应用16S rDNA序列同源性分析鉴定放射线照射后的口腔链球菌

目的 对受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变的口腔链球菌进行鉴定。方法 生理、生化试验 ;16SrDNA序列同源性分析 :提取待鉴定细菌的基因组DNA ,用多聚酶链式反应 (PCR)扩增 16SrDNA ,对其测序后输入GenBank中与已知序列进行比较。结果 应用 16SrDNA序列同源性分析方法可对因受放射线影响 ,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论 在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时 。

意大利蜜蜂乙醇胺激酶1蛋白的序列特征和同源性分析

运用生物信息学的方法分析意大利蜜蜂ETNK1的序列特征和同源性.理化性质分析显示,意大利蜜蜂ETNK1由348个氨基酸残基构成,相对分子量为41.54 kD,是一个带负电的稳定的亲水性蛋白.根据跨膜结构分析可知,ETNK1没有跨膜螺旋,不是跨膜蛋白.通过核定位信号和亚细胞定位分析可得,ETNK1很可能定位在细胞骨架中.蛋白质修饰位点分析表明,ETNK1有19个磷酸化位点,不含糖基化修饰位点.氨基酸多序列比对的结果显示,不同蜜蜂中的ETNK1的同源关系较高.系统进化树分析发现,意大利蜜蜂的ETNK1与蜜蜂属的大蜜蜂和黑大蜜蜂的进化关系比较相近.该研究有望为进一步研究意大利蜜蜂ETNK1的结构和功能提供支撑.

多药耐药草绿色链球菌16S rDNA序列同源性分析

目的对临床分离多药耐药草绿色链球菌进行种间鉴定。方法生理、生化试验;16S r DNA序列同源性分析:提取待鉴定细菌基因组DNA,多聚酶链式反应(PCR)扩增16S r DNA,测序后上传至美国国立生物技术信息中心(NCBI)数据库与已知序列进行比较。结果应用16S r DNA序列同源性分析方法可对因受抗菌药治疗影响,培养困难,糖发酵特征发生改变而无法通过生化试验进行鉴定的菌株做出准确鉴定。结论在无法通过生化试验方法对细菌作出准确鉴定时,16S r DNA序列同源性分析是一种可靠的鉴定方法。

新疆地区盐湖的中度嗜盐菌16S rDNA全序列及DNA同源性分析

通过数值分类和 1 6SrDNAPCR RFLP分析 ,对分离自新疆地区的中度嗜盐革兰氏阴性菌进行研究 ,发现了一个新类群。在此基础上 ,进行了中心株AI 3的 1 6SrDNA全序列分析 ,并与中度嗜盐菌已知种和相关种进行比较 ,得到系统发育树状图。在此树状图中 ,大多数参比菌株聚在一起 ,其 1 6SrDNA全序列的同源性在 96 %以上 ,而AI 3与参比菌株的 1 6SrDNA全序列相比 ,其相似性低于 75 %。但是 ,AI 3与Alcanivoraxborkumensis[1] 的 1 6SrDNA全序列的相似性为 96 % ,与Halobacilluslitoralis的 1 6SrDNA全序列的相似性为 99% ,三者构成一个独立的发育分支。这说明在系统发育上 ,AI 3与参比菌株属于不同的分支 ,是一个新的类群。在新类群内 ,菌株之间的DNA同源性大于 70 % ,而中心株AI 3与标准菌株伸长盐单胞菌(Halomonaselongata)的DNA同源性为 44% 。

枣疯病和酸枣丛枝病植原体16S rDNA和tuf基因的序列同源性分析

【目的】枣疯病是枣树上由植原体引起的一种毁灭性病害,遍布于中国华北、西北、华东、华南等25个省(市)的枣区,造成了巨大的经济损失。【方法】经PCR扩增,分别对中国陕西的彬县、阎良、武功、佳县、杨凌,河北沧州和山东德州7个枣区的枣疯病样品和杨凌4个酸枣丛枝病样品植原体16SrDNA基因保守序列和延伸因子tuf基因进行克隆和测序。【结果】获得枣疯病和酸枣丛枝病植原体的16SrDNA基因片段均为1239bp,tuf基因均为851bp。通过序列同源性比较,结果表明中国陕西、河北、山东的枣疯病的病原一致,归属于植原体16SrⅤ-B组。由于枣疯病和酸枣丛枝病的植原体16SrDNA有5个碱基的差异,tuf基因的同源性为99.6%,推测为同一个种的不同寄主生物学型。【结论】首次报道了中国枣疯病和酸枣丛枝病植原体16SrDNA和延伸因子tuf基因的序列,确定了枣疯病和酸枣丛枝病植原体的分类地位,为研究枣疯病植原体的致病分子机理、遗传本质提供理论依据。

西藏根瘤菌新表观群的DNA同源性及16S rDNA全序列分析

在前期数值分类工作的基础上，对7株与Rhizobium关系较密切的分离自西藏部分地区豆科植物Trigonella spp．和Astragalus spp．的根瘤菌所形成的独立表观群，通过DNA同源性测定及16S rDNA全序列分析进行了分类地位的进一步确定。结果表明：该独立表观群菌株的（G＋C）mol％为59．5％-63．3％，群内菌株间DNA同源性在74．3％-92．3％之间，中心菌株XZ2．3与相关Rhizobium种之间的DNA同源性在0％-47．4％之间，是不同于Rhizobium内各种的新DNA同源群。另外，16S rDNA全序列分析结果也表明，中心菌株XZ2．3占居Rhizobium系统发育分支中的一个独立亚分支，其与临近R．leguminosarum USDA2370^T和R．atli CFN42^T之间的序列相似性分别为96．55％和96．62％。根据国际系统细菌学委员会提出的细菌种属分类标准，该独立表观群构成了一个不同于Rhizobium内各种的新种群。该研究结果丰富了现有根瘤菌分类系统，将为国际上现有Rhizobium的14个种中再增添一个新的分类单元。

假高粱及其近似种rDNAITS序列同源性分析

根据高粱属核糖体基因转录间隔区 (ITS)序列设计通用引物S9 S3,分别扩增了假高粱及其几个近似种的ITS区段 ,并对PCR产物进行了序列测定和分析。扩增的序列长度为559～ 56 4bp。序列分析的结果表明S .halepense、S .silk、S .vulgare×S .sudanense、S .vul gare、高粱S .bicolor等属于同一聚类组 ,亲缘关系比较近 ,同源性为 97 9%～ 1 0 0 %。S .niti dum和S .versicolor属于另一个聚类组 ,亲缘关系比较近 ,同源性为 97 7%。S .halepense和S .nitidum、S .versicolorITS区序列差异大 ,亲缘关系较远 ,同源性仅为 90 3%。序列分析结果支持S .nitidum属于Parasorghum区组。

流感嗜血杆菌多位点序列分型及同源性分析

目的了解流感嗜血杆菌耐药率变化及多位点序列分型,进行同源性分析,减少医院感染和多重耐药菌株的发生。方法收集解放军总医院第六医学中心2015—2022年临床分离的108株流感嗜血杆菌,使用K-B法进行药物敏感性试验;采用多位点序列分析进行序列分型(sequence typing,ST);采用MEGA 7.0软件的Neighbor-Joining法和Phyloviz 8.0软件的goeBURST算法构建系统发育树和最小生成树分析菌株同源性。结果近几年流感嗜血杆菌对氨苄西林、复方新诺明耐药率>60%;108株菌中,5株未能与数据库匹配,103株菌有20种ST型别,主要为ST-487(58株,占53.70%)和ST-147(19株,占17.59%);系统发育树分为2组,除ST-834和ST-12422种型别分布在Ⅱ组外,其余型别在Ⅰ组;最小发育树提示2大分支ST-487和ST-147都与ST-103有相关性。结论院内分离的流感嗜血杆菌多数菌株存在亲缘进化关系;多重耐药的流感嗜血杆菌在我院不同科室相继检出,提示编码耐药基因的质粒在病区间传播。

不同病例动物源大肠杆菌的分离鉴定及16S rDNA同源性分析

为研究不同病例发病动物的发病原因,并对不同病例病料分离出的细菌进行16S rDNA同源性分析,本试验对10种不同病例发病动物病料进行细菌分离培养并对分离获得的细菌进行微生物学鉴定,设计1对16S rDNA基因引物,对分离出的10株细菌进行PCR扩增、测序及16S rDNA同源性分析。结果显示,分离获得的10株细菌经微生物学鉴定均为大肠杆菌,10株大肠杆菌中哺乳类动物病例犬乳房炎、犬子宫蓄脓、犬肺炎、犬皮肤化脓疮、奶牛乳房炎、犊牛腹泻6株大肠杆菌之间16S rDNA同源性为100.0%,家禽类动物病例肉鸽腹泻、肉鸡腹泻、野鸡腹泻和白孔雀腹泻4株大肠杆菌之间16S rDNA同源性也为100.0%,10株不同病例动物来源大肠杆菌之间16S rDNA同源性为97.5%~100.0%。本试验探明了10种不同病例发病动物的发病原因均为大肠杆菌感染引起,且10株大肠杆菌16S rDNA之间具有高度同源性。

序列同源性分析软件Blast的WEB界面构建及其应用

基于局域网 (Intranet)内的PC/Linux服务器 ,构建了序列同源性分析软件Blast的WEB界面 .局域网内的所有计算机均可通过WEB方式访问该服务器进行公共数据库和自建数据库的查询 ,具有保密、高效、免费的优点 ,能够满足实验室和研究院所的大规模。

新城疫病毒F_(48)E_8株HN基因的克隆和序列分析及与国外NDV HN基因的同源性比较

目的 克隆ＮＤＶ Ｆ４８Ｅ８株ＨＮ基因，与国外ＮＤＶ ＨＮ基因进行比较分析。方法 提取 ＲＮＡ，应用 ＲＴ－ＰＣＲ一次性扩增出ＮＤＶ Ｆ４８Ｅ８株的全长ＨＮ基因，将该ＨＮ基因插入ｐＫＳ（－）后进行克隆并测序。结果 ＮＤＶ Ｆ４８Ｅ８株的ＨＮ基因核苷酸长度为１７１３ｂｐ，编码５７１个氨基酸，有５个糖基化位点，１２个极保守的半胱氨酸残基，与 国外发表的ＮＤＶ序列相符。结论ＮＤＶＦ１８Ｅ８株ＨＮ蛋白基因与国外发表的ＮＤＶ ＨＮ蛋白基因核苷酸同源性在 ８３．３％～８９．２％之间，推导的氨基酸同源性在８７．６％－９１．１％之间。

日本血吸虫尾蚴(中国大陆株)表达序列标签的获取及同源性分析

目的 了解日本血吸虫尾蚴ｃＤＮＡ文库中基因的基本情况，为新基因的筛选鉴定提供依据。方法 日本血吸虫尾 蜘ｃＤＡＮ文库中的噬菌体侵入大肠杆菌ＢＭ２５．８后环化成质粒。筛选出已转入质粒的菌株。提取质粒ＤＮＡ，用质粒上 的一段测序引物序列进行一次性测序，得到一个表达序列标签（ＥＳＴ）。通过ＢＬＡＳＴｘ及ＢＬＡＳＴｎ公共数据库经编辑分 析的ＥＳＴ序列进行同源性比较。经过分析编辑后的新ＥＳＴ序列，以编写好的程序和Ｅ－ｍａｉｌ方式递交，以获得ＧｅｎＢａｎｋ 登录号。通过对同源性比较结果的总结，对该文库的基本情况进行分析。结果与结论 在测出的５８个ＥＳＴ中有３个核 苷酸序列与日本血吸虫已知基因高度同源，有２个核苷酸序列与曼氏血吸虫较高度同源，有７个ＥＳＴ的蛋白质序列与 其他物种有较高同源性而核苷酸序列同源性很低，有２７个ＥＳＴ的蛋白质及核苷酸序列同源性都很低。

盐藻Psy基因保守序列的克隆及同源性分析

文中根据两种藻———Dunaliellabardawil和Haematococcuspluvialis的PsycDNA保守序列以及 6种植物———Arabidopsisthaliana ,Oryzasative ,Tageteserecta ,Lycopersi conesculentum ,Capsicumannuum和Daucuscarota的Psy基因氨基酸保守序列设计了上游引物 5 -GAGTACGCCAAGACCTTCTA - 3 和下游引物 5 -GTTGTCATAGT CATTCTTCTC - 3 .以盐藻基因组为模板、以 4 6～ 35℃每循环递减 0 .5℃的退火温度扩增获得的大小约为 2 4 90bp的片段 ,经NCBI/BlastP同源性分析推测其为Psy基因的部分片段 .

福氏志贺菌gyrA和parC基因QRDR序列的测定与同源性分析

测定了我国痢疾流行病原志贺菌福氏2 a 3 0 1株与喹喏酮类药物耐药性相关的 gyr A( DNA旋转酶 A亚单位 )和 par C(拓扑异构酶IVA亚单位 )基因 ,并将 gyr A和 par C基因QRDR(喹喏酮类药物耐药性决定区 )核苷酸序列与几种动物和人的病原菌进行了同源性和遗传进化比较分析。结果显示 ,志贺菌福氏 2 agyr A和 par C基因 QRDR序列分别与宋内氏志贺菌、大肠杆菌 O1 57、大肠杆菌 K1 2、阴沟肠杆菌、坂口肠道杆菌、鼠伤寒沙门氏菌、副伤寒沙门氏菌、肺炎克氏杆菌、产道克氏杆菌、空肠弯曲杆菌、弗氏柠檬酸杆菌具有显著同源性(均大于 88% ) ,表明 gyr A和 par C是这些细菌中的看家基因 ,推测在各种细菌中具有类似的起源 ,因此对在不同细菌之间进行喹喏酮类药物耐药性的研究非常有利。 QRDR的遗传进化分析表明 ,同属或相近属细菌 gyr A或 par CQRDR的遗传距离明显接近 ,其中与大肠杆菌属的距离最近 ,认为可列到同一个属 ,结果有力支持了近年提出的大肠杆菌与志贺菌属于同族细菌的理论。

马流感病毒(A/equine/Qinghai/1/94)核蛋白基因的序列测定及同源性分析

根据已发表的马流感病毒核蛋白基因序列 ,设计并合成一对特异性引物 ,经反转录_聚合酶链反应 (RT_PCR)成功扩增出了我国马流感病毒 (A/Equine/Qinghai/ 1/ 94 )核蛋白基因 ,将该片段连接到PGEM_T_EASY载体并转化DH5α ,提取阳性菌落的质粒经EcRo1酶切和PCR鉴定其大小为 1.5kb左右 ,对其测序并进行分析发现 ,与A/Equine /Kentucky/2 / 86、A/Equine/Miami/ 1/ 6 3等关系较近 ,同源率为 93.3%～_97.4 % ,而与我国马流感吉林A/Equine/Jilin/ 1/ 89株关系较远 ,同源率仅为 84 .6 %。

应用16S rDNA扩增子序列分析去卵巢骨丢失小鼠口腔菌群的变化

背景口腔微生物失调加重了多种口腔疾病和系统性疾病的进程。进入绝经后期的妇女罹患口腔黏膜病和加速牙周骨质丢失的风险更高,但口腔菌群变化与女性进入绝经后期之间的联系尚不清楚。目的应用16S rDNA扩增子测序,初步观察卵巢切除小鼠的口腔菌群结构变化。方法16只雌性C57BL/6J小鼠随机分为卵巢切除(ovariectomy,OVX)组和假手术(sham-operated,Sham)组。卵巢切除术4周后对股骨进行显微CT扫描和骨密度与骨参数的分析,取小鼠口腔拭子进行16S rDNA高通量测序。结果与Sham组比较,OVX组骨密度、骨体积分数、骨小梁厚度和骨小梁数量显著下降,骨表面积/骨体积和骨小梁分离度显著升高(P<0.05)。两组的口腔菌群共同含有687种ASVs,Sham组特有1086种,OVX特有930种。OVX组的Chao1指数与Sham组差异无统计学意义,但Simpson指数显著低于Sham组(P<0.05)。门水平上OVX组的拟杆菌门和梭杆菌门丰度较Sham组下降(P<0.05)。属水平上OVX组的梭杆菌属、乳酸乳球菌属、萨特氏菌属等菌属的丰度相比SHAM组降低(P<0.05);放线菌属等菌属的丰度相比Sham组升高(P<0.05)。LEfSe分析结果显示,Sham组厚壁菌门和芽孢杆菌纲(Bacilli)的相对丰度升高(P<0.05)。结论卵巢切除小鼠出现骨丢失现象,并且口腔菌群的多样性和菌群结构发生了改变,初步为研究绝经后妇女口腔菌群改变与口腔疾病加重的关系提供依据。

人类及部分实验动物MHC-DRB3.2基因核苷酸序列同源性分析

目的研究人类及部分实验动物DRB3.2基因核苷酸序列的同源性。方法利用PCR技术扩增得到牛的DRB3.2基因片段,并测定其核苷酸序列;从GenBank中下载人类、猕猴、绵羊、山羊、猪的相应基因片段;利用DNAMAN软件进行碱基组成分析、同源性分析和构建分子进化树。结果所分析的物种该基因片段大小为267bp,没有发现碱基的缺失以及插入现象;A、T、G、C四种碱基以及G+C的含量在不同物种之间相差较小。就某种动物来说,G的含量最高,T的含量最低,G+C的含量要明显高于A+T含量;人类与猕猴、绵羊、山羊、牛、猪的同源性分别为91.8%、82.8%、82.4%、81.3%、81.6%。结论不同物种MHC-DRB3.2基因核苷酸序列的同源性都比较高;在研究人类有些疾病时,猕猴是其它实验动物不可替代的;DRB3.2基因是研究生物进化和系统发育分析的一个理想遗传标记。

不同栽培条件辣椒疫霉菌ITS序列同源性分析

由疫霉菌引起的辣椒疫病是辣椒生产上的主要病害。明确设施栽培辣椒土传病害和露地栽培条件下辣椒疫病疫霉病菌基因序列和同源性,为制定病害防治措施提供依据。通过病菌形态观察、ITS基因序列测定与同源性分析开展研究。由疫霉菌侵染的辣椒病害在设施和露地不同栽培形式下发生部位略有不同,但在病菌形态上表现一致,ITS基因序列同源性极高,达到了99%以上。设施土传病害和露地栽培条件下辣椒疫病菌属于同一种,均为辣椒疫霉菌(Phytophthora capsici Leonian)。

6株牛传染性鼻气管炎病毒BICP4基因序列的同源性分析

牛传染性鼻气管炎病毒的立即早期启动基因IER4 .2编码感染细胞蛋白BICP4基因。各种疱疹病毒的BICP4基因的Ⅰ、Ⅲ、Ⅴ区变异性较大 ,并为其特征区。为了比较分离自不同牛种、不同部位的 5种病毒株BICP4蛋白I区基因的差异性 ,本文根据已发表的IBRVK2 2毒株重复序列IRs中BICP4的基因序列设计了一对特异性引物 ,对各毒株进行PCR扩增 ,均得到约 5 4 0bp的片段 ,将其克隆、测序并连同K2 2株进行同源性比较。结果表明 ,6株病毒的核苷酸序列及氨基酸序列同源性均在 98%以上 ,说明这些毒株重复序列中的早期基因高度保守 。

PRRSV新疆分离株的ORF5序列分析与同源性比较

采用RT—PCR技术，分别对PRRSV新疆分离株XJ—a，XJ—b，XJ—C的ORF5片段的ORF5基因进行扩增，获得长度为603bp的特异性目片段。ORF5片段序列分析表明，新疆3个分离株的ORF5基因与欧洲型PRRSV毒株序列核苷酸的同源性为56．1％～56．4％，与标准美洲型PRRSV毒株序列的核苷酸同源性达到86．6％～87．2％，与国内部分省市流行株的同源性在96．0％～99．2％。PRRSV新疆分离株属于北美洲型PRRSV的变异毒株，属同一亚型，毒株间也存在一定的差异，具有高度致病性的生物学特征。