鼠肝细胞核仁结构与rRNA基因转录位点研究

通过常规电子显微镜观察了鼠肝细胞核仁的超微结构，并采用ＮＡＭＡ－Ｕｒ细 胞化学ＤＮＡ特异染色方法分析了核仁中ＤＮＡ的分布及其原位位置，直观的显示了鼠 肝细胞核仁ＤＮＡ来源于核仁伴随染色质，并在核仁ＤＦＣ区域连续伸展，排布于ＦＣ的 边缘部位及ＤＦＣ区域中，进一步借助于ＲＮＡ／ＤＮＡ杂合体抗体选择性直接标记核仁中 ｒＲＮＡ基因转录位点，结果表明了鼠肝细胞核仁ｒＲＮＡ基因的转录位点是在ＦＣ的边缘 及ＤＦＣ区域．

红莲型细胞质雄性不育水稻线粒体atp6基因转录本的编辑位点研究

以红莲 (HL)型水稻细胞质雄性不育系A、保持系B及杂种一代F1为材料 ,首次比较研究了红莲型水稻线粒体atp6基因转录本的编辑位点及各位点的编辑频率 .结果表明atp6基因的转录本有 18个编辑位点 ,其中有 15个发生在密码子的第一和第二位点上 ,这些位点的编辑最终会导致氨基酸种类的变化 .18个编辑位点在A、B和F1中没有差异 ,但各位点的编辑频率在引入了核恢复基因的条件下发生了较大的变化 ,完全编辑的比例增加 .这些结果首次证明HL型细胞质雄性不育与线粒体atp6转录本的编辑有一定相关性 。

小秦艽rRNA基因内转录间隔区测序鉴定的初步研究

目的 :对小秦艽种籽中提取的DNA中rRNA基因内转录间隔区进行碱基序列测定 ,以期从分子水平建立对秦艽种籽的鉴定标准。方法 :常规提取小秦艽种籽DNA ,利用合成的特异性引物对其DNA中rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增 ,将扩增产物以四色荧光标记的双脱氧末端终止循环法进行碱基序列测定。结果 :经琼脂糖凝胶电泳证实rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物存在 ,测序后得到了小秦艽种籽rRNA基因内转录间隔区的碱基序列。结论

NF-κB结合位点在LPS诱导人TNF-α基因转录中的调节作用

为探讨人TNF α基因启动子区域NF κB结合位点对LPS诱导性基因表达的调节作用 ,将构建的含人TNF α基因启动子区域及其不同缺失片段的pGL2萤光素酶报道基因重组体 ,体外转染HL 60细胞 ,观察LPS刺激对TNF基因启动子指导萤光素酶表达的影响 .发现TNF α基因启动子区域的 3个NF κB结合位点的存在是该基因最大组成性表达和LPS诱导性表达所必需 ;将这 3个位点缺失可完全阻断报道基因的LPS诱导性表达 ,并使其组成性表达明显受到抑制 (P <0 .0 0 1) .缺失κB1和κB2位点 ,使基因组成性表达与LPS诱导性表达均减少约 50 % (P <0 .0 1) ,但诱导倍数则与非突变体相近 ;反之 ,用κB3反义寡核苷酸封闭κB3位点 ,保留κB1和κB2功能 ,使LPS诱导性基因表达抑制 70 % (P <0 .0 0 1) ,诱导倍数明显降低 .保留原有κB3位点 ,再将κB3位点取代κB1和κB2位点 ,可使基因组成性和诱导性表达几乎完全恢复 ;将κB3位点向TSS移近 (- 98→ - 52 ) ,取代Sp1位点 ,虽然κB1和κB2位点仍然缺失 ,但仅一个κB3位点即可使基因组成性和LPS诱导性表达恢复到 80 % .用反义寡核苷酸封闭这个κB3位点 ,不但可使TNF α启动子完全丧失对LPS的反应性 ,还可完全阻断所控基因的组成性表达 .结果表明 ,人TNF α启动子区域 3个NF κB位点均参与该?

关岭牛MyoDI基因启动子上转录因子结合位点的筛选

本研究旨在筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。根据GenBank已公布的牛MyoDI基因的启动子序列,设计特异性PCR引物,扩增贵州关岭牛MyoDI基因的启动子区,构建重组克隆载体pUCM-TMyoDI-pro,并对阳性质粒进行测序鉴定。再利用筛选试验和生物信息学分析筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上的转录因子结合位点。结果,筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有的转录因子结合位点有SATB1、Xbp、MEF2、Pax-3、Pbx1、PPAR、TFⅡD、COUP-TF、Gfi-1、HNF-1、HOX4C、NRF2(ARE)、MEF1、RXR、SMUC、Snail、MyoD、VDR。结合在线软件分析和文献,最终筛选出关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点,这些转录因子对启动子活性起着重要的调控作用。结果显示,关岭牛MyoDI基因启动子上含有MyoD、TFIID、Pax3、MEF1、VDR和MEF2转录因子结合位点。

真核基因转录激活的多位点协同调控

真核基因的转录激活具有协同性的特征 ,表现为多个转录调控位点的共同作用效果大于每个位点单独作用之和 ,受多个位点调控的基因转录呈S型曲线 .多个激活蛋白之间的相互作用、激活蛋白与各DNA位点的协同结合以及激活蛋白与转录机器的协同作用 ,三种途径都对协同性转录激活行为产生影响 .协同性转录激活的本质是多个结合在调控位点上的激活蛋白之间直接或间接的相互作用 .多位点的协同转录调控机制有助于理解生物的多种调控过程和建立基因调控网络 .

西方蜜蜂表皮蛋白基因apd-like转录起始位点的定位及cDNA序列的分析

Apidermin蛋白家族是根据蜜蜂表皮蛋白apidermin1-3(APD1-3)而命名的一个新型的昆虫结构性表皮蛋白家族。为了鉴定西方蜜蜂Apis mellifera基因组序列上毗邻基因簇apd1-3的一个预测基因座LOC727145是否为一个新的apd基因,本研究在用5′LongSAGE标签定位该基因的转录起始位点(TSS)的基础上,利用其中的3条5′LongSAGE标签序列作为上游引物,通过RT-PCR方法克隆了该基因的cDNA序列(GenBank登录号:GU358197,GU358199,GU358198)。生物信息学分析发现,基因座LOC727145含有2个外显子和1个"GT-AG"型内含子,其cDNA序列富含GC(70%),可编码一条长152aa残基的高度疏水性多肽。此多肽序列的氨基酸组成与蜜蜂APD1-3表皮蛋白类似,富含Ala,Gly,Pro,Leu和Val5种氨基酸(占77%),其中Ala残基含量最高(29%)。该多肽序列与蜜蜂APD-1表皮蛋白序列的相似性为50%,且其N末端的预测信号肽序列与APD蛋白的信号肽序列类似。5′LongSAGE标签的基因组定位结果显示,基因座LOC727145在雄蜂头部中表达丰度很高,RNA PolⅡ可从6个不同的TSS上以不同效率起始转录,其中由一个优势TSS上起始了90%的转录。本研究为apidermin表皮蛋白家族增添了一个新成员,命名为apidermin-like(apd-like)。

启动子CpGs位点甲基化所致BRCA1基因转录抑制作用的位点特异性

目的 研究 BRCA1基因 Cp G岛内各个 Cp Gs位点甲基化与转录水平的关系 ,探讨甲基化所致转录抑制作用的特异性 Cp G位点 ,以阐明 DNA甲基化的作用方式。方法 以 Rice等研究数据为材料 ,用方差分析和多因素线性回归模型等方法进行统计再分析。结果 BRCA1基因 Cp G岛 +8～ +44、- 189～ - 19、- 379～ - 2 5 8、- 37～ - 19和 - 80～ - 19区段内 Cp Gs的甲基化与基因转录抑制有关 ,这些区段内 Cp Gs位点的甲基化数目越多 ,基因转录水平越低。多因素线性回归模型分析表明 ,- 80～ - 19区段的甲基化与转录抑制关系密切。并以 - 2 9Cp G位点甲基化引起的转录抑制作用最强。结论 Cp G岛甲基化引起的转录抑制与 Cp Gs位点有关 ,具有位点的特异性。

小麦细胞核仁中rRNA基因转录的超微定位(简报)

真核细胞核仁中rRNA基因转录位点是长期以来未能解决的问题。以小麦细胞为研究材料,应用常规电子显微镜技术,观察了小麦细胞核仁纤维中心(Fibrillar centers,FC)内染色质的超微结构;并通过DNA抗体阐明了核仁中DNA位于纤维中心、致密纤维组分(Dense fibrillar component,DFC)以及两者的过渡区域;应用RNA聚合酶I相关转录因子UBF(Upstream binding factor)抗体所做的分析显示,小麦细胞核仁中UBF位于FC与DFC的过渡区域以及DFC中,在FC中没有UBF的存在;进一步借助于RNA/DNA杂合体抗体选择性地直接标记核仁中rRNA基因的转录位点,结果表明了小麦细胞核仁rRNA基因的转录位点是在FC与DFC的过渡区域及DFC中。

水稻线粒体coxⅡ基因转录本的编辑位点研究

RNA编辑是指由RNA水平的核苷酸改变所引起的密码子发生变化的一种预定修饰,它的发现是近年来对分子生物学中心法则的重要补充。本文以红莲型(HL)水稻细胞质雄性不育系粤泰A,保持系粤泰B和杂种F_1(不育系A与恢复系71068的杂交一代)为材料,首次研究了线粒体基因coxⅡ转录本的编辑位点。coxⅡ基因的转录本有15个编辑位点,其中有14个发生在密码子的第一和第二位点。这14个位点的编辑可改变氨基酸的种类,并导致所编码蛋白的疏水性以及所编码蛋白在氨基酸序列上的保守性增加。

rRNA基因内转录间隔区作为遗传标记的应用现状及前景

随着分子生物学技术的不断发展,rRNA基因内转录间隔区(ITS)作为一种遗传标记,已经被广泛应用于微生物菌种分类与鉴定、中药材鉴定和品质评价、植物种质资源鉴定、动物种系发生、遗传多样性与亲缘关系、病原诊断、系统发育研究等不同方面的研究。文章就近年来rRNA基因内转录间隔区的应用现状及前景进行综述。

RLM-RACE法确定胰岛素降解酶基因的转录起始位点

目的精确定位胰岛素降解酶基因的转录起始位点,为今后研究该基因启动子区的转录调控及其参与疾病的发病机制奠定基础。方法采用5'cDNA末端快速扩增技术,得到多个胰岛素降解酶基因cDNA 5'末端序列,连接至PUC19 T载体中,鉴定阳性克隆并测序。结果根据两次实验结果,确认胰岛素降解酶基因的5'UTR序列长度为32bp。结论胰岛素降解酶基因存在单一的转录起始位点,位于翻译起始点上游32bp处,碱基为G。

rRNA基因内转录间隔区测序分析在中草药鉴定中的应用

目的 :研究rRNA基因内转录间隔区 (internaltranscribdedspacer ,ITS)PCR扩增及碱基测序分析对中草药进行鉴定的方法 ,并探讨该方法的科学性及其应用价值。方法 :应用PCR—碱基测序法对所提取的植物性中药材DNA中的rRNA基因内转录间隔区进行PCR扩增和序列测定 ,以获得不同植物性中药材rRNA基因内转录间隔区扩增产物电泳图谱和碱基序列 ,以此作为中药材的分子鉴定标记。结果 :不同中草药rRNA基因内转录间隔区电泳条带 ,碱基序列组成 ,长度各不相同。结论 :不同植物性中药材rRNA基因内转录间隔区可作为分子生物学水平鉴定中草药的靶基因之一。

白血病基因转录因子绑定位点的分布特性研究

基因表达调控是后基因时代研究的一个重点。作为基因转录调控信息的载体,转录因子在基因转录过程中起着重要的作用。对37条白血病基因和50条随机基因的调控区序列进行转录因子结合位点分析,获取白血病基因不同于随机基因的显著转录因子和调控模式。结果显示共有11种转录因子在两组数据中具有显著性差异,其中p300/CBP,E47,MZF-1在白血病基因的调控区中出现的概率明显要大于随机基因。

NFY结合位点缺失下调NPCEDRG基因启动子转录活性和效率

NPCEDRG基因是一个鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)相关基因.NPCEDRG基因启动子为TATA-less启动子,其核心启动子区域位于-146～-8 bp区,该区域包含NFY、STAT1和cMYB等转录因子结合位点.前期研究结果提示,转录因子NFY可能参与NPCEDRG基因的转录调控.为明确NFY转录因子在NPCEDRG基因转录中的作用,本研究应用报告基因载体系统分析方法对NPCEDRG基因核心启动子区进行NFY结合位点(或CCAAT-box)缺失突变及其功能分析,分别构建NPCEDRG基因核心启动子区NFY结合位点缺失突变的Luc和EGFP报告基因表达载体.比较核心启动子和NFY结合位点缺失突变体报告基因载体的转录活性和效率.结果表明,在MCF7和CNE2细胞中,NFY结合位点缺失突变体的转录活性分别约为其核心启动子转录活性66.94%和75.72%,即NFY结合位点缺失致使该启动子转录效率在MCF7和CNE2细胞中分别降低了33.06%和24.28%;EGFP报告基因表达载体系统研究结果与Luc报告基因载体系统结果基本吻合.本研究再次证实,转录因子NFY通过结合NPCEDRG基因启动子的核心元件NFY结合位点参与NPCEDRG基因的转录调控,并提高其基因转录活性和效率.

含内部核糖体进入位点的逆转录病毒载体介导多药耐药基因的高效表达

为研究内部核糖体进入位点(IRES)引导多药耐药基因(MDR1)的表达效率，利用pSXLC／pHa载体系统构建双顺反予载体pHa-IRES-MDR1(HaiMDR)。其中的MDR1基因翻译由脑心肌炎病毒IRES控制。通过脂质体法将载体HaiMDR转染入单嗜性包装细胞GP+E86而得到滴度2．0×10^5CFU／ml的病毒；用单嗜性病毒重复感染GP+env Am12细胞获得滴度约6．5×10^5CFU／ml的双嗜性病毒生产细胞，并命名为Am12／HaiMDR。两种病毒生产细胞均具经典MDR表型，与未转染的细胞相比，两者对长春新碱、柔红霉素和紫杉醇产生15—358倍耐药。采用聚合酶链反应，在两种生产细胞均证实有外源性MDR1基因的整合和转录。但同时也发现有异常剪接的转录本存在。利用P-糖蛋白(P-gp)特异性单克隆抗体UIC2结合流式细胞术分析。两种耐药细胞均表达高水平的P-gp。因而，MDR1基因可在IRES控制下以帽非依赖性方式进行有效表达，其在基因治疗研究中可有两种用途：在癌症患者化疗后用于保护干／祖细胞，或在双顺反子载体中作为体内显性选择性标志用于共表达治疗性基因。

酵母基因上游转录因子结合位点分布的统计分析

【目的】揭示真核生物基因上游转录因子结合位点的分布规律。【方法】挖掘了啤酒酵母基因组数据库（SGD）中基础域结构和β支架结构两超类（superclass）的转录因子结合在基因上游0-2000 bp的位置;将转录因子按照结构和调节基因的不同功能进行聚类,并对其组内和组间的结合位点数进行比较分析。【结果】转录因子结合位点集中分布在转录起始位点上游100-500 bp（61%）;结构差异较大的转录因子的结合位点分布差异显著（P〈0.01）;大多转录因子（19/22）在不同功能基因间结合位点分布差异不显著（P〉0.05）。【结论】转录因子结合位点分布与转录因子的结构相关性较大,而与所调控基因的功能相关性较小。推测不同家族转录因子结合位点在基因上游的分布具有特异性,有助于提供新的参数用以改进现有理论预测转录因子结合位点的方法。

鼠疫耶尔森氏菌16S-23SrRNA基因间区的酶切位点分析

目的 :了解鼠疫耶尔森氏菌 16S - 2 3SrRNA基因间区的酶切位点分布情况。方法 :PCR扩增及限制性内切酶分析。结果 :对EV菌及不同来源的 10 3株鼠疫耶尔森氏菌 16S - 2 3SrRNA基因间区进行了扩增 ,选用限制性内切酶TaqⅠ及MspⅠ对扩增产物进行酶切分析 ,结果发现所用鼠疫耶尔森氏菌该间区扩增产物及酶切图谱一致 ;选用TaqⅠ +MspⅠ ,HinfⅠ +MspⅠ对EV菌 16S - 2 3SrRNA基因间区扩增产物进行了双酶切分析 ,作出了TaqⅠ ,MspⅠ ,HinfⅠ在EV菌该间区的酶切位点图。结论 :鼠疫耶尔森氏菌 16S - 2 3SrRNA基因间区相当保守 ;

用5’LongSAGE标签分析蜜蜂Yps基因转录起始位点的多样性

使用5’LongSAGE标签序列确定了一个新的西方蜜蜂Ypsilon Schachtel(Yps)基因的转录起始位点,并进而预测了该基因的启动子序列.5’LongSAGE标签的蜜蜂基因组定位结果表明:在成年雄蜂的头部中,蜜蜂Yps基因存在23个转录起始位点,其中优势转录起始位点有4个,其起始频率分别为27.9%、23.1%、13.5%和11.5%.Yps基因TSS的碱基组成分析发现,此23个TSS第一个碱基为A、G、T、C的概率分别为52%、39%、4%、4%.这些结果暗示RNA聚合酶和调控因子在Yps基因启动子的一个较宽范围内的互作控制着不同转录本的起始效率.