859例胰腺占位性病变超声造影诊断的准确性分析

目的分析胰腺占位性病变超声造影诊断报告的准确性。方法回顾性收集2017年1月—2022年12月北京协和医院行胰腺占位超声造影检查且最终病理诊断明确的患者病历资料。以病理诊断为金标准,分析胰腺病变超声造影诊断的准确性,并具体分析各种病理类型胰腺占位性病变的超声造影误诊情况。结果共859例符合纳入和排除标准的患者入选本研究,其中男性489例(56.9%),女性370例(43.1%);年龄16~85岁,中位年龄60(53,66)岁。除难以应用良恶性进行分类的胰腺占位47例外,余812例纳入良恶性诊断准确性分析,结果显示,超声造影对胰腺恶性病变的诊断灵敏度为98.3%(95%CI:97.1%~99.1%),特异度为79.0%(95%CI:70.1%~86.4%),AUC为0.887(95%CI:0.863~0.908),阳性预测值为96.9%(95%CI:95.6%~97.9%),阴性预测值为87.4%(95%CI:79.6%~92.4%),阳性似然比为4.69(95%CI:3.24~6.80),阴性似然比为0.02(95%CI:0.01~0.04),超声造影检查诊断胰腺病变良恶性的诊断报告符合率为95.8%。859例胰腺占位病例中,超声造影误诊48例,误诊率为5.6%(48/859),其中包含未定性诊断病例7例(0.8%),而胰腺导管腺癌的诊断准确率高达98.8%。所有患者超声造影过程中均未发生不良反应事件。结论超声造影检查安全、有效,是评估各种胰腺病变微血管灌注的准确成像方法,对胰腺病变良恶性诊断,特别是胰腺导管腺癌的定性诊断具有良好的临床应用价值。

细胞分裂周期相关蛋白5(CDCA5)在人类肿瘤中致癌作用的泛癌分析

CDCA5高表达已被发现在多种肿瘤中具有致癌作用.运用生物信息学方法探讨CDCA5在泛癌中的表达特征,通过TCGA和GTEX数据库获得CDCA5在肿瘤样本和癌旁样本中的表达情况,从基因表达、生存分析、基因变异和免疫浸润等方面探讨了CDCA5在不同肿瘤发病机制中的作用;通过GSCA(Gene Set Cancer Analysis)分析CDCA5表达与药物IC_(50)(半数抑制浓度)的关系并用免疫组化验证了该基因;通过STRING和GEPIA2数据库获取与CDCA5相关的基因并进行KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)富集分析.结果表明:CDCA5在大多数肿瘤中高表达,且与部分肿瘤患者的预后存在明显的相关性.CDCA5表达与肿瘤浸润免疫细胞(TIICs)显著相关并且TIICs标记物表现出不同的免疫浸润模式.拷贝数变异(CNV)与CDCA5的表达呈正相关,甲基化与CDCA5的表达呈负相关.IC_(50)数据显示多种药物可显著抑制CDCA5的表达.免疫组化实验证实了CDCA5在肝恶性肿瘤和结肠恶性肿瘤中具有促癌作用,可作为肿瘤治疗的生物标志物,为肿瘤治疗提供了一种新的研究方向.

泛免疫炎症指数在肿瘤预后疗效的研究进展

泛免疫炎症指数(PIV)是一种基于全血细胞计数的综合性免疫炎症生物标志物,已被证实能够预测不同肿瘤类型的治疗反应和生存结局。然而,PIV在不同肿瘤治疗策略中的预测价值存在差异。本研究旨在系统综述PIV预测免疫治疗、放射治疗、靶向治疗、内分泌治疗、手术治疗以及新辅助治疗等不同肿瘤治疗方式的生存效果指标和肿瘤预后的最新进展,分析其存在的挑战和问题,展望未来发展方向和应用前景。

泛肿瘤基因突变检测高通量测序基因包的开发及临床验证

目的:本研究旨在开发高通量测序基因包(panel)以实现个性化的泛肿瘤突变基因的检测,同时验证其临床适用性。方法:通过公开数据库选择并设计223个肿瘤相关基因的引物组成panel,并以菁良公司的不同百分比结构变异福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)标准品、野生型标准品、泛肿瘤800标准品、Horizon Discovery公司的游离DNA标准品为样本完成本panel准确性、重复性和检测限的实验室验证,并利用10例组织样本和2例游离DNA样本进行临床验证。结果:在准确性上,本panel阳性和阴性检出符合率达到100%。在重复性上,利用5%结构变异FFPE标准品具有良好的重复性,而游离DNA标准品重复性一般。在最低检测限上,2.5%结构变异FFPE标准品可稳定检出,最低可检出1%结构变异标准品;游离DNA标准品的最低检测限为0.25%。利用本panel检测临床样本表现出与对照方法良好的一致性。结论:成功开发靶向针对223个肿瘤相关基因的高通量测序panel并完成了分析性能和临床适用性验证,该方法具有协助临床诊断与治疗的潜力。

微管蛋白α-1B在泛癌中的表达及临床意义

目的利用生物信息学分析系统阐述微管蛋白α-1B(TUBA1B)与泛癌特征的关系。方法利用TCGA数据库中的肿瘤患者临床资料,从表达水平、疾病分期、预后、基因突变特征、免疫浸润水平和基因富集分析6个方面探讨TUBA1B与各种肿瘤类型的相关性。结果TUBA1B的表达水平在多数肿瘤中高于癌旁(P<0.05),在包括侵袭性乳腺癌等14种肿瘤中具有早期诊断价值(P<0.05),在肾上腺皮质癌等3种肾脏肿瘤中具有晚期进展监测价值(P<0.05),且高表达TUBA1B在多种肿瘤预示较差预后(P<0.05)。免疫浸润分析提示TUBA1B与泛癌中多数免疫浸润细胞及多种免疫相关基因表达呈正相关(P<0.05)。基因富集分析表明TUBA1B可能通过调控细胞周期、DNA损伤修复、有丝分裂等生物学过程参与肿瘤发生发展。结论TUBA1B参与了多种肿瘤的发生发展和免疫浸润,可作为泛癌的肿瘤标志物和潜在的药物靶点。

CPEB4的表达与肿瘤临床病理特征和预后关系的生物信息学分析

目的探讨CPEB4基因在肿瘤中是否为一种肿瘤标志物并评估CPEB4在泛癌中的预后状况、临床相关性分析及肿瘤微环境之间的关系。方法在线检索PubMed、中国知网、维普和万方数据库中存在CPEB4关于人体肿瘤表达的相关文献,纳入并汇总相关肿瘤细胞中表达情况的研究,对符合标准的文献提取出相应的临床数据并进行Meta分析。提取癌症基因组图谱(TCGA)数据库中的样本信息进行泛癌分析并拓展CPEB4高低表达组对不同肿瘤患者的临床相关性研究、预后程度与免疫之间的关系。结果荟萃分析结果显示CPEB4为晚期肾透明细胞癌、非小细胞肺癌、神经胶质瘤、结直肠腺癌、胃腺癌患者的不良预后因子;对泛癌差异分析结果统计,CPEB4在肿瘤中为两极化因子,针对泛癌中CPEB4表达与肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、免疫细胞相关性与其他免疫相关基因之间的关系并进行GSEA通路富集分析,验证并拓展荟萃分析的结果。结论CPEB4作为泛癌中的矛盾因子,可作为肿瘤患者病情的检测指标及预后的重要参考因素。

基于生物信息学分析POFUT1表达与肿瘤免疫浸润水平及患者预后的相关性研究

目的分析蛋白-O-岩藻糖基转移酶1(protein O-fucosyltransferase 1,POFUT1)表达与肿瘤免疫浸润水平及患者预后的关系,探索POFUT1在肿瘤免疫治疗方面的价值。方法基于泛癌数据利用R软件分析各类肿瘤组织中POFUT1表达水平变化及其与各类肿瘤患者风险比的相关性,筛选患者预后与POFUT1表达相关的肿瘤类型;利用String数据库构建蛋白质互作网络,筛选以POFUT1关联基因并进行功能富集分析;利用estimate包分析所筛选肿瘤组织POFUT1表达与免疫浸润评分的相关性;利用TIMER数据库分析肿瘤组织POFUT1表达与各类免疫细胞浸润水平的相关性及免疫细胞浸润水平与患者预后的相关性。结果POFUT1在14类肿瘤中的高水平表达差异具有统计学意义(均P<0.05),与低级别胶质瘤、肺腺癌、甲状腺癌的不良预后相关(Hazard Ratio>1,P<0.05);POFUT1及其关联基因高度参与Notch信号通路、淋巴细胞激活及免疫过程调控进程;POFUT1表达水平与低级别胶质瘤中的B细胞、CD8^(+)T细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞与树突状细胞、肺腺癌中的中性粒细胞、甲状腺癌中的B细胞、CD4^(+)T细胞及巨噬细胞的浸润程度均呈正相关(|r|>0.2,P<0.05);上述6类免疫细胞高浸润程度均与低级别胶质瘤患者较差的预后相关(Hazard Ratio>1,P<0.05)。结论POFUT1通过对免疫调控相关进程的高度参与,对部分肿瘤免疫浸润水平产生影响并影响患者预后,具有成为免疫治疗靶点的潜力。

软腭唾液腺分泌性癌1例并文献复习

唾液腺分泌性癌(secretory carcinoma of salivary glands,SCSG)是一种罕见的恶性唾液腺肿瘤。2023年2月,大理大学第一附属医院收治1例左侧软腭见1个肿物的35岁女性患者。显微镜下该肿物形成微囊状、小管状结构,腔隙内充满嗜酸性胶样分泌物。免疫组织化学(immunohistochemistry,IHC)示:广谱原肌球蛋白受体激酶(pantropomyosin receptor kinase,pan-TRK)、乳腺球蛋白(mammaglobin)、S100钙结合蛋白(S100 calcium binding protein,S100)均阳性,钙激活氯通道蛋白1(anoctamin-1,ANO1)阴性。荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization,FISH)示:ETS变异转录因子6(ETS variant transcription factor 6,ETV6)基因断裂阳性,ETV6-神经酪氨酸激酶受体3(neurotrophic receptor tyrosine kinase 3,NTRK3)基因融合阳性,MET原癌基因受体酪氨酸激酶(MET proto-oncogene,receptor tyrosine kinase,MET)基因断裂阴性。患者最终被诊断为SCSG,随后接受了“左侧腭部肿物切除术+邻近皮瓣修复术”,截至2024年2月未见复发或转移。本文回顾性分析1例发生于软腭的SCSG,并总结此前国内外发生于软腭的SCSG共12例。

基于MSR1 mRNA和蛋白在泛癌组织中表达的生物信息学分析及其意义

目的:通过生物信息学分析探讨巨噬细胞清道夫受体1 (MSR1)在泛癌组织中的表达水平、患者生存情况和免疫特性,阐明MSR1作为新的生物标志物对肿瘤的诊断、预后和免疫治疗的价值。方法:采用临床生信之家数据库和Sangerbox数据库分析正常组织和肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平,采用人类蛋白质图谱(HPA)数据库分析MSR1蛋白表达情况,采用单因素生存分析和Kaplan-Meier分析评估MSR1对预后的价值,采用肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)数据库的单细胞测序结果分析MSR1在各种细胞类型中的表达情况,采用肿瘤免疫估计资源(TIMER2.0)、肿瘤免疫共基因小鼠(TISMO)、肿瘤免疫功能障碍与排斥(TIDE)和基因集癌症分析(GSCA)数据库分析泛癌组织中MSR1表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和免疫治疗反应之间的相关性。结果:与正常组织比较,在17种肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平上调,包括乳腺浸润性癌(BRCA)、结肠腺癌(COAD)、食道癌(ESCA)、多形性胶质母细胞瘤(GBM)、头颈部鳞状细胞癌(HNSC)、肾透明细胞癌(KIRC)、肾性肾乳头状细胞癌(KIRP)、脑低级别胶质瘤(LGG)、肝细胞癌(LIHC)、卵巢浆液性囊腺癌(OV)、胰腺腺癌(PAAD)、前列腺癌(PRAD)、皮肤黑色素瘤(SKCM)、胃腺癌(STAD)、睾丸生殖细胞肿瘤(TGCT)、甲状腺癌(THCA)和子宫颈肉瘤(UCS)(P<0.01);与正常组织比较,乳腺癌、子宫内膜癌、肝癌、卵巢癌、皮肤黑色素瘤、睾丸癌、胰腺癌和前列腺癌组织中MSR1蛋白表达水平也有不同程度的升高。在膀胱尿路上皮癌(BLCA)[风险比(HR)=1.01, P=0.047, 95%CI (1.00, 1.03)]、 LGG [HR=1.03, P<0.001,95%CI (1.02, 1.04)]、 LIHC [HR=1.04, P=0.007, 95%CI (1.01, 1.07)]、 OV [HR=1.02, P=0.028, 95%CI (1.00, 1.03)]、 STAD [HR=1.02, P=0.016, 95%CI (1.00,1.04)]、 THCA [HR=1.06, P=0.006, 95%CI (1.02, 1.11)]和葡萄膜黑色素瘤(UVM)[HR=1.18,P=0.044,95%CI (1.00,1.40)]中MSR1高表达与患者较差的总生存期(OS)有关;在LGG [HR=1.03,P<0.001,95%CI (1.02,1.04)]、子宫宫体内膜癌(UCEC)[HR=1.05,P=0.038,95%CI(1.00,1.10)]和UVM [HR=1.2,P=0.036,95%CI(1.01,1.41)]中MSR1高表达与患者较差的疾病特异生存期(DSS)有关。单细胞测序,MSR1主要表达于树突状细胞(DC)和单核巨噬细胞。MSR1表达与多种免疫细胞浸润呈正相关关系(P<0.05),包括CD8+T淋巴细胞、自然杀伤(NK)细胞、调节性T淋巴细胞(Treg)和肿瘤相关成纤维细胞(CAF)。MSR1与经典免疫检查点基因和免疫治疗反应标志物呈明显正相关关系(P<0.05)。结论:MSR1在多种肿瘤组织中高表达,与多种肿瘤患者预后不良和免疫因素密切相关。MSR1可能作为一种诊断性的肿瘤标记物和肿瘤预后及免疫治疗效果的预测因子,并且有潜力成为一种新的治疗靶点。

FARSB对泛肿瘤的预后和冷肿瘤微环境的分层作用:基于整合单细胞和大块组织的DNA测序

目的研究一个潜在的冷肿瘤微环境标志物——FARSB基因在泛癌中对肿瘤微环境以及患者对免疫治疗的反应的影响。方法使用生物信息学方法研究FARSB在泛癌组织中的表达水平及突变情况。采用Kaplan-Meier和单因素Cox回归分析FARSB的预后意义。通过基因集富集和变异分析,研究受FARSB影响的信号转导途径。用TIMER2数据库和R软件包分析FARSB表达与免疫浸润的关系。分析队列GSE72056,GSE131907,GSE132465,GSE125449和PMID32561858的单细胞RNA测序数据,以验证FARSB对肿瘤微环境的影响。在3个接受免疫检查点抑制剂治疗的队列中(PMID32472114、GSE176307和Riaz2017)中,探讨FARSB对免疫治疗疗效的预测作用。结果FARSB在25种肿瘤组织中的表达明显高于正常组织,并且几乎在所有肿瘤类型中都与不良预后有关。FARSB的表达与多种DNA损伤修复途径密切相关,与肺腺癌组织中基因TP53的突变显著相关(P<0.0001,OR=2.25)。FARSB表征了典型的免疫沙漠型肿瘤微环境,且与趋化因子及趋化因子受体表达受抑制有关。大规模的单细胞RNA测序分析证实了FARSB的免疫抑制作用,并揭示了FARSB通过阻碍细胞间相互作用而潜在地塑造冷肿瘤微环境。在3个接受免疫检查点抑制剂治疗的队列中,FARSB对免疫治疗效果显示出良好的预测价值。结论本研究通过整合单细胞和大块组织RNA测序分析,提供了FARSB基因的泛癌图谱,阐明了其促进DNA损伤修复和构建免疫沙漠型肿瘤微环境的生物学功能。FARSB基因为免疫治疗效果差的人群和冷肿瘤微环境人群的分层提供了一个新的生物标记物。

NCF2/p67phox在泛肿瘤中的表达调控及临床意义研究进展

NCF2基因编码的p67phox是一种典型的细胞质蛋白,广泛存在于哺乳动物的多种细胞。研究显示,NCF2/p67phox作为NADPH氧化酶的活化亚基,参与NADPH氧化酶/ROS介导的肿瘤生物学进程。本文从NCF2/p67phox的表达及调控、NADPH氧化酶在肿瘤中的作用、NCF2/p67phox在泛肿瘤的临床及基础研究进展等方面回顾文献,总结出NCF2/p67phox在肿瘤的热点研究方向。

CD276在泛癌中的免疫表达及预后

目的探讨CD276在泛癌中的表达和对患者预后的影响及其作用机制。方法采用TCGA和GTEx数据库分析CD276在肿瘤组织与正常组织中的差异表达,采用R语言分析CD276对泛癌患者预后、肿瘤微环境、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的影响,进一步分析肿瘤组织中CD276表达与肿瘤免疫细胞浸润的相关性,采用基因集富集分析(GSEA)CD276的生物学功能,最后采用实时PCR对CD276在肿瘤中的表达进行体外验证。结果肿瘤组织与正常组织间CD276表达存在统计学差异(P<0.05)。CD276影响肿瘤预后并与肿瘤微环境、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性和肿瘤免疫细胞浸润密切相关。结论全面的泛癌分析确定CD276是免疫浸润和癌症预后不良的生物标志物,可将其作为新的免疫调节靶点,用于开发新的免疫治疗靶向药物,为肿瘤治疗提供新思路。

ACTA2基因在人肿瘤中致癌作用的泛癌分析

目的:研究ACTA2基因在人肿瘤组织的表达、预后相关性、基因变异和免疫浸润等情况,进而探究其临床意义。方法:使用TIMER2.0、GEPIA2、HPA数据库及仙桃学术网站,分析各种类型肿瘤组织中ACTA2的表达情况及其与预后的相关性。使用cBioPortal数据库分析ACTA2基因变异情况。使用TIME2.0分析ACTA2在肿瘤中的免疫浸润水平。使用STRING、GEPIA2、Veen网站和R包进行ACTA2相关基因的富集分析。结果:胶质细胞瘤、肝癌、胰腺腺癌等肿瘤组织中,ACTA2高表达与预后不良相关;子宫内膜癌组织中ACTA2低表达与预后不良相关(均P<0.05)。ACTA2最主要的变异类型是拷贝数缺失。ACTA2的表达与多形成性胶质细胞瘤及肺腺癌等的肿瘤相关成纤维细胞浸润水平呈正相关(均P<0.05)。ACTA2相关基因的富集分析显示,肌动蛋白细胞骨架调节、血管平滑肌收缩参与了ACTA2的功能机制。结论:ACTA2表达与临床预后、基因变异及免疫浸润水平相关,ACTA2可能作为多种肿瘤新的生物标记物。

细胞分裂周期相关基因8在人恶性肿瘤中的表达及临床意义

目的探讨细胞分裂周期相关基因8(CDCA8)在多种人恶性肿瘤中的表达及其与患者预后、肿瘤浸润免疫细胞的相关性。方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因型-组织表达(GTEx)、基因表达谱交互分析(GEPIA)、TIMER 2.0等数据库中获取数据,分析各种恶性肿瘤中CDCA8基因的表达水平,探讨CDCA8表达水平用于鉴别癌组织和正常组织的诊断价值,明确CDCA8表达水平与患者预后生存的关系,分析CDCA8表达与肿瘤浸润免疫细胞的相关性。结果与正常组织相比,在大多数人恶性肿瘤组织中CDCA8的表达显著上调(P<0.05)。综合受试者工作特征(SROC)曲线分析显示,CDCA8表达水平可用于癌组织和正常组织的鉴别。生存分析结果显示,高CDCA8组的恶性肿瘤患者具有更差的总生存期和无病生存期(Log-rank P<0.05)。基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析显示,CDCA8可能与细胞周期和有丝分裂有关(P<0.05)。在TCGA数据库恶性肿瘤中,CDCA8表达水平与CD4+Th2细胞浸润明显相关(P<0.05)。结论CDCA8有望成为人恶性肿瘤诊断和预后评估的生物标志物,为临床上恶性肿瘤的诊治提供新的理论依据。

基于泛癌分析法的WASH基因亚型在肿瘤中的意义

目的:利用泛癌分析法初步探讨WASH2P、WASH3P、WASH4P、WASH6P、WASH7P、WASH8P、WASH9P在33种癌症中的意义。方法:从TCGA数据库下载33种癌症的转录组数据,利用Perl软件提取WASH2P、WASH3P、WASH4P、WASH6P、WASH7P、WASH8P、WASH9P在33种癌症中的表达水平。采用R软件的limma包鉴定部分肿瘤类型(癌旁样本≥5)中的差异基因,结合TCGA的临床信息,利用Kaplan-Meier和Cox分析WASH亚型的临床预后意义。通过ESTIMATE包探讨WASH与肿瘤免疫浸润微环境的相关性,结合TCGA数据,分析WASH亚型与干细胞指数、免疫亚型间的相关性。最后,分析WASH亚型与单个肿瘤的免疫亚型、干细胞指数、临床分期及肿瘤免疫浸润微环境间的关系。结果:WASH3P和WASH8P在33种癌症类型中总体表达水平相对其他亚型呈高表达。WASH基因亚型在大部分肿瘤中(癌旁样本≥5)显著差异表达,共同协作影响肿瘤进展。生存分析显示其与多种癌症的预后相关(P<0.05)。在大部分肿瘤中,WASH基因亚型与肿瘤干细胞指数呈正相关。WASH基因亚型在C6免疫亚型中低表达,在C1~C4中等水平表达,在C5中高表达。WASH基因亚型表达水平越高,免疫成分、基质成分越少。单肿瘤分析结果显示,在部分单个肿瘤中,WASH基因亚型与TNM分期、免疫亚型、肿瘤微环境、干细胞指数存在相关性。结论:WASH在肿瘤发生发展中扮演重要角色,有望成为多种类型癌症的临床评估标志物。

m6A甲基转移酶样3基因在泛癌中的表达及对肿瘤微环境的影响

目的分析m6A甲基转移酶样3(methyltransferase like 3,METTL3)基因在泛癌中的表达及对肿瘤微环境的影响。方法在癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载多种癌症患者的基因测序结果及临床资料,分析METTL3基因在各类型肿瘤中的表达以及其与肿瘤微环境相关细胞浸润及预后的关系。结果METTL3基因在大多数恶性肿瘤中表达上调,导致肝细胞癌和前列腺癌患者无进展生存期缩短(P<0.05)。肝细胞癌和前列腺癌中,METTL3表达与多种免疫细胞浸润水平及抑制性免疫检查点基因表达水平相关(P<0.05)。结论METTL3基因表达增加导致肝细胞癌和前列腺癌患者的不良预后,可能通过促进免疫浸润及增加抑制性免疫检查点基因表达发挥作用。

FAM111A与FAM111B在泛癌中的预后及治疗相关性研究

目的探究序列相似家族111成员A(family with sequence similarity 111 member A,FAM111A)、FAM111B在泛癌中的肿瘤预后、肿瘤免疫及抗癌药物敏感性。方法在癌症基因体图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库下载和整理FAM111A和FAM111B在33种肿瘤及11057例样本的mRNA表达水平及临床生存相关数据,下载UCSC Xena数据库中关于33种肿瘤干细胞评分相关数据,下载CellMiner数据库样本的基因表达与药敏结果的数据。对FAM111A与FAM111B在肿瘤中作用进行多方面研究。结果FAM111A和FAM111B的相关性较强(r=0.42,P<0.05),FAM111A和FAM111B在多种肿瘤中普遍高表达(P<0.05),且FAM111A和FAM111B可以预测多种肿瘤患者的生存率(P<0.05)。泛癌免疫亚型分析显示,FAM111A和FAM111B在6种肿瘤免疫亚型显著表达(P<0.001)。FAM111A和FAM111B的表达与免疫评分、间质评分及总评分呈负相关(P<0.05),FAM111A和FAM111B的表达与肿瘤干细胞分化程度呈正相关(P<0.05)。抗癌药物敏感性的分析显示,FAM111A与奈拉滨(Nelarabine)等药物敏感性呈正相关(P<0.05),FAM111基因与卡博替尼(Cabozantinib)等药物敏感性呈负相关(P<0.05)。结论FAM111A和FAM111B在多种肿瘤中有表达差异,并且对生存预后有预测价值,它们在肿瘤免疫微环境、干细胞评分和抗癌药物敏感性方面的研究结果为肿瘤治疗及诊断提供了方向。

应用EpCAM/PAN-CK荧光标记流式细胞术检测肿瘤浸润淋巴细胞中肿瘤细胞残留的研究

作为新兴的肿瘤免疫治疗管线之一,过继性细胞免疫疗法(adoptive cell therapy/ACT)已日趋成熟;其中最直接的手段是从实体瘤组织中提取靶向性与特异性俱佳的肿瘤浸润淋巴细胞(tumor-infiltrating lymphocyte/TIL),经体外激活、扩增和优化后回输患者而达到安全、有效的临床疗效。具体的TIL工艺流程除了要保证淋巴细胞的充分扩增(数量)和免疫学活性(质量)以外,还需要解决肿瘤细胞残留问题。虽然在TIL培养过程中肿瘤细胞因为营养成分的相对缺乏和淋巴细胞的持续攻击而逐渐凋亡,在理论上不能完全排除癌细胞残留的可能性。为充分解决这一切实问题,本研究比较、分析了多种有关肿瘤细胞残留的检测方法,并根据灵敏度、可靠性、器材要求和检测效率等参数综合权衡利弊,最后将流式细胞术作为优选方案,并在检测肿瘤细胞系和源自乳腺癌患者和肺癌患者的TIL产品(N=60)时得到进一步验证。这一方法依赖荧光标记的特异性抗体有效识别上皮细胞普遍携带的标志物,即泛细胞角蛋白(pan-cytokeratin);其检测灵敏度<0.05%,而且有进一步提升空间,因此可以作为今后TIL和同类产品放行前有必要采纳的质量检测备选方案。

泛癌组织中T-box转录因子19基因水平与患者预后和肿瘤免疫微环境的相关性

目的基于数据库数据分析泛癌组织中T-box转录因子19(TBX19)表达水平与患者预后和肿瘤免疫微环境(免疫细胞浸润、免疫检查点基因、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性)之间的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获取泛癌组织及相应正常组织中TBX19表达水平,比较不同WHO分级和TNM分期泛癌组织中TBX19表达水平,使用Cox回归分析TBX19表达水平与肿瘤患者预后的关系。基于肿瘤免疫估算数据库(TIMER2)数据,采用Pearson法分析TBX19表达水平与免疫细胞浸润丰度的相关性;在Sanger Box网站中利用TCGA数据库采用Pearson方法分析TBX19表达水平与免疫评分、肿瘤突变负荷和微卫星不稳定性的相关性;基于临床生信之家数据库数据,采用Spearman法分析TBX19表达水平与免疫检查点基因的相关性。结果在膀胱尿路上皮癌、胆管癌、结肠癌(COAD)、结直肠癌(COADREAD)、食管癌、头颈鳞状细胞癌、肾透明细胞癌、肾乳头状细胞癌、混合肾癌、肝细胞癌(LIHC)、肺腺癌、肺鳞癌、嗜铬细胞瘤和副神经节瘤、直肠腺癌、胃癌、胃和食管癌癌组织中TBX19高表达(P均<0.05),在乳腺浸润癌、肾嫌色细胞癌、前列腺癌、子宫内膜癌癌组织中TBX19低表达(P均<0.05)。不同WHO分级以及TNM分期的COAD、COADREAD癌组织中TBX19表达差异有统计学意义(P均<0.05)。与TBX19低表达者比较,LIHC癌组织TBX19高表达者的总体生存期、疾病特异性生存期、无疾病间隔期和无进展间隔期短(P均<0.05)。在COAD、KIRC、LIHC等多种癌组织中,TBX19的表达与免疫细胞浸润、免疫检查点基因、肿瘤突变负荷、微卫星不稳定性密切相关(P均<0.05)。结论泛癌组织中TBX19表达水平以升高为主,TBX19高表达者预后差;癌组织中TBX19高表达与肿瘤免疫微环境有关,在多种肿瘤中免疫浸润水平升高、肿瘤突变负荷增大、微卫星不稳定性增加。

利用肺癌特异性结合多肽ZS-6筛选肺癌相关标志物

目的利用本实验室已获得的与肺癌特异性结合的十二肽ZS-6从人类肺癌cDNA文库中筛选出肺癌相关标志物,为肺癌的临床早期诊断和靶向治疗奠定基础。方法以生物素标记的十二肽ZS-6为探针,筛选人类肺癌cDNA噬菌体展示文库,经过四轮减性筛选后,挑取与ZS-6特异性结合的噬菌体单克隆、扩增、纯化,再通过PCR技术扩增、产物纯化后,进行DNA测序,测序结果经过生物信息学分析。结果筛选出18个与ZS-6特异性结合的噬菌体克隆,测序结果显示其中1个为未知功能的新基因,其余的均已确定为肿瘤相关基因。结论从人类肺癌cDNA噬菌体展示文库中筛选出潜在的肺癌肿瘤标志物,为肺癌的早期诊治奠定基础。