绵羊PIK3R3基因克隆、生物信息学及组织表达分析

实验旨在克隆绵羊PIK3R3基因,并对其进行生物信息学和组织表达分析。以敖汉细毛羊为实验对象,利用PCR技术克隆绵羊PIK3R3基因,利用生物信息学软件分析PIK3R3蛋白的结构和功能,并用实时荧光定量PCR技术检测PIK3R3基因mRNA在绵羊不同器官中的表达水平。结果表明:绵羊PIK3R3基因核苷酸序列与山羊的同源性较高,达到99.9%。PIK3R3基因编码蛋白是一种结构较不稳定、等电点为5.75的亲水性蛋白,由461个氨基酸组成;PIK3R3蛋白的二级结构主要由α-螺旋构成,主要存在于细胞质;三级结构与二级结构预测一致;没有信号肽,没有跨膜结构域;PIK3R3基因mRNA在绵羊多个器官中均有表达,其中在腹部皮肤中的表达量显著高于其他器官,肩部皮肤次之,说明PIK3R3基因可能与皮肤的生长发育有重大联系。本实验对绵羊PIK3R3蛋白的功能进行了基础研究,可为探究绵羊PIK3R3基因在皮肤生长发育过程中的调控作用提供参考。

PIK3CA基因在妇科肿瘤中的突变情况及其与患者中位生存时间的关系

目的探讨PIK3CA在妇科肿瘤中的基因突变情况,并分析其与患者生存时间的关系。方法选取2017年1月至2021年1月广东药科大学附属第一医院妇科收治的110例妇科肿瘤患者的肿瘤组织样本,其中子宫内膜癌30例、宫颈癌40例、卵巢癌40例。检测110例妇科肿瘤患者PIK3CA基因突变,分析其与患者预后的关系。结果110例患者中PIK3CA基因突变61例(55.45%),最常见的碱基突变为:c.G1633A。宫颈癌和卵巢癌中PIk3CA突变率较高,分别为57.5%和67.5%。宫颈癌和卵巢癌患者癌组织与癌旁组织PIK3CA基因突变发生率比较,差异有统计学意义(P<0.05)。宫颈癌和卵巢癌PIK3CA突变型患者生存时间短于PIK3CA野生型,差异有高度统计学意义(P<0.01);子宫内膜癌PIK3CA突变型与野生型比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论在妇科肿瘤中存在PIk3CA基因突变,其中在卵巢癌和宫颈癌中尤为多见,并与患者生存时间有密切关系。

利用HRM功能标记检测黑龙江省水稻抗稻瘟病基因Pita和pik的基因型分布

为明确Pita及pik基因在黑龙江省水稻种质资源中的分布情况,本研究以67份黑龙江省主栽品种及优异种质资源作为试验材料,通过HRM技术,利用Pita及pik的HRM功能型分子标记Pita-G/T、Pik2-C/T,对67份材料进行基因分型。结果表明,67份种质中,含纯合Pita有27份,占参试种质的40.3%;纯合pik有22份,占参试种质的32.9%,同时含有两基因的为12份,比例为17.9%。综上,Pita-G/T及Pik2-C/T标记可以高效准确地对黑龙江水稻资源进行基因分型,同时,通过基因分型,明确了Pita及pik在黑龙江省的分布情况,为抗稻瘟病育种提供了理论基础。

水稻稻瘟病抗性基因座Piz和Pik的探秘之旅

由稻瘟病菌Magnaporthe oryzae引起的稻瘟病是我国乃至世界水稻生产上的重要病害。目前生产上主要有栽培管理、化学药剂和选用抗病品种等防治方法,其中利用抗病基因培育抗病品种已被证实为最经济有效和环境友好的选择。回顾了本课题组在过去10多年利用分子生物学和多组学等研究技术,在抗性基因筛选、鉴定和应用以及抗病机制解析方面的工作。另外,还综述了近年来关于水稻抗性基因和稻瘟病菌无毒基因方面的研究进展,以及与抗病基因Piz-t相关的物质和代谢途径,如五羟色胺和色氨酸途径等。这些信息有望为水稻分子设计抗病育种提供参考。

乳腺癌中PIK3CA基因突变与HER2表达及其基因扩增的关系

目的探讨乳腺癌中PIK3CA基因突变与HER2蛋白表达和基因扩增之间的关系。方法收集134例乳腺癌组织,采用免疫组化EnVision两步法检测HER2蛋白表达,采用FISH法检测HER2基因扩增,运用突变富集液相芯片法检测PIK3CA基因第9、20号外显子的突变状况,分析PIK3CA基因突变与HER2蛋白表达和基因扩增之间的关系。结果 134例乳腺癌组织中,49例检测有PIK3CA基因突变,突变率为36.6%,其中第9号外显子突变者16例(32.7%),20号外显子突变者33例(67.3%),50例(37.3%)检测有HER2基因扩增。在50例HER2基因扩增的病例中12例有PIK3CA基因突变(24.0%),84例无HER2基因扩增的病例中37例有PIK3CA基因突变(44.0%)。有HER2基因扩增的乳腺癌PIK3CA基因突变率较无HER2基因扩增的乳腺癌低,差异具有统计学意义(χ2=5.431,P=0.020)。PIK3CA基因突变与HER2蛋白表达的关系受HER2阳性定义标准的影响,不具有确定性。分别按乳腺癌HER2检测指南(2006版)、乳腺癌HER2检测指南(2009版)及2012年WHO乳腺肿瘤分类标准对入组病例进行分组分析,其中按2006版标准,PIK3CA基因突变率在HER2蛋白表达组间无差异(χ2=2.751,P=0.253);按2009版标准,PIK3CA基因突变率在HER2蛋白表达3+与非3+组间有差异(χ2=5.478,P=0.019);按2012版标准,PIK3CA基因突变率在HER2阳性与阴性组间有差异(χ2=4.286,P=0.038)。结论 PIK3CA基因突变率在FISH检测的HER2基因扩增阳性与阴性之间有差异,HER2基因扩增的乳腺癌PIK3CA基因突变率低,与HER2蛋白表达的关系与阳性判断标准有关。

miR-520a靶基因PIK3CA结合位点多态性与中国汉族人群大肠癌易感性的关联研究

背景与目的：越来越多的研究表明，微小RNA（microRNA，miRNA，miR）靶基因位点的多态性可能会影响miRNA的转录或生成能力，影响个体对肿瘤的易感性。本研究旨在探讨大肠癌患者miR-520a靶基因PIK3CA 3’端单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）位点rs141178472与中国汉族人群大肠癌易感性之间的关系。方法：选取386例大肠癌标本作为实验组，394名年龄及性别比例匹配的非肿瘤个体作为对照组。病例对照研究检测rs141178472的分布频率。统计分析大肠癌易感性与多态性之间的关系。结果：携有rs141178472 CC基因型或C等位基因显著增加了大肠癌的发病风险（CC vs TT，OR=1.716，95%CI：1.084~2.716， P=0.022；C vs T，OR=1.258，95%CI：1.021~1.551，P=0.033）。通过检测大肠癌患者外周血单个核细胞PIK3CA的表达发现，PIK3CA mRNA的表达与SNP基因型rs141178472具有关联性。结论：miR-520a与PIK3CA 3’UTR的SNP位点rs141178472相互作用可能与大肠癌易感性有关。

423例结直肠癌KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因突变与临床病理的关系分析

目的分析结直肠癌(colorectal cancer,CRC)肿瘤组织中KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因突变与临床病理的关系。方法选取2014年7月-2019年5月于解放军总医院第一医学中心行手术切除的423例原发性CRC患者肿瘤组织标本进行回顾性分析,采用扩增阻滞突变系统与Taqman探针相结合的方法检测KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA基因的体细胞突变热点,分析其与临床病理特征的关系。结果423例CRC中,4种基因(KRAS/NRAS/BRAF/PIK3CA)总突变率为58.87%(249/423),其中KRAS突变率为44.68%(189/423),NRAS突变率为4.73%(20/423),BRAF突变率为3.78%(16/423),PIK3CA突变率为5.67%(24/423)。此外还发现KRAS和PIK3CA共同突变率为3.07%(13/423);BRAF和PIK3CA共同突变率为0.95%(4/423)。KRAS基因在脉管内癌栓[OR:0.351,P=0.003]和淋巴结转移[OR:0.583,P=0.006]病例中突变率明显降低;NRAS基因在肿瘤高分化组(OR:5.984,P=0.026)中突变率明显升高。BRAF基因在右半结肠肿瘤中突变频率明显升高[OR:4.286,P=0.005]。KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA基因突变与性别、年龄、肿瘤大小、大体分型、神经侵犯、肝转移和临床分期等因素无关(P均>0.05)。结论本组结直肠癌患者中KRAS、NRAS、BRAF和PIK3CA这4个基因突变与大部分临床病理指标无关,但是KRAS突变较少出现在脉管内癌栓和淋巴结转移患者中,BRAF突变更多地出现在右半结肠。

鼻咽癌组织中PIK3CA基因热点突变区的突变筛查

背景与目的:近期研究发现磷脂酰肌醇激酶-3催化亚单位α基因(phosphatidylinositol3-kinasecatalyticalphapolypeptidegene,PIK3CA)在多种肿瘤中存在高频的体细胞突变,并且突变常发生在PIK3CA的第9外显子和20外显子两个热点突变区。对这两个热点突变的研究表明,这些突变能增强该酶的活性、有助于肿瘤细胞的侵袭、对抗凋亡等。因此提示PIK3CA基因是与多种肿瘤发生、发展相关的癌基因。本研究旨在检测鼻咽癌组织中PIK3CA两个热点突变区的突变,以及该基因的变异与鼻咽癌发病的关系。方法:在鼻咽癌组织及患者外周血中筛查PIK3CA的突变热点区第9外显子和第20外显子。对46例散发性鼻咽癌组织标本采用PCR产物克隆测序,对与之匹配的46例鼻咽癌患者外周血标本和3个鼻咽癌细胞系(CNE1,CNE2,SUNE1),则将PCR产物直接测序。结果:在46例鼻咽癌组织标本中在PIK3CA热点突变区第9号外显子检出2例突变(4.3%):1例为T1563G(521Asn→Lys);另1例为A1646G(549Asp→Gly)。在46例鼻咽癌标本第9外显子中18例检出A1634C-G1658C-del1659T“复合突变”,进一步研究表明该“复合突变”可能为22号染色体上同源区域的序列。在对PIK3CA另外一个突变热点区第20外显子的检测中,46例鼻咽癌组织标本中都没检测到突变。另外,在3个鼻咽癌细胞系和46例鼻咽癌匹配外周血DNA标本用PCR-直接测序法均未检测到第9外显子和第20外显子突变。结论:PIK3CA基因第9外显子与第20外显子鼻咽癌中较少发生突变;克隆测序检测体细胞突变具有更高的敏感性,通过该方法在第9外显子发现的“复合突变”可能是22q11.2的CatEyeSyndromeregion高度同源区域的序列而非PIK3CA基因座的变异。

Nras、Braf、Kras、Pik3ca基因突变检测在大肠癌治疗和预后中的临床价值研究

目的研究Nras、Braf、Kras、Pik3ca基因突变与大肠癌临床病理特征之间的关系。方法随机选择我院2010年2月~2013年8月期间收治的240例大肠癌患者作为研究对象,取术后肿瘤组织标本,检测Nras、Braf、Kras、Pik3ca基因突变并分析其与大肠癌患者临床病理特征之间的关系。随访3年,分析Nras、Braf、Kras、Pik3ca基因突变与患者的3年生存率的关系。结果 240例患者Nras、Braf、Kras、Pik3ca基因突变分别占2.50%、7.92%、43.75%、4.17%。Kras突变合并Pik3ca突变占3.75%。Braf突变合并Pik3ca突变占0.42%。Kras突变合并Nras突变1例,占0.42%。Nras基因突变仅与患者的年龄有关(P<0.05)。Braf基因突变仅与患者的肿瘤原发部位、分化程度以及术后是否复发有关(P<0.05)。Kras基因突变仅与患者的年龄和病灶大小有关(P<0.05)。Pik3ca基因突变与患者的肿瘤原发部位、分化程度有关(P<0.05)。Nras、Braf、Kras和Pik3ca基因突变大肠癌患者的3年生存率均低于野生型,差异有统计学意义(P<0.05)。结论对大肠癌患者行Nras、Braf、Kras、Pik3ca基因突变检测可以为靶向治疗提供科学依据。

靶向PIK3CA和AKT3基因RNA干扰对家兔SCs增殖的影响

PI3K与AKT组成的PI3K-AKT信号通路在细胞的增殖以及凋亡具有重要意义,本试验旨在研究该信号通路在家兔SCs增殖过程中发挥的作用。采用siRNA介导的PIK3CA和AKT3基因进行基因的沉默表达。结果发现对处于对数生长期的细胞转染si-PIK3CA-03或si-AKT3-01后48 h,分别对靶基因和上下游基因PTEN和Fox O1进行qRT-PCR反应,并采用CCK-8试剂盒通过酶标仪检测其在转染si-PIK3CA-03或si-AKT3-01后对细胞增殖能力的影响。结果表明:在转染si-PIK3CA-03后,PIK3CA和AKT3基因的相对表达量均显著下调,PTEN和Fox O1基因的表达量均显著上调;当转染了si-AKT3-01后,PTEN和FoxO1基因表达量均显著上调。表明PTEN、Fox O1基因与PIK3CA、AKT3基因的相对表达量呈负相关。转染实验组OD值显著低于空白对照组(P<0.05),说明通过转染实验下调PIK3CA和AKT3基因表达后,细胞增殖能力均有显著的下降。由此说明,分别抑制表达PIK3CA、AKT3基因后,靶基因的表达量显著下降,家兔SCs的增殖能力也显著下降,说明PIK3CA、AKT3基因能够正向调控肌细胞的增殖。

PIK3CA基因在肝细胞癌的表达和突变

目的检测PIK3CA基因在广西HCC里的表达和突变。方法收集61例手术切除,并经病理证实的肝细胞癌的癌组织及其相应的癌旁组织。用PCR-SSCP法和DNA序列测序对PIK3CA基因的第1、9和20外显子进行检测。另外,用免疫组化SP法检测癌组织和相应癌旁组织里PIK3CA基因的表达。结果PCR-SSCP法和DNA序列测序在肝癌和癌旁组织PIK3CA基因的第1、9和20外显子都没有发现PIK3CA基因点突变,但在25例癌组织第9外显子的序列峰图的末端发现有异常重叠的波峰。用免疫组化SP法检测发现50.81%癌组织里存在PIK3CA基因的高表达。结论广西HCC可能存在PIK3CA基因突变,但点突变率较低。PIK3CA在广西肝细胞性肝癌的癌组织里存在表达,其在癌组织的表达水平可能与原发性肝癌发生有关。

家兔PIK3CA和AKT3基因多态性及其与生长性状的关联性分析

【目的】探讨家兔PIK3CA和AKT3基因的多态性及其与家兔生长性状的相关性。【方法】采用PCR产物直接测序法寻找PIK3CA和AKT3基因的遗传变异,应用PCR-RFLP技术对欧洲大白兔、伊拉兔和福建黑兔3个肉兔品种共711个个体进行基因型分析。【结果】在PIK3CA和AKT3基因编码区发现了2个同义突变,分别是PIK3CA基因的c.3068 A>G,和AKT3基因的c.1213 A>C。对于c.3068 A>G,在欧洲大白兔和福建黑兔中,GG基因型个体的体重在各生长阶段均显著低于AA和AG基因型个体(P<0.05);对于c.1213 A>C位点,CC基因型的欧洲大白兔体重显著低于AA和AC基因型个体(P<0.05);综合考虑两位点,发现GGCC基因型的欧洲大白兔个体重极显著低于AAAA,AGAA和AGAC基因型个体。【结论】PIK3CA和AKT3基因与家兔的生长性能相关,可以作为家兔分子育种的遗传标记。

PIK3CA基因突变状态在乳腺癌不同临床病理特征中的研究

目的检测乳腺癌组织磷脂酰肌醇-3-激酶催化亚单位α(PIK3CA)基因突变状态,并分析突变与临床病理特征的关系。方法选取176例原发性乳腺癌患者石蜡组织标本,提取组织DNA,对外显子9及20进行探针扩增阻滞突变系统聚合酶链反应(ARMS-PCR)扩增,检测PIK3CA基因的突变状态,另取20例乳腺腺病组织标本作为阴性对照。结果 176例乳腺癌组织中发现突变45例,突变率25.6%,其中以20号外显子H1047R突变率为主,突变率26.7%(12/45);PIK3CA基因突变在ER阳性和阴性、PR阳性和阴性患者中差异有统计学意义(P<0.05),但在HER2阳性和阴性患者中差异无统计学意义(P>0.05);PIK3CA基因突变与乳腺癌患者肿瘤大小、年龄、淋巴结状态之间无明显相关性,但与组织学分级有相关性。结论 PIK3CA基因突变与乳腺癌激素受体表达和肿瘤进展相关,PIK3CA基因突变检测对指导临床制订个体化治疗有重要意义。

结直肠癌组织中PIK3CA基因突变与AKT1/2蛋白的表达及其意义

目的探讨结直肠癌患者PIK3CA基因第9、20外显子点突变率及其与AKT1/2蛋白表达的关系。方法用免疫组织化学EnVision法和SSCP-PCR(单链构象多态性聚合酶链反应)分别检测42例结直肠癌组织AKT1/2蛋白表达情况和PIK3CA基因第9、20外显子突变情况,并与20例健康体检者正常大肠黏膜作对照。结果AKT1/2蛋白在PIK3CA基因突变组中比无突变对照组有更高表达(P<0.05);AKT1/2蛋白在结直肠癌组织中表达显著高于正常结直肠黏膜(P<0.05);AKT1/2蛋白表达与有无淋巴结转移、癌组织浸润程度、临床分期有关(P<0.05);14.3%(6/42)的结直肠癌存在PIK3CA基因突变;PIK3CA基因在结直肠癌组织中突变率明显高于癌旁正常黏膜(P<0.05)。PIK3CA基因突变与AKT1/2蛋白阳性表达低度相关。结论PIK3CA基因在结直肠癌中存在高频率突变,该基因的突变导致AKT1/2蛋白表达上调,可能在结直肠癌进展过程中起重要作用。

PIK3CA基因突变在结直肠癌中的研究进展

结直肠癌是较常见的恶性肿瘤,发病率在我国呈逐年上升趋势。肿瘤的发生是多因素、多阶段、多基因改变的结果,包括原癌基因的激活与抑癌基因的失活。PIK3CA基因是近年发现的除KRAS突变之外的结直肠癌常见的突变基因,PI3K下游信号通路的异常活化在结直肠癌的发生过程中发挥着重要的作用。本文就PIK3CA基因的生物学作用,参与肿瘤不同阶段的发展,以及PIK3CA作为肿瘤标志物和分子靶点的潜在临床价值简要作一综述。

PIK3CA基因在乳腺癌不同分子亚型中突变的研究

目的探讨PIK3CA基因在乳腺癌不同分子亚型中突变的关系。方法选取200例乳腺癌患者组织标本,其中luminal A、luminal B、HER-2过表达型、besal-like型各50例。提取DNA,用紫外光分光光度仪来测定浓度及含量,对exon9及exon20进行PCR扩增,扩增产物纯化后测序,另取20例乳腺腺病组织标本用作为对照,与基因库序列对比分析其突变的情况。结果 200例乳腺癌组织中发现突变64例,突变率32%,其中exon9突变26例(40%),exon20突变38例(60%),在乳腺癌分子亚型中:luminal A型中22例(44%),luminal B型中16例(32%),HER-2过表达型20例(40%),besal-like型6例(12%),突变分布有统计学意义(P<0.05)。在20例良性对照组中均没发现突变。PIK3CA基因突变与乳腺癌肿瘤患者肿瘤大小、年龄、淋巴结状态之间无明显相关性(P>0.05)。结论 PIK3CA基因在乳腺癌不同分子亚型中的突变有差异,与乳腺癌其他临床病理特征之间无明显相关性。

原癌基因PIK3CA在宫颈癌组织中的表达及意义

目的研究原癌基因PIK3CA在宫颈癌组织中的表达及其意义。方法用RT-PCR方法检测PIK3CA mRNA在15例正常宫颈组织和30例宫颈癌组织中的表达,免疫组化方法检测其蛋白在50例宫颈癌前病变组织及20例宫颈癌组织中的表达情况。结果从宫颈上皮内瘤样病变(CIN)到宫颈癌的发展过程中,PIK3CA的蛋白表达产物PI3K p110a蛋白表达水平逐渐增加(Hc=9.968,P<0.05);PIK3CA mRNA在宫颈癌组织和正常宫颈组织中的表达差异有显著性(t=2.672,P<0.05)。结论PIK3CA基因改变与宫颈癌的发生发展有关,宫颈癌的发展过程伴随着PI3K p110a蛋白的表达异常。

PIK3CA基因拷贝数变异与肺鳞癌易感性相关性分析

目的分析PIK3CA基因拷贝数变异与肺鳞癌易感性的相关性。方法采用基于TaqMan探针的实时荧光定量PCR法检测肺鳞癌患者(50例)以及健康人群(50例)PIK3CA基因Variation 91720拷贝数的差异以及肺鳞癌患者癌及癌旁组织PIK3CA基因表达量的变化。结果 PIK3CA基因表达量与Variation 91720拷贝数之间存在正相关关系(r=0.5917,P<0.05)。结论 PIK3CA基因Variation 91720高拷贝数与肺鳞癌易感性密切相关。

PIK3R2基因错义变异所致MPPH综合征I型患儿遗传学分析

目的:总结1例罕见的巨脑畸形-多小脑回-多指(趾)畸形-脑积水(MPPH)综合征Ⅰ型患儿的临床特点及基因检测结果。方法:回顾性总结2021年1月在温州医科大学附属第一医院新生儿科确诊的1例MPPH I型患儿的临床表现、影像学检查和基因检测结果等病例资料。并通过文献复习,分析和总结国内外已报道的MPPH I型综合征病例的临床特征及遗传学特点。同时对患儿进行全外显子组检测,对候选变异用Sanger测序进行家系验证。结果:先证者携带PIK3R2基因c.1117(p.Gly373Arg)杂合错义变异,国内既往未见报道,其父母未携带相同变异。相关文献报道的16例MPPH I型患儿主要表现为不同程度的脑积水、巨脑畸形、癫痫发作、多指(趾)畸形、发育迟缓及智力发育障碍。共报道了3个基因突变位点,其中p.Gly373Arg杂合变异最多(14例),罕见变异包括p.Leu401Pro变异1例和p.Asp557His变异1例。结论:PIK3R2基因c.1117G>A(p.Gly373Arg)杂合错义变异可能是该患儿发生MPPH I的原因,脑积水考虑与该综合征相关,其母亲再次怀孕时需接受产前诊断。

胃癌组织中PIK3CA基因突变频率及热点突变模式

目的:研究胃癌组织中PIK3CA基因突变频率及热点突变模式。方法:抽取患者的组织DNA,检测胃癌PIK3CA基因突变。结果:160例胃癌标本中有48例出现了胃癌PIK3CA基因突变(30.00%),其中第9外显子有27例突变(56.25%),第20外显子和第7外显子分别有14例和7例突变(29.17%、14.58%)。结论:PIK3CA基因突变频率30.00%且热点突变集中。