利用支持向量机和马氏判别式预测人类polⅡ启动子

通过选取人类启动子与非启动子序列中不同的k-mer作为预测算法的基础特征,分别以三个区域(-249^-1;0^+50;-30^+30)的6-mer频数作为离散源参数构建离散增量,同时选取24个位点(-31^-21;-4^+2;+25^+29)的3-mer频数作为位置打分函数的参数,分别利用支持向量机和马氏判别式为判别函数对启动子进行预测。用10折叠交叉检验来衡量两种算法的预测能力,预测结果成功率分别达到87.0%和87.9%。对于独立检验集,敏感性分别为62.7%和76.0%,特异性分别为77.5%和66.8%。

PolⅡ-ChIP-PE-MS方法的建立及其在SNP功能研究中的应用

目的:建立RNA多聚酶Ⅱ-染色质免疫沉淀-引物延伸-飞行时间质谱技术(PolⅡ-ChIP-PE-MS),并利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量,为活体状态下研究疾病关联基因SNP的功能研究提供一种高通量的研究手段.方法:采用PCR-RFLP方法对HepG2细胞印迹基因SNRPN(仅父源等位基因表达)基因组DNA和cDNA进行基因分型,利用PolⅡCTD末端Ser5特异性抗体进行染色质免疫沉淀,针对SNP位点两侧序列设计PCR引物和延伸引物,以外侧引物进行PCR扩增,采用延伸引物进行VLET引物延伸,产物纯化后经MALDI-TOF质谱鉴定.结果:对SNRPN杂合子细胞的SNRPNC1654312TSNP进行PolⅡ-ChIP-PE-MS分析发现,基因组DNA样本和染色质免疫沉淀前样本在C、T等位点都包含相同PolⅡ结合量,但免疫沉淀后标本(被磷酸化RNA多聚酶Ⅱ结合的染色质)就仅在T等位点有结合,与产生mRNA转录的等位点相对应.结论:成功建立起PolⅡ-ChIP-PE-MS方法,利用该方法检测SNP等位特异磷酸化PolⅡ结合量是可靠的,可以利用PolⅡ-ChIP-PE-MS策略鉴定疾病关联基因SNP的功能.

理论预测果蝇polⅡ启动子

基于果蝇polⅡ启动子的序列特征,利用结合了离散增量和位置权重矩阵的贝叶斯判别函数对果蝇启动子进行了预测。对预测算法进行10交叉检验。通过比较不同大小训练集对结果的影响,说明了参数选取的合理性和算法的预测能力。同时比较了不同参数的选取对预测结果的影响,从而获得最佳启动子预测结果。预测结果显示成功率达到93%,相互关联系数达到83%。

组蛋白高乙酰化促进大鼠C6胶质瘤细胞中GDNF基因启动子Ⅱ区RNA POLⅡ的募集

目的:探讨大鼠C6胶质瘤细胞中胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)启动子Ⅱ区组蛋白高乙酰化引起该基因高转录的机制。方法:采用ChIP-PCR技术检测了大鼠C6星形胶质瘤细胞和正常星形胶质细胞中GDNF启动子I区和Ⅱ区RNA POLⅡ的募集量;利用ChIP-PCR技术,检测组蛋白乙酰基转移酶抑制剂姜黄素(Curcumin)和去乙酰化酶抑制剂曲古抑菌素A(TSA)处理C6胶质瘤细胞对GDNF启动子I区和Ⅱ区RNA POLⅡ募集的影响。结果:正常星形胶质细胞和C6胶质瘤细胞中GDNF启动子I区RNA POLⅡ募集量无明显差异;同正常星形胶质细胞相比,C6胶质瘤细胞中GDNF启动子Ⅱ区RNA POLⅡ募集量显著升高。当Curcumin显著降低C6胶质瘤细胞中GDNF启动子Ⅱ区组蛋白乙酰化水平时,RNA POLⅡ募集量显著下调(P<0.05);而当TSA显著升高GDNF启动子Ⅱ区组蛋白乙酰化水平时,RNA POLⅡ募集量显著升高(P<0.05)。结论:在大鼠C6胶质瘤细胞中,GDNF启动子Ⅱ区组蛋白高乙酰化介导的RNA POLⅡ募集量升高可能是其高转录的原因。

DNA脱甲基制剂处理乳腺癌细胞可在DNA超甲基化区域解除Pol Ⅱ阻遏

抑癌基因失活在肿瘤形成过程中发挥着重要作用,后天修饰（比如DNA的甲基化）常导致转录抑制。Tao等的研究发现,RNA多聚酶Ⅱ阻遏（Pol Ⅱ stalling）参与了以DNA超甲基化为特征的乳腺癌细胞特定基因的沉默。他们研究了乳腺癌细胞多个DNA超甲基化的基因，

T7启动子具有真核生物聚合酶Ⅱ顺式作用因子的功能

根据ａ－鹅膏蕈碱（ａ－ａｍａｎｉｔｉｎ）对真核生物ＲＮＡ聚合酶的选择性抑制，以氯霉素乙酰转 移酶基因（ＣＡＴ）作为报道基因进行体内表达实验，证明Ｔ７噬菌体启动子可为真核生物ＲＮＡ 聚合酶Ⅱ所启动。应用建立的竞争性ＤＮＡ－蛋白质凝胶泳动技术，分别以ＴＡＴＡ框、ＣＡＡＴ 框、ＧＣ框和八核苷酸序列（ｏｃｔａｍｅｒ）为竞争性寡核苷酸分子，发现人工合成的Ｔ７启动子可能 与 ＴＦⅡＤ起始转录因子结合，形成 ＤＮＡ－核蛋白质结合物。将 ＴＡＴＡ框和八核苷酸序列分别 接入Ｔ７启动子上游，ＣＡＴ实验显示八核苷酸序列可以增强ＲＮＡ聚合酶Ⅱ对Ｔ７启动子的转录 起始作用。实验结果表明Ｔ７启动子可作为ＲＮＡ聚合酶Ⅱ的顺式作用因子。

Ⅱ型胶原在骨关节炎软骨细胞中的表达

目的通过观察Ⅱ型胶原mRNA在骨关节炎(osteoarthritis,OA)患者关节软骨细胞与正常关节软骨细胞中的表达情况,探讨Ⅱ型胶原在骨关节炎中的作用。方法收集髋关节原发性骨关节炎、继发性骨关节炎的关节软骨各8例,并以9例正常关节软骨作对照,采用逆转录聚合酶链反应(reverse transcriptase polymerase chain reaction,RT-PCR)方法检测Ⅱ型胶原mRNA在骨关节炎软骨细胞和正常软骨细胞中的表达情况。结果原发性骨关节炎与继发性骨关节炎组Ⅱ型胶原mRNA的表达均明显低于正常组,与正常组相比差异均有统计学意义(P=0.014);而原发性骨关节炎组与继发性骨关节炎组间Ⅱ型胶原mRNA的表达差异没有统计学意义(P=0.716)。结论软骨细胞内Ⅱ型胶原表达的减少直接导致了Ⅱ型胶原质和量的改变,可能是骨关节炎发病的重要环节,是两类骨关节炎发病的共同途径。

应用原位聚合酶链反应检测淋病患者HSV-Ⅱ感染情况的报告

为了解淋病患者ＨＳＶⅡ的感染情况，应用原位聚合酶链反应（ＩＳＰＣＲ）和ＰＣＲ技术对５８例淋病患者进行ＨＳＶⅡ检测。结果两种方法ＨＳＶⅡＤＮＡ阳性检出率均为５３．４５％（３１／５８）。ＩＳＰＣＲ显示，１１例有皮损者中，９例阳性信号存在于上皮细胞核及胞浆，既往有疱疹皮损者６例，阳性信号均存在于细胞核，４１例无明显皮损者，１６例阳性，其中１２例阳性信号在细胞核，４例在胞核及胞浆。结果提示，淋病患者合并有高的ＨＳＶⅡ感染率。应用ＩＳＰＣＲ不仅可以敏感特异地检测ＨＳＶⅡ，而且可以定位。

中国人群MHC—Ⅱ类抗原DR4基因体外扩增定型分析及其与类风湿关节炎相关性的研究

本工作拟建立一种 HLA 基因组 DNA 定型方法,采用聚合酶链反应技术对所要分析的 HLA—Ⅱ DR4基因进行体外扩增,并配合等位基因特异性寡核苷酸探针对扩增产物进行分析,以确定个体是否带有该型等位基因.我们用该方法对上海地区52例正常人及32例类风湿关节炎病人 DR4基因进行了分析,结果显示正常人 DR4基因携带者为17.3%,而类风湿关节炎病人高达43.8%(RR=3.7,P<0.01),DR4阳性的病人多为重症活动者(X^2=11.7,P<0.005).此外,我们将该方法与血清学定型方法进行了比较.

AngⅡ致内皮细胞凋亡中多聚(ADP-核糖)聚合酶活性变化的研究

目的:探讨体外AngⅡ在引起血管内皮细胞凋亡过程中细胞内多聚(ADP-核糖)聚合酶的活性变化情况。方法:1μmol/L的AngⅡ处理原代培养人脐静脉内皮细胞6、12、24和48h后,用TUNEL法来检测内皮细胞的凋亡,用[3H]掺入法来检测PARP的活性,硝酸还原法检测NO含量。结果:1μmol/L的血管紧张素Ⅱ以时间依赖性引起内皮细胞的凋亡,6h后细胞内的NO含量开始增加(P<0.05),24h达到高峰,48h后下降到对照组水平;6h后PARP的活性上升(P<0.05),12h到达高峰,24h接近正常,48h后PARP的活性显著低于对照组(P<0.05)。结论:NO含量增加导致的细胞毒性在血管紧张素Ⅱ引起内皮细胞的凋亡中有着重要的作用,在这一过程中PARP活性的变化是先上升后下降。

几种不同鹅膏菌毒素对真核生物RNA聚合酶Ⅱ抑制作用的比较研究

用鹅膏菌属（Amanita）含α-毒伞肽的毒素粗提液培养新鲜绿豆，结果在36小时后，各种不同毒苗的毒素粗提液培养的绿豆生长情况有明显不同，用紫外吸收法测定蛋白质含量，发现毒素粗提液培养的绿豆细胞中蛋白质含量比蒸馏水培养的有明显下降，这表明α-毒伞肽的作用机理的确是通过抑制RNA聚合酶Ⅱ而寻致蛋白质合成减少。

RNA聚合酶Ⅱ启动子调控RNA干扰在肿瘤治疗中的应用前景

RNA干扰是双链RNA介导的特异性转录后基因表达沉默现象.由于双链小干扰RNA介导的RNA干扰技术设计简便、作用迅速、效果明显,目前已被广泛应用于基因功能和重大疾病治疗的研究,尤其为肿瘤治疗提供了一条新途径.利用RNA干扰技术通过调节肿瘤发生发展相关基因的表达可制定出一系列有效的抗癌策略.然而在现行大多数策略中往往采用不可调控的RNA聚合酶Ⅲ启动子(H1,U6)表达经典的发夹结构RNA,经由Dicer酶切割成功能性siRNA,因此缺乏组织细胞靶向性和抗癌效率.最新研究表明,采用RNA聚合酶Ⅱ启动子可弥补由RNA聚合酶Ⅲ启动子调控RNA干扰缺陷和不足.此外,运用病毒载体特别是具有靶向和溶瘤效应的肿瘤特异性复制腺病毒,介导RNA聚合酶Ⅱ启动子调控表达siRNA有望成为更有效的治疗手段.

RNA聚合酶Ⅱ同BAF复合物和转录因子NF1/CTF之间的联系

通过免疫荧光共定位实验,研究了RNA聚合酶Ⅱ的亚基Rpb1,Rpb6,Rpb8与BAF复合物和转录因子NF1/CTF在基因转录活动中的联系.实验证实,RNA聚合酶Ⅱ的亚基Rpb1与BAF复合物有联系,Rpb6与BAF复合物联系不紧密,Rpb6与NF1/CTF联系密切,Rpb8与BAF复合物和NF1/CTF有部分联系.免疫沉淀实验也证实RNA聚合酶Ⅱ与BAF复合物和NF1/CTF一同参加了转录起始复合物的形成.

冠心病患者血管紧张素转化酶基因多态性与其血清活性及血管紧张素Ⅱ水平的关系

为探讨冠心病患者血管紧张素转化酶基因多态性与血清中血管紧张素转化酶活性及血浆中血管紧张素Ⅱ水平的关系 ,测定 76例冠心病患者和 6 8例健康人血管紧张素转化酶基因型、血清中血管紧张素转化酶活性和血浆血管紧张素Ⅱ水平 ,并对循环中血管紧张素转化酶活性和血管紧张素Ⅱ水平进行直线相关分析。结果发现 :①冠心病组和正常对照组血清血管紧张素转化酶、血浆血管紧张素Ⅱ水平无明显差别 ;②两组内不同基因型间血管紧张素转化酶活性存在显著差别 ,缺失型者明显高于杂合子和插入型者 ,但不同基因型间血管紧张素Ⅱ水平无明显差别 ;③血清血管紧张素转化酶活性和血浆血管紧张素Ⅱ水平无显著相关。结果提示 ,基因插入缺失多态性是决定血清血管紧张素转化酶活性的重要因素 ,但与血浆血管紧张素Ⅱ水平无关。血清血管紧张素转化酶活性和血浆血管紧张素Ⅱ水平无显著相关 ,血管紧张素转化酶基因多态性与冠心病发生。

日本血吸虫RNA聚合酶Ⅱ转录因子SⅢ-p15亚单位的分离和序列分析

目的 分离和鉴定日本血吸虫 (Schistosomajaponisum ,Sj)新基因。 方法 应用表达序列标签 (Expressedse quencetags ,ESTs)法随机筛选SjcDNA文库 ,通过PCR直接序列测定技术和同源性比较对阳性插入片段进行鉴定。采用亚克隆技术和生物信息学分析对日本血吸虫RNA聚合酶Ⅱ转录延长因子SⅢ -p15亚单位进行结构和功能的鉴定。结果 我们从SjcDNA文库中随机筛选到一个cDNA克隆 ,它含有一个 371个碱基组成的阅读框 ,编码 118个氨基酸 ,与哺乳动物等的RNA聚合酶Ⅱ转录因子SⅢ - p15亚单位具有较高的同源性 ,且具有该因子所特有的氨基酸序列 ,表明我们已经获得了日本血吸虫RNA聚合酶Ⅱ转录因子SⅢ - p15亚单位。 结论 获得了日本血吸虫RNA聚合酶Ⅱ转录因子SⅢ - p15亚单位的全长cDNA序列 。

鹅膏毒肽与RNA聚合酶Ⅱ相互作用的研究进展

RNA聚合酶Ⅱ是真核生物中最活跃最复杂的RNA聚合酶之一,具有非常重要的生物学功能,而鹅膏(Amanita)毒肽对其活性具有专一的高抑制性,这使鹅膏毒肽与RNA聚合酶Ⅱ相互作用的研究尤为重要。鉴于国内对鹅膏毒肽与RNA聚合酶Ⅱ相互作用的研究薄弱,笔者从鹅膏毒肽活性位点的确定、两者相互作用方式、抑制机理及抑制能力等方面进行总结,以期为两者的深入研究提供参考。

人膀胱癌耐药细胞中TopoⅡ基因的表达

目的 :研究DNA拓扑异构酶Ⅱ (TopoⅡ )基因在人膀胱癌多药耐药细胞中的表达状况。方法 :应用MTT法检测人膀胱癌耐药细胞系 (BIU 87 ADM)的耐药性 ;应用逆转录聚合酶链式反应 (RT PCR)分别对BIU 87 ADM及敏感细胞系 (BIU 87)中TopoⅡ基因进行检测。结果 :BIU 87 ADM细胞对阿霉素的耐药性为BIU 87细胞的 5 6 .4倍 ;TopoⅡ基因表达在BIU 87 ADM细胞中呈弱阳性 ,而在BIU 87细胞中呈强阳性。结论 :TopoⅡ基因在人膀胱癌耐药细胞中表达的降低 。

血管生成素-Ⅱ在胃癌中的表达及其意义

目的:研究血管生成素-Ⅱ(Ang-Ⅱ)在胃癌和癌周正常组织中蹬表达及影响其表达的病理因素。方法:采用RT-PCR和免疫组化法检测72例胃癌组织和癌周正常组织中Ang-Ⅱ和血管内皮生长因子(VEGF)的表达。结果:Ang-Ⅱ在胃癌组织中的表达与癌周正常组织相比有显著差异(P<0.01)。在肿瘤组织中,Ang -Ⅱ和VEGF的表达相关(r=0.996,P<0.05)。Ang-Ⅱ的表达与肿瘤的分期(r=0.792,P<0.01)、血管侵犯(r=0.829,P<0.01)相关,而与肿瘤组织的分化类型(r=0.289,P=0.250)、淋巴结转移程度(r=0.290,P=0.259)、浆膜层侵犯(r=0.374,P=0.126)无关。结论:Ang-Ⅱ在胃癌中的表达与VEGF的表达、肿瘤的分期、血管侵犯相关。

GnRH激动剂曲普瑞林对卵巢癌细胞OVCAR3生长的抑制作用及对GnRHⅠ受体、GnRHⅡ受体表达的影响

目的观察促性腺激素释放激素(GnRH)激动剂曲普瑞林对卵巢癌细胞生长的抑制作用并探讨其对GnRHⅠ受体、GnRHⅡ受体表达的影响。方法选用不同浓度曲普瑞林刺激卵巢癌细胞OVCAR3后,采用MTT方法检测其对细胞的增殖活性的影响,并运用RT-PCR方法,检测曲普瑞林对卵巢癌细胞OVCAR3 GnRHⅠ受体、GnRHⅡ受体表达的影响。结果 10-7mol/L浓度的曲普瑞林作用细胞24 h后,其增殖抑制率为(41.07±0.43)%,随着浓度的增加(10-6 mol/L,10-5 mol/L,10-4 mol/L,10-3 mol/L,10-2 mol/L),抑制率逐渐增加,分别为(50.56±0.76)%、(69.86±1.05)%、(65.43±0.87)%、(62.09±1.24)%、(58.69±0.87)%;以10-5 mol/L浓度的曲普瑞林抑制率最高,有统计学意义(P<0.05);以10-5mol/L浓度的曲普瑞林作用于细胞24 h、48 h、72 h后,增殖抑制率分别是(69.86±1.08)%、(58.69±0.98)%、(48.56±1.02)%,最终是作用时间在24 h时抑制率最高,有统计学意义(P<0.05)。GnRHⅠ受体、GnRHⅡ受体的表达:在曲普瑞林10-5mol/L浓度作用于细胞24 h后最高。结论曲普瑞林对卵巢癌细胞OVCAR3生长有抑制作用,GnRHⅠ受体、GnRHⅡ受体表达变化与GnRH激动剂的作用机制有关。

与利巴韦林比较宿主因子CaMKⅡ与PACT对降低甲型流感病毒聚合酶活性的影响

目的对比利巴韦林,观察宿主因子CaMKⅡ和PACT对甲型流感病毒RNA聚合酶的作用。方法采用双荧光素酶报告基因法检测293T细胞中甲型流感病毒聚合酶的相对表达量,分别判断利巴韦林处理与两种蛋白的沉默对甲型流感病毒RNA聚合酶的影响。结果沉默CaMKⅡ蛋白后流感病毒RNA聚合酶相对表达量降低,屏蔽PACT蛋白后甲型流感病毒RNA聚合酶相对表达量降低明显,但利巴韦林的处理对RNA聚合酶的抑制更为明显。结论利巴韦林能明显降低流感病毒RNA聚合酶活性,宿主因子CaMKⅡ和PACT在流感病毒RNA聚合酶的合成过程中起着重要的作用,但PACT的作用要更明显于CaMKⅡ。