目的:通过生物信息学分析Nod样受体pyrin结构域蛋白6(Nod-like receptor pyrin domain-containing protein 6,NLRP6)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达模式、生物学功能和免疫细胞浸润关系。方法:利用癌症和肿瘤基因图...目的:通过生物信息学分析Nod样受体pyrin结构域蛋白6(Nod-like receptor pyrin domain-containing protein 6,NLRP6)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达模式、生物学功能和免疫细胞浸润关系。方法:利用癌症和肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)、国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)、基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库及TIMER 2.0数据库、HCCDB数据库、人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas,HPA)数据库、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库分析NLRP6在HCC中的表达模式、临床预后价值。通过Enrichr数据库分析NLRP6的生物学功能。分析NLRP6表达与HCC免疫细胞浸润关系。此外,基于NLRP6表达构建Nomogram模型预测HCC患者预后。结果:NLRP6表达在多种类型肿瘤(包括HCC)中下调(P<0.05),其低表达与HCC不良预后相关(P<0.05)。京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,EGGK)信号通路和基因本体论(gene ontology,GO)分析结果揭示,NLRP6参与炎症-免疫调节反应,包括原发性免疫缺陷、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Th1和Th2细胞分化等信号通路。NLRP6表达与B细胞(r=-0.202)、CD4^(+)T细胞(r=-0.207)、CD8^(+)T细胞(r=0.153)、中性粒细胞(r=0.201)、巨噬细胞(r=-0.133)和髓树突状细胞(r=-0.245)浸润丰度显著相关;高中性粒细胞浸润丰度与HCC患者更差生存预后相关(P<0.05)。基于NLRP6表达、年龄和TNM分期的Nomogram模型能有效预测HCC患者1年、3年及5年总生存率,提供显著临床净收益。结论:NLRP6可能参与HCC发病机制,与炎症-免疫调节及免疫细胞浸润相关。基于NLRP6表达的Nomogram模型能有效预测HCC患者预后,为临床医师治疗HCC提供新的思路。展开更多
文摘目的:通过生物信息学分析Nod样受体pyrin结构域蛋白6(Nod-like receptor pyrin domain-containing protein 6,NLRP6)在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)中的表达模式、生物学功能和免疫细胞浸润关系。方法:利用癌症和肿瘤基因图谱(the cancer genome atlas,TCGA)、国际肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)、基因表达综合(gene expression omnibus,GEO)数据库及TIMER 2.0数据库、HCCDB数据库、人类蛋白质图谱(The Human Protein Atlas,HPA)数据库、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA)数据库分析NLRP6在HCC中的表达模式、临床预后价值。通过Enrichr数据库分析NLRP6的生物学功能。分析NLRP6表达与HCC免疫细胞浸润关系。此外,基于NLRP6表达构建Nomogram模型预测HCC患者预后。结果:NLRP6表达在多种类型肿瘤(包括HCC)中下调(P<0.05),其低表达与HCC不良预后相关(P<0.05)。京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,EGGK)信号通路和基因本体论(gene ontology,GO)分析结果揭示,NLRP6参与炎症-免疫调节反应,包括原发性免疫缺陷、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、Th1和Th2细胞分化等信号通路。NLRP6表达与B细胞(r=-0.202)、CD4^(+)T细胞(r=-0.207)、CD8^(+)T细胞(r=0.153)、中性粒细胞(r=0.201)、巨噬细胞(r=-0.133)和髓树突状细胞(r=-0.245)浸润丰度显著相关;高中性粒细胞浸润丰度与HCC患者更差生存预后相关(P<0.05)。基于NLRP6表达、年龄和TNM分期的Nomogram模型能有效预测HCC患者1年、3年及5年总生存率,提供显著临床净收益。结论:NLRP6可能参与HCC发病机制,与炎症-免疫调节及免疫细胞浸润相关。基于NLRP6表达的Nomogram模型能有效预测HCC患者预后,为临床医师治疗HCC提供新的思路。
