Detection of Porcine Epidemic Diarrhea Virus in Guangxi Province from 2011 to 2014 and Sequence Analysis of Its M Gene

Detection of pigs epidemic diarrhea virus （PEDV） was conducted on 331 piglets diarrhea fecal samples collected in Nanning, Yulin and other 12 areas of Guangxi Province from January of 2011 to April of 2014 by the method of reverse transcription-polymerase chain reaction （RT-PCR）. The results showed that the positive samples of PEDV were 210 and the positive rate was 63.44%. The clone and sequencing of M gene was carried out on 25 positive samples. PEDV reference strains were selected from GeneBank to conduct the sequence homology alignment analysis and the phylogenetic tree of M gene. The M gene homology and amino acid sequence identity between 25 isolated strains and 51 reference strains were 96.0% - 99.6% and 94.3% - 99.6%, respectively. The genetic variation anal- ysis of M gene showed that the genetic relationship of PEDV prevalent strains in Guangxi Province from 2013 to 2014 was close to that of the prevalent strains in Bei- jing, Anhui, Wuhan, Hebei and Guangdong from 2010 to 2013, and which were far from that of the Chinese early isolates CH/S （GenBank number： JN547228 ）, vaccine strain CV777 （GenBank number： AF353511 ） and Attenuated DR13 （GenBank number： JQ023162）. Indicating that the PEDV strains prevalent in Guan- gxi in recent years showed significant variation with the early isolates.

猪流行性腹泻病毒S1基因遗传进化分析及蛋白结构预测

猪流行性腹泻病毒(PEDV)属于冠状病毒科甲型冠状病毒属,可引起血清阴性新生仔猪急性腹泻、呕吐、脱水,死亡率较高。PEDV感染引起的猪流行性腹泻(PED)给欧洲和亚洲养猪业造成了重大的经济损失。地方性PED是一个重大问题,多种PEDV潜在输入或变体的出现加剧了这一问题。为了解PEDV的流行与变异情况,应用生物信息学方法对50个PEDV毒株进行了遗传进化分析。结果表明,不同基因型PEDV S1基因具有稳定突变点,同一地域主要流行毒株具有相对遗传稳定性,2020年后我国流行毒株多为G2c基因群。本研究为进一步监测和分析我国猪群腹泻的流行病学及研究PEDV的遗传变异规律提供参考,同时为PED的防控和疫苗研发提供理论依据。

一株PEDV广东流行株S1基因遗传进化分析及其在昆虫细胞中的表达纯化

为了解猪流行性腹泻病毒广东流行株的S1基因流行变异情况,制备相应的诊断试剂,试验采用RT-PCR从猪流行性腹泻疑似发病仔猪的肠道内容物中扩增获得S1基因,利用生物信息学软件构建S1基因的遗传进化树.将S1基因克隆至杆状病毒穿梭质粒pFastBac1,转化至DH10Bac感受态细胞中,经抗生素筛选重组杆粒,把重组杆粒转染到昆虫细胞Sf9,盲传3代后进行间接免疫荧光试验和Western blot鉴定.结果表明:该猪流行性腹泻病毒广东流行株分布于GII-b分支,与国内猪流行性腹泻病毒分离株(HN-HB1-2018、HBHA2015)的核苷酸相似性为98.0%~98.3%,而与猪流行性腹泻病毒经典毒株CV777、DR13的核苷酸相似性仅为89.9%~90.0%.且S1重组蛋白可在昆虫细胞Sf9中以细胞培养分泌上清的形式表达.本研究可为猪流行性腹泻病毒的流行现状研究提供参考,以及后续猪流行性腹泻病毒诊断制品的研发提供前期基础.

2012年河南省猪流行性腹泻病毒分离株S1基因遗传变异分析

为分析2012年河南省猪流行性腹泻病毒（PEDV）的遗传变异情况，本研究设计合成2对扩增s1基因的特异性引物，利用RT—PCR方法，对2012年分离的5株PEDV毒株的S1基因进行扩增、克隆和序列测定，并对其进行遗传进化分析。结果表明，5株PEDVs1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98．3％～99．5％和97．1％～98．9％；与2011年以来国内登录的PEDV流行变异株核苷酸同源性为88．6％～98．0％，氨基酸同源性为85．3％～98．7％；与经典毒株cV777核苷酸同源性为88．7％～89．1％，氨基酸同源性为87．3％～88．4％。5株分离株s1基因均存在相同的插入和缺失，与2011年以来国内登录的流行变异毒株相比没有大的变异，但与参考毒株CV777相比，在163l66bp处有3个核苷酸插入；在l73l74bp之间有9个核苷酸插人；在405—406bp之间有3个核苷酸插入；在463464bp之间有3个核苷酸缺失，这些位点核苷酸的插入和缺失导致了其编码的氨基酸相应改变。s1基因系统进化树分析结果表明，5株分离株与2011年以来国内登录的流行变异毒株均属于基因Ⅲ群，与2011年国内登录的少部分PEDV基因Ⅰ群流行毒株的核苷酸同源性为88．6％～89．3％，氨基酸同源性为85．3％～86．9％，而经典毒株CV777所在分支群属于基因Ⅱ群。本试验结果表明，2011年以来，中国流行的PEDV毒株中同时有基因Ⅲ和Ⅰ群的存在，但以基因Ⅲ群毒株为主，其致病性和抗原性差异仍有待进一步研究。

猪流行性腹泻病毒S1基因在昆虫细胞中的表达与鉴定

本文以猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)流行毒株FJzz1/2011株的S1蛋白的切割位点设计合成特异性引物,通过RT-PCR扩增获得S1基因,将其克隆至转移载体p Fast Bac HTA中,获得了重组质粒p Fast Bac HTA-S1,将该重组质粒转化E.coli DH10Bac感受态细胞,得到重组穿梭质粒r Bacmid-S1,再将重组穿梭质粒r Bacmid-S1转染Sf9细胞,48 h后即可观察到明显的细胞病变。将收获的r Bac-S1-P1代病毒在Sf9细胞上连续传3代后,收获细胞培养物,分别用间接免疫荧光鉴定(indirect immunofluorescence assay,IFA)、SDS-PAGE电泳和Western blot分析。结果显示,P3代重组病毒r Bac-S1感染的细胞均呈现亮绿色荧光,证实表达产物可以被PEDV阳性血清和抗S1蛋白的单抗特异性识别;SDS-PAGE电泳结果显示在大约120 k Da左右可观察到特异性条带;Western blot结果证实该蛋白可以被抗S1蛋白的特异性单抗识别。综上研究结果,证明利用杆状病毒表达系统在Sf9细胞中成功表达了PEDV的S1蛋白,为进一步研究PEDV S蛋白的抗原性奠定了基础。

2018-2020年中国部分省市猪流行性腹泻病毒S1基因的监测及遗传变异分析

【目的】调查中国规模化猪场猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行情况。【方法】利用RT-PCR检测方法对2018-2020年采集于全国11个省市318个规模化猪场的2391份样品进行PEDV核酸检测,对30份阳性样品进行S1全基因扩增与测序,并利用MegAlign、Mega 7.0等软件进行分析。【结果】2018-2020年,猪场PEDV核酸阳性率分别为48.57%、10.96%和4.72%,样品PEDV核酸阳性率分别为28.97%、8.27%和7.50%,猪场和样品PEDV核酸阳性率呈现逐年下降的趋势。S1基因相似性分析显示,获得的30株毒株全部为GⅡ基因型,其中17株毒株为GⅡa基因亚型、5株毒株为GⅡb亚型、8株毒株为GⅡc亚型,GⅡa基因亚型毒株为2018-2020年流行的主要毒株类型;30株毒株S1基因序列之间核苷酸相似性为93.0%~99.5%,氨基酸相似性为91.7%~100%,其中22株毒株与2017-2018年流行的GⅡ基因型毒株相比S1氨基酸序列表现出特征性插入和缺失。【结论】本研究结果为监测和分析中国PEDV的变异和演化提供了临床数据,为猪流行性腹泻防控和疫苗研制提供了参考。

2016年黑龙江省猪流行性腹泻病毒S1基因的遗传变异分析

为了解2016年黑龙江省猪场内猪流行性腹泻病毒（PEDV）的流行与变异情况,试验利用RT-PCR方法对采自黑龙江省的29份腹泻仔猪的小肠组织样品进行检测,针对PEDV S1基因进行扩增及测序,构建系统进化树,并对其进行系统进化性分析和氨基酸序列插入或缺失突变分析。结果表明：10个S1基因测序成功,鉴定毒株间核苷酸序列同源性为96.2%-99.7%,推导出的氨基酸序列同源性为96.2%-99.5%;与已知的中国HGC-01-2015、FJ-FQ 2014野毒株和美国高致病性毒株USA/Colorado/2013同源性较高,而与经典毒株CV777、中国早期毒株同源性较低;以S1基因构建系统进化树,主要分为GⅠ群和GⅡ群,新鉴定的10株PEDV毒株均属于GⅡb亚群的non S-INDEL型毒株,与经典毒株CV777及亚洲其他地区毒株、欧洲毒株分属于不同亚群;鉴定毒株与亚洲地区常用疫苗株相比,存在相同的突变位点,并集中在S1蛋白的N末端结构域。

PEDV变异株的分离鉴定和S1基因序列分析

为了获得猪流行性腹泻病毒(PEDV)分离株,并对其S1基因进行序列分析,本试验从江苏2个猪场发病死亡仔猪的肠道组织分离病毒,接种至Vero细胞培养;通过实时荧光定量PCR方法鉴定PEDV、反转录PCR(RT-PCR)方法对PEDV S1基因进行扩增测序;并将10^(7.0)TCID_(50)/mL的分离毒株口服接种5头哺乳仔猪(2 mL/头),观察临床症状,统计发病率和死亡率。结果显示,经鉴定获得的2株分离株均为PEDV,分别命名为DJCY株和DJYJ株。分离毒株能在Vero上产生典型细胞病变,传代至F10代时病毒滴度分别为10^(7.80)TCID_(50)/mL和10^(8.16)TCID_(50)/mL。RT-PCR鉴别诊断S1基因测序和分析显示,2株PEDV均为变异株。接种分离株的哺乳仔猪发病率为100%,接种DJCY株的死亡率为80%,接种DJYJ株的死亡率为100%。体外和体内试验证实,2株分离毒株均为PEDV变异株,且毒力较强。

猪流行性腹泻病毒RAA-CRISPR/Cas13a检测方法的建立与初步应用

将重组酶辅助扩增技术(recombinase aided amplification,RAA)与规律间隔性成簇短回文重复序列相关Cas13a蛋白(CRISPR-Cas13a)技术相结合,即RAA-Cas13a,建议建立高效、灵敏、特异的猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)检测方法。针对PEDV N基因保守区设计RAA特异性引物和CRISPR RNA(crRNA),利用RAA技术扩增样本核酸,并进行CRISPR-Cas13a荧光检测,以RT-qPCR为对照方法,评价该方法的灵敏度、特异性及与RT-qPCR法的一致性。结果表明,该方法最低可检测至101 copies·μL^(-1),且与猪圆环病毒1型、猪圆环病毒2型、猪圆环病毒3型、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪瘟病毒及猪伪狂犬病病毒等常见猪源病原核酸检测无交叉反应。采用RAA-Cas13a检测40份临床样本与RT-qPCR方法阳性符合率为100%,阴性符合率为84.6%,总符合率为95%,Kappa值为0.881。本研究建立的RAA-Cas13a方法灵敏度高、特异性强,为PEDV的临床诊断和流行病学监测提供了可靠的技术手段。

猪流行性腹泻病毒湖北株的分离鉴定及其s1基因进化分析

猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）是猪的肠道传染病病原,主要引起仔猪呕吐、腹泻和脱水,对一周龄内的哺乳仔猪危害最为严重,死亡率可达50%～100%。利用Vero86细胞从湖北某猪场腹泻仔猪小肠病料中分离到一株病毒,经RT-PCR检测、序列比对后确定其为PEDV,命名为HB201503株。设计PEDV s1基因的全长扩增引物,获得该株病毒的s1基因全长序列并进行了进化分析,结果表明该毒株与近年来在Gen Bank登陆的PEDV s1基因核苷酸序列相似性在91.4%～99.2%,与疫苗株CV777相似性较低,仅为91.8%。通过s1基因进化树分析表明HB201503以及近几年国内分离毒株主要集中在第I个亚群,且HB201503株与KM406183（2014,四川）和KM609206（2015,江苏）同源性较高。此外,s1蛋白氨基酸序列比对显示,HB201503与近几年分离毒株及疫苗株CV777均在55-74、157-163位氨基酸出现了连续4个以上氨基酸的缺失或替换,而且HB201503株与CV777及近几年分离毒株相比,还在270-283位氨基酸上出现了1个氨基酸的缺失和10个氨基酸的替换。

广东省猪流行性腹泻病毒S1基因的克隆与序列分析

为研究广东省猪流行性腹泻病毒S1基因的变异情况,于2012-2013年间从广东省不同地区猪场采集56份腹泻病仔猪样本。通过PCR方法扩增到12个样本的PEDV的S1基因序列,并进行序列比对及遗传分析。结果 12个样本PEDV的S1基因序列之间的核苷酸同源性为91.1%-99.6%,氨基酸的同源性为88.5%-99.1%。12个样本PEDV的S1基因序列与国内参考毒株核苷酸的同源性为91.0%-99.9%,氨基酸的同源性为88.5%-99.7%。与国外参考毒株核苷酸的同源性为89.0%-99.7%,氨基酸的同源性为86.5%-99.4%。与经典毒株CV777的核苷酸同源性为91.0%-100.0%,氨基酸的同源性为88.3%-99.9%。其中,仅GD-HY的S1基因与CV777的同源性达100.0%,其他同源性较低。表明近年广东省的PEDV流行毒株以变异株为主,与疫苗株（CV777）的亲缘关系较远。

2018—2019年广东省猪流行性腹泻病毒S1、M和ORF3基因遗传进化分析

为了了解2018—2019年广东省猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的遗传变异情况,试验采用RT-PCR方法对采集到的69份样品进行PEDV抗原检测,并对部分阳性样品的S1、M和ORF3基因进行测序,再利用分子生物学软件对测序结果与NCBI中的参考毒株进行遗传进化树的构建、同源性分析及氨基酸序列比对。结果表明:经RT-PCR检测有38份样品为PEDV阳性,阳性率为55%,阳性率较高。在PEDV S1基因遗传进化分析中,检测毒株均位于G2分支,与VN-VAP1113核苷酸序列同源性较高,为96.0%~97.6%;主要有3个氨基酸缺失、5个氨基酸插入及多个氨基酸突变。在PEDV M基因遗传进化分析中,GDxh毒株位于G1-2分支,与DR13核苷酸序列同源性较高,为98.3%;GDhz-1毒株位于G2-1分支,与VN-VAP1113核苷酸序列同源性较高,为98.3%;其他12株毒株位于G2-2分支,与OH851核苷酸序列同源性较高,为97.4%~99.1%;主要有5个氨基酸突变和1个氨基酸插入。在PEDV ORF3基因遗传进化分析中,GDxh毒株与DR13核苷酸序列同源性为91.6%,主要有4个氨基酸突变和一段氨基酸缺失;其他检测毒株均位于G2分支,其中7株毒株与OH851核苷酸序列同源性为90.2%~92.0%,主要有5个氨基酸突变;另外5株毒株与VN-VAP1113核苷酸序列同源性均为87.6%,主要有11个氨基酸突变。说明2018—2019年广东省PEDV流行毒株主要为G1型和G2型,流行情况复杂,其S1和ORF3基因对应的氨基酸序列容易发生突变、插入或缺失,给该地区猪流行性腹泻的防治工作带来较大挑战。

2016—2018年四川地区猪流行性腹泻病毒流行病学调查与ORF3、S1部分基因序列分析

为分析四川地区猪流行性腹泻流行状况及分子遗传演化特征,对2016年6月至2018年6月收集的71份猪腹泻病例进行RT-PCR检测与相关的流行病学调查,并对其中4份阳性样品进行ORF3、S1基因的检测与序列分析。结果显示,近2年的发病高峰日分别在1月28日和2月11日,发病高峰期在12月至3月;猪场连年感染数量下降,新疫源地增加;ORF3基因可分为2个基因型,部分毒株发生少量碱基突变;从S1基因高变区段分型结果显示,2016年底至2018年初流行的PEDV毒株为GⅡ群,与目前流行的PEDV变异毒株在同一分支,同源性为92.8%~99.3%,碱基变异数量较大,与国内的经典疫苗株CV777亲缘关系较远,同源性为82.7%~87.3%,发病时期更集中,较传统PEDV有轻度后移。结果表明,四川地区规模化猪场PED发病率呈下降趋势,对于该病的防控取得初步成效。目前流行PEDV毒株有变异的趋势,为PEDV的防控奠定基础。

2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒S1、M和ORF3基因遗传进化分析

为了解2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况,试验从多个地区的51家猪场采集340份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子,提取病毒核酸后采用RT-PCR方法扩增S1、M和ORF3基因并测序,与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析,利用生物信息学软件构建遗传进化树,分析核苷酸序列同源性及氨基酸序列。结果表明:共获得57份PEDV阳性样品,来源于14家猪场,猪场阳性率为27.5%,并对从阳性猪场获得的14株毒株进行命名。与经典毒株CV777相比,14株PEDV毒株的S1、M和ORF3基因均出现不同程度的氨基酸突变。在14株毒株的S1基因中,Heyuan2021-7毒株位于G1-2分支,其余13株位于G2分支,14株毒株与参考毒株GD-A核苷酸序列的相似性较高,为89.3%~99.9%,存在多处氨基酸的缺失和插入。在M基因中,14株毒株位于G2分支且与参考毒株FR-001核苷酸序列的相似性为98.1%~99.7%,只存在氨基酸突变。在ORF3基因中,FC2021-1、GDzq2020-12、GDmm^(2)021-1和GDjm-DG-2021-12毒株位于G1-2分支,其余10株位于G2分支,14株毒株与参考毒株VN-JFP1013核苷酸序列的相似性为95.4%~99.3%,同源性较高,只存在氨基酸突变。说明2020—2021年我国部分地区流行的PEDV毒株有G1型和G2型毒株,其S1基因较M和ORF3基因突变程度更大,PEDV的流行情况相对复杂。

2015年~2021年我国东部地区猪流行性腹泻病毒S1蛋白关键表位的变异分析

为了解2015年~2021年我国东部地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)的流行特征和遗传变异规律,本研究利用RT-PCR扩增2015年~2017年11株分离自浙江地区PEDV流行株的S1基因序列,并与GenBank中我国东部地区(上海、江苏、山东、河南和安徽)的86株PEDV流行株的S1基因序列通过MEGA 7.0软件比较分析S1基因的遗传进化关系,采用CLC Sequence Viewer 8软件分析比对S1蛋白氨基酸序列的变异。PEDV S1基因遗传进化分析结果显示,97株PEDV中有92%的流行株属于G2型,与疫苗株CV777同源性较低(90.4%~96.1%),山东地区2017年~2018年间的部分流行株与疫苗株CV777等属于G1型;G2型中,33%的流行株属于G2a型,67%的流行株属于G2b亚型,其中2019年~2021年的流行株有15%流行株属于G2a亚型,85%的流行株属于G2b亚型。S1蛋白关键表位的变异分析结果显示,与经典株CV777相比,中和表位COE(CO-26K equivalent epitope)发生8个氨基酸位点(A^(517)S、S^(523)G、V^(527)I、T^(549)S、G^(594)S、A^(605)E/D、L^(612)F/Y、I^(635)V)的突变,SS2区域无氨基酸变异,SS6发生1个氨基酸位点(Y^(766)S)的突变,2018年后出现新的突变位点(T^(636)I和S^(749)G)。不同地区S1蛋白关键表位的变异分析结果显示,aa501变异在河南地区(L^(501)P)和江苏地区(L^(501)W)存在明显的差异;aa536突变(F^(536)L)多集中于河南、山东地区的流行株,aa542突变(D^(542)E)集中于江苏、上海地区。本研究首次系统分析了我国东部地区PEDV流行株S1基因及其氨基酸的遗传变异规律,为我国该地区PEDV变异株疫苗选择、生物安全防控方案制定提供了参考依据。

CRISPR/Cas13b系统对猪流行性腹泻病毒增殖的抑制作用

【目的】猪流行性腹泻是由猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)引起的一种对养猪业造成巨大损失的高致死率的传染性疫病。CRISPR/Cas13b系统精准切割和编辑RNA的功能提供了一种靶向抑制RNA病毒的策略。本研究尝试利用CRISPR/Cas13b的RNA干扰功能对PEDV的基因组RNA进行切割,以探索一种新型的PEDV病毒抑制策略。【方法】设计了4对靶向PEDV基因组不同区域的CRISPR RNA(crRNA)位点,构建了CRISPR/Cas13b打靶载体,以打靶载体转染Vero细胞,并利用PEDV感染转染细胞,检测PEDV在CRISPR/Cas13b转染细胞内的增殖情况。【结果】CRISPR/Cas13b系统对PEDV在Vero细胞的增殖具有明显的抑制作用。打靶载体U6-crRNA3和U6-crRNA4转染组相较于正常细胞组,病毒免疫荧光试验中荧光团明显减少;定量PCR结果显示,打靶载体转染组在细胞水平抑制50%以上病毒增殖量。【结论】本研究构建的CRISPR/Cas13b系统能有效抑制PEDV增殖,为开发有效的RNA病毒防控手段、建立抗病动物模型提供了新的研究策略。

河北省一株猪流行性腹泻病毒S1基因的遗传变异与重组分析

为了解近年来河北地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus, PEDV)的流行性和遗传变异性,试验采集河北省某发病猪场仔猪的小肠组织,提取RNA,对S1基因进行RT-PCR,对扩增的阳性产物进行克隆与测序,对测序结果进行同源性分析,对S1蛋白进行亲水性、表面可触性、抗原指标及T细胞基序分析,利用MEGA X 10.0.5软件对PEDV S1基因进行最大似然法(maximum likelihood, ML)遗传进化分析,利用RDP4软件进行PEDV S1基因的重组分析。结果表明:成功克隆出pMD18-T-PEDV-S1,将该毒株命名为HB/HS/2019株,其包含N末端域和C末端域的S1基因近全长序列,长度为2 163 bp,编码721个氨基酸;成功预测S1潜在的B细胞表位和T细胞基序。经同源性分析,HB/HS/2019与四川株CH/SCJY/2018 S1基因的相似性最高,为99.8%;与比利时CV777毒株的基因相似性为91.4%,存在插入和缺失现象。经进化分析,40株PEDV分为GⅠ群和GⅡ群,HB/HS/2019属于GⅡ群。在GⅡ群内,我国流行株均为2010年后出现,HB/HS/2019与市售疫苗株AJ1102和LW/L亲缘关系较近,与CV777和attenuated CV777株亲缘关系较远。经重组分析,未发现HB/HS/2019 S1序列含有潜在的重组事件,发现GⅠ群和GⅡ群的毒株之间S1基因存在3个重组事件。说明HB/HS/2019 S1基因与2010年以后我国报道的变异毒株亲缘关系较近,虽然该基因存在一些核酸位点变异,但是尚未发生基因重组事件。

2018年大庆市某规模化猪场PEDV检测及S1基因遗传变异分析

为调查2018年大庆市某规模化猪场猪流行性腹泻病毒(PEDV)的感染及遗传变异情况,应用RT-PCR方法,对该规模化猪场的两个分场的仔猪腹泻样品进行PEDV S1基因扩增、测序及遗传进化分析。结果表明两个分场均存在PEDV感染;序列分析显示,两个分场PEDV S1基因序列核苷酸同源性为98.3%,推导氨基酸同源性为97.7%,与我国HGC-01-2015野毒株核苷酸同源性最高为99.0%,与2014年日本流行毒株ZK-O型毒株核苷酸同源性最低为84.9%。PEDV S1基因系统进化树分析显示,实验鉴定毒株均属于GⅡb亚群,与近年国内流行毒株及黑龙江省地区的流行毒株亲缘关系较近,与早期经典毒株CV777型毒株及国外流行毒株亲缘关系较远。

猪流行性腹泻病毒SHpd/2012株S1和S2基因片段的真核表达

为探究猪流行性腹泻病毒(PEDV)的新毒株SHpd/2012在感染细胞时与细胞的相互作用机制,根据已得到的序列设计引物,克隆了S1和S2基因片段,构建了pCAGGS-S1和pCAGGS-S2真核表达质粒。间接免疫荧光和Western-blot实验表明,转染后S1和S2都能在Vero细胞内表达,且转染48h后的表达量较高;其中S1蛋白分子量约为90kDa,S2蛋白分子量约为60kDa。流行毒株SHpd/2012的S1与S2两肽段的成功表达,为之后进一步研究PEDV与Vero细胞的相互作用奠定了基础。

湖南省部分地区养猪场PEDV的检测及S1基因序列变异分析

为了解2020—2021年湖南省部分地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)遗传变异情况,试验从10个暴发仔猪腹泻的猪场采集40份样品进行PEDV核酸检测,统计阳性率,并对部分阳性样品的S1基因进行扩增、测序,并进行序列同源性分析和遗传进化分析。结果表明:场阳性率为60.0%,40份组织样品中有21份为PEDV阳性,阳性率为52.5%;6个阳性猪场随机挑选的6份样品PEDV毒株S1基因扩增得到大小均为1 700 bp左右的目的条带,其核苷酸和对应推导的氨基酸序列相似性分别为97.2%~99.8%和95.4%~99.5%,与国内外流行的PEDV变异株(G2型)对应核苷酸序列相似性分别为96.8%~99.2%和95.0%~98.7%;与PEDV疫苗株(CV777株,G1型)对应核苷酸序列相似性分别为91.2%~92.3%和88.9%~90.8%。进一步遗传进化分析结果发现,获得的6个PEDV毒株均属于G2亚群,与我国流行的PEDV变异株所属分支相隔很近。说明PEDV是导致湖南省部分地区仔猪腹泻的常见病原,且均为PEDV变异株。