不同地域来源鸡新勋恙螨基于线粒体pnad5的遗传多样性分析

为了解鸡新勋恙螨的种群结构,本研究从广东云浮、佛山、鹤山及广西梧州4个地区采集了46份鸡新勋恙螨样品,PCR扩增其线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶第5亚基基因部分序列(pnad5),分析其核苷酸序列的种内差异,并与已报道的恙螨科其他属恙螨的相应序列进行同源性比较和遗传演化分析。结果显示,获得的46条鸡新勋恙螨pnad5基因片段大小均为310 bp,共有9个变异位点,未见碱基插入和缺失;比对分析发现46条pnad5基因序列形成4个单倍型(Hap-1Hap-4),单倍型指数为0.724,表现出较高的遗传多样性(π=0.01284)和单倍型多样性(Hd=0.724),且以种群间的遗传变异为主(76.36%)。系统发育树显示,本实验中扩增的不同地理种群的鸡新勋恙螨单独聚为一支,同恙螨科内其他属间的nad5基因序列同源性较低。序列分析表明,鸡新勋恙螨种群虽有一定程度的遗传分化,但未形成明显的地理遗传结构,且线粒体pnad5基因适合作为分子标记对鸡新勋恙螨进行遗传变异研究。本研究在国内外首次扩增并分析了鸡新勋恙螨pnad5基因序列,为鸡新勋恙螨的分子鉴定和种群遗传研究提供基础资料。

甘肃省酒泉市狐狸源和犬源狮弓蛔虫线粒体pnad1和pnad5基因序列遗传变异研究

目的 探究甘肃省酒泉市不同宿主源狮弓蛔虫基因遗传变异。方法 应用PCR技术对甘肃省酒泉地区采集的11株分离自家犬、狐狸和宠物犬的狮弓蛔虫分离株线粒体烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶第1亚基部分序列基因(partial nicotinamide adenine dinucleotide dehydrogenase subunit 1, pnad1)和烟酰胺腺嘌呤二核苷酸脱氢酶第5亚基部分序列基因(partial nicotinamide adenine dinucleotide dehydrogenase subunit 5, pnad5)进行基因扩增,并对PCR扩增产物进行测序,分析其遗传变异。结果 获得的犬源和狐狸源狮弓蛔虫分离株pnad1和pnad5基因序列大小分别为530 bp和550 bp,不同分离株间核苷酸序列同源性分别为99.4%~100.0%和99.5%~99.8%,与已知狮弓蛔虫分离株对应序列同源性分别为99.2%~99.9%和99.1%~99.9%;分别检测到19个和24个遗传变异位点,单倍型分别为10和9个,单倍型多样性分别为0.982和0.964,核苷酸多样性分别为0.039 4和0.034 2。基于两种基因序列构建的遗传进化树结果基本一致:11株不同宿主分离株与已知狮弓蛔虫分离株位于同一分支,且为随机分布;与犬弓首蛔虫所属分支相隔较近,与其他蛔虫所属分支相距较远。结论 甘肃省酒泉市不同宿主来源狮弓蛔虫分离株pnad1和pnad5基因遗传变异较小,pnad1基因较pnad5基因更适合作为分子标记用于分析狮弓蛔虫遗传变异。