不同地理种群美洲斑潜蝇及近缘种的rDNA-ITS1序列分析和比较

目的通过对美洲斑潜蝇Liriomyzasativae Blanchard不同地理种群及近缘种间的核糖体DNA第一内转录间隔区（rDNA-ITS1）进行比较,分析美洲斑潜蝇不同地理种群间的遗传分化情况,并为美洲斑潜蝇与近缘种间提供分子鉴别标记。方法用PCR产物直接测序法及克隆测序法对我国美洲斑潜蝇8个地理种群的rDNA-ITS1序列进行测序,并调用GenBank中3个近缘种的rDNA-ITS序列,运用软件MEGA3.1对美洲斑潜蝇不同地理种群及近缘种间的rDNA-ITS1序列进行分析。结果美洲斑潜蝇8个地理种群间的分化程度较低,只有8个变异位点,遗传距离都在0.02以下,但4个近缘种间的碱基差异显著,遗传距离为0.149-0.390,有126个变异位点,12个美洲斑潜蝇特异性识别位点。结论虽然基于rDNA-ITS1序列所显示的美洲斑潜蝇各地理种群之间的遗传分化很小,但是其分化趋势与地理分布基本相吻合;得到的12个特异性识别位点不仅可以作为美洲斑潜蝇与其近缘种间鉴别的分子标记,而且可为今后设计鉴别性PCR引物提供重要的参考依据。

云贵两省三地牛带绦虫核糖体rDNA-ITS1序列分析

目的：采用PCR克隆测序方法，对采自贵州省都匀、从江及云南省大理三地牛带绦虫，与台湾桃园牛带绦虫亚洲亚种标本进行比较，为贵州都匀、从江及云南大理牛带绦虫标本鉴别提供分子生物学证据，并进一步探讨牛带绦虫亚洲亚种分类学地位。方法：取贵州都匀株、贵州从江株、云南大理株和台湾桃园株成虫节片，抽提DNA，PCR扩增rDNA-ITS1区段，克隆测序；结合GenBank中已知猪带绦虫rDNA-ITS1序列，构建系统发育树。结果：贵州都匀、云南大理牛带绦虫标本、台湾牛带绦虫亚洲亚种标本的ITS1序列基本一致，同源性达98％～99％；贵州从江牛带绦虫标本ITS1序列与前三者有30个碱基差异，与台湾桃园、贵州都匀和云南大理同源性均为97％。系统发育树显示：贵州都匀和云南大理牛带绦虫标本与台湾牛带绦虫亚洲亚种标本的遗传距离最接近，距贵州从江牛带绦虫标本较远，与猪带绦虫则更远。结论：（1）贵州都匀和云南大理牛带绦虫标本属于牛带绦虫亚洲亚种，贵州从江牛带绦虫标本属于传统牛带绦虫。（2）rDNA-ITS1序列分析可以用于牛带绦虫亚洲亚种与传统带绦虫分类学研究。

我国西部6省9地牛带绦虫rDNA-ITS1序列测定及分析

目的利用分子生物学技术鉴定我国6省9地是否存在牛带绦虫亚洲亚种。方法取成虫标本孕节2-3片,酚氯仿法提取DNA,PCR法扩增rDNA-ITS1片段,并纯化、克隆此片段后作序列测定。利用BioEdit,clustalx,PHYLIP,Treeview软件处理后构建系统发育树。结果广西融水（RS）、宾阳（BY）牛带绦虫标本与贵州都匀（DY）,云南大理（DL）牛带绦虫标本序列基本一致,同源性为98%-99%;新疆乌什（WS）、西藏拉萨（LS）、内蒙古（NM）、云南西双版纳（BN）牛带绦虫标本与贵州从江（CJ）牛带绦虫标本序列基本一致,同源性为98%-99%。系统发育树显示：RS、BY、DL和DY标本遗传距离较近;WS、LS、CJ、NM和BN标本遗传距离较近。而两组间遗传距离较远。结论RS、BY、DL和DY四地存在牛带绦虫亚洲亚种;WS、LS、CJ、NM和BN五地存在传统牛带绦虫。

内蒙古蚋类rDNA-ITS1序列分析

对内蒙古2属4亚属7蚋种rDNA-ITS1长度及序列变异进行分析。陆氏后克蚋和长鞭纺蚋的ITS1长340nt左右,宽跗副布蚋、辽宁蚋、内蒙蚋、纳克蚋和红头厌蚋的ITS1长约100nt。陆氏后克蚋的ITS1长度,可作为将后克蚋属归为蚋族的一个佐证。宽跗副布蚋的ITS1序列与近来LaRue等提出的蚋类ITS1存在由8个短保守区构成的39nt核心的这一结论仅部分相符,提示该结论的适用范围有一定限制。

芒果食叶象甲的生物学特性及其rDNA-ITS1序列特征分析

基于前期对百色地区芒果食叶象甲种类与为害调查的基础上,对为害指数较高的芒果切叶象甲、芒果蓝卷叶象和绿鳞象甲进行了生物学特征观察,通过掌握其生活史和生活习性,以期为百色地区芒果象甲为害的监测与防治提供一定的借鉴。对13头芒果食叶象甲rDNA-ITS1基因序列进行测序与分析,结果表明:13头象甲rDNA-ITS1序列长度为988~1240 bp,其中,A+T含量(64.37%~74.89%)显著高于G+C含量(25.11%~35.63%),表现出明显的A+T偏好性特点;NJ进化树将13头象甲分为2大类群,其中,象甲1-4、1-6与其他象甲的亲缘关系较远而聚类为1个分支,象甲1-2单独为1个亚类群,其余10头象甲的亲缘关系较近而聚类为另1个亚类群。rDNA-ITS1基因序列能够真实地反映出芒果食叶象甲之间的相似性与遗传分歧,适于今后开展芒果象甲分子生物学相关研究。

磁共振T1rho序列、T2 mapping技术在膝关节早期软骨退变早期诊断中的评估价值

目的探讨磁共振T1rho序列、T2 mapping技术在膝关节早期软骨退变早期诊断中的评估价值。方法选取2020年1月至2022年11月在我院治疗的110例膝关节早期软骨退变患者(观察组),按照疾病严重程度分为轻度退变组及重度退变组,另选取同期在我院进行体检的64例健康者为对照组,受试者均行磁共振T1rho序列、T2 mapping技术扫描,测量受试者T2值及T1ρ值,探讨磁共振T1rho序列、T2 mapping技术在膝关节早期软骨退变早期诊断中的评估价值。结果观察组股骨外侧面、股骨内侧面、胫骨外侧面、胫骨内侧面、髋骨面T2值均明显高于对照组(P<0.05),重度退变亚组患者股骨外侧面、股骨内侧面、胫骨外侧面、胫骨内侧面、髋骨面T2值显著高于轻度退变者(P<0.05);观察组股骨内踝负重区、股骨内踝非负重区、股骨外踝负重区、股骨外踝非负重区、胫骨外侧平台区、胫骨内侧平台区、髌后软骨区磁共振T1ρ值明显高于对照组(P<0.05),重度退变亚组患者股骨内踝负重区、股骨内踝非负重区、股骨外踝负重区、股骨外踝非负重区、胫骨外侧平台区、胫骨内侧平台区、髌后软骨区磁共振T1ρ值明显高于轻度退变亚组患者(P<0.05);磁共振T1rho序列在膝关节早期软骨退变中早期诊断及严重程度评估中的的诊断ROC值及特异度明显高于T2 mapping技术(P<0.05),但后者具有更高的敏感度(P<0.05)。结论磁共振T1rho序列、T2 mapping技术均能有效反映膝关节早期软骨退变中软骨组织学成分变化情况,还可为膝关节软骨退变严重程度评估提供客观依据,二者具有一定互补价值。

HIV-1整合酶基因序列分析方法验证

目的 验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法 根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基因片段,并测序。通过与病毒质量保证(VQA)共识进行比对,评估实验室自建的HIV-1整合酶基因序列分析方案的准确性,通过扩增成功率评估其灵敏度,通过同一样本的重复检测结果评估其精密度和重现性。结果 20份样本与VQA共识的核苷酸一致率均>98%;10个高病毒载量(>10 000拷贝·mL^(-1))样本和5个低病毒载量(1 000~5 000拷贝·mL^(-1))样本的扩增成功率均为100%;4个样本的同批次5复孔和5个样本5次检测的结果均符合90%的样本配对比较核苷酸一致率>98%的要求。结论 该HIV-1整合酶基因序列分析方法的准确性、灵敏度、精密度和重现性均符合要求,适用于HIV-1整合酶基因序列分析。

上皮细胞转化序列2通过调控p33生长抑制因子1表达影响食管鳞状细胞癌细胞的体外转移活性

目的探讨上皮细胞转化序列2(ECT2)与p33生长抑制因子1(p33ING1)的表达水平对食管鳞状细胞癌(ESCC)细胞转移活性的影响。方法采用免疫组织化学法和免疫印迹法检测食管鳞癌组织和癌旁组织中ECT2和p33ING1的表达情况。将人食管鳞癌细胞系KYSE140细胞分为4组:空白组、阴性对照组(pcDNA 3.1 NC)组、过表达组(pcDNA 3.1 ECT2)和抑制表达组(si ECT2)。采用MTT法和细胞集落形成实验研究细胞的增殖和生长能力,Transwell实验和划痕实验研究细胞的侵袭和迁移能力,并用流式细胞术检测细胞凋亡率和细胞周期,Western blotting检测ECT2对p33ING1蛋白的影响。结果在食管鳞癌组织中ECT2表达增加,p33ING1表达降低。过表达ECT2能够显著增加KYSE140细胞的生长、集落形成、迁移以及侵袭能力,并能降低KYSE140细胞的凋亡率和p33ING1的表达;此外,抑制ECT2表达后能够逆转上述变化。结论ECT2高表达能够促进食管鳞癌KYSE140细胞的生长、转移,并抑制其凋亡,其机制可能与ECT2能够抑制p33ING1表达相关。

基于rDNA-ITS序列的不同来源蜜环菌分类及生物学特性研究

为掌握不同来源的19株蜜环菌的(Armillaria spp.)的分类地位及生物学特性,对蜜环菌的rDNA-ITS进行测序及系统发育树分析,并对菌索分枝数、生物量和总萜的含量进行测定。结果表明,19株蜜环菌中,12株为蜜环菌狭义种(A.mellea),2株为芥黄蜜环菌(A.sinapina),1株为头柄蜜环菌(A.cepistipes),1株为高卢蜜环菌(A.gallica),1株为奥氏蜜环菌(A.ostoyae);19株蜜环菌只有15株在PDA培养基上能形成菌索,其中,菌株MC1、MC8、MC4、MC7和MA2的菌索分枝较多,菌株MA2、MB1和MC7的生物量较大,菌株MC5的总萜含量最高。因此,19株蜜环菌通过rDNA-ITS序列可以区分为不同的种类,根据菌索的生长特征,MA2和MC7是较优良的菌株,而菌株MC5是提取总萜的优良菌株。

鸡群中鸡传染性贫血病原与抗体检测及分离株VP1基因序列分析

为了解鸡群中鸡传染性贫血病毒(CAV)感染及抗体产生情况,从黑龙江省两个无临床症状鸡群(B群和S群)中,分别采集血清通过ELISA方法进行抗体检测,采集抗凝血并分离淋巴细胞,针对基因组保守序列设计引物,通过PCR方法进行病原检测,并对从B群病原阳性鸡分离到的分离株进行VP1基因序列分析。结果显示,B群和S群CAV抗体阳性率分别为62.7%(79/126)和68.2%(88/129),病原阳性率分别为43.0%(49/114)和62.3%(48/77),其中,B群和S群中抗体和病原双阴性的鸡分别为23.7%(27/114)和15.6%(12/77),而抗体和病原双阳性的鸡分别高达28.1%(32/114)和46.8%(36/77);在双阳性鸡中,B群和S群分别有62.5%(20/32)和58.3%(21/36)抗体滴度在1.0×10^(4)及以上,从B群病原阳性鸡全血中分离到一株CAV(HLJ/2022株),分离株HLJ/2022第394位氨基酸为谷氨酰胺,具有强毒的分子特征;两个鸡群的环境拭子CAV阳性率为10.0%(3/30),存在于消毒前的鸡蛋表面、更衣处和鞋底。研究表明,检测鸡群的CAV抗体阳性率在62.7%以上,病原阳性率在43.0%以上,抗体滴度在1.0×104及以上CAV仍可存在,CAV流行株(HLJ/2022)具有强毒分子特征,鸡群环境中存在CAV污染,结果为CIA防控提供重要的参考意见。

海南地区螺旋粉虱种群mtDNA-COI和rDNA-ITS1基因的序列及系统发育分析

螺旋粉虱Aleurodicus dispersus Russell在海南是一种重要的农林害虫。本研究对海南地区不同螺旋粉虱种群的mtDNA-COI和rDNA-ITS1基因片段进行了测定并对其系统发育进行了分析。mtDNA-COI和rDNA-ITS1的序列比较发现,海南16个县市螺旋粉虱种群的mtDNA-COI序列基本一致,只有文昌番石榴Psidium guajava种群的序列发生变异,在476 bp位点的碱基C突变为碱基T。不同螺旋粉虱种群的rDNA-ITS1序列也无差异。基于mtDNA-COI序列的不同螺旋粉虱种群的系统发育树表明,已传入我国海南地区的螺旋粉虱未发生明显的遗传分化;研究还发现海南的螺旋粉虱种群与台湾的种群遗传距离最近,表明海南地区的螺旋粉虱可能由台湾传入的。基于mtDNA-COI和rDNA-ITS1序列构建的不同粉虱种群的系统发育树表明,粉虱科分为复孔粉虱亚科(Aleurodicinae)和粉虱亚科(Aleyrodinae),这一结果与其他研究结果一致。

菱角萤叶甲不同地理种群及近缘种rDNA-ITS1基因序列初步分析

通过对我国菱角萤叶甲Galerucella birmanica Jacoby6个地理种群和褐背小萤叶甲Galerucella grisescens Joannis扬州种群的核糖体DNA第1内转录间隔区(rDNA-ITS1)的测序,并调用GenBank中该属其它4种昆虫的同源序列,运用软件DNAStar的MegAlign程序对小萤叶甲属种间、同种不同地理种群之间的ITS1序列的遗传分歧及相似性进行了分析,运用Mega3.0软件建立系统发育关系。序列分析结果表明,rDNA-ITS1基因在小萤叶甲属昆虫中进化速度较快,种下具有一定的差异,种间差异明显。该基因适合小萤叶甲属种间和种下的分类鉴定研究。进化树显示,菱角萤叶甲泰安种群和扬州种群形成一个分支,益阳种群和新余种群形成一个分支,苏州种群和上海青浦种群形成一个分支,这一现象说明6个地理种群的菱角萤叶甲分化与寄主和地理距离之间具有较高的相关性。

北京地区猫杯状病毒的分离鉴定及VP1基因序列分析

为了解猫杯状病毒(FCV)新流行毒株的流行情况、变异特点及致病性,通过收集2016-2022年4月北京地区多家宠物医院就诊疑似感染FCV的猫眼、鼻、咽拭子进行RT-PCR检测和分离培养,对分离到的5株FCV进行病毒含量测定、VP1基因序列分析,并对其中1株进行致病性试验。结果显示,2018-2022年4月阳性率分别为36.98%、34.30%、41.33%、40.46%和34.39%,总阳性率为37.93%。5株FCV分离株VP1基因核苷酸和氨基酸同源性分别为74.1%~85.4%和83.6%~91.0%;5株FCV分离株与国内疫苗株255株核苷酸和氨基酸同源性分别为74.8%~84.5%和83.7%~91.6%;与国内疫苗株255株、国外疫苗株F9株在不同的小分支上。致病性试验结果显示,猫感染BJH13株FCV后出现精神沉郁、食欲减退、体温升高、体重下降、眼鼻分泌物增多和舌泛红、溃疡等典型感染FCV临床症状;FCV感染猫的舌和肺脏组织病理切片结果显示,FCV侵染猫舌和肺脏并呈典型感染FCV病理特征。以上结果表明,FCV阳性率高;分离株BJH13株致病力强;FCV VP1基因序列变异大,与目前临床使用的疫苗株255、F9株VP1基因存在明显差异,存在疫苗免疫失败的风险。这对现阶段FCV防控带来了巨大挑战,同时为今后的疫苗研发提供了候选毒株和科学依据。

10株巨型艾美球虫rDNA-ITS-1部分序列测定与分析

用一对种特异性引物,对国内10株巨型艾美球虫ITS-1区进行PCR扩增,对扩增产物纯化、测序与分析,并用DNAStar软件对所检测的10株巨型艾美球虫与GenBank中的所有巨型艾美球虫的ITS-1相应序列进行系统发生进化关系分析。结果显示,扬州株、龙岩株和福州株的ITS-1部分序列片段长度为152bp,其余各株均为151bp。10株巨型艾美球虫的同源性为90.7%～100%,在构建的系统发生进化树中分成2大系群,凤阳株形成一个单系群,其余9株为另一系群。虫株间的亲缘关系与地理位置不尽一致,与免疫交叉保护力无相关性。

水稻孤雌生殖诱导基因BBM1序列变异分析

[目的]在水稻卵细胞中异位表达BBM1能够诱导孤雌生殖,挖掘BBM1优异等位变异和功能类似基因对水稻杂种优势固定具有重要意义。[方法]利用383份水稻核心种质的三代测序数据,对BBM1基因进行结构变异分析、序列多态性分析、单倍型分析,并根据序列相似度以及表达模式相似度筛选BBM1功能类似基因。[结果]BBM1基因在3份种质中存在两个拷贝,在2份野生稻中存在微型颠倒重复转座元件(MITEs)插入变异;具有非常明显的籼粳分化,94.80%的粳稻和3.80%的籼稻中BBM1因单碱基变异造成翻译提前终止,缺少26个氨基酸残基;BBM1编码区序列十分保守,绝大多数材料中具有相同的单倍型;筛选到BBM1序列和表达模式相似基因LOC_Os06g44750,其可能具有BBM1诱导孤雌生殖的功能。[结论]明确了水稻中BBM1基因变异情况,挖掘出重要单倍型和功能类似候选基因,为进一步提高水稻孤雌生殖频率奠定基础。

基于Conv1D-LSTM混合模型的长时间序列日最高温预测研究

针对传统方法难以处理高维度数据捕捉气温数据中的非线性模式和复杂动态特征的问题,本文提出一种基于卷积神经网络(Conv1D)与长短期记忆网络(LSTM)相结合的混合模型,用于长时间序列高温预测研究。数据集包含北京市2014年至2023年间的气象数据,包括天气、日最低温、日最高温、风向等特征。通过特征工程处理,将天气和风向特征编码,并对温度特征归一化。构建的Conv1D-LSTM混合模型创新性地融合Conv1D以捕获时间序列中的局部特征,融合LSTM以学习长期依赖关系。与传统模型相比,该混合模型的均方根误差(RMSE)和平均绝对误差(MAE)分别降低约17.3%和20.5%,同时R2分数提高约1.06%,表明该模型具有更高的预测精度和泛化能力。

颅内海绵状血管瘤MRI-SWI T1WI T2FLAIR增强序列检查特征比较观察

目的:探讨磁共振敏感加权成像(MRI-SWI)、磁共振T1加权成像(T1WI)、T2加权成像(T2WI)、T2液体衰减反转恢复序列(T2FLAIR)在诊断颅内海绵状血管瘤中的应用价值。方法:选取延安大学附属医院2019年3月至2023年3月初步诊断怀疑为颅内海绵状血管瘤患者153例作为研究对象,所有患者均在手术前完成了MRI检查,包括MRI-SWI、T1WI、T2WI、T2FLAIR检查,以手术病理学检查结果作为金标准,计算各种MRI检查方式对于诊断颅内海绵状血管瘤的价值。结果:MRI-SWI正确诊断97例海绵状血管瘤患者,共计准确检出病灶数量177个,T1WI正确诊断72例海绵状血管瘤患者,共计准确检出病灶数量121个,T2WI正确诊断77例海绵状血管瘤患者,共计准确检出病灶数量132个,T2FLAIR正确诊断82例海绵状血管瘤患者,共计准确检出病灶数量143个,MRI-SWI对海绵状血管瘤病灶的检出率高于T1WI、T2WI、T2FLAIR(χ^(2)=28.698、P<0.05,χ^(2)=22.299、P<0.05,χ^(2)=16.257、P<0.05);T2FLAIR对海绵状血管瘤病灶的检出率高于T1WI(χ^(2)=7.211、P<0.05);T1WI、T2WI对海绵状血管瘤病灶的检出率差异无统计学意义(χ^(2)=1.676、P>0.05);T2FLAIR、T2WI对海绵状血管瘤病灶的检出率差异无统计学意义(χ^(2)=1.972、P>0.05);T1WI海绵状血管瘤病灶主要表现为混杂信号(43.80%)、其次为低信号(30.58%);T2WI海绵状血管瘤病灶主要表现为混杂信号(49.24%),主要特征为病灶中央呈点状或网格状高信号,周围边缘低信号,称之为“铁环征”,其次为低信号(35.61%);T2FLAIR海绵状血管瘤病灶主要表现为类圆形或者圆形的混杂信号(58.33%),病灶内部显示为爆米花或者网格状,其次为低信号(34.09%);MRI-SWI海绵状血管瘤病灶主要表现为低信号(95.48%),主要显示病灶的周围含铁血黄素区域及瘤体,病灶周边及内部显示片状或点状低信号;T1WI、T2WI、T2FLAIR、MRI-SWI鉴别诊断海绵状血管瘤患者的灵敏度分别为74.23%、79.38%、84.54%、100%,特异度分别为85.71%、83.93%、78.57%、94.64%。结论:颅内海绵状血管瘤患者在接受MRI检查的情况下,MRI-SWI序列较T1WI、T2WI、T2FLAIR序列具有更高的诊断价值。

禽腺病毒4型GZ-B1毒株的Hexon基因序列分析

为了解禽腺病毒4型(FAdV-4)GZ-B1株的遗传进化情况,试验设计合成FAdV-4 Hexon基因的特异引物,对GZ-B1株Hexon基因进行PCR扩增并克隆至pMD-19T载体,基因测序和遗传进化分析。结果:扩增的Hexon基因长度为327 bp,与预期相符。GZ-B1株与国内外13株FAdV参考毒株中的7株FAdV-C毒株同源性较高(95.8%~98.5%),其中与国内强毒株GDMZ、LC1611、SDSG、SDXL同源性最高(均为98.5%),与基因型A、B、D、E的6株参考毒株同源性较低(73.0%~77.5%)。遗传进化树显示,GZ-B1株与基因型A、B、D、E毒株处于不同进化分支,与国内外C基因型毒株处于同一进化分支,表明该毒株与C基因型毒株遗传差异较小,其中与国内C型强毒株LC1611的遗传差异最小,亲缘关系最近。结论:FAdV-4 GZ-B1株属于C基因型、血清4型,与国内流行株FAdV-4 LC1611亲缘关系最近,同源性最高。

山羊睾丸细胞LGALS1基因的克隆及序列分析

为了解山羊LGALS1基因的遗传进化情况,根据NCBI中山羊LGALS1基因序列(登录号:XM_018048739.1)设计1对特异引物,采用RT-PCR技术从山羊睾丸细胞中扩增LGALS1基因,并将其克隆至pMD-19T载体,构建pMD-19T-LGALS1质粒,通过质粒PCR、双酶切和序列测序进行验证,对其核苷酸序列进行比对分析并绘制系统进化树。结果:山羊睾丸细胞LGALS1基因长度为408 bp,编码135个氨基酸。该基因与GenBank中登录的山羊LGALS1编码区序列相似性达100%;与绵羊、羚羊、水牛、牛、人、马、猪、猩猩、虎鲸、猫、驴、大熊猫、家鼠、斑马鱼的核苷酸一致性分别为99.3%、99.0%、97.1%、96.8%、87.3%、87.0%、88.5%、88.5%、90.9%、88.7%、87.0%、86.3%、84.3%、54.6%。系统进化树表明,山羊睾丸细胞LGALS1基因与绵羊、羚羊亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远。结论:试验成功克隆了山羊睾丸细胞的LGALS1基因,不同物种内LGALS1基因高度保守。