石化污泥优势菌群的高通量分析及16S rRNA基因鉴定

针对石化污泥中的细菌进行了454高通量分析,共得到11 488条序列.发现在相似度97%的水平上,样品的OTU丰度最高;经测序分析,石化污泥中共有细菌235个属,其中短小盒菌属最多,占到整个细菌菌群的28.39%,芽孢杆菌属占14.43%,属种丰度1.5%～10.0%的有9个属(占28.99%).这11个属被确定为优势菌群.通过对污泥优势菌群的分离培养,依据16S r RNA基因鉴定该11属有22个种,并用16S r RNA基因序列比对建立了优势菌株系统发育树.该优势菌群能分解石化污水污泥中的工业污染物,并以此污染物为营养和能源,进行相对旺盛的生命活动,成为对石化污染水体进行生物修复的宝贵菌种资源.

大鵟肠道菌群分离鉴定与药敏分析

为加强对大鵟肠道菌群的了解,同时为从肠道微生物角度寻找保护大鵟的措施提供数据支持,该试验对11只健康野生大鵟粪便细菌进行分离与培养、DNA提取、16S rRNA测序和细菌耐药性测试。结果表明:经16S rRNA基因鉴定,共筛选到隶属于2个门的14个菌,其中厚壁菌门的优势菌为太平洋芽孢杆菌(Bacillus pacificus),变形菌门的优势菌主要是费格森埃希氏菌(Escherichia fergusonii)。分离菌株药敏试验结果表明,10种菌株对2~11种不等抗生素表现出耐药性。粪肠球菌、成团泛菌、联盟泛菌以及布氏泛菌可耐受大部分的抗生素。美洲爱文氏菌、蜂族泛菌、福氏志贺氏菌以及索氏志贺菌可耐受的抗生素种类较少。在抗生素抑制细菌的方面,氧氟沙星、多粘菌素B、厄他培南、氨苄青霉素、甲氧苄胺嘧啶以及强力霉素能够抑制本研究中分离的6~9种菌株,而制霉菌素和林可霉素则对所有分离到的10种菌株均无抑制作用。大鵟体内含有耐药菌可能是通过捕食了含有抗生素抗药基因或抗性细菌的猎物导致,体内细菌的耐药性可能是耐药基因水平转移引起。

圈养高山兀鹫肠道微生物分离鉴定与抗生素耐药性分析

高山兀鹫是国家Ⅱ级保护鸟类,被世界自然保护联盟列入濒危物种红色名录。本文对圈养高山兀鹫肠道微生物进行分离与培养、16S rRNA基因扩增与测序、抗生素耐药性分析试验。结果表明:经鉴定,分离出的菌株隶属于2门、8属、9种,分别是弗氏柠檬酸杆菌(Citrobacter freundii)、太平洋芽孢杆菌(Bacillus pacificus)、粪肠球菌(Enterococcus faecalis)、蜂房哈夫尼亚菌(Hafnia alvei)、豪氏变形杆菌(Proteus hauseri)、普通变形杆菌(Proteus vulgaris)、腐败希瓦氏菌(Shewanella putrefaciens)、运动肉杆菌(Carnobacterium mobile)、福氏志贺氏菌(Shigella flexneri),这9种菌株对部分抗生素表现出耐药性,其中,运动肉杆菌、粪肠球菌和普通变形杆菌可耐受大多数抗生素,福氏志贺氏菌可耐受的抗生素种类较少。本文研究结果可为高山兀鹫的保护性人工养殖提供参考。

高寒草地燕麦根际解植酸磷促生菌鉴定及其优势菌假单胞菌属菌株功能特性

旨为从高寒草地燕麦根际定向筛选解植酸磷微生物资源,筛选促生潜力菌株,分析植酸酶编码基因。采用国际植物研究所磷酸盐生长培养基(NBRIP)分离及筛选菌株,16S rRNA基因鉴定其分类地位,并测定菌株植酸酶活性及促生特性,结合简并PCR和高效热不对称交错PCR(hiTAIL-PCR)扩增植酸酶基因完整序列,并进行生物信息学分析及异源表达。共获得107株菌株,其中51株能在NBRIP培养基上形成清晰溶磷圈,鉴定为2门10科11属,以假单胞菌(Pseudomonas)为优势菌。14株不同种假单胞菌均检测出植酸酶活性,具有溶解有机/无机磷、分泌IAA(3-indoleacetic acid)、固氮及拮抗植物病原菌的促生活性。获得了3株菌株的植酸酶(PHY65、PHY101和PHY131)序列,预测为β-螺旋植酸酶(β-propeller phytases,BPPhy)家族蛋白,其中重组PHY65的比活性为28.2 U/mg。研究结果可为解磷生物菌剂的研发与利用提供优良菌株资源,为植酸酶的生产应用提供理论基础。

拮抗香蕉枯萎病菌的红树林土壤放线菌筛选与分子鉴定

香蕉枯萎病是目前香蕉产业面临的毁灭性病害,已成为香蕉生产和研究领域最为关注的热点。为发掘香蕉枯萎病的生防菌资源,利用从广西北部湾海域红树林根际土壤中分离得到的129株放线菌,以广西普遍发生且危害严重的香蕉枯萎病菌4号生理小种(FOC4)为供试菌,采用平板对峙法初筛和牛津杯法复筛筛选拮抗菌株,经初筛获得具有明显抑菌效果的放线菌12株。经复筛、反复转接和对峙培养,筛选出拮抗效果好、抑菌活性稳定的菌株8株。通过16S rRNA基因序列分析发现,除BBWM160归属小单胞菌属菌株外,其余7株均属链霉菌属菌株。