面的特性,例如界面大小、保守性以及结构的动态性质,使得具有生物功能的蛋白质相互作用界面区别于非特异性的晶体堆积界面.生物功能界面的一个重要结构特征是界面上存在着关键残基以及相对独立的相互作用模块.利用多种方法,如MM-PBSA、统计平均势以及不同的相互作用自由能模型,可以在不同的精度上计算蛋白质相互作用自由能.利用蛋白质相互作用界面的特点,从不同的角度进行蛋白质相互作用对的设计与改造,近年来已经有了不少成功的例子,但还存在着很大的挑战.我们认为在今后的蛋白质相互作用设计中,考虑各种因素对蛋白质结合与解离的动力学过程的影响将有助于提高人类控制蛋白质相互作用的能力.

荧光光谱法研究克仑特罗与蛋白质的结合作用

应用荧光光谱法研究了水溶液中盐酸克仑特罗与牛血清白蛋白分子间的结合反应 ,测定了结合常数 (K =2 .84× 1 0 3 L mol)和结合位点数 (n =5 .65)。依据F ster非辐射能量转移理论 ,确定了授体 受体间的结合距离 (r=1 .69nm)和能量转移效率 ,采用同步荧光技术考察了盐酸克仑特罗对牛血清白蛋白构象的影响。利用盐酸克仑特罗对蛋白质荧光猝灭 。

小麦淀粉颗粒结合蛋白质的研究

主要研究了小麦淀粉颗粒中的结合蛋白质.首先,对小麦淀粉颗粒的表面结合蛋白质和内部结合蛋白质进行了提取,而后用电泳对提取的蛋白质进行了电泳分析。

小麦淀粉粒结合蛋白与面粉蛋白质和淀粉品质的关系

为了解14个淀粉粒结合蛋白组合类型出现频率较高的28份小麦材料淀粉粒结合蛋白(Starch granule proteins,SGP)组成、品质特性,对其相关蛋白质品质性状、淀粉品质性状进行了检测分析。结果表明,不同蛋白组合类型对蛋白品质性状的效应值不同。在蛋白质性状中,湿面筋含量(WGC)和干面筋含量(DGC)效应值最高的蛋白组合类型均为SGPa+b+c+d+e+f+g+h+i;面筋指数(GI)效应值最高的为SGPa+c+d+e+f+g+i+j;沉降值(SV)效应值最高的为SGPb+c+d+e+f+g+h+j和SGPa+c+d+e+f+g+i+j;蛋白质含量(PC)效应值最高的为SGPa+d+e+f+g+h+i+j。SGPb对干、湿面筋含量的效应值均最高;SGPi对蛋白质含量和籽粒硬度效应值最高,但其对干、湿面筋含量和面筋指数的效应值最低;SGPa对沉降值、蛋白质含量和籽粒硬度(GH)的效应值最低,对面筋指数的效应值最高。综合各项蛋白品质指标,贡献率综合排序最高的为SGPh,最低的为SGPa。在淀粉性状中,SGPa+c+d+e+f+g+i+j对峰值黏度(PV)、低谷黏度(LV)、最终黏度(FV)的效应值最高;SGPb+c+d+e+f+g+h+i+j和SGPa+c+e+f+g+h+i+j分别对直链淀粉(Am)和支链淀粉(Ap)含量的效应值最高;SGPb+c+d+e+f+g+h+j对直、支链淀粉之比的效应值最高。对峰值黏度、低谷黏度和最终黏度效应值最大的均是SGPj,SGPb对被测指标的效应值均较低;SGPd对直链淀粉含量和直/支比的效应值均最高,对支链淀粉含量效应值最低。SGPj对淀粉品质性状的贡献率综合排序最高,SGPb的贡献率最低。

蛋白质和多肽类药物的聚乙二醇结合物——一种新型给药系统

目的 介绍蛋白质和多肽类药物的聚乙二醇结合物研究的最新进展。方法 根据近几年的文献资料对蛋白质和多肽类药物的聚乙二醇修饰方面的研究进行综述。结果 聚乙二醇修饰的蛋白质和多肽类药物可增加药物的溶解度和稳定性 ,减弱或消除免疫原性、抗原性和毒性 ,改善药物的体内药动学性质 ,增加药物的体内半衰期 ,增加治疗指数等。

重金属Cr(Ⅵ)与血清蛋白质组的结合反应性能研究

利用亲和毛细管电泳(Affinity capillary electrophoresis,ACE)方法,基于位点结合模型,构建配体(Cr(Ⅵ))-血清蛋白质组受体(Fetal bovine serum,FBS)结合反应方程,研究重金属离子Cr(Ⅵ)和血清蛋白质组的结合反应性能。结果表明,组学条件下,Cr(Ⅵ)与FBS中高丰度组分白蛋白(Bovine serum albumin,BSA)、转铁蛋白(Bovine apo transferrin,bATF)、免疫球蛋白(Bovine IgG,IgG)之间形成Cr髩-蛋白质络合物;结合反应均为快平衡反应;依据有效淌度的变化,通过结合方程测得结合反应的表观结合常数KCr(Ⅵ)-bATF=1.27×104L.mol-1、KCr(Ⅵ)-IgG=4.91×104L.mol-1、KCr(Ⅵ)-BSA=8.98×104L.mol-1;同时根据实验数据非线性模拟结果表明,Cr髩与FBS中高丰度组分发生相互作用的强度与Cr(Ⅵ)浓度之间存在明显的量效关系。本文有关工作可为重金属离子-蛋白质络合物结合性能等生物无机化学研究内容提供参考。

麒麟菜粗多糖中多糖与蛋白质结合方式

从海藻麒麟菜中提取的粗多糖含有一定量的蛋白质 ,采用 Sevag法在除麒麟菜粗多糖蛋白质 ,则蛋白质与多糖以相同的比例减少 .粗多糖酸解液的 p H调整为 1 1 .0后 ,经凝胶 Sephadex G-1 0 0层析 ,能使蛋白质部分分离 ,而酸性条件无法使之分离 .实验结果表明 ,粗多糖中蛋白质不是以游离的形式存在 ,可能以离子键方式与多糖分子中的硫酸根聚阴离子相结合 .提取麒麟菜多糖和纯化过程中 ,控制合适的 p H条件有利于分离蛋白质 .

尿脂肪酸结合蛋白1与老年2型糖尿病患者肾功能快速下降的相关性

目的探讨尿脂肪酸结合蛋白1(urinary fatty acid-binding protein 1,u-FABP1)与老年2型糖尿病(diabetes mellitus type 2,T2DM)患者肾功能快速下降的相关性。方法本研究为前瞻性观察性研究,纳入2017年1月至12月在西安市第一医院内分泌门诊就诊的430例T2DM且保留肾功能的老年患者,至少随访5年,进行一系列估算肾小球滤过率(estimating the glomerular filtration rate,e GFR)测量。肾功能快速下降定义为年度eGFR下降值>3 mL·min^(-1)·(1.73m^(2))^(-1)。研究基线血清u-FABP1水平与年度eGFR下降率之间的关系。结果在5年的随访中,70例患者(16.28%)肾功能迅速下降。与非快速下降组患者相比,肾功能快速下降组患者基线u-FABP1水平[用尿肌酐(urine creatinine,uCr)校正]明显更高[27.29(21.20,34.03)μg/g uCr比39.61(34.06,50.00)μg/g uCr,Z=-12.240,P<0.001]。调整年龄、性别、体重指数、糖化血红蛋白和基线eGFR等临床风险因素后,年度e GFR下降率与基线u-FABP1呈负相关(rs=-0.150,P=0.005)。此外,经单因素和多因素Logistic回归分析,年龄>75岁和基线u-FABP1水平≥16.76μg/g uCr是肾功能快速下降的独立预测因子(P<0.05)。当基线u-FABP1水平≥22.45μg/g uCr时可良好的预测老年T2DM患者随访5年内肾功能快速下降的风险,受试者工作特征曲线下面积为0.962(95%CI:0.943~0.981),特异度和灵敏度分别为97.10%和77.70%。结论较高的基线u-FABP1水平与肾功能保留的老年T2DM患者肾功能快速下降高风险有关,表明u-FABP1可能在早期糖尿病肾脏疾病的进展中发挥作用。

液相色谱-高分辨质谱结合蛋白质组学技术分析曲妥珠单抗耐药胃癌细胞的转录因子

采用基于液相色谱-高分辨质谱的转录因子结合序列串联多拷贝双联DNA结合元件(Concatenated tandem array of transcription factor response elements,catTFRE)Pull down蛋白质组学技术,研究了曲妥珠单抗耐药胃癌细胞的转录因子及其调控作用。以合成的串联转录因子结合序列DNA片段为亲和试剂,用生物素标记,作为"DNA诱饵",通过Pull down富集后,采用液相色谱-高分辨质谱检测捕获的转录因子,基于强度定量法(Intensity based absolute quantification,iBAQ)定量,筛选出与DNA结合活性显著变化的转录因子。利用WebGestalt(2017)数据库对激活转录因子调控的信号通路、家族分类、调控网络及转录因子-靶基因(TFs-targets)进行分析。结果表明,359个转录因子被定量检测,与亲本细胞相比,61个转录因子在曲妥珠单抗耐药胃癌细胞中与DNA结合活性显著变化,其中结合活性增强48个,活性降低13个。激活转录因子属于bZIP、bHLH、homebox、HMG box、Zine finger等家族。KEGG通路富集显示,癌症、MAPK、Wnt、TGF-β、凋亡等多条通路在耐药细胞中显著改变。TFs-targets分析表明,TCF7L2、TCF7、FOXC1、JUN、CYC、FOS、ELK4、NFκB2、DDIT3和ATF2在上皮-间质转化(Epithelial-mesenchymal transformation,EMT)、Wnt、MAPK信号通路促使胃癌曲妥珠单抗耐药过程中发挥重要调控作用,提示靶向这些转录因子所调控的信号通路可能是逆转胃癌曲妥珠单抗耐药的重要途径。

水稻籽实中蛋白质-Cd、Pb结合体及其稳定性

通过凝胶层析方法 ,对水稻籽实中的蛋白质 Cd、Pb结合形态特征及其稳定性进行了研究 .结果表明 :水稻籽实Tris HCl提取液经SephadexG 75分离 ,洗脱液得到 3个紫外吸收峰 ,在第 1、3峰处出现了Cd、Pb浓度峰 ,其蛋白质 Cd、Pb结合体的表观分子量为 5 4.5KD和 5 .5KD .在蒸煮加热处理后 ,水稻籽实中蛋白质 Cd、Pb结合体发生变性 ,使分子量为 5 4.5KD的蛋白质 Cd、Pb结合体完全破坏 ,分子量为 5 .5KD的结合体也部分地被破坏 ,与蛋白质结合的Cd、Pb被释放出来 .胃蛋白酶和胰蛋白酶消化处理后 ,也能够破坏蛋白质 Cd、Pb结合体的形态 ,洗脱液中Cd、Pb的浓度分布也发生了变化 ,在第 1、3紫外吸收峰处的Cd、Pb浓度也明显降低 .另外 ,在第 3峰以后的洗脱液中也检测到Cd。

核基质结合区结合蛋白质1在胃癌中的表达及其与临床病理特征的关系

目的检测胃癌组织中核基质结合区结合蛋白质1(special AT-rich sequence-binding protein 1,SATB-1)与临床病理特征的相关性。方法应用免疫组织化学Envision法检测97例胃癌患者和20例癌旁组织中SATB1蛋白的表达,应用Spearman法分析其与临床病例特征的相关性。结果胃癌组织中SATB1蛋白表达阳性率为60%,高于癌旁组织10%,差异有统计学意义(P<0.05)。SATB1蛋白在胃癌中的阳性表达率与淋巴结转移,肿瘤浸润深度和临床TNM分期密切相关(P<0.05),与年龄、性别、肿块大小无显著相关性(P>0.05)。结论 SATB1在胃癌组织中的高表达预示胃癌恶性程度高,临床分期晚,可能存在淋巴结转移,预后不良,因此检测SATB1表达可作为临床筛选胃癌高危转移者、制定治疗方案和判断预后的一个新指标。