16S rDNA克隆文库法分析地下水生物反硝化系统细菌种群多样性

采集地下水硝酸盐生物反硝化系统内的污泥样品,提取污泥样品中微生物的总DNA,构建细菌16S rDNA基因片段克隆文库,并通过16S rDNA序列系统发育分析,对反硝化系统内的细菌种群多样性以及菌群结构进行了研究。结果表明,地下水生物反硝化系统内细菌具有高度多样性,样品文库分为9个细菌类群,优势菌群为β-Proteobacteria(67.11%)和Bacteroidetes(15.79%),其中,β-proteobacteria为最优势菌群,以Rhodocyclaceae为主。对反硝化系统内细菌种群多样性的研究有利于确定优势菌种,为地下水硝酸盐生物反硝化修复奠定理论基础。

应用16S rDNA克隆文库法分析有机物料腐熟菌剂细菌组成

应用16SrDNA克隆文库法对有机物料腐熟菌剂A和B样品中的细菌组成进行分析研究。结果表明,样品A有14个OTU,主要是融合乳杆菌(Weissella confusa)、枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和短小芽孢杆菌(Bacillus pumilus),其比例分别占总克隆文库的28.6%、30.4%和23.2%;样品B有43个OTU,主要是布氏乳杆菌(Lactobacillus buchneri)、香肠乳杆菌(Lactobacillus farciminis)和耐酸乳杆菌(Lactobacillus acetotolerans),占总克隆文库的比例分别为18.03%、18.86%和13.12%;所得出的结果均与产品标注存在差异,样品A未提及细菌的种类,而样品B只标注短小芽孢杆菌。研究表明这一方法在微生物菌剂细菌组成分析及其质量检测中具有良好的应用前景。

16S rDNA克隆文库法探索转基因香石竹对土壤细菌群落的影响

【目的】通过研究转基因香石竹对土壤细菌群落的影响,为转基因香石竹的环境安全性评价提供依据。【方法】通过构建16S rDNA克隆文库,分析种植转基因和非转基因香石竹的土壤中细菌的群落结构组成。【结果】转基因和非转基因香石竹土壤中,共有的菌群有变形菌门(Proteobacteria)、浮霉菌门(Planctomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria),其中α-变形菌门、β-变形菌门、浮霉菌门为优势菌群;而在放线菌门(Actinobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)及未培养菌(Uncultured bacterium clone)等菌群存在部分差异。【结论】通过16S rDNA克隆文库方法揭示了转基因香石竹的土壤中细菌多样性十分丰富,其栽培对土壤细菌群落结构影响有限。

两种包装市售冷却牛肉中微生物多样性的比较分析

本文比较分析了相同销售条件下的未包装冷却牛肉与保鲜膜包装冷却牛肉中的微生物群落结构。采用16SrDNA的V3区片段进行PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳),同时利用16SrDNA全长序列,通过克隆文库技术对两个样品的微生物群落结构进行研究。研究发现:微生物群落结构表现出较大的差异。保鲜膜包装冷却牛肉共有6个OTU(Operational TaxonomicUnit),主要为Lactococcus(乳球菌属,28%),Lactobacillus(乳杆菌属,26%),Carnobacterium(肉品杆菌属,18%)和Brochothrix(索丝菌属,10%);未包装冷却牛肉则共得到18个OTU,主要是Lactococcus(乳球菌属,28%),Brochothrix(索丝菌属,18%)和Acinetobacter(不动杆菌属,11%)。结果表明,保鲜膜包装对于葡萄球菌属以及冷杆菌属等一些细菌都起到了一定的抑制作用。本研究为肉类加工生产中微生物的控制提供一定的理论依据。

褶牡蛎体内菌落结构分析及创伤弧菌的定量检测

食用被致病菌污染的牡蛎常引起食品安全问题。采用16S rDNA克隆文库法研究褶牡蛎体内的菌落结构,用荧光定量PCR技术对样品体内的副溶血弧菌、沙门氏菌、创伤弧菌和钩端螺旋体进行定性、定量检测。研究结果表明:褶牡蛎体内的优势菌属为螺旋体属和类杆菌属,分别占总菌数的39.21%和23.53%;样品中含有创伤弧菌,含量为(8.48±0.48)×103cfu/g,而副溶血弧菌、沙门氏菌和钩端螺旋体未检测到。