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2023年湖州市区pdm09 H1N1流感病毒NA基因特征分析
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作者 沈樟 徐德顺 《现代实用医学》 2024年第7期904-906,共3页
pdm09 H1N1流感病毒自2009年爆发引起全球大流行,目前已成为流感流行常见亚型之一[1]。该病毒包含由8个基因片段,其中神经氨酸酶(neuraminidase,NA)是嵌入流感病毒包膜表面的一种重要的功能糖蛋白[2]。主要负责成熟病毒从宿主细胞中释放... pdm09 H1N1流感病毒自2009年爆发引起全球大流行,目前已成为流感流行常见亚型之一[1]。该病毒包含由8个基因片段,其中神经氨酸酶(neuraminidase,NA)是嵌入流感病毒包膜表面的一种重要的功能糖蛋白[2]。主要负责成熟病毒从宿主细胞中释放,在感染下一个宿主细胞进行复制转录,最终使机体出现临床症状和体征[3]。 展开更多
关键词 流感病毒 pdm09h1n1 基因变异 神经氨酸酶
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2022-2023年山东省A(H1N1)pdm09流感病毒HA、NA基因变异特征分析
2
作者 吴巨龙 张淑 +4 位作者 何玉洁 孙林 宋绍霞 孙文魁 刘倜 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期471-477,共7页
目的 了解山东省2022-2023流感监测年度分离的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的变异特征,为流感的防控提供科学依据。方法 从流感监测网络实验室分离的流感毒株中按地市随机选取1... 目的 了解山东省2022-2023流感监测年度分离的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的变异特征,为流感的防控提供科学依据。方法 从流感监测网络实验室分离的流感毒株中按地市随机选取14株A(H1N1)pdm09亚型流感毒株,以WHO推荐的当季疫苗株为参考进行全基因组测序,并采用荧光法开展神经氨酸酶抑制(neuraminidase inhibition,NI)实验以评估药物敏感性。结果 山东省2022-2023年度分离的A(H1N1)pdm09流感病毒属于6B.1A分支中的5a.2a进化簇,核苷酸序列比对分析显示,HA和NA基因与2021-2023年度北半球疫苗株A/Victoria/2570/2019的亲缘关系较为接近,同源性分别为98.5%~98.7%和98.8%~99.1%。氨基酸序列分析显示,HA蛋白有20个位点发生了氨基酸序列变异,并发现1株病毒可能发生抗原漂移,有3株病毒发生了HA蛋白糖基化位点的缺失。NA酶相关重要位点未发生变异。NI实验显示,所测流感毒株均对抗流感病毒药物敏感。结论 所监测毒株与疫苗株整体同源性很高,但氨基酸存在一定程度变异,今后有必要持续开展流感病毒基因变异特征监测以了解流感流行的风险,以及评价基因变异对流感疫苗和治疗药物效果的影响。 展开更多
关键词 甲型H1N1pdm09流感 HA基因 NA基因 基因变异
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2017-2019年呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒基因特征分析 被引量:1
3
作者 刘东洋 杨月清 +6 位作者 樊红霞 罗云 杨海荣 郝建峰 李海玲 刘艳超 高玉敏 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期376-382,共7页
目的了解呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒遗传进化特征及抗原位点、糖基化位点和耐药位点的变异情况,为流感防控提供科学依据。方法采集2017-2019年呼和浩特市3家哨点医院的流感样病例(ILI)咽拭子标本进行核酸检测,阳性样本通过MDC... 目的了解呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒遗传进化特征及抗原位点、糖基化位点和耐药位点的变异情况,为流感防控提供科学依据。方法采集2017-2019年呼和浩特市3家哨点医院的流感样病例(ILI)咽拭子标本进行核酸检测,阳性样本通过MDCK细胞和鸡胚进行病毒分离。随机抽取15株甲型A(H1N1)pdm09流感毒株进行基因测序分析。采用MEGA7.0.14软件、DNASTAR7.0.1软件和NetNGlyc1.0软件进行基因进化树分析、核苷酸同源性分析和糖基化位点分析。结果呼和浩特市2017-2019年15株甲型A(H1N1)pdm09分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018和A/Michigan/45/2015共同属于6B.1分支。各年度分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018的组间遗传距离分别为0.004、0.011和0.013。相较于疫苗株A/California/07/2009和A/Michigan/45/2015,2017年起甲型A(H1N1)pdm09病毒抗原位点变异较大,但与疫苗株A/Brisbane/02/2018相比并未发生抗原漂移现象,与疫苗株匹配效果较好。分离株与疫苗株A/California/07/2009相比多了糖基化位点162NQS/T。分离株与神经氨酸酶抑制剂耐药相关的9个关键氨基酸位点没有发生变异。结论随着时间推移,呼和浩特市甲型A(H1N1)pdm09流感病毒与疫苗株的基因相似性逐渐降低,提示呼和浩特市病毒在不断进化中,应持续监测。本次研究中的分离株与WHO推荐的2019-2020年北半球疫苗株A/Brisbane/02/2018相比未发生抗原漂移现象,WHO推荐的疫苗株对目前流行的甲型A(H1N1)pdm09流感仍有较好的保护效果。所有分离株NA基因均未发生H275Y耐药突变,提示呼和浩特市流行的甲型A(H1N1)pdm09流感仍然对奥司他韦等NA抑制剂药物敏感。 展开更多
关键词 甲型A(H1N1)pdm09 流感病毒 血凝素 神经氨酸酶 基因特征
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江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析 被引量:14
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作者 资海荣 郭艳 +5 位作者 邓斐 余慧燕 王慎骄 汤奋扬 祁贤 卫平民 《南京医科大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期812-822,共11页
目的 :分析江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)变异情况,分析其遗传进化特征。方法 :按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培... 目的 :分析江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)变异情况,分析其遗传进化特征。方法 :按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培养及亚型鉴定。选取2013年不同时间段、不同地区具有代表性的14株甲型H1N1(09pdm)阳性毒株,利用特异性引物扩增HA、NA基因,测序并分析其遗传进化特征。结果 :14株分离毒株与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~98.4%和96.5%~98.0%。NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.9%和97.0%~98.5%。遗传进化分析表明,14株分离株HA和NA基因分属于不同的进化谱系。分子特征表现为HA氨基酸序列出现D114N、K300E、E516K的变异,NA分子特征表现为N44S位点变异。从2013年左右开始甲型H1N1(09pdm)流感基因多样性增加;通过FEL模型得到一个正向压力选择HA氨基酸位点310,一个正向压力选择NA氨基酸位点4,通过REL模型得到9个正向压力选择HA氨基酸位点179、180、239、301、303、310、311、312、313(含位点310),5个正向压力选择NA氨基酸位点4、23、52、287、374(含位点4)。HA蛋白具有9个潜在糖基化位点,7个位于HA1上,2个位于HA2上;NA蛋白共有9个潜在糖基化位点。14株分离毒株在NA蛋白酶活性中心及周围辅助位点上均未发现变异。结论:2013年江苏省甲型H1N1(09pdm)流感HA、NA基因变异加快,遗传多样性增加,未来的遗传进化值得进一步关注。 展开更多
关键词 甲型H1N1(09pdm) 血凝素 神经氨酸酶 分子特征
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2009—2012年广东省发热呼吸道综合征病毒性病原谱分析 被引量:6
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作者 王雅静 武婕 +5 位作者 康敏 郑小凌 王冰姝 钟昱文 陈惠珍 沈秀婷 《广东医学》 CAS 北大核心 2016年第8期1197-1202,共6页
目的分析广东省发热呼吸道综合征病毒性病原谱,为了解呼吸道病毒在广东省人群中的流行进化规律、提高广东省不明原因肺炎的临床诊疗及疫苗的研发提供重要的实验室依据。方法收集2009—2012年广东省东西南北中5个城市的1 484份住院发热... 目的分析广东省发热呼吸道综合征病毒性病原谱,为了解呼吸道病毒在广东省人群中的流行进化规律、提高广东省不明原因肺炎的临床诊疗及疫苗的研发提供重要的实验室依据。方法收集2009—2012年广东省东西南北中5个城市的1 484份住院发热呼吸道标本,应用自行设计的实时荧光定量PCR引物和探针,对流感病毒(Flu)、腺病毒(ADV)、呼吸道合胞病毒(RSV)、偏肺病毒(MPV)、副流感病毒(PIV)、博卡病毒(Bo V)和冠状病毒(Co V)等7种常见呼吸道病毒进行检测。结果 Flu是这4年广东省人群发热呼吸道综合征的主要病毒性病原体,有季节分布规律(2—3月、7—8月和11—12月高发)和年龄分布规律(在〈1岁的婴儿中高发),但没有明显的性别分布差异。ADV、RSV、PIV、MPV和Bo V这5种病毒的阳性率均没有明显的季节分布规律和性别差异,但有年龄分布特征:ADV在〈1岁的婴儿中高发,RSV、PIV、MPV和Bo V这4种病毒均在1-2岁的幼儿中高发。Co V没有明显的年龄分布特征,但有年份分布特征,阳性率从2009—2012年呈现逐年上升的趋势。这7种病毒均存在交叉感染现象,Bo V的交叉感染率最高,Flu的交叉感染率最低。结论广东省发热呼吸道综合征存在多种病毒性病原体,ADV、RSV、MPV、PIV和Bo V这5种病毒在广东省这4年的进化处于平缓阶段,而Flu和Co V每年均在变化,需加强多种呼吸道病毒的监测。 展开更多
关键词 呼吸道病毒 发热 H1N1pdm09流感病毒
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2018-2019年广西A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性分析 被引量:2
6
作者 闭福银 陈敏 +3 位作者 张超 何为涛 陈敏玫 康宁 《应用预防医学》 2021年第6期479-482,共4页
目的了解广西壮族自治区2018-2019年人群A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性。方法对2018-2019年广西分离的199株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒株用血凝抑制试验进行抗原分析,并对其中的15株进行HA基因序列测定分析。结果抗原分析... 目的了解广西壮族自治区2018-2019年人群A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性及HA基因特性。方法对2018-2019年广西分离的199株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒株用血凝抑制试验进行抗原分析,并对其中的15株进行HA基因序列测定分析。结果抗原分析的199毒株中有196株与疫苗株A/Michigan/45/2015类似,占98.49%。广西15株毒株的HA基因核苷酸序列与疫苗株A/Michigan/45/2015的同源性为97.83%~98.50%,氨基酸同源性为98.19%~99.10%。与疫苗株相比,广西15株毒株HA基因均存在S74R、S164T和I295V 3个氨基酸位点变异。广西毒株与疫苗株HA1的糖基化位点预测结果一致。系统进化显示广西毒株与疫苗株的HA基因均属于6B.1分支。结论 2018-2019年广西流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015组分匹配良好。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09亚型流感病毒 抗原性 血凝素 基因特性
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2016-2020年福建省A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因特征分析
7
作者 陈宏彬 鄢育青 +3 位作者 张炎华 林琦 吴晶晶 修文琼 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期988-995,共8页
目的分析2016-2020年福建省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的血凝素(Hemagglutinin,HA)基因特征,了解与其他省份和全球范围内时间和空间上的分布差异。方法选取2016-2020年福建省流感监测网络实验室分离A(H1N1)pdm09流感毒株基因序列测定。... 目的分析2016-2020年福建省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的血凝素(Hemagglutinin,HA)基因特征,了解与其他省份和全球范围内时间和空间上的分布差异。方法选取2016-2020年福建省流感监测网络实验室分离A(H1N1)pdm09流感毒株基因序列测定。基因序列用MEGA、Net NGlyc 1.0 Server分析基因特征。结果2016-2020年福建省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒HA基因进化树分析与其他省份及国外大部分一致,但仍有少部分不同。HA分支由6B转化为6B.1并演化至6B.1A5A。HA基因变异主要在抗原性决定簇Sa、Ca、Sb。对于不同地区疫苗株匹配度也会有差异。结论福建省A(H_(1)N_(1))pdm09病毒流行株具有遗传多样性。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09亚型流感病毒 血凝素 序列分析
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2018-2019监测年度吉林省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性和基因特性分析
8
作者 柳鸿敏 李静 +3 位作者 侯程程 武月婷 李响 杨显达 《中国实验诊断学》 2020年第8期1297-1300,共4页
目的了解吉林省2018-2019监测年度A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性变异情况。方法用血凝抑制的方法对2018-2019监测年度分离的92株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行抗原分析,用深度测序的方法对17株病毒进行序列测定,然后进行... 目的了解吉林省2018-2019监测年度A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性变异情况。方法用血凝抑制的方法对2018-2019监测年度分离的92株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行抗原分析,用深度测序的方法对17株病毒进行序列测定,然后进行基因特性分析。结果抗原分析结果显示,检测的92株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与参考株A/Michigan/45/2015(H1pdm)比较,效价均无>8倍差异,抗原性相似。序列分析的结果显示,与WHO推荐北半球疫苗株比较,HA具有高度的同源性。结论2018-2019监测年度吉林省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和HA基因特性没有发生明显变异。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09亚型流感病毒 抗原性 基因特性
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2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09流感病毒基因特性分析 被引量:2
9
作者 孙初阳 崔磊 +3 位作者 潘家兴 王如敏 马焱 李丹丹 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期532-537,共6页
目的分析海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据。方法选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测... 目的分析海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据。方法选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNASTAR7.0.1软件进行基因特性分析。结果2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与国际疫苗株A/Brisbane/02/2018的血凝素基因(Hemagglutinin HA)和神经氨酸酶基因(Neuraminidase NA)均在核苷酸进化树6B.1分支上。海南分离株与疫苗株A/Brisbane/02/2018 HA基因核苷酸和氨基酸同源性范围分别为98.5%~99.1%和97.7%~99.1%,对神经氨酸酶抑制剂敏感,HA基因在Sa抗原决定簇NQT162-164有共同变异位点,N162位点的变异增加了1个潜在糖基化位点。Sb抗原决定簇K156位点发生变异的分离株为参考血清A/Brisbane/02/2018的低反应株,其余分离株均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。结论2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗组分匹配。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09亚型流感病毒 抗原性 基因特性 血凝素 神经氨酸酶
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携带H1N1 pdm09基因的重配猪流感病毒分子流行特征研究进展 被引量:1
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作者 余良政 丁仰保 +9 位作者 何剑桥 刘林林 崔柏杨 郭嘉宁 曾昊 郭金凡 韦祖樟 欧阳康 黄伟坚 陈樱 《动物医学进展》 北大核心 2021年第3期87-91,共5页
在2009年甲型H1N1流感(H1N1 pdm09)大流行暴发初期,该病毒就已经成功地潜入到了猪群当中,继而参与到了猪流感病毒(SIV)的进化过程,通过不断地重配和适应,促进了新型SIV变异毒株的产生。目前,世界各地的猪群中普遍流行着携带有H1N1 pdm0... 在2009年甲型H1N1流感(H1N1 pdm09)大流行暴发初期,该病毒就已经成功地潜入到了猪群当中,继而参与到了猪流感病毒(SIV)的进化过程,通过不断地重配和适应,促进了新型SIV变异毒株的产生。目前,世界各地的猪群中普遍流行着携带有H1N1 pdm09基因片段的新型SIV,其重配形式呈现多样化。值得一提的是,由于H1N1 pdm09毒株的内部基因具有广泛的基因相容性,不同亚型、不同谱系的人源流感病毒、禽源流感病毒和本地猪流感病毒更倾向与它们优先发生重组。重配后的子代病毒较亲本毒株容易获得选择优势,能够在猪群中建立稳定的遗传谱系。研究发现H1N1 pdm09部分独特的内部基因片段在其高效的人际间传播过程中发挥着决定性的作用。一旦这类新型SIV成功突破种间屏障,获得适应新的哺乳动物的能力,将会对人类健康造成潜在的威胁。论文综述了携带有H1N1 pdm09基因的新型重配SIV的分子流行情况,特别就H1N1 pdm09内部基因与重组病毒致病性、传播能力等相关的分子基础进行了系统地综述,为防控新型SIV的暴发和保障公共卫生安全提供依据。 展开更多
关键词 H1N1 pdm09 基因 重配猪流感病毒 分子流行特征
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2016—2019年深圳市盐田区新甲型H1N1流感病毒HA基因特征研究 被引量:1
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作者 崔栋 肖娜 +4 位作者 杨晓华 钟冠南 顾嘉颖 洪文腾 曾凡竹 《应用预防医学》 2022年第4期307-311,共5页
目的了解深圳市盐田区近年度A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因特征。方法选取盐田区2016—2019年监测年度分离的34株A(H1N1)pdm09流感病毒毒株,PCR扩增HA基因并测序,构建进化树,进行糖基化位点、抗原变异位点和受体结合位点等变异分析。结果... 目的了解深圳市盐田区近年度A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因特征。方法选取盐田区2016—2019年监测年度分离的34株A(H1N1)pdm09流感病毒毒株,PCR扩增HA基因并测序,构建进化树,进行糖基化位点、抗原变异位点和受体结合位点等变异分析。结果分析的34株毒株均分布在流感病毒的6B分支,2016年上半年5株分布在6B.2簇;2016年下半年及2017年度毒株分布在6B.1簇;2018—2019年度毒株分布在6B.1A簇,其中有5株为6B.1A.1型,3株为6B.1A.5a型。与同年疫苗株比较,盐田区A(H1N1)pdm09流感毒株3个受体结合部位的氨基酸均没有发生变异。D222和Q223没有出现变异。HA1与HA2的裂解点,R327和G328没有出现变异。所有毒株在潜在糖基化位点10NNST、11NTSD、23NVTV、87NGTC、276NTTC、287NTSL、481NGTY和540NGSL等保持稳定;有31个分离株多出1个位于Sa抗原决定簇内的糖基化位点162NQSY(与疫苗株A/Michigan/45/2015一致)或162NQTY(与疫苗株A/Brisbane/02/2018一致)。结论盐田区A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因及其氨基酸持续变异,应持续监测流感病毒,为科学防控提供依据。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09流感 血凝素 HA基因
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Seroprevalence study of infection with influenza A(H1N1)pdm09 virus in San Felipe Town, Chile
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作者 Olea Andrea Fasce Rodrigo +18 位作者 Aguilera Ximena Oliva Otavio Munoz Sergio Garcia Maritza Pedroni Elena Najera Manuel Guerrero Andrea Bustos Patricia Mora Judith Vega Jeanette Cerda Jaime Abarca Katia McCarron Meg Widdowson Marc-Alain Castillo Ernesto Alvarado Sergio Quijada Sandra Gallegos Doris Gonzalez Claudia 《World Journal of Cardiovascular Diseases》 2013年第7期476-482,共7页
Objective: To know the natural history of the first wave of pandemic influenza A(H1N1)pdm09 in the Southern hemisphere, through the detection of antibodies against influenza A(H1N1)pdm09 in a selected community, to es... Objective: To know the natural history of the first wave of pandemic influenza A(H1N1)pdm09 in the Southern hemisphere, through the detection of antibodies against influenza A(H1N1)pdm09 in a selected community, to estimate the population attack rate and its variations, the consultation rates, hospitallization and mortality rates. Methodology: A representative random sample of the population of a commune in Chile (San Felipe) was interviewed and taken blood samples between January and March 2010. A study against the antibodies of the influenza A(H1N1) pdm09 virus was conducted, by the technique of the Hemaglutination Inhibition (HAI) according to standardized methodology. Subjects with antibody titers ≥1:40 were considered positive. Results: 13.5% of the population of San Felipe had antibodies against influenza A(H1N1)pdm09;this percentage reached 30% of the population between 0 and 18 years and 6.1% among those over 19 years. The age variable was the only factor that evidenced significant differences in the prevalence of antibodies. There were no significant differences related to gender, vaccination history against seasonal inluenza, or comorbidity. 51% of people with positive serology showed IN-FLUENZA-LIKE SYMPTOMS. Conclusions: A relevant percentage of subclinical disease was detected in the first pandemic wave in Chile and the proportion of people with SARI and deaths was small. Data from epidemiological surveillance were useful to estimate the trend of TSI but not its magnitude. 展开更多
关键词 Influenza A(H1N1)pdm09 Influenza Seroprevalence
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贵州省2022-2023年流感季A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性和血凝素基因特征
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作者 庄丽 柯倩 +1 位作者 郑菊 韦小瑜 《中国疫苗和免疫》 CSCD 北大核心 2024年第3期278-282,共5页
目的了解贵州省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性和血凝素(Hemagglutinin,HA)基因特征。方法选取贵州省流感监测点2022年10月至2023年3月A(H1N1)pdm09亚型流感病毒分离株,采用红细胞凝集抑制试验检测抗原性,测定HA全基因组序列,构建遗传... 目的了解贵州省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性和血凝素(Hemagglutinin,HA)基因特征。方法选取贵州省流感监测点2022年10月至2023年3月A(H1N1)pdm09亚型流感病毒分离株,采用红细胞凝集抑制试验检测抗原性,测定HA全基因组序列,构建遗传进化树,分析核苷酸同源性和氨基酸位点变异。结果共获得78株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒,均鉴定为疫苗类似株。22株毒株获得HA全基因组序列,与疫苗株的核苷酸同源性为97.28%-99.14%;其中6B.1A.5a.2a、6B.1A.5a进化分支分别为19株、3株;19株发生Sb抗原决定簇的A186T和Q189E氨基酸替换并分布在1个抗原决定簇,3株发生Sa抗原决定簇的K156N和I161L氨基酸替换并分布在1个抗原决定簇。19株发生190位螺旋(184-191)A186T和Q189E以及220位环E224A氨基酸替换,3株发生220位环D222Y氨基酸替换,均发生在HA1区域。未发现糖基化位点变异。结论贵州省2022-2023年流感季A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与疫苗株匹配性良好,但存在部分氨基酸位点变异。需加强流感病毒监测及其抗原性和基因序列分析,以利于流感防控策略制定和流感疫苗株筛选。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09亚型流感病毒 抗原性 血凝素 基因特征
原文传递
浙江省湖州市A(H1N1)pdm09流感病毒耐药基因的变异分析
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作者 徐德顺 查赟峰 卢忠豪 《上海预防医学》 CAS 2024年第6期517-522,共6页
【目的】了解浙江省湖州市2023年A(H1N1) pdm09流感流行株耐药基因变异和遗传进化特征。【方法】收集2家流感监测医院的呼吸道标本进行A(H1N1) pdm09流感病毒核酸检测,阳性标本接种MDCK细胞进行流感病毒分离和测序。应用DNA Star 7.1软... 【目的】了解浙江省湖州市2023年A(H1N1) pdm09流感流行株耐药基因变异和遗传进化特征。【方法】收集2家流感监测医院的呼吸道标本进行A(H1N1) pdm09流感病毒核酸检测,阳性标本接种MDCK细胞进行流感病毒分离和测序。应用DNA Star 7.1软件和Mega4.0软件对神经氨酸酶(NA)基因酶活性位点和M2离子通道蛋白(M2蛋白)与耐药相关的氨基酸位点进行分析。【结果】分离株与疫苗株的NA基因核苷酸同源性范围为98.87%~99.22%,氨基酸同源性范围为98.94%~99.36%。M基因核苷酸同源性范围为99.07%~99.85%,氨基酸同源性范围为99.02%~99.94%,分离株和疫苗株同属于6B.1A.5a.2a进化分支。NA基因酶活性中心关键位点氨基酸仍高度保守,与NA抑制剂耐药相关的9个关键氨基酸位点无变异,但部分流行株非酶活性位点发生一些变异。分离株M2蛋白与耐药相关的5个氨基酸位点未发生替换,但第31位氨基酸由丝氨酸变为天冬酰胺。【结论】2023年湖州市A(H1N1) pdm09流行株与世界卫生组织(WHO)推荐的2023—2024年疫苗株有较高的同源性。所有流行株均对金刚烷胺类药物耐药。 展开更多
关键词 流感病毒 A(H1N1)pdm09 耐药性 基因变异 M蛋白 神经氨酸酶
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1例A(H1N1)pdm09流感重症病例感染株病毒基因组学变异特征分析
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作者 曹蓝 陈艺韵 +6 位作者 马蒙蒙 周腾飞 夏丹 刘艳慧 李魁彪 狄飚 秦鹏哲 《华南预防医学》 2024年第4期375-379,共5页
目的通过比较1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与轻型感染株及疫苗株的病毒遗传进化和基因变异差异,探讨重症流感病毒基因组学特点。方法收集流感监测哨点医院重症流感病例和轻型流感样病例的呼吸道样本,全基因组序列测序后,通过生物信息... 目的通过比较1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与轻型感染株及疫苗株的病毒遗传进化和基因变异差异,探讨重症流感病毒基因组学特点。方法收集流感监测哨点医院重症流感病例和轻型流感样病例的呼吸道样本,全基因组序列测序后,通过生物信息学软件对流感病毒的遗传进化和基因变异特征进行分析。结果1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与同期流行的8株轻型毒株病毒核苷酸同源性差异最大的为HA基因(97.0%~99.9%),差异最小的为PB2基因(98.9%~100.0%)。病毒株各基因片段与A/Brisbane/02/2018疫苗株同源性普遍高于与A/Michigan/45/2015疫苗株的同源性。氨基酸位点分析上,重症毒株携带有特异的氨基酸变异位点,分别位于HA蛋白K521R、NP蛋白A129S和NS蛋白L52I/S87P/M104I。在遗传进化特征上,重症毒株HA和NA基因均位于6B.1A.5a进化分支,不同于大部分轻型病毒株。重症毒株与轻型病毒株NA蛋白神经氨酸酶催化位均未发生变异。结论重症流感病毒株位于6B.1A.5a进化分支,与轻型流感病毒株进化分支不同。重症毒株在HA蛋白、NP蛋白和NS蛋白发生特异性氨基酸突变,建议应持续密切关注重症流感病毒基因变异特点。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09流感病毒 重症流感 基因组变异 遗传进化
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长沙市2016-2023年A(H1N1)pdm09流感病毒血凝素基因进化特征
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作者 刘晓蕾 叶文 +3 位作者 袁洁 裴瑞青 黄政 徐明忠 《中国热带医学》 CAS 2023年第11期1151-1156,共6页
目的 分析2016-2023年度长沙市A(H1N1)pdm09流感病毒的血凝素(hemagglutinin, HA)基因特征,了解HA基因遗传进化趋势和氨基酸突变情况,为新形势下流感疫情的防控、流感疫苗筛选提供科学依据。方法 无特定病原(specific pathogen free, S... 目的 分析2016-2023年度长沙市A(H1N1)pdm09流感病毒的血凝素(hemagglutinin, HA)基因特征,了解HA基因遗传进化趋势和氨基酸突变情况,为新形势下流感疫情的防控、流感疫苗筛选提供科学依据。方法 无特定病原(specific pathogen free, SPF)鸡胚分离法获得2016-2023年长沙市的A(H1N1)pdm09流感病毒毒株,使用Illumina公司的MiSeq对其进行二代测序测定。借助DNAStar中MegAlign软件分析HA基因的同源性,构建进化树使用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 11(MEGA11)软件中的Neighbor Joining(NJ)法进行。结果 2016-2023年长沙市的A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因同源性为94.8%~99.9%,HA基因同源性逐年降低。2016-2023年度长沙市A(H1N1)pdm09分离株与WHO疫苗推荐株同源性为96.8%~99.0%,流感分离株与疫苗推荐株匹配性相对较好。长沙市的A(H1N1)pdm09流感病毒HA基因进化树显示其在6B分支中进化出多个不同分支,目前已进化到6B.1A.5a.2a分支。HA 4个抗原决定簇氨基酸位点不断发生变异,目前4个抗原决定簇中的15个抗原位点氨基酸发生突变,分离株在2023年新出现的A186T抗原变异位点近期值得关注。受体结合位点在130环相对保守,220环零星发生氨基酸变异,190环氨基酸变异位点是否日趋稳定还需加强监测。以A/California/07/2009(CY121680)为参考株,近年来长沙市大部分A(HlNl)pdm09分离株增加了162 NQTY糖基化位点,减少了276 NTTC糖基化位点,目前这2个位点的糖基化变异日趋稳定。结论 长沙市A(H1N1)pdm09病毒HA基因不断进化变异,提示病毒有逃逸免疫反应可能,我们应持续加强流感监测。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09 HA基因 进化特征
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2017~2018监测年度中国大陆A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性和基因特性分析 被引量:15
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作者 成艳辉 刘佳 +7 位作者 谭敏菊 隗合江 肖宁 李希妍 赵翔 杨磊 黄维娟 王大燕 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第3期431-439,共9页
甲型流感病毒易发生基因的突变或重配,曾多次引起世界性大流行,导致严重的疾病负担。为分析2017~2018监测年度我国大陆流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性变异情况以及与疫苗株的匹配性,用免疫雪貂后的抗血清进行红细... 甲型流感病毒易发生基因的突变或重配,曾多次引起世界性大流行,导致严重的疾病负担。为分析2017~2018监测年度我国大陆流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性变异情况以及与疫苗株的匹配性,用免疫雪貂后的抗血清进行红细胞凝集抑制试验,对1 079株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行抗原分析,用深度测序法对其中121株流感病毒进行序列测定。抗原分析结果显示,2017~2018年检测的95%以上的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015抗原性类似。序列分析结果显示,2017~2018年流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的血凝素(Hemagglutinin,HA)基因分为6B.1和6B.2两个分支,绝大部分毒株属于6B.1分支,少数毒株属于6B.2分支,两个分支间毒株的抗原性无明显差异。因此,上述监测结果表明,2017~2018年我国大陆流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的北半球的疫苗组分匹配。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09亚型流感病毒 抗原性 基因特性
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2018—2019流感监测年度中国大陆A(H1N1)pdm09流感病毒的抗原和基因特性分析 被引量:4
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作者 谭敏菊 成艳辉 +6 位作者 李希妍 隗合江 刘佳 赵翔 肖宁 王大燕 黄维娟 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2020年第6期610-615,共6页
目的分析2018—2019流感监测年度中国大陆分离的A(H1N1)pdm09流感病毒的抗原和基因特性。方法用红细胞凝集抑制试验对2018—2019流感监测年度的2 958株A(H1N1)pdm09流感病毒进行抗原分析,对其中的279株A(H1N1)pdm09流感病毒的血凝素(hem... 目的分析2018—2019流感监测年度中国大陆分离的A(H1N1)pdm09流感病毒的抗原和基因特性。方法用红细胞凝集抑制试验对2018—2019流感监测年度的2 958株A(H1N1)pdm09流感病毒进行抗原分析,对其中的279株A(H1N1)pdm09流感病毒的血凝素(hemagglutinin, HA基)因进行了序列测定和分析,并选取流行优势分支的代表株与免疫疫苗后的人血清进行抗原分析。结果检测的2 861株(97%,2 861/2 958)A(H1N1)pdm09流感病毒与疫苗株A/Michigan/45/2015抗原性类似,测序毒株的HA基因均属于6B.1分支,其中269株(96%,269/279)属于6B.1A分支,与疫苗株相比具有S74R、S164T、I295V氨基酸位点的共同变异,6B.1A分支中存在多个有共同氨基酸位点变异的小分支,并且具有S183P氨基酸位点变异的毒株占测序毒株的51%。用免疫疫苗后的人血清进行抗原分析的结果显示血清能抑制绝大部分的流行代表株。结论 2018—2019流感监测年度中国大陆流行的A(H1N1)pdm09流感病毒与同期的疫苗株抗原性匹配,但HA基因存在多样性的特点。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09流感病毒 抗原性 基因特性
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2019-2020年山东省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性及血凝素基因特征分析 被引量:3
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作者 吴巨龙 寇增强 +4 位作者 孙林 宋绍霞 何玉洁 张玉薇 刘倜 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第8期884-887,892,共5页
目的了解山东省2019-2020年分离株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性及血凝素(hemagglutinin, HA)基因变异情况。方法采用单向红细胞凝集抑制试验对2019-2020监测年分离的15株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行抗原性分析;PCR扩增病毒的HA... 目的了解山东省2019-2020年分离株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性及血凝素(hemagglutinin, HA)基因变异情况。方法采用单向红细胞凝集抑制试验对2019-2020监测年分离的15株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行抗原性分析;PCR扩增病毒的HA基因并测序,进行进化分析,以及糖基化位点、抗原变异位点、受体结合位点的变异分析。结果 2019-2020年流行株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。HA基因均属于6B.1分支,毒株HA基因核苷酸序列与当季疫苗株A/Brisbane/02/2018的同源性为98.5%~99.0%,与最新疫苗株A/Guangdong-Maonan/SWL1536/2019的核苷酸同源性为99.3%~99.8%。所有毒株与当季疫苗株相比均出现了T185I位点变异。结论 2019-2020监测年度山东省流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的疫苗组分匹配性良好,疫苗株推荐存在滞后性。HA基因与其编码的氨基酸持续变异,因此应加强对病毒变异的监测,为疫苗筛选及流感防控措施的制定提供参考。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09流感 血凝素 HA基因 抗原性
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2018-2019年四川省A(H1N1)pdm09流感病毒抗原性及基因特性分析 被引量:1
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作者 杨慧萍 徐佳楠 +4 位作者 童文彬 刘李 马小珍 潘明 李天舒 《中华实验和临床病毒学杂志》 CAS CSCD 2019年第6期580-585,共6页
目的 了解2018-2019监测年度四川省人群A(H1N1)pdm09流感病毒的流行特点,明确当前流行株和疫苗株及国内外代表株的匹配情况及其抗原性和基因特性变异情况。方法 选取四川省流感网络实验室于2018年4月至2019年3月分离的A(H1N1)pdm09流感... 目的 了解2018-2019监测年度四川省人群A(H1N1)pdm09流感病毒的流行特点,明确当前流行株和疫苗株及国内外代表株的匹配情况及其抗原性和基因特性变异情况。方法 选取四川省流感网络实验室于2018年4月至2019年3月分离的A(H1N1)pdm09流感病毒株118株,利用红细胞凝集抑制试验进行抗原分析。并对其中16株低反应株的血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因进行序列测定,采用BioEdit和MEGA5.0软件进行系统进化分析及氨基酸位点变异分析。结果 检测的95%以上的A(H1N1)pdm09流感病毒抗原性与疫苗株A/Michigan/45/2 015类似。HA基因特性分析显示,与疫苗株相比的4株低反应株分别在HA蛋白的Sa区、Sb区和Cb区发生了各一处氨基酸位点变异。15株低反应株均属6B.1分支,与国内外同期流行的代表株A/beijin-xicheng/SWL1633/2018和A/brisbane/02/2018进化关系最近。与A/sichuan/1/2009相比,在抗原决定区域(Sa区、Sb区、Ca和Cb区)和非决定区域分别发生了共6个和14个氨基酸位点共有突变。16株低反应株均在受体结合部位190螺旋发生了1处氨基酸位点变异。NA基因上耐药相关的氨基酸位点未发生变异。结论 2018-2019监测年度在四川省流行的A(H1N1)pdm09流感病毒与国内外流行特征一致,与WHO推荐的北半球的疫苗组分匹配。与2009年在国内首次分离的A(H1N1)pdm09流感病毒株A/sichuan/1/2009相比,在HA蛋白的抗原决定区和受体结合位点及NA蛋白的跨膜区、药物和抗体结合位点均发生基因变异。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09流感病毒 抗原性 基因特性
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