HLA-DRB1^(*)11:01与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系探讨

目的我们前期研究显示,无论在汉族人群还是黎族人群中,HLA-DRB1^(*)11∶01均是与机体自发清除HCV相关联的HLA-Ⅱ类基因,因此,本研究的目的是探讨HLA-DRB1^(*)11∶01基因与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系。方法对广东地区常见的HCV 6a慢性感染者HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组和阴性组的E1E2和NS3基因进行病毒选择压力以及病毒群体扩张的分析。采用覆盖我国常见HCV基因型保守区的CD4+T细胞表位的重叠肽段刺激HCV自发清除组和慢性感染组,通过ELISPT实验,根据每孔的斑点形成细胞数以及在不同组出现的频次评估HLA-DRB1^(*)11∶01基因与CD4+T细胞表位的关系。结果广东地区常见的HCV 6a感染者HLA-DRB1^(*)11∶01阴性组E1E2和NS3的阳性选择位点以及位于CD4+T细胞表位的位点数均大于HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组;两组HCV 6a感染者在广东地区均具有群体扩张趋势,且HLA-DRB1^(*)11∶01阴性组的扩张趋势明显高于HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组。HCV自发清除组对其中5条肽段(C-52 E2691-707、C-119 NS31545-1560、C-134 NS4A1669-1684、C-154 NS4B1912-1927和C-159 NS4B1929-1944)刺激的应答率较高,HCV慢性感染组对其中的2条肽段(C-111 NS31497-1512和C-130 NS31650-1665)刺激的应答率较高。当考虑HLA-DRB1^(*)11∶01分型时,在慢性感染组和自发清除组HLA-DRB1^(*)11∶01阳性和HLA-DRB1^(*)11∶01阴性PBMCs产生的HCV特异性免疫应答均无统计学差异。结论研究揭示了HLA-Ⅱ类基因HLA-DRB1^(*)11∶01与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系,同时,获得HCV泛基因型CD4+T细胞抗原候选表位,为研发适合HCV泛基因型的T细胞疫苗提供基础数据。

广东HCV进化与注射吸毒者HCV NS5B区正向选择位点的分析研究

目的了解广东HCV进化与注射吸毒者(IDUs)HCV NS5B区正向位点的选择压力情况。方法随机收集广东141(人)份HCV RNA阳性献血者和58(人)份HCV患者标本做HCV NS5B序列扩增,结合前期测序得到的2009年~2011年的献血者和IDUs HCV NS5B序列,用分子进化遗传学分析(MEGA)软件做同源性分析,贝叶斯进化分析抽样树(BEAST)软件包做进化分析,用Datamonkey在线软件包进化的混合效应模型(MEME)方法对IDUs分离的序列做选择压力分析,用进化分析软件Arlequin的Tajima和Fu中性检验分析种群扩张情况。结果本组IDUs不同亚型内部同源性比较结果为:HCV-3b同源性最高(97%),其次为HCV-3a(96%),HCV-6a(95%)和HCV-1b(94%);HCV进化速率分析显示:HCV-1b的进化速率最快[2.17E-03替换数/位点/年(y/y/y)],其次为HCV-3b(2.12E-03 y/y/y),HCV-3a(1.58E-03 y/y/y)和HCV-6a(1.28E-03 y/y/y);HCV理论感染人数分析:1980年~1990年是HCV-6a快速增长期,1990年~1995年是HCV-1b快速增长期,2000年~2007年是HCV-3a快速增长期;HCV群体遗传特征:HCV-1b、3a、3b和6a均经历了种群扩张,其中3a和3b最明显。HCV选择压力分析:IDUs NS5B序列中339个核苷酸有2个正向选择位点(第235和243位点),但此段基因的5个直接抗病毒药物(DAA)位点仅在第316位点发生了突变[突变率1.24%(14/1130)]。结论广东地区HCV 3b进化呈明显的种群扩张趋势,尤其在当地IDUs中的比例、同源性较高,应作为本地区HCV防治的重点。鉴于广东IDUs HCV NS5B基因片段的正向选择位点均非DAA结合位点,因此设想DAA对这些患者有较好的疗效。

不同基因型慢性乙肝患者的耐药变异位点分析

目的通过研究江西省核苷(酸)类似物(NAs)下乙肝病毒逆转录区(RT区)的变异位点,分析乙肝病毒耐药原因。方法采集104例门诊接受NAs抗病毒治疗且疗程≥1年的患者血清,扩增乙型肝炎病毒(HBV) RT区可能耐药变异位点片段。收集出现应答不佳时和挽救治疗1月后血清HBV DNA、丙氨酸氨基转移酶(ALT)水平,分析挽救治疗的疗效。采用BioEdit软件包进行核酸与氨基酸序列的比对,分析患者RT区主要变异类型及在不同基因型患者中的分布。采用DataMonkey在线软件进行不同基因型的选择压力及正选择位点分析。结果挽救治疗后患者HBV DNA、ALT水平均下降,HBV DNA水平降低更加明显,但在不同基因型中无差异。104例患者中87例检测出与药物相关变异位点,其中14例(13.46%)出现多位点耐药变异(3个及以上位点);剩余17例中7例未检出耐药变异位点,10例为可能耐药变异位点。C基因型M204I+L180M位点变异率高于B基因型,差异有统计学意义。选择压力分析表明,两种基因型的选择压力无差别,并且都以中性选择为主,B基因型中rt207、rt229为正选择位点,C基因型中未发现。结论江西省慢性乙型病毒性肝炎患者B、C基因型最为常见,并且以M204I位点变异为主,在B基因型中检测出正选择位点,说明核苷(酸)类似物的广范使用,促使新的基因功能出现,也可能是出现多个新耐药位点的原因。

蕨类植物rpoC1内含子缺失及其分子进化速率

rpoC1基因编码RNA聚合酶β'亚基蛋白,在转录过程中与DNA模板结合,与p亚基形成的β-β'亚基复合体构成RNA合成的催化中心。以rpoC1基因为研究对象,在贝叶斯因子大于20的条件下,用HyPhy软件位点模型检测到3个正选择位点和541个负选择位点;用PAML软件位点模型检测到10个正选择位点,其中3个位点的后验概率超过99%。此外,基于最大似然法构建64种蕨类植物的系统发育树,结合HyPhy软件分析rpoC1基因的转换率、额换率、转换率/颠换率、同义替换率、非同义替换率以及同义替换率/非同义替换率,探讨rpoC1基因内含子丢失与分子进化速率的关系。结果表明,基因内含子缺失对转换率、颠换率以及非同义替换率有一定影响。