枫斗类石斛rDNA ITS区的全序列数据库及其序列分析鉴别

目的 建立枫斗类石斛的rDNAITS区碱基全序列数据库 ,利用该数据库对枫斗类石斛待检种进行准确鉴别。方法 对枫斗类石斛的rDNAITS区进行了PCR扩增、测序 ,运用CLUSTRAL ,MEGA等软件以及枫斗类石斛rDNAITS区全序列数据库对待检种rDNAITS区进行序列分析鉴别。结果 建立了 2 1种枫斗类石斛的rDNAITS区全序列数据库 ,枫斗类石斛在该区的种间差异显著而稳定 ,转换和颠换总数为 11～ 12 2 ,变异位点数为 34 1,信息位点数为195。与外类群植物云南石仙桃间的差异较大 ,转换和颠换总数为 131～ 16 1。枫斗类石斛居群间的差异较小 ,转换和颠换总数为 0～ 6。结论 利用枫斗类石斛的全序列数据库及遗传分析软件 ,通过对待检种rDNAITS区进行序列测定 ,可以成功鉴别属于数据库中枫斗类石斛的待检种。

赤潮棕囊藻(Phaeocystis globosa)rDNA ITS区序列变异与二级结构分析

测定了南海球形棕囊藻香港株P1、P2和湛江株ZhJ1的rDNAITS区序列（含5.8srDNA）,结合GenBank的13条同源序列,比对长度为904bp,变异位点271个,简约信息位点221个,平均（A＋T）（34.5%）〈（G＋C）（65.4%）.藻株P1、P2和ZhJ1序列存在变异位点20个,序列间相似性为97.9%～98.5%.ITS序列在种间和种内的解析度高于18srDNA和28srDNA基因;构建的NJ树、MP树、贝叶斯推断系统树的结构是一致的,不同种类的棕囊藻单独聚类,不同地理来源的球形棕囊藻混杂分布但相同地理来源的藻株多聚类在一起.RNA二级结构显示,不同藻种间5.8srDNA区结构基本一致,表现出属的特异性;ITS1、2区结构表现较大的种间差异,表明ITS区RNA二级结构可为棕囊藻分类鉴定提供有用的分子结构信息.

用PCR法扩增部分粘菌rDNA ITS区

本文研究探讨了用于扩增粘菌rDNA ITS区的引物,自设计了一对新引物,命名为MYITS5和MYITS4(其中MY代表Myxomycetes),引物序列为:MYITS5为5′GGAAGCA-GAAGTCGTAACAAGG3′(Tm=66)和MYITS4为5′TCCTCCGCTGACTAATATGC3′(T_m=60).该引物成功地扩增了粘菌4个目5个种的5份材料,即无丝菌目线膜菌科粉瘤菌属(Lycogala)的粉瘤菌(L.epidendrum)和大粉瘤菌(L.flavofuscum),团毛菌目团毛菌科团毛菌属(Trichia)的网孢团毛菌(T.favoginea),绒泡菌目绒泡菌科绒泡菌属(Physarum)的两瓣绒泡菌(P.bivalve),发网菌目发网菌科发网菌属(Stemonitis)的美发网菌(S.splendens).扩增片段的长度分别为:粉瘤菌约为450bP和245bP,大粉瘤菌约为495bP.美发网菌约为610bp,网孢团毛菌约为585bp,两瓣绒泡菌约为1020bp.这表明粘菌各主要类群(无丝菌目、团毛菌目、绒泡菌目、发网菌目)的rDNA ITS区的核苷酸序列存在明显的变异.产生这种变异的原因可能是由于各类群在进化过程中,在ITS区出现核苷酸片段的缺失或插入造成的.另外,两瓣绒泡菌的扩增片段长度约为1020bP,这与已知序列的多头绒泡菌的ITS区长度(约1000bp)相近,表明该引物的设计是合适的.同时,本文的研究也为粘菌分子生物学和系统学的研究开辟了一条新途径.

苏皖产大戟属药用植物rDNA的ITS序列分析

目的研究苏皖产大戟属内6种药用植物的ITS长度的变异,为探讨大戟属植物的系统演化关系和大戟属植物鉴定提供DNA分子证据.方法利用PCR技术对大戟属植物的rDNA ITS区碱基序列进行测定.结果这6种大戟属植物的ITS1的长度范围为255～262 bp,ITS2的长度范围为214～236 bp.运用Mega2软件进行的系统分析得到大戟属内6种植物的系统进化树.这一分析结果与来自形态学的研究结果相吻合.结论此法可用于大戟属植物种间及真伪品鉴别.

金钱松内生真菌JJ18灭螺活性与菌株鉴定

目的研究金钱松内生真菌JJ18发酵液醇提物杀螺活性和对湖北钉螺糖原和总蛋白的生理生化影响，并进行菌株鉴定。方法按照世界卫生组织（WHO）的杀螺剂浸泡试验法观察不同浓度下JJ18发酵液提取物的灭螺效果，采用蒽酮显色法测定处理后钉螺软体的糖原含量变化，凯氏定氮法测定其蛋白质含量。采用核糖体rDNAITS区序列分析进行鉴定，并进行系统进化分析。结果JJ18菌株发酵液醇提物灭螺效果显著，试验浓度400mg／L作用3d后灭螺率达到100％，与1mg／L氯硝柳胺溶液处理2～3d的灭螺效果相当；经统计分析：72h灭螺的LC50和LC90浓度分别为145．0和311．9mg／L。JJ18发酵液醇提物处理后钉螺软体的糖原含量显著下降，减少幅度从10．42％～28．03％；蛋白质含量的变化不明显。鉴定该菌为黑曲霉。结论金钱松内生真菌JJ18代谢产物的杀螺活性有开发应用的可能性，显示了植物内生真菌是筛选新型灭螺药物的重要资源。

腐烂茎线虫种内群体特异性检测研究

对腐烂茎线虫（Ditylenchus destructor Thorne）7个不同地理群体rDNA中的ITS区进行PCR-RFLP和序列测定,发现种内群体间无论在序列长度还是酶切图谱均存在一定的变异.根据其序列特征设计出种特异性引物,对所供试的腐烂茎线虫群体及属间不同种群体样品的rDNAITS区相应区段扩增以验证其特异性,同时对分别由1～5条腐烂茎线虫成虫和幼虫提取的DNA进行特异性扩增以验证其灵敏度.结果表明：所有供试的腐烂茎线虫群体均可以特异性扩增一个346bp的片段,而所有供试的属外种均没有扩增片段;由1～5条腐烂茎线虫成虫和4～5条幼虫进行的特异性扩增也获得稳定的目的片段.显示该特异性引物具有较高的稳定性、特异性和灵敏度,能快速、准确地检测出腐烂茎线虫.

古尼虫草无性型的分子鉴别

采用PCR技术,以rDNA的ITS区为分子指标,对古尼虫草Cordycepsgunnii的有性和无性阶段进行比较分析,从分子水平上证明古尼虫草的无性阶段是古尼拟青霉Paecilomycesgunnii。

沼生花褶伞rDNA的ITS序列测定及分析

采用分子生物学手段,运用PCR技术,以rDNA的ITS区为分子指标,首次对我国沼生花褶伞的核糖体DNA中的转录间隔区(ITS)序列进行了测定.通过对沼生花褶伞和紧缩斑褶菇的ITS序列进行相似性比对和分析,序列同源性高达84.3%,从分子水平上证明它们具有较近的亲缘关系.

番荔枝科植物鹰爪内生真菌rDNA ITS-PCR扩增条件的优化

探索一种简单、快速的获得番荔枝科植物鹰爪内生真菌rDNA ITS目的片断的方法。采用改良的Rodrigues组织培养表面消毒技术和CTAB法提取植物样品总DNA,利用真核生物通用引物LH2/Sm73扩增rDNA ITS目的片段,正交法优选ITS-PCR扩增条件。PCR反应可同时获得两条600 bp和700 bp产物,分别为植物和内生真菌的rDNA ITS目的片断。改良的组织表面消毒技术可排除外源DNA污染。正交法可快速获得植物内生真菌目的片断。该法简单、快速,为番荔枝科植物内生真菌生物多样性研究提供分子生物学基础。

基于rDNA ITS分析的假高梁鉴定方法

福建出入境检验检疫局部郭琼霞、黄可辉、虞贾和福建农业大学吴珍泉四专家通过对供试的假高粱和同属近似种拟高粱、明福1号的rDNAITS区进行PCR扩增和RFLP分析，结果表明：明福1号、拟高粱和假高粱之间均有850bp左右的条带，而且假高粱在650bp和200bp附近均有两条谱带，而明福1号，拟高粱在650bp和200bp附近只有一条渗透谱带，与测序比对结果一致。