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miRNA加工途径的功能性鉴定方法
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作者 刘春玲 赵敏 王大鹏 《滨州医学院学报》 2023年第2期126-132,共7页
目的构建新型慢病毒载体,以寻求最佳的miRNA加工途径功能性鉴定方法。方法通过一种双功能慢病毒载体同时表达报告分子绿色荧光蛋白(GFP)以及GFP特异性miRNA初级转录产物(pri-miRNA);后者利用内源性miRNA加工途径形成GFP特异性成熟miRNA... 目的构建新型慢病毒载体,以寻求最佳的miRNA加工途径功能性鉴定方法。方法通过一种双功能慢病毒载体同时表达报告分子绿色荧光蛋白(GFP)以及GFP特异性miRNA初级转录产物(pri-miRNA);后者利用内源性miRNA加工途径形成GFP特异性成熟miRNA,进而干扰报告分子GFP的表达,通过GFP的表达水平监控miRNA加工途径。结果在肿瘤细胞系和皮肤原代细胞中验证了此miRNA加工途径功能性鉴定方法。对照组pri-miRNA慢病毒感染后,无论是肿瘤细胞系还是皮肤原代细胞均在流式细胞仪上表现出明显的GFP蛋白表达;然而实验组GFP特异性pri-miRNA慢病毒感染后,细胞中GFP表达水平显著低于对照组(P<0.05)。其次在不同细胞状态下检测了此方法的有效性。无论在正常状态还是衰老状态下的人胚肺成纤维细胞,GFP特异性pri-miRNA慢病毒都显示出远低于对照组的GFP表达(P<0.05)。结论此双功能病毒载体能够准确检测内源性miRNA加工途径的运行状态。此方法具有普遍性,不受细胞类型和细胞状态的影响。 展开更多
关键词 小分子核糖核酸 初始小分子核糖核酸 RNA干扰
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miRNA的生物合成过程 被引量:15
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作者 李伟 金由辛 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2005年第8期707-711,共5页
MicroRNA(miRNA)是一类真核生物内源性的小分子单链RNA,通常为18~25nt长,能够通过与靶mRNA特异性的碱基配对引起靶mRNA的降解或者抑制其翻译,从而对基因进行转录后的表达调控.近几年来,在动物细胞和植物组织中,上百种miRNA被陆续发现.... MicroRNA(miRNA)是一类真核生物内源性的小分子单链RNA,通常为18~25nt长,能够通过与靶mRNA特异性的碱基配对引起靶mRNA的降解或者抑制其翻译,从而对基因进行转录后的表达调控.近几年来,在动物细胞和植物组织中,上百种miRNA被陆续发现.这些小分子调控RNA是从60~200nt的具有发夹状结构的前体中被切割出来而成熟的,在动物细胞中,miRNA基因的转录初产物(pri-miRMA)很快被一种核糖核酸酶ⅢDrosha加工成为miRNA前体(pre-miRNA),然后由细胞核转运至细胞质中,经另一种核糖核酸酶ⅢDicer识别剪切为成熟miRNA.对这一过程进行了简要的综述,并且对植物miRNA的成熟过程也进行了探讨.对miRNA的生物合成过程的深入了解,将有助于研究这一类起重要调控作用的RNA是如何行使功能的,从而进一步研究其在生长发育及各种疾病中所起的重要作用. 展开更多
关键词 mirna的成熟 mirna mirna初级转录产物 mirna前体
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miRNA中的G-四链体结构
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作者 李方园 郭丹 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第11期1441-1448,共8页
G-四链体(G-quadruplex,G4)是由富含鸟嘌呤碱基的DNA或RNA序列组成的非典型核酸二级结构。在过去几十年中,人们着重研究了基因启动子区、UTR、端粒等常见基因功能区中的富G序列,探讨其结构与功能之间的关系。近些年,随着对非编码RNA在... G-四链体(G-quadruplex,G4)是由富含鸟嘌呤碱基的DNA或RNA序列组成的非典型核酸二级结构。在过去几十年中,人们着重研究了基因启动子区、UTR、端粒等常见基因功能区中的富G序列,探讨其结构与功能之间的关系。近些年,随着对非编码RNA在人类基因表达调控和疾病关系中的深入研究,非编码基因,尤其是miRNA中的富G序列也在受到更多的关注。富G序列参与miRNA的整个生理过程,从miRNA初级转录本(primary miRNA,pri-miRNA)、miRNA前体(precursor miRNA,pre-miRNA)到成熟体miRNA:G-四链体与RNA茎环结构之间所形成的动态平衡,将会影响pri-miRNA与pre-miRNA的成熟加工过程,引起成熟体miRNA含量改变,从而进一步或直接通过miRNA中结构转变影响miRNA与下游靶基因mRNA的互补配对,调控miRNA功能的发挥。本综述重点回顾了G4结构与发夹结构之间存在的动态变化,分别阐述了富G序列在pri-miRNA、pre-miRNA、成熟体miRNA及mRNA 3'UTR区中的潜在功能,探讨了G-四链体在miRNA的成熟加工过程与功能中发挥的重要作用,总结出离子条件(K^(+)、Mg^(2+)、K^(+)+Mg^(2+)、Li^(+)+Mg^(2+)等)、G-四链体配体分子(去稳定剂TMPyP4等)等外界调控因子的改变会调控G-四链体与茎环结构之间的平衡,从而调控miRNA相应功能,为研究G-四链体功能与调控提供思路与方向。 展开更多
关键词 G-四链体 mirna mirna前体 mirna初级转录本
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植物miRNA编码小肽(miPEP)的研究进展
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作者 胡媛媛 邱丽娟 阎哲 《土壤与作物》 2022年第2期192-199,共8页
miRNA(microRNA)是一类长度在19~24nt的小分子RNA,参与动植物生长发育过程中的基因转录后表达调控。miPEP(microRNA-encoded peptide)是由miRNA初始转录物(primary miRNA,pri-miRNA)翻译生成的短肽。植物中的miPEP通常促进对应pri-miRN... miRNA(microRNA)是一类长度在19~24nt的小分子RNA,参与动植物生长发育过程中的基因转录后表达调控。miPEP(microRNA-encoded peptide)是由miRNA初始转录物(primary miRNA,pri-miRNA)翻译生成的短肽。植物中的miPEP通常促进对应pri-miRNA的表达,从而增强miRNA对靶基因表达的调控。本文从miPEP的形成、生物学功能和调控机理三个方面对植物miPEP研究进展进行综述,同时也针对miPEP研究领域一些关注的问题进行讨论。 展开更多
关键词 miPEP mirna pri-mirna 短开放阅读框
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miR-5188在肝癌细胞中的作用及网络调控机制研究
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作者 全养雅 黎慧娟 +1 位作者 陈仕 周艳 《国际消化病杂志》 CAS 2023年第6期394-400,共7页
目的探究miR-5188在肝癌细胞中的作用及网络调控机制。方法过表达或敲低miR-5188表达后,检测肝癌细胞HepG2的增殖能力。利用miRNA靶基因预测数据库miRDB获取miR-5188潜在的靶基因,使用小干扰RNA(siRNA)敲低HepG2细胞中的上述靶基因后检... 目的探究miR-5188在肝癌细胞中的作用及网络调控机制。方法过表达或敲低miR-5188表达后,检测肝癌细胞HepG2的增殖能力。利用miRNA靶基因预测数据库miRDB获取miR-5188潜在的靶基因,使用小干扰RNA(siRNA)敲低HepG2细胞中的上述靶基因后检测细胞增殖能力。采用实时荧光定量PCR法检测正常肝细胞LO2和HepG2细胞中miR-5188、pre-miR-5188和pri-miR-5188的表达水平,并分析长链非编码RNA NEAT1(下文简称NEAT1)、NONO/PSF复合体对pri-miR-5188的影响。结果过表达miR-5188后,HepG2细胞的增殖能力增强;敲低miR-5188表达后,HepG2细胞的增殖能力减弱,差异均有统计学意义(P均<0.05)。敲低DIDO1表达后,HepG2细胞的增殖能力增强;过表达DIDO1后,HepG2细胞的增殖能力减弱,差异均有统计学意义(P均<0.05)。过表达miR-5188后,HepG2细胞中DIDO1的表达水平降低;敲低miR-5188表达后,HepG2细胞中DIDO1的表达水平升高,差异均有统计学意义(P均<0.05)。双荧光素酶报告基因实验检测结果显示,miR-5188靶向DIDO1 mRNA的3'非翻译区(3'-UTR)。与LO2细胞相比,HepG2细胞中miR-5188和pre-miR-5188的表达水平均显著升高,而pri-miR-5188的表达水平显著降低,差异均有统计学意义(P均<0.05)。与LO2细胞相比,HepG2细胞中NEAT1的表达水平显著升高(P<0.05),而NONO和PSF的表达水平差异均无统计学意义(P均>0.05)。敲低NEAT1、NONO或PSF表达后,HepG2细胞中pri-miR-5188的表达水平均显著升高(P均<0.05)。敲除NEAT1后,HepG2细胞中pri-miR-5188的表达水平升高,NONO与PSF的相互作用减弱,并且NONO/PSF与pri-miR-5188的结合减少。结论HepG2细胞中NEAT1的表达水平升高,提高了NONO/PSF复合体对pri-miR-5188的加工水平,增强了miR-5188/DIDO1轴对HepG2细胞增殖能力的正向作用。 展开更多
关键词 miR-5188 肝细胞癌 DIDO1 NEAT1 pri-mirna
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绵羊骨骼肌特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态检测 被引量:4
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作者 宋广超 张伟 +3 位作者 许瑞霞 赵伟利 刘守仁 甘尚权 《家畜生态学报》 北大核心 2015年第1期18-23,共6页
试验旨在研究骨骼肌中特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态,分析其与绵羊骨骼肌发育表型的相关性。采用PCR-SSCP技术对miR-133前体序列在特克赛尔羊、中国美利奴细毛羊、阿勒泰羊和湖羊四种不同产肉性能的绵羊群体进行了多态性检... 试验旨在研究骨骼肌中特异表达miR-133前体在不同绵羊群体中的多态,分析其与绵羊骨骼肌发育表型的相关性。采用PCR-SSCP技术对miR-133前体序列在特克赛尔羊、中国美利奴细毛羊、阿勒泰羊和湖羊四种不同产肉性能的绵羊群体进行了多态性检测,并分析多态性位点对miR-133前体序列二级结构、二级结构稳定性及加工、成熟的影响。结果表明,miR-133前体序列下游194bp(g.54047535)处检测到A>G突变,并且该SNP与绵羊的产肉性能存在明显的相关性,在特克赛尔羊中GG是优势基因型,G等位基因频率高达0.86,是中国美利奴细毛羊群体该位点频率的4倍。二级结构的生物信息学预测结果表明,该SNP位点致使miR-133前体的二级结构发生明显改变,自由能值降低3.2kJ/mol。以上结果提示,绵羊miR-133前体序列的SNP(g.54047535)位点可能对miR-133前体的加工成熟具有重要影响,并最终影响绵羊的产肉性能。 展开更多
关键词 pri—mirna pre—mirna miR-133 多态性 骨骼肌 绵羊
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柯萨奇B病毒性心肌炎小鼠急性期心肌组织微小RNA1初始体和连接蛋白43的表达 被引量:1
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作者 李勇 伍伟锋 +1 位作者 林松 唐少东 《中国心脏起搏与心电生理杂志》 北大核心 2009年第2期148-150,共3页
目的观察柯萨奇B病毒性心肌炎小鼠急性期心肌组织微小RNA1初始体(pri-miRNA-1)和连接蛋白43(Cx43)表达变化,探讨病毒性心肌炎(VMC)室性心律失常发生机制。方法40只4周龄雄性Balb/c小鼠随机分为VMC组(n=20)和对照组(n=20)。VMC组小鼠腹... 目的观察柯萨奇B病毒性心肌炎小鼠急性期心肌组织微小RNA1初始体(pri-miRNA-1)和连接蛋白43(Cx43)表达变化,探讨病毒性心肌炎(VMC)室性心律失常发生机制。方法40只4周龄雄性Balb/c小鼠随机分为VMC组(n=20)和对照组(n=20)。VMC组小鼠腹腔注射柯萨奇病毒B3(CVB3)Nancy株悬液0.1ml,对照组小鼠腹腔注射不含病毒的RPMI1640培养基0.1ml,分别于接种病毒后第14天无痛苦处死全部小鼠并留取心脏。逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测心室肌组织pri-miRNA-1的表达,免疫组织化学法检测Cx43蛋白水平表达,并进行半定量分析。结果①VMC组小鼠心室肌组织pri-miRNA-1表达量明显高于对照组(0.82±0.04vs0.63±0.07,P(0.01);②VMC组小鼠心室肌组织炎症病灶中变性、坏死周围心肌细胞Cx43表达明显减弱,甚至阴性,分布不规则,Cx43蛋白表达明显低于对照组(0.27±0.01vs0.42±0.02,P(0.01);③VMC组小鼠心室肌组织的pri-miRNA-1表达量与Cx43蛋白水平呈显著负相关(r=-0.868,P(0.01)。结论CVB心肌炎小鼠急性期心肌组织pri-miRNA-1表达上调,Cx43蛋白表达下降,miRNA-1可能通过抑制Cx43表达促进室性心律失常的发生。 展开更多
关键词 心血管病学 心肌炎 柯萨奇病毒 小鼠 微小RNA1初始体 连接蛋白43
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植物pri-miRNA转录及加工过程中的重要因子 被引量:2
8
作者 宋家会 蔡强 莫蓓莘 《生命科学》 CSCD 2017年第4期406-413,共8页
MicroRNA(miRNA)是真核生物内源的一类长度为20~24 nt的非编码小RNA,它们通过切割靶标基因mRNA或阻止其翻译在转录后水平调控基因的表达。miRNA广泛参与植物的生长发育、代谢及各类胁迫反应过程,在植物基因表达调控网络中发挥重要作用... MicroRNA(miRNA)是真核生物内源的一类长度为20~24 nt的非编码小RNA,它们通过切割靶标基因mRNA或阻止其翻译在转录后水平调控基因的表达。miRNA广泛参与植物的生长发育、代谢及各类胁迫反应过程,在植物基因表达调控网络中发挥重要作用。编码miRNA的MIR基因首先经过DNA依赖的RNA聚合酶Pol II复合体转录形成pri-miRNA,之后pri-miRNA再经过DCL1加工复合体的一系列加工形成成熟的miRNA。现介绍参与植物pri-miRNA转录和加工过程的重要蛋白及其作用方式,并阐述植物miRNA在转录及转录后水平复杂且精密的调控机制。 展开更多
关键词 植物mirna MIR基因转录 pri-mirna加工 蛋白因子
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miR-221在脑胶质瘤中的表达及调控关系 被引量:7
9
作者 魏川江 刘娴 +4 位作者 王策 董白晶 常英男 张尧 赵天书 《中国临床神经外科杂志》 2017年第7期463-466,共4页
目的探讨miR-221在脑胶质瘤组织中的表达变化及其对胶质瘤细胞系细胞增殖的影响。方法收集2014年1月至2015年8月手术切除的胶质瘤标本123例及颅脑损伤行内减压的正常脑组织36例,荧光定量PCR法检测miR-221表达水平。按照miR-221的表达水... 目的探讨miR-221在脑胶质瘤组织中的表达变化及其对胶质瘤细胞系细胞增殖的影响。方法收集2014年1月至2015年8月手术切除的胶质瘤标本123例及颅脑损伤行内减压的正常脑组织36例,荧光定量PCR法检测miR-221表达水平。按照miR-221的表达水平将123例胶质瘤病人分为高表达组(miR-221/U6的相对表达量≥0.6,72例)和低表达组(miR-221/U6的相对表达量<0.6,51例),采用Kplan-Meier法分析miR-221表达水平与胶质瘤生存时间的关系。MTT法检测miR-221对胶质瘤细胞系U251、U87细胞增殖的影响,双荧光试验和蛋白印迹法、PCR方法筛选和验证miR-221的靶基因。结果胶质瘤组织miR-221表达水平明显高于正常脑组织(P<0.01);高级别胶质瘤miR-221表达水平明显低于低级别胶质瘤(P<0.01)。miR-221低表达胶质瘤病人生存时间较高表达病人明显延长(P<0.05)。敲除miR-221基因显著抑制U251、U87细胞增殖(P<0.01);而且,U251、U87细胞敲除miR-221基因后,正性调节区锌指蛋白2(PRDM2)mRNA和蛋白表达水平明显增高(P<0.01)。结论miR-221在胶质瘤中异常高表达,可作为胶质瘤预后判断的生物标志物;PRDM2可能是miR-221的靶基因。 展开更多
关键词 胶质瘤 MIR-221 正性调节区锌指蛋白2 基因表达
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成簇pri-miRNAs表达载体的构建及表达验证
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作者 曲妍佳 李晓宁 +4 位作者 张萌萌 范雅婷 肖君华 李凯 周宇荀 《现代生物医学进展》 CAS 2018年第20期3805-3811,3823,共8页
目的:旨在建立一个多重表达任意miRNA的方案,实现多个pri-miRNA表达阅读框的串联,用于miRNA簇或者miRNA家族的功能研究。方法:通过改造CRISPR/Cas9系统共表达载体42230,插入EGFP编码序列以及单个pri-miRNA序列,实现单个pri-miRNA表达载... 目的:旨在建立一个多重表达任意miRNA的方案,实现多个pri-miRNA表达阅读框的串联,用于miRNA簇或者miRNA家族的功能研究。方法:通过改造CRISPR/Cas9系统共表达载体42230,插入EGFP编码序列以及单个pri-miRNA序列,实现单个pri-miRNA表达载体可视化的构建。在单个pri-miRNA表达载体的基础上,通过同源重组的方式,插入下一个pri-miRNA序列,实现多个pri-miRNA表达阅读框的串联表达。结果:以miR29家族的三个miRNA为例,验证了在pri-miRNA表达阅读框串联方面的可行性;在多重的pri-miRNA表达载体中,miRNA成熟体验证结果表明,pri-miR29a和pri-miR29b能够在哺乳动物细胞中被加工成熟,其成熟体明显地过表达。在转染的293A细胞中,miR29家族的靶基因PTEN的表达水平显著降低。结论:所构建的pri-miRNA多重表达方案,能够实现多个外源miRNA在同一细胞中的共表达,对于探索miRNA家族和miRNA簇的拮抗或协同调控功能起到重要的推进作用。 展开更多
关键词 pri-mirna miR29家族 多重表达载体 PTEN
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柯萨奇病毒B_3病毒性心肌炎小鼠心肌组织微小RNA1初始体和连接蛋白43的表达
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作者 林松 李勇 +1 位作者 伍伟锋 唐少东 《实用儿科临床杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期754-756,共3页
目的观察柯萨奇病毒B3(CVB3)病毒性心肌炎(VMC)小鼠心肌组织微小RNA1初始体(pri-miRNA-1)和连接蛋白43(Cx43)的表达变化,探讨VMC室性心律失常的发生机制。方法4周龄雄性Balb/c小鼠70只随机分为VMC组40只(14d和28d2个亚组各20只)和对照... 目的观察柯萨奇病毒B3(CVB3)病毒性心肌炎(VMC)小鼠心肌组织微小RNA1初始体(pri-miRNA-1)和连接蛋白43(Cx43)的表达变化,探讨VMC室性心律失常的发生机制。方法4周龄雄性Balb/c小鼠70只随机分为VMC组40只(14d和28d2个亚组各20只)和对照组30只(14d和28d2个亚组各15只)。VMC组腹腔注射CVB3 Nancy株悬液0.1mL,对照组腹腔注射不含病毒的RPMI1640培养基0.1mL。2组小鼠分别在接种第14、28天无痛苦处死,取心室肌,采用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测其心室肌组织pri-miRNA-1、dicer1 mRNA的表达,免疫组织化学法检测其Cx43的表达。结果1.VMC组14d和28d小鼠心室肌组织pri-miRNA-1表达水平均显著高于对照组(0.82±0.04 vs 0.64±0.01,0.79±0.03 vs 0.62±0.01 Pa<0.01);2.VMC组14d和28d小鼠心室肌组织dicer1 mRNA表达水平均显著高于对照组(0.91±0.03 vs 0.72±0.02,0.87±0.02 vs 0.71±0.02 Pa<0.01);3.VMC组小鼠心室肌组织炎性病灶中变性、坏死周围心肌细胞Cx43表达明显减弱,甚至阴性,分布不规则,VMC组14d和28d亚组Cx43蛋白表达均显著低于对照组(0.27±0.01vs0.42±0.02,0.22±0.02 vs 0.44±0.02 Pa<0.01);4.VMC组小鼠心室肌组织pri-miRNA-1表达水平与Cx43蛋白水平呈显著负相关(r=-0.798 P<0.01),与dicer1 mRNA表达水平呈显著正相关(r=0.828 P<0.01)。结论VMC小鼠心肌组织pri-miRNA-1和dicer1参与了CVB3的发生机制,dicer1表达升高可能通过促进miRNA-1生成、抑制Cx43的表达促进室性心律失常的发生。 展开更多
关键词 心肌炎 柯萨奇病毒 微小RNA1初始体 连接蛋白43 小鼠
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Distribution of micropeptide-coding sORFs in transcripts 被引量:1
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作者 Xinqiang Yin Jialiang Hu Hanmei Xu 《Chinese Chemical Letters》 SCIE CAS CSCD 2018年第7期1029-1032,共4页
Small open reading frames(sORFs) are distributed over a wide variety of transcripts. sORFs encoding functional peptides have been identified in various configurations within apparently long noncoding RNAs. Many transl... Small open reading frames(sORFs) are distributed over a wide variety of transcripts. sORFs encoding functional peptides have been identified in various configurations within apparently long noncoding RNAs. Many translated sORFs have been identified across mRNAs, including 5’-upstream, coding domain, and 3’-downstream. sORFs have also been found in circular RNAs, pri-miRNAs, and ribosomal RNAs. Here, we present an overview of the wide distribution of the sORFs in transcripts and their functional roles in organisms. 展开更多
关键词 Micropeptide sORFs uORFs NCRNA circRNAs pri-mirnas
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