GST pulldown技术检测HEK293T细胞Daam1的活性

目的:运用GST pulldown技术建立真核细胞中Daam1活性检测的可靠方法。方法:构建GST-RhoA的原核表达载体,并使其在大肠杆菌BL21菌株中大量表达。用GST pulldown和Western blot技术分别检测HEK293T细胞中活化的Daam1及Daam1蛋白的表达。结果:在成功构建了GST-RhoA的原核表达载体,并使其在原核细胞中大量表达融合蛋白GST-RhoA后,用GST pulldown和Western blot技术证实HEK293T细胞中有活化的Daam1和Daam1总蛋白的表达。结论:本工作所建立的GST pulldown技术可以检测HEK293T细胞中Daam1的活性,从而为进一步深入研究Daam1在真核细胞中的功能提供了技术保障。

GST-pulldown体外研究LRP16与NF-κB/p65相互作用的功能表位

目的:构建核转录因子NF-κB/p65亚基的功能表位载体,采用GST-pulldown探究p65与LRP16体外相互作用的功能表位。方法:以真核表达质粒pcDNA3.1-p65为模板,PCR扩增一组p65功能表位的基因片段,经测序后,克隆至pcDNA3-flag载体上,用BamHⅠ/XhoⅠ双酶切重组质粒鉴定目的片段大小,然后采用GST-pulldown实验验证LRP16与p65之间的相互作用。结果:构建了p65的5个功能表位的表达载体且可用于体外转录翻译,GST-pulldown体外研究表明,p65蛋白N端RHD结构域是与LRP16相互作用所必需的,p65的RHD结构域的缺失完全消除了p65与LRP16的体外相互作用。结论:GST-pulldown实验验证了LRP16与p65存在体外直接相互作用,并具体分析了LRP16与p65相互作用的表位。

GST-pulldown验证转录因子ZNF24与c-Myc的相互作用

目的:前期酵母双杂交实验中,我们以转录因子ZNF24的SCAN结构域为诱饵,筛选到的一个阳性克隆为原癌基因c-Myc,在此进一步验证ZNF24与c-Myc间的相互作用。方法:将ZNF24与c-Myc分别构建到p GEX-4T-2和pc DNA3.1表达载体上,利用GST-pulldown技术体外验证两者表达蛋白的相互作用。结果:电泳鉴定与测序分析表明目的基因克隆正确,载体构建成功;用GST-pulldown技术检测到ZNF24与c-Myc相互作用的蛋白条带。结论:GST-pulldown实验进一步表明ZNF24与c-Myc的相互作用,为验证ZNF24与c-Myc之间存在相互作用奠定了基础。

GST Pulldown技术检测HEK293T细胞活化的Rab35

目的:运用GST pulldown技术建立真核细胞中活化的Rab35的可靠检测方法。方法:构建GST-RUN的原核表达载体,并使其在大肠杆菌BL21中大量表达。用GST pulldown和Western blot技术分别检测HEK293T细胞中活化的Rab35及Rab35蛋白的表达。结果:成功构建了GST-RUN的原核表达载体,并使其在原核细胞中大量表达融合蛋白GST-RUN,用GSTPulldown和Western blot技术证实了HEK293T细胞中有活化的Rab35和Rab35总蛋白的表达。结论:本工作所建立的GSTPulldown技术可以检测HEK293T细胞中活化的Rab35,从而为进一步深入研究Rab35在真核细胞中的功能提供了技术保障。

花斑裸鲤红细胞发育相关基因KLF17启动子区域互作蛋白筛选

为了进一步解析鱼类在高原低氧环境下的适应性进化机制,确定相关基因KLF17是否在红细胞发育过程中发挥功能。将高原裂腹鱼亚科鱼类的代表物种——花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)作为实验对象,以实验室前期花斑裸鲤全基因组测序数据为基础,鉴定出红细胞发育相关基因KLF17启动子序列,以其启动子DNA为诱饵,对花斑裸鲤肾脏组织蛋白进行筛选,采用LC-MS/MS技术对候选结合蛋白进行鉴定分析,并进行生物信息学分析。结果表明,在花斑裸鲤肾脏组织中共筛选到576个与KLF17启动子区域特异性结合的蛋白,去除未能鉴定到的蛋白,共有306个候选结合蛋白,其中包括真核翻译起始因子2、细胞色素P450酶、转铁蛋白、含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶、丙酮酸脱氢酶、红细胞膜蛋白带4.1蛋白等与红细胞或造血相关的蛋白。GO功能富集分析表明,这些候选结合蛋白涉及多种生物学功能,包括参与细胞生长、细胞周期、免疫反应、信号传导、核酸与转录因子结合等过程。KEGG通路分析表明,以上蛋白参与多条信号通路,包括氨基酸代谢通路、细胞凋亡信号通路、PPAR信号通路、Hippo信号通路、细胞色素P450代谢信号通路、HIF-1信号通路及神经营养因子信号通路等。研究筛选出的KLF17启动子候选结合蛋白主要有参与红细胞发育相关的真核翻译起始因子2、细胞色素P450酶、转铁蛋白等,经过功能分析发现它们参与HIF-1信号通路,通过调控血红素、珠蛋白基因表达、铁代谢、血管生成、糖酵解等途径激发红细胞的生成与发育,提示KLF17在转录水平上参与调控红细胞中血红素、铁和珠蛋白间的相互作用,为红细胞分化机制研究提供重要信息。同时,转铁蛋白作为参与铁和氧调节的交叉调控因子,它能够促进血液中铁的运输和增强血氧的结合能力,使得机体在低氧环境中长期生存,这也揭示了花斑裸鲤的低氧适应机制与HIF-1下游的转铁蛋白有关。研究可对下一步验证该蛋白与KLF17的互作机制提供研究基础,为解析高原土著鱼类造血系统发育和低氧环境适应性进化的分子机制提供科学数据。

绝经后骨质疏松症肾阴虚证关联基因CLCF1启动子区相互作用转录因子的筛选及分析

目的检测、分析与CLCF1基因上游启动子区域相互作用的转录因子。方法采用DNA pulldown技术联合质谱鉴定的方法检测与CLCF1基因启动子区域相互作用的蛋白,对鉴定出的蛋白质进行生物信息学分析,筛选出50个转录因子,使用平行反应监测(parallel reaction monitoring,PRM)技术靶向验证转录因子的表达情况。结果试验组与对照组共筛选出251个差异蛋白,GO富集结果表明差异蛋白主要涉及核糖体生物发生、正向调控DNA模板转录等生物学过程,包含转录调节复合物、SWI/SNF超家族型复合物,具有与cAMP应答元件结合、ATP水解活性等分子功能。KEGG通路显示,差异蛋白主要参与人t细胞白血病病毒1型感染、线粒体自噬、甲状腺激素等信号通路。PRM验证发现MAFK、TFE3、MITF、JUNB、FOSL2这5个转录因子表达趋势与DNA pulldown检测结果一致。结论MAFK、TFE3、MITF、JUNB、FOSL2这5个转录因子可能与CLCF1基因启动子区相结合。

单环刺螠硫醌氧化还原酶相互作用蛋白质的筛选

硫化物是沿海水域中常见的有害物质,对于多数生物来讲,其在微摩尔级水平便可导致生物体中毒。硫醌氧化还原酶(SQR)是一种谷胱甘肽还原酶家族的膜结合黄素蛋白,为硫化物氧化解毒的一种关键酶。本研究以体外原核表达并复性的单环刺螠SQR为材料,采用His-pulldown技术和SDS-PAGE分析,从单环刺螠体壁细胞裂解液中筛选出两个可能与SQR结合的蛋白质,分子质量分别为40 ku和60 ku。通过毛细管液相色谱-离子肼质谱分析,初步判断其为细胞色素P450(cytochrome P450)和腺苷三磷酸结合盒转运蛋白(ATP-binding cassette transporter),并初步探讨了其可能的功能。

液相色谱-高分辨质谱结合蛋白质组学技术分析曲妥珠单抗耐药胃癌细胞的转录因子

采用基于液相色谱-高分辨质谱的转录因子结合序列串联多拷贝双联DNA结合元件(Concatenated tandem array of transcription factor response elements,catTFRE)Pull down蛋白质组学技术,研究了曲妥珠单抗耐药胃癌细胞的转录因子及其调控作用。以合成的串联转录因子结合序列DNA片段为亲和试剂,用生物素标记,作为"DNA诱饵",通过Pull down富集后,采用液相色谱-高分辨质谱检测捕获的转录因子,基于强度定量法(Intensity based absolute quantification,iBAQ)定量,筛选出与DNA结合活性显著变化的转录因子。利用WebGestalt(2017)数据库对激活转录因子调控的信号通路、家族分类、调控网络及转录因子-靶基因(TFs-targets)进行分析。结果表明,359个转录因子被定量检测,与亲本细胞相比,61个转录因子在曲妥珠单抗耐药胃癌细胞中与DNA结合活性显著变化,其中结合活性增强48个,活性降低13个。激活转录因子属于bZIP、bHLH、homebox、HMG box、Zine finger等家族。KEGG通路富集显示,癌症、MAPK、Wnt、TGF-β、凋亡等多条通路在耐药细胞中显著改变。TFs-targets分析表明,TCF7L2、TCF7、FOXC1、JUN、CYC、FOS、ELK4、NFκB2、DDIT3和ATF2在上皮-间质转化(Epithelial-mesenchymal transformation,EMT)、Wnt、MAPK信号通路促使胃癌曲妥珠单抗耐药过程中发挥重要调控作用,提示靶向这些转录因子所调控的信号通路可能是逆转胃癌曲妥珠单抗耐药的重要途径。

结核分枝杆菌Rv3425与Rv3614c的相互作用

为探究结核分枝杆菌脯氨酸-脯氨酸-谷氨酸(PPE)蛋白家族Rv3425的生物学功能,利用免疫共沉淀联合质谱分析,在卡介苗(BCG)中筛选与Rv3425相互作用的蛋白。首先,以聚合酶链反应(PCR)扩增获得Rv3425基因,并克隆于pMV261载体。将重组载体转化入BCG,裂解细胞,蛋白免疫印迹法证实目的蛋白可在BCG中表达。通过免疫共沉淀,用特异抗体分离出BCG中的Rv3425蛋白复合体,质谱鉴定其成分,在美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库中检索各蛋白的功能,筛选与Rv3425相互作用的蛋白,并用谷胱甘肽S-转移酶(GST)pulldown验证。结果显示,免疫共沉淀联合质谱分析筛选到10个与Rv3425相互作用的蛋白,在细胞内Rv3425协同作用下参与肽聚糖合成途径、分枝菌酸合成途径、ESX-1蛋白分泌系统及细菌毒力调控。GST pulldown验证发现Rv3614c与Rv3425可体外结合。本研究证实Rv3425与Rv3614c存在相互作用,Rv3425可能与ESX-1蛋白分泌系统及结核分枝杆菌致病机制密切相关。

白血病相关蛋白16与角蛋白18相互作用的鉴定

目的:验证白血病相关蛋白(LRP)16与角蛋白(KRT)家族成员KRT18之间的相互作用关系。方法:PCR扩增KRT18及其结构域缺失体基因片段,构建KRT18全长及其结构域真核表达载体,通过体外GST pull down实验和体内免疫共沉淀实验验证LRP16/KRT18的相互作用,并鉴定其作用的结构域。结果:构建了KRT18及其结构域重组子,GST pull down实验证明LRP16与KRT18在体外存在相互作用,它们的特异结合区域位于KRT18的C端,KRT18能够与LRP16的C端结构域相互作用;免疫共沉淀实验表明内源性LRP16与KRT18的C端在体内存在特异结合。结论:KRT18与LRP16存在相互作用,为进一步研究KRT18影响LRP16的亚细胞分布及调控LRP16核功能执行的作用机制奠定了基础。

hTRIP15对甲状腺激素受体功能的影响

目的确立人甲状腺激素受体相互作用蛋白15(hTRIP15)对甲状腺激素受体(TR)功能的影响。方法应用融合蛋白、蛋白体外翻译及谷胱苷肽S转移酶“拉下”(GSTpulldown)试验研究蛋白—蛋白的相互作用,凝胶阻滞(gelshift)试验检测蛋白-DNA的结合活性。结果经大肠杆菌表达hTRIP15融合蛋白或体外翻译TRα所显示的分子量与预测大小相吻合。hTRIP15及hTRIP15N末端均可与TRα相互作用;hTRIP15抑制TR与TR反应元件(TRE)结合,且增加hTRIP15剂量时更明显。结论提示hTRIP15作为共抑制因子调节TR对靶基因的转录,hTRIP15N端是TR结合功能域,而C端可能为调节功能域。

酵母双杂交文库筛选及hTRIP15与Y盒结合蛋白-1相互作用的探讨

为探讨甲状腺素受体相互作用蛋白(hTRIP15)是否与其他核蛋白发生相互作用,以hTRIP15作为诱饵,用酵母双杂交技术筛选人肝cDNA文库,在高严格度选择培养基(SD-Trp-Leu-Ade-His)上长出的克隆773个,再经β-gal表达和PCR等技术进一步缩小范围,经Blastn搜寻最终显示2个重复克隆编码一种共调节辅因子——Y盒结合蛋白-1(YB-1).将插入序列与全长YB-1比较发现进入ORF内230bp,插入序列编码82aa,该蛋白称为YB-1-p,经蛋白体外翻译及GST-pulldown试验证实YB-1-p与hTRIP15发生相互作用.提示hTRIP15可通过与YB-1相互作用,参与调控MHCII及TSH受体等甲状腺细胞重要基因表达.

小G蛋白RhoA活性检测方法的优化

Rho蛋白家族的小G蛋白是调节细胞迁移的关键蛋白,具有GTP酶活性。RhoA是该蛋白家族的重要成员,通过其催化活性来调节肌动蛋白的聚集和收缩,在肿瘤迁移和侵袭中发挥重要作用。所以,RhoA的GTP酶活性检测对于研究细胞迁移的机制,以及靶向RhoA的治疗策略具有重要意义。RhoA下游效应子Rhotekin基因(RhoA effector)具有RhoA结合结构域(RhoA binding domain,RBD),该RBD蛋白结构域能与活化状态的GTP-RhoA特异结合。通常用外源表达的RBD蛋白pulldown结合GTP-RhoA的蛋白量,作为RhoA活性检测方法。但是,哺乳动物来源的RBD蛋白在原核细胞中的表达量很低,使得pulldown结合GTP-RhoA蛋白量的效率低下,从而不利于RhoA的活性检测。因此,目的在于提高RBD蛋白在大肠杆菌中的产量,提高RBD蛋白pulldown结合GTP-RhoA的效率,从而优化RhoA活性检测方法。通过密码子优化技术对RBD基因进行改良,提高其蛋白在大肠杆菌中的表达量,优化RBD蛋白pulldown实验检测GTP-RhoA的效率。优化后的RBD与GST标签蛋白融合后在大肠杆菌中高效表达,并且能够特异性地与GTP-RhoA结合。成功地构建了具有较高表达水平的GST-RBD载体,并优化了传统的GST-RBD pulldown检测体系,为进一步深入研究RhoA在细胞迁移中的功能提供了一种有效的技术手段。

酵母LAG1同源的人类长寿保障新基因LASS2的克隆和功能研究

目的 分离和克隆肝癌相关基因。方法 我们用高通量功能筛选和RACE(rapidamplificationofcDNAends)方法从人肝cDNA文库中克隆到一个与酵母长寿保障基因LAG1高度同源的人类新基因LASS2 (homosapienslongevityassurancehomologue 2ofyeastLAG1)。结果 LASS2在正常人肝组织和肾组织中高表达 ,其表达谱不同于早先在人中克隆到的另一个与酵母LAG1高度同源的人类长寿保障基因LAG1Hs- 1。放射杂交基因定位显示LASS2位于人类染色体 1q11,酵母双杂交和GST结合实验发现LASS2蛋白能与细胞中的几个膜相关受体或转运体相互作用 ;另外 ,LASS2在体外对人肝癌细胞的克隆形成具有抑制作用 ,提示该基因可能参与细胞的生长调控。结论 LASS2是一个新的肝癌相关基因。

不同蛋白标签对LMO2融合蛋白沉淀实验的影响

融合蛋白沉淀技术是一种用来研究蛋白质相互作用的新的体外实验技术,通常利用蛋白亲和标签与探针蛋白融合表达来钓取未知相互作用蛋白或验证已知蛋白间的相互作用,其中以谷胱甘肽巯基转移酶(GST)标签最为常用。LMO2(由LIMonly缩写得名,也称Ttg-2或Rbtn2)是一种小分子量难溶蛋白。利用原核系统分别表达了含有GST和麦芽糖结合蛋白(MBP)两种标签的LMO2融合蛋白,发现GST-LMO2融合蛋白以包涵体的形式表达,而MBP-LMO2融合蛋白则能够以可溶形式表达,而且MBP-LMO2的表达量明显高于GST-LMO2融合蛋白。将可溶性的MBP-LMO2融合蛋白和复性后的GST-LMO2融合蛋白分别用于钓取K562细胞中LMO2的结合蛋白,结果显示二者都可以结合K562细胞中内源性的GATA1蛋白,而MBP-LMO2融合蛋白捕获的GATA1蛋白明显多于复性后的GST-LMO2融合蛋白。这一结果提示,在研究一些分子量小、疏水性强的蛋白质时改变标签蛋白可能是一种有益的尝试。

曲柄摇杆式抓片机构的非线性动力分析

本文给出了曲柄摇杆机构抓片爪的运动方程，建立了胶片运动的非线性模型，从理论上分析了具有曲柄摇杆型抓片机构的间隙式高速摄影机的输片力特性。最后讨论了最大输片力与机构参量之间的关系， 提出了机构优化的原则与步骤。

高速摄影机间歇式抓片机构综合动平衡优化设计

采用单指标平衡与多指标优化相结合的方法，在曲柄上加平衡配重，部分平衡惯性力，在连杆上添加Ⅱ级杆组时机构的摆动力矩波动、输入转矩波动及固定支承动反力三项指标进行综合优化平衡。计算结果表明，该平衡法可使抓片机构的三项指标得到显著的均衡改善，进而达到提高摄影频率的目的。

miR-378促进脂质生成相关靶基因鉴定

旨为验证miR-378在脂肪细胞中的功能,及其脂质相关靶基因的筛选和鉴定。利用miR-378类似物转染3T3-L1细胞,验证miR-378在脂肪细胞中的功能;根据靶标位点的保守性以及促脂功能确定miR-378潜在靶基因;采用microRNA pulldown技术验证miR-378与靶基因的靶标关系;运用双荧光素报告基因实验确定miR-378与靶基因的结合位点。结果发现,miR-378可以通过增加脂质合成和减少脂质分解两条途经来促进脂肪细胞中脂质生成,确定了miR-378与Runx1t1、Galnt3、和RAB10的靶标关系以及结合的靶位点。

人肝再生增强因子CXXC结构域与生物学活性的关系

目的:初步探讨人肝再生增强因子蛋白(human augmenter of liver regeneration protein,hALRp)CXXC结构域与生物学活性的关系。方法:根据酶催化反应中巯基浓度的变化,测定目的蛋白巯基氧化酶活性;采用GST-pulldown方法测定目的蛋白与GST-Na+,K+-ATPase融和蛋白体外相互作用;用MTT法检测目的蛋白促进成人肝细胞HL-7702增殖情况;探讨hALR与hALR-C65A(hALRp的CXXC结构域突变)蛋白活性差异。结果:在巯基氧化酶活性实验中,酶活性以转换数(TN)表示,hALR组TN=1.25±0.21,而hALR-C65A组TN=0,与hALR组比较差异有显著性(P<0.05)。但hALR-C65A与GST-Na+,K+-ATPase融和蛋白体外相互作用和促进肝细胞增殖活性与hALRp比较无明显变化。结论:hALRp的CXXC结构在巯基氧化酶活性方面有重要作用,但该结构改变并不影响hALRp与Na+,K+-ATPase的相互作用和促进肝细胞增殖活性。

利用“同相轴下拉”地震反射特征预测苏里格气田气层

针对苏里格气田常用气层预测方法(AVO远近道振幅比法、小波变换法等)存在的问题,从模型试验出发,研究了利用"同相轴下拉"这一地震反射特征预测气层的可行性,并通过钻探实施证实,"同相轴下拉"是厚气层的有效指示。