猪细环病毒k2型SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法的建立

为建立检测猪细环病毒k2型（Porcine Torque teno sus virus k2,PTTSu Vk2）SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR方法,本研究根据PTTSu Vk2 ORF2基因序列特征设计引物,建立基于SYBR GreenⅠ检测PTTSu Vk2的实时荧光定量PCR方法,该方法在PTTSu Vk2 ORF2基因含量为1.92×102~1.92×107 copies/μL反应范围内有很好的线性关系。扩增产物溶解曲线分析仅出现单一特异峰,无引物二聚体,Tm值为（83.83±0.08）℃,对猪圆环病毒（Porcine circovirus type 1 and type 2,PCV1和PCV2）、猪细小病毒（Porcine parvovirus,PPV）、猪博卡病毒5型（Porcine bovavirus type 5,Pbo V5）、猪细环病毒1a型（PTTSu V 1a）和1b型（PTTSu V 1b）核酸均无阳性信号扩增,可重复性好,组内变异系数为0.39%~1.69%,组间变异系数0.69%~2.19%。本方法的建立可用于定量分析PTTSu Vk2感染噬性组织器官和感染程度,为PTTSu Vk2的流行病学研究及临床诊断等提供了一种可靠的方法。

猪细环病毒k2型福建株ORF2基因克隆

为丰富福建省猪细环病毒的分子流行病学数据,本研究根据猪细环病毒1a型、1b型和k2型特异性检测引物对临床顽固性腹泻仔猪病料组织进行PCR检测,结果从1例病料中检测到猪细环病毒k2型阳性。并通过设计猪细环病毒k2型ORF2基因特异性引物对阳性病料扩增后进行克隆测序,获得猪细环病毒k2型ORF2基因完整编码区序列。分析发现所克隆的猪细环病毒k2型福建株ORF2基因全长为203 bp,编码有67个氨基酸。本实验株ORF2基因和猪细环病毒k2型代表株德国家猪分离株2p株(Gen Bank登录号AY823991)核苷酸同源性高达97.5%;和猪细环病毒1a型(Sd_TTV31株)和1b型(1p株)代表株核苷酸同源性均低于50.0%,分别为43.9%和47.3%。从遗传进化关系上看,本实验株ORF2基因和Gen Bank中猪细环病毒k2型处于同一遗传进化分支,而猪细环病毒1a型和猪细环病毒1b型均处于其他遗传分支。本研究首次在福建猪群中检测到猪细环病毒k2型感染。

猪细环病毒和猪圆环病毒2型混合感染状况的调查

为分析我国猪细环病毒(TTSuV)和猪圆环病毒2型(PCV2)的共感染情况,利用所设计的TTSuV(TTSuV1、TTSuV2)和PCV2特异性引物对我国29个省市采集的猪群血清样品同时进行PCV2和TTSuV(TTSuV1、TTSuV2)PCR检测,分析混合感染情况。结果所检测的1 898份样品中,TTSuV阳性为1 103份(58%),PCV2阳性为435份(23%)。阳性样品中呈混合感染的有275份(14%),其中TTSuV1和PCV2为249份(13%),TTSuV2和PCV2为200份(10%),均为阳性的有174份(9%)。调查结果显示,我国猪群中TTSuV和PCV2混合感染现象较为普遍,对地区性分布特征和饲养模式等影响因素的分析表明TTSuV和PCV2混合感染情况存在地区性差异(P<0.01),但饲养模式并不是共感染的关键因素。

中国部分地区猪细环病毒1型和2型的分子检测

细环病毒(TTV)是近年来发现的一种新型人畜共患DNA病毒,广泛存在于包括人类和家畜在内的多种哺乳动物中。目前我国猪群中TTV的流行病学报道较少。为研究猪细环病毒(PTTV)在我国的流行情况,采用聚合酶链反应(PCR)对2009年我国9个省市部分发病猪场中的PTTV1和PTTV2进行检测。结果显示,191份病料中PTTV的总阳性率为77.0%(147/191),其中PTTV1的单一阳性率为68.6%(131/191),PTTV2的单一阳性率为53.9%(103/191),两基因型的共感染率为45.5%(87/191)。进一步分析发现,在不同猪场、不同年龄猪群、不同病料组织中,PTTV的感染情况均不相同。此外,对41份健康猪的血清进行检测,结果显示,PTTV总阳性率、PTTV1单一阳性率、PTTV2单一阳性率及两基因型的共感染率分别为43.9%(18/41)、36.6%(15/41)、24.4%(10/41)和12.2%(5/41)。结果提示,发病猪体内PTTV总阳性率、PTTV1单一阳性率、PTTV2单一阳性率及两基因型的共感染率均显著高于健康猪(P<0.01)。PTTV在临床上是否对猪致病或与其他病原有协同作用,需进一步研究。

猪细环病毒LAMP检测方法的建立

为建立一种特异和快速的猪细环病毒(TTSuV)检测方法,本研究通过比对TTSuV的全基因序列,选择其保守区域,设计了针对TTSuV检测的LAMP引物,利用LAMP Real Time Turbidimeter LA-320仪对反应体系及条件进行了优化,建立TTSuV环介导等温扩增的检测方法。结果表明:该方法最佳反应条件为64℃恒温50 min,病毒的最低检出限为5.5拷贝/μL,并且与其他相关传染病无交叉反应。临床样品检测结果显示,猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)和2型猪圆环病毒(PCV2)阳性的样品中TTSuV呈高阳性率,分别为92%和87.3%,显著高于非PRRSV和PCV2阳性的猪群。该方法的建立为快速及特异性的检测猪TTSuV提供了有效的方法。

猪细环病毒1b型ORF3基因克隆及序列分析

为明确福建省猪细环病毒(porcine torque teno sus virus,PTTSuV)1b型(PTTSuV-1b)ORF3基因的遗传进化特征,本研究根据GenBank中登录的PTTSuV-1b基因组特征设计特异性引物,对福建省某猪场患有仔猪断奶后多系统衰竭综合征(PMWS)的猪血清进行PTTSuV-1b分段扩增,并分别对PCR扩增产物进行胶回收后克隆测序,将测序结果经BLAST分析后进行序列拼接。试验结果表明,所扩增的目的片段编码有完整的PTTSuV-1bORF3蛋白,全长为600bp,编码有199个氨基酸。将获得的PTTSuV-1b型福建株与GenBank中PTTSuV-1b型的ORF3基因进行比对分析,其与FJ/China/2010/TTV2/2株核苷酸同源性最高,为99.7%,与西班牙PTTSuV-1b分离株TTV2_G43核苷酸同源性为97.3%,与SC株核苷酸同源性稍低,但也达94.0%;而与猪细环病毒K2型德国家猪分离株472142株核苷酸同源性仅为60.7%,与猪细环病毒1a型西班牙分离株PTTV1_1914株核苷酸同源性仅为46.8%。从遗传进化关系上看,PTTSuV-1bORF3基因在遗传进化上呈2个大的遗传进化分支(分支Ⅰ和分支Ⅱ),本研究分离株处于分支Ⅰ。

PCV2、P1和TTV混合感染的流行病学调查

【目的】研究2012年我国部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)、类猪圆环病毒P1和猪输血传播病毒(TTV)混合感染的情况。【方法】采用PCR方法对采集自我国江苏、安徽和浙江3省的108份组织和血清样品进行PCV2、P1和TTV检测。【结果】PCV2感染率为64.81%,P1感染率为12.96%,TTV1感染率为33.33%,TTV2感染率为51.85%,其中8份样品表现为PCV2和P1的混合感染,42份样品表现为PCV2和TTV的混合感染,4份样品表现为PCV2、P1和TTV的混合感染,分别占样品总数的7.41%、38.89%和3.7%。【结论】猪群中PCV2和TTV的感染比较普遍,P1的感染率较低,PCV2和TTV的混合感染率较高,混合感染种类复杂,加重了疫病防控的难度。

猪细环病毒2型环介导等温扩增检测方法的建立

为了能快速、特异的检测猪细环病毒2型(TTSuV2),本研究针对TTSuV2全基因序列的非编码区域和第1个开放性阅读框前端设计了2对引物,建立了TTSuV2的环介导等温扩增(LAMP)检测方法并对反应成分和条件进行了梯度摸索。试验结果显示,该LAMP检测方法最佳反应条件为64℃恒温90 min,可特异性检测TTSuV2,与猪细环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒和猪博卡病毒无交叉反应,病毒最低检出限为100拷贝/μL。结果表明,建立的LAMP方法具有快速、特异且灵敏的特点,可在TTSuV2快速检测方面提供一定的技术支持。

猪输血传播病毒2型福建株ORF1基因特征

参照GenBank中登录的猪输血传播病毒2型(Torque Teno Virus genogroup 2,TTV2)ORF1基因序列特征设计特异性引物,采用PCR方法对从福建省某猪场采集的血液基因组DNA中扩增到猪输血传播病毒2型ORF1基因,并对目的片段进行克隆测序。结果表明,所扩增的目的片段编码有TTV2完整的ORF1基因开放阅读框,全长为1 875bp,编码有624个氨基酸。运用生物信息学软件,将获得猪TTV2福建株ORF1基因序列和GenBank中登录的猪TTV2进行分析比较,其和FJ/China/2010/TTV2/2(GenBank登录号JF937656)的同源性高达98.8%,和四川株(GenBank登录号HQ204188)核苷酸同源性最低,仅为83.5%。从遗传进化上看,猪输血传播病毒2型可以分为3个明显的分支亚群,福建分离株在基因1群和基因2群均有分布,推测福建省存在多亚群猪TTV2流行。

猪细环病毒1a型ORF1基因的克隆与序列分析

为明确猪细环病毒(porcine Torque teno sus virus,PTTSuV)1a型福建株ORF1基因的特征,本研究采用分段扩增的办法从PTTSuV 1a型感染阳性粪便中扩增PTTSuV 1a型福建株ORF1基因,对PCR扩增产物胶回收克隆测序后利用SeqMan软件拼接出完整的PTTSuV 1a型福建株ORF1基因,通过分子生物学软件对其编码蛋白进行生物信息学分析。结果表明,PTTSuV 1a型福建株ORF1基因全长为1 947bp,编码648个氨基酸,其理论等电点为10.06。核苷酸同源性比对结果表明,本试验PTTSuV 1a型福建株ORF1基因和PTTSuV 1a型TTV1Bj2-1株(GenBank登录号:HM633243)同源性最高,达99.7%。利用Mega 6.06绘制其遗传进化树,可见PTTSuV1a型ORF1基因在遗传进化上呈两个大的遗传进化分支(分支Ⅰ和分支Ⅱ),分支Ⅰ又可分为两个小的分支(Ⅰa和Ⅰb),本研究为丰富福建源PTTSuV 1a型分子流行病学数据库奠定基础。

我国部分地区猪圆环病毒2型和猪细环病毒混合感染的调查

为了解猪圆环病毒2型(PCV-2)和猪细环病毒(TTV)混合感染情况,用PCR方法对来自湖南、江西、广东、福建和广西五省区的193份猪组织样品进行PCV-2、TTV-1和TTV-2进行检测。结果显示,PCV-2感染率为61.1%(118/193),PCV-2和TTV-1混合感染率为32.1%(62/193),PCV-2和TTV-2混合感染率为16.9%(32/193),3种病原混合感染率为9.8%(19/193),2006年PCV-2和TTV的混合感染率最高。由此可见,目前猪群中存在PCV-2和猪TTV的混合感染,PCV-2和TTV-1型混合感染率高于和TTV-2型的混合感染率,且存在一定比例的三重感染情况。

猪细环病毒和猪圆环病毒2型混合感染的检测

为诊断中牟某猪场送检病料的感染类型,调查了其流行病学、临床症状和病理剖检特征,并采用PCR检测技术对其进行检测。结果表明,该猪场存在猪细环病毒与猪圆环病毒2型的混合感染。

四川地区猪细环病毒1型的流行病学调查和分子特征研究

为了解猪细环病毒1型(TTSuV1)在四川地区猪群中的流行情况及其遗传进化关系,采用PCR对四川省不同地区的5个规模化猪场采集的140份临床健康猪血清进行检测,并根据NCBI已发表的TTSuV1的全基因组序列,对TTSuV1中的2个亚型TTSuV1a和TTSuV1b进行全基因的扩增。结果显示,在140份临床健康猪血清样本中TTSuV1a和TTSuV1b的阳性检出率分别为49.29%(95%CI:40.7%~57.9%)和39.29%(95%CI:31.1%~47.9%)。通过克隆转化,序列测定后拼接获得TTSuV1a的近似全基因组长为2 497bp,TTSuV1b为2 693bp,对测得序列进行同源性和遗传进化分析。结果表明,扩增得到TTSuV1a的ORF1和ORF2序列,与国内外已发表的参考毒株间的核苷酸同源性分别为79.3%~97.5%和92.7%~98.2%,TTSuV1b的ORF1、ORF2序列与其他参考毒株间的核苷酸同源性分别为100%和97.1%~98.6%,分析表明其差异较小,亲缘关系较近。研究结果为四川省部分地区猪群中TTSuV1的流行情况提供数据参考,为进一步研究TTSuV的遗传进化提供一定的理论依据。

2016-2017年中国部分地区TTSuV2流行情况调查与遗传进化分析

为了解2016-2017年中国地区TTSuV2的流行情况以及流行毒株的遗传演化情况,对中国东北、华中、华东、华北、华南、西南、西北7个地区采集的325份仔猪腹泻样品进行PCR检测,并对其中阳性样品的基因组高变区进行克隆与遗传演化分析。结果显示:TTSuV2阳性样品总数为92份,总阳性率为28.31%;成功克隆出目的基因31条,均属于Kappatorquevirus属的TTSuV k2a基因型,且分布于Group1和Group2。基于全长目的基因同源性分析结果显示,31株TTSuV2型鉴定毒株之间的核苷酸同源性为87.5%~99.7%。UTR核苷酸序列比对结果显示,所有鉴定毒株的核苷酸突变位点主要集中在第51~230 nt。ORF2蛋白序列比对结果显示,所有鉴定毒株的氨基酸突变位点主要集中在第39~49 aa;ORF1蛋白序列比对结果显示,氨基酸突变位点主要集中在第19~50 aa。重组分析结果显示,共存在1株潜在重组毒株TTSuV/515。ORF2基因选择压力分析结果显示,3个密码子位点受到正选择压力,4个密码子位点受到负选择压力。

猪圆环病毒2型、猪巨细胞病毒和TTV-2混合感染的流行病学调查

本研究根据猪圆环病毒2型(PCV2)ORF2、猪巨细胞病毒(PCMV)gB基因和TTV2非编码区序列合成引物,利用PCR方法对2009年来自江苏、浙江、上海、广东和广西等5个省市76个患病猪群的仔猪病料进行了病原学检测。结果显示,PCV2阳性率64.5%(49/76),TTV2阳性率47.4%(36/76),PCMV阳性率69.7%(49/76)。在PCV2的阳性病料中,与PCMV和/或TTV2混合感染占93.9%(46/49),PCMV单独感染阳性率18.4%(14/76),表明该地区PCV2感染率明显提高,混合感染种类复杂,从而为有效预防和控制这些疾病提供了理论依据。

八省份猪群猪圆环病毒2型与猪细环病毒混合感染的调查

为了解2012年我国部分地区猪群中猪圆环病毒2型(PCV2)和猪细环病毒(TTSuV)的混合感染情况以及PCV2流行株的基因型,应用PCR方法对采自山东、福建、安徽、河北、河南、广西、辽宁和湖北八省份的227份样品进行PCV2、TTSuV1和TTSuV2的检测,并对26株PCV2ORF2基因、17株TTSuV1和15株TTSuV2的部分UTR基因进行测序和进化分析。结果显示,PCV2的感染率为71.37%(162/227),PCV2与TTSuV1的混合感染率为44.05%(100/227),PCV2与TTSuV2的混合感染率为36.12%(82/227),3种病原体的混合感染率为29.52%(67/227)。在遗传演化关系上,26株PCV2分离株分布于3个大群,分别为PCV2a、PCV2b和PCV2d分支;TTSuV可以分为两大分支,分别为TTSuV1和TTSuV2。结果表明,上述省份的猪群中普遍存在PCV2和TTSuV的混合感染,且PCV2与TTSuV1的混合感染率高于PCV2与TTSuV2的感染率,甚至存在相当比例的PCV2与TTSuV1和TTSuV2的三重混合感染;上述地区流行的PCV2主要为PCV2d型。

猪细环病毒2型实时荧光定量PCR检测方法的建立

根据猪细环病毒2型(TTSuV2)基因非编码区保守序列设计了1对特异性引物,构建含有TTSuV2基因片段的重组质粒,以系列稀释后的重组质粒作为模板来建立定量检测TTSuV2的SYBR GreenⅠreal-time PCR方法。结果显示,该方法的标准曲线的决定系数达0.999,显示出优良的线性关系;最低可检测50copies/μL的核酸模板,重复性试验的变异系数小于3%;用该方法对TTSuV1、猪圆环病毒、猪细小病毒、伪狂犬病病毒、猪瘟病毒及猪繁殖与呼吸综合征病毒等的检测结果均为阴性;对临床样品的检出率高于常规PCR方法的检出率。结果表明,建立的real-time PCR检测方法特异性强、灵敏度高、重复性好,可用于TTSuV2的检测与定量分析。

猪主要免疫抑制性疾病四重PCR检测方法的建立与应用

为建立一种可以快速检测猪巨细胞病毒(PCMV)、猪圆环病毒2型(PCV2)、猪细环病毒(TTV)和猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的四重PCR检测方法,本研究设计合成了4对特异性扩增引物,在系统性地优化反应体系、反应条件的基础上,分别对其特异性和敏感性进行验证,建立了能够快速检测以上4种病原的多重PCR方法,并对131份临床样品进行了检测。结果显示,该检测方法特异性好,灵敏度高,对PRRSV、PCV2、TTV和PCMV的最低检出量分别为2.4×10^(3)copies/μL、3.5×10^(5)copies/μL、6.2×10^(2)copies/μL、5.6×10^(3)copies/μL。以单一PCR方法对所有临床样品进行检测后发现,检测结果与多重PCR检测结果一致,证明该多重PCR方法可以用于这4种病原的快速检测。

猪输血性传播病毒2型全基因组的克隆与序列分析

为了监测猪输血性传播病毒2型(TTV2)的疫源和进化情况,为进一步研究TTV2的形态结构、遗传变异和基因功能奠定生物学基础,参照国外发表的猪输血性传播病毒(TTV)全基因组核苷酸序列(GU456386.1),设计3对特异性引物,采用巢式PCR对采自四川省的疑似猪输血性传播病毒感染的血清样品进行TTV全基因组的克隆、测序和拼接,并对其进行同源性分析和遗传进化分析。结果显示,该基因组全长2 802bp,与国内外参考株同源性介于87%～96%之间,ORF1的同源性介于81%～95%;ORF2的同源性较高,介于93%～99%之间。系统进化树分析表明,该分离株与美国株PTTV2c-VA的同源性高达96%。结果表明,该毒株为TTV2,与国内外参考株有一定的相似性。

猪细环病毒2型ORF1基因的原核表达及其多克隆抗体的制备

为制备猪细环病毒2型(TTSuV2)ORF1多克隆抗体,以TTSuV2阳性DNA为模板,经PCR扩增目的基因,并克隆于表达载体pET-32a(+),构建了ORF1基因的重组表达载体pET-TTSuV2-ORF1。重组质粒鉴定验证后,转化至大肠杆菌Rosetta(DE3)感受态细胞中,经IPTG诱导表达,SDS-PAGE分析结果显示重组蛋白分子质量约为45.3ku,主要以可溶性蛋白的形式存在,Western-blot分析结果显示重组蛋白能够与TTSuV2阳性血清反应。表达的蛋白经HisTrapFF组氨酸标签融合蛋白纯化柱纯化后,免疫家兔,制备多克隆抗体,Western-blot分析结果显示制备的抗体具有高度的特异性,ELISA测定抗体效价为1∶1 600。证明,成功制备了特异的TTSuV2ORF1多克隆抗体。