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落葵薯DNA条形码筛选及其近缘植物的分子鉴定
被引量:
3
1
作者
杨丽莹
苏荣坤
+2 位作者
蔡宇忆
叶永浩
李书渊
《中药材》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第6期1236-1240,共5页
目的:利用DNA条形码鉴定落葵薯及其近缘植物。方法:对来自不同产地的28份落葵薯及其近缘植物的核基因ITS序列和ITS2序列、叶绿体基因matK序列、psbA-trnH序列和rbcL序列进行PCR扩增并测序,比较不同序列的PCR成功率及测序成功率,对各序...
目的:利用DNA条形码鉴定落葵薯及其近缘植物。方法:对来自不同产地的28份落葵薯及其近缘植物的核基因ITS序列和ITS2序列、叶绿体基因matK序列、psbA-trnH序列和rbcL序列进行PCR扩增并测序,比较不同序列的PCR成功率及测序成功率,对各序列进行种内和种间变异分析,Barcoding gap检验,以及构建NJ树聚类分析,评估不同序列对落葵薯及其近缘植物的鉴别能力。结果:经PCR扩增、测序后发现落葵psbA-trnH序列出现碱基缺失事件,其他序列均扩增、测序成功;matK序列和rbcL序列的测序成功率均为100%,ITS序列和ITS2序列的测序成功率分别为78.75%和64.28%;4条序列中,ITS序列和matK序列的种内和种间距离分别在barcoding gap检验中明显分离;从NJ树来看,ITS序列、matK序列均可区分落葵薯及其近缘植物。结论:建议采用ITS序列及matK序列作为落葵薯及其近缘植物鉴定的DNA条形码。
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关键词
落葵薯
DNA条形码
ITS
ITS2
MATK
RBCL
pbsa-trnh
下载PDF
职称材料
基于三种分子标记的栽培金鸡菊遗传多样性及亲缘关系分析
被引量:
2
2
作者
孙浩男
李蓉
+4 位作者
王鑫
周欣莹
李明阳
刘冬云
李鹤
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期2922-2936,共15页
利用ISSR、核基因ITS2、叶绿体基因psbA-trnH和trnL-F三种分子标记对100个国内外广为种植的栽培金鸡菊(Coreopsis)种质进行遗传多样性和亲缘关系分析,以期为栽培金鸡菊的分类鉴定、育种及指纹图谱构建提供更多分子依据。结果表明:三种...
利用ISSR、核基因ITS2、叶绿体基因psbA-trnH和trnL-F三种分子标记对100个国内外广为种植的栽培金鸡菊(Coreopsis)种质进行遗传多样性和亲缘关系分析,以期为栽培金鸡菊的分类鉴定、育种及指纹图谱构建提供更多分子依据。结果表明:三种分子标记均显示沙漠金鸡菊与其余材料亲缘关系较远;12条ISSR引物扩增出总条带153个,多态性条带149个,多态性条带百分比为97.39%,在遗传距离为0.664处整体可划分为4类;ITS2,psbA-trnH和trnL-F序列大小分别为171 bp~175 bp,252 bp~426 bp和698 bp~703 bp;基于psbA-trnH和trnL-F序列的母系溯源整体可分为6类,二者合并后定义了9个单倍型,两色组和歧序组是具有特殊舌状花色的金鸡菊品种重要的母系材料,轮叶金鸡菊‘月光’和短毛金鸡菊‘虹光’等品种源于远缘杂交;ITS2序列将整体划分为5类,定义了63个单倍型,大部分单倍型只对应一个种质,ITS2序列有望作为金鸡菊品种鉴定的DNA条形码。
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关键词
金鸡菊
ISSR
PSBA-TRNH
TRNL-F
ITS2
遗传多样性
亲缘关系
下载PDF
职称材料
基于trnH-pbsA序列的8种葱属植物系统遗传多样性分析
被引量:
4
3
作者
杨平
张边江
+3 位作者
周峰
王立科
王海鸥
陈全战
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期2882-2887,共6页
本研究主要通过对薤白、蒜、大葱、香葱、蒙古韭、阿拉善韭、宽叶韭、黄花葱8种葱属植物trnH-pbsA基因片段进行PCR扩增并测序,使用clustal X1.83、MEGA6.06等软件进行序列分析并构建系统进化树。PCR扩增显示宽叶韭未检出条带,其余7种葱...
本研究主要通过对薤白、蒜、大葱、香葱、蒙古韭、阿拉善韭、宽叶韭、黄花葱8种葱属植物trnH-pbsA基因片段进行PCR扩增并测序,使用clustal X1.83、MEGA6.06等软件进行序列分析并构建系统进化树。PCR扩增显示宽叶韭未检出条带,其余7种葱属植物的trnH-pbsA序列长度在618 bp到626 bp之间,经MEGA6.06软件处理分析得到636个位点,序列中共501个保守位点,107个变异位点和104个简约信息位点。GC含量在34.9%~35.8%之间,种间的遗传距离在0.000~0.166之间,同源性在80%~99%之间。分子进化树表明,薤白与其余7种葱属植物分开,蒙古韭和阿拉善韭自展支持率为48%,蒜和香葱自展支持率为18%。薤白与其余7种葱属植物亲缘关系较远,大葱和香葱亲缘关系较近。
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关键词
葱属
trnH-pbsA
进化树
原文传递
题名
落葵薯DNA条形码筛选及其近缘植物的分子鉴定
被引量:
3
1
作者
杨丽莹
苏荣坤
蔡宇忆
叶永浩
李书渊
机构
广东药科大学
香港大学
出处
《中药材》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第6期1236-1240,共5页
基金
项目基金:广东地方习用中药饮片质量标准研究(20134815026)
文摘
目的:利用DNA条形码鉴定落葵薯及其近缘植物。方法:对来自不同产地的28份落葵薯及其近缘植物的核基因ITS序列和ITS2序列、叶绿体基因matK序列、psbA-trnH序列和rbcL序列进行PCR扩增并测序,比较不同序列的PCR成功率及测序成功率,对各序列进行种内和种间变异分析,Barcoding gap检验,以及构建NJ树聚类分析,评估不同序列对落葵薯及其近缘植物的鉴别能力。结果:经PCR扩增、测序后发现落葵psbA-trnH序列出现碱基缺失事件,其他序列均扩增、测序成功;matK序列和rbcL序列的测序成功率均为100%,ITS序列和ITS2序列的测序成功率分别为78.75%和64.28%;4条序列中,ITS序列和matK序列的种内和种间距离分别在barcoding gap检验中明显分离;从NJ树来看,ITS序列、matK序列均可区分落葵薯及其近缘植物。结论:建议采用ITS序列及matK序列作为落葵薯及其近缘植物鉴定的DNA条形码。
关键词
落葵薯
DNA条形码
ITS
ITS2
MATK
RBCL
pbsa-trnh
Keywords
Anredera cordifolia(Tenore) Steenis
DNA barcode
ITS
ITS2
matK
rbcL
psbA-trnH
分类号
R282.5 [医药卫生—中药学]
下载PDF
职称材料
题名
基于三种分子标记的栽培金鸡菊遗传多样性及亲缘关系分析
被引量:
2
2
作者
孙浩男
李蓉
王鑫
周欣莹
李明阳
刘冬云
李鹤
机构
河北农业大学园林与旅游学院
天津泰达园艺有限公司
出处
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022年第11期2922-2936,共15页
基金
河北省重点研发计划项目(20326339D)
现代林业学科群建设基金(XK1008601519)资助。
文摘
利用ISSR、核基因ITS2、叶绿体基因psbA-trnH和trnL-F三种分子标记对100个国内外广为种植的栽培金鸡菊(Coreopsis)种质进行遗传多样性和亲缘关系分析,以期为栽培金鸡菊的分类鉴定、育种及指纹图谱构建提供更多分子依据。结果表明:三种分子标记均显示沙漠金鸡菊与其余材料亲缘关系较远;12条ISSR引物扩增出总条带153个,多态性条带149个,多态性条带百分比为97.39%,在遗传距离为0.664处整体可划分为4类;ITS2,psbA-trnH和trnL-F序列大小分别为171 bp~175 bp,252 bp~426 bp和698 bp~703 bp;基于psbA-trnH和trnL-F序列的母系溯源整体可分为6类,二者合并后定义了9个单倍型,两色组和歧序组是具有特殊舌状花色的金鸡菊品种重要的母系材料,轮叶金鸡菊‘月光’和短毛金鸡菊‘虹光’等品种源于远缘杂交;ITS2序列将整体划分为5类,定义了63个单倍型,大部分单倍型只对应一个种质,ITS2序列有望作为金鸡菊品种鉴定的DNA条形码。
关键词
金鸡菊
ISSR
PSBA-TRNH
TRNL-F
ITS2
遗传多样性
亲缘关系
Keywords
Coreopsis
ISSR
pbsa-trnh
trnL-F
ITS
Genetic diversity
Genetic relationship
分类号
Q37 [生物学—遗传学]
下载PDF
职称材料
题名
基于trnH-pbsA序列的8种葱属植物系统遗传多样性分析
被引量:
4
3
作者
杨平
张边江
周峰
王立科
王海鸥
陈全战
机构
南京晓庄学院
出处
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2016年第10期2882-2887,共6页
基金
国家自然科学青年基金项目(31301592)
江苏省教育厅高校自然基金项目(14KJB210005)
南京晓庄学院校级项目(2013NXY38)共同资助
文摘
本研究主要通过对薤白、蒜、大葱、香葱、蒙古韭、阿拉善韭、宽叶韭、黄花葱8种葱属植物trnH-pbsA基因片段进行PCR扩增并测序,使用clustal X1.83、MEGA6.06等软件进行序列分析并构建系统进化树。PCR扩增显示宽叶韭未检出条带,其余7种葱属植物的trnH-pbsA序列长度在618 bp到626 bp之间,经MEGA6.06软件处理分析得到636个位点,序列中共501个保守位点,107个变异位点和104个简约信息位点。GC含量在34.9%~35.8%之间,种间的遗传距离在0.000~0.166之间,同源性在80%~99%之间。分子进化树表明,薤白与其余7种葱属植物分开,蒙古韭和阿拉善韭自展支持率为48%,蒜和香葱自展支持率为18%。薤白与其余7种葱属植物亲缘关系较远,大葱和香葱亲缘关系较近。
关键词
葱属
trnH-pbsA
进化树
Keywords
Allium L.
trnH-pbsA
Phylogenetic tree
分类号
Q943 [生物学—植物学]
原文传递
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
落葵薯DNA条形码筛选及其近缘植物的分子鉴定
杨丽莹
苏荣坤
蔡宇忆
叶永浩
李书渊
《中药材》
CAS
CSCD
北大核心
2016
3
下载PDF
职称材料
2
基于三种分子标记的栽培金鸡菊遗传多样性及亲缘关系分析
孙浩男
李蓉
王鑫
周欣莹
李明阳
刘冬云
李鹤
《草地学报》
CAS
CSCD
北大核心
2022
2
下载PDF
职称材料
3
基于trnH-pbsA序列的8种葱属植物系统遗传多样性分析
杨平
张边江
周峰
王立科
王海鸥
陈全战
《分子植物育种》
CAS
CSCD
北大核心
2016
4
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