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大豆Pre-miRNAs作为内参基因在盐碱胁迫下的表达稳定性分析 被引量:4
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作者 周永刚 王骐 +11 位作者 刘伟灿 邓宇 李晰亮 靳京 邓文波 赵利旦 王兴超 王南 王法微 李晓薇 董园园 李海燕 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2016年第1期61-67,共7页
【目的】对比大豆Pre-miRNAs候选内参基因和传统内参基因的表达稳定性,筛选出适合盐、碱胁迫条件下RT-qPCR分析的最稳定内参基因。【方法】选用了6个保守的Pre-miRNAs基因和4个常规的内参基因作为候选内参基因,通过RT-qPCR的方法,利用Ge... 【目的】对比大豆Pre-miRNAs候选内参基因和传统内参基因的表达稳定性,筛选出适合盐、碱胁迫条件下RT-qPCR分析的最稳定内参基因。【方法】选用了6个保守的Pre-miRNAs基因和4个常规的内参基因作为候选内参基因,通过RT-qPCR的方法,利用GeNorm和NormFinder软件,评价了10个候选内参基因在大豆盐、碱胁迫条件下的稳定性。【结果】大豆盐胁迫下,叶中表达最稳定的基因组合是Pre-miR166和Pre-miR172,表达最稳定的单一基因是FboX;根中表达最稳定的基因组合是Act11和EF1A,表达最稳定的单一基因是Act11。大豆碱胁迫下,叶中表达最稳定的基因组合是Pre-miR393和Pre-miR172,表达最稳定的单一基因是Pre-miR393;根中表达最稳定的基因组合是Act11和60S,表达最稳定的单一基因是Pre-miR172。【结论】大豆Pre-miRNAs可以与传统内参基因一样作为内参定量目的基因。 展开更多
关键词 大豆 盐胁迫 碱胁迫 荧光定量PCR pre-mirnas(前体miRNAs) 内参基因
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获得构建miRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法
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作者 李嘉熙 宋刘梅 +6 位作者 王美晨 蓝茜 李玥 刘莉 王璇 韩燕 李冬民 《中国医学教育技术》 2013年第5期546-549,共4页
近年研究发现pre-miRNA发夹结构两侧的序列对miRNA的成熟至关重要。文章主要介绍了利用"miRBase"和"Ensembl"数据库获得构建microRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法:即先通过"miRBase&... 近年研究发现pre-miRNA发夹结构两侧的序列对miRNA的成熟至关重要。文章主要介绍了利用"miRBase"和"Ensembl"数据库获得构建microRNA高表达载体的pre-miRNA及其侧翼DNA序列的生物信息学方法:即先通过"miRBase"数据库获得pre-miRNA在"Ensembl"数据库的位置链接;然后在"Ensembl"数据库内获得pre-miRNA在基因组上的位置及碱基序列;最后在pre-miRNA序列导出窗口5'和3'侧翼序列输入框内填写所需侧翼序列的长度,进而获得pre-miRNA及其侧翼的DNA序列。 展开更多
关键词 “miRBase”数据库 “Ensembl”数据库 成熟miRNA miRNA前体(precursormicroRNA pre-mirna) pre-mirna侧翼
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基于具有多茎环特征GA-SVM的人类Pre-miRNA的预测研究
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作者 熊大鹏 刘蓉杰 +4 位作者 胡凯 谭艳平 张园 唐广宇 曾寅 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第12期1174-1178,共5页
MicroRNA(miRNA)是一类长度约为21 nt的非编码RNA,在动植物中发挥着重要而广泛的转录后调控作用.现有的计算预测方法通常不能很好地识别具有多分枝茎环二级结构的pre-miRNA.为进一步提高对pre-miRNA的预测精度,本文在以往研究的基础上,... MicroRNA(miRNA)是一类长度约为21 nt的非编码RNA,在动植物中发挥着重要而广泛的转录后调控作用.现有的计算预测方法通常不能很好地识别具有多分枝茎环二级结构的pre-miRNA.为进一步提高对pre-miRNA的预测精度,本文在以往研究的基础上,新引用了一类多茎环生物学特征,将遗传算法(GA)与支持向量机(SVM)结合以进行特征选择,同时优化SVM分类器模型参数(c,g),并对数据集的不平衡性进行处理,构造出新的分类器.本文采用人类pre-miRNA作为研究数据集,通过5折交叉验证,实验结果显示,新的分类器能够有效地提高预测精度. 展开更多
关键词 pre-mirna 多分枝茎环结构 计算预测 遗传算法(GA) 支持向量机(SVM)
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文心兰25条miRNA前体序列特性及其表达分析 被引量:4
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作者 王培育 王丛巧 +4 位作者 张舒婷 王雪晶 叶炜 赖钟雄 林玉玲 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第9期1587-1597,共11页
为了解文心兰miRNA的序列特性及其在不同组织部位中以及软腐病侵染过程中的表达规律,该研究对文心兰转录组及miRNA数据库中的25条miRNA前体(pre-miRNA)序列和15条成熟体序列进行序列特性分析,并对25条pre-miRNAs在文心兰不同组织部位及... 为了解文心兰miRNA的序列特性及其在不同组织部位中以及软腐病侵染过程中的表达规律,该研究对文心兰转录组及miRNA数据库中的25条miRNA前体(pre-miRNA)序列和15条成熟体序列进行序列特性分析,并对25条pre-miRNAs在文心兰不同组织部位及软腐病侵染的假鳞茎中的表达情况进行实时荧光定量分析。结果显示:(1)文心兰25条pre-miRNAs序列可分为13个家族,其中包含15条成熟体序列。(2)Mfold二级结构预测显示,文心兰25条pre-miRNAs的最小折叠自由能在-32.04~-120.98kal/mol之间,均可以形成典型、稳定的发夹结构。(3)序列比对分析发现,同一家族的前体与成熟体存在一个约20个碱基长度的保守区域,推测该区域可能为文心兰miRNA成熟体所在区域。其中,13个前体家族中,有10个家族的成熟体可以完全定位于其前体中。(4)实时荧光定量PCR结果显示,在文心兰不同组织部位中,miR159-unigene0037857、miR167-unigene0011236、miR167-unigene0002619、miR169-unigene0022341、miR172-unigene006514、miR396-unigene19032、miR398-unigene0009996、miR2950-unigene0006151、miR2950-unigene0006422等pre-miRNAs在叶片中大量累积可能有利于其叶的形态建成;miR162-unigene0003615、miR162-unigene0013441、miR166-unigene0011870、miR168-unigene0009958等pre-miRNAs同时在根和叶中均大量表达有利于其根和叶的发育;而miR171-unigene0045985、miR396-unigene0011179、miR396-unigene0011180在根和茎中的大量表达可能有利于其根和茎的发育。(5)在软腐病病菌侵染文心兰假鳞茎的过程中,miR159-unigene0037857、miR167-unigene0011236、miR396-unigene0011179、miR396-unigene0011180、miR396-unigene0019032、miR845-unigene0012489的表达总体呈下降趋势;miR162-unigene0040566、miR166-unigene0011870、miR168-unigene0009958、miR171-unigene0045985在软腐病菌液侵染4h其表达量升高,之后表达量下调;miR162-unigene0003615、miR167-unigene0002619、miR168-unigene0047942、miR169-unigene0022341、miR845-unigene0012489在菌液侵染过程中其表达量呈现先下降后上升的趋势,并在侵染8h后表达量达到最低。研究表明,文心兰pre-miRNAs 13个家族不同成员在进化进程中具有高度保守性与特异性的结构特点,并可能广泛参与文心兰不同组织的生长发育及参与软腐病菌侵染的响应。 展开更多
关键词 文心兰 pre-mirnas 序列特性 表达分析
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应用离散增量方法识别人类MicroRNAs前体序列
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作者 高智红 张利绒 罗辽复 《内蒙古大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期673-677,共5页
MicroRNAs(miRNAs)是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA.根据Mi-croRNAs前体序列(pre-miRNAs)的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(int... MicroRNAs(miRNAs)是一类约为21-26个碱基长度的非编码单链RNA.根据Mi-croRNAs前体序列(pre-miRNAs)的碱基保守特征和二级结构特征,应用多样性增量方法(ID方法)和支持向量机(SVM)分析,以内含子区(intron)、外显子区(exon)、基因间区(intergenic)三类序列分别作为负集,对人类的pre-miRNAs进行分析和预测.当以intergenic区和intron区序列为训练负集时,其以二级结构三联体、四联体和五联体(3-mer、4-mer、5-mer)为特征参量的敏感性、特异性、整体精度都在89%以上,相关系数在0.7以上. 展开更多
关键词 pre-mirnas 离散增量 二级结构特征
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8种模式生物的miRNA比较分析 被引量:2
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作者 冯世鹏 刘梦佳 《生物技术通讯》 CAS 2016年第5期629-633,共5页
目的:分析物种间miRNA序列的共同点和差异点,为后续miRNA研究奠定基础。方法:从miRBase数据库下载8种模式生物,即智人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、拟南芥、水稻、玉米的全部miRNA,通过生物信息学相关软件及方法对其进行分析。结果:各物... 目的:分析物种间miRNA序列的共同点和差异点,为后续miRNA研究奠定基础。方法:从miRBase数据库下载8种模式生物,即智人、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、拟南芥、水稻、玉米的全部miRNA,通过生物信息学相关软件及方法对其进行分析。结果:各物种成熟miRNA序列长度均约为22 nt,植物miRNA长度分布范围较动物更集中;而pre-miRNA则相反,植物pre-miRNA的长度变异远大于动物;各物种miRNA序列第一个碱基倾向于U,而其他位点的碱基在不同物种间变异较大;miRNA的保守性有一定的范围,不存在在所有物种中均保守的miRNA。结论:找到了miRNA间的一些共同点及差异点,可为后续miRNA鉴定注释提供借鉴。 展开更多
关键词 MIRNA pre-mirna 保守性 GC含量 碱基偏好性
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microRNA的生物发生及作用机制研究进展 被引量:2
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作者 王宁 范志朋 《中华老年口腔医学杂志》 2021年第3期187-192,共6页
miRNA是一种小的非编码RNA。在细胞转录时,DNA双链打开,在RNA聚合酶II的作用下转录形成发卡样结构pri-miRNA,经过DGCR8和Drosha酶微处理器的作用后,剪切成pre-miRNA,在转运蛋白的协助下出核后,经酶的进一步剪切形成成熟的miRNA。成熟的m... miRNA是一种小的非编码RNA。在细胞转录时,DNA双链打开,在RNA聚合酶II的作用下转录形成发卡样结构pri-miRNA,经过DGCR8和Drosha酶微处理器的作用后,剪切成pre-miRNA,在转运蛋白的协助下出核后,经酶的进一步剪切形成成熟的miRNA。成熟的miRNA负载到AGO蛋白后,通过碱基互补配对的原则与下游靶向mRNA结合,沉默或降解下游mRNA。部分miRNA在细胞质内未发挥作用,再次入核,结合到下游靶基因的启动子上,使下游靶基因的组蛋白发生甲基化。若下游靶基因组蛋白H3K4发生甲基化,会促进转录,促进下游靶基因的表达。若下游靶基因发生H3K9或H3K27的甲基化,会导致转录抑制,抑制下游靶基因的表达。此外,miRNA还可被包裹进外泌体内,分泌到细胞外,发挥其生物学作用。miRNA在细胞质内还可与其他非编码RNA相互作用,如miRNA与miRNA,miRNA与LncRNA,miRNA与circRNA的相互作用,抑制其他非编码RNA发挥其生物学功能,最终影响细胞的功能。miRNA在细胞的生长发育,分化和疾病中都发挥重要的功能,本文就miRNA形成的生物学过程及作用机制的研究现状作一综述。 展开更多
关键词 MIRNA pre-mirna 生物发生 作用机制
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Hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism and cancer risk:a meta-analysis
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作者 Peng Zou Lin Zhao +5 位作者 Haitao Xu Ping Chen Aihua Gu Ning Liu Peng Zhao Ailin Lu 《The Journal of Biomedical Research》 CAS 2012年第4期253-259,共7页
MicroRNAs(miRNAs) are gene regulators involved in numerous diseases including cancer,heart disease,neurological disorders,vascular abnormalities and autoimmune conditions.Although hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism ... MicroRNAs(miRNAs) are gene regulators involved in numerous diseases including cancer,heart disease,neurological disorders,vascular abnormalities and autoimmune conditions.Although hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism was shown to contribute to the susceptibility of multiple genes to cancer,the data have yielded conflicting results.Therefore,this meta-analysis was performed to provide a comprehensive assessment of potential association between hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism and cancer risk.In this meta-analysis,a total of 9 articles regarding 10 eligible case-control studies in English(including 6134 cases and 7141 controls) were analyzed.No significant association between hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism and overall cancer risk was demonstrated.However,an increased risk was observed in the subgroup of breast cancer patients(G allele vs A allele:OR = 1.10,95% CI = 1.00-1.20;P heterogeneity = 0.114;I 2 = 53.9%) and population-based studies(G allele vs A allele:OR = 1.12,95% CI = 1.00-1.25;P heterogeneity = 0.062;I 2 = 64.0%).The findings suggested an association between hsa-mir-499 rs3746444 polymorphism and increased risk to breast cancer. 展开更多
关键词 cancer META-ANALYSIS hsa-mir-499 rs3746444 POLYMORPHISM susceptibility miRNAs pre-mirna
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RNA m^(6)A reader YTHDF2 facilitates precursor miR-126 maturation to promote acute myeloid leukemia progression
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作者 Zheng Zhang Keren Zhou +20 位作者 Li Han Andrew Small Jianhuang Xue Huilin Huang Hengyou Weng Rui Su Brandon Tan Chao Shen Wei Li Zhicong Zhao Ying Qing Xi Qin Kitty Wang Keith Leung Mark Boldin Chun-Wei Chen David Ann Zhijian Qian Xiaolan Deng Jianjun Chen Zhenhua Chen 《Genes & Diseases》 SCIE CSCD 2024年第1期382-396,共15页
As the most common internal modification of mRNA,Ne-methyladenosine(m^(6)A)and its regulators modulate gene expression and play critical roles in various biological and patholog-ical processes including tumorigenesis.... As the most common internal modification of mRNA,Ne-methyladenosine(m^(6)A)and its regulators modulate gene expression and play critical roles in various biological and patholog-ical processes including tumorigenesis.It was reported previously that m^(6)A methyltransferase(writer),methyltransferase-like 3(METTL3)adds m^(6)A in primary microRNAs(pri-miRNAs)and fa-cilitates its processing into precursor miRNAs(pre-miRNAs).However,it is unknown whether m^(6)A modification also plays a role in the maturation process of pre-miRNAs and(if so)whether such a function contributes to tumorigenesis.Here,we found that YTHDF2 is aberrantly overexpressed in acute myeloid leukemia(AML)patients,especially in relapsed patients,and plays an onco-genic role in AML.Moreover,YTHDF2 promotes expression of miR-126-3p(also known as miR-126,as it is the main product of precursor miR-126(pre-miR-126)),a miRNA that was reported as an oncomiRNA in AML,through facilitating the processing of pre-miR-126 into mature miR-126.Mechanistically,YTHDF2 recognizes m^(6)A modification in pre-miR-126 and recruits AGO2,a regulator of pre-miRNA processing,to promote the maturation of pre-miR-126.YTHDF2 posi-tively and negatively correlates with miR-126 and miR-126's downstream target genes,respec-tively,in AML patients,and forced expression of miR-126 could largely rescue YTHDF2/Ythdf2 depletion-mediated suppression on AML cell growth/proliferation and leukemogenesis,indi-cating that miR-126 is a functionally important target of YTHDF2 in AML.Overall,our studies not only reveal a previously unappreciated YTHDF2/miR-126 axis in AML and highlight the ther-apeutic potential of targeting this axis for AML treatment,but also suggest that m^(6)A plays a role in pre-miRNA processing that contributes to tumorigenesis. 展开更多
关键词 AML MIR-126 N^(6)-methyladenosine pre-mirna maturation YTHDF2
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