目的:通过生物信息学分析Nod样受体pyrin结构域蛋白6(Nod-like receptor pyrin domain-containing protein 6,NLRP6)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达模式、生物学功能和免疫细胞浸润关系。方法:利用癌症和肿瘤基因图...目的:通过生物信息学分析Nod样受体pyrin结构域蛋白6(Nod-like receptor pyrin domain-containing protein 6,NLRP6)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达模式、生物学功能和免疫细胞浸润关系。方法:利用癌症和肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)、国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)、基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库及TIMER 2.0数据库、HCCDB数据库、人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas,HPA)数据库、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库分析NLRP6在HCC中的表达模式、临床预后价值。通过Enrichr数据库分析NLRP6的生物学功能。分析NLRP6表达与HCC免疫细胞浸润关系。此外,基于NLRP6表达构建Nomogram模型预测HCC患者预后。结果:NLRP6表达在多种类型肿瘤(包括HCC)中下调(P<0.05),其低表达与HCC不良预后相关(P<0.05)。京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,EGGK)信号通路和基因本体论(gene ontology,GO)分析结果揭示,NLRP6参与炎症-免疫调节反应,包括原发性免疫缺陷、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Th1和Th2细胞分化等信号通路。NLRP6表达与B细胞(r=-0.202)、CD4^(+)T细胞(r=-0.207)、CD8^(+)T细胞(r=0.153)、中性粒细胞(r=0.201)、巨噬细胞(r=-0.133)和髓树突状细胞(r=-0.245)浸润丰度显著相关;高中性粒细胞浸润丰度与HCC患者更差生存预后相关(P<0.05)。基于NLRP6表达、年龄和TNM分期的Nomogram模型能有效预测HCC患者1年、3年及5年总生存率,提供显著临床净收益。结论:NLRP6可能参与HCC发病机制,与炎症-免疫调节及免疫细胞浸润相关。基于NLRP6表达的Nomogram模型能有效预测HCC患者预后,为临床医师治疗HCC提供新的思路。展开更多
目的探讨敲低YTH结构域N^6甲基腺嘌呤(m^6A)RNA结合蛋白2(YTHDF2)对人宫颈癌细胞增殖、周期和凋亡的影响。方法利用人蛋白图谱(Human Protein Atlas)数据库分析YTHDF2在宫颈癌中表达及与生存时间的关系。收集宫颈癌和正常宫颈组织各31例...目的探讨敲低YTH结构域N^6甲基腺嘌呤(m^6A)RNA结合蛋白2(YTHDF2)对人宫颈癌细胞增殖、周期和凋亡的影响。方法利用人蛋白图谱(Human Protein Atlas)数据库分析YTHDF2在宫颈癌中表达及与生存时间的关系。收集宫颈癌和正常宫颈组织各31例,采用免疫组织化学法检测YTHDF2的蛋白表达差异;利用敲低YTHDF2的短发夹RNA(shRNA)及空载质粒包装慢病毒,并感染至宫颈癌HeLa细胞和SiHa细胞,实时荧光定量PCR及Western blot法检测YTHDF2的mRNA及蛋白水平,敲低YTHDF2后,采用CCK-8法检测细胞增殖活性,集落形成实验检测细胞集落形成能力;流式细胞术检测细胞周期和细胞凋亡情况。结果检测数据库发现YTHDF2在宫颈癌中表达越高生存时间越短,与正常宫颈组织相比,YTHDF2在宫颈癌组织高表达。敲低YTHDF2后,抑制宫颈癌细胞增殖,促进细胞凋亡,使细胞阻滞于S期。结论YTHDF2在宫颈癌组织中高表达,敲低后抑制宫颈癌细胞增殖并促进其凋亡。展开更多
热休克蛋白A6(heat shock 70-kDa protein 6,HSPA6)属于HSP70家族,在哺乳动物谱系中部分保守的可诱导的70-kD蛋白。HSPA6基因位于人类染色体1q23.3上,包含两个重要结构领域:N末端的核苷酸结合域(NBD)和C末端的底物结合域(SBD)。目前研...热休克蛋白A6(heat shock 70-kDa protein 6,HSPA6)属于HSP70家族,在哺乳动物谱系中部分保守的可诱导的70-kD蛋白。HSPA6基因位于人类染色体1q23.3上,包含两个重要结构领域:N末端的核苷酸结合域(NBD)和C末端的底物结合域(SBD)。目前研究发现HSPA6对肿瘤的发生、发展既有抑制作用,也有促进作用,在非肿瘤疾病的罹患中也扮演着多种重要角色。HSPA6已日渐成为研究的热点,但其作用机制仍未明确。本文对HSPA6蛋白的结构、表达、功能及其在肿瘤中的研究进展、可能的作用机制及未来展望作一概述。展开更多
目的:NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白6(NOD-like receptor thermal protein domain associated protein 6,NLRP6)是新发现的寡聚化核苷酸结合结构域样受体家族成员,广泛表达于肠道、肝脏、肾脏、脾脏和肌肉等组织器官,在炎症、焦亡和自...目的:NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白6(NOD-like receptor thermal protein domain associated protein 6,NLRP6)是新发现的寡聚化核苷酸结合结构域样受体家族成员,广泛表达于肠道、肝脏、肾脏、脾脏和肌肉等组织器官,在炎症、焦亡和自噬等多种生物过程发挥广泛的调节作用。近期研究表明,NLRP6在应激条件下对多种组织器官的疾病表型具有重要影响。然而,NLRP6对组织器官生长发育的影响尚未可知。方法:采用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建NLRP6基因敲除小鼠,饲养并记录小鼠的生长和繁殖情况。将小鼠的脾、肝、心、肾、脑、四肢和后背皮肤等组织器官进行解剖和切片染色,以评估NLRP6基因敲除对实质器官的宏观发育影响和对组织结构的微观影响。结果:在自然状态下,NLRP6基因敲除缩短了雄鼠的性成熟期并使成年雄鼠的睾丸发生不可逆的破溃与萎缩。在四肢发育上,NLRP6基因敲除诱导成年雄鼠后肢横纹肌断裂,导致后肢明显萎缩。在脾脏发育上,NLRP6基因敲除不仅显著增加了雄鼠的脾脏体积(P<0.01)还诱导雄鼠脾脏出现炎性细胞浸润。在后背皮肤上,NLRP6基因敲除引发雄鼠后背皮肤出现明显的溃疡损伤、胶原纤维增生和炎性细胞浸润。结论:在自然生长发育条件下,NLRP6基因敲除选择性影响小鼠的生殖器发育与性成熟期、后肢肌肉发育、脾脏大小及其炎症免疫状态以及后背皮肤的结构完整性,而且这一作用具有明显的雄激素依赖性。展开更多
文摘目的:通过生物信息学分析Nod样受体pyrin结构域蛋白6(Nod-like receptor pyrin domain-containing protein 6,NLRP6)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达模式、生物学功能和免疫细胞浸润关系。方法:利用癌症和肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)、国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)、基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库及TIMER 2.0数据库、HCCDB数据库、人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas,HPA)数据库、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库分析NLRP6在HCC中的表达模式、临床预后价值。通过Enrichr数据库分析NLRP6的生物学功能。分析NLRP6表达与HCC免疫细胞浸润关系。此外,基于NLRP6表达构建Nomogram模型预测HCC患者预后。结果:NLRP6表达在多种类型肿瘤(包括HCC)中下调(P<0.05),其低表达与HCC不良预后相关(P<0.05)。京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,EGGK)信号通路和基因本体论(gene ontology,GO)分析结果揭示,NLRP6参与炎症-免疫调节反应,包括原发性免疫缺陷、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Th1和Th2细胞分化等信号通路。NLRP6表达与B细胞(r=-0.202)、CD4^(+)T细胞(r=-0.207)、CD8^(+)T细胞(r=0.153)、中性粒细胞(r=0.201)、巨噬细胞(r=-0.133)和髓树突状细胞(r=-0.245)浸润丰度显著相关;高中性粒细胞浸润丰度与HCC患者更差生存预后相关(P<0.05)。基于NLRP6表达、年龄和TNM分期的Nomogram模型能有效预测HCC患者1年、3年及5年总生存率,提供显著临床净收益。结论:NLRP6可能参与HCC发病机制,与炎症-免疫调节及免疫细胞浸润相关。基于NLRP6表达的Nomogram模型能有效预测HCC患者预后,为临床医师治疗HCC提供新的思路。
文摘目的探讨敲低YTH结构域N^6甲基腺嘌呤(m^6A)RNA结合蛋白2(YTHDF2)对人宫颈癌细胞增殖、周期和凋亡的影响。方法利用人蛋白图谱(Human Protein Atlas)数据库分析YTHDF2在宫颈癌中表达及与生存时间的关系。收集宫颈癌和正常宫颈组织各31例,采用免疫组织化学法检测YTHDF2的蛋白表达差异;利用敲低YTHDF2的短发夹RNA(shRNA)及空载质粒包装慢病毒,并感染至宫颈癌HeLa细胞和SiHa细胞,实时荧光定量PCR及Western blot法检测YTHDF2的mRNA及蛋白水平,敲低YTHDF2后,采用CCK-8法检测细胞增殖活性,集落形成实验检测细胞集落形成能力;流式细胞术检测细胞周期和细胞凋亡情况。结果检测数据库发现YTHDF2在宫颈癌中表达越高生存时间越短,与正常宫颈组织相比,YTHDF2在宫颈癌组织高表达。敲低YTHDF2后,抑制宫颈癌细胞增殖,促进细胞凋亡,使细胞阻滞于S期。结论YTHDF2在宫颈癌组织中高表达,敲低后抑制宫颈癌细胞增殖并促进其凋亡。
文摘热休克蛋白A6(heat shock 70-kDa protein 6,HSPA6)属于HSP70家族,在哺乳动物谱系中部分保守的可诱导的70-kD蛋白。HSPA6基因位于人类染色体1q23.3上,包含两个重要结构领域:N末端的核苷酸结合域(NBD)和C末端的底物结合域(SBD)。目前研究发现HSPA6对肿瘤的发生、发展既有抑制作用,也有促进作用,在非肿瘤疾病的罹患中也扮演着多种重要角色。HSPA6已日渐成为研究的热点,但其作用机制仍未明确。本文对HSPA6蛋白的结构、表达、功能及其在肿瘤中的研究进展、可能的作用机制及未来展望作一概述。
文摘目的:NOD样受体热蛋白结构域相关蛋白6(NOD-like receptor thermal protein domain associated protein 6,NLRP6)是新发现的寡聚化核苷酸结合结构域样受体家族成员,广泛表达于肠道、肝脏、肾脏、脾脏和肌肉等组织器官,在炎症、焦亡和自噬等多种生物过程发挥广泛的调节作用。近期研究表明,NLRP6在应激条件下对多种组织器官的疾病表型具有重要影响。然而,NLRP6对组织器官生长发育的影响尚未可知。方法:采用CRISPR/Cas9基因编辑技术构建NLRP6基因敲除小鼠,饲养并记录小鼠的生长和繁殖情况。将小鼠的脾、肝、心、肾、脑、四肢和后背皮肤等组织器官进行解剖和切片染色,以评估NLRP6基因敲除对实质器官的宏观发育影响和对组织结构的微观影响。结果:在自然状态下,NLRP6基因敲除缩短了雄鼠的性成熟期并使成年雄鼠的睾丸发生不可逆的破溃与萎缩。在四肢发育上,NLRP6基因敲除诱导成年雄鼠后肢横纹肌断裂,导致后肢明显萎缩。在脾脏发育上,NLRP6基因敲除不仅显著增加了雄鼠的脾脏体积(P<0.01)还诱导雄鼠脾脏出现炎性细胞浸润。在后背皮肤上,NLRP6基因敲除引发雄鼠后背皮肤出现明显的溃疡损伤、胶原纤维增生和炎性细胞浸润。结论:在自然生长发育条件下,NLRP6基因敲除选择性影响小鼠的生殖器发育与性成熟期、后肢肌肉发育、脾脏大小及其炎症免疫状态以及后背皮肤的结构完整性,而且这一作用具有明显的雄激素依赖性。
