甘薯软腐病病原的rDNA-ITS分子鉴定及其对11种杀菌剂的敏感性测定

采用rDNA-ITS通用引物PCR扩增的分子检测方法对甘薯软腐病病原物进行了鉴定,并采用室内生长速率法测定了该病原菌对11种杀菌剂的毒力。rDNA-ITS分子鉴定结果表明,该病害的病原为匍枝根霉菌(Rhizopus stolonifer)。毒力测定结果显示,其病原菌已对多菌灵产生了抗药性(EC50>100μg/mL);其他10种杀菌剂对甘薯软腐病病菌均具有较高的活性,EC50分布在0.011~0.145μg/mL之间。不同杀菌剂对其活性高低顺序依次为咯菌腈>吡唑醚菌酯>氟啶胺>腐霉利>啶酰菌胺>苯醚甲环唑>嘧菌环胺>氟吡菌酰胺>菌核净>戊唑醇。

黄瓜棒孢叶斑病菌的分子鉴定及rDNA-ITS序列分析

为了分析不同地区黄瓜棒孢叶斑病菌的种内分化,能够准确地鉴定该病菌,以服务于黄瓜抗病育种,对2007-2014年采集的黄瓜棒孢叶斑病菌多主棒孢经单孢纯化获得34个菌株。利用公开发表的特异性引物CCF/CCR对其进行了PCR分子鉴定,结果表明:34个菌株均扩增得到了预期272 bp的特异片段,说明均为多主棒孢菌。应用真菌核糖体rDNA区通用引物ITS1和ITS4分别扩增各个菌株的r DNA内转录间隔区序列,经测序并比对分析,34个菌株均扩增得到了559 bp的特异片段,其中32个从黄瓜上分离的多主棒孢病菌菌株碱基序列完全一致,2个从番茄上分离的菌株碱基序列完全一致,二者的差异在于2个SNP位点T-C、G-A的突变,二者相似度为99.64%。说明,多主棒孢菌属种间的ITS区序列高度保守,利用ITS序列分析方法可以为多主棒孢菌的分类鉴定及系统发育研究提供依据,可以区分出黄瓜和番茄寄主上的多主棒孢菌。

rDNA-ITS2应用于赤眼蜂分子鉴定的研究

本研究通过对拟澳洲赤眼蜂 Trichogramma confusum、甘蓝夜蛾赤眼蜂 T. brassicae、广赤眼蜂 T.evanescens、食胚赤眼蜂 T. embryophagum,及松毛虫赤眼蜂 T. dendrolimi的 6个地理种群的 r DNA- ITS2进行克隆测序 ,又运用软件 DNAStar的 Meg Align程序对不同赤眼蜂属间、赤眼蜂属种间、同种不同地理种群之间以及同一赤眼蜂个体不同拷贝之间的 ITS2序列的遗传分歧及相似性进行了分析。结果表明 :赤眼蜂属与外群 ITS2序列的遗传相似性很低、赤眼蜂属内不同种之间 ITS2序列保守性适中、种内或不同地理种群之间以及同一个体不同 ITS2拷贝间非常保守。说明

不同地区不同生境按蚊种群的分子鉴定及rDNA-ITS2序列分析

对采自安徽、江苏、湖南、广西、云南及海南等地区的人房、牛棚、稻田、山区等不同生境的按蚊，按照文献合成引物，用PCR方法进行分子鉴定；并对各种群的ITS2序列测序后，与GenBank所得赫坎按蚊复合体近缘种群按蚊的ITS2序列进行比对分析。结果显示，采集的不同地区不同生境的按蚊均为中华按蚊，此次采集没有采到嗜人按蚊；现场的中华按蚊与凉山按蚊、贵阳按蚊和昆明按蚊的同源性为80．6％～83．1％．与嗜人按蚊和雷氏按蚊的同源性为75．2％～76．2％，与最黑按蚊和带足按蚊的同源性稍低，为63．2％～64．6％。系统发育树显示：所有的序列样本形成了两个分支，来自现场的按蚊处在同一分支且差异小。

巴戟天与常见混伪品的rDNA-ITS序列分析及其分子鉴定

目的比较巴戟天与常见混伪品之间的rDNA-ITS碱基序列的差异及其规律,同时为巴戟天及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记.方法对巴戟天及其常见混伪品的rDNA-ITS进行了PCR扩增、测序,并运用CLUSTAL X、MEGA软件对该区进行序列分析.结果测定了巴戟天及其混伪品的rDNA-ITS区序列,包括ITS1、5.8S和ITS2全长序列以及18S、26S部分序列.巴戟天与假巴戟天、羊角藤在ITS1和ITS2区的差异性分别为2.9%～5.8%和2.9%～4.2%,而与虎刺在ITS1和ITS2区的差异性则为21.2%和18.9%.根据ITS序列特征构建的系统树,混伪品假巴戟天与羊角藤首先聚类,然后与巴戟天聚在一起,而虎刺则单独聚为一支.结论rDNA-ITS序列可作为巴戟天与混伪品的一种较好的分子指纹图谱的标记方法.

降香黄檀木材DNA提取及rDNA-ITS序列条形码分子鉴定

以不同产地人工林中采取的降香黄檀(Dalbergia odorifera T.Chen)木材为研究对象,提取并扩增不同温度处理后的降香黄檀心、边材DNA和ITS片段,分析不同温度处理对降香黄檀木材DNA提取和PCR扩增的影响;对不同产地的降香黄檀木材及其近缘种多裂黄檀(Dalbergia rimosa Roxb)木材的rDNA-ITS序列进行测定和差异分析。结果表明,25℃和65℃热处理后的木材DNA呈不同程度的弥散分布,105℃热处理后的木材DNA降解成250bp以下的小片段;不同温度处理后的降香黄檀木材,仅有25℃处理后的木材ITS片段能够被成功地扩增。降香黄檀和多裂黄檀ITS序列共存在6个变异位点且ITS2区变异大于ITS1区,聚类分析结果可以将降香黄檀及其近缘种多裂黄檀木材区分开来,为利用ITS条形码序列鉴定降香黄檀木材及其常见混伪品提供理论依据。

河南部分地区奶牛肠道纤毛虫感染情况及分子鉴定

为了明确奶牛肠道纤毛虫的感染情况及其人兽共患风险,从河南省不同地区8个集约化奶牛场中采集462份新鲜粪样,采用粪便直接涂片法镜检和基于18S rDNA和ITS1-5.8S rDNA-ITS2序列对样品中纤毛虫感染情况和分子特性进行了鉴定。结果显示,奶牛粪便中存在有槽巴克斯顿纤毛虫和结肠小袋纤毛虫,其中有槽巴克斯顿纤毛虫感染率为29.9%,成年牛感染率显著高于其他年龄段奶牛(P<0.01);结肠小袋纤毛虫感染率为3.9%,不同年龄段感染率差异不显著(P>0.05),8份样品为有槽巴克斯顿纤毛虫和结肠小袋纤毛虫混合感染。未从奶牛粪便中检出瘤胃内纤毛虫,说明奶牛瘤胃内的共生纤毛虫不随粪便排出体外。研究结果为集约化奶牛场纤毛虫病的防控提供了重要的基础数据。

基于计算机筛选与分子模拟技术的宁夏肉牛血红蛋白源抗氧化肽的鉴定

采用3种酶解法(碱性蛋白酶(E1组)、胃蛋白酶+胰蛋白酶(E2组)、碱性蛋白酶+胃蛋白酶+胰蛋白酶(E3组))制备宁夏肉牛血红蛋白酶解产物,并筛选出抗氧化活性最佳组分;利用氨基酸分析和液相色谱-串联质谱鉴定分子质量<3 kDa酶解产物的氨基酸组成和序列,利用计算机分析技术筛选出潜在的抗氧化肽,并验证其活性;通过分子模拟技术进一步研究宁夏肉牛血红蛋白抗氧化肽的作用机理。结果表明,E3组酶解效果最佳,超滤后<3 kDa的组分表现出更佳的抗氧化活性(1,1-二苯基-2-三硝基苯肼(1,1-diphenyl-2-picrylhydrazyl,DPPH)自由基和2,2’-联氮-双(3-乙基苯并噻唑啉-6-磺酸)(2,2’-azino-bis(3-ethylbenzothiazoline-6-sulfonic acid),ABTS)阳离子自由基清除率的半数抑制浓度(half maximal inhibitory concentration,IC_(50))分别为(18.382±0.023)mg/mL和(0.246±0.012)mg/mL);E3(分子质量<3 kDa)组富含疏水性和芳香族氨基酸,且鉴定和筛选出4条活性最佳的抗氧化肽,氨基酸序列分别为DWGHSW、VFYPW、GTGW和TYFPHF;其中,VFYPW表现出最高的DPPH自由基清除率(IC_(50):(0.350±0.013)mg/mL)和ABTS阳离子自由基清除率(IC_(50):(9.482±0.122)μg/mL),其次为DWGHSW;氢键和疏水作用使DWGHSW和VFYPW与Keap1蛋白(PDB ID:2FLU)形成稳定的复合物。该研究可为宁夏肉牛血红蛋白肽作为天然源抗氧化补充剂的应用提供理论依据,有助于宁夏肉牛血液资源的高值化利用。

4种乳菇属真菌的形态学与rDNA-ITS鉴定

为明确内蒙古赤峰地区常见有毒乳菇种类,准确、快速地识别有毒乳菇,将采集的4个乳菇属Lactarius真菌标本采用传统形态学分类方法进行鉴定,同时提取子实体DNA,使用真菌通用引物ITS1/ITS4进行PCR扩增,用Blast对扩增产物纯化测序所得的序列进行比对,采用MEGA5.1软件构建系统发育树确定属和种。结果表明,2种方法鉴定结果一致,标本CFSZ10167为毛头乳菇[Lactarius torminosus(Schaeff.)Pers.],标本CFSZ10216为绒边乳菇[Lactarius pubescens(Fr.ex Kronbh.)Fr.],标本CFSZ13021为灰褐乳菇[Lactarius pyrogalus(Bull.)Fr.],3种均为胃肠炎型毒菌,CFSZ10044为皱乳菇(Lactarius ruginosus Romagn),为中国新记录种,主要特点是菌盖棕褐色、浅褐色,有绒质感,盖缘呈齿状,孢子球形具小刺,食毒不明。对4个种的形态学特征进行了详细描述,并附有生境图片和显微图像,研究结果为乳菇属物种鉴定和资源分布提供了重要补充,并为常见毒菌识别提供了理论依据。

rDNA-ITS序列在吸血蠓分子鉴定中的应用研究

以海南、福建等省常见库蠓为研究对象,构建基于ITS的吸血库蠓成虫分子鉴定体系。共24种库蠓的72条序列用于比较分析、遗传距离和系统发育分析显示:24种库蠓的种间遗传距离为0. 05～0. 39,平均遗传距离0. 25;种内遗传距离为0～0. 13,平均遗传距离0. 07。种间遗传距离为种内遗传距离的3. 57倍,表明ITS基因具有较大的种间甚至种内变异性,是理想的靶标基因,可作为库蠓种类鉴定的分子标记。

橄榄仁抗氧化肽的分离鉴定及分子对接

该研究利用酶解法结合凝胶色谱柱从橄榄仁中分离纯化得到6个抗氧化肽,采用分子对接模拟6种抗氧化肽与超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)的结合机制。采用酶解法从橄榄仁中提取抗氧化活性肽,以水解度、DPPH自由基清除率为指标,从6种商用酶中筛选出最适蛋白酶为木瓜蛋白酶,以底物浓度、酶底比、酶解时间、温度进行单因素试验,选取影响酶解反应的3个因素(酶底比>温度>时间)进行响应面法优化得出最佳工艺条件为底物质量浓度50 g/L、酶底比为3.3%(质量分数)、温度20℃、时间88 min。对最优条件下的粗肽液进行SephadexG-25和SephadexG-15分离纯化得到6个具有良好活性的抗氧化肽,分别为WLSF、TSVLR、LVYLVR、AGGKPFQ、YYPFKGFA、AFNVDERLAR。TSVLR显示出最高的DPPH自由基清除活性81.07%和羟自由基清除能力42.48%。分子对接研究表明,纯化的肽通过疏水效应和氢键与抗氧化相关的关键蛋白SOD有效结合。结果表明,橄榄仁可作为天然食物来源制取功能性食品的一个新的探究方向。

猕猴桃果实贮藏期主要真菌病害的rDNA-ITS鉴定及序列分析

【目的】对陕西省周至县猕猴桃主栽品种‘华优’、‘海沃德’及‘秦美’贮藏期霉烂果实中的病原菌进行分离与鉴定,分析比较病原菌rDNA-ITS序列的差异和种内与种间群体分化状况,确定优势菌,为病害防治提供依据。【方法】采用病原菌形态鉴定与rDNA-ITS鉴定相结合的方法,确定引起猕猴桃霉烂的病原菌种类;通过构建系统发育树,分析病原菌种之间的亲缘关系。【结果】从贮藏期霉烂的猕猴桃果实中共分离出30株病原菌,主要为青霉属(Penicillium)、木霉属(Trichoderma)、交链孢霉属(Alternaria)、毛霉属(Mucor)、拟青霉属(Simplicillium)等5个属。其中青霉属(Penicillium)19株占63.3%,为优势菌,包括Penicillium sp.、Penicillium chrysogenum、Penicillium paneum、Penicillium purpurogenum和Penicillium commune;木霉属(Trichoderma)8株占26.7%较次之,包括Trichoderma longibrachiatum和Trichoderma sp;交链孢霉属(Alternaria)、毛霉属(Mucor)、拟青霉属(Simplicillium)各1株,各占3.3%;聚类分析表明,30株病原聚为五大类群。【结论】引起陕西省周至县‘华优’、‘海沃德’和‘秦美‘猕猴桃贮藏期果实霉烂优势病原菌为Penicillium sp.、Penicillium chrysogenum、Penicillium paneum、Penicillium purpurogenum和Penicilliumcommune;rDNA-ITS区序列在青霉菌属内种间差异鉴别具有较高的参考价值。

rDNA-ITS在植物病原真菌分子检测中的应用

文章综述了rDNA序列结构特点及ITS序列在植物病原真菌的分类鉴定、分子检测、病害诊断及土壤中病原真菌的检测方面的应用,并对其应用前景进行了评述。

次郞甜柿炭疽病菌的分离鉴定及其rDNA-ITS序列分析

为了给生产中柿树次郎甜柿炭疽病的诊断及防治提供理论指导,通过组织分离法和单孢分离法从感病次郞甜柿的果实和嫩梢中获得了2个分离物,菌落及孢子形态特征显示该分离物为炭疽菌。以通用引物ITS6和ITS4,通过PCR扩增,获得了rDNA-ITS基因片段。测序结果显示,从柿的果实和嫩梢分离获得的染病次郎甜柿分离物ITS序列完全一致,片段大小为598 bp,该片段与感病浙江无核柿(AY787483)和新西兰分离物(GQ329690)的同源性分别为100%和99.8%。系统进化树分析结果显示,染病次郎甜柿分离物与浙江无核柿(AY787483,AY791890)和新西兰分离物(GQ329687,GQ329688和GQ329690)处在同一分支,据此,将该病原物鉴定为柿树炭疽菌Colletotrichum horii,并将其ITS基因序列提交到GenBank数据库(基因登录号:JQ957543)。

豇豆根腐病病原分离鉴定及其核糖体rDNA-ITS序列分析

采用形态学及分子生物学的方法对采集自武汉的豇豆根腐病分离物进行形态学和分子生物学鉴定。结果表明,菌株JGF形态学上为茄腐皮镰孢菌;对JGF菌株的核糖体RNA基因内转录间隔区(rD-NA-ITS)进行了PCR扩增和序列测定,并在GenBank中进行了Blast搜索和比对分析,根据rDNA-ITS序列分析结果结合豇豆病株症状和病菌的形态学特征,认为武汉地区豇豆根腐病的病原菌为茄腐皮镰孢菌(Fusarium solani Schl.)

rDNA-ITS序列分析法鉴定桑椹菌核病病原菌

采集四川南充、绵阳、乐山等地果桑园中的真菌12株,利用ITS引物扩增并进行测序,构建系统进化树,分析12个真菌样品与已知物种的亲缘关系。结果表明,12个真菌样品扩增出的目的条带长度为500 bp,J1、J2、J3、J4、J5、J7、J8、J12菌株与桑实杯盘菌(Ciboria shiraiana)的序列相似度最高,J6、J9菌株与小核盘菌(Sclerotinia minor)的序列相似度最高,J10菌株与肉阜状杯盘菌(Ciboria carunculoides)的序列相似度最高,J11菌株与桑椹核地杖菌(Scleromitula shiraiana)的序列相似度最高,且序列比对分析结果同传统形态学鉴定结果完全一致。2种方法相结合最终得出结论:J1、J2、J3、J4、J5、J7、J8、J12菌株为桑实杯盘菌;J6、J9菌株为小核盘菌;J10菌株为肉阜状杯盘菌;J11菌株为桑椹核地杖菌。与传统形态学鉴定法相比,rDNA-ITS序列分析法具有准确度高,不受真菌样品生长情况、地理环境影响等优点,可避免因形态特征掌握不足而导致的不确定性,2种方法相结合在真菌鉴定中会有更广泛、更深入的应用。

海南岛象耳豆根结线虫的种类鉴定及其rDNA-ITS序列分析

【背景】植物根结线虫病是世界性分布的土传病害,常造成农作物的重大经济损失。目前分布于热带亚热带区域的象耳豆根结线虫,由于其致病性和分子特征以及与植物互作关系的独特性,被认为是一种对农作物具有潜在危害性的重要病原根结线虫,因而引起国内外植物寄生线虫学者的广泛关注。【方法】用形态学、同工酶技术和分子生物学技术相结合的方法,对从海南岛农作物上采集到的10个根结线虫纯化种群进行分类鉴定。【结果】象耳豆根结线虫在海南岛大面积栽培的10种农作物和南药植物,包括黄瓜、南瓜、苦瓜、丝瓜、葫芦瓜、辣椒、番石榴、海巴戟、沈香和丁香上均有寄生,其形态学、酯酶表型和mtDNA-PCR扩增产物均有别于常见的根结线虫种类;用引物18S和28S扩增象耳豆根结线虫种群的rDNA-ITS区序列,并对其进行克隆、测序和比对分析,结果表明,象耳豆根结线虫4HBJ种群分别与南方根结线虫、爪哇根结线虫和花生根结线虫的同源性均仅为88%左右。【结论与意义】本文准确鉴定了象耳豆根结线虫,首次阐述其对海南岛多种农作物的致害性;阐释了象耳豆根结线虫的形态和分子特征,并明确了其与3种常见根结线虫的系统发育关系。本研究对今后进一步开展象耳豆根结线虫的基础研究和防治工作具有重要参考价值。

云南蓝莓枝干溃疡病病原菌鉴定及rDNA-ITS序列分析

自2010年云南省昆明市周边及丽江市蓝莓商业化种植区发生了一种蓝莓新病害,典型症状为茎干和枝条枯萎死亡,发病早期部分枝条和叶片枯萎但不脱落,韧皮或木质部横切面呈轻棕黄色或灰黑色变色.采用温室接种致病性测定、形态及分子鉴定等方法对蓝莓枝干溃疡病病原进行研究.结果表明：从各种植区采集病样15份,分离获得来自蓝莓病株茎干、枝等器官的15个生长较一致的真菌分离物;致病性试验证实,均为蓝莓枝干溃疡病病原菌;经形态学鉴定为Botryosphaeria dothidea,利用ITSI-5.8S-ITS4进行PCR扩增,并将测序结果在GenBank中进行同源性比对分析显示,其序列分析结果与B.dothidea的同源性为99％ ～100％,分子鉴定与形态学鉴定结果一致.该病原菌在蓝莓果树上的危害在云南省内尚属首次报道.

湖北省66份小麦品种(系)赤霉病抗性鉴定与分子检测

赤霉病是由禾谷镰刀菌引起的小麦穗部病害,严重危害小麦生产,抗赤霉病品种选育是减轻其危害的重要途径之一。本研究以湖北省不同时期审定的59个小麦品种和选育的7份优异品系为材料,采用喷雾接种对其进行田间赤霉病抗性鉴定,并利用抗性基因Fhb1功能性分子标记和主效抗性基因(Fhb2、Fhb4、Fhb5和QFhs.crc-2DL)连锁分子标记对供试材料进行检测,分析其遗传分布和利用状况;同时分析湖北小麦品种(系)赤霉病抗性、株高和小穗密度等性状年代间的差异。结果表明,16份供试材料赤霉病抗性水平达到中抗,占比24.2%,以810619品系抗性最好,病情指数略低于苏麦3号;42份材料达到中感,占63.6%。分子检测结果显示,仅鄂T45048携带Fhb1;鄂麦11、鄂麦18和810619等29份材料(43.9%)可能携带Fhb5和QFhs.crc-2DL单个或2个抗性基因,说明这2个抗性基因在湖北小麦赤霉病抗性育种中得到了较多应用。赤霉病抗性与株高的相关性分析结果显示,近15年湖北小麦品种株高持续降低,但其与赤霉病抗性无显著相关。研究结果为明确湖北小麦品种赤霉病抗性水平和分子遗传基础提供了参考。

SNPs分子标记在地方品种鸭鉴定中的应用

为建立利用分子标记鉴定高邮鸭等优异地方品种资源的方法,研究在全基因组范围内比较分析高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭、北京鸭等多个地方品种鸭遗传变异信息,筛选高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭品种特异性SNPs分子标记组合,基于贝叶斯定理计算SNPs分子标记组合鉴定概率,建立地方鸭品种鉴定方法。结果显示:获得高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭品种特异性SNPs分子标记数分别为7个、8个和6个,针对上述SNPs位点分别设计引物,共21对引物,选用不同引物组合,经PCR反应和测序鉴别鸭品种,鉴定准确率100%,利用贝叶斯公式计算品种内任意基因型及其组合的鉴定准确概率,其中任意对基因型鉴定准确概率最低为71.94%。综上所述,研究成功筛选到高邮鸭、绍兴鸭、建昌鸭特异性分子标记,并建立操作简便、准确性高的品种鉴定方法,为地方鸭种质资源鉴定提供可靠的分子鉴定手段。