假高粱及其近似种rDNAITS序列同源性分析

根据高粱属核糖体基因转录间隔区 (ITS)序列设计通用引物S9 S3,分别扩增了假高粱及其几个近似种的ITS区段 ,并对PCR产物进行了序列测定和分析。扩增的序列长度为559～ 56 4bp。序列分析的结果表明S .halepense、S .silk、S .vulgare×S .sudanense、S .vul gare、高粱S .bicolor等属于同一聚类组 ,亲缘关系比较近 ,同源性为 97 9%～ 1 0 0 %。S .niti dum和S .versicolor属于另一个聚类组 ,亲缘关系比较近 ,同源性为 97 7%。S .halepense和S .nitidum、S .versicolorITS区序列差异大 ,亲缘关系较远 ,同源性仅为 90 3%。序列分析结果支持S .nitidum属于Parasorghum区组。

基于rDNAITS序列分析莲塘湖萼花臂尾轮虫两种形态型的分类地位

轮虫的周期变形是指种群内出现的轮虫形态随时间推移而发生的周期性变化,包括轮虫个体大小的变化、轮虫后棘刺或后侧棘刺的有无及长度的变化等。广泛存在的周期变形使轮虫的分类更加复杂。利用分子标记对不同形态型轮虫的遗传分化进行研究将有助于正确认识它们的分类地位。为此,研究对采自芜湖市莲塘湖水体中萼花臂尾轮虫(Brachionus calyciflorus)30个有棘刺型(Spined morphotype)的克隆(S1-S30)和18个无棘刺型(Unspined morphotype)的克隆(U1-U18)进行了rDNA ITS序列分析;以十指臂尾轮虫(B.patulus)为外群,构建了48个克隆的系统发生树(NJ、MP、ML和贝叶斯树)。结果表明,所测48个克隆共包括16个单元型。在ITS序列中,T、C、A、G碱基的平均含量分别为28.6%、18.7%、35.9%、16.8%,其中A+T含量为64.5%,C+G含量为35.5%。单元型U12与其他单元型间的序列差异百分比为26.2%-26.6%,平均为26.47%;其中,发生在ITS1、5.8S和ITS2区间的序列差异百分比分别为26.9%-27.8%、2.9%-3.5%和44.4%-45.0%,平均依次为27.27%、3.09%和44.48%。而其他单元型间平均序列差异百分比为0.41%。4个系统树均支持将48个克隆分为2个支系:无棘刺型克隆U12独成一支,无棘刺型的其余克隆与所有有棘刺型克隆构成另一支系。单元型U12与其他单元型应分别属于两个不同的姐妹种;但两种形态型并非不同的亚种或互为姐妹种,它们间的形态差异主要由表型可塑性引起。

中药当归及其混伪品的rDNA ITS序列分析与鉴别

通过对当归及其混伪品中药材rDNA ITS序列的分析,并利用最大简约法构建系统树,试图寻找当归及其混伪品中药材rDNA ITS序列的差异和规律,建立当归与其混伪品药材之间的分子鉴别方法。结果表明：所有材料的ITS序列长度为598~601 bp。ITS1区总位点数为216,38个为简约信息位点（占17.6%）;ITS2区总位点数为225,31个为简约信息位点（占13.8%）。当归各个样品间遗传距离在0.000~0.003之间,当归与混伪品间遗传距离在0.074~0.135之间。当归与混伪品药材间的碱基差异显著,共有13个当归的特异鉴别位点,因此,rDNA ITS序列特征可作为当归及其混伪品药材鉴别的有效分子标记。

东海三叶原甲藻(Prorocentrum triestinum)的形态特征及其ITS序列分析

报道了首次分离于东海海域的三叶原甲藻(Prorocentrum triestinum Schiller)藻株号(LAMB100721),通过利用光学显微镜、荧光显微镜、扫描电镜及分子生物学方法,对其形态特征、显微结构和分子系统进化进行了详尽描述和鉴定。细胞长卵形或披针形,后端细长且尖,前端圆,最宽部位于细胞中央。顶刺长而显,三角状。壳面光滑,无刺或突起物。刺丝胞孔稀疏而不规则地分布于壳面边缘。叶绿体无具体形状,分布于整个细胞中,细胞核球形,位于中下部。老化的细胞可见细胞边缘的间接带,且间接带表面光滑。细胞长为19～25μm,平均值为(22.6±0.9)μm;宽为11～16μm,平均值为(13.2±1.1)μm。所测目标藻株的rDNA ITS序列长度为569bp,其中GC含量为47.6%。三叶原甲藻系赤潮种,为东海原甲藻春季大规模赤潮的伴随种。加强有害赤潮的预防和监测工作是减少危害的有效途径,而对赤潮原因种的准确识别和鉴定则是基础和关键。

甘肃省曲霉菌的RAPD和ITS序列分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)分析和核糖体(rDNA)内转录间隔区(ITS)序列分析方法对14种曲霉进行分类鉴定与系统发育研究。RAPD分析构建的聚类树状图,显示出不同的曲霉种间只在较低的相似性系数聚为一类,这与形态特征分种基本吻合,可以清楚地将不同的种区分开来。ITS序列分析结果表明,形态上相似的6种曲霉之间的绝对遗传距离大于11个碱基,属于种间的差别范围。对相同的供试菌株两技术所反映亲缘关系的趋势相同,也表明了这两种技术用于曲霉亲缘关系分析的种类鉴定具有合理性和可行性。

白花蛇舌草的rDNA ITS序列鉴定

目的 :运用 DNA序列比对鉴定中药材白花蛇舌草的真伪。方法 :收集目前市场上出现的所有白花蛇舌草正伪品样品共 9种 ,分别抽提出 DNA,扩增 r DNAITS- 1区序列 ,比对所有样品的该段核苷酸序列。结果 :白花蛇舌草与其它混淆品在 ITS- 1区的序列有显著差异 ,与同属的其它 3种植物的序列差异在 2 8- 32 bp,与粟米草科 2种植物序列差异分别为 81和 91 bp,与石竹科 3种植物的序列差异最大 ,为 96- 1 0 1 bp。结论 :对于药材白花蛇舌草正伪品的鉴定 ,比较其 r DNA的 ITS区序列是一种行之有效的方法。

白皮松落针病病原菌生物学特性研究及ITS序列分析

[目的]探讨白皮松落针病病原菌的生物学特性。[方法]研究了不同培养基、pH值、温度对其病原菌——白皮松散斑壳菌落生长的影响,并对其ITS序列进行了分析。[结果]病原菌菌丝在4种培养基上均能生长,并以OA上生长最快;菌丝生长适宜pH值为5.5～6.5,最适pH值为6;生长适温为22～26℃,最适温度为25℃。利用通用引物ITS4和ITS5进行PCR扩增,得到的rDNA ITS序列长度为443 bp,其中包括125 bp的ITS1序列、169 bp的5.8S rDNA序列和149 bp的ITS2序列。[结论]为白皮松落针病的准确诊断及分子鉴定提供理论依据。

曲腿龟甲轮虫和热带龟甲轮虫的mtDNA COI基因和rDNA ITS序列差异以及几种龟甲轮虫的系统发生关系

从芜湖市镜湖和汀棠湖中分别采得曲腿龟甲轮虫(Keratella valga)和热带龟甲轮虫(K.tropica)个体,实验室内对其进行克隆培养.运用常规的分子生物学技术,对各30个曲腿龟甲轮虫克隆和热带龟甲轮虫克隆分别进行了mtDNA COI基因和rDNA ITS的扩增、测序和序列分析.以萼花臂尾轮虫轮虫(Brachionus calyciflorus)为外群,结合Genbank上已登录的几条其它龟甲轮虫COI基因和ITS序列,以及测序所得的60个COI基因和ITS序列构建系统发生树(ML、MP、NJ和贝叶斯树).结果表明,曲腿龟甲轮虫和热带龟甲轮虫间COI基因序列差异百分比为24.9%-26.5%,平均为25.7%.曲腿龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-2%,热带龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-1.5%.两种轮虫间ITS序列差异百分比为6.1%-7.6%,平均为7.25%.曲腿龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-1.1%,热带龟甲轮虫个体间序列差异百分比为0-0.7%.基于COI基因序列和ITS序列构建的四个系统树均支持曲腿龟甲轮虫单倍型和热带龟甲轮虫单倍型各自成支.

陕、豫两省苹果炭疽病病原鉴定

【目的】确定引起中国陕、豫两省苹果炭疽病的病原菌种类。【方法】对病原菌进行分离、纯化、致病性测定以及形态学鉴定、rDNA ITS区序列分析、rDNA ITS区特异引物CaInt2/ITS4扩增。【结果】自陕西、河南11个地点采集192份样本,经鉴定引起陕、豫两省苹果炭疽病的病原菌有2种,胶孢炭疽菌[Colletotrichum gloeosporioides(Penz.)Sacc.]和尖孢炭疽菌(C.acutatum J.H.Simmonds)。两种病原菌的区别主要在于分生孢子形态、菌落颜色、对引物CaInt2的特异性等。【结论】首次证实了中国苹果炭疽病可由尖孢炭疽菌(C.acutatum)引起。两种病原菌在陕、豫两省各地区均有分布,其中,胶孢炭疽菌(C.gloeosporioides)所占比例较高。

大蒜干腐病病原菌的分离鉴定

以感病的大蒜品系Z-1001鳞茎为材料,经病原菌分离与单孢纯化,获得F、J、H、G4种纯化菌株。依据病原菌致病性测定,证实F菌株、J菌株为大蒜干腐病主要致病菌株。采用病原菌形态学观察并结合rDNAITS序列分析,鉴定F菌株为尖孢镰刀菌(Fusarium oxysporum Schlecht),J菌株为层生镰刀菌〔Fusarium proliferatum(Matsush.)Nirenberg〕,说明尖孢镰刀菌(F.oxysporum Schlecht)和层生镰刀菌〔F.proliferatum(Matsush.)Nirenberg〕是大蒜干腐病的主要致病菌。

佛手及其近源种香橼rDNA ITS-RFLP初步分析

目的:建立快速的以rDNA ITS序列作为分子标记对佛手及其近缘种香橼的基源植物进行分子鉴定的技术。方法:利用真核生物通用引物扩增rDNA ITS序列并利用限制性内切酶对扩增产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。结果:ITS-RFLP酶切图谱显示可以对佛手和香橼基源植物进行分子鉴定。结论:利用ITS-RFLP方法可很好地快速区分佛手与香橼。

Arthroderma Vanbreuseghemii所致脓癣的病原菌鉴定及药敏分析

目的:利用rDNAITS序列分析结合真菌形态学对1例脓癣的病原菌进行鉴定,并研究其体外对抗真菌药物的敏感性,为临床脓癣病原菌的快速、准确鉴定及治疗提供思路。方法:取患者病发及皮损处脓液进行真菌镜检和培养。提取菌株DNA,利用引物ITS4和ITS5进行PCR扩增,扩增产物测序后在GenBank核酸数据库中进行同源性比对。按照CLSI制定的M38-A方案对此临床分离株进行体外药敏分析。结果:临床分离株的菌落形态为白色粉末状,尿素酶试验阳性,玉米培养基培养无色素产生,毛发穿孔试验可见毛发劈裂。小培养可见大量葡萄状小分生孢子,螺旋菌丝及棒状大分生孢子,rDNA序列比对结果显示此临床分离菌株与Arthroderma vanbreuseghemii有99%同源性,该菌株鉴定为Arthroderma vanbreuseghemii。体外药敏试验显示:特比萘芬MIC<0.0313μg/mL、伊曲康唑MIC1.000μg/mL,伏立康唑的MIC为0.0625μg/mL。以特比萘芬口服250mg/d治疗6周后痊愈。结论:利用rDNA-ITS序列分析结合真菌形态学可快速准确的将脓癣的病原菌鉴定到种;此株Arthroderma van-breuseghemii在体外对特比萘芬最敏感。

海南五指山野生美花兰根部内生真菌研究

美花兰(Cymbidium insigne)为大花蕙兰(Hybrid cymbidium)杂交育种的主要原生种之一,具有极为重要的保护和开发利用价值。内生真菌在兰科植物整个生活史中起着重要的作用。为了解美花兰内生真菌菌群种类,本研究采用组织分离法首次对海南岛五指山地区的野生美花兰根部的内生真菌进行分离,并根据所分离真菌的形态和ITS序列进行鉴定。共分离到内生真菌132株,确定为14属,隶属于半知菌类的Pestalotiopsis 5株,Aspergillus 16株,Penicillium 27株,Trichoderma 13株,Cylindrocarpon 14株,Curvularia 4株,Nigrospora 3株;Nodulisporium 11株,子囊菌门的Chaetomium 3株,Pezicula 1株,Neonectria 6株,Cryptosporiopsis 6株;担子菌门的Tulasnella 9株;Ascomycete sp.9株,因未见产孢暂不能确定其具体分类地位;5株菌(W2-2 1株、W2-6 2株及W6-5 2株)经诱导未见产孢,且其ITS序列与GeneBank中的序列相似性较低,可能是新的属或种。将所得ITS序列提交GeneBank,获得新的登陆号HQ889705-HQ889725。

我国桔梗上一种新病害匍柄霉叶斑病的病原

2013年在内蒙古赤峰市喀喇沁旗发现桔梗匍柄霉叶斑病,该病害在2014–2017年均再次发生。采用单孢分离法在病叶上得到病原菌,于PCA培养基上培养后,在光学显微镜下观察记录病原菌形态学特征。同时将病原菌的rDNA ITS、gpd和EF-1α的PCR产物测序后做BLAST分析。结果表明该菌与桔梗匍柄霉Stemphylium platycodontis基本一致。这是国内桔梗匍柄霉叶斑病的首次详细报道。