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基于Sentinel-2时序数据的新疆焉耆盆地农作物遥感识别与评估 被引量:3
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作者 张旭辉 玉素甫江·如素力 +2 位作者 仇忠丽 亚夏尔·艾斯克尔 阿卜杜热合曼·吾斯曼 《干旱区地理》 CSCD 北大核心 2024年第4期672-683,共12页
为及时准确地获取干旱区农作物种植信息,研究借助PIE-Engine Studio平台,以新疆焉耆盆地为研究区,基于2022年Sentinel-2影像和1948个野外定位采样数据提取农作物生育期内14种植被指数,使用See5.0决策树、随机森林(Randomforest,RF)和多... 为及时准确地获取干旱区农作物种植信息,研究借助PIE-Engine Studio平台,以新疆焉耆盆地为研究区,基于2022年Sentinel-2影像和1948个野外定位采样数据提取农作物生育期内14种植被指数,使用See5.0决策树、随机森林(Randomforest,RF)和多元回归(Multiple regression,MR)模型优选特征参数,结合支持向量机(Support vector machine,SVM)算法构建5种分类模型和5种样方分割方案进行农作物种植信息提取,通过目视解译和混淆矩阵对比分析分类结果,确定最佳分类方案。结果表明:(1)所有分类模型的总体精度(OA)和Kappa系数均在92.20%和0.9037以上,说明在PIE平台中使用SVM算法提取农作物信息是可行的。(2)SVM-有红边的OA和Kappa系数均值为93.77%和0.9236,比SVM-无红边方法提高了0.96%和0.0120。(3)相比于SVM-有红边方法,植被指数的引入提高了SVM-RF、SVM-MR和SVM-See5.0的OA和Kappa系数。(4)5种分类模型的OA和Kappa系数均值的大小关系为:SVM-RF>SVM-MR>SVM-See5.0>SVM-有红边>SVM-无红边,表明红边波段和植被指数的加入显著提高了农作物识别的精度,其中SVM-RF(8:2)为最佳分类模型,OA和Kappa系数分别为98.72%和0.9866。研究结果可为准确快速获取大尺度干旱区农作物信息提供新的思路和参考依据。 展开更多
关键词 农作物 Sentinel-2 支持向量机 PIE-Engine Studio 焉耆盆地
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采用慢病毒载体干扰TRAF2表达的MH7A细胞稳转株的构建及意义
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作者 陈露颖 蒋励萍 +5 位作者 王伟康 左书俊 蒯佳婕 马旸 韩陈陈 魏伟 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2024年第2期193-199,共7页
目的 用慢病毒载体构建干扰肿瘤坏死因子受体相关因子2(TRAF2)表达的类风湿关节炎(RA)患者滑膜细胞株MH7A细胞稳转株,研究TNF-α-TRAF2信号在MH7A异常增殖的作用。方法 根据人TRAF2的基因序列和shRNA序列设计原则,设计并合成3对TRAF2-sh... 目的 用慢病毒载体构建干扰肿瘤坏死因子受体相关因子2(TRAF2)表达的类风湿关节炎(RA)患者滑膜细胞株MH7A细胞稳转株,研究TNF-α-TRAF2信号在MH7A异常增殖的作用。方法 根据人TRAF2的基因序列和shRNA序列设计原则,设计并合成3对TRAF2-shRNA干扰序列,通过PCR对引物进行退火,通过双酶切PLKO.1-puro获得线性载体,将线性化载体与退火后引物通过Solution I连接,连接产物导入感受态细胞,涂板,挑取阳性菌落进行测序。构建3种不同的PLKO.1-TRAF2-shRNA慢病毒重组质粒,借助慢病毒包装质粒对对数生长期的HEK 293T细胞进行慢病毒包装,收集病毒液感染MH7A细胞,同时使用嘌呤霉素对TRAF2低表达的MH7A稳转株进行筛选。使用CCK-8法、Western blot、qPCR检测MH7A中肿瘤坏死因子TNF-α诱导TRAF2低表达的MH7A增殖功能及下游信号TRAF2、P65蛋白表达和mRNA水平。结果 成功构建了PLKO.1-TRAF2-shRNA(1)、PLKO.1-TRAF2-shRNA(2)和PLKO.1-TRAF2-shRNA(3)慢病毒载体质粒和对照组慢病毒载体质粒PLKO.1-puro,将3个TRAF2-shRNA慢病毒载体质粒和对照组慢病毒载体质粒PLKO.1-puro分别与慢病毒包装质粒导入HEK 293T获得病毒液,将病毒液感染MH7A细胞后,经嘌呤霉素(2.00μg/ml)筛选,2 d得到MH7A稳转株;qPCR和Western blot结果显示,PLKO.1-TRAF2-shRNA(1) MH7A细胞稳转株中TRAF2 mRNA和蛋白的表达较阴性对照组明显下降;CCK-8和Western blot结果表明,MH7A中TRAF2敲低后,TNF-α诱导的TRAF2低表达的MH7A细胞增殖和P65的磷酸化水平明显下降。结论 成功构建了PLKO.1-TRAF2-shRNA(1) MH7A细胞稳转株,研究TNF-α-TRAF2信号活化介导RA滑膜细胞异常增殖中的作用。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 MH7A 肿瘤坏死因子受体相关因子2 慢病毒载体
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基于双参数MRI影像组学构建的支持向量机模型对乳腺癌人表皮生长因子受体-2和激素受体表达的预测效能
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作者 侯慧 朱银杏 +2 位作者 王太宇 张翼 刘志鹏 《实用临床医药杂志》 CAS 2024年第4期7-13,共7页
目的构建基于磁共振T_(2)WI反转恢复压脂(TIRM)及扩散加权成像(DWI)序列图像的支持向量机(SVM)模型,评估其对乳腺癌人表皮生长因子受体-2(HER-2)和激素受体(HR)表达水平的预测效能。方法收集128个于术前或治疗前接受乳腺MRI检查的乳腺... 目的构建基于磁共振T_(2)WI反转恢复压脂(TIRM)及扩散加权成像(DWI)序列图像的支持向量机(SVM)模型,评估其对乳腺癌人表皮生长因子受体-2(HER-2)和激素受体(HR)表达水平的预测效能。方法收集128个于术前或治疗前接受乳腺MRI检查的乳腺癌病灶。根据免疫组织化学(IHC)或原位荧光杂交(FISH)检测结果进行分组。使用ITK-SNAP软件在磁共振TIRM和DWI序列图像上勾画三维容积感兴趣区(VOI),并导入Pyradiomics程序提取影像组学特征。对数据进行归一化处理后使用基于支持向量机的递归特征消除法(SVM-RFE)筛选特征。采用随机分层抽样方法将108例病例按照8∶2比例分为训练组及验证组,另外20例作为外部测试组。采用SVM机器学习分类器构建影像组学模型。采用受试者工作特征(ROC)曲线评估模型预测效能。采用DeLong检验评估各影像组学模型ROC曲线下面积(AUC)。采用SHAP算法进行可视化分析,并筛选最具贡献力的预测特征。结果联合模型(训练组AUC=0.94;验证组AUC=0.90)对HER-2的预测效能均高于TIRM模型(训练组AUC=0.85;验证组AUC=0.80)、单DWI模型(训练组AUC=0.88;验证组AUC=0.66)。外部测试组联合模型的AUC为0.89。SHAP算法得出DWI序列的特征贡献较大。基于TIRM和DWI序列联合特征(训练组AUC=0.96;验证组AUC=0.88)、单DWI序列特征(训练组AUC=0.92;验证组AUC=0.86)构建的影像组学模型预测HR效能优于单TIRM序列特征(训练组AUC=0.84;验证组AUC=0.68)构建的模型。外部测试组证明联合模型具有较好的预测效能,AUC为0.90。SHAP算法得出TIRM序列的特征贡献较大。结论基于磁共振成像TIRM和DWI序列联合特征构建的影像组学模型对于HER-2水平具有良好的预测效能,对HR表达具有较大的预测潜力,可为乳腺癌患者制订个性化治疗方案提供依据。 展开更多
关键词 影像组学 乳腺癌 支持向量机 人表皮生长因子受体-2 激素受体
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基于Sentinel-2影像的济宁市冬小麦种植面积提取研究 被引量:1
4
作者 付欣 赵娜 +3 位作者 魏伟 张明慧 张立飞 万莹 《山东农业大学学报(自然科学版)》 北大核心 2024年第3期406-412,共7页
植被的遥感提取通常利用单一植被指数,而单一植被指数无法全面反映不同植被之间的差异性,易造成漏分、错分现象,影响提取精度。为有效提取冬小麦种植面积,本文基于PIE-Engine遥感平台,利用Sentinel-2遥感影像数据,结合采样点以原始特征... 植被的遥感提取通常利用单一植被指数,而单一植被指数无法全面反映不同植被之间的差异性,易造成漏分、错分现象,影响提取精度。为有效提取冬小麦种植面积,本文基于PIE-Engine遥感平台,利用Sentinel-2遥感影像数据,结合采样点以原始特征波段、指数特征为输入特征,分别使用随机森林(Random Forest,RF)、支持向量机(Support Vector Machine,SVM)分类法对济宁市冬小麦种植面积进行提取,评价相同输入特征下不同分类方法的提取精度、相同分类方法不同输入特征的分类精度,最终得出最佳分类特征以及分类方法。结果表明:以指数特征作为输入特征,结合随机森林分类法提取济宁市2023年冬小麦种植面积的精度最优,验证矩阵ACC系数为0.984,验证矩阵Kappa系数为0.974。可见,基于Sentinel-2遥感影像的随机森林-指数特征模型可较准确提取济宁市冬小麦种植区域,本研究可提供一种提取冬小麦种植面积的有效方法,为调控农业生产、合理利用自然资源、实现农业精准管理、保障粮食有效供给提供辅助依据。 展开更多
关键词 济宁市 冬小麦 随机森林 支持向量机 Sentinel-2
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Immune response to inactivated bacterial vector carrying the recombinant K39 antigen of Leishmania infantum in mice
5
作者 Lucelina S.Araújo Bruno B.Silva +6 位作者 Eduarda N.F.N.Santos Arnaldo S.Bezerra Samuel S.Frota Assis R.Montenegro Eridan O.P.T.Florean Maurício Fvan Tilburg Maria Izabel F.Guedes 《Asian Pacific Journal of Tropical Biomedicine》 SCIE CAS 2024年第5期199-206,共8页
Objective:To evaluate the immunological response elicited by an inactivated bacterial vector carrying the K39 antigen of Leishmania infantum,and a purified antigen.Methods:Mice were subjected to the following treatmen... Objective:To evaluate the immunological response elicited by an inactivated bacterial vector carrying the K39 antigen of Leishmania infantum,and a purified antigen.Methods:Mice were subjected to the following treatments:(1)Purified recombinant K39(rK39)protein at a 20μg dose with complete Freund’s adjuvant;(2)Inactivated Escherichia coli(BL21 DE3)carrying the K39 protein at an equivalent total protein content of 200μg;(3)Inactivated bacteria lacking the K39 protein;(4)Non-immunized control animals.Serological monitoring was performed.All groups were challenged by intraperitoneal injection of 10^(7) Leishmania infantum promastigotes.After euthanasia,the liver and spleen were collected to analyze the levels of TNF,IFN-γ,IL-12,IL-4,and IL-10.Results:Mice immunized with purified rK39 or the inactivated bacterial vector carrying the K39 antigen of Leishmania infantum showed a long-lasting immune response with high levels of polyclonal antibodies specifically recognizing the recombinant proteins.The IgG1 subclass was the predominant immunoglobulin;however,the induction of IgG2a and the profile of cytokines produced were indicative of the induction of a mixed-type response.Conclusions:The inactivated bacterial vector carrying the K39 antigen,as well as the purified antigen can induce a long-lasting immune response in immunized mice,predominantly favouring a Th2 profile response. 展开更多
关键词 Visceral leishmaniasis K39 Inactivated bacterial vector Vaccine Immune response Th1 TH2 Leishmania infantum
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TFAP2A基因重组真核表达载体的构建及鉴定
6
作者 郭宇琪 王亚丽 +1 位作者 张智源 高玉婧 《宁夏医科大学学报》 2024年第1期26-31,共6页
目的构建转录因子增强子结合蛋白-2α的真核表达载体并进行鉴定,为TFAP2A的后续研究提供有效工具。方法采用限制性内切酶BamHⅠ和HindⅢ对真核表达载体CV702质粒进行酶切获得线性化载体;通过PCR扩增制备TFAP2A的cDNA片段,将线性化载体和... 目的构建转录因子增强子结合蛋白-2α的真核表达载体并进行鉴定,为TFAP2A的后续研究提供有效工具。方法采用限制性内切酶BamHⅠ和HindⅢ对真核表达载体CV702质粒进行酶切获得线性化载体;通过PCR扩增制备TFAP2A的cDNA片段,将线性化载体和TFAP2A的cDNA扩增产物进行体外环化连接,构建CV702-TFAP2A重组质粒。将连接产物进行细菌转化,挑取平板上的单克隆进行PCR鉴定,对阳性克隆进行测序及结果分析。将CV702-TFAP2A重组真核表达载体转染乳腺癌细胞MDA-MB-231,通过Western blot检测TFAP2A的表达效率。结果菌落PCR扩增和测序结果显示,CV702-TFAP2A重组真核表达载体构建成功;Western blot结果与Image J灰度值分析结果显示,与CV702对照载体相比,转染CV702-TFAP2A重组质粒的MDA-MB-231中的Flag-TFAP2A蛋白相对表达量更高(P<0.05)。结论成功构建CV702-TFAP2A的重组真核表达载体,证实转染CV702-TFAP2A的细胞中Flag-TFAP2A的表达水平升高。 展开更多
关键词 转录因子增强子结合蛋白-2α 载体构建 真核表达 乳腺癌
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2015–2022年漓江流域12天时间分辨率地表水体面积数据集
7
作者 梁怡邦 邱玉宝 +3 位作者 贾国强 赵宁 钟万洋 崔恒 《中国科学数据(中英文网络版)》 CSCD 2024年第2期17-33,共17页
喀斯特地貌在广西地区分布广泛,具有汛期降水强度大、水文过程迅速且时空异质性高等特点。水是重要的生态基础和自然资源,及时、准确地获取地表水体的时空变化特征,对于水资源的保护与管理、旱涝灾害的快速评估以及实现各个经济产业的... 喀斯特地貌在广西地区分布广泛,具有汛期降水强度大、水文过程迅速且时空异质性高等特点。水是重要的生态基础和自然资源,及时、准确地获取地表水体的时空变化特征,对于水资源的保护与管理、旱涝灾害的快速评估以及实现各个经济产业的可持续发展等具有现实意义。本数据集以广西桂林漓江流域为研究区域,针对当前地表水体监测频次低、水体提取方法受限于样本信息以及在复杂地形区域内提取精度较低等问题,结合Sentinel-1雷达和Sentinel-2光学等多源遥感数据,基于雷达和光学传感器成像原理的不同,提出了一种基于经验阈值进行矢量分类的方法,剔除了绝大部分地物阴影的干扰,构建了2015–2022年漓江流域时间分辨率为12天、空间分辨率为10米的地表水体面积数据集,共包括196期地表水体矢量数据。通过对数据集的空间分布和定量精度验证,结果表明:本数据集对河流、湖泊和水库的入、出水口以及复杂地形区域内小型水体等的提取精度较高,总体精度达到92.73%,Kappa系数为0.85。本数据集可用于支撑漓江流域水资源保护和生态环境的可持续管理,能够为应急管理、灾害防治、水利开发和经济发展等领域的决策提供可靠数据。 展开更多
关键词 地表水体面积 Sentinel-1/2 矢量分类 漓江流域
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联合无人机数据与Sentinel-2影像的流域制图研究
8
作者 吴瑞娟 龚雪 李林坤 《测绘与空间地理信息》 2024年第1期1-4,共4页
沱江流域是长江上游重点生态屏障建设区,是四川省境内生态资源最丰富的区域,其在地理位置、水文特征、区域气候等方面具有重要生态意义。由于流域范围大、地理情况复杂,使得利用卫星遥感进行流域制图过程中,采集训练样本费时费力,而训... 沱江流域是长江上游重点生态屏障建设区,是四川省境内生态资源最丰富的区域,其在地理位置、水文特征、区域气候等方面具有重要生态意义。由于流域范围大、地理情况复杂,使得利用卫星遥感进行流域制图过程中,采集训练样本费时费力,而训练样本的采集在遥感制图监督分类过程中至关重要。基于此,研究一种联合无人机数据与Sentinel-2影像的流域制图方法,将无人机数据作为卫星影像流域制图的训练样本区和验证样本区数据源,以解决实地调查采集样本费时费力的问题。首先将无人机采集的样本区数据,通过影像镶嵌、面向对象的分类、坐标转换和降采样处理流程,得到用于卫星影像制图的训练样本和验证样本;其次将无人机样本的降采样结果作为Sentinel-2卫星影像的训练样本;最后采用面向对象分类得到流域制图结果,研究发现将无人机获得的小区域训练样本用于卫星影像分类,总体精度达92.68%,Kappa系数为0.8668,能够满足大范围流域制图精度要求。 展开更多
关键词 无人机数据 Sentinel-2影像 面向对象分类 支持向量机 流域制图
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稀土锆酸盐RE_(2)Zr_(2)O_(7)材料的Mueller矩阵特性研究
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作者 尹艺臻 《材料研究与应用》 CAS 2024年第4期606-612,共7页
稀土锆酸盐RE_(2)Zr_(2)O_(7)是有巨大发展潜力的高温热障涂层材料,因优异的综合服役性能而受到广泛关注。目前,该材料体系的力学和热学性能研究较为成熟,但光学性能研究不足,特别是该材料体系的光学偏振特性及光学各项异性鲜见报道。... 稀土锆酸盐RE_(2)Zr_(2)O_(7)是有巨大发展潜力的高温热障涂层材料,因优异的综合服役性能而受到广泛关注。目前,该材料体系的力学和热学性能研究较为成熟,但光学性能研究不足,特别是该材料体系的光学偏振特性及光学各项异性鲜见报道。为了系统研究RE_(2)Zr_(2)O_(7)材料的光学本征偏振特性,采用固相反应法合成制备了RE_(2)Zr_(2)O_(7)(RE=La、Nd、Sm、Gd、Er、Yb)系列的致密块体状材料,搭建了针对性光学偏振特性系统测试平台。采用旋转线延迟器法与多波长旋转Mueller矩阵数值计算相结合的方法,较为系统地研究了RE_(2)Zr_(2)O_(7)材料光学偏振特性,特别是对该材料体系的Mueller矩阵特性进行了系统的研究。实验中采用多波长旋转式Mueller矩阵测量法获得RE_(2)Zr_(2)O_(7)材料体系的Mueller矩阵,并得到了Mueller矩阵的16个参量及其与波长的对应关系。在对称角度和非对称角度下,分别研究了该材料体系的双向衰减参量D(M)和起偏参量P(M)的特性,并对Mueller矩阵参数进行了变换。研究结果表明,在对称角度和非对称角度探测下,每种材料的各向异性参数K具有明显的不同,对称方向的各向异性强于非对称方向。双向衰减参量D(M)和起偏参量P(M)表现出对材料种类有显著的依赖性,而与探测角度和探测方式相关性较弱。根据这种特性可实现对RE_(2)Zr_(2)O_(7)涂层材料的偏振特异性探测和伪装进行针对性设计,从而达到满足其光学使用功能的目的。 展开更多
关键词 稀土锆酸盐 偏振光光谱 MUELLER矩阵 Stokes矢量 双向衰减参数 热障涂层 各项异性 RE_(2)Zr_(2)O_(7)
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pEGFP-C2-GATA4真核表达载体的构建及在P19细胞中的表达 被引量:7
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作者 张金平 王巍 +4 位作者 张雷 王慧娟 赵春芳 陈炜 赵秀军 《第四军医大学学报》 北大核心 2008年第2期134-137,共4页
目的:构建小鼠GATA4基因融合绿色荧光蛋白真核表达载体pEGFP-C2-GATA4,并检验其在P19细胞中的瞬时表达.方法:以真核表达质粒pEFSA-GATA4为模板,PCR扩增得到小鼠GATA4基因片段,将目的片段亚克隆到pEG-FP-C2载体,卡那霉素筛选阳性克隆,经... 目的:构建小鼠GATA4基因融合绿色荧光蛋白真核表达载体pEGFP-C2-GATA4,并检验其在P19细胞中的瞬时表达.方法:以真核表达质粒pEFSA-GATA4为模板,PCR扩增得到小鼠GATA4基因片段,将目的片段亚克隆到pEG-FP-C2载体,卡那霉素筛选阳性克隆,经菌落PCR、酶切鉴定和测序鉴定.将重组质粒pEGFP-C2-GATA4以脂质体法瞬时转染P19细胞,用免疫细胞化学、共聚焦扫描显微镜、PCR、免疫印记法检测GATA4在P19细胞中的表达.结果:酶切、测序结果表明将基因片段GATA4正确插入pEGFP-C2载体,并可在P19细胞中检测到GATA4基因和GATA4-EGFP融合蛋白表达.结论:成功构建真核表达质粒pEGFP-C2-GATA4,并在P19细胞瞬时表达成功,为进一步研究GATA4在心脏发育中的作用奠定了基础. 展开更多
关键词 pEGFP—C2载体 GATA4 真核表达质粒 P19细胞 转染
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新疆细毛羊pEGFP-C2-KAP6.1真核表达质粒的构建与鉴定 被引量:3
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作者 沈文 孙延鸣 +3 位作者 崔茹鹏 鲁海富 肖林晋 石国庆 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2012年第12期17-20,共4页
试验采集新疆细毛羊皮肤组织,提取RNA,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术扩增出KAP6.1基因,并通过DNA重组技术将该基因片段重组于pEGFP-C2真核表达载体上,构建pEGFP-C2-KAP6.1重组质粒,并进行PCR、酶切鉴定。结果表明,本试验成功构... 试验采集新疆细毛羊皮肤组织,提取RNA,采用反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术扩增出KAP6.1基因,并通过DNA重组技术将该基因片段重组于pEGFP-C2真核表达载体上,构建pEGFP-C2-KAP6.1重组质粒,并进行PCR、酶切鉴定。结果表明,本试验成功构建了新疆细毛羊的pEGFP-C2-KAP6.1真核表达重组质粒,为进一步研究该基因所编码的蛋白与毛品质的关系,以及培育超细羊毛等经济性生物学性状相互关系提供理论依据。 展开更多
关键词 新疆细毛羊 pegfp-c2载体 KAP6 1基因 真核表达
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鼠源pEGFP-C2-NLRC5重组质粒的构建及其表达 被引量:1
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作者 李琳 彭云云 +2 位作者 黄成 徐涛 李俊 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2014年第2期145-148,共4页
目的构建鼠源pEGFP-C2-NLRC5表达质粒,并观察其在RAW264.7细胞中的表达。方法从小鼠巨噬细胞RAW264.7中获得NLRC5基因的cDNA,用EcoRⅠ和BamHⅠ限制性内切酶双酶切后连接至pEGFP-C2载体上。表达载体经PCR、限制性内切酶酶切和DNA序列分... 目的构建鼠源pEGFP-C2-NLRC5表达质粒,并观察其在RAW264.7细胞中的表达。方法从小鼠巨噬细胞RAW264.7中获得NLRC5基因的cDNA,用EcoRⅠ和BamHⅠ限制性内切酶双酶切后连接至pEGFP-C2载体上。表达载体经PCR、限制性内切酶酶切和DNA序列分析正确后转染至小鼠巨噬细胞RAW264.7中,荧光显微镜下观察绿色荧光蛋白表达,RT-PCR法鉴定其转录,Western blot法分析其蛋白表达。结果进行双酶切鉴定该质粒可见NLRC5DNA片段,转染重组质粒后可观察到绿色荧光蛋白的表达,RT-PCR法可检测到NLRC5基因的转录,Western blot法可检测到NLRC5蛋白表达。结论成功构建重组pEGFP-C2-NLRC5表达载体,NLRC5蛋白可与绿色荧光蛋白在RAW264.7细胞中融合表达。 展开更多
关键词 NLRC5 pegfp-c2 RAW264 7 基因表达 蛋白表达 NLRC5 pegfp-c2 RAW264 7
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Construction of Recombinant Adenovirus Vector Containing CEVB2L Gene 被引量:2
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作者 邵洪泽 毛文智 +4 位作者 宋阳 李琳 程荣华 孙健 孙强 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2010年第3期94-97,共4页
[Objective] Sheep contagious ecthyma virus B2L gene recombinant adenovirus was built by adenovirus vector system.[Method] Genome DNA extracted from sheep contagious ecthyma virus strain JLSY04 as a template,Gene fragm... [Objective] Sheep contagious ecthyma virus B2L gene recombinant adenovirus was built by adenovirus vector system.[Method] Genome DNA extracted from sheep contagious ecthyma virus strain JLSY04 as a template,Gene fragments obtained from B2L by PCR amplification;B2L gene cloning was cloned into PDNR-CMD vector,screening positive clones and plasmid CTC572-6 was obtained;CTC572-6 plasmid for homologous was recombined with the adenoviral vector.Screening positive clones and bacilli PCR,digestion and sequencing and so on were identified.[Result] After identified by enzyme digestion and gene sequencing,recombinant adenovirus vector CTC572Ade-30 of carrying sheep contagious ecthyma virus B2L gene was constructed successfully.[Conclusion] Which laid the foundation for sheep contagious ecthyma genetically engineered vaccine. 展开更多
关键词 CEV B2L gene Adenovirus vector
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Combination Computing of Support Vector Machine, Support Vector Regression and Molecular Docking for Potential Cytochrome P450 1A2 Inhibitors 被引量:1
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作者 陈茜 乔连生 +2 位作者 蔡漪涟 张燕玲 李贡宇 《Chinese Journal of Chemical Physics》 SCIE CAS CSCD 2016年第5期629-634,I0002,共7页
The computational approaches of support vector machine (SVM), support vector regression (SVR) and molecular docking were widely utilized for the computation of active compounds. In this work, to improve the accura... The computational approaches of support vector machine (SVM), support vector regression (SVR) and molecular docking were widely utilized for the computation of active compounds. In this work, to improve the accuracy and reliability of prediction, the strategy of combining the above three computational approaches was applied to predict potential cytochrome P450 1A2 (CYP1A2) inhibitors. The accuracy of the optimal SVM qualitative model was 99.432%, 97.727%, and 91.667% for training set, internal test set and external test set, respectively, showing this model had high discrimination ability. The R2 and mean square error for the optimal SVR quantitative model were 0.763, 0.013 for training set, and 0.753, 0.056 for test set respectively, indicating that this SVR model has high predictive ability for the biolog-ical activities of compounds. According to the results of the SVM and SVR models, some types of descriptors were identi ed to be essential to bioactivity prediction of compounds, including the connectivity indices, constitutional descriptors and functional group counts. Moreover, molecular docking studies were used to reveal the binding poses and binding a n-ity of potential inhibitors interacting with CYP1A2. Wherein, the amino acids of THR124 and ASP320 could form key hydrogen bond interactions with active compounds. And the amino acids of ALA317 and GLY316 could form strong hydrophobic bond interactions with active compounds. The models obtained above were applied to discover potential CYP1A2 inhibitors from natural products, which could predict the CYPs-mediated drug-drug inter-actions and provide useful guidance and reference for rational drug combination therapy. A set of 20 potential CYP1A2 inhibitors were obtained. Part of the results was consistent with references, which further indicates the accuracy of these models and the reliability of this combinatorial computation strategy. 展开更多
关键词 Support vector machine Support vector regression Molecular docking CYPIA2 inhibitor
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重组pEGFP-C2-p100质粒构建及表达 被引量:2
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作者 何津岩 东莉洁 +6 位作者 葛林 赵钢 邵洁 陆燕欣 李晓冬 姚智 杨洁 《天津医科大学学报》 2008年第2期135-137,共3页
目的:将人类p100基因定向连入pEGFP-C2质粒,使p100蛋白可与绿色荧光蛋白在HeLa细胞内融合表达,为进一步研究p100蛋白的功能及定位奠定实验基础。方法:采用EcoRI和BamHI双酶切方法,从pSG5-p100质粒中获得p100蛋白的cDNA全长;将该cDNA连接... 目的:将人类p100基因定向连入pEGFP-C2质粒,使p100蛋白可与绿色荧光蛋白在HeLa细胞内融合表达,为进一步研究p100蛋白的功能及定位奠定实验基础。方法:采用EcoRI和BamHI双酶切方法,从pSG5-p100质粒中获得p100蛋白的cDNA全长;将该cDNA连接入pEGFP-C2质粒。将构建成功的pEGFP-C2-p100质粒转染入HeLa细胞,荧光显微镜下观察绿色荧光蛋白表达。结果:(1)将该质粒进行双酶切鉴定可见p100片段。(2)转染重组质粒后可观察到绿色荧光蛋白的表达。结论:(1)p100 cDNA全长成功载入pEGFP-C2质粒。(2)p100蛋白可与绿色荧光蛋白在HeLa细胞中融合表达。 展开更多
关键词 人类p100蛋白 pegfp-c2 重组质粒 融合蛋白
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Cloning of Cotton Delta-12 Oleate Desaturase Gene FAD2-1 and Construction of Its ihpRNA and amiRNA Interference Vectors 被引量:1
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作者 赵立群 李红岺 +3 位作者 李仁 李蔚 华金平 郭仰东 《Agricultural Science & Technology》 CAS 2012年第11期2281-2283,2286,共4页
Delta-12 oleate desaturase gene (FAD2-1) which converts oleic acid into linoleic acid, is the key enzyme determining the fatty acid composition of cottonseed oil. By employing RT-PCR method, full length cDNA of cott... Delta-12 oleate desaturase gene (FAD2-1) which converts oleic acid into linoleic acid, is the key enzyme determining the fatty acid composition of cottonseed oil. By employing RT-PCR method, full length cDNA of cotton delta-12 oleate desat- urase gene GhFAD2-1 containing an open reading frame of 1 158 bp was cloned for constructing RNAi vector. A 515 bp long specific fragment of this gene was se- lected for constructing ihpRNA vector under the control of a seed-specific promoter NAPIN, named pFGC1008-NAPIN-FAD2-1; meanwhile miRNA gene-silencing vector pCAMBIA1302-amiRNA-FAD2-1 targeting GhFAD2-1 was also constructed. 展开更多
关键词 Cotton delta-12 oleate desaturase gene GhFAD2-1 ihpRNA interferencevector amiRNA interference vector High oleic acid contents
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人pEGFP-C2-PRDX3真核表达载体构建与在人髓母细胞瘤DAOY细胞中表达
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作者 王晓玫 金红涛 +7 位作者 成志强 彭全洲 胡锦涛 高利昆 许静 张石芬 曾照成 刘汉勇 《临床与实验病理学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第12期1325-1328,共4页
目的构建人pEGFP-C2-PRDX3真核表达载体,并检测其在人髓母细胞瘤DAOY细胞中的表达。方法从人髓母细胞瘤DAOY细胞中提取总RNA,采用RT-PCR法对编码PRDX3的基因片段进行扩增,应用基因重组技术,将目的片段亚克隆到pEGFP-C2真核表达载体,经PC... 目的构建人pEGFP-C2-PRDX3真核表达载体,并检测其在人髓母细胞瘤DAOY细胞中的表达。方法从人髓母细胞瘤DAOY细胞中提取总RNA,采用RT-PCR法对编码PRDX3的基因片段进行扩增,应用基因重组技术,将目的片段亚克隆到pEGFP-C2真核表达载体,经PCR、酶切和测序鉴定后,用脂质体法将重组质粒转染入DAOY细胞,分别采用RT-PCR法、West-ern blot法检测PRDX3在DAOY细胞中的表达。结果双酶切及测序结果验证PRDX3片段正确插入pEGFP-C2质粒,转染后的PRDX3基因mRNA及蛋白质水平均明显上调。结论成功构建了具有报告基因-增强绿色荧光蛋白(EGFP)基因的真核表达载体pEGFP-C2-PRDX3,为进一步研究PRDX3基因在人髓母细胞瘤中的生物学功能奠定了基础。 展开更多
关键词 pegfp-c2质粒 PRDX3 DAOY细胞 真核表达载体
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pEGFP-C2-ASIC2a真核表达载体的构建及其在大鼠关节软骨细胞中的表达
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作者 倪文琳 唐杰 +2 位作者 潘春晓 葛金芳 陈飞虎 《安徽医科大学学报》 CAS 北大核心 2014年第3期304-308,共5页
目的通过构建真核表达pEGFP-C2-ASIC2a质粒,转染大鼠关节软骨细胞,建立ASIC2a在关节软骨细胞中过表达的模型,观察ASIC2a mRNA及其蛋白在细胞中的表达。方法从大鼠脑组织中提取目的基因ASIC2a,并用EcoRⅠ和KpnⅠ进行双酶切,同时用这两种... 目的通过构建真核表达pEGFP-C2-ASIC2a质粒,转染大鼠关节软骨细胞,建立ASIC2a在关节软骨细胞中过表达的模型,观察ASIC2a mRNA及其蛋白在细胞中的表达。方法从大鼠脑组织中提取目的基因ASIC2a,并用EcoRⅠ和KpnⅠ进行双酶切,同时用这两种酶双酶切质粒pEGFPC2,将其酶切产物按常规方法连接并转化入大肠杆菌DH5a,挑单克隆菌进行培养,提取质粒,再通过双酶切鉴定及测序后,用Lipofectamine 2000将所构建质粒转染入关节软骨细胞,在荧光显微镜下观察绿色荧光蛋白的表达,使用RT-PCR和Western blot法检测ASIC2a mRNA和蛋白表达,以鉴定模型建立成功与否。结果进行双酶切鉴定目的条带清晰准确,转染后可在荧光显微镜下观察到绿色荧光表达,通过RT-PCR可发现mRNA转录,Western blot法可发现目的蛋白表达。结论成功构建重组pEGFP-C2-ASIC2a表达载体,将用于进一步观察ASICs对软骨细胞的影响。 展开更多
关键词 ASIC2a pegfp-c2 软骨细胞 基因表达 蛋白表达
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pEGFP-C3/SUMF2重组真核表达载体的构建及在人支气管上皮细胞中的表达 被引量:3
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作者 杨春 张婉莹 +1 位作者 梁红艳 姜晓峰 《中华临床免疫和变态反应杂志》 2012年第3期168-172,共5页
目的构建与增强型绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescent protein,EGFP)融合的人硫酸酯酶修饰因子2(SUMF2)真核表达载体。方法用RT-PCR技术从人支气管上皮细胞(human bronchial epithelial cells,HBEC)获得SUMF2的cDNA模板,PCR方法... 目的构建与增强型绿色荧光蛋白(enhanced green fluorescent protein,EGFP)融合的人硫酸酯酶修饰因子2(SUMF2)真核表达载体。方法用RT-PCR技术从人支气管上皮细胞(human bronchial epithelial cells,HBEC)获得SUMF2的cDNA模板,PCR方法扩增人SUMF2基因。用EcoRⅠ和BamHⅠ双酶切扩增人SUMF2基因及质粒pEGFP-C3;将2种酶切产物按常规方法连接、转化大肠杆菌Top10;挑取菌落培养,提取质粒,酶切鉴定,测序;将测序正确的重组载体用脂质体法转染HBEC,荧光倒置显微镜观察。提取转染细胞的总蛋白进行Western blot检测。结果扩增出1条约857bp的片段,与预期的SUMF2大小相符。酶切结果显示重组质粒pEGFP-C3/SUMF2被切成2条片段,其中1条为pEGFP-C3载体,另1条为目的片段。经测序鉴定,序列与GenBank(NM_015411.2)中的序列高度同源。荧光倒置显微镜观察显示,人SUMF2基因主要在内质网表达。Western blot结果显示在相对分子质量为37×103处有一蛋白条带,与预期大小相符。结论成功构建重组表达载体pEGFP-C3/SUMF2,为进一步研究SUMF2对IL-13的作用奠定了实验基础。 展开更多
关键词 硫酸酯酶修饰因子2 真核表达载体 人支气管上皮细胞
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重组组蛋白去乙酰化酶2-pEGFP-C2质粒的构建及表达
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作者 章慧 黄成 +5 位作者 卞尔保 赵斌 吴宝明 刘昌伟 陈小霞 李俊 《中国药理学通报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第6期812-816,共5页
目的将组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)基因克隆入pEGFP-C2载体,探讨构建的质粒转染进非洲绿猴肾成纤维细胞COS-7株相关蛋白和mRNA的表达及蛋白分布部位的情况。方法从人肝癌细胞(HepG2)中获得组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)的cDNA,采用Xho I和Bam... 目的将组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)基因克隆入pEGFP-C2载体,探讨构建的质粒转染进非洲绿猴肾成纤维细胞COS-7株相关蛋白和mRNA的表达及蛋白分布部位的情况。方法从人肝癌细胞(HepG2)中获得组蛋白去乙酰化酶2(HDAC2)的cDNA,采用Xho I和BamH I双酶切,用T4连接酶将该cDNA连接pEGFP-C2质粒,将构建成功的pEGFP-C2-HDAC2质粒经PCR、限制性内切酶酶切和测序鉴定后转染非洲绿猴肾成纤维细胞(COS-7),荧光显微镜下观察绿色荧光蛋白表达,RT-PCR和Western blot鉴定HDAC2的表达。结果双酶切鉴定可见HDAC2质粒片段,转染重组质粒后可观察到绿色荧光蛋白的表达,PCR结果可检测到HDAC2 mRNA表达,同时Western blot可检测HDAC2蛋白和GFP蛋白的表达。结论成功构建了重组pEGFP-C2-HDAC2表达质粒,HDAC2蛋白可与绿色荧光蛋白在COS-7细胞中融合表达。 展开更多
关键词 组蛋白去乙酰化酶2 COS-7 融合蛋白 pegfp-c2 HEPG2 绿色荧光蛋白
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