针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、...针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、目、科和属的分类水平上,克隆文库方法检测大曲样本微生物得到4个门,4个纲,5个目,4个科,6个属;高通量测序得到13个门,22个纲,33个目,61个科,133个属。在门的水平上,克隆文库与高通量测序检测出优势类群的总数量与总丰度分别为3个(99.32%)和4个(98.61%),共有优势类群及其丰度分别为Firmicutes(88.88%和79.32%)、Proteobacteria(7.8%和15.04%)、Actinobacteria(2.72%和1.77%)。重复样本分析,得出的结果相似。克隆文库法与高通量测序法在反映样本微生物群落规模上差异较大,而在反应大曲样本中主要微生物的物种组成及数量比例上结果相近,特别是样本中优势微生物类群的结果基本相同。两种方法各具优势。展开更多
对传统乳制品开菲尔发酵剂通过菌种分离和纯化得到67株乳酸菌,经过传统形态学分类区分成6种形态类型。在此基础上进行16S r DNA限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,...对传统乳制品开菲尔发酵剂通过菌种分离和纯化得到67株乳酸菌,经过传统形态学分类区分成6种形态类型。在此基础上进行16S r DNA限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析法鉴定为4种分子类型,分别为:乳明串株菌(L.lactis)、坚强肠球菌(E.durans)、意大利肠球菌(E.italicus)、嗜热链球菌(S.thermophilus)。其中坚强肠球菌菌数超过50%,占所分离菌株的62.7%,为优势菌。展开更多
为有效防范惠州市水产养殖中细菌病害的发生,对惠州市水产养殖致病菌的耐药情况进行分析。首先,在28℃和37℃下,经6种抗生素平板筛选惠州市水产养殖采集水样中的耐药菌株;然后,随机选取分离得到的70株菌,对其16S rDNA进行测序,并获得46...为有效防范惠州市水产养殖中细菌病害的发生,对惠州市水产养殖致病菌的耐药情况进行分析。首先,在28℃和37℃下,经6种抗生素平板筛选惠州市水产养殖采集水样中的耐药菌株;然后,随机选取分离得到的70株菌,对其16S rDNA进行测序,并获得46株阳性扩增产物的测序结果;最后对16S r DNA测序结果进行分析,得出分离菌株中耐药菌的种属。研究发现,从养殖水样中分离得到的菌株分别属于产气单胞菌属、丛毛单胞菌属等8个属,养殖水体中的细菌主要对氨苄西林和诺氟沙星耐药,对四环素耐药率较低。因此,在水产养殖过程中,应尽量避免使用氨苄西林和诺氟沙星类抗生素,首选耐药率低的四环素作为水产养殖的药物。展开更多
文摘针对浓香型白酒大曲样本,以16S r RNA基因为目的片段,分别采用16S r DNA克隆文库法和高通量测序法分析大曲中细菌微生物群落的组成,并通过丰度和多样性分析,比较了两种方法在研究大曲样品细菌多样性方面的适用性。结果表明,在门、纲、目、科和属的分类水平上,克隆文库方法检测大曲样本微生物得到4个门,4个纲,5个目,4个科,6个属;高通量测序得到13个门,22个纲,33个目,61个科,133个属。在门的水平上,克隆文库与高通量测序检测出优势类群的总数量与总丰度分别为3个(99.32%)和4个(98.61%),共有优势类群及其丰度分别为Firmicutes(88.88%和79.32%)、Proteobacteria(7.8%和15.04%)、Actinobacteria(2.72%和1.77%)。重复样本分析,得出的结果相似。克隆文库法与高通量测序法在反映样本微生物群落规模上差异较大,而在反应大曲样本中主要微生物的物种组成及数量比例上结果相近,特别是样本中优势微生物类群的结果基本相同。两种方法各具优势。
文摘对传统乳制品开菲尔发酵剂通过菌种分离和纯化得到67株乳酸菌,经过传统形态学分类区分成6种形态类型。在此基础上进行16S r DNA限制性片段长度多态性聚合酶链反应(polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析法鉴定为4种分子类型,分别为:乳明串株菌(L.lactis)、坚强肠球菌(E.durans)、意大利肠球菌(E.italicus)、嗜热链球菌(S.thermophilus)。其中坚强肠球菌菌数超过50%,占所分离菌株的62.7%,为优势菌。
基金Guangxi Natural Science Foundation(2013GXNSFBA019068)China Agriculture Research System(CARS-20-2-3)+1 种基金Agricultural Public Welfare Research Item(200903004)Key Project for Guangxi Academy of Agricultural Sciences(2013JZ12)
文摘为有效防范惠州市水产养殖中细菌病害的发生,对惠州市水产养殖致病菌的耐药情况进行分析。首先,在28℃和37℃下,经6种抗生素平板筛选惠州市水产养殖采集水样中的耐药菌株;然后,随机选取分离得到的70株菌,对其16S rDNA进行测序,并获得46株阳性扩增产物的测序结果;最后对16S r DNA测序结果进行分析,得出分离菌株中耐药菌的种属。研究发现,从养殖水样中分离得到的菌株分别属于产气单胞菌属、丛毛单胞菌属等8个属,养殖水体中的细菌主要对氨苄西林和诺氟沙星耐药,对四环素耐药率较低。因此,在水产养殖过程中,应尽量避免使用氨苄西林和诺氟沙星类抗生素,首选耐药率低的四环素作为水产养殖的药物。
