结核分枝杆菌潜伏相关蛋白PapA4的功能域及靶向药物预测分析

目的:采用生物信息学方法分析结核分枝杆菌的Rv1528c基因及其编码的Pap A4蛋白结构和功能,以期为结核分枝杆菌潜伏感染的治疗及预防提供研究思路。方法:从NCBI网站获取Rv1528c基因及Pap A4蛋白的基本信息;使用Protparam、Prot Scale和Prot Comp B预测Pap A4蛋白的理化性质、亲疏水性和亚细胞定位;使用Signal PServerv.4.0、TMHMMServerv.2.0、Net NGlyc1.0server和Net Phos Serverv.3.1预测Pap A4蛋白的信号肽、跨膜结构、糖基化及磷酸化位点;使用SOPMA预测Pap A4蛋白的二级结构;使用SWISS MODEL获取Pap A4蛋白的三级结构模型;使用ABCpred和SYFPEITHI预测Pap A4蛋白的抗原表位;使用MEGA软件构建系统发育树;使用STRING数据库查找Pap A4的相关蛋白并进行GO分析推测其功能;使用HDOCK进行蛋白-蛋白对接;使用Chem Draw完成小分子设计并通过Auto Dock软件完成分子对接。结果:Rv1528c基因全长498 bp,编码的Pap A4蛋白氨基酸数为165,分子式为C785H1252N244O_(2)34S7,等电点(p I)为8.84,平均亲水性系数为-0.208,预测其为亲水性蛋白,亚细胞可能定位于细胞膜。Pap A4蛋白无跨膜结构、信号肽和糖基化位点,有15个磷酸化位点;二级结构包含45.45%的α-螺旋(Hh)、12.73%的β-折叠(Ee)、9.70%的β-转角(Tt)、32.12%无规则卷曲(Cc)。Pap A4蛋白含有13个B细胞抗原表位、12个T细胞优势抗原表位和5个CTL抗原表位。系统进化树显示其高度保守。GO分析显示其主要功能与脂肪酸代谢有关。分子对接显示Pap A4蛋白有多个活性位点。结论:生物信息学预测Pap A4蛋白为胞膜蛋白,但无跨膜结构,具有多个磷酸化位点及B、T细胞抗原表位,发现多个功能位点,其主要功能可能是潜伏活化期间海藻糖的脂肪酸酰基化。为结核分枝杆菌潜伏的预防及治疗提供了药物靶点。

“Papa”汉语译名考

11世纪中叶起,papa一词为罗马主教所独用。最早使用汉语“教化皇”指称罗马主教的是利玛窦。艾儒略开始用的是“教皇”,后来改用“教宗”,这很可能是出于一种政治考量。亲历过1616年南京事件的王丰肃,摄于政治压力,发明了“教化王”一词,没料到该词为前清中国皇帝所喜爱,因此经常出现在康熙等人的正式涉外文件上。晚清和民国期间,“教化王”或“教王”一词被历史所淘汰,教界信徒多互换使用“教皇”和“教宗”两词。晚清时期,黄伯禄、马相伯排他性使用“教宗”,而李杕、法国教士樊国樑则排他性地使用“教皇”一词。在教廷与民国政府建立关系的过程中,为了排除法国的干扰,“教宗”一词因较少具有政治色彩而被教会上层人士青睐,从而对中国教界产生了巨大影响。不过仍有部分教会人士,以及教外学者采用“教皇”。相较之下,“教皇”一词更能精确地揭示出罗马主教的本来面目,具有强烈的历史感,而较少感情色彩和意识形态偏见,因此是一个值得继续使用的历史名词。

鸡大肠杆菌P型菌毛结构基因(papA)的克隆与序列测定

根据国外发表的 4种来源不同的人尿道致病性大肠杆菌 pap A基因序列 ,在其保守区设计了带有 Sac /Bam H 酶切位点及保护碱基的 1对引物 ,应用 PCR从 1株带有 MRHA特性的鸡大肠杆菌染色体上扩增到 1个阳性产物 ,经酶切、连接、转化和筛选 ,得到 PCR产物的阳性克隆。通过对 PCR产物核酸序列测定 ,确证所扩增和克隆的 DNA片段为 pap

致肾盂肾炎大肠杆菌papA免疫保护作用的初步研究

目的:对致肾盂肾炎大肠杆菌p菌毛的结构基因papA的免疫保护作用进行研究。方法:用PCR方法扩增papA基因,并将554bp扩增产物克隆入真核表达载体pcDNA3,构建重组质粒pCT37作为DNA疫苗,免疫BALB/c小鼠。结果:全菌ELISA测定显示疫苗接种组小鼠血清效价明显高于对照组,分别为1:5750和1:4000(P<0.01)。尿液和肾脏菌落计数在接种组均明显低于对照组(P<0.05),两组动物肾脏病理学检查无明显差别。结论:本研究初步显示了papA良好的免疫保护作用。

用PCR法检测致肾盂肾炎大肠杆菌papA基因

目的：用PCR方法检测致肾盂肾炎大肠杆菌(UPEC)的papA基因，探索建立UPEC的鉴定方法。方法：根据已发表的F13型papA基因序列设计引物，采用PCR方法扩增700bp左右的papA基因，并与血凝试验相比较，用于不同血清型P菌毛菌株和尿源性大肠杆菌的检测。结果：7个血清型P菌毛粘附基因群的papA PCR扩增均出现阳性结果，阴性对照株均无非特异性反应。39株尿源性大肠杆菌中MRHA阳性菌株的检出率为74.4％，papA PCR扩增的阳性率为71.8％，两组结果无显著性差异(P＞0.05)。菌细胞悬液直接用于PCR检测的敏感性为3×105～3×106cfu/ml。结论：papAPCR方法用于UPEC菌株的鉴定有良好的应用前景。

禽致病性大肠杆菌P型菌毛papA基因克隆与基因分型分析

为克隆禽致病性大肠杆菌P型菌毛papA基因,确定其基因分型并分析其变异性,从GenBank数据库中查找大肠杆菌P型菌毛papA基因,并运用Snap Gene 3.2.1软件设计合成3对引物。其中,第1对引物为扩增不同基因分型通用引物,预计扩增片段大小为281 bp;第2对和第3对引物是为了扩增完整papA基因并分析有无变异而设计的,预计扩增片段大小分别为522 bp和943 bp。以禽大肠杆菌HJ2、TK3菌株的基因组为模板进行PCR扩增;将所有扩增片段回收、酶切,并分别与pTG19-T载体进行连接,转化进入DH5α受体菌,提取获得含扩增片段的重组质粒,测序并进行序列分析。结果表明,用引物1从HJ2、TK3菌株的基因组中均扩增获得接近281 bp大小的片段,用引物2则只从HJ2菌株基因组中扩增获得接近522 bp大小的片段,而未能从TK3菌株基因组中扩增出片段;用引物3从TK3菌株基因组中扩增出接近943 bp大小的片段,而未能从HJ2菌株基因组中扩增出产物。经过基因碱基序列分析比对,完整的papA基因则位于943 bp的片段之中,确定HJ2和TK3两个菌株P型菌毛papA基因均属基因11型,但发现二者papA基因存在一定的碱基差异。PapA蛋白氨基酸序列比对发现,同属于基因11型的papA基因编码的PapA蛋白氨基酸序列也存在位点差异。

以PAPA为引发剂的原油破乳剂合成及性能试验

试验以一种新的引发剂 PAPA 与环氧化物(epoxide)聚合(polymerization)，筛选出一种性能良好的破乳剂—RPE(99)21，并对其物理、化学性质和脱水性能的变化规律进行了探讨。

基于PAPA角度探讨加拿大公共图书馆“读写困难症”群体服务

以加拿大公平利用图书馆中心和渥太华公共图书馆、宾顿公共图书馆、奥里利亚公共图书馆、韦塔斯基温公共图书馆作为研究对象,将加拿大公共图书馆界为读写困难症群体服务的方式和梅森PAPA伦理议题相结合,总结加拿大公共图书馆面向读写困难症群体服务并保障该群体阅读权利的成功经验,以期为我国公共图书馆读写困难症群体服务的研究提供一定的借鉴作用。

基于PAPA软件的低年级语文口头作业优化研究

在"减负"背景下,低年级学生口语表达的体验,不但能更好地减轻他们的课业负担,而且有利于提高他们学习语言、运用语言、发展语言的能力。基于PAPA软件来落实口头作业,可以使作业形式多样并举、作业内容更丰富,还能使评价升级、管理创新,这样就达到了优化低年级语文口头作业的目的。

学习与借鉴:平台型居家养老新模式的探索——以美国Papa为例

为探究居家养老模式平台化转型的具体思路与实现路径,以美国创新型居家养老平台Papa为案例,以邱达利的平台画布为工具,简要分析平台的运行模式、结构设计以及盈利模式三方面。从整体的角度总结出其各个模块的可行性、独特性与创新性,为国内居家养老相关企业平台化转型,提供平台结构设计的思路;同时在学术领域为居家养老平台的设计提供了案例分析与经验借鉴,以期协助闲置社会资源实现有效配置、居家养老产业实现全面化、规模化。

把爱经营成财富——访PaPa's总裁李起荣先生

李起荣先生,49岁,PaPa’s集团董事长,韩籍留学生,第一个申请中国绿卡的外国人,一个在中国经营"爱"的外国人。在PaPa’s装饰简单但是很有味道的餐馆,我见到了李先生,他给我的印象,并不像一个商人:一副眼镜,一身朴素的休闲服——街上常有的款式。如果是在大街上,绝对引不起任何人的注意。很难想象,这样一个人,首先在中国申请绿卡。

粗砾运动鞋 Gianpietro Papa设计作品

设计说明Gianpietro Papa设计的鞋款,将动性能与粗犷风格融于一身,面料大比例选用粗粝的皮革材质。鞋款廓型线条流畅,高帮款的超大宽袢带将中部包围,很好地将脚踝部位固定。低帮款,帮面以模块分割的方式,将不同颜色的材料加以拼接,加强帮面的抗压性和保护性。两款鞋锯齿状的鞋底具有弹性,增强了抓地力。

长链非编码RNA PAPAS与口腔鳞状细胞癌临床病理特征及预后的关系

目的:探讨长链非编码RNA(lncRNA)PAPAS与口腔鳞状细胞癌临床病理特征及预后的关系。方法:选取2019年12月至2023年3月收治的60例口腔鳞状细胞癌和对应癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析癌组织和癌旁组织lncRNA PAPAS表达水平。分析lncRNA PAPAS表达水平与口腔鳞癌患者临床病理特征的关系。并采用Kaplan-Meier分析口腔鳞癌患者3年生存情况,COX回归分析影响口腔鳞癌不良预后发生的危险因素。结果:口腔鳞状细胞癌lncRNA PAPAS表达水平(1.94±0.25)明显高于癌旁组织(1.03±0.12),差异有统计学意义(t=25.940,P<0.05)。低分化患者lncRNA PAPAS表达水平(2.22±0.21)明显高于中高分化患者(1.85±0.16),差异有统计学意义(t=7.632,P<0.05)。淋巴结转移患者lncRNA PAPAS表达水平(2.19±0.24)明显高于未淋巴结转移患者(1.84±0.16),差异有统计学意义(t=6.729,P<0.05)。浸润深度≥5 mm患者lncRNA PAPAS表达水平(2.20±0.20)明显高于未淋巴结转移患者(1.91±0.23),差异有统计学意义(t=4.819,P<0.05)。Ⅲ~Ⅳ期患者lncRNA PAPAS表达水平(2.13±0.22)明显高于Ⅰ~Ⅱ期患者(1.96±0.26),差异有统计学意义(t=2.427,P<0.05)。lncRNA PAPAS高表达组患者3年生存率(37.5%)明显低于低表达组(55.00%),差异有统计学意义(Log-rank=3.145,P<0.05)。淋巴结转移、浸润深度和lncRNA PAPAS表达均是影响口轻鳞状细胞癌患者预后的独立危险因素(P<0.05)。结论:lncRNA PAPAS在口腔鳞癌组织高表达,与肿瘤的浸润深度、淋巴结转移、分化程度和TNM分期有关,其中淋巴结转移、浸润深度和lncRNA PAPAS表达是影响患者预后的独立危险因素。

致肾盂肾炎大肠杆菌papA基因的克隆及序列分析

目的 对致肾盂肾炎大肠杆菌 (UPEC) 132株的papA基因进行克隆和序列分析。方法根据F13型papA基因序列设计引物 ,并在二引物 5′端加上限制性内切酶EcoRⅠ和BamHⅠ的酶切位点。采用此引物扩增 132菌株p菌毛粘附基因群的papA基因 ,扩增产物克隆入质粒 ,选取阳性重组质粒进行核苷酸序列分析。结果 UPEC132株经PCR法扩增获得约 70 0bp的papA片段 ,经克隆获得阳性重组质粒pCT2 0 ,对其进行序列分析显示papA编码 184个氨基酸多肽 ,与UPECJ96株papA相比较同源性达 98%以上 ,于 +4 3位和 +73位的错义突变对该菌毛的免疫学特性没有影响 ,保守的信号肽序列 16位出现同义突变 , 3位缺失三联体密码使 1, 3位切割三联体由ANN变为ANV。结论 pa pA信号肽序列变异可能影响其正确的切割 ,致使 132株 (Mr为 16 6× 10 3)和J96株 (Mr为 19 6× 10 3)p菌毛蛋白的相对分子质量不同。

长链非编码RNA PAPAS对口腔鳞状细胞癌增殖、侵袭和上皮-间充质转化的影响

目的观察长链非编码RNA(lncRNA)PAPAS对口腔鳞状细胞癌增殖、侵袭和上皮-间充质转化的影响。方法选取河南大学淮河医院2015年10月至2019年10月收集的58例口腔鳞状细胞癌及其癌旁组织作为研究对象,采用荧光定量聚合酶链反应(PCR)分析lncRNA PAPAS表达水平;人口腔鳞状细胞HSC-4分为lncRNA对照组和短发卡RNA(shRNA)PAPAS组。采用细胞计数试剂(CCK-8)和克隆形成实验分析两组细胞增殖;采用Transwell分析分析两组细胞侵袭;采用蛋白质免疫印迹(Western blot)分析间质标志物神经性钙黏蛋白(N-cadhenrin)和波形蛋白(Vimentin)及上皮性标志物上皮性钙黏蛋白(E-cadherin)表达水平。组间计量资料比较采用t检验。结果癌旁组织中lncRNA PAPAS表达水平(1.24±0.21)明显低于口腔鳞状细胞癌组织(3.09±0.31),差异有统计学意义(t=3.018,P<0.05)。lncRNA对照组细胞48 h吸光度值(2.17±0.28)明显高于shRNA PAPAS组细胞(1.52±0.19),差异有统计学意义(t=3.819,P<0.05)。克隆形成实验结果显示,lncRNA对照组细胞克隆形成率[(85.28±6.99)%]明显高于shRNA PAPAS组细胞[(38.19±3.61)%],差异有统计学意义(t=5.882,P<0.05)。lncRNA对照组细胞迁移数量[(152.37±10.29)个]明显高于shRNA PAPAS组细胞[(87.33±7.49)个],差异有统计学意义(t=4.398,P<0.05)。lncRNA对照组细胞上皮细胞标志物E-cadherin表达水平(1.09±0.14)明显低于shRNA PAPAS组细胞(2.58±0.20),差异有统计学意义(t=3.609,P<0.05)。lncRNA对照组细胞间质细胞标志物N-cadhenrin和Vimentin表达水平(1.54±0.13;1.29±0.16)明显低于shRNA PAPAS组细胞(0.63±0.11;0.72±0.17),差异有统计学意义(t=3.018,P<0.05;t=3.237,P<0.05)。生物信息学和双荧光素酶报告基因显示lncRNA PAPAS和miR-34a存在碱基互补,通过海绵吸附调控miR-34a水平。结论lncRNA PAPAS在口腔鳞状细胞癌表达显著上调,通过海绵吸附miR-34a参与口腔鳞状细胞癌的增殖、侵袭和上皮-间充质转化过程。

45株尿道致病性大肠埃希菌papA和papG基因分型研究

大肠埃希菌是尿路感染的主要致病菌，其中85％以上的菌株具有P菌毛，后者可特异性黏附、定植入泌尿道上皮细胞引起尿道上行性感染，这类菌称为尿道致病性大肠埃希菌（Uropathogenic E．coli，UPEC）。P菌毛尖端PapG黏附素是UPEC黏附定植尿道的关键因子，PapG依其受体结合特异性不同分为Ⅰ、Ⅱ型。P菌毛蛋白总量的99．9％是PapA（F抗原），是UPEC血清学分型的基础，现共发现11个血清型，

采用PAPA缓解排水系统最大正压的试验性初探

在超高层等比例试验塔上,采用定流量排水装置排水,考察普通单立管系统在立管底部安装正压衰减器(PAPA)对系统最大正压的影响,并将其与横干管扩径条件下系统最大正压的衰减效果进行对比。结果表明:仅在排水立管底部设置PAPA时系统的最大正压衰减并不明显,其衰减效果较横干管扩径条件下最大正压的衰减效果差。

金葡菌转座子测序文库的构建及促蛋白酶的活性基因鉴定

背景金黄色葡萄球菌能产生多种蛋白酶引起侵袭性感染,转座子测序技术是发掘基因功能的有力工具,从基因组层面分析促进金葡菌蛋白酶活性基因对其预防及治疗具有重要作用。目的构建能用于转座子测序的突变文库,筛选及鉴定促进蛋白水解活性基因。方法采用基因合成及无缝克隆技术构建带有mariner转座酶的质粒pSATn,并使用脱水四环素红霉素诱导转座并富集形成突变文库。通过牛奶平板对金葡菌蛋白酶水解活性相关基因进行筛选并使用半随机PCR对转座子插入位点进行鉴定。结果成功构建转座子末端均带有MmeⅠ酶切位点金葡菌转座子突变文库,共筛选出26株蛋白酶缺陷克隆菌株,涉及22个基因。其中,新基因pde2转座子插入株显示蛋白水解活性减弱,生物被膜形成能力显著增强,大蜡螟幼虫致死能力显著降低的特征。结论本研究构建的转座子突变文库为后续转座子测序技术的开展奠定基础,为了解金葡菌蛋白水解活性调控的分子基础提供了新的见解,新筛选的基因pde2有望成为控制金黄色葡萄球菌感染的新靶标。

棒约翰第四代PAPA熊为圣诞助兴

萌熊出没，Around the world走起!棒约翰为酬谢广大食客对“PAPA十周年庆”的强大热情，并热力助兴即将到来的圣诞、元旦，近日正式发布第四代“泰迪PAPA熊”。2013年11月25日至2014年1月19日，享用任意圣诞套餐，即可抢夺最萌小熊!