小麦蓝矮病植原体16S rDNA基因片段的比较分析

小麦蓝矮病是陕西乃至西北冬麦麦区的一个重要病害,由介体条沙叶蝉专化性传播.对小麦蓝矮病株叶片和带毒条沙叶蝉进行超薄切片及电镜观察,在叶片韧皮部和叶蝉后肠中均观察到大量典型植原体.利用植原体16S rDNA基因保守序列通用引物对Rm16F2/Rm16R1,应用PCR技术从小麦蓝矮病株叶片中扩增到1.4kb的特异片段.通过对16S rDNA基因片段序列同源性比较,结果表明小麦蓝矮病病原与三叶草绿变、翠菊黄化、绣球花绿变、草莓矮化和番茄巨芽植原体亲缘关系较近,其同源率为99.2%～99.9%.据此可以判定小麦蓝矮病植原体是属于植原体16SrⅠ组,确定了其分类地位.

应用rpoB和16S rDNA基因的变性梯度凝胶电泳技术对山羊瘤胃细菌多样性的研究

采用免培养的rpoB和16S rDNA基因的变性梯度凝胶电泳技术(DGGE)对3种山羊(波尔山羊,内蒙古绒山羊,四川南江黄羊)瘤胃细菌优势菌群结构进行了比较分析。研究结果显示rpoBDGGE图谱中条带数目少于16S rDNA图谱,并且条带分离效果明显,更有利于分析瘤胃细菌群落组成。从两种DGGE图谱中均可以发现3种山羊瘤胃细菌具有一定的相似性,种内个体间相似性明显高于种间相似性,这说明寄主品种是影响瘤胃细菌种群构成的一个重要因素。同时进行了部分优势细菌16S rDNA基因V6-V8区序列的系统发育分析。基因序列分析表明,DGGE图谱中优势条带的16S rDNA基因序列中有4条克隆的序列与基因库最相似菌的相似性大于97%,余下的克隆序列相似性在89%～96%之间,其中13条序列的与之相似性最高的序列均来自于未被鉴定的瘤胃细菌。

牙鲆和半滑舌鳎5S rDNA基因的染色体定位及鲽形目5种鱼类的分子系统学分析

利用荧光原位杂交(FISH)技术将5S rDNA基因定位在牙鲆和半滑舌鳎染色体上,结果表明,5S rDNA基因在雌、雄性半滑舌鳎的一对同源染色体上分别存在2个杂交信号位点;在二、三倍体牙鲆的同源染色体上分别存在2个和3个杂交信号位点,杂交信号明显且特异。本研究首次将5S rDNA基因定位在半滑舌鳎和三倍体牙鲆的染色体上,为牙鲆及半滑舌鳎倍性鉴定、染色体鉴别提供了有效方法。此外,根据牙鲆5S rDNA基因编码区序列设计引物,扩增出大菱鲆和半滑舌鳎5S rDNA基因编码区序列,与鲽、塞内加尔鳎、大口黑鲈、七鳃鳗的5SrDNA基因序列进行同源性比较后发现,5种鲽形目鱼类5S rDNA基因序列同源性高达98.3%,系统发生分析结果显示5种鲽形目鱼类聚为一支;各序列中GC含量均显著高于AT含量。

赤潮铜绿微囊藻rDNA基因间隔区的序列分析以及与淡水微囊藻的比较

采用ＰＣＲ及序列测定的方法，对在厦门西港海域采集的赤潮铜绿微囊藻１６Ｓ和 ２３５ｒＤＮＡ基因间隔区Ｉｎｔｅｒｇｅｎｉｃ Ｓｐａｃｅｒ Ｒｅｇｉｏｎ （ＩＳＲ）区进行了序列测定和分析，并通过与两 种淡水微囊藻的比较，找出了其特征性核苷酸作为专一性分子探针设计的靶序列，为该藻 种以及微囊藻属的快速鉴定及系统学研究提供了分子基础。

PCR-RFLP和PCR-SSCP技术对常见食源性感染致病菌23S rDNA基因的鉴定

目的 探讨应用PCR RFLP和PCR SSCP进行食源性感染常见致病菌鉴定的可行性。方法 选择细菌 2 3SrDNA基因作为靶基因 ,设计合适的通用引物进行PCR扩增 ,对 13种食源性感染常见致病菌扩增产物的酶切片段进行RFLP和SSCP分析。结果 通用引物可以扩增出 13种食源性感染常见致病菌的 2 3SrDNA基因 ,HpaⅡ酶切产物的RFLP分析表明 ,不同种属的致病菌表现出不同的RFLP图谱 ;SSCP分析表明 ,13种食源性感染常见致病菌SSCP图谱变异性更大 ,不利于种属间鉴别 ,但有利于种内的鉴定。结论 运用PCR RFLP和PCR

捕食线虫性真菌18S rDNA基因序列与种系发生关系研究

对捕食线虫性真菌——少孢节丛孢菌A1分离株(ArthrobotrysoligosporaA1)的18SrDNA基因序列进行了研究。结果表明:其18SrDNA全基因序列为1769bp,在进化树上与同种国外分离株A.oligosporavaroligospora1最为接近,同源性为94.7%,这与二者都具有捕食性结构—菌网的特点相一致,证实捕食线虫性真菌的捕食性结构与捕食线虫性真菌种系发生有关。从少孢节丛孢菌3个分离菌株(ArthrobotrysoligosporaA1、A.oligospora1、A.oligospora2)的进化树及同源性来看,不同国家地区的丛孢菌属(Arthrobotrys)分离株确实存在差异。

波兰小麦和矮兰麦45S rDNA和5S rDNA基因位点FISH分析

采用双色荧光原位杂交技术,以45S rDNA和5S rDNA基因为探针,对波兰小麦(Triticum polonicum L.)和矮兰麦(T.turgidum L.cv.Ailanmai)进行了分析。结果表明,高秆波兰小麦(T.polonicum L.High)和矮兰麦的45SrDNA和5SrDNA基因位点高度一致,都显示4个45S rDNA和6个5S rDNA基因位点;矮秆波兰小麦(T.polonicumL.Dwarf)的45S rDNA基因位点与高秆波兰小麦和矮兰麦也一致表现出4个位点,而其5S rDNA基因位点有8个。同时讨论了rDNA基因位点的数目和分布位置在种间和种内存在差异的原因。

16S rDNA基因文库技术分析发酵床细菌群落的多样性

细菌群落在养殖发酵床中担负着重要的调节与废物发酵转化作用.直接从不同发酵床层次样品中提取细菌总DNA,构建发酵床不同层次垫料的细菌基因克隆文库.试验表明,发酵床表层45株细菌中未培养微生物占39.5%,剩余细菌分属13个不同种,优势菌不明显;中层发酵床垫料45株细菌中未培养微生物占15.5%,剩余细菌分属10个不同种,优势细菌为Rhodanobacter sp.和Frateuria sp.;深层发酵床垫料中检测到的44株细菌不含未培养微生物,该层细菌主要有14个不同的种,优势细菌为Rhodanobacter sp.占47.7%,其余种属相对较少且数量平均,表明发酵床垫料细菌呈明显的多样性.

45S rDNA基因的不稳定性及其与转录的相关性

45S rDNA基因由串联重复序列构成,是遗传不稳定性的热点区域,易于发生DNA断裂和重组。以Hela和CHO细胞系为研究对象,运用荧光原位杂交技术检测有丝分裂不同时期的45S rDNA基因的不稳定性表型。结果表明,位点特异性的染色体浓缩失败是其在中期染色体上不稳定性的主要表型。具有这种表型的染色体在后期可能会出现落后或粘连现象,甚至有可能引发断裂,形成卫星核。同时,免疫荧光双染色技术检测表明DNA双链断裂的标记蛋白(γH2AX)和RNA聚合酶I的上游结合因子(UBF)在有丝分裂的不同时期都存在共定位现象。该结果为探讨45S rDNA基因的不稳定性与转录的关系提供了直观的细胞学证据。

PCR-SSCP分析Q热立克次体中国分离株16S-23SrDNA基因间区

目的 建立快速分析Q热立克次体分离株 16S 2 3SrDNA基因间区株间差异的PCR SSCP方法。方法 用半套式PCR扩增 7株中国分离株 (七医、新桥、雅安、李、YS 8、YS 9和YH 11)和 3株国际参考株 (九里、Henzerling和Grita)的 16S 2 3SrDNA基因间区 ,对扩增产物进行PCR SSCP分析。结果 3株云南分离株 (YS 8,YS 9和YH 11)与其它 7株之间的差异较大。与此区域的序列分析结果一致。结论 Q热立克次体分离株的 16S 2 3SrRNA基因间区由于适应不同的地理环境可发生变异 ,PCR SSCP是快速分析这些变异的有效方法。

基于线粒体COI和12S rDNA基因构建珠江河口鱼类DNA宏条形码数据库

为建立珠江河口鱼类本底DNA条形码数据库,为珠江河口鱼类种类识别和多样性研究提供信息化基础,于2020—2021年在珠江河口采集鱼类样本251尾,测定了6目10科41属99种鱼类的219条线粒体COI基因5'端的652 bp序列和247条线粒体12S rDNA基因5'端的163~185 bp序列。同时,从GenBank数据库下载珠江河口鱼类COI序列165条和12S rDNA序列128条,共获得172种鱼类的384条COI序列与375条12S rDNA序列,初步构建了珠江河口鱼类条形码数据库。研究发现:COI序列种内平均遗传距离为0.20%,种间平均遗传距离为25.54%;12S rDNA序列种内平均遗传距离为0.12%,种间平均遗传距离为34.39%。基于COI基因的DNA条形码可形成明显的条形码间隙;而基于12S rDNA基因的DNA条形码不能形成明显的条形码间隙,11个物种(占总种类的6.4%)存在区分困难的情况。珠江河口鱼类DNA条形码数据库的建立,有利于推进该河口鱼类生态系统的环境DNA分析,并为珠江河口鱼类生物多样性的保护和种群动态监测提供可靠的技术支持。

猪胸膜肺炎放线杆菌16S rDNA基因的克隆及序列分析

为了阐明猪胸膜肺炎放线杆菌16S rDNA基因的遗传变异情况,选择猪胸膜肺炎放线杆菌(Actinobacilluspleuropneumoniae,APP)的16S rDNA基因设计引物,应用聚合酶链反应(PCR)扩增APP的16S rDNA基因的部分序列,将该产物克隆到pMD18-T载体上,重组质粒通过菌落PCR鉴定后,对阳性菌落进行序列测定并进行序列分析。结果表明:本研究得到的长沙(CS)株与血清3、5、7型同源性为99.4%～99.6%,与李氏放线杆菌、脲放线杆菌、马驹放线杆菌、荚膜放线杆菌同源性分别为97.8%、96.3%、97.3%、96.3%。该结果为APP分子流行病学调查、亲缘性关系的研究提供了依据,同时为APP的监控奠定了基础。

基于18S和28S rDNA基因的房舍甲螨DNA条形码比较研究

目的比较18S和28S rDNA基因应用于房舍甲螨物种鉴定的有效性及适用性。方法2021年2—10月在安徽省部分地区(亳州、阜阳、淮南、滁州、合肥、芜湖、铜陵、安庆和黄山等9市)的居室、农舍及仓储等房舍采集灰尘并分离甲螨,利用形态学特征鉴定螨种,提取单只甲螨基因组DNA,PCR扩增甲螨18S rDNA,28S rDNA D3和D8基因片段并测序。从GenBank下载房舍甲螨基因序列,用MEGA X软件进行序列特征分析和遗传距离计算,并通过ABGD网站进行DNA条形码间隙分析。采用邻接法构建甲螨的系统进化树。结果共采集甲螨53只,经形态学鉴定属于3科5属5种,分别为滑菌甲螨(15只)、盛若甲螨(9只)、新小奥甲螨(10只)、棒梳枝奥甲螨(10只)和间新美奥甲螨(9只)。从该5种甲螨扩增获得18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因单倍型分别为7、5和11条;从GenBank中共下载房舍甲螨序列42条。序列分析结果显示,18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因长度分别为442~590、247~331、270~283 bp,GC含量分别为45.6%、52.2%和57.5%,变异率分别为17.6%、21.4%和21.7%。18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因种内遗传距离平均值分别为0.001、0.001和0.005,种间遗传距离平均值分别为0.064、0.115和0.109,种间遗传距离平均值均大于种内遗传距离平均值(10倍以上)。DNA条形码间隙分析结果显示,18S rDNA和28S rDNA D3基因种内和种间遗传距离存在重叠区,28S rDNA D8基因则存在明显DNA条形码间隙。系统进化树分析结果显示,房舍甲螨科属分类阶元聚类结果与形态学聚类结果一致,金黄缝甲螨和淡红缝甲螨在18S rDNA基因系统进化树显示聚集在一起,无法分开;28S rDNA D3基因系统进化树呈现出交叉类聚。结论18S rDNA、28S rDNA D3和D8基因能够有效地用于房舍甲螨的物种鉴定,28S rDNA D8基因适合于低分类阶元螨种的鉴定,18S rDNA和28S rDNA D3基因适合于高阶元螨种。

棕囊藻渤海株核糖体18SrDNA和ITS基因结构序列分析

对分离自渤海赤潮发生区的1株棕囊藻进行核糖体18S rDNA及ITS序列克隆测定,获得了长度为1 648bp的18S rDNA序列和长度为890 bp的ITS序列。对获得的基因序列进行同源性分析,结果表明,该棕囊藻的核糖体18S rDNA及ITS序列均与NCBI数据库中登录的球形棕囊藻的相应序列同源性最高;从GenBank中获取不同地理来源的19种棕囊藻的18S rDNA序列及6种棕囊藻的ITS序列,分别以棕囊藻核糖体18S rDNA和ITS为对象构建了棕囊藻属的系统发育树,从分子生物学角度确定了棕囊藻渤海株为球形棕囊藻(Phaeocystis globosa)。

泡桐丛枝植原体16S rDNA和延伸因子基因序列分析

对采自陕西、山西、甘肃、河南、河北、山东各省的泡桐丛枝病材料,利用巢式扩增,均得到16S rDNA基因片段约1.2kb;扩增得到植原体延伸因子(EF-Tu)tuf基因,长度约为850bp.。通过将16S rDNA基因片段和延伸因子(EF-Tu)tuf基因序列与已知植原体16Sr各组成员进行同源性比较,确定我国大陆泡桐主栽区陕西、山西、甘肃、河南、河北、山东各省与已经报道的台湾省泡桐丛枝植原体基本一致,均为同一个种,没有株系的分化,全部归属于植原体16SrI-D组,从而确定了其分类地位。

2017年锦州市输入性病例疟原虫18S rDNA 基因种类鉴定及序列分析

目的研究锦州市输入性病例疟原虫18S rDNA的基因差异和种系发育。方法收集2017年2例输入性疟疾患者血样,提取血样中的疟原虫DNA,采用巢式PCR对其18S rDNA基因进行扩增、测序分析,并与GenBank中疟原虫相应序列进行比较分析,利用邻接法(neighbor joining,NJ)构建系统进化树。结果 2例患者PCR电泳结果获得片段均为205 bp,是恶性疟原虫感染。从系统进化树中显示,2个检测基因片段与恶性疟原虫形成一个分支,与GenBank中来自喀麦隆(KC428741、KC428742)、巴西(KC906718)和马来西亚(HQ283221)等7个分离株聚集在一起,具有很高的相似性(98.5%～99.0%),与来自印度(HM014353)的相似性较高(98.0%～98.5%),与其他间日疟原虫、三日虐原虫、卵型疟原虫、诺氏疟原虫基因序列相似性较低(36.4%～64.2%)。结论 2例输入性疟疾患者感染的疟原虫18S rDNA基因变异较小,基因型别较为稳定,均无明显种内差异。

云南中缅边境等地5种疟原虫18SrDNA基因的序列分析及种系发育

目的 分析我国云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA的基因差异和种系发育。 方法 2000-2015年收集来自我国云南中缅边境等地的疟疾患者血样（或疟原虫DNA），提取血样中的疟原虫DNA，对它们的18S rDNA基因进行扩增、测序分析，并与GenBank中疟原虫相应序列进行比较分析，利用邻接法（neighbor joining, NJ）、最大似然法（maximum likelihood, ML）和最大简约法（maximum parsimony, MP）构建系统进化树。 结果 共收集了94例疟疾患者血样或DNA，所有样品均扩增出18S rDNA基因序列。序列比对分析显示，恶性疟原虫（Plasmodium falciparum）、间日疟原虫（P. vivax）、三日疟原虫（P. malariae）、卵形疟原虫（P. ovale）和诺氏疟原虫（P. knowlesi）的种内差异分别为0～0.2%、0～0.1%、0～0.1%、0～0.1%和0。种系发育关系分析显示，NJ、MP和ML法构建的系统进化树的拓扑结构基本一致。本研究的疟原虫形成5个大的分支：恶性疟原虫形成一个分支，与GenBank中来自喀麦隆（KC428741、KC428742）、巴西（KC906718）和马来西亚（HQ283221）的分离株聚集在一起；间日疟原虫形成一个分支，其中大部分样品与来自喀麦隆（HF945443）、印度（HM014361、JQ627158）和哥伦比亚（U83877）的分离株形成一较小分支，小部分样本（Pv11、Pv18和Pv21）形成一个更小的分支后与食蟹猴疟原虫（P. cynomolgi）（L07559）相聚形成一较小分支；三日疟原虫形成一个分支，来自云南的三日疟原虫Pm1、Pm3和Pm4聚在一个小分支内，并与来自日本的分离株（AB250682）相聚，再与来自海南的分离株Pm5相聚，显示出地区差异性；卵形疟原虫形成一个分支，与来自越南的分离株（EU935736、AF387038）聚在一起；诺氏疟原虫形成一个分支，与来自缅甸的分离株（GU816250、GU816246）聚在一起。 结论 我国云南中缅边境等地5种疟原虫18S rDNA基因均无明显种内差异；种系发育关系分析显示，NJ、MP和ML法构建的系统进化树的拓扑结构基本一致。

莱航鸡rDNA重复基因家族的克隆

动物rDNA基因是一种GC含量较高、结构复杂的重复序列。通过结合生物信息学技术,经反复摸索后选用LAPCR法扩增莱航鸡rDNA基因重复序列,经测序鉴定最终克隆了莱航鸡的3个rDNA基因及其2个间隔序列。研究对克隆复杂DNA序列时引物设计的特别规则、反应体系的改进、DNA聚合酶的选用、循环参数的调整等进行了探索。

鲈鱼枯草芽孢杆菌的分离及16S rDNA基因分析

为了鉴定从健康鲈鱼中分离纯化的一株细菌的种属,采用细菌培养特征、生化鉴定和16S rDNA基因序列分析的方法进行试验。结果表明:该菌为革兰氏阳性杆菌,有鞭毛,能运动;能利用葡萄糖、木糖、阿拉伯木聚糖、果糖、甘露醇、柠檬酸盐等,不能利用麦芽糖和丙酸盐,不形成吲哚;16S rDNA基因大小为1 462 bp,GenBank登录号为KP289263,菌株与枯草芽孢杆菌亲缘关系最近,同源性达到99%,因此确定该菌为枯草芽孢杆菌。