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应用16S rDNA-RFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性
被引量:
17
1
作者
张建萍
董乃源
+4 位作者
余浩滨
周勇军
陆永良
耿锐梅
余柳青
《生物多样性》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第6期586-592,共7页
水稻是宁夏地区主要粮食作物,水稻种植也具有维持生态系统平衡,防止土地荒漠化等重要的生态功能。而稻田土壤细菌是维持土壤生态功能的基础。但长期以来缺乏对干旱地区稻田土壤细菌多样性的认识。本研究采用非培养技术提取稻田土壤样品...
水稻是宁夏地区主要粮食作物,水稻种植也具有维持生态系统平衡,防止土地荒漠化等重要的生态功能。而稻田土壤细菌是维持土壤生态功能的基础。但长期以来缺乏对干旱地区稻田土壤细菌多样性的认识。本研究采用非培养技术提取稻田土壤样品总DNA,构建其16S rDNA克隆文库,用PCR-RFLP分析进一步测序后聚类分析细菌群落的多样性。从稻田土样中分离获得了大于23kb的DNA片段。PCR-RFLP共得到74种酶切带型,序列分析发现77.3%的克隆序列与环境中未培养细菌的16S rDNA序列有较高的相似性,仅有22.7%的克隆序列与数据库中可培养细菌有较高的相似性,表明宁夏稻区土壤中的多数细菌尚未培养。系统发育研究发现74个序列分属于12个类群,其中变形细菌所占比例最大(37.8%),依次为酸杆菌(16.2%)、放线菌(12.2%)、拟杆菌(10.8%)、绿屈挠菌(10.8%)、浮游霉菌(8.1%),另外有少量厚壁菌门、芽单胞菌门和疣微菌门细菌克隆。在变形细菌的序列中包括α、β、γ和δ4个类型,比例分别为13.5%、5.4%、12.2%和6.8%。表明宁夏稻区土壤中优势细菌类群为变形杆菌和酸杆菌,且土壤细菌类群具有丰富的多样性。
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关键词
水稻田
土壤细菌多样性
16s
rdna
克隆文库
rflp
分析
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职称材料
题名
应用16S rDNA-RFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性
被引量:
17
1
作者
张建萍
董乃源
余浩滨
周勇军
陆永良
耿锐梅
余柳青
机构
中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室
出处
《生物多样性》
CAS
CSCD
北大核心
2008年第6期586-592,共7页
基金
中央级公益性科研院所专项资金项目(2006RG013)
国家863项目(2006AA10A214)
浙江省自然科学基金项目(Y306180)
文摘
水稻是宁夏地区主要粮食作物,水稻种植也具有维持生态系统平衡,防止土地荒漠化等重要的生态功能。而稻田土壤细菌是维持土壤生态功能的基础。但长期以来缺乏对干旱地区稻田土壤细菌多样性的认识。本研究采用非培养技术提取稻田土壤样品总DNA,构建其16S rDNA克隆文库,用PCR-RFLP分析进一步测序后聚类分析细菌群落的多样性。从稻田土样中分离获得了大于23kb的DNA片段。PCR-RFLP共得到74种酶切带型,序列分析发现77.3%的克隆序列与环境中未培养细菌的16S rDNA序列有较高的相似性,仅有22.7%的克隆序列与数据库中可培养细菌有较高的相似性,表明宁夏稻区土壤中的多数细菌尚未培养。系统发育研究发现74个序列分属于12个类群,其中变形细菌所占比例最大(37.8%),依次为酸杆菌(16.2%)、放线菌(12.2%)、拟杆菌(10.8%)、绿屈挠菌(10.8%)、浮游霉菌(8.1%),另外有少量厚壁菌门、芽单胞菌门和疣微菌门细菌克隆。在变形细菌的序列中包括α、β、γ和δ4个类型,比例分别为13.5%、5.4%、12.2%和6.8%。表明宁夏稻区土壤中优势细菌类群为变形杆菌和酸杆菌,且土壤细菌类群具有丰富的多样性。
关键词
水稻田
土壤细菌多样性
16s
rdna
克隆文库
rflp
分析
Keywords
paddy rice field
,
bacterial diversity
,
16s rdna
,
rflp analysis
分类号
S154.3 [农业科学—土壤学]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
应用16S rDNA-RFLP方法分析宁夏地区稻田土壤细菌的多样性
张建萍
董乃源
余浩滨
周勇军
陆永良
耿锐梅
余柳青
《生物多样性》
CAS
CSCD
北大核心
2008
17
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