毛叶芋兰不同组织qRT-PCR内参基因选择与验证

毛叶芋兰(Nervilia plicata)是一种珍稀南药,目前对其有效成分及其分子调控机理鲜有报道。实时荧光定量PCR(real-time quantitative PCR,qRT-PCR)在植物基因表达分析中得到了广泛应用,但在毛叶芋兰中缺少研究,限制了相关工作的开展。在前期工作基础上,本研究从毛叶芋兰转录组数据库中筛选出Actin、GAPDH、TUA、UBC、UBQ、EF-1α、EF-1β、CYP、RPL共9个常见管家基因,以毛叶芋兰叶片、叶柄和球茎3个组织部位为材料,开展qRT-PCR内参基因的筛选工作。经过9个基因在不同组织的表达水平、稳定性和综合分析,筛选出最适合的内参基因,并选择毛叶芋兰花青素合成途径关键基因NpDFR、Np3GT进行验证。结果发现:EF-1α和CYP的表达稳定性相近,整体稳定性最好。2个内参基因单独或共同使用时,NpDFR、Np3GT在不同组织的表达情况与转录组测序结果基本一致,表明其均可用作qRT-PCR的内参基因。本研究结果为进一步开展毛叶芋兰药效相关基因的分子作用机理研究提供依据。

利用ELISA与qRT-PCR技术检测番木瓜PRSV病毒的方法研究

番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)是番木瓜生产上最严重的病害之一,其发病率高,传播快,危害重。为及时发现感染PRSV的番木瓜植株,本研究建立了分别利用酶联免疫吸附测定(ELISA)技术和荧光定量逆转录PCR(qRT-PCR)技术检测番木瓜植株感染PRSV的方法,利用这2种方法检测多株转基因番木瓜与非转基因番木瓜的PRSV含量,并对结果进行比较分析。结果表明:利用PRSV多肽抗原作为标准品制备的抗体建立的标准曲线拟合度较好,可用于ELISA法检测PRSV;qRT-PCR法中选择的内参基因Cpa03g018830在番木瓜的不同生长阶段均稳定表达,可作为PRSV含量测定的内参基因;ELISA法和qRT-PCR法对多株转基因和非转基因番木瓜植株中PRSV含量的检测结果基本一致,表明这2种方法均可用于番木瓜植株中PRSV含量的检测。利用这2种检测手段,可及时发现并铲除感染了PRSV的番木瓜植株,有效预防与控制PRSV传播。

胡子鲇qRT-PCR内参基因的筛选

实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是研究基因表达有效的工具之一,选取合适的内参基因,是获得可靠的基因表达结果的关键。本研究以胡子鲇(Clarias fuscus)为研究对象,采用qRT-PCR技术检测了13个候选基因(actb1、actb2、ef1a、eef1b2、rpl13a、rpl13、ccdc124、cfl1、nm23、eif3g、rap1a、ikbkg和ywhab)在胡子鲇性腺不同发育阶段和成鱼不同组织中的基因表达情况,并利用BestKeeper、GeNorm、NormFinder和RefFinder软件分析其表达稳定性,以筛选在胡子鲇性腺发育和不同组织中稳定表达的内参基因。结果显示,13个候选内参基因的定量PCR引物均可获得特异性扩增产物。在性腺不同发育阶段,候选基因表达稳定性顺序为actb2>rpl13>actb1>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>eef1b2>ywhab>ccdc124,成鱼不同组织中稳定性顺序为actb2>rpl13>cfl1>rap1a>ef1a>rpl13a>ikbkg>eif3g>nm23>actb1>eef1b2>ywhab>ccdc124。随后,选择稳定性前二的actb2和rpl13作为候选内参基因,分析zp3、atp2b3、slc13a5和parp8基因在胡子鲇雌、雄性腺中的相对表达量,结果进一步证实,以actb2为内参时,其雌雄性状差异基因表达水平更接近于转录组结果。综合分析表明,actb2基因可作为内参基因用于今后胡子鲇性腺不同发育时期和不同组织间功能基因表达特征的研究。

基于生物信息学分析骨肉瘤的关键基因和qRT-PCR实验验证

目的利用生物信息学方法筛选出与骨肉瘤(osteosarcoma,OS)相关的关键基因,以作为OS的潜在诊断标志物和新治疗靶点。方法从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库中检索下载2个符合本研究的OS相关数据集(GSE16088和GSE42572),共包括21例OS组织样本和14例正常骨组织样本。对数据集进行矫正分析鉴定出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。通过加权基因共表达网络分析方法(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)与DEGs筛选出交集基因。对交集基因进行疾病本体论(Disease Ontology,DO)、基因本体论(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)和蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络分析。采用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估该PPI网络degree排名前10位的Hubbe基因的表达水平对OS患者的诊断效能,并以另一个OS数据集GSE19276对Hubbe基因进行验证筛选出关键基因。分析关键基因与浸润性免疫细胞的相关性。收集2020年9月1日至2022年6月30日于广西中医药大学第一附属医院住院手术的4例OS患者的OS组织及其癌旁组织,采用实时荧光定量聚合酶链式反应(real-time quantitative polymerase chain reaction,qRT-PCR)对关键基因进行实验验证。结果在OS组织与正常骨组织中共筛选出687个DEGs(上调基因523个和下调基因164个)。WGCNA关键模块基因2338个。DEGs与WGCNA关键模块基因共有交集基因545个。DO富集分析结果表明,DEGs与WGCNA结果的交集基因主要与泌尿系统癌症、肾癌、生殖细胞癌、肌肉骨骼系统癌症和胚胎癌等癌症相关。GO富集结果表明,交集基因主要参与骨化的形成、细胞外基质组织和生物矿物组织发育等生物学过程。KEGG通路富集在磷脂酰肌醇3激酶(phosphatidylinositide 3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,PKB,又名Akt)信号通路、过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferators-activated receptor,PPAR)信号通路及流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路上。PPI网络分析中degree排名前10位的Hubbe基因为磷脂酰肌醇4,5-二磷酸3-激酶催化亚基α(phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha,PIK3CA)、脯氨酰4-羟化酶亚单位α1(prolyl 4-hydroxylase subunit alpha 1,P4HA1)、整合素αⅤ(integrin alphaⅤ,ITGAⅤ)、组蛋白去乙酰化酶2(histone deacetylase 2,HDAC2)、连环蛋白β1(catenin beta 1,CTNNB1)、Ⅲ型胶原蛋白α1(collagen typeⅢalpha 1,COL3A1)、Ⅰ型胶原蛋白α2(collagen typeⅠalpha 2,COL1A2)、转导蛋白β样1X相关蛋白1(transducin beta-like 1X-related protein 1,TBL1XR1)、小核核糖核蛋白多肽G(small nuclear ribonucleoprotein polypeptide G,SNRPG)和Ras相关核蛋白(Ras-related nuclear protein,RAN)。以数据集GSE19276绘制ROC曲线验证Hubbe基因表明,P4HA1和ITGAV的准确度较高(均AUC>0.8且P<0.05)。qRT-PCR实验结果显示,P4HA1和ITGAV mRNA在OS组织中高表达(均P<0.01)。结论P4HA1和ITGAV是OS的潜在生物标志物和治疗靶点。

不同株系球形棕囊藻qRT-PCR内参基因的筛选

研究了7个候选内参基因(α-tubulin、β-tubulin、Actin、Ubiquitin、18 S rRNA、EF-1α和GAPDH),在3株成囊能力不同的球形棕囊藻(成囊株系PG-1和PG-2以及不成囊的单细胞株系PG-3)不同生长阶段下的表达稳定性。结果表明:PG-1的最佳内参基因组合为Ubiquitin、β-tubulin和18 S rRNA;PG-2的最佳内参基因组合为α-tubulin、18 S rRNA、β-tubulin和EF-1α,可见在成囊株系中表达较为稳定的内参基因为β-tubulin和18 S rRNA;在单细胞株系PG-3中表达最稳定的内参基因为Ubiquitin和α-tubulin;对3个株系球形棕囊藻的基因表达差异进行标准化分析可使用EF-1α、Ubiquitin和18 S rRNA为内参基因组合。所得结论为更准确地研究不同株系球形棕囊藻在不同生长时期的基因表达、验证成囊的关键基因奠定基础。

‘羌脆李’果实发育期qRT-PCR内参基因的筛选与验证

【目的】筛选‘羌脆李’果实发育过程中qRT-PCR实验合适的内参基因。【方法】选取7个(18S、Actin、EF1-α、RPL13、RPⅡ、TUB3、EF-2)常用内参基因,对‘羌脆李’果实发育过程中果皮与果肉进行表达稳定性分析,使用geNorm、NormFinder、BestKeeper和RefFinder软件筛选最稳定的内参基因,并用PAL1和PAL3基因验证参考基因表达水平的稳定性。【结果】‘羌脆李’果实发育过程中,TUB3表达最稳定,可用于后续对李果实发育期进行基因表达的内参基因。【结论】运用4种不同的内参基因稳定性分析软件可以筛选出‘羌脆李’果实发育过程中最稳定的内参基因,该结果可为李果实发育过程内参基因的选择提供参考。

出芽短梗霉菌株PA-2胁迫下藜qRT-PCR内参基因的筛选与验证

为筛选适合出芽短梗霉菌株PA-2胁迫下藜中稳定表达的内参基因,在转录组数据(NCBI登录号为:SRA:SRR12674257)分析的基础上,以PA-2不同时间胁迫的藜叶片为材料,分析藜中ACT-1、TUB-1、GAPDH、eEF1α、eIF3、UBQ、PTB、COX10、UPL6、TIP41L、RAN-B1和IDH-5等12个内参基因的表达水平,并利用ΔCt、GeNorm、NormFinder、BestKeeper及RefFinder分析候选内参基因的表达稳定性。结果表明,内参基因COX10是PA-2不同时间胁迫下藜中最稳定的内参基因,最优组合是COX10+eEF1α。通过分析藜ACC基因的相对表达水平,验证了内参基因的可靠性,为今后杂草藜胁迫响应基因的表达分析提供了参考基因和理论依据。

IHC、FISH、qRT-PCR检测NSCLC ALK融合基因的对比分析

目的对比分析免疫组化(IHC)、荧光原位杂交(FISH)、实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测非小细胞肺癌(NSCLC)ALK融合基因情况。方法收集453例NSCLC标本。随机选取IHC检测的ALK融合基因不同表达程度标本40例[ALK(-)、(+)、(2+)、(3+)标本各10例],采用FISH和qRT-PCR法分别检测各组ALK融合基因表达水平,并进行一致性分析。结果IHC与FISH、qRT-PCR的ALK融合基因检测结果比较,IHC ALK(-)/(3+)与FISH、qRT-PCR检测结果一致率均为100%,具有高度一致性(r=0.781、r=0.740,P<0.05)。FISH与qRT-PCR的检测结果一致率为97.5%,具有高度一致性(r=0.943,P<0.05)。结论FISH、qRT-PCR法与IHC法检测在不同表达程度ALK融合基因样本中检测结果存在差别,IHC敏感性更高。FISH、qRT-PCR法在ALK融合基因样本的检测结果具有高度一致性。

小麦叶锈菌2个候选效应因子的克隆及其qRT-PCR分析

小麦叶锈病是由隐匿柄锈菌(Puccinia triticina,Pt)侵染的一种气传性真菌病害,对小麦造成严重的产量损失。Pt产生的吸器是产生效应因子的主要场所,而效应因子是Pt致病的关键。本研究基于早期构建的小麦叶锈菌单胞菌系13-5-28-1(JHKT)在休眠孢子、萌发夏孢子和侵染6 d的转录组文库,在系统筛选候选效应因子的基础上,选取两个候选效应因子Pt12448和Pt34354进行克隆,利用qRT-PCR分析候选效应因子的表达模式,结果发现其中Pt12448基因表现为后期诱导上调,Pt34354基因则为前期诱导上调。研究结果将推进对小麦叶锈菌致病机制的研究进程。

番茄qRT-PCR内参基因的筛选

以高温、低温、盐胁迫、TYLCV接种处理和对照的番茄幼苗为植物材料,通过实时荧光定量RT-PCR(Real-time fluorescence quantitative PCR,qRT-PCR)方法分析了常用的8个内参基因肌动蛋白基因(ACT)、甘油醛-3-磷酸脱氢酶基因(GAPDH)、泛素基因(UBI)、18S核糖体RNA基因(18S)、转录延伸因子基因(EF-1a)、β-微管蛋白基因(TUB)、表达蛋白基因(EXP)和接合素蛋白复合物基因(CAC)在不同样本中的表达情况。利用ge Norm和Norm Finder软件分析筛选表达稳定性较高的内参基因。结果表明,在不同胁迫处理条件下,UBI和ACT的稳定性较高;在同样的胁迫处理中,8个内参基因的表达稳定性不同。综合而言,虽然UBI和ACT的稳定性同样较高,但在TYLCV接种处理试验中ACT的稳定性相对较差,而TUB和GAPDH表达较稳定,故TUB和GAPDH可在TYLCV接种处理试验中作为番茄qRT-PCR的内参基因。

红掌佛焰苞基因qRT-PCR分析中内参基因的筛选

为筛选红掌(Anthurium andraeanum Linden)中稳定表达、可用于佛焰苞中实时荧光定量PCR分析(q RT-PCR)的内参基因,对5个组成型表达基因EF1-a、UBQ7、ACTB、GADPH、His3进行表达稳定性分析,并利用所筛选的内参基因研究红掌的二氢黄酮醇还原酶基因(dfr)的表达水平。结果表明,5种内参基因在不同品种间的表达稳定性不同。据内参基因标准化因子的配对差异分析(Vn/n+1),判定内参基因的最适数目为2,ACTB和UBQ7在红掌不同品种及佛焰苞发育不同阶段中表达均稳定,是理想的内参基因。dfr在不同品种的佛焰苞及佛焰苞发育过程中均有表达,且dfr表达水平的变化趋势一致,因此,所选内参基因是合适的。

孟氏隐唇瓢虫qRT-PCR分析中内参基因的筛选

选择合适的内参基因是qRT-PCR研究的关键。本文以孟氏隐唇瓢虫Cryptolaemus montrouzieri Mulsant为研究材料,利用qRT-PCR技术,对孟氏隐唇瓢虫4个候选内参基因Actin、RPS23、GAPDH和β-tubulin的mRNA的表达量进行了分析,并用Ge Norm、Norm Finder和Best Keeper软件分析它们在孟氏隐唇瓢虫不同发育阶段及成虫不同组织中的表达稳定性。结果表明,以成虫不同组织为材料时,综合三种软件分析结果显示4个候选基因表达稳定性平均等级值排名为RPS23(rank=1)>β-tubulin(rank=2.3)>GAPDH(rank=3)>Actin(rank=3.7),以不同发育时期虫体为材料时,综合分析结果显示4个候选内参基因表达稳定性平均等级值排名为RPS23(rank=1.7)>Actin(rank=2)>GAPDH(rank=2.7)>β-tubulin(rank=3.7)。综合分析在瓢虫不同发育阶段及成虫不同组织两种处理下,三种软件的评价效果,4个候选基因表达稳定性等级值的总平均排名为RPS23(rank=1.3)>Actin(rank=2.8)=GAPDH(rank=2.8)>β-tubulin(rank=3)。RPS23在瓢虫不同发育阶段及成虫不同组织中均显示出较高的表达稳定性及与其它基因之间极大的相关性,可以确定为孟氏隐唇虫不同发育阶段及成虫不同组织基因表达分析中一个稳定表达的基因,可作为单个内参基因或者其它内参基因的协同基因,本实验为开展孟氏隐唇瓢虫功能基因表达分析奠定了方法学基础。

利用qRT-PCR技术对PVY重组株系的鉴定

【目的】马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)作为制约马铃薯生产的重要病毒之一,株系分化繁杂。近年被科学家研究分离的PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系而言,其基因组结构极为相似但致病性差异较大。【方法】本研究利用qRT-PCR方法,方便快捷的检测出马铃薯Y病毒的这2种不同株系,同时并使之可成功且稳定的应用于马铃薯生产中。通过查找Gen Bank已公布的PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系的全基因组序列,设计用于qRT-PCR检测,扩增目的片段大小为150 bp左右的特异性引物,应用实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)进行检测。【结果】通过设计的引物对保存的试管苗毒源进行检测,可以成功的精准鉴别出PVY^(N-Wi)和PVY^(NTN-NW)株系;同时对100份田间采集的叶片样品进行检测,成功的检测出100份样品中32份样品,受到PVY^(N-Wi)株系侵染;27份样品,受到PVY^(NTN-NW)株系侵染;同时存在9份样品,可能同时受到PVY^(N-Wi)、PVY^(NTN-NW)株系的侵染。【结论】实时荧光定量PCR技术(qRT-PCR)可适用于马铃薯叶片样品的检测,为株系的快速鉴定提供了可靠的方法,可用于生产中大规模样品的检测,有利于及时采取防控措施,降低损失。

黑龙江省某规模化奶牛场牛病毒性腹泻病毒qRT-PCR结合双抗夹心ELISA的检测

为了对黑龙江省规模化奶牛场牛病毒性腹泻/黏膜病进行检疫净化,试验应用qRT-PCR法检测了黑龙江省4个规模化奶牛场(A^D场)奶牛耳组织样品(共1286份,58组),qRT-PCR法检测得到的阳性组样品再用双抗夹心ELISA进行每份样品的检测。阳性牛间隔1个月用RT-PCR方法复检。结果表明:A场牛病毒性腹泻病毒阳性率为0.5%(1/193),B场为0.1%(2/875),C场为1.8%(1/55),D场未检测出牛病毒性腹泻/黏膜病抗原阳性牛(0/163)。间隔1个月,用RT-PCR方法复检,阳性符合率100%。说明qRT-PCR结合双抗夹心ELISA方法适合于规模化奶牛场牛病毒性腹泻/黏膜病的快速、特异性的检疫净化。

RNA质量对内参基因选择和qRT-PCR结果评价的影响

目的:研究RNA质量对内参基因选择和实时定量PCR(qRT-PCR)分析肿瘤坏死因子α(TNFα)诱导基因表达结果评价的影响。方法:用TNFα刺激体外培养的小鼠血管内皮细胞,采用qRT-PCR技术,以2种常用的管家基因β-actin和GAPDH为内参,检测细胞间黏附分子1(ICAM-1)基因的表达,探讨RNA纯度对TNFα下游基因表达检测结果的影响。结果:当提取的总RNA纯度很高(D260nm/D230nm>2.0)时,以β-actin和GAPDH为内参基因检测ICAM-1基因表达的结果相近;当总RNA可能被盐及小分子污染(D260nm/D230nm<2.0)时,以β-actin为内参基因检测的ICAM-1基因相对表达量显著高于以GAPDH为内参所得结果。结论:RNA质量显著影响荧光定量PCR对基因表达的检测结果,因此在RNA质量较低时应选择2个或以上内参基因进行校正,以减少实验结果误差,得到准确结果。

利用生物信息学和qRT-PCR分析鉴定水稻细菌性条斑病QTL qBlsr5a的候选基因

细菌性条斑病(简称细条病)是水稻的主要病害之一。前期研究已将细条病抗性QTL qBlsr5a精细定位在5号染色体上一个大约300kb的区间内。为了寻找该QTL的候选基因,本研究利用生物信息学方法对该区间进行分析,筛选出10个与抗病相关的注释基因。然后以感病品种H359及其抗病近等基因系H359-BLSR5A为材料,对细条病菌接种后这10个基因的表达动态进行qRT-PCR分析。结果表明,2个基因在抗、感材料中几乎没有检测到表达产物;7个基因对病原菌侵染没有明显的响应;1个基因(LOC_Os05g-01700)在病原菌侵染后表达量发生变化且在抗、感材料间存在显著差异。因此推测,该基因是qBlsr5a的一个重要的候选基因。

QRT-PCR检测目的基因mRNA转录水平的应用

[目的]详细介绍One Step SYBR Green I实时荧光定量聚合酶链式反应(Real-time Quantitative Reverse Transcription PolymeraseChain Reaction,简称QRT-PCR)在定量检测靶基因mRNA转录水平上的应用。[方法]从样品准备、引物设计、核酸提取、反应体系构建、反应条件确定、标准曲线建立和目的基因定量等方面进行了分析。[结果]决定QRT-PCR反应成功与否的几个关键因素有模板的质量、底物的质量与浓度、引物的质量、酶和Mg2+、反应条件的优化。[结论]为畜牧兽医工作者利用分子生物学技术揭示疫病的发生机制和发病机理提供了技术参考,为基因表达的相对定量研究提供了方法支持。

qRT-PCR检测斯氏并殖吸虫不同虫期PsMt01基因表达研究

建立实时荧光定量qRT-PCR 方法检测斯氏并殖吸虫不同虫期免疫诊断相关的虫体蛋白 PsMt 01 mRNA的表达，探讨其生物学功能。采用Trizol方法提取虫卵、囊蚴、幼虫、童虫、成虫的总RNA，将其反转录为cDNA，以qRT-PCR方法检测PsMt 01 mRNA的变化。研究表明， PsMt 01 mRNA的表达随发育进程呈现逐步升高，在0～7周的幼虫期（42.56±0.35）和童虫期（44.12±0.56）达到峰值。因此推断PsMt 01蛋白在虫体发育的早期发挥着重要作用，可能与免疫逃避和组织迁移等活动相关。

应用qRT-PCR方法快速定量蓝舌病抗原的研究

在疫苗生产中需要对培养病毒的有效抗原数量进行定量,对其一般采用TCID50测定或噬斑滴定的方法。这些传统方法的缺点是耗时、重复性差异较大。本研究采用q RT-PCR检测蓝舌病病毒含量,并用准确滴定噬斑单位的蓝舌病病毒作为对照,比较待检样品和对照的Ct值,通过线性方程计算待检样品的病毒含量。对7个独立样品的检测结果表明,该方法的准确性和重复性均高于噬斑分析方法,并且可在蓝舌病病毒培养过程中实时检测病毒含量。该方法操作简单、快捷,可在病毒生产过程即时检测病毒含量,在蓝舌病疫苗生产中具有重要意义。

qRT-PCR快速检测汉滩病毒抗体中和活性实验方法的建立

目的:建立一种基于qRT-PCR的微量细胞中和实验改良法,快速、定量检测汉滩病毒感染中的中和抗体活性。方法:将本室前期制备的抗汉滩病毒高中和活性鼠源性单抗3G1、鼠/人嵌合单抗1D9和感染剂量为100 TCID50的病毒混合液于37℃孵育1 h后感染Vero-E6细胞,提取细胞总RNA。根据GenBank数据库中汉滩病毒76-118株S基因序列设计特异性引物,在上述实验基础上以细胞总RNA为检测样品,建立qRT-PCR快速、定量检测汉滩病毒感染中中和抗体活性的实验方法。结果和结论:建立了一种基于qRT-PCR的微量细胞中和实验改良法,可定量测定汉滩病毒感染中的中和抗体活性,该法具有快速、灵敏、特异和重复性好等优点。