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PCR-SSP/PCR-SSO两种KIR基因分型方法的比较 被引量:2
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作者 李娟 慕力 +6 位作者 韩兴乔 张华 孙乐静 暨波 魏博 杨俊晔 韩俊领 《生物医学工程与临床》 CAS 2021年第2期225-231,共7页
目的杀伤细胞免疫蛋白样受体(KIR)基因在自然杀伤细胞活性调节、机体抗感染、移植免疫过程中发挥重要作用。在脐带血移植中,KIR基因分型的效率和准确关系到移植的成败。为了满足临床上对KIR基因分型的要求,对比分析聚合酶链反应-序列特... 目的杀伤细胞免疫蛋白样受体(KIR)基因在自然杀伤细胞活性调节、机体抗感染、移植免疫过程中发挥重要作用。在脐带血移植中,KIR基因分型的效率和准确关系到移植的成败。为了满足临床上对KIR基因分型的要求,对比分析聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)和聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSO)两种方法,试图建立一个高效便捷检测KIR基因分型的方法学体系。方法从2018年到2019年已外送到第三方检测实验室(北京博富瑞医学检验实验室有限公司)做过KIR基因分型检测的脐带血样本中随机取出12份,分别用PCR-SSP及PCR-SSO商品化试剂盒进行KIR基因分型检测,并通过凝胶电泳分析或MATCH IT!DNA软件分析,获取KIR基因分型结果。结果12例脐带血样本中,PCR-SSO方法学检测的结果与原PCR-SSO方法检测结果完全一致,PCR-SSP方法学检测的结果与原PCR-SSO方法检测结果9例相同,有2例因出现漏孔而无法判读,有1例出现了假阳性带。结论PCR-SSO方法学检测KIR基因效果优于PCR-SSP,但是PCR-SSO方法学也存在当微珠的荧光校准值接近于临界值时,结果出现错判的现象;为保证KIR基因分型的准确度,建议PCR-SSP方法出现漏孔或者PCR-SSO方法荧光校准值接近于临界值时两种方法相互验证。 展开更多
关键词 KIR基因 基因分型 聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP) 聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(pcr-sso) 荧光校准值 相互验证
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一例白血病患者及家系HLA-B基因全长序列及18个点突变分析 被引量:2
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作者 钟艳平 邹红岩 +2 位作者 全湛柔 邓志辉 洪文旭 《中国组织工程研究》 CAS 北大核心 2020年第1期77-82,共6页
背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特... 背景:人类白细胞抗原HLA经过长期进化形成丰富的多态性,近几年由于受检人数增加及HLA分型技术快速发展,HLA新基因不断被发现。目的:采用下一代测序技术对1例白血病患者及家系HLA-B基因的全长序列及18个点突变进行分析。方法:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交(PCR-SSOP)及聚合酶链反应-直接测序法(PCR-SBT)发现患者的HLA-B结果异常。为了鉴定该基因,采用下一代测序技术对该基因全长进行测序,同时采集患者父亲、母亲及2位同胞姐妹的血样进行HLA基因的遗传学分析。结果与结论:应用序列特异性寡核苷酸探针杂交及聚合酶链反应-直接测序法均提示该样本HLA-B无完全匹配的基因型。应用下一代测序技术分析发现,与同源性最高的等位基因B*15:09:01相比,该基因在外显子、内含子和3′UTR共存在18个碱基突变。5个外显子碱基突变位于第3,4外显子,分别为:第486位G→C、第583位T→C、第636位T→C、第652位A→G和第756位C→T,导致5个相应密码子发生改变,其中2个碱基替换为错义突变,第171位酪氨酸(Tyr)→组氨酸(His)、第194位异亮氨酸(Ile)→缬氨酸(Val)。家系调查显示患者HLA-B新基因来源于父亲。新基因序列已递交给Genbank数据库(MG595995)。应用下一代测序技术鉴定了1个HLA-B新等位基因,该基因于2017年12月被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*15:435。 展开更多
关键词 白血病 人类白细胞抗原 新等位基因 下一代测序技术 家系调查 碱基突变 序列特异性寡核苷酸探针杂交 聚合酶链反应-直接测序法
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PCR法对HLA-DQ_α基因的分型及其在性犯罪鉴定中的应用 被引量:8
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作者 姜先华 吕世惠 《中国法医学杂志》 CSCD 1991年第3期136-139,195,共5页
本文应用 PCR 法及 ASO 探针斑点杂交技术,对100例无关个体血液 DNA 及10例性犯罪案件混合斑中精子 DNA 进行了 HLA-DQα基因的扩增及其 DNA 分型。结果正常人0.1~0.3μgDNA 就能满足 DQα基因扩增的需要。在100例个体中可以观察到由4... 本文应用 PCR 法及 ASO 探针斑点杂交技术,对100例无关个体血液 DNA 及10例性犯罪案件混合斑中精子 DNA 进行了 HLA-DQα基因的扩增及其 DNA 分型。结果正常人0.1~0.3μgDNA 就能满足 DQα基因扩增的需要。在100例个体中可以观察到由4种等位基因组成的10种 DQα基因型。10例不同条件的混合斑中精子 DNA 经30~60次扩增后与 ASO 探针杂交均能准确地判定 DQα基因型。HLA-DQα是个体识别能力较强的遗传标志。本文为性犯罪中精子来源的个体识别提供了一个新方法,具有一定的实用价值。 展开更多
关键词 聚合酶链反应(PCR) 等位基因特异寡核苷酸(ASO) 探针 HLA-DQα基因 性犯罪斑点杂交
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Flow-rSSO与PCR-SSP方法在骨髓库HLA基因分型中的应用比较 被引量:2
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作者 金士正 程曦 +4 位作者 李桢 周丹 邹红岩 唐斯 王大明 《江西医学检验》 2006年第4期309-311,320,共4页
目的比较流式反向序列特异性寡核苷酸探针方法(Flow-rSSO)与聚合酶链式反应-序列特异性引物方法(PCR-SSP)在骨髓库人类白细胞抗原(HLA)分型中的应用价值。方法4769例中华骨髓库质控样本中,已采用PCR-SSP方法分型的3509例标本应用FLOW-r... 目的比较流式反向序列特异性寡核苷酸探针方法(Flow-rSSO)与聚合酶链式反应-序列特异性引物方法(PCR-SSP)在骨髓库人类白细胞抗原(HLA)分型中的应用价值。方法4769例中华骨髓库质控样本中,已采用PCR-SSP方法分型的3509例标本应用FLOW-rSSO方法复检,而1260例已采用FLOW-rSSO方法分型样本则应用PCR-SSP方法复检,结果不一致样本采用PCR-测序分型方法(SBT)进行确认。结果PCR-SSP方法HLA分型错误率(6.84‰)明显高于Flow-rSSO方法(1.59‰),其中PCR-SSP方法中75%的错误结果是由于漏检造成;PCR-SSP方法的模棱两可分型结果比例(2.56‰)明显低于Flow-rSSO方法(16.67‰)。结论PCR-SSP方法和FLOW-rSSO方法均适合应用于中华骨髓库供者的HLA分型,但HLA分型实验室有必要同时建立两种HLA分型方法。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原 特异性寡核苷酸探针 聚合酶链反应-序列特异性引物
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类天疱疮与HLA-DRB1基因的相关性研究
5
作者 金岩 骆肖群 +1 位作者 付海军 翁孟武 《临床皮肤科杂志》 CAS CSCD 北大核心 2002年第11期681-682,共2页
为探讨HLA-DRB1基因与类天疱疮(BP)的相关性,采用聚合酶链反应序列特异性寡核苷酸探针PCR-SSOP方法对上海地区汉族56例BP患者和150名健康对照进行了HLA-DRB1基因分型。结果与健康对照组比较,BP患者HLA-DRB110(DRB11001)基因频率明显增高... 为探讨HLA-DRB1基因与类天疱疮(BP)的相关性,采用聚合酶链反应序列特异性寡核苷酸探针PCR-SSOP方法对上海地区汉族56例BP患者和150名健康对照进行了HLA-DRB1基因分型。结果与健康对照组比较,BP患者HLA-DRB110(DRB11001)基因频率明显增高(Pc=0.022,RR=6.466)。结果提示HLA-DRB110(DRB11001)可能是我国上海地区汉族BP患者的易感基因。 展开更多
关键词 类天疱疮 HLA-DRB1基因 相关性研究
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聚合酶链反应顺序特异性寡聚核苷酸探针反向杂交法在HLA-DRB_1分型中的应用
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作者 邓素雄 郑克立 +4 位作者 陈立中 毕颖 王长希 费继光 丘少鹏 《新医学》 北大核心 2003年第6期355-356,共2页
目的:探讨聚合酶链反应顺序特异性寡聚核苷酸探针(polymerasechainreaction-sequencespe-cificoligonucleotideprobes,PCR-SSOP)反向杂交法应用于人类白细胞抗原(humanleukocyteantigen,HLA)-DRB1配型的可行性。方法:随机选取25例已行... 目的:探讨聚合酶链反应顺序特异性寡聚核苷酸探针(polymerasechainreaction-sequencespe-cificoligonucleotideprobes,PCR-SSOP)反向杂交法应用于人类白细胞抗原(humanleukocyteantigen,HLA)-DRB1配型的可行性。方法:随机选取25例已行聚合酶链反应顺序特异性引物(polymerasechainreac-tion-sequencespecificprimers,PCR-SSP)法HLA-DRB1配型的肾移植受者的血标本,采用PCR-SSOP反向杂交法再次配型,并与PCR-SSP法的结果比较。结果:两法的一致性达92%。2例不一致的患者经再次PCR-SSOP反向杂交法配型后,其中1例与PCR-SSP结果一致,PCR-SSOP反向杂交法的平均操作时间为4小时30分。结论:PCR-SSOP反向杂交法是一种能以中等分辨度进行等位基因分型的方法,操作较简单,结果解读客观,适用于临床肾移植配型。 展开更多
关键词 聚合酶链反应 寡聚核苷酸探针 反向杂交法 顺序特异性引物法 人类白细胞抗原 HLA-DRB1分型
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沈阳汉族群体HLA Ⅰ类基因座PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型研究 被引量:3
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作者 韩世新 尚英彬 +4 位作者 李久宏 耿龙 翟宁 曹凯 宋芳吉 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期665-667,共3页
目的检测和分析沈阳汉族HLA-A、-B、-Cw位点等位基因的多态性。方法采用聚合酶链反应-寡核苷酸探针杂交分型方法对108名沈阳籍健康献血员进行HLA-A、-B、-Cw等位基因分型。结果检出等位基因HLA-A位点21个,B位点43个,Cw位点23个;所有位... 目的检测和分析沈阳汉族HLA-A、-B、-Cw位点等位基因的多态性。方法采用聚合酶链反应-寡核苷酸探针杂交分型方法对108名沈阳籍健康献血员进行HLA-A、-B、-Cw等位基因分型。结果检出等位基因HLA-A位点21个,B位点43个,Cw位点23个;所有位点的等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。结论从基因水平分析了HLAⅠ类基因的群体分布特征,提供了沈阳汉族群体HLAⅠ类基因座更准确的基因频率。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原-A -B -Cw 聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针 沈阳汉族
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浙江汉族人群KIR3DL2等位基因的多态性分析 被引量:2
8
作者 姜侃 朱发明 +3 位作者 章伟 吕沁风 何吉 严力行 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2006年第3期339-342,共4页
目的探讨浙江汉族人群KIR3DL2等位基因的多态性分布情况。方法KIR3DL2等位基因分型采用聚合酶链反应寡核苷酸探针杂交方法,利用引物特异性扩增KIR3DL2基因的两个片段,合成21条探针检测KIR3DL2基因的多态性位点,根据探针的格局判断出样本... 目的探讨浙江汉族人群KIR3DL2等位基因的多态性分布情况。方法KIR3DL2等位基因分型采用聚合酶链反应寡核苷酸探针杂交方法,利用引物特异性扩增KIR3DL2基因的两个片段,合成21条探针检测KIR3DL2基因的多态性位点,根据探针的格局判断出样本的KIR3DL2等位基因情况。结果样本中共发现17种探针格局,检测到7种等位基因,其中KIR3DL2002等位基因占57%。1例样本无法用现有等位基因探针格局进行分析。结论聚合酶链反应寡核苷酸探针杂交方法可有效检测KIR3DL2等位基因,浙江汉族人群KIR3DL2等位基因的分布有其特点。 展开更多
关键词 杀伤细胞免疫球蛋白样受体 基因频率 聚合酶链反应寡核苷酸探针
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中国南方汉族人群HLA-DQA1位点多态性与系统性红斑狼疮易感性分析 被引量:11
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作者 孟炜 沈福民 +2 位作者 秦万章 胡应 江峰 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1994年第6期325-328,共4页
应用多聚酶链反应/序列特异寡核苷酸探针杂交(PCR/SSOPH)方法,探讨了我国东南沿海汉族人群HLA-DQA1等位基因多态性与系统性红斑狼疮(SLE)的易感性关系。对50例SLE患者和67例健康人对照血样本分析,表明SLE患者具有显著高的DQA1*0102等位... 应用多聚酶链反应/序列特异寡核苷酸探针杂交(PCR/SSOPH)方法,探讨了我国东南沿海汉族人群HLA-DQA1等位基因多态性与系统性红斑狼疮(SLE)的易感性关系。对50例SLE患者和67例健康人对照血样本分析,表明SLE患者具有显著高的DQA1*0102等位基因频率,OR=46.04,P<0.001,可能是一易感等位基因;而DQA1*0501在病例与对照中呈相反结果,OR=0.042,P=0.003,可能为一拮抗等位基因。 展开更多
关键词 系统性红斑狼疮 人白细胞抗原 多态性 基因
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中国南北地区两个人群HLA-A座位DNA分型的比较研究 被引量:13
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作者 孙筱放 孙逸平 +6 位作者 麦卫阳 陈欣洁 廖宝平 潘倩莹 黎青 黄艳仪 陈元本 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 1999年第2期70-73,共4页
目的对我国北京和广州的各一个群体进行HLA-A座位分型并进行比较研究。方法用PCR/SSOP的DNA基因分型方法,使用引物1对,探针54种。用同位素磷32标记探针进行DNA杂交,用X片曝光判断结果。结果共检出HLA-... 目的对我国北京和广州的各一个群体进行HLA-A座位分型并进行比较研究。方法用PCR/SSOP的DNA基因分型方法,使用引物1对,探针54种。用同位素磷32标记探针进行DNA杂交,用X片曝光判断结果。结果共检出HLA-A基因18种,南北人群有一定程度的差异,表现在北方北京地区人群中A*0205、0210和A*2901未检出,A*2601、3001和3101等基因高于南方广州人群;而南方广州群体中A*3101、3201和6801未检出,A*0203、1101高于北方群体。并发现血清型A2有6种基因亚型,包括A*0201、0203、0205、0206、0207、0210,其中以0201为主体。结论中国南北人群的遗传背景存在一定的差异,A2基因亚型分型在器官移植配型中有重要意义。 展开更多
关键词 HLA-A座位 等位基因 DNA分型 群体遗传 南方
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人类白细胞抗原新等位基因HLA-A*3020的鉴定及确认 被引量:2
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作者 李晓丰 章旭 +3 位作者 陈阳 张坤莲 刘显智 李剑平 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期96-99,共4页
目的鉴定及确认1名中国人的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因。方法应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction—sequence specific oligonucleotide probes,PCR—SSOP)方法基... 目的鉴定及确认1名中国人的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因。方法应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction—sequence specific oligonucleotide probes,PCR—SSOP)方法基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序方法,通过软件分析该基因序列及与最相近HLA等位基因序列的差异。结果PCR-SSOP基因分型结果显示该样品HLA-A谱型为与已知HLA—A等位基因谱型不一致的新谱型;测序结果显示该样品HLA—A位点第2外显子序列与所有已知HLA—A等位基因序列不一致。软件分析表明该基因序列与序列最相近的等位基因A*300101,在所检测的第1~3外显子中的差异只是在第2外显子区域产生了nt294C→A一个碱基替代,并导致相应的密码子98由GAC(D)→GAA(E)。结论该基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子专用术语命名委员会正式命名为HLA—A*3020。 展开更多
关键词 人类白细胞抗原A*3020 新等位基因 聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针 序列分析
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A NEW SILENT MUTATION FOUND IN THE CHINESE PAH LOCUS AND ITS ROLE IN THE PRENATAL DIAGNOSIS OF PHENYLKETONURIA
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作者 黄淑帧 周霞娣 +2 位作者 任兆瑞 曾溢滔 胡流清 《Science China Chemistry》 SCIE EI CAS 1991年第5期606-610,共5页
A silent mutation or sequence polymorphism, A to T substitution at codon 399 in exon11 of the PAH gene from a Chinese PKU patient, was found by sequence analysis. The fre-quencies of this new mutation in normal and ab... A silent mutation or sequence polymorphism, A to T substitution at codon 399 in exon11 of the PAH gene from a Chinese PKU patient, was found by sequence analysis. The fre-quencies of this new mutation in normal and abnormal (PKU) genes were 0.005 and 0.09,respectively, based on the analyses of 100 normal individuals and 39 PKU patients usingDNA amplification with polymerase chain reaction (PCR) and oligonucleotide hybridizationmethods. This silent mutation can be used as a "genetic marker" for PKU prenatal diagno-sis. Recently, a fetus at risk for PKU, who could not be completely predicted by RFLPslinkage analysis, was prenatally diagnosed with this genetic marker. 展开更多
关键词 PHENYLKETONURIA phenylalanine HYDROXYLASE (PAH) DNA sequence polymorphism prenatal diagnosis SILENT MUTATION polymerase chain reaction (PCR) allele-specific oligonucleotide (ASO) probe CHINESE
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