牡丹矮化品种亲缘关系的AFLP分析

利用荧光标记AFLP技术,采用8对M+3和P+3引物组合对4个牡丹野生种和26个矮化及高大品种间的亲缘关系进行了分析.共获得1 133条可统计的条带,其中948条呈多态性,多态性带百分率达84%,揭示了牡丹组植物丰富的遗传多样性.聚类结果表明:在受试的4个牡丹野生种中,与栽培牡丹亲缘关系从近到远依次为:杨山牡丹、矮牡丹、紫斑牡丹和卵叶牡丹;矮牡丹和卵叶牡丹有较近的亲缘关系.牡丹品种间的聚类结果表明,部分矮化品种、高大品种分别相聚,而一些矮化与高大品种也相聚.不同相似系数的遗传聚类划分与株高间并没有完全一致的关系,但在其他性状相差不大时,株高相近的品种间亲缘关系相对较近.

基于线粒体D-loop基因序列研究我国5种虾虎鱼类的系统进化关系

利用PCR技术扩增河川沙塘鳢(Odontobutis potamophila)、鸭绿沙塘鳢(Odontobutis yaluensis)、中华沙塘鳢(Odontobutis sinensis)、葛氏鲈塘鳢(Perccottus glenii)及尖头塘鳢(Eleotris oxycephala)的线粒体D-loop区并测序,获得河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、葛氏鲈塘鳢及尖头塘鳢线粒体D-loop区全序列分别为853bp、853bp、1028bp、852bp、848bp,结合GenBank中平头沙塘鳢(Odontobutis platycephala)、刺盖塘鳢(Eleotris acanthopoma)、黑体塘鳢(Eleotris melanosoma)、褐塘鳢(Eleotris fusca)、中华乌塘鳢(Bostrychussinensis)、云斑尖塘鳢(Oxyeleotris marmorata)、溪鳢(Rhyacichthys aspro))等7种虾虎鱼类同源的D-loop区序列,分析了这12种虾虎鱼类的系统发育关系。所使用的同源序列长度为832～846bp,其中保守位点452个,变异位点405个,简约信息位点258个,单态位点145个,转换/颠换平均值为0.8。基于Kimura2-parameter模型的12种虾虎鱼类遗传距离范围为0.043～0.312,在Kimura2-parameter模型构建的邻接树和非加权配对法系统树中,河川沙塘鳢、鸭绿沙塘鳢、中华沙塘鳢、平头沙塘鳢聚为一大支,刺盖塘鳢、黑体塘鳢、褐塘鳢、尖头塘鳢、溪鳢、葛氏鲈塘鳢聚为另一支。

不同地理种群银杏大蚕蛾COI基因序列变异与遗传分化

银杏大蚕蛾Caligula japonica是亚洲东部的特有种，既是一种重要的林业害虫，也是一种珍贵的野生蚕类资源。为了揭示银杏大蚕蛾地理种群间的内在联系，测定了我同分布的12个地理种群的线粒体细胞色素氧化酶C亚基I（COI）基因部分序列（GenBank登录号：FJ358506-FJ358517），对地理种群间的序列变异和遗传分化进行了分析。结果表明：银杏大蚕蛾地理种群间的COI序列同源性高达99％～100％，显示出比较小的遗传差异。序列对准后从供试COI序列中仅鉴定出9个变异位点和6个单元型，其中3种是共享单元型。系统发育分析结果表明种群间已经按地理位置形成了一定的地理格局，AMOVA分析显示北方组和南方组之间已经具有明显的遗传分化（FST=0．478，P〈0．001）。综合分析，我们认为北方组和南方组之间的遗传分化町能与差异巨大的生态条件有关。研究结果为银杏大蚕蛾的种群遗传学和生态学研究提供了一个基本的分子生物学线索。

秆野螟属部分种的线粒体COⅡ基因序列分析及其分子系统学(鳞翅目：草螟科)

本文利用mtDNA-COⅡ基因序列,研究了中国分布秆野螟属Ostrinia 8种螟虫的分子系统学和系统分化。结果表明：秆野螟属昆虫COⅡ基因序列全长682bp,共编码227个氨基酸,8种昆虫12个样品中核苷酸多态性位点百分率为8.2%,氨基酸突变率为2.2%。同种内不同种群间的遗传距离小于种间距离,种内不同地理种群间的遗传距离在0-0.0044之间,种间遗传距离在0.0015-0.063之间。基因变异转换数（Ts）明显高于颠换数（Tv）。分别采用UPGMA法、NJ法和MP法构建的分子系统树显示,种间进化关系基本一致：秆野螟属8种昆虫明显分为2个大群,虎杖螟O.latipennis与其他7种亲缘关系最远,单独形成一个群;在另外1个大群中又分为3个亚群,亚洲玉米螟O.furnacalis不同地理种群首先聚在一起形成1个亚群,酒花螟O.kurentzovi与麻螟O.narynensis亲缘关系最近,聚在一起形成的分支又与欧洲玉米螟O.nubilalis、苍耳螟O.orientalis和豆秆野螟O.scapulalis聚在一起形成1个亚群,刺菜螟O.zealis在该大群内与其他种亲缘关系最远,单独形成1个亚群。

云南25份石榴资源的RAPD分析

用RAPD标记技术分析了25份云南地方石榴材料(品种或类型)的亲缘关系,从128个随机引物中筛选出12个重复性好、条带清晰的多态性引物,并用这些引物对25份云南石榴材料进行RAPD扩增,共扩增出110条谱带,平均每个引物9.17条。多态性程度达到71.8%。用Statistic分析软件计算出的遗传距离为0.027～0.342,对25份材料进行了UPGA法聚类,亲缘关系树状图显示,25份云南石榴材料的遗传背景较复杂,难以划分类群。研究结果与生产上根据风味、花色、皮色、子粒颜色、核软硬程度等某一性状及栽培目的的分类方法不一致。

片形吸虫线粒体nad1基因的序列分析及种系发育

为阐明来自中国、尼日尔、法国和美国的片形吸虫分离株在线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸(NADH)脱氢酶亚单位1基因(nad1)部分序列(pnad1)的遗传变异情况,并以pnad1序列进行种系发育研究,利用PCR扩增了中国、尼日尔、法国和美国片形吸虫分离株的pnad1序列并与GenBankTM中片形吸虫相应序列进行了比较,进行了种系发育分析。结果显示,所有片形吸虫样品的pnad1序列长度均为446 bp,中国、尼日尔、法国和美国肝片吸虫分离株与GenBankTM公布的肝片吸虫相应序列的种内变异为0.2%～0.7%,0.2%～0.9%,0.9%～2.0%,0.2%～0.9%;中国及尼日尔大片吸虫分离株与已报道的大片吸虫相应序列的种内变异为1.8%～2.7%,1.8%～3.4%;中国中间型虫株与中国及尼日尔大片吸虫分离株以及网上报道的大片吸虫的序列差异为5.6%～6.3%,5.6%～7.8%,5.7%～8.1%。中间型片形吸虫在遗传学上介于大片吸虫与肝片吸虫之间,但与大片吸虫的遗传关系更近。表明,片形吸虫pnad1序列可作为种间鉴定及种内遗传变异研究的标记;在中国的确存在中间型片形吸虫。

果胶酶高产菌株EIM－6的筛选鉴定及其液体发酵产酶条件优化

通过筛选得到一株适合液体深层发酵培养的高产果胶酶菌株EIM-6,基于形态学与ITS序列分子系统进化分析,鉴定为Aspergillus niger.运用单因子实验确定EIM-6产果胶酶最适碳源和氮源.在此基础上,通过Plackett-Burrman设计对影响其产酶的相关因素进行评估并筛选出具有显著效应的3个因素.然后通过最陡爬坡实验在上升最高点处由中心组合实验和响应面分析确定其最适产酶条件.实验优化的最优产酶条件为:w(橘皮粉)4.09%,w(麸皮)3.16%,w((NH4)2SO4)0.35%,w(K2HPO4)0.3%,w(CaCO3)0.24%,初始pH 6,接种量107/mL,转速250 r/min,28℃培养80 h酶活达30 231 U/mL,与初始相比,酶活提高2.07倍.

DNA分子标记技术在龙胆鉴别与亲缘关系划分上的应用

研究东北产药材龙胆的鉴别方法及其亲缘关系,用分子生物学技术对东北产药材龙胆的3个不同品种进行了DNA提取和RAPD及ISSR分析。应用RAPD法从80个随机引物中找出了3种引物(S-76,S-69,S-64)来标记3种龙胆发现这3种引物能把供试的3种龙胆全部区分开。同时应用ISSR法从7个引物中筛选出4个引物能扩增出稳定遗传多态性引物,共扩增出44条DNA条片段,其中同源片段有22个,特异片段有12个,多态片段为10个。用这些引物扩增出的指纹图谱进行聚类分析,得出了相同的结论,即在3种龙胆中,条叶龙胆,龙胆亲缘关系较近,三花龙胆与二者亲缘关系较远。结果表明分子标记技术可用于龙胆的鉴别,亲缘关系划分。

微生物燃料电池中一株产电菌Citrobacter freundii的分离及特性研究

通过形态、生理生化特性及系统进化分析表明,从微生物燃料电池中分离出的产电菌株LY-3与弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)最相近,将其命名为Citrobacter freundii LY-3。循环伏安扫描显示,该菌株具有电化学活性,在微生物燃料电池中,以牛肉膏为燃料产生的最大电压为0.43V,最大功率密度为98.2mW/m2。

产几丁质酶酵母菌的筛选与鉴定

从番茄果实表面筛选到1株产几丁质酶酵母菌株CY-6,该菌株产生的几丁质酶对番茄镰刀菌果腐病菌(Fusarium oxysporum)有较强的抗菌活性并具有较广的抗菌谱。形态及生理生化特征测定结果表明:菌株CY-6与伊萨酵母属(Issatchenkia)中的陆生伊萨酵母(I.terricola)种的特征基本一致;测定了该菌株的26S rDNAD1/D2区域序列并根据26S rDNA构建了系统发育树;在系统发育树中,菌株CY-6与陆生伊萨酵母形成一个类群,序列同源性高达99.6%。因此,将菌株CY-6鉴定为陆生伊萨酵母。

淮南猪IL-2全基因的克隆与遗传进化分析

参照GenBank发表的猪IL-2cDNA基因序列,设计1对引物,将河南地方品种淮南猪脾淋巴细胞在伴刀豆球蛋白A(Con A)的刺激下体外培养27 h后,提取激活淋巴细胞总RNA,进行反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,克隆到pGEM-T Easy载体上并测序。测序结果显示,克隆的HuainanPIL-2 cDNA全长为516 bp,开放阅读框(ORF)包含465bp,编码154个氨基酸,分子量为17.4 kDa,等电点为5.27,疏水氨基酸38.3%,亲水氨基酸42.0%,碱性氨基酸11%,酸性氨基酸23%。此cDNA与已报道的猪IL-2同源性为100%,与猫、牛、鸡、狗、鸭、山羊、马、人、家鼠等的IL-2基因进行比较分析,核苷酸同源性分别为83.7%,82.6%,28.2%,80.6%,29.6%,83.4%,81.3%,82.0%,61.5%。

六株H4N6亚型水禽禽流感病毒分离株NA基因的进化分析

为了丰富禽流感病毒(AIV)神经氨酸酶(NA)的分子流行病学资料,通过对2002～2007年分离自华东地区家鸭的6株稀有H4N6亚型低致病性AIV的NA基因序列进行的分析,发现病毒NA基因全长约1464～1465bp,开放阅读框(ORF)都位于NA基因的19～1431位,长度均为1413bp。6株病毒NA基因之间的同源性为90.8%～99.8%,其中5株病毒NA基因的同源性非常高,达到96.0%～99.8%,但另外1株与其他病毒NA基因的同源性相对较低,介于90.8%～92.2%,进一步分析表明该病毒可能来源于其他地区禽类。对NA基因的推导氨基酸分析表明,ORF编码470个氨基酸,NA没有发生茎部缺失。研究结果表明,水禽内的H4N6亚型禽流感病毒进化相对比较缓慢。

海葵目4种海葵线粒体cyt b基因的序列分析

采用CTAB法提取浙江沿海海葵目4种海葵的基因组,PCR获取4种海葵的线粒体cytb基因的部分序列(1Kb左右),经序列比对,并利用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)进行了系统发育关系的分析.结果发现,红海葵(Actinia equine)、黄侧花海葵(Anthopleu raxanthogrammica)及绿疣海葵(Anthopleura midori)3种海葵与已知的海葵科物种老年细指海葵(Metridiumsenile)的Cytb基因序列相似性分别均为88%、87.6%和86.9%.NJ法和MP法建立的分子系统树显示,3种海葵与海葵科物种首先聚支,属于同一分类单元.星虫状海葵(Edwardsia sipunculoides)现有分类地位属于爱氏海葵科,但在上述两种分子聚类分析中,均较海葵科物种老年细指海葵更先归入海葵科聚支,其置信度在NJ和MP中分别高达到100%、99%的自引导值.因此,星虫状海葵所在的艾氏属(Edwardsia),归入海葵科较为合理.

克里雅河下游地区封闭人群常染色体基因座D5S818、D7S820和D13S317遗传多态性

目的:研究克里雅封闭人群与新疆地区相关民族之间的相互关系。方法:以居住于塔克拉玛干沙漠中克里雅河下游地区封闭人群(80例)为研究对象,采用基因扫描技术对D5S818、D7S820和D13S317 3个常染色体STR基因座进行基因扫描,观察其遗传多态性。以Shriver的Dsw法计算克里雅封闭人群与相关人群之间的遗传距离,用Neighbor-Joining法构建系统发育树。结果:获得了克里雅封闭人群的D5S818、D7S820和D13S317 3个STR基因座等位基因频率;根据等位基因频率计算的群体之间遗传距离显示,克里雅封闭人群在D5S818、D5S820和D13S317 3个STR基因座上的遗传结构与新疆地区的乌兹别克族的遗传结构最为接近。结论:克里雅封闭人群与新疆地区的乌兹别克人群亲缘关系最近,推测可能来源于相同的祖先群体。

绿头鸭线粒体ND2基因全序列测定及其研究

[目的]分析绿头鸭的系统进化关系。[方法]用PCR产物直接测序的方法,测得4只绿头鸭线粒体ND2基因全序列,结合Gen-Bank中已公布河鸭属野鸭ND2基因全序列,基于N-J法和MP法构建河鸭属野鸭系统进化树。[结果]4只绿头鸭ND2基因序列完全一致,其全长为1 041 bp,碱基A、G、T、C含量分别为28.91%、13.35%、20.75%和36.98%,A+T含量约等于C+G;绿头鸭ND2基因序列与斑嘴鸭完全相同,与其他野鸭的同源性较高。系统进化树结果表明,绿头鸭与斑嘴鸭关系密切,两者共享一个单倍型,它们与棕颈鸭、针尾鸭及绿翅鸭同属于进化枝A。[结论]家鸭可能由绿头鸭和斑嘴鸭驯化而来。

小溪自然保护区嗜盐及耐盐菌抗菌活性筛选及生物学特征

以8个敏感菌株(3株革兰阳性菌、3株革兰阴性菌和2株真菌)作为指示菌,采用管碟法对分离自湖南小溪自然保护区普通非盐环境(ordinary non-saline environment)土样中的114株嗜盐及耐盐细菌(含放线菌)进行抗菌活性筛选,并对抗菌活性较强的菌株进行了基于16S rRNA基因序列的系统发育分析和生物学特性研究。结果显示,74株受试菌株的发酵产物具有抗菌活性,阳性率为64.9%。综合分析形态特征、生理生化特征和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析数据,表明9株具有较强抗菌活性的菌株分别属于Bacillus属(JSM 081049、JSM 082021-1、JSM 082056、JSM 082080、JSM 082081-1、JSM 082097)、Arthrobacter属(JSM082018)、Brachybacterium属(JSM082044)和Streptomyces属(JSM082030)。

鹅Ⅰ型禽副粘病毒GPMV/QY97-1株HN基因的克隆和序列分析

在华南地区进行鹅病病因的调查过程中,从患病鹅群中分离到一株对鹅和鸡都有致病力的病毒,初步判定该病毒属于Ⅰ型禽副粘病毒,命名为GPMV/QY97-1株。以GPMV/QY97-1毒株的基因组RNA为模板,通过RT-PCR方法,扩增出血凝素-神经氨酸酶(HN)基因3′端和5′端的cDNA片段,分别将其克隆至pGEM-TEasy载体中,对其进行序列测定。序列分析表明,HN基因的cDNA全长为2024nt,编码571个氨基酸。序列中含有13个半胱氨酸残基和6个潜在的糖基化位点,其HN基因及编码蛋白结构与新城疫病毒株相符。将GPMV/QY97-1株HN基因序列和推导的氨基酸序列与新城疫病毒株的HN基因相应序列做比较后发现,它们的核苷酸序列同源性分别在89 6%～83 6%,氨基酸序列同源性在93 3%～87 9%。在同源性比较的基础上,进一步绘制了Ⅰ型禽副粘病毒株HN基因的系统发育树。这对于Ⅰ型禽副粘病毒毒力基因的功能分析和该病的分子流行病学调查有着重要意义。

基于NRPS功能基因筛选鉴定盐生海芦笋内生细菌的研究

本研究从盐生海芦笋中分离得到两株具有抑菌活性的内生细菌YK-7、YK-10,利用形态学观察、分子生物学方法与生理生化实验对其进行鉴定,并对其发酵产物进行了预测与验证。结果表明两株菌株分别为解淀粉芽胞杆菌亚种(Bacillus amyloliquefaciens subsp.Plantarum)以及阿氏芽孢杆菌(Bacillus aryabhattai)。通过PCR扩增非核糖体多肽合成酶(NRPS)基因,发现菌株YK-7含有NRPS基因片段,经系统发育树分析,预测该菌株可能产生环脂肽类化合物Surfactin,进一步对该菌株发酵产物进行电喷雾质谱(Electrospray mass,ESI-MS)分析证实了预测结果。该研究结果证实了从基因预测化合物的结构类型对于定向筛选有价值的化合物具有重要意义。

琼氏不动杆菌形态型Ⅰ的主要性状及系统发育分析

从以败血症感染为特征的石鲽(KareiusbicoloratusL.)中,检出了原发感染的杀鲑气单胞菌(Aeromonassalmonicida),同时还在个别病死鱼中检出了作为继发感染的另一种病原菌。经对6株纯培养菌在形态特征、理化特性等方面的鉴定,表明其为不动杆菌属(AcinetobacterBrisouand Pr啨vot1954)的琼氏不动杆菌(A.juniiBouvetandGrimont1986),但该菌表现在普通营养琼脂培养基28℃培养呈典型形态特征、在37℃培养时出现异常形态;择一个代表菌株(HQ010320B1株)送中国典型培养物保藏中心(CCTCC)予以复核鉴定与分类定名,鉴定为琼氏不动杆菌新形态型菌株并定名为琼氏不动杆菌形态型Ⅰ(AcinetobacterjuniimorphovarⅠ)。同时又择代表菌株(HQ010320B1株)进行了16SrRNA基因序列测定及系统发育分析,其基因序列长度为1427bp(在GenBank登录号为AY787213),与检索出的不动杆菌属细菌序列同源性均在97%～99%。构建了系统发育树。