基于Kaplan-Meier plotter数据库分析CD_(44)基因表达状态对卵巢癌生存结局的影响

目的:探讨不同CD_(44)基因表达状态与卵巢癌生存结局的关系。方法:通过Kaplan-Meier plotter数据库检索CD_(44)基因的表达结果与生存数据,分析CD_(44)基因在卵巢癌组织和正常卵巢组织中的表达差异,同时分析不同CD_(44)基因表达分组的总生存差别。结果:Kaplan-Meier plotter数据库包含了1653个样本,其中5个样本为正常卵巢组织,1648个样本是卵巢癌组织。正常卵巢组织CD_(44)基因表达量为174(91-276),而卵巢癌组织为231(4-4204),但差异无统计学意义(P=0.262)。数据库共记录了655例卵巢癌患者的总生存数据,以表达量172为阈值,低表达组卵巢癌中位总生存时间为35.0个月,而高表达组为47.8个月;差异具有显著统计学意义[风险比HR=0.76,95%CI(0.61-0.93),P=0.0089]。结论:卵巢癌组织中CD_(44)基因的表达与正常卵巢组织相当,但卵巢癌CD_(44)基因高表达提示预后良好,可以提高患者总生存率。

应用Kaplan-Meier Plotter数据库探索EGFR表达在非小细胞肺癌中的预后意义

Kaplan-Meier Plotter数据库是一个恶性肿瘤预后相关的在线分析数据库,可以评估54 000多个基因表达对21种癌症类型预后的影响。在医学教学及科研中,可应用此数据库探索目标基因表达同相关肿瘤预后的关系,应用方便、高效。非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)治疗已进入精准治疗时代,根据驱动基因突变或扩增情况选择相应的靶向治疗药物是晚期肺腺癌患者的标准一线治疗。表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)是一种跨膜受体酪氨酸激酶,该区域的激活对细胞增殖、生长的相关信号传递具有重要意义。文章以表皮生长因子受体在非小细胞肺癌中的预后意义探索为例,应用Kaplan-Meier Plotter数据库,探索肿瘤组织中EGFR mRNA表达高低在非小细胞肺癌中的预后意义。

基于Oncomine和Kaplan-Meier Plotter数据库分析GPX2在非小细胞肺癌组织中的表达和临床意义

目的:探讨谷胱甘肽过氧化物酶2(glutathione peroxidase 2,GPX2)在非小细胞肺癌组织中的表达及预后意义。方法:基于Oncomine和Kaplan-Meier Plotter数据库,收集关于GPX2表达的相关数据集,深入挖掘GPX2在非小细胞肺癌组织与正常组织中的差异表达情况。采用Kaplan-Meier法进行预后分析,并绘制生存曲线。此外,通过单/多因素COX回归进一步评估GPX2在不同临床特征中的预后评估价值。结果:与正常组织相比,GPX2在非小细胞肺癌组织中高表达(P<0.001)。GPX2高表达非小细胞肺癌患者的总体生存率(HR=1.42,95%CI:1.25~1.61,P=5.6E-08)和肺腺癌患者的总体生存率(HR=1.35,95%CI:1.07~1.71,P=0.011)均差于低表达组。但GPX2表达水平对鳞癌患者预后无显著影响(HR=1.06,95%CI:0.84~1.35,P=0.61)。此外,本研究也发现GPX2的表达对同一临床特征(如男性、临床分期、吸烟/不吸烟、经化疗方式治疗)的患者的预后有预测评估价值。多因素分析结果显示临床分期和GPX2的表达是非小细胞肺癌患者预后的独立影响因素。结论:检测非小细胞肺癌组织中GPX2的表达有助于患者预后评估。

基于KM-plotter分析STAT家族基因表达对乳腺癌预后价值

目的:研究信号传导及转录激活蛋白(STAT)家族基因表达对乳腺癌预后价值。方法:使用公开的在线生存分析网站KM-plotter数据库,对乳腺癌患者的总生存期(OS)与7个STAT基因的表达水平的相关性进行研究。结果:在所有乳腺癌患者中STAT3/4/5A/5B/6的高转录水平预示着更好的总生存期。结论:结合近年来国内外文献报道结果,认为STAT1/4/5A/5B/6可能是乳腺癌良好预后的生物标志物。

一种可调式正弦曲线绘图仪设计与分析

正弦曲线在日常教学中应用广泛,但目前教仪中没有一种能快速而精确绘制正弦曲线的绘图教具。一般课程教学中常采用徒手绘制的方式,所得到的图形既不精准又不美观。针对这一现象,设计一种能绘制不同振幅、周期及初相角的正弦曲线绘图仪,可应用于信号处理中的模拟信号、物理的简谐运动、交流电的电压改变等正弦曲线的研究和教学使用中。通过分析并验证该装置具有结构简单紧凑、操作灵活方便等特点,可有效满足课堂教学和学生学习质量要求。

卵巢癌组织中lncRNA NORAD的表达水平及其与临床病理特征和预后的相关性

目的:探讨卵巢癌组织中DNA损伤激活的非编码RNA(non-coding RNA activated by DNA damage,NORAD)的表达水平及其与临床病理特征和预后的相关性。方法:选取2019年至2020年于青岛大学附属医院诊治的50例卵巢癌患者和50例正常卵巢患者的组织标本。通过实时荧光定量反转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)方法检测以上患者组织中NORAD的相对表达水平,并分析NORAD的表达水平与临床病理特征和预后的关系。使用Kaplan-Meier plotter在线数据库评估NORAD的表达与卵巢癌预后的相关性。结果:NORAD在卵巢癌组织中呈高表达,其表达与FIGO分期、组织类型、腹水以及淋巴结转移相关(P<0.05)。NORAD高表达的卵巢癌患者5年无进展生存期(progression-free survival,PFS)显著低于低表达组。NORAD在卵巢癌组织中的表达水平在FIGO分期、病理分级、TP53状态以及化疗方面对患者的预后具有评估价值。结论:卵巢癌组织中NORAD表达水平明显升高,且其水平与卵巢癌临床病理特征及预后相关。

生物信息学分析OLFML2B基因在胃癌中的功能及临床预后价值

目的采用生物信息学方法分析OLFML2B基因在胃癌中的表达、功能及预后价值。方法从Oncomine数据库挖掘胃癌中OLFML2B基因的表达信息,利用Kaplan-Meier plotter数据库分析OLFML2B在胃癌中的预后价值,并使用UALCAN数据验证胃癌中OLFML2B的表达水平及预后价值,最终通过LinkedOmics数据库探索胃癌中与OLFML2B相关的基因及可能的生物学过程。结果Oncomine数据库共纳入了319项OLFML2B在不同肿瘤中的研究结果,差异有统计学意义的共39项(均表现为OLFML2B在肿瘤中高表达),其中6项分析显示OLFML2B在胃癌中的表达较正常胃组织明显升高,包括324例样本,差异有统计学意义(Fold Change>2,P<0.0001)。OLFML2B表达量与胃癌总体生存率呈负相关,即OLFML2B表达水平越高则患者总体生存率越低(P<0.05)。亚组分析发现,弥漫型胃癌与胃肠型胃癌患者中,OLFML2B高表达组总体生存率较低表达组明显缩短(P<0.05)。UALCAN数据库验证表明,OLFML2B在胃癌组织中高表达且与胃癌预后相关。此外,LinkedOmics数据库提示,OLFML2B可能作为癌基因,通过影响血管生成、细胞黏附和细胞周期等途径参与胃癌的发生发展。结论与正常胃组织相比,OLFML2B在胃癌组织中的表达水平明显升高,其高表达与胃癌患者不良预后相关,可能成为胃癌预后的生物标志物,并以癌基因的角色参与胃癌的发生发展。

CCNB1在卵巢癌中的表达及意义

目的:探讨CCNB1在卵巢癌诊断和预后判断的作用。方法:通过Oncomine数据库分析并提取组织RNA,Real-time PCR法检测CCNB1在卵巢癌组织中的表达。通过在线数据库及分析工具"the Kaplan Meier plotter"(KM plotter)数据库的应用发掘CCNB1的预后价值。结果:Oncomine数据库中共有18个研究结果涉及正常卵巢组织和卵巢癌组织中的CCNB1的表达情况,全部显示CCNB1在卵巢癌中表达增高。本研究对9对配对的卵巢癌及其癌旁组织进行Real-time PCR,得到相同结果。在KM plotter数据库中的分析显示:无论是无进展生存期(PFS)或总生存期(OS),CCNB1 mRNA水平越高,卵巢癌患者的预后越差(HR>1,P<0.05)。且CCNB1 mRNA高水平在早于2期(包括2期)卵巢癌患者中提示预后较差,在晚于3期(包括3期)患者中CCNB1 mRNA水平与预后无明显相关性。结论:CCNB1在卵巢癌组织中表达升高,可作为提示预后差的卵巢癌的分子标记物。

FN1在胃癌组织和细胞中的表达及意义

目的:研究纤维连接蛋白1(fibronectin-1,FN1)在胃癌组织和细胞中的表达,探讨其与预后的关系。方法:利用Oncomine数据库挖掘FN1在胃癌组织中的表达;实时荧光定量聚合酶链反应检测FN1在人胃癌细胞系中的表达;利用Kaplan-Meier Plotter分析FN1表达水平与胃癌预后的关系。结果:Oncomine数据库分析FN1在多种肿瘤组织中表达增加,与胃正常组织相比,FN1在胃癌组织中表达增加,并具有统计学差异(P=1.41E-5)。FN1 mRNA在人胃癌细胞系SGC7901中表达水平增高,在胃癌组织中FN1蛋白表达增加。KM Plotter数据库分析结果显示FN1表达量与胃癌患者总体生存率存在相关性,即高表达FN1的患者总体生存率较差。结论:FN1在胃癌组织和细胞中的表达高于正常组织和细胞,是胃癌的危险因素,其表达水平越高预后越差。

PIK3R1基因对乳腺癌侵袭转移及预后的影响机制初探

目的:探讨乳腺癌组织磷脂酰肌醇3-激酶(PIK3R1)基因的表达差异,并分析其表达状态与乳腺癌预后的关系,初步探索PIK3R1影响乳腺癌侵袭转移能力的机制。方法:利用Kaplan Meier plotter数据库分析乳腺癌组织和正常组织中PIK3R1基因表达的差异,并分析不同PIK3R1基因表达状态下乳腺癌的总生存差异,探索PIK3R1基因表达的预后价值。结果:Kaplan Meier plotter数据库包含了6623份表达样本,其中正常组织76份,乳腺癌组织6547份。数据分析结果显示乳腺癌组织PIK3R1基因表达显著低于正常组织,差异具有统计学意义(P<0.001)。具有完整随访资料的患者1402例,其中433例为低表达,969例患者为高表达。低表达组乳腺癌中位总生存时间为69.7个月,高表达组为120个月;差异具有显著统计学意义[风险比HR=0.71,95%CI(0.57~0.89),P=0.0025]。结论:PIK3R1基因是重要抑癌基因,其在乳腺癌组织表达水平低于正常组织,高表达患者预后良好,提高患者生存期。

联合生物信息学分析S1PR1在肺癌组织中的表达及临床意义

目的探讨肺癌组织中1-磷酸神经鞘氨醇受体1 (S1PR1)的表达及临床意义。方法收集南通市肿瘤医院52例肺癌患者组织标本,采用实时荧光定量PCR(RT-PCR)法检测肺癌组织及癌旁组织中S1PR1的表达水平,通过Oncomine数据库对S1PR1表达结果进行佐证,并分析其与临床病理参数之间的关系;利用ROC曲线,评价其表达水平对肺癌的诊断价值;Kaplan-Meier Plotter数据库分析其与肺癌预后的关系。结果肺癌组织中S1PR1的表达水平明显低于癌旁组织(P<0.01),Oncomine数据库共检索出9项符合筛选条件的研究,S1PR1在所有研究中都呈低表达(P<0.01)。S1PR1的表达与肿瘤大小和淋巴结转移有关(P<0.05),而与性别、年龄、吸烟情况、病理类型及TNM分期无明显相关性(P>0.05)。根据S1PR1表达水平绘制ROC曲线,曲线下面积(AUC)为0.711(95%CI:0.610~0.813),临界值取1.127时,S1PR1诊断肺癌的灵敏度和特异性均为71.2%。Kaplan-Meier生存分析发现低表达S1PR1的患者5年总生存期显著低于高表达患者(P<0.01)。结论肺癌组织中S1PR1表达水平下调,且低表达S1PR1的患者预后较差,S1PR1有望成为肺癌诊断和预后的分子标志物。

CCNE1基因表达状态在卵巢癌中的预后价值

目的:探讨CCNE1基因表达状态对卵巢癌总生存结果的影响及预后价值。方法:利用The Kaplan Meier plotter数据库中的卵巢癌患者生存资料及CCNE1基因表达资料,分析不同CCNE1基因表达状态下卵巢癌的总生存差异,探索CCNE1基因表达的预后价值。结果:共检出1 656例卵巢癌患者用于最终的生存分析,根据CCNE1基因表达状态,分为低表达组(1 171例)和高表达组(485例),低表达组卵巢癌中位总生存时间为48.0个月,高表达组为37.4个月,差异有统计学意义(P=0.001),风险比HR=1.26,95%CI(1.10,1.44)。结论:CCNE1基因高表达降低卵巢癌总生存,是不良预后因子。

MMPs基因家族在肺腺癌中的表达及临床意义

目的研究基质金属蛋白酶(MMPs)基因家族在肺腺癌中的表达及临床意义。方法检索Oncomine,GEPIA及cBioPortal数据库中有关肺腺癌MMPs(MMP-1/9/11/12/14)的数据集,对数据集进行挖掘并结合文献资料进行荟萃分析。结果Oncomine数据库收集9项研究,943例样本;GEPIA数据库收集830例样本。综合分析发现,肺腺癌组织中MMPs的表达显著高于正常肺组织,差异有统计学意义(P<0.05)。Kaplan-Meier Plotter生存分析表明,MMPs高表达的肺腺癌患者总体病死率高,预后较差,差异有统计学意义(P<0.05)。cBioPortal数据库显示,MMPs在肺腺癌中的突变发生率达39%,且互为正相关。结论MMPs在肺腺癌组织中呈高表达,并与肺腺癌的预后密切相关,有望成为肺腺癌治疗的重要靶点。

核转运蛋白基因2的表达在皮肤恶性黑素瘤临床预后中的作用

目的:探讨核转运蛋白基因(karyopherin, KPNA)2在皮肤恶性黑素瘤临床预后中的作用。方法:应用GEO数据库数据分析,比较KPNA2 mRNA在正常皮肤组织、恶性黑素瘤中表达的差异,并进一步利用两种在线数据库进行生存分析,分析KPNA2 mRNA与皮肤恶性黑素瘤的预后之间的关系。结果:KPNA2 mRNA水平在正常皮损组织中明显要低于恶性黑素瘤组织,差异有统计学意义(P<0.05);同时生存分析显示KPNA2 mRNA表达水平与皮肤恶性黑素瘤的预后具有的显著相关性,其表达水平高则预后差(P<0.05)。结论:KPNA2与皮肤恶性黑素瘤临床预后密切相关,为皮肤恶性黑素瘤治疗提供潜在靶点。

干扰素刺激基因15在原发性肝癌中的表达及与患者预后的关系

目的通过对肿瘤芯片数据库(Oncomine)和生存分析数据库(Kaplan-Meier Plotter)和蛋白-蛋白相互作用数据库(STRING)进行数据挖掘,探讨干扰素刺激基因15(ISG15)在原发性肝癌中的表达情况及其与患者预后的关系。方法分别对Oncomine数据库、Kaplan-Meier Plotter数据库和STRING数据库进行肝癌中ISG15基因表达的相关研究检索,探讨ISG15基因在肝癌组织和对应正常组织中的表达情况,绘制ISG15基因表达与肝癌患者总体生存时间的生存曲线。构建ISG15相互作用蛋白网络树状图,并对ISG15及其相关蛋白基因进行功能富集分析。结果通过检索Oncomine数据库发现,有5个研究结果显示肝癌组织中ISG15呈高表达(包括细胞系),有2项研究结果显示ISG15在肝癌组织中的表达水平显著高于正常肝组织(P<0.05)。通过对Kaplan-Meier Plotter数据库进行检索分析发现,在病毒性肝炎、饮酒的肝癌患者中,ISG15高表达患者的总体生存时间明显短于ISG15低表达患者(P<0.05)。通过STRING数据库搜索ISG15基因相关蛋白发现,ISG15基因相互作用蛋白有10种;生物过程富集分析结果显示,上述蛋白主要富集在病毒防御和病毒基因组复制的负调控通路。结论ISG15在肝癌组织中高表达,且可能与病毒性肝炎、酒精性肝癌患者的预后密切相关。

CDH1受幽门螺杆菌感染调控及其在胃癌组织中表达分析

目的探究幽门螺杆菌(Hp)对E-钙黏蛋白(CDH1)表达的影响及CDH1在胃癌(GC)组织中的表达情况,为进一步探索CDH1在Hp引起胃癌中的作用提供理论基础。方法用Hp灌胃蒙古沙鼠,3、12、24个月后分别取其胃组织,进行免疫组化染色检测CDH1的表达;Hp感染胃上皮细胞AGS,24 h后收集样本,Western blot检测各组CDH1的表达。通过TCGA和Kaplan-Meier Plotter数据库比较胃癌组织和癌旁组织中CDH1的表达差异及CDH1与胃癌的预后分析;通过R语言对CDH1基因进行KEGG富集分析;另收集胃癌组织和癌旁组织标本各10例,免疫组化染色检测CDH1的表达。结果Hp灌胃蒙古沙鼠胃组织免疫组化染色结果显示,Hp感染3、12、24个月胃组织CDH1阳性率分别为13.70%、13.20%、22.90%,对照组阳性率分别为0.04%、4.50%、4.77%,差异有统计学意义(P<0.05);与对照组比较,Hp感染AGS细胞组CDH1蛋白表达增高,差异有统计学意义(P<0.05);TCGA胃癌数据库中共收集449例具有临床病理参数的病例及其对应的CDH1 mRNA表达量,癌旁组织中CDH1 mRNA表达水平(76.36±0.48)显著低于胃癌组织中CDH1 mRNA的表达水平(147.59±0.11),差异有统计学意义(P<0.05);Kaplan-Meier Plotter数据库分析表明胃癌CDH1高表达时,生存率降低(P<0.05);KEGG富集显示CDH1表达与胃癌、甲状腺癌、膀胱癌、子宫内膜癌、黑色素瘤等肿瘤相关,功能显著富集到细菌侵袭上皮细胞和黏附连接,通路显著富集到Apelin信号通路、Hippo信号通路和Rap1信号通路等;CDH1阳性率在人胃癌组织为76.27%,高于癌旁组织45.68%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论Hp感染引起CDH1表达水平升高,可能是Hp引起胃癌的原因之一。

卵巢上皮性癌组织中长链非编码RNA PURPL的表达及其意义

目的:检测长链非编码RNA PURPL(p53 upregulated regulator of p53 levels)在卵巢上皮性癌(epithelial ovarian cancer,EOC)组织中的表达情况,探讨其在卵巢癌发生发展中的作用。方法:选用开放医学数据库lncRNASNP2、GEPIA和Kaplan-Meier Plotter检索PURPL在EOC组织中的表达及其与预后的关系。收集2012年10月至2015年10月郑州大学第一附属医院105例患者的临床病理资料,其中包括正常卵巢组织20例、良性卵巢上皮性肿瘤组织20例、EOC组织65例,采用实时荧光定量PCR检测上述不同卵巢组织中的PURPL表达情况,分析EOC组织中PURPL表达与EOC临床病理指标的关系,Kaplan-Meier法分析PURPL表达对EOC患者生存的影响。结果:数据库检索显示,EOC组织中PURPL的表达显著高于正常卵巢组织,PURPL表达升高与EOC患者的总生存(overall survival,OS)率和无复发生存期(recurrence-free survival,RFS)缩短相关。实时荧光定量PCR检测显示,晚期EOC组织中的PURPL表达为0.530±0.004,显著高于正常卵巢组织的0.029±0.001、良性卵巢上皮性肿瘤组织的0.135±0.001和早期EOC组织的0.488±0.006的表达(P<0.0001)。临床分期越晚(χ2=10.785,P=0.001)、有淋巴结转移(χ2=4.481,P=0.034)的EOC组织中的PURPL高表达。PURPL表达水平相对较高的EOC患者的OS和RFS,明显短于PURPL表达水平相对较低的患者(P<0.05)。结论:PURPL高表达提示EOC患者预后不良,可作为EOC预后监测的潜在标记物。

Netrin-4在卵巢癌中的表达及其临床意义

目的:研究Netrin-4在卵巢癌中的表达情况及其临床意义。方法:利用CSIOVDB数据库分析Netrin-4在卵巢癌中的表达情况及其与肿瘤的分期、分级、EMT和对化疗敏感性的关系。利用KM plotter数据库分析Netrin-4表达与卵巢癌预后的关系。结果:Ⅰ期卵巢癌中Netrin-4表达量明显高于Ⅱ期、Ⅲ期和Ⅳ期,差异均有统计学意义(P<0.01),Ⅱ期、Ⅲ期及Ⅳ期比较无明显差异(P>0.05)。Spearman相关分析表明,Netrin-4表达量与EMT得分呈负相关(相关系数Rho=-0.149330,P<0.001)。化疗耐药卵巢癌患者的Netrin-4表达明显降低(P<0.01)。KM Plotter预后相关分析显示,Netrin-4低表达与卵巢癌的无进展生存率低(HR=0.75,P<0.01)和总生存率低相关(HR=0.81,P<0.05)。结论:Netrin-4表达与卵巢癌的恶性程度、分期、分级、EMT及患者的预后相关,可能作为卵巢癌治疗和预后相关的分子靶点。

Rho GTP酶结合蛋白2基因表达与卵巢癌的预后关系及机制分析

目的:探讨卵巢癌组织Rho GTP酶结合蛋白2(RHPN2)表达变化与卵巢癌预后的关系。方法:用Kaplan-Meier plotter数据库分析卵巢癌组织和正常组织中RHPN2基因表达的差异,并分析不同RHPN2基因表达状态下卵巢癌的总生存差异,探索RHPN2基因表达的预后价值。结果:Kaplan-Meier plotter数据库包含了1 653个病例样本。数据分析结果显示正常卵巢组织中RHPN2基因低表达,卵巢癌组织中RHPN2基因高表达。根据预设的截断值,308例为高表达组,347例患者为低表达。RHPN2基因低表达组卵巢癌中位总生存时间为52.03个月,高表达组为35.53个月,差异有统计学意义[风险比(HR)=1.47,95%CI(1.2,1.8),P=0.001]。结论:RHPN2基因高表达是降低卵巢癌总生存的不良预后因素。

肿瘤转移抑制基因KAI1与卵巢癌的预后关系及机制的大数据分析

目的:探讨卵巢癌组织肿瘤转移抑制基因Kang Ai1(KAI1)表达变化与卵巢癌预后的关系。方法:用Kaplan Meier plotter数据库分析卵巢癌组织和正常组织中KAI1基因表达的差异,并分析不同KAI1基因表达状态下卵巢癌的总生存差异,探索KAI1基因表达的预后价值。结果:Kaplan Meier plotter数据库包含了1 653个病例样本。数据分析结果显示正常卵巢组织中KAI1基因低表达,卵巢癌组织中KAI1基因高表达。根据预设的截断值,824例为高表达组,832例患者为低表达。低表达组卵巢癌中位总生存时间为44.03个月,高表达组为46.52个月,差异具有统计学意义[风险比HR=0.83,95%CI(0.73~0.95),P=0.005 1]。结论:卵巢癌组织KAI1基因高表达提示预后良好,总生存可获得改善。