金荞麦内转录间隔区(ITS)的扩增及序列分析

以2份金荞麦为材料，对其内转录间隔区ITS区序列进行PCR扩增，均获得长约700bp的特异性产物。测序结果表明，金荞麦1号样品包含ITS序列660bp，金荞麦2号样品包含ITS序列646bp，在Genebank中的登录号分别为DQ780602和DQ780600。对现有金荞麦ITS的序列比对表明，其同源率为80．2％～93．1％，变异位点主要在ITS1，表现出较丰富的遗传多样性。采用邻接法构建了金荞麦的系统进化树。

坛紫菜rbcS及rbcL-rbcS基因间隔区的序列分析

Rubisco是光合作用和光呼吸的关键酶,目前已成为高等植物中研究最深入的酶之一,而在低等藻类中关于该酶的相关研究却很少。以来自浙江和福建的6个坛紫菜(Porphyra haitanensis)无性系为研究对象,以江苏条斑紫菜(P.yezoensis)为参照,克隆了其Rubisco小亚基(rbcS)及大小亚基基因间隔区共516 bp的序列。序列分析结果表明,其中4个坛紫菜系(Hza、Hzf、Hpt、Hzz)的基因序列完全相同(以其作为标准),坛紫菜Hzb和Hzc与其均只有1个碱基差异,而条斑紫菜Yn55与其差别碱基为46个。将本实验的7条紫菜序列与GenBank数据库收录的17条紫菜Rubisco序列一起做系统分析,结果表明坛紫菜和条斑紫菜都分别归到了各自的类群中。以上结果说明,紫菜rbcS和rbcL-rbcS基因间隔区序列的同源性较高,可用于种以上水平的系统分析。

红螯螯虾核糖体DNA-ITS区序列特征

红螯螯虾(Cherax quadricarinatus)是一种原产于澳大利亚的淡水螯虾,具有良好的养殖前景。为了从多角度提高对红螯螯虾群体遗传多样性的认识,通过PCR扩增了其内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)并进行了克隆测序,采用生物信息学软件对其序列进行了比较分析。结果表明,红螯螯虾ITS序列长度为722~942 bp,ITS1长度短于ITS2,5.8S和ITS2的GC含量较高。其中ITS1长度为157~166 bp,平均GC含量为42.3%~42.9%,是迄今为止甲壳类中发现的最短的ITS1序列;5.8S除了有一条序列长度为159 bp外,其余479条序列均为165 bp,平均GC含量为55.6%~55.9%;ITS2长度为394~614 bp,GC含量为53.6%~54.0%。序列比对显示,整个ITS中微卫星序列(simple sequence repeat,SSR)共有4处,其中ITS1中有1处,为(CAT)n类型;ITS2中有3处,分别为(AGGC)n、(TGC)n和(TAA)n。个体内差异分析表明,红螯螯虾ITS个体内存在SNP位点,而且由于SSR重复数不同在长度上存在个体内差异。相似性分析表明,红螯螯虾ITS1和ITS2与其他甲壳动物相似性较低;5.8S与其他甲壳动物有着极高的相似性,其中与中华绒螯蟹相似性达到88%。基于5.8S构建的NJ树显示,红螯螯虾与中华绒螯蟹亲缘关系最近聚为一支,然后与克氏原螯虾聚为一支。这可能是目前螯虾属ITS序列较少的原因。当采用ITS进行红螯螯虾种质分析时,需要在每个群体中取少量个体测定多个克隆的方法进行预实验。本研究结果补充了螯虾类ITS的序列资源,为ITS在红螯螯虾遗传多样性分析中的应用提供了理论依据。

桑树TrnL-trnF基因间隔区序列的特点及分析

设计桑树TrnL trnF基因间隔区序列的特异引物 ,扩增并分析了桑属育 71 1和桑莲 2个品种的TrnL trnF基因间隔区序列 ,其长度分别为 4 14bp和 4 17bp ,且富含A/T。该序列有 4 2 1个分析性状 ,具有 17个变异位点。在这些变异中主要以碱基的插入和缺失 (主要是插入 /缺失dA)为进化形式 ,其余的发生了少数置换。除这些变异位点以外的核苷酸序列完全相同 ,说明两者有高度同源性 ,与桑科、菊科和蔷薇科的TrnL trnF基因间隔区序列有一定同源性。用Clustalx软件对 2 1份材料的TrnL trnF基因间隔区序列进行聚类分析 。

水稻条纹病毒RNA4基因间隔区序列分析——混合侵染及基因组变异证据

克隆和测定了我国水稻条纹病毒 (RSV) 2 2个分离物RNA4基因间隔区 (Intergenicre gion,IR)序列 ,序列比较结果表明 ,我国RSVRNA4IR在长度上存在 63 4bp、65 4bp及 73 2bp 3种不同的类型 ,其中 3种不同类型的序列在云南省均有存在 ,而在其它省份仅存在 65 4bp类型的序列 ,云南省还存在不同片段类型序列在同一分离物中混合侵染的现象。序列内部具有两个重要的结构特征 ,一是具有插入序列 ;二是有两处反向重复序列 ,可形成两个明显的发夹结构 ,其中一个序列比较保守 ,形成的发夹结构稳定 ;但另一个发夹结构由于碱基变异导致其稳定性在各个分离物中差异较大。本论文还讨论了插入片段特性。

rRNA基因间隔区序列用于亲缘关系密切的根瘤菌种群鉴定及系统发育分析

通过rRNA基因内转录间隔区的碱基序列分析,对中华根瘤菌属Sinorhizobium、慢生根瘤菌属Bradyrhizobium和中慢生根瘤菌属Mesorhizobium种间亲缘关系十分密切的菌株进行区分.结果表明,rRNA基因间隔区序列能很好地区分种间亲缘关系十分密切的菌株.用rRNA基因间隔区序列构建的系统发育树与rRNA基因序列构建的系统发育树结果十分相似.

奥利亚罗非鱼与尼罗罗非鱼rDNA内转录间隔区序列特征

核糖体DNA内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)是经常被用作种和种群水平系统研究的分子序列。本文分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)内转录间隔区,包括部分18S序列,ITS1、5.8S、ITS2全序列及部分28S序列。4尾奥利亚罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其存在长度不同的a、b两种类型ITS1。a型长为536 bp,GC含量为69.96%;b型长为520 bp,GC含量为69.04%～69.42%。4尾尼罗罗非鱼的10个克隆序列分析表明,其只存在a型ITS1,长为536～540 bp,GC含量为69.42%～70.19%。与b型ITS1相比,a型ITS1在16～31 nt有16 bp片段(GGCCCGCCTGCGGCGC)的插入。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼共20条ITS序列中,5.8S长度均为157 bp,GC含量为56.69%～57.96%;ITS2为408 bp,GC含量为72.79%～74.26%。奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼ITS区序列相似性高达98.2%,表明这两种罗非鱼亲缘关系很近。此外,本文对14尾奥利亚罗非鱼、15尾尼罗罗非鱼以及15尾奥尼罗非鱼[O.aureus(♂)×O.niloticus(♀)]ITS1的扩增结果显示,奥利亚罗非鱼均有a、b两种类型ITS1;15尾尼罗罗非鱼中1尾为a、b两类型ITS1,14尾为a型ITS1;15尾奥尼罗非鱼中则有6尾具有a、b两类型ITS1,9尾为单一的a型ITS1。分析表明,奥利亚罗非鱼在ITS1这个位点一致性高,但尼罗罗非鱼中有1尾混杂了奥利亚罗非鱼的基因,同时也说明分子生物学手段应用于种质鉴定比形态学手段更为精确。

马铃薯卷叶病毒基因间隔区的克隆及序列分析

根据已报道的马铃薯卷叶病毒基因组序列．设计合成一对特异性引物，以马铃薯卷叶病毒中国分离株（ＰＬＲＶ－Ｃｈ）的ＲＮＡ为模板，反转录合成ｃＤＮＡ第一条链，经ＰＣＲ扩增后克隆于ｐＵＣ１９质粒中，进一步用ＰＣＲ鉴定、限制酶切分析和序列分析，结果表明：ＰＬＲＶ－Ｃｈ基因间隔区由１９７个核苷酸组成，与国外报道的荷兰ＰＬＲＶ－Ｎ加拿大ＰＬＲＶ－Ｃ，澳大利亚ＰＬＲＶ－Ａ，苏格兰ＰＬＲＶ－Ｓ各株系核苷酸序列具有很高的同源性，同源率依次为９９％、９８％、９３％、９８％。

我国尖音库蚊复合组蚊虫核糖体DNA第2内转录间隔区序列测定与分析

通过对我国尖音库蚊复合组蚊虫及三带喙库蚊核糖体DNA第二内转录间隔区 (rDNA ITS2 )的序列测定 ,表明rDNA ITS2序列在我国尖音库蚊复合组种内亚种间和亚种内的变异存在有重叠现象。分子系统关系分析没有发现与形态学亚种阶元分类地位的一致性 ,但在种间差异明显。

赤潮铜绿微囊藻rDNA基因间隔区的序列分析以及与淡水微囊藻的比较

采用ＰＣＲ及序列测定的方法，对在厦门西港海域采集的赤潮铜绿微囊藻１６Ｓ和 ２３５ｒＤＮＡ基因间隔区Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ Ｓｐａｃｅｒ Ｒｅｇｉｏｎ （ＩＳＲ）区进行了序列测定和分析，并通过与两 种淡水微囊藻的比较，找出了其特征性核苷酸作为专一性分子探针设计的靶序列，为该藻 种以及微囊藻属的快速鉴定及系统学研究提供了分子基础。

马铃薯卷叶病毒(PLRV)内蒙古分离物基因间隔区(IS)的克隆与序列分析

根据Genbank已报道马铃薯卷叶病毒(PLRV)基因组序列,分析其基因间隔区(IS)两端的保守区,自行设计、合成一对特异性引物,以PLRV内蒙古分离物总RNA为模板,经RT-PCR扩增得到含PLRVIS的一段369 bp的cDNA,克隆于载体pBS-T中。重组质粒经PCR鉴定、酶切分析和核苷酸序列测定,并进一步与PLRV其他分离物的同源序列作比对。结果表明:克隆的PLRV内蒙古分离物的IS序列与其他全部已发表的13个全基因组中的IS核苷酸序列有很高的同源性,最高达到100%,平均为97.90%,高于这13个PLRV全基因组序列96.81%的同源性,说明IS序列不仅在PLRV的不同株系间比较保守,而且在PLRV的全基因组序列中也是相对保守的。研究结果预示,将IS构建成RNA干扰型结构导入马铃薯,将有可能获得抗PLRV多种株系且抗性更高的转基因植株。

基于16SrRNA和16S-23SrRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系

采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBayes软件提供的最大似然法和贝叶斯法进行系统发生关系分析.分析结果是:所有淡水甲壳动物螺原体菌株Spiroplasma erio-cheiris(中华绒螯蟹)、Spiroplasmasp.CRAYFISH(克氏原螯虾)、Spiroplasmasp.SHRIMP(南美白对虾)严格聚为一支,并且与陆生兔扁虱螺原体(非凡螺原体)Spiroplasma mirum关系最近,而与中国报道的陆生植物螺原体菌株Spiroplasmasp.CR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-2(油菜)、Spiroplasmasp.CAN-1(杜鹃花)、Spiroplasmasp.CRW-1(红花酢浆草)及昆虫螺原体菌株Spiroplasmasp.CH-1(蜜蜂)、Spiroplas-masp.M10(蜜蜂)关系较远,此外,3个淡水甲壳动物螺原体菌株与现今唯一报道的海水南美白对虾螺原体Spi-roplasma penaei系统发生关系也很远.因此,在螺原体属中,我国发现的淡水甲壳动物螺原体近缘种是非凡螺原体而不是我国陆生昆虫或植物螺原体及美洲的南美白对虾螺原体.

金鱼核糖体转录间隔区(ITS-1)的克隆和序列分析

对金鱼（Carassius auratus）核糖体转录间隔区（ITS-1）进行了克隆测序，并对ITS-1序列进行了分析。结果显示，克隆的金鱼ITS-1区序列长度为294bp，其中A、T、G、C4种碱基的含量分别为17．0％、14．6％、33．0％、35．4％；与从GenBank中检索到的12种鱼的核糖体DNA序列比较显示，其与12种鱼的ITS-1序列同源性较低，在26．0％～61．6％之间；根据金鱼与其他12种鱼的ITS-1序列的同源性构建进化树，所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。

红豆杉科及相关类群叶绿体rbcL基因与trnL-trnF间隔区序列的分支分析

运用对PCR产物克隆后测序和对PCR产物直接测序的方法对红豆杉科、三尖杉科和罗汉松科 16种植物的叶绿体rbcL基因和trnL -trnF基因间隔区序列进行了测定。选用PAUP软件分别对rbcL基因、trnL_trnF间隔区和rbcL基因—trnL_trnF间隔区联合数据矩阵进行分支分析 ,结果显示 :①穗花杉属以置于红豆杉科内为宜 ,将穗花杉属独立成科的意见未得到支持 ;②三尖杉属内篦子三尖杉地位特殊 ,赞同成立篦子三尖杉组 ;③罗汉松科属单系群 ,竹柏类应归属罗汉松科 ,不同意将其从该科中分离出来成立新科竹柏科 ;④不支持红豆杉科独立成目 ,其单生单轴球果可能是由复合双轴球果减化而来。

16s～23s rDNA间隔区序列RFLP分析在分枝杆菌分类鉴定中的应用

目的：通过对分枝杆菌１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列ＤＮＡＰＣＲ扩增和限制性酶切分析，评价其在分枝杆菌分类鉴定中的价值。方法：对２１种分枝杆菌和９种亲缘关系较远的非分枝杆菌和４种亲缘关系较近的非分枝杆菌的１６ｓ－２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列ＤＮＡ进行ＰＣＲ扩增并对扩增产物进行限制性内切酶ＨａｅⅢ．ＭｓｐＩ消化反应，分析不同菌种扩增片段及其限制性片段长度多态性的差异。结果：ＰＣＲ扩增结果显示：分枝杆菌一般扩增出１～２带，非分支杆菌一般有１～３条带。８０％的缓慢生长分枝杆菌扩增片段集中在３４０～４００ｂｐ，快速生长分枝杆菌扩增片段集中在４７０～５７５ｂｐ。单从扩增产物的琼脂糖凝胶电泳只能鉴定４２％的受试菌种。酶切结果显示：３种分枝杆菌酶切图谱没有区别，大部分分枝杆菌的酶切图谱彼此不同，而大部分非分枝杆菌不能被ＨａｅⅢ．ＭＳＰⅠ消化。结论：说明１６ｓ～２３ｓｒＤＮＡ间隔区序列ＤＮＡＰＣＲ扩增和限制性片段长度多态性分析是分枝杆菌菌种分类鉴定的一种快速、有效的方法。

花椒cpDNA trnL-F间隔区序列的特征及其在混淆品鉴别中的应用

目的 :通过分析花椒cpDNAtrnL -F间隔区序列特点 ,探讨该序列在花椒与其混淆品鉴别中的意义。方法 :对花椒及其混淆品进行cpDNAtrnL -F间隔区序列比较研究。结果 :花椒cpDNAtrnL -F间隔区序列为 349bp、AT百分比为 6 2 .1%。尽管花椒的果实在外部形态 ,物理特性上与混淆品差异较小 ,但在cpDNAtrnL -F间隔区序列上却存在着显著而稳定的差异。该序列在属以下的分类阶元中同源性极高 ,可达 10 0 %。结论 :根据cpDNAtrnL-F间隔区碱基序列的差异 。

基于16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)、REP序列的基因指纹图谱及UPGMA聚类法的拟诺卡菌属分类方法

拟诺卡菌属(Nocardiopsis)是拟诺卡菌科(Nocardiopsaceae)的唯一属.该属内进行物种鉴别时通常是在多相分类方法基础上,以全基因组杂交同源性在70%以下的为不同物种,此为国际公认的定种标准;但在进行大量菌株的比对时操作比较复杂,于是多种基于DNA的基因图谱技术发展起来.本实验利用适宜引物,对拟诺卡菌属15株基准株基因组DNA的16S-23S rDNA间隔区序列(ITS)和REP序列进行了扩增,获得了两种基因指纹图谱,同时根据UPGMA聚类法构建了相应的进化距离树图.结果表明,对于拟诺卡菌属中不同物种的区分,两种基因图谱技术的分辨力相当,均可以较好的呈现物种间差异,可以作为拟诺卡菌属菌株多相分类的组成部分,应用于物种水平的分类与鉴定.

蓝藻OscilatoriaceaerDNA16S-23S基因间隔区的序列分析及其分类学意义

采用末端终止法对蓝藻类颤藻科Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｓｐ．ｒＤＮＡ１６Ｓ－２３Ｓ基因间隔区进行了序列测定，获得了Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｓｐ．ｒＤＮＡ基因间隔区４２７个核苷酸，其中包含１个异亮氨酸ｔＲＮＡ基因（ｔＲＮＡＩｌｅ）。并通过计算机联网从国际分子生物学数据弹库中获取颤藻科其它种的ｒＤＮＡ基因间隔区序列，通过比较分析，从分子水平对颤藻科Ｏｓｃｉｌａｔｏｒｉａｃｅａｅ属间的某些分类学问题进行了讨论，并根据序列中核苷酸差异值探讨了颤藻科属间界定的分子标准。提出了ｒＤＮＡ基因间隔区是良好的分子标记，可用于“赤潮”或“水华”

水稻条纹病毒两个分离物RNA4基因间隔区的序列比较

通过RT PCR扩增了我国水稻条纹病毒 (RSV)山东济宁 (JN)、云南宜良 (YL)两个分离物RNA4基因间隔区 (intergenicregion ,IR)序列 ,并克隆于 pGEM Teasy载体上。序列分析结果表明 :JN、YL两分离物RNA4IR均由 6 5 4个核苷酸组成 ,两者之间的同源率为 92 %。JN、YL两个分离物RNA4IR在AU碱基富集处可形成两个明显的发夹结构 ,其中一个序列比较保守 ,形成的发夹结构稳定 ;但另一个由于碱基变异导致所形成的发夹结构的稳定性在各个分离物中差异较大。

山丘疫区杜氏利什曼原虫核糖体基因内转录间隔区的克隆及序列分析

目的 构建我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株前鞭体核糖体DNA(rDNA)内转录间隔区 (ITS)片段克隆 ,并进行测序及同源性分析。 方法 提取杜氏利什曼原虫前鞭毛体DNA进行PCR扩增 ,将扩增出rDNAITS片段克隆入pMD18 Tvector上 ,双脱氧链末端终止法测序。 结果 扩增出约 10 0 0bp的rDNAITS片段。测序结果表明山丘疫区的2株利什曼原虫L .d .SC10和L .d .6分别为 10 2 7bp和 10 2 8bp。序列分析结果表明 ,L .d .SC10和L .d .6有一定差异。 结论 获得了我国山丘疫区杜氏利什曼原虫分离株L .d .SC10和L .d .6的前鞭体rDNAITS序列。