Discovering differential protein expression caused by CagA-induced ERK pathway activation in AGS cells using the SELDI-ProteinChip platform

AIM: To identify the protein expression differences related to the CagA-induced ERK pathway activation in AGS cells. METHODS: Human AGS cells transfected with cagA and blank vector were treated with specific mitogen-activated protein kinase kinase (MEK) inhibitor. Total cell proteins were combined by strong anion exchange (SAX2) and weak cation exchange (CM10) ProteinChip arrays and analyzed using surface-enhanced laser desorption/ ionization time-of-flight mass spectrometry (SELDI-TOF-MS) proteomics technology. Protein expression profi les were compared with those of inhibitor-untreated cagA transfectants. SwissProt/TrEMBL database searching for differentially expressed proteins was carried out using the TagIdent tool with the pI and mass information. RESULTS: When a total of 16 proteins that showed expression differences in inhibitor-untreated cagA transfectants were compared with vector transfectants,three proteins with m/z 4229,8162 and 9084 were found to have no expression differences after treatment with MEK inhibitor,while the other 13 maintained the same expression differences after inhibitor treatment. Seven pieces of meaningful matching information for the three proteins were obtained from database searching. CONCLUSION: Biomarkers with m/z 4229,8162 and 9084 are ERK1/2 phosphorylation dependent,and therefore are the downstream molecules of ERK1/2 in the ERK/MAPK signaling pathway. The three biomarkers may be important cancer-associated proteins according to SwissProt/TrEMBL database information.

Detection of biomarkers in children with Wilms＇ tumor using proteinchip technology

Wilms＇ tumor is the most common pediatric tumor of the kidney. The most important factor affecting long term survival of this malignancy is recurrence after surgery. Early diagnosis, treatment and regular follow-up are critical to prevent recurrence and improve long-term survival rate. Currently,

构建腰椎间盘突出症血瘀证的血清蛋白指纹图谱模型

背景:腰椎间盘突出症血瘀证与非血瘀证的相互关系尚不明确。目的:构建腰椎间盘突出症血瘀证的血清蛋白指纹图谱模型。方法:按照病例对照研究方法,遵循组间民族、性别及年龄等相匹配原则筛选180例研究对象,其中120例分为腰椎间盘突出症血瘀证组及腰椎间盘突出症非血瘀证组,每组60例;健康对照组60例。抽取受试者外周血的血清样本,应用表面增强激光解吸/电离飞行时间质谱及蛋白质芯片技术检测并绘制蛋白质质谱图,随后用Biomarker Wizard软件识别蛋白峰信息,建立腰椎间盘突出症血瘀证的血清诊断模型,并通过双盲验证法对模型进行验证及通过ExPASy数据库对相关差异蛋白进行蛋白检索。结果与结论:在腰椎间盘突出症血瘀证、腰椎间盘突出症非血瘀证及健康者各组之间找到11个蛋白质峰有统计学意义(P<0.05),其中2个蛋白质呈高表达、9个蛋白质呈低表达;用Biomarker Patterns Software构建腰椎间盘突出症血瘀证血清学诊断模型并验证,其敏感性为86.667%,特异性为94.167%,阳性预测值为88.136%。表明腰椎间盘突出症血瘀证患者的血清中存在多种异常表达的蛋白质;由11个差异蛋白组成的血清蛋白质指纹图谱模型可作为腰椎间盘突出症血瘀证的血清标志物诊断模型。

应用蛋白芯片-飞行质谱技术筛选宫颈癌血清差异蛋白质

目的筛选宫颈癌患者与健康女性血清之间的差异蛋白质,寻找宫颈癌早期诊断的生物学指标。方法采用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱仪(SELDI-TOF-MS)和弱阳离子结合芯片(CM10),检测24例宫颈鳞状细胞癌及25例年龄相匹配的健康女性的血清蛋白质,获得相应的指纹图谱,经生物信息学分析,筛选出一组有分类意义的差异蛋白质。结果宫颈癌与正常对照组比较,在分子量1.0～20kDa范围内,共有52种蛋白质质谱峰的差异有统计学意义(P<0.05),其中质荷比(M/Z)为4173.77、5903.09、6087.12、10716.9、6109.61、3397.41,在宫颈癌组的含量明显低于正常对照组(P<10-5);由软件自动建立2个诊断树模型,其一以单个差异蛋白质4173.77(M/Z)作为分类变量,其诊断宫颈癌的敏感性为75.0%,特异性为96.0%;其二以M/Z为5335.81、7562.99、9287.89的3个差异蛋白质建立分类模型,其诊断宫颈癌的敏感性为91.67%,特异性为96.0%。结论宫颈癌患者与健康正常女性血清蛋白质的表达存在差异,其中6个蛋白质差异非常显著,有可能作为宫颈癌早期诊断的生物学指标;同时以差异蛋白质所建立的诊断树模型,有助于宫颈癌患者的早期筛查。

多种肿瘤标记物蛋白芯片检测系统对原发性肝癌的诊断价值

目的 研究多种肿瘤标记物蛋白芯片检测系统对原发性肝癌的诊断价值。方法 用该检测系统测定分析 76例原发性肝癌 (PHC)患者 ,5 8例良性肝病患者和 14 5例健康查体者血清中 6种常见肿瘤标记物 (CA199,CEA ,CA2 4 2 ,AFP ,CA12 5及CA15 3)的水平。结果 PHC组的阳性率为 82 .89% ,显著高于良性肝病组 ( 4 1.38% )和健康查体组 ( 4 .83% ,P <0 .0 0 1)。不同分期PHC之间联合检测阳性率存在显著性差异 ,以Ⅳ组阳性率最高 (P =0 .0 11) ,但不同病理类型之间无显著性差异 (P =0 .5 0 6 ) ;不同分期之间AFP血清水平存在显著性差异 (P =0 .0 35 ) ;肝细胞癌及混合癌AFP阳性率高于胆管癌 (P =0 .0 18) ;联合检测在提高诊断敏感性的同时 (P <0 .0 0 1) ,特异性有所下降 (P <0 .0 0 1)。结论 运用蛋白芯片技术联合检测多种肿瘤标记物可以提高PHC诊断的敏感性 。

蛋白质组学研究方法及其在生物医学中的应用

蛋白质组学方法发展迅速 ,并日见成熟。蛋白芯片技术、双向电泳 -质谱技术、多维液相色谱 -质谱技术等 ,已被广泛应用于寻找疾病相关的差异表达蛋白质、疾病相关的生物标记分子以及药物靶点用于临床诊断、药物设计、以及疾病发病机理的研究等。本文对上述研究进展作了简要综述。

SELDI-TOF-MS技术对胃炎诊断的应用

目的采用蛋白质剖析技术同时解析和分析多种蛋白质,从而找出更好的生物标记物,用于检测胃炎。方法用SELDI-TOF-MS技术及配套蛋白质芯片检测30例慢性胃炎和64例非胃炎疾病患者的血清蛋白质指纹图谱,建立诊断模型。结果2个蛋白质峰[5084和8691质荷比(m/z)]组合构建的诊断模型鉴别慢性胃炎和健康志愿者,灵敏度为96.66%(29/30),特异性为93.55%(29/31)。2个蛋白质峰(5910和6440m/z)组合的诊断模型鉴别胃炎和胃癌患者的灵敏度为96.6%(29/30),特异性为90.9%(30/33)。结论SELDI-TOF-MS在慢性胃炎的诊断尤其是早期诊断及候选标志物筛选等方面具有一定价值,值得进一步深入研究。

宫颈鳞癌患者血清差异蛋白质与鳞状细胞癌抗原的关系

目的:研究宫颈鳞癌患者血清差异蛋白质与鳞状细胞癌抗原(squamous cell carcinoma antigen,SCCA)之间的关系,寻找早期诊断宫颈癌的生物学指标。方法:采用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱仪(SELDI-TOF-MS)和弱阳离子结合芯片(CM10),检测44例宫颈鳞状细胞癌及25例健康女性的血清蛋白质,将3组SCCA不同水平的宫颈癌患者分别与健康对照组进行对比,同时通过对比SCCA不同水平的宫颈癌患者,筛选出有分类意义的差异蛋白质。结果:(1)宫颈鳞癌SCCA正常患者与健康对照组比较,共有19种血清蛋白质质谱峰值差异具有显著性(P<0.001)。宫颈鳞癌SCCA升高患者(大于正常1倍)以及大于正常3倍组,分别与健康对照组比较,分别发现了26种和15种差异蛋白质(P<0.05)。其中有4种质荷比(M/Z)为4172、3397、2741、6086的差异蛋白质,重复出现于宫颈鳞癌SCCA正常或升高不同水平组与健康对照组的比较中。(2)在宫颈鳞癌患者中,SCCA小于正常3倍组与大于正常3倍组比较、SCCA小于正常4倍组与大于正常4倍组比较,分别发现了5种和20种差异蛋白质(P<0.05)。其中M/Z为8142、7765、3885、5632、9287的差异蛋白质,重复出现于上述两组比较中。结论:通过蛋白芯片-飞行质谱方法,能够更早的发现宫颈癌与正常人之间的血清差异蛋白质,这些差异蛋白质有潜力发展为宫颈癌早期诊断指标,有助于宫颈癌的筛查、区分早晚期宫颈癌以指导治疗,具有重要的临床应用价值。

SELDI蛋白芯片技术筛选卵巢癌血清肿瘤标志物的研究

目的寻找卵巢癌患者血清中新的肿瘤标志物。方法采用表面增强激光解吸/离子化飞行时间质谱（SELDI—TOF—MS）技术，选用WXC2蛋白质芯片对53例卵巢癌及50例对照血清标本进行检测以筛选卵巢癌患者血清中差异表达蛋白质。结果在分子量0-50000D范围内，检测出275个差异蛋白峰。卵巢癌差异表达明显的蛋白峰6个（P〈0．05），其中低表达的5个，相对分子量分别为6432、6879、8554、8682、13726D，高表达的1个，相对分子质量为11450D。早期与晚期卵巢癌比较，发现差异表达明显的蛋白峰2个，相对分子量分别为6190、6448D，均在早期卵巢癌中高表达。将发现的差异蛋白峰在Swiss蛋白数据库中搜索。发现11450D蛋白峰与S100 Zprotain相符。S100Z protem属于S100蛋白家族，可能通过与S100P相互作用，促进卵巢癌的发生。其它的差异峰在数据库中没有与之相匹配的蛋白，提示可能为新的蛋白质。结论SELDI—TOF—MS蛋白质芯片技术是1种快速、简单易行、用量少和高通量分析方法，能够直接检测出卵巢癌患者血清中相对特异的肿瘤标志物，其对于卵巢癌的早期诊断具有一定的临床意义。

SELDI-TOF-MS技术在肝癌诊断中的临床应用性研究

目的应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)筛选肝癌患者血清标志蛋白,探讨作为临床诊断指标的最佳标志蛋白组合模式。方法对40例肝癌、20例肝硬化和60例健康志愿者的血清进行分析,并反复分析寻找合理运算规则以确定能够区分肝癌和健康志愿者与肝硬化患者的蛋白组学图谱。结果肝癌、肝硬化患者与健康对照组血清蛋白质指纹图谱之间有5个标志蛋白在肝癌患者血清中高表达,1个标志蛋白在肝癌患者血清中低表达。其中2个蛋白质峰[8943 Da和4477 Da质荷比(m/z)]组合构建的诊断模型Ⅰ鉴别肝癌和健康志愿者,灵敏度为90％(36/40),特异性为100％(60/60)。3个蛋白质峰(4477Da、13761Da和4097Da m/z)组合的诊断模型Ⅱ鉴别肝癌组与肝硬化组的灵敏度为85％(34/40),特异性为90％(18/20)。结论SELDI-TOF-MS技术的特异性及敏感度远远高于目前所采用的某一单独的标志物的血清学诊断,其结果对进一步研究肝癌的蛋白质组学改变及其临床应用可能具有重要意义。

血清蛋白质谱模型对胃腺癌诊断的应用性研究

[目的]探讨用蛋白质芯片技术筛选胃腺癌患者血清蛋白质表达谱,寻找血清中的标志性蛋白。[方法]采用蛋白质生物芯片表面增强激光解析电离飞行时间质谱(SELDI)技术,运用SAX2(StrongAnionicExchanger)蛋白质芯片检测胃腺癌患者、胃炎患者和健康者血清,建立诊断模型,然后进行单盲模型验证。[结果]发现5910Da、5084Da和8691Da的三个蛋白质荷比峰(M/Z)在胃腺癌和健康组比较中具有显著性差异。5910Da、6440Da的两个蛋白质荷比峰(M/Z)在胃腺癌和胃炎组中比较具有显著性差异。[结论]建立了胃腺癌的血清蛋白指纹质谱,为以后的胃癌蛋白质组学研究奠定了一定的基础,建立了以5910Da、5084Da、8691Da和6440Da四个蛋白质峰为模型区分胃腺癌与非胃腺癌的血清蛋白表达质谱诊断模型,为胃腺癌的临床诊断提供了一条崭新的途径和方法。

应用SELDI-TOF-MS技术初步建立结直肠癌分类树模型

目的:分析结直肠癌期患者血清蛋白质组变化,初步建立结直肠癌期分类树模型.方法:将335例血清样本(其中结直肠癌患者169例,健康人166例)随机分为训练组和测试组,将血清样本加至IMAC30-Cu2+蛋白芯片,利用SELDI-TOF-MS得到血清蛋白质谱,利用Biomarker Wizard软件进行蛋白峰值鉴定和聚类.利用Biomarker Pattern以训练组建立由1个差异蛋白组成的结直肠癌期分类树模型,以测试组进行独立样本的双盲验证.另外,应用电化学发光免疫测定法检测测试组血清样本CEA.结果:软件识别了59个质峰,其中由质荷比为5765的蛋白构成的分类树模型可以有效鉴别结直肠癌患者与正常人,灵敏度和特异度分别是98.81%及100.00%,经双盲验证其灵敏度,特异度及阳性预测值分别是97.65%,98.80%及98.81%.CEA的灵敏度及特异度低于SELDI分类树模型(P<0.05).结论:SELDI-TOF-MS检测得到的血清蛋白质组分类树模型可以准确的鉴别结直肠癌患者与正常人,对结直肠癌的筛查有重要的意义.

肝细胞性肝癌患者介入治疗前后血清蛋白质组的变化

目的用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱(surface-enhanced laser desorption-ionization timeof-flight mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)蛋白质芯片检测肝细胞性肝癌(简称肝癌)患者介入治疗前后血清蛋白质组的变化,初步探讨肝癌介入治疗的药物靶点。方法应用SELDI-TOF-MS蛋白质芯片检测50例未经治疗的肝癌患者、50例介入治疗的肝癌患者,获得弱阳离子交换芯片(weak cationic exchanger)蛋白表达图谱,Bio-Marker Wizard软件分析差异蛋白。结果未经治疗的肝癌患者和介入治疗的肝癌患者血清中检测到不同质荷比处有3个差异蛋白质峰,其蛋白质含量差异有统计学意义(P<0.05)。数据库搜索这3个蛋白质峰,得到3种与之分子量最为接近的蛋白质。结论应用SELDI-TOF-MS筛选肝癌患者介入治疗的药物靶点快速、有效,检测到的3个差异蛋白质可能是肝癌患者介入治疗的药物靶点。

蛋白质芯片-飞行质谱技术

蛋白质芯片-飞行质谱技术(Proteinchip-SurfaceEnhancedLaserDesorption/Ionization,SELDI)是21世纪出现的一种新型生物芯片技术,是研究表达蛋白的有力工具。本文对该技术的原理、构成、使用方法、应用等做了简要介绍。

应用SELDI-TOF-MS技术分析少精子症患者精浆中的差异表达蛋白

目的：用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱（SELDI-TOF-MS）分析少精子症患者和正常对照组精浆蛋白质指纹图谱的变化，建立能鉴别少精子症患者和正常对照组精浆标志物的诊断模型。方法：收集33例少精子症和31例正常对照的精浆，用CM10（弱阳离子交换芯片）蛋白质芯片和SELDI-TOF-MS检测蛋白质指纹图谱的表达。用Biomarker Patterns Software分析软件进行数据处理，建立区分少精子症患者与正常对照组精浆中蛋白质指纹图谱差异表达模型，并用此模型对33例少精子症患者及31例正常对照组进行盲法交叉验证。结果：在相对分子质量2000～20000范围内，共检测到185种有差异的蛋白峰，其中23种有统计学意义（P〈0．05）。建立了由3种差异蛋白质组成的少精子症诊断模型，其敏感性为90．9％（30／33），特异性为93．5％（29／31），双盲法验证结果其敏感性为87．9％（29／33），特异性为90．3％（28／31）。结论：用SELDI-TOF-MS技术初步建立的区分少精子症与正常对照精浆蛋白质差异表达模型可以区别少精子症和正常对照。

蛋白质组学研究中的分离分析技术及其研究进展

在后基因组时代,蛋白质组学成为新的研究热点。蛋白质组学的研究目标是为复杂蛋白质样品建立一个高通量、大规模、自动化的分离分析技术平台,从而实现准确、快速地筛选功能蛋白质。蛋白质的分离分析在蛋白组学研究中起着非常重要的作用。本文主要综述在蛋白质组学研究中二维凝胶电泳、毛细管电泳及其与质谱联用、多维液相分离技术及其与质谱联用和蛋白质芯片等高效分离分析技术的应用研究进展。

胰腺癌患者血清十二种肿瘤标记物的变化

目的 探讨定量测定胰腺癌患者血清12种肿瘤标志物的临床意义。方法 用蛋白芯片技术定量测定42例正常人、30例胰腺癌和16例胰腺炎患者血清12种肿瘤标志物的变化并对检测效果进行评价。结果 42例正常人血清CA19-9(KU/L)、NSE(μg/L)、CEA(μg/L)、CA242(KU/L)、Ferritin(μg/L)、β-HCG(μg/L)、AFP(μg/L)、f-PSA(μg/L)、PSA(μg/L)、CA125(KU/L)、HGH(μg/L)和CA153(KU/L)的含量分别为:12.42±10.62、2.24±1.41、1.78±1.04、5.73±5.67、91.17±78.47、0.64±0.33、2.96±3.89、0.13±0.11、0.62±1.38、5.46±9.53、1.63±2.37、9.83±9.40;30例胰腺癌患者血清12种肿瘤标志物含量依次为:279.47±402.0、9.50±11.30、8.57±21.95、98.23±89.33、301.98±216.63、1.49±2.28、5.50±7.69、0.27±0.62、1,62±3.23、167.16±252.49、3.38±8.38、43.22±99.34;16例胰腺炎患者其含量依次为:53.38±86.38、12.78±28.50、1.20±0.94、22.99±51.13、343.43±308.27、3.63±11.99、5.09±3.66、0.10±1.32、0.66±0.61、98.67±212.23、1.79±1.63、4.15±2.13。该蛋白芯片测定的敏感性为70.0％,特异性为89.7％,阳性预测值为77.8％,阴性预测值为88.1％。结论 采用蛋白芯片技术同时测定患者血清中多种肿?

应用SELDI蛋白质芯片技术筛选肺腺癌血清标志物的研究

目的通过SELDI蛋白质芯片技术筛选肺腺癌特异血清标志物。方法采用表面增强激光解析离子化-飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS),选用弱阳离子加疏水膜芯片对15例肺腺癌患者,30例健康人血清进行检测,筛选在肺腺癌患者血清中差异表达的蛋白质。结果在质荷比0-20000范围内,共检测到180个蛋白峰,建立了由8个差异表达蛋白质组成的肺腺癌诊断模型。这8个蛋白质中有6个在肺腺癌中表达上调,2个表达下调。软件分析结果显示在预测组中诊断肺腺癌的敏感性为93.33%(14/15)、特异性为100.00%(30/30);对检测组进行双盲检测,敏感性为73.33%(11/15)、特异性为86.67%(26/30)。结论由8个差异表达蛋白及其特定组合构成的诊断模型可以区分肺腺癌和健康人。SELDI蛋白质芯片技术能直接筛选出肺腺癌患者血清中相对特异的潜在标志物,具有较好的临床应用价值。

6项血清肿瘤标志物的联合检测在肺癌诊断中的价值研究

目的：探讨6项肿瘤标志物水平与肺癌不同病理分型及分期的关系及在肺癌诊断中的价值.方法：应用蛋白芯片技术检测不同临床分期的147例患者及150例健康对照组血清中的6项肿瘤标志物水平,并进行统计学分析.结果：鳞癌、腺癌、SCLC的6项肿瘤标志物检测水平高于健康对照组,CEA在SCLC组高于鳞癌组、腺癌组;铁蛋白、CEA、CA19-9、CA125在鳞癌、腺癌、SCLC的阳性率均高于健康对照组,NSE在SCLC组阳性率高于健康对照组,CA242在鳞癌、腺癌组高于健康对照组;铁蛋白、CEA、CA19-9、CA125在肺癌Ⅰ~Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期的阳性率均高于健康对照组;6项肿瘤标记物联合检测的敏感度（78.91%）明显高于单项检测的敏感度（分别为38.10%、57.82%、0.01%、61.90%、48.30%和14.97%）.结论：6项肿瘤标志物的联合检测可明显提高肺癌诊断的敏感性,肿瘤标志物的联合检测对肺癌的诊断具有重要价值.