X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良家系TRAPPC2基因缺失突变的高通量测序分析

目的·研究一个X连锁迟发性脊椎骨骺发育不良(spondyloepiphyseal dysplasia tarda,SEDT)家系的致病基因及突变类型。方法·提取一个SEDT家系6名成员外周血基因组DNA。应用Clearseq遗传性疾病试剂盒靶向捕获先证者基因组样本中与罕见遗传性疾病相关的致病区域,并进行高通量测序,过滤去除高频突变。采用外显子组隐马尔科夫模型(exome hidden Markov model,XHMM)分析拷贝数变异(copy number variant,CNV),并进一步对6名家系成员基因缺失片段的拷贝数进行实时定量PCR分析。结果·高通量测序分析结果显示,先证者X染色体存在2.5 kb缺失(chrX:13732385~13734927),该区域覆盖转运蛋白复合体亚单位2(transport protein particle complex subunit 2,TRAPPC2)基因的第4~6个外显子。定量PCR结果证实先证者及其表哥均存在该缺失,先证者母亲为杂合缺失,先证者父亲、姐姐和表型正常的舅舅拷贝数均正常。结论·TRAPPC2基因第4~6个外显子片段的缺失为SEDT的致病性突变;同时高通量测序分析中运用XHMM算法可检测到致病基因多个外显子的缺失。

病原宏基因组高通量测序生物信息学分析质量评价的研究现状与思考

病原宏基因组高通量测序(mNGS)技术已成为感染病原学诊断的新工具,由实验操作(湿实验)和生物信息学分析(干实验)两部分组成。干实验由算法和数据库构成,其功能是对湿实验产生的测序数据进行分析处理后输出检测结果。干实验的性能受到测序数据中复杂多变的干扰因素的影响,包括临床样本中大量的人源核酸、试剂与耗材携带的微生物核酸、采样与湿实验引入的环境微生物核酸、数据库中基因组质量不均一或不同物种基因组之间的相似性过高导致的错误比对与注释,以及算法与参数差异对分类鉴定的影响等。上述干扰因素可能来自mNGS检测各个环节,不仅可能导致干实验输出错误的物种鉴定和微生物检测结果,也给干实验的质量控制与评价带来较大挑战。本文综述了mNGS干实验质量控制的关键问题以及关于质量评价方法的思考。

高通量测序技术在地中海贫血基因携带者产前筛查中的应用研究

目的:探讨高通量测序技术(NGS)在产前筛查地中海贫血基因携带者的应用价值。方法:随机选取2018年11月至2019年1月在深圳市第二人民医院产科门诊产检的1036例孕妇,所有孕妇均进行血常规、血红蛋白电泳筛查,对血常规、血红蛋白电泳筛查阳性的孕妇进一步行常规地中海贫血基因检测[裂隙聚合酶链反应(Gap-PCR)技术结合膜反向斑点杂交(RBD)技术],同时对全部1036例孕妇进行NGS地中海贫血基因检测,了解地中海贫血基因在深圳地区孕妇群体中的携带情况,比较不同筛查模式下地中海贫血基因携带者的筛查效果及NGS的额外检出情况。结果:(1)所入组的孕妇群体中,地中海贫血基因总体携带率为8.98%,其中α地中海贫血携带率为7.05%,β地中海贫血携带率为1.54%,α合并β地中海贫血携带率为0.39%。人群中共检出15种地中海贫血基因型别,包括1例基因型为Hb Phnom Penh(HBA1:c.354_355insATC)的α地中海贫血和2例基因型为-50(G>A)的β地中海贫血。(2)不同血液学指标筛查地中海贫血的模式中,血常规、血红蛋白电泳联合筛查的灵敏度最高,但仍存在至少12.50%的漏诊率,且同时产生大量假阳性。(3)在本研究人群中,NGS与传统三级筛查结果完全一致,并且相比常规地中海贫血基因检测可额外检出3例非常见型别和4例意义不明的罕见β珠蛋白基因点突变。结论:NGS一次性筛查在产前阶段可显著降低地中海贫血基因携带者的漏诊率,并可额外检出罕见型别和未知基因变异。

泛肿瘤基因突变检测高通量测序基因包的开发及临床验证

目的:本研究旨在开发高通量测序基因包(panel)以实现个性化的泛肿瘤突变基因的检测,同时验证其临床适用性。方法:通过公开数据库选择并设计223个肿瘤相关基因的引物组成panel,并以菁良公司的不同百分比结构变异福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)标准品、野生型标准品、泛肿瘤800标准品、Horizon Discovery公司的游离DNA标准品为样本完成本panel准确性、重复性和检测限的实验室验证,并利用10例组织样本和2例游离DNA样本进行临床验证。结果:在准确性上,本panel阳性和阴性检出符合率达到100%。在重复性上,利用5%结构变异FFPE标准品具有良好的重复性,而游离DNA标准品重复性一般。在最低检测限上,2.5%结构变异FFPE标准品可稳定检出,最低可检出1%结构变异标准品;游离DNA标准品的最低检测限为0.25%。利用本panel检测临床样本表现出与对照方法良好的一致性。结论:成功开发靶向针对223个肿瘤相关基因的高通量测序panel并完成了分析性能和临床适用性验证,该方法具有协助临床诊断与治疗的潜力。

Xpert MTB/RIF联合宏基因组高通量测序对菌阴肺结核的诊断价值分析

目的探讨Xpert MTB/RIF联合宏基因组高通量测序对菌阴肺结核的诊断价值。方法回顾性分析2019年12月至2022年5月诊断为菌阴肺结核的70例患者,分别进行XpertMTB/RIF检测、宏基因组高通量测序及二者联合检测。采用固体培养法和比例法对生化病原菌进行诊断并分析诊断效能。采用预测值绘制受试者操作特征曲线。结果Xpert MTB/RIF诊断阳性率75.57%,阴性率21.43%;宏基因组高通量测序诊断阳性率78.57%,阴性率21.43%;联合诊断阳性率88.57%,阴性率11.43%。Xpert MTB/RIF检测敏感度为77.55%、特异性为59.86%,曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.827;宏基因组高通量测序检测敏感度为77.47%、特异性为61.02%,AUC为0.808;联合检测敏感度为89.75%、特异性为89.57%,AUC为0.925。结果显示Xpert MTB/RIF联合宏基因组高通量测序在菌阴肺结核中诊断的敏感度、特异性均高于单一检测(P<0.05)。结论XpertMTB/RIF联合宏基因组高通量测序在菌阴肺结核诊断中具有较好的应用价值,值得临床推广使用。

细针穿刺活检联合高通量测序技术在甲状腺结节诊疗中的应用

目的 探讨甲状腺细针穿刺细胞学检查联合高通量测序18基因检测在甲状腺结节诊疗中的作用及其临床意义。方法 回顾性研究2021年7—12月苏州大学附属第三医院病理科接收的甲状腺细针穿刺标本97例,送检标本同时行液基细胞学及高通量测序18基因检测,其中33例获得术后病理结果。细胞学诊断依据第3版甲状腺细胞病理Bethesda报告分类标准。组织学诊断依据第5版WHO甲状腺肿瘤分类标准。结果 97例甲状腺细针穿刺标本中标本不满意8例(8.25%),良性病变44例(45.36%),意义不明确的不典型病变9例(9.28%),可疑滤泡性肿瘤或嗜酸细胞肿瘤4例(4.12%),可疑乳头状癌10例(10.31%),乳头状癌22例(22.68%)。共有52例(53.61%)检出突变,共检出点突变及基因融合突变10个,其中BRAF突变检出率最高,达63.46%(33/52),BRAF突变在性别、年龄及细胞学诊断各组间差异均有统计学意义(P <0.05)。细胞学检查联合高通量测序基因检测诊断的准确性为97.0%,高于单纯细胞学检查(81.8%),具有更高的诊断效能。结论 甲状腺细针穿刺细胞学检查联合高通量测序多基因检测可以促进对甲状腺癌的早期诊断,也可为患者的个体化精准治疗提供参考。

基于高通量转录组测序的牦牛和犏牛附睾尾部差异表达基因分析

【目的】探明牦牛和犏牛的附睾尾部差异表达基因(DEGs),筛选出与精子成熟和贮存密切相关的功能基因,为揭示犏牛精子发生及其成熟过程的分子机制打下理论基础。【方法】以牦牛和犏牛的附睾尾部为研究对象,通过Illumina 127-HiSeq 2000平台完成高通量转录组测序,经过滤、质量控制及拼接组装后,依据FDR<0.05且|log_(2)Fold Change|>1的筛选标准,通过EBSeq筛选出DEGs,然后进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析,并以实时荧光定量PCR验证高通量转录组测序数据的准确性。【结果】在牦牛和犏牛的附睾尾部共筛选获得76个DEGs,其中43个DEGs上调、33个DEGs下调;76个DEGs在COG、GO、KEGG、KOG、Nr、Pfam、Swiss-Prot和eggNOG等数据库中均有注释信息,尤其在COG和Pfam数据库中的注释率最高(达88.16%)。GO功能注释分析结果显示,DEGs被注释到生物过程(Biological process)、细胞组分(Cellular component)和分子功能(Molecular function)三大功能类别上;KEGG信号通路富集分析发现76个DEGs主要显著富集在3条信号通路上,分别是胆汁分泌通路(ko04976:Bile secretion)、ABC转运器(ko02010:ABC transporters)和cAMP信号通路(ko04024:cAMP signaling pathway)。随机选择8个DEGs(SERPINA1、MMP7、ATP2C1、ABCC1、NMT1、NAT1、CFTR和PRX)进行实时荧光定量PCR检测验证,结果显示这8个DEGs的表达模式与高通量转录组测序的结果基本一致,表明转录组数据准确可靠。【结论】在牦牛和犏牛的附睾尾部存在76个DEGs(43个DEGs上调,33个DEGs下调),显著富集在胆汁分泌通路、ABC转运器及c AMP信号通路上,与精子获能相关的DEGs有MMP7、IGFBP2和ABCC4基因,且这3个基因在犏牛附睾尾部呈下调表达,即精子获能失败可能是导致犏牛雄性不育的主要原因。

基于高通量测序技术研究菊苣酸对PDCoV感染仔猪肠道菌群影响的研究

为评价菊苣酸改善猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)感染仔猪后引起其的肠道菌群失衡,本研究设置菊苣酸组、菊苣酸+感染组、感染组和空白组的仔猪结肠内容物样品进行16S rRNA基因高通量测序(Illumina Mi Seq),利用生物信息学软件对各组仔猪肠道微生物菌群多样性、菌群组成及物种差异进行分析。Alpha多样性分析显示,感染组仔猪结肠菌群多样性和丰度最低,菌群失衡;与感染组相比,菊苣酸+感染组仔猪结肠菌群多样性和丰度呈上升趋势。Beta多样性分析显示,菊苣酸+感染组的菌群结构与菊苣酸组、空白组相似,但与感染组存在差异。门、科、属、OUT水平的Venn分析显示,4个实验组中,菊苣酸组仔猪结肠菌群数量最多,感染组仔猪结肠菌群数量最少;菊苣酸+感染组仔猪结肠菌群数量与空白组相近。菌群群落组成分析显示,与空白组、菊苣酸组、菊苣酸+感染组相比,感染组仔猪的厚壁菌门(Firmicutes)、杆菌科(Lactobacillaceae)和乳杆菌属(Lactobacillus)的丰度呈升高趋势,拟杆菌门(Bacteroidota)的丰度降低趋势。菌群物种差异分析显示,互养菌门(Synergistota)的细菌丰度在空白组和菊苣组中呈显著增加,瘤胃球菌种(Ruminococcaceae)的细菌在感染组中的丰度最低。以上结果表明,仔猪口服菊苣酸后再以PDCoV感染,可改善PDCoV感染引起仔猪肠道菌群的失衡,恢复其肠道菌群的多样性和丰度。本研究为菊苣酸改善PDCoV感染引起仔猪肠道菌群的失衡提供了参考依据。

高通量测序技术在宫颈癌早期诊断中的应用

目的探讨宫颈癌早期诊断中运用高通量测序技术的临床价值。方法选择收治的45例宫颈癌患者为研究对象,通过采集宫颈脱落细胞、提取DNA,运用高通量测序技术对宫颈脱落细胞基因组进行测序,检测PIK3CA等与宫颈癌发生相关的基因突变情况,并且结合TCGA、COSMIC数据库信息判读宫颈脱落细胞的基因突变情况。结果45例宫颈癌患者中,42例患者检出基因突变,检出率为93.33%,鉴定出的突变基因共160个,其中PIK3CA占有较高的比例,其次为RB1、AKT2以及FAT1等。宫颈癌患者的基因突变类型包括拷贝数变异、插入缺失突变、移码突变、无义突变以及错义突变等,其中比较常见的是拷贝数变异和错义突变。同时,PIK3CA基因突变与患者的分化程度有关(P<0.05),但是与有无高危型HPV感染、淋巴结转移、组织学类型、临床分期、肿瘤大小以及年龄等因素无关(P>0.05)。结论宫颈癌患者中普遍存在基因突变,主要为多基因突变,其中PIK3CA是比较常见的一种突变基因,其信号通路以PI3K-AKT信号通路为主,并且运用高通量测序技术,能够及时发现新的一些基因突变,为早期诊断宫颈癌奠定理论基础。

宏基因组高通量测序技术在中枢神经系统感染性疾病中的临床价值分析

目的 探讨宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的临床价值。方法 依托中国医学科学院北京协和医院感染性疾病宏基因组检测平台,回顾性分析2022年4—12月临床诊断为中枢神经系统感染性疾病患者的临床信息、常规实验室检测结果及mNGS结果等相关资料,评价mNGS技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中的价值。结果 在39例临床诊断为中枢神经系统感染性疾病的患者中,29例(74.4%)检出疑似致病病原体特异性序列,其中11例(37.9%)检出细菌,13例(44.8%)检出病毒,3例(10.3%)检出真菌,1例(3.5%)检出细菌及病毒,1例(3.5%)检出真菌及病毒,真阳性率为74.4%。10例报告阴性结果,假阴性率为25.6%。mNGS技术的阳性率明显高于临床常规病原学检查(包括脑脊液涂片、培养、病原体抗原及核酸聚合酶链式反应)的阳性率(74.4%比23.7%)。结论 相较于现有的临床常规病原学检查手段,mNGS技术在中枢神经系统感染性疾病诊断中具有更高的真阳性率,可能有助于中枢神经系统感染性疾病的早期诊断。

基于16S rDNA高通量测序探讨肠道菌群对疟原虫感染小鼠的保护性作用

目的探究Plasmodium berghei ANKA(P.bANKA)感染小鼠肠道菌群特异性改变及其保护性研究。方法C57BL/6小鼠随机分为正常对照组(NC组)和P.bANKA感染组(P.b A组),动态留取粪便进行16S rDNA高通量测序。建立益生菌预处理组(Pre-probiotics+P.b A组),伊文思蓝灌注评估血脑屏障(BBB)完整性,苏木精-伊红(HE)染色,观察脑组织病理学改变。结果16S rDNA高通量测序分析,P.bANKA感染小鼠后肠道菌群以乳酸杆菌和罗伊乳酸杆菌明显下降为主要变化趋势,且呈时间依赖性。动物验证实验发现,与P.b A组相比,Pre-probiotics+P.b A组原虫血症水平较低,小鼠于感染后第14 d开始出现死亡且未发生脑疟神经系统症状,BBB完整性较好,脑组织无明显损伤。结论P.bANKA感染可明显改变宿主肠道菌群的结构和功能,其中以乳酸杆菌数量减少最为明显。外源性补充乳酸杆菌后可明显降低ECM小鼠原虫血症水平,提高生存率。其作用机制可能与保护BBB完整性,改善小鼠脑组织病理损伤密切相关。

宏基因组高通量测序技术的临床应用:现状、挑战与前景

传统微生物学检测方法难以满足临床复杂多变的病原体检测需求。近年来,新兴的宏基因组高通量测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术被广泛应用于各种感染性疾病诊断、新发及突发传染病病因分析、耐药基因检测和宿主免疫应答分析等领域。mNGS检测流程十分复杂,检测过程中每一步骤引入的变异均会影响检测结果的准确性。检测方法缺乏标准化、人员认知和能力不足、仪器试剂成本高昂是mNGS临床推广面临的主要障碍,因此亟需对检测方法进行标准化、规范化,快速提升检测人员的认知和综合能力。未来,整合mNGS病原体信息、转录组信息和耐药基因信息以提高对感染性疾病患者的临床管理水平是mNGS检测的重要发展方向。

脑脊液高通量基因测序诊断造血干细胞移植术后颅内琼氏不动杆菌感染1例报告

1病例资料患者女,48岁,2018年7月无诱因出现乏力伴面色苍白,当地医院血常规检查示单核细胞增多(1.3×10^(9)/L);骨髓细胞形态学检查示单核细胞占37.5%,其中幼稚单核细胞占12.5%,考虑慢性粒-单核细胞白血病(chronic myelomonocytic leukemia,CMML)。予小剂量阿糖胞苷(50 mg/d)连用7 d,治疗结束后监测血常规2周,外周血单核细胞计数波动在(1.2~1.4)×10^(9)/L,患者不适症状无改善。

高通量测序技术检测髓系肿瘤基因突变情况及其临床预后意义分析

目的:利用高通量测序技术检测髓系肿瘤患者的基因突变情况,并探讨其与预后的相关性。方法:回顾性分析2020年1月至2021年5月期间在北大国际医院血液科住院的56例髓系肿瘤患者,应用二代测序技术检测患者的基因突变情况,并分析不同髓系肿瘤基因突变的异同以及与疾病预后的相关性。结果:56例患者中,单例患者检出突变基因数目为0-9个,中位值为3个,最常见的突变基因为RUNX1(21.4%)、TET2(17.9%)、DNMT3A(17.9%)、TP53(14.3%)、ASXL1(14.3%)等,其中信号通路相关基因突变最多(23.3%),其次为转录因子相关基因突变(18.3%)。84%的患者携带多个突变基因(≥2),WT1与FLT3、NPM1与FLT3-ITD、MYC与FLT3等均存在明显共突变的情况。TP53突变在MDS患者中显著多见。NRAS突变患者生存期明显缩短(P=0.049);TP53突变患者与未突变患者相比预后较差,但差异未达统计学意义(P=0.08)。结论:利用二代测序技术可以更深入地了解髓系肿瘤的发病机制,对判断预后和寻找可能的治疗靶点有重要意义。

基于高通量测序技术的105例AML和MDS患者驱动基因突变谱差异性分析

目的获得西南地区急性髓系白血病(AML)和骨髓增生异常综合征(MDS)患者的基因突变谱特征,分析其差异性,探讨AML和MDS的差异性指标。方法回顾性分析2019年9月至2022年12月该院收治的71例AML患者和34例MDS患者的临床资料,将AML和MDS患者分别按年龄进行分组,年龄≥60岁纳入老年组,年龄<60岁纳入中青年组。患者住院期间均采用高通量测序技术进行基因突变谱检测,采用流式细胞术检测分化抗原。通过分析比较基因突变谱的特征,并结合细胞表面分化抗原,获得西南地区AML和MDS患者基因突变谱的差异性。结果AML和MDS患者老年组与中青年组的中位年龄比较,差异有统计学意义(P<0.05)。AML患者老年组男性比例较高,为76.2%,明显高于中青年组(P<0.05)。AML患者中DNMT3A的突变频率与年龄有关(P<0.05)。CEBPA、FLT3、RUNX1基因突变频率在AML中分别为23.9%、32.4%、9.9%,在MDS中分别2.9%、11.8%、26.5%,差异均有统计学意义(P<0.05)。结论髓系白血病患者的基因突变频率与患者的年龄和性别有一定的关系;AML和MDS有特定突变位点和突变基因,可以将以上基因突变作为临床辅助鉴别诊断的有效指标。

基于16S rDNA高通量测序研究电针对腹泻型肠易激综合征大鼠肠道菌群的调节作用

目的采用16S rDNA高通量测序技术,分析电针足三里对腹泻型肠易激综合征(irritable bowel syndrome-diarrhea,IBS-D)大鼠肠道菌群物种相对丰度和多样性的影响,探讨电针对IBS-D的作用机制。方法将SD大鼠随机分为空白组、模型组、电针组。采用束缚联合番泻叶煎剂灌胃法造模,电针组采用电针双侧足三里干预,空白组与模型组不做干预处理。干预结束后,检测大鼠内脏敏感性,并取大鼠粪便进行16S rDNA高通量测序技术检测大鼠肠道菌群。结果(1)与空白组比较,模型组大鼠腹壁回撤反射评分明显升高(P<0.05);经过电针治疗后,在20 mmHg压力下的腹壁回撤反射评分明显降低(P<0.05)。(2)与空白组相比,模型组OTU数目明显降低,电针组接近于空白组。(3)与空白组相比,模型组芽孢杆菌纲、乳杆菌属、真杆菌属等丰度明显降低,拟杆菌纲、梭菌纲、δ-变形杆菌纲、毛螺菌属等丰度明显升高,而电针组上述菌纲/属丰度均有所改善。(4)三组的Beta多样性分析结果显示,模型组与空白组的样本明显被区分开,而电针组则在两组之间。结论IBS-D与内脏高敏感性以及肠道菌群结构紊乱有关,电针能调节IBS-D大鼠内脏敏感性以及肠道菌群物种相对丰度,改善菌群多样性。

基于16S rDNA高通量测序方法检测猪舍环境微生物群落多样性

[目的]研究猪舍环境微生物群落多样性,了解不同类型猪舍环境中细菌群落的结构差异以及潜在的致病菌属。[方法]利用空气沉降法采集规模化猪场妊娠猪舍、保育猪舍、分娩猪舍的环境微生物样本,每种类型猪舍选取3栋猪舍采样,共9个样本。采用Illumina Miseq技术,以细菌16S rDNA的V3~V4变异区为对象进行高通量测序;采用QIIME2软件对测序数据进行分析,比较不同类型猪舍环境微生物群落组成。[结果]在97%相似度阈值下9个样本共得到OTU 29 126个,涵盖31门66纲160目320科899属1 831种的细菌。分娩猪舍以及保育猪舍的Chao1指数、Shannon指数及谱系多样性指数整体高于妊娠猪舍。变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidota)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteriota)为猪舍环境的四大优势菌群;变形菌门在3个类型的猪舍中相对丰度均最高,厚壁菌门、放线菌门以及拟杆菌门相对丰度在不同类型猪舍中差异较大。不动杆菌属(Acinetobacter)、棒杆菌属(Corynebacterium)、寡养单胞菌属(Stenotrophomonas)分别是分娩猪舍、妊娠猪舍以及保育猪舍中相对丰度最高的菌属。猪舍环境空气中存在创伤球菌属(Helcococcus)、链球菌属(Streptococcus)、军团菌属(Legionella)、沙雷菌属(Serratia)等多个对动物具有潜在致病力的菌属。[结论]猪舍环境微生物群落多样性丰富,分娩猪舍以及保育猪舍在细菌种类、系统进化多样性以及丰富程度上高于妊娠猪舍。研究发现的猪舍环境中潜在动物致病菌属为猪舍环境消毒的药物选择提供了依据。

高通量测序技术对中国肺癌患者JAK基因表达的研究

目的研究发现JAK通路与肺癌患者对表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(epidermal growth factor receptor-tyrosine kinase inhibitor,EGFR-TKI)的耐药有关,但JAK基因在中国肺癌患者中的突变情况尚不清楚,本研究旨在通过高通量测序技术了解中国肺癌患者JAK基因的表达情况,为肺癌的精准治疗提供依据。方法本研究收集来自北京泛生子基因科技有限公司在2017—2020年病理学明确诊断肺癌的14429例中国患者,其组织和/或液体标本采用高通量测序技术捕获测序JAK1、JAK2、JAK3和EGFR基因在标本中的突变模式。结果JAK家族基因JAK1、JAK2和JAK3在中国肺癌患者中的突变频率分别为0.55%(79/14429)、5.27%(760/14429)和1.67%(241/14429)。其中,JAK1最常见的突变为N339K(5例);JAK3的突变包括I688F(19例)和A573V(11例)。肺癌患者中JAK2基因最常见的热点突变是V617F(87例)。与EGFR共同发生突变的JAK1和JAK2突变频率分别为0.15%(22/14429)和1.17%(169/14429)。其中EGFR L858R所占比例最高(JAK1=0.10%,JAK2=0.69%)。结论本研究通过对中国肺癌患者基因组学的研究提示少部分患者存在JAK突变,且部分患者发生JAK与EGFR共同突变,靶向抑制JAK和EGFR有可能成为治疗EGFR-TKIs耐药肺癌的新途径,但还需要进一步研究证实。

基于高通量基因测序诊治肺萜烯诺卡菌病5例并文献复习

目的:分析肺萜烯诺卡菌病患者的临床表现、影像和实验室检查特征以及临床治疗方案,提高对该病的临床认识。方法:收集2020年6月—2021年12月经宏基因组二代测序(mNGS)诊断的5例肺萜烯诺卡菌病患者相关信息,对其临床特征、实验室检查、影像、微生物学特征以及治疗方案进行回顾性分析。结果:5例患者中,多数为老年人,临床表现以高热、咳嗽、咳痰为主;实验室检查多表现为白细胞计数异常、中性粒细胞百分比升高、低蛋白血症;影像学特征以双侧病变多见,空洞、结节以及斑片影是最常见的影像学特征。经mNGS诊断后使用利奈唑胺、复方磺胺甲恶唑(TMP-SMZ)、亚胺培南西司他汀联合治疗方案,疗程6~12个月,复查胸部CT病灶明显吸收。结论:肺萜烯诺卡菌病的临床表现为化脓性炎症,通常表现为高热合并肺部空洞及实变影,mNGS有助于明确病原学诊断,利奈唑胺、TMP-SMZ、亚胺培南西司他汀可作为治疗方案的核心用药。

基于16S rDNA高通量测序技术的地图舌儿童舌苔菌群多样性研究

目的探究地图舌患儿与健康儿童舌苔菌群差异及地图舌菌群的分布规律。方法收集2021年10月—2022年12月就诊于福建中医药大学附属福州中医院儿科门诊、住院中舌苔表现为地图舌患儿30例(D组)及30例无地图舌的健康患儿(Z组),采集舌苔标本,采用16S rDNA高通量测序技术进行物种分析。结果与Z组比较,D组患儿的舌苔菌群存在显著差异,具体表现为嗜血杆菌属、链球菌属、罗思氏菌属、颗粒链球菌属及孪生球属升高(P<0.05),放线菌属、纤毛菌属、巨球型菌属、于默奥毛绒厌氧杆菌属及奇异菌属降低(P<0.05)。结论地图舌患儿与健康儿童的舌苔菌群存在差异性;其中嗜血杆菌属、链球菌属及罗思氏菌属、颗粒链球菌属、孪生球属可能是差异菌属。