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橐吾属药用植物5S rRNA基因间隔区序列与含HPAs植物的鉴别 被引量:5
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作者 张勉 张达治 +2 位作者 许翔鸿 张婷 王峥涛 《中国天然药物》 SCIE CAS CSCD 2005年第1期38-40,共3页
目的对橐吾属Ligularia药用植物的5SrRNA基因间隔区序列进行测定,为含肝毒吡咯里西啶生物碱(HPAs)植物的鉴别提供分子依据。方法对12种橐吾属植物的5SrRNA区序列进行PCR扩增、测序,并运用CLUSTAL、MEGA等软件对所测序列进行了排序、对... 目的对橐吾属Ligularia药用植物的5SrRNA基因间隔区序列进行测定,为含肝毒吡咯里西啶生物碱(HPAs)植物的鉴别提供分子依据。方法对12种橐吾属植物的5SrRNA区序列进行PCR扩增、测序,并运用CLUSTAL、MEGA等软件对所测序列进行了排序、对比和分析。结果建立了12种橐吾属药用植物的5SrRNA区序列数据库,橐吾属植物在该区间具有显著的种间差异,替代数为3~53,变异位点数128个,信息位点数58个。结论含HPAs的橐吾属植物的5SrRNA区序列具有明显而稳定的特异性鉴别位点,可用作该类型植物鉴别的分子标记。 展开更多
关键词 橐吾属 5S rrna区序列 含HPAs植物 分子鉴别 5Srrna基因
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基于16SrRNA和16S-23SrRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系 被引量:3
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作者 毕可然 顾伟 +2 位作者 王文 阎斌伦 张晓君 《南京师大学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2011年第1期96-101,共6页
采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同... 采集江苏省养殖池塘内发病的中华绒螯蟹、克氏原螯虾和南美白对虾,利用已有螺原体16S rRNA和23S rRNA基因序列保守引物扩增并测序16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列(ISRs).基于已获得的序列和GenBank中下载的螺原体序列分别进行同源性比对,比对的结果分别利用PAUP软件和MrBayes软件提供的最大似然法和贝叶斯法进行系统发生关系分析.分析结果是:所有淡水甲壳动物螺原体菌株Spiroplasma erio-cheiris(中华绒螯蟹)、Spiroplasmasp.CRAYFISH(克氏原螯虾)、Spiroplasmasp.SHRIMP(南美白对虾)严格聚为一支,并且与陆生兔扁虱螺原体(非凡螺原体)Spiroplasma mirum关系最近,而与中国报道的陆生植物螺原体菌株Spiroplasmasp.CR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-1(油菜)、Spiroplasmasp.CNR-2(油菜)、Spiroplasmasp.CAN-1(杜鹃花)、Spiroplasmasp.CRW-1(红花酢浆草)及昆虫螺原体菌株Spiroplasmasp.CH-1(蜜蜂)、Spiroplas-masp.M10(蜜蜂)关系较远,此外,3个淡水甲壳动物螺原体菌株与现今唯一报道的海水南美白对虾螺原体Spi-roplasma penaei系统发生关系也很远.因此,在螺原体属中,我国发现的淡水甲壳动物螺原体近缘种是非凡螺原体而不是我国陆生昆虫或植物螺原体及美洲的南美白对虾螺原体. 展开更多
关键词 螺原体 16S rrna基因 16S-23S rrna基因间隔序列 系统发生关系
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中华绒螯蟹颤抖病螺原体分布及16 S-23 S rRNA基因间隔区序列的分析
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作者 黄颖 叶鑫 +1 位作者 胡闯险 毕可然 《湖北农业科学》 北大核心 2011年第17期3632-3634,共3页
为了探究中华绒螯蟹颤抖病螺原体(Spiroplasma eriocheiris)在江苏省的分布,以2003年至2009年从江苏省养殖池塘收集的发病中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)为研究对象,利用螺原体体外培养、光电镜检测和16 S-23 S rRNA基因间隔区序列比... 为了探究中华绒螯蟹颤抖病螺原体(Spiroplasma eriocheiris)在江苏省的分布,以2003年至2009年从江苏省养殖池塘收集的发病中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)为研究对象,利用螺原体体外培养、光电镜检测和16 S-23 S rRNA基因间隔区序列比较等方法进行了系统分析。结果表明,S.eriocheiris是一种广泛分布于江苏省养殖中华绒螯蟹体内的病原微生物,它们不仅在7月底8月初的高温季节引起中华绒螯蟹发病和暴发性死亡,还能在3月和11月等低温季节引起部分中华绒螯蟹的发病和死亡,其严重危害中国江苏省中华绒螯蟹养殖业的健康发展。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis) 中华绒螯蟹颤抖病螺原体(Spiroplasma eriocheiris) 16 S-23 S rrna基因间隔序列
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基于叶绿体psbA-trnH和核糖体5S rRNA基因间隔区序列的石斛种间和种内鉴别 被引量:12
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作者 彭小凤 何涛 +2 位作者 淳泽 胡亚东 万闰兰 《应用与环境生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第5期887-896,共10页
采用直接测序法对12种石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列和核糖体5S r RNA基因间隔区序列进行测序,用克隆测序法对叠鞘石斛dq-2品种和dq-5品系(各20份样品)psb A-trn H基因间隔区序列进行测序,所得序列采用Squencher4.14拼接后,采用B... 采用直接测序法对12种石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列和核糖体5S r RNA基因间隔区序列进行测序,用克隆测序法对叠鞘石斛dq-2品种和dq-5品系(各20份样品)psb A-trn H基因间隔区序列进行测序,所得序列采用Squencher4.14拼接后,采用Bioedit 7.0软件对获得的psb A-trn H基因间隔区序列和5S r RNA基因间隔区序列进行序列比对和排序,用Dnasp5.0软件分析序列核苷酸多态性,用MEGA 5.2计算种内和种间kimura2-parameter(K2P)遗传距离,并构建系统发育树(NJ树).结果显示,石斛叶绿体psb A-trn H基因间隔区序列平均长度为742.3 bp,有72个变异位点,其中信息位点33个;核糖体5S r RNA基因间隔区序列平均长度为336.4 bp,存在213个变异位点,其中信息位点139个;以上两个基因片段的组合序列,能对叠鞘石斛、铁皮石斛、球花石斛、细叶石斛、细茎石斛、齿瓣石斛、鼓槌石斛、尖刀唇石斛和金钗石斛等9种石斛进行有效鉴别,可揭示铁皮石斛不同居群间的差异,而且可根据该组合序列中存在的一个单核苷酸多态性位点(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)对叠鞘石斛dq-2品种和dq-5品系进行区分.本研究表明,psb A-trn H基因间隔区序列和5S r RNA基因间隔区序列组合后显示出多序列组合策略在石斛种间和种内的分子鉴别中的优势,可为石斛属植物及药材鉴别提供分子依据. 展开更多
关键词 石斛 psbA-trn H基因间隔序列 5S rrna基因间隔序列 序列组合 分子鉴别 单核苷酸多态性位点
原文传递
1型和2型鸭疫里默氏菌的交叉保护 被引量:6
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作者 程龙飞 傅光华 +4 位作者 彭春香 施少华 黄瑜 陈红梅 万春和 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2009年第5期521-525,共5页
通过PCR扩增、克隆、序列测定获得29株鸭疫里默氏菌(RA)的16S rRNA和16S-23S rRNA间隔区的核苷酸序列.将16S rRNA和16S-23S rRNA间隔区序列连接后分析发现,1型菌株和大多数2型菌株分别处于不同的分支,而2型菌株中的RAf11、RAf3和RAf104... 通过PCR扩增、克隆、序列测定获得29株鸭疫里默氏菌(RA)的16S rRNA和16S-23S rRNA间隔区的核苷酸序列.将16S rRNA和16S-23S rRNA间隔区序列连接后分析发现,1型菌株和大多数2型菌株分别处于不同的分支,而2型菌株中的RAf11、RAf3和RAf104不处在2型菌株的分支中,却与1型菌株非常接近.挑选RAf11菌株和2型分支中的RAf19菌株,分别制备灭活苗,免疫雏鸭后进行攻菌保护试验,RAf11菌株对1型菌株的攻击可产生较高的交叉保护率,达53.8%,而RAf19菌株对1型菌株攻击的保护率仅为23.1%.借助16S rRNA和16S-23S rRNA间隔区序列的分析,筛选到一株具交叉保护的RA菌株. 展开更多
关键词 鸭疫里默氏菌 16S rrna序列 16S-23S rrna间隔序列 交叉保护
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Identification of Stellaria media by PCR 被引量:6
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作者 黄文哲 董婷霞 +2 位作者 戚欢阳 卢振强 詹华强 《Journal of Chinese Pharmaceutical Sciences》 CAS 2005年第3期144-148,共5页
Aim To provide a rapid and reliable method for identifying the fork medicine Stellaria media (Linn. ) Cyr. (Herba Stellariae mediae) (Caryophyllaceae) from its adulterant Myosoton aquaticure (L.) Fries (Herba... Aim To provide a rapid and reliable method for identifying the fork medicine Stellaria media (Linn. ) Cyr. (Herba Stellariae mediae) (Caryophyllaceae) from its adulterant Myosoton aquaticure (L.) Fries (Herba Myosoti aquatici) (Caryophyllaceae) by polymerase chain reaction (PCR) technology. Methods A molecular genetic approach has been developed to identify S. media for the first time. 5S-rRNA spacer domain was amplified by PCR from the isolated genomic DNA, and the PCR products were then sequenced. Results The nucleotide sequences of S. media and M. aquaticum were measured to determine their identity. Furthermore, the nucleotide sequences of three Stellaria species, S. vestita, S. longifolia and S. radians, were also measured for the sake of providing the evidence of the biological phylogeny of SteUaria. Diversity between DNA sequence and restriction enzyme mapping among a variety of the species was found in their 5S-rRNA spacer domains. Conclusion The 5S-rRNA spacer domains can be used as a molecular marker for differentiating S. media from M. aquaticum and in phylogenetie studies of Stellaria. 展开更多
关键词 Stellaria media Myosoton aquaticum 5S-rrna spacer domain DNA sequence Stellaria
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