基于高通量测序技术的老化油泥对大庆油田土壤细菌多样性的影响

采集大庆油田不同泥龄老化油泥污染土壤样本,采用高通量测序技术对样本细菌多样性特征开展研究,结合土壤理化性质分析,揭示老化油泥对大庆油田土壤细菌多样性的影响效应,并筛选确定样本中的优势特色耐油菌,为老化油泥污染土壤的原位微生物修复提供理论依据和数据支持。理化性质分析结果表明,污染土壤pH值下降,由碱性(8.44)变为中性(7.47~7.85),总有机碳(TOC,20.12~28.35g·kg^(-1))和总石油烃(TPHs,2475~2955 mg·kg^(-1))含量均显著升高,有效磷(AP)和有效氮(AN)急剧降低。Illumina Miseq高通量测序结果显示,老化油泥对土壤细菌多样性和群落结构具有显著影响。土壤受老化油泥污染后,厚壁菌减少了约85%,变形菌(Proteobacteria)和芽单胞菌(Gemmatimonadetes)的相对丰度显著增加至46.63%±4.65%和14.11%±1.53%,且污染时间越长,对变形菌的促进作用越大。细菌科和属水平凸显了Woeseiaceae(γ-变形菌)和JTB255-MBG(变形菌门-Woeseiaceae菌科)的丰度增长,且其相对丰度与油泥污染时间呈显著正相关。高通量测序结果揭示,老化油泥污染一方面抑制了土壤中许多重要细菌的生长,另一方面也衍生和促进了具有耐油特性的其他细菌的生长发育。其中,变形菌门是石油污染土壤中最主要的优势菌门,它与所包含的耐油细菌科、属形成了“变形菌门-Woeseiaceae菌科-JTB255-MBG菌属”的优势耐油细菌群落结构。本研究成果可为老化油泥污染土壤的原位微生物修复提供理论依据与支持。

基于高通量测序的鸡粪堆肥过程细菌群落结构分析

为通过相关功能微生物的应用,提高鸡粪堆肥效率及产品质量,本研究以鸡粪和菌渣进行好氧堆肥35 d,利用16S rRNA基因高通量测序技术分析鸡粪堆肥过程中细菌的群落结构动态变化。结果表明,在细菌门分类水平上,鸡粪堆肥过程中主要有厚壁菌门、拟杆菌门和盐厌氧菌门,其中厚壁菌门的相对丰度在鸡粪堆肥各时期均占主导地位,腐熟期相对丰度最高,拟杆菌门在腐熟期相对丰度最低,盐厌氧菌门在降温期相对丰度最高;在细菌纲分类水平上,鸡粪堆肥过程中主要有梭菌纲、芽孢杆菌纲和拟杆菌纲;α多样性相关分析表明,高温期堆肥中细菌菌群丰富度最高,群落多样性最大。综上,在鸡粪堆肥期间,细菌群落结构发生了明显变化。

基于高通量测序分析干条斑紫菜及海苔的细菌多样性与优势菌

目的探究干条斑紫菜与其加工产品——海苔的细菌多样性与优势菌,分析海苔产品菌落总数超标的原因。方法采用平板计数法对干条斑紫菜及海苔产品的菌落总数进行测定,同时通过高通量测序对总细菌菌群及可培养细菌菌群进行分析。结果干条斑紫菜加工成海苔后,菌落总数略有下降,高温烘烤的杀菌效果不明显。干条斑紫菜与海苔样本中总细菌菌群均以蓝细菌(Cyanobacteria_Chloroplast)为主,加工前后总细菌菌群结构变化不大;不同来源的干条斑紫菜样品可培养细菌菌群结构有所差异,主要有巨型球菌(Macrococcus)、水栖菌(Enhydrobacter)、异常球菌(Deinococcus)、不动杆菌(Acinetobacter)、金黄杆菌(Chryseobacterium)等,经过加工后,可培养细菌菌群多样性下降,海苔样本均以巨型球菌为优势菌。结论本研究揭示了干条斑紫菜及海苔的细菌多样性及优势菌属,为进一步探究烤紫菜产品菌落总数的控制技术奠定基础。

6个不同品种荔枝果肉内生细菌群落多样性的高通量测序分析

【目的】内生菌在植物生长发育中发挥重要作用,分析不同品种荔枝果肉内生细菌群落结构及多样性,挖掘和利用潜在荔枝内生菌种资源,为进一步研究荔枝与内生菌互作关系提供参考依据。【方法】以6个不同品种荔枝的果肉组织为材料,PCR扩增16SrDNA的V3~V4区,利用MiSeq高通量测序技术分析果肉组织内生细菌在门、科、属和种分类水平上的群落组成及优势菌群,结合Alpha多样性分析评估内生细菌群落多样性。【结果】对6个品种荔枝果肉内生细菌16S rDNA的V3~V4区进行扩增,共获得2139086条序列,其平均长度为376 bp。不同品种荔枝果肉内生细菌群落在相对丰度和多样性上无显著差异。在门分类水平,变形菌门为主要优势细菌门类,其次为放线菌门。在科、属和种分类水平上,不同品种荔枝内生菌群落结构相似,但相对丰度占比不同。差异菌群分析结果显示,假单胞菌属(Pseudomonas)、果胶杆菌属(Pectobacterium)、苍白杆菌属(Ochrobactrum)和迪基氏菌属(Dickeya)在优良品种‘鹅蛋荔’‘糯米糍’和‘观音绿’中显著富集,根瘤菌属(Bradyrhizobium)和变形菌属(Snodgrassella)只在‘鹅蛋荔’中富集。根据菌群相对丰度进行聚类分析,‘观音绿’‘糯米糍’和‘鹅蛋荔’的相似性更高。Alpha多样性分析结果表明,6种荔枝果肉内生菌群仅在丰度和多样性上存在差异,但未达到显著水平。【结论】该研究首次分析了6个不同品种荔枝果肉内生细菌的群落结构,并在优良荔枝品种中发现特有的微生物类群富集现象,可为后续提升荔枝品质、开发利用内生菌提供理论依据和重要参考。

基于高通量测序方法研究不同海拔梯度云南松根际根内细菌群落多样性

探究不同海拔梯度云南松根际土壤及根内细菌种类、群落结构组成及多样性,为研究云南松在不同海拔条件下的适应机制提供一定的微生物学角度的证据。采用高通量测序技术对不同海拔云南松根和根际土壤细菌16S rRNA基因V5~V7区域进行测序,并对其群落结构组成、多样性以及功能进行分析。结果显示:(1)通过高通量测序分析,云南松根内生细菌共鉴定出41门118纲277目465科893属1755种,而根际土壤细菌共鉴定出34门96纲230目395科761属1626种。(2)云南松根际土壤细菌群落香农指数显著高于根内,并且根际土壤中细菌丰度最高的为变形菌门,而根内丰度最高的为放线菌门,根内放线菌门和厚壁菌门相对丰度是根际土壤的2倍,而根际土壤中酸杆菌门相对丰度是根内的2倍,此外根内生细菌群落代谢功能丰度相较于根际土壤细菌较高。(3)云南松根际土壤和根内生细菌群落在不同海拔梯度间的β-多样性存在显著差异(P<0.05),此外不同海拔梯度之间优势物种相对丰度占比存在差异。PICRUSt2功能预测表明,根际土壤细菌基因二级功能表达量随海拔梯度增加而逐渐增加,并且根内生细菌基因功能表达量仅在海拔2900 m处较高。可得结论:不同海拔梯度下云南松根际土壤与根内生细菌多样性、细菌群落的环境适应、功能上均存在差异,这可能与云南松对外界环境的适应有关。本研究为进一步探究云南松的环境适应机制提供了一定的数据支撑。

高通量测序解析冰鲜刀鲚细菌群落变化特征

为了研究养殖刀鲚冰鲜保存过程中细菌群落组成及变化情况,采用Illumina Miseq高通量测序方法对冰鲜条件不同贮藏时间(0、3、6、9、12、15、18 d)刀鲚肌肉样本细菌的16S rRNA基因的2个高变区(V3—V4)进行测序,比较其细菌多样性及门、属水平的细菌相对丰度,并进行主成分分析、Heatmap分析以及特定腐败菌分析。结果显示,7组样品细菌分布于40门787属,冰鲜条件下刀鲚肌肉的优势致腐败菌属为假单胞菌、微杆菌属和气单胞菌属。主成分分析显示,刀鲚腐败前后的微生物结构存在差异。Heatmap图分析显示新鲜样本的细菌丰度最大。3组冰鲜贮藏6 d前的样品群落结构较相似。贮藏12 d时常见致腐菌(微杆菌属、假单胞菌属、气单胞菌属)占比显著提高,其细菌的多样性及丰富度最低。随着冰鲜保存时间的延长,刀鲚肌肉的细菌菌落结构产生了动态变化。冰鲜保存6~9 d后刀鲚肌肉的细菌菌落结构变化较大,研究结果可以为预测冰鲜刀鲚货架期提供参考。

高通量测序技术分析生榨米粉生粉团中细菌多样性

目的探究生榨米粉(SZMF)生粉团的细菌多样性,并分析其致病菌污染情况。方法收集广西南宁地区不同作坊的6份生榨米粉生团,利用16srDNA高通量测序检测,并进行细菌多样性分析,然后在16s rDNA高通量测序结果的基础上用国家标准方法对致病菌进行检验。结果在门水平上,6份样品的优势细菌门分别为厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门。在属水平上,6份样品中相对丰度较高的菌属为芽胞杆菌属、乳杆菌属、肠球菌属等。国家标准方法检测结果显示,6份样品中,有3份样品含有蜡样芽胞杆菌。结论生榨米粉生粉团中细菌种属较为丰富,不同的生产厂家其样本在菌落组成和丰度上有所不同。生榨米粉生粉团中蜡样芽胞杆污染率较高,具有一定的食品安全风险。对生榨米粉的食品安全监管时,应关注蜡样芽胞杆菌的污染情况。

基于高通量测序技术分析3种黄精内生细菌多样性

采用高通量测序技术,对3种黄精(滇黄精、多花黄精、鸡头黄精)根茎内生细菌16S rRNA基因进行测定,以探究不同种黄精内生细菌多样性及群落结构.在3种黄精根茎中,共获得179个OTUs,其中滇黄精、多花黄精和鸡头黄精分别获得74,178,18个OTUs.3种黄精共有的OTUs为16个,占比8.93%.排除不可归类,获得的OTUs可归属于11门、14纲、38目、52科、87属、79种.在门水平上,变形菌门(Proteobacteria)为多花黄精和鸡头黄精的优势菌门,蓝藻门(Cyanobacteria)为滇黄精的优势菌门.在属水平上,多花黄精、滇黄精和鸡头黄精的优势菌属完全不同,依次为克雷伯氏菌属(Klebsiella,27.74%),代尔夫特菌属(Delftia,80.28%)和假单胞菌属(Pseudomonas,48.99%).功能预测分析表明,3种黄精根茎内生细菌功能略有不同,丰度较高的菌群功能主要与新陈代谢相关.总体来看,3种黄精根茎内生细菌资源丰富,且种间差异明显,研究结果可为不同种黄精内生细菌的进一步挖掘和后续功能菌株的开发应用奠定基础.

基于高通量测序技术分析辣椒粉细菌多样性

本研究以全国6个不同省市的辣椒粉和1组花椒粉为研究对象,利用高通量测序技术对不同辣椒样本的微生物菌群多样性进行分析。结果表明,综上所述,6组辣椒粉和1组花椒粉样本中除含有各自都有的物种外,所共有的物种有46个,结合α多样性和β多样性分析可知,A_2组和C组的微生物种类丰度和多样性优于其他5组。6组辣椒粉和1组花椒粉样本中共鉴定出5个门、6个纲、24个目、57个科和91个属,优势菌门主要有变形菌门(Proteobacteria) (84.27%)、厚壁菌门(Firmicutes) (8.93%)、放线菌门(Actinobacteriota) (4.72%)和拟杆菌门(Bacteroidota) (1.5%),优势菌属主要有泛菌属(Pantoea) (39.79%)、假单胞菌属(Pseudomonas) (20.01%)、葡萄球菌属(Staphylococcus)(3.08%)、不动杆菌属(Acinetobacter) (2.72%)、芽孢杆菌属(Bacillus) (1.79%)、普罗维登斯菌属(Providencia) (1.44%)、沙雷氏菌属(Serratia) (1.41%)、黄单胞菌属(Xanthomonas) (1.28%)和鞘氨醇杆菌属(Sphingobacterium) (1.23%)。

基于16S rRNA测序的植茶温室土壤细菌多样性及群落结构研究

为了明确温室栽培模式对茶园土壤细菌多样性和群落结构的影响,找寻温室栽培、露天栽培模式之间的差异指示种,以更科学地为管理温室茶园提供理论依据。采用NovaSeq 6000高通量测序技术,以及主坐标分析(PCoA)、置换多元方差分析(Adonis)及LEfSe等分析方法对不同栽培模式茶园土壤细菌多样性及群落结构进行研究。结果表明,16S rRNA测序质控后,土壤样品总共获得操作分类单元(OTU)数量为11137个(497556条有效序列)。3个处理间共同含有200个OTU,温室间共同含有495个OTU。茶园土壤细菌主要优势菌门为变形菌门、酸杆菌门、放线菌门等。ACE指数、Chao1指数、Simpson指数与Shannon指数等α多样性指数均以露天栽培模式极显著高于温室。PC1和PC2主成分贡献率分别为65.10%、21.55%,共解释了86.65%(R 2=0.612,P=0.001)的信息。露天栽培处理差异指示种为酸杆菌门(Acidobacteriota)、Acidobacteriae等。温室处理指示种为罗丹诺杆菌科(Rhodanobacteraceae)、黄单胞菌目(Xanthomonadales)、弗兰克氏菌目(Frankiales)等。以上研究结果为从微生物水平上研究温室栽培模式对茶园土壤生态质量的影响提供了参考。

基于高通量测序分析明胶加工废水处理过程中的微生物菌群差异性

为了解明胶加工废水处理过程中的细菌菌群结构差异性,采用Illumina Hiseq 2500平台对初沉水、好氧水、二沉泥和排放水4个取样点废水的细菌16S rRNA V3~V4区进行高通量测序。结果表明,在门水平,初沉水的优势细菌为变形菌门(Proteobacteria)(69.62%)和厚壁菌门(Firmicutes)(29.77%),好氧水和二沉泥的优势细菌为uncultured bacterium WS6(34.48%、22.75%)和变形菌门(24.85%、22.88%),排放水的优势细菌为螺旋体菌门(Saccharibacteria)(8.89%)和变形菌门(16.49%)。在属水平,初沉水的优势细菌为噬氢菌属(Hydrogenophaga)(37.57%),好氧水和二沉泥的优势细菌为uncultured bacterium p WS6(34.48%、22.76%),排放水的优势细菌为uncultured bacterium p Saccharibacteria(28.89%)。不同废水处理单元的微生物菌群结构差异明显。废水中的细菌群落与水质环境因子之间存在显著相关性(P<0.05)。海默氏菌属(Rheinheimera)与pH、Ca2+和氨氮浓度呈显著正相关(P<0.05),嗜碱菌属(Alkalibacterium)与总氮和化学需氧量呈显著正相关(P<0.05)。总之,废水水体环境因子与微生物菌群结构密切相关,通过构建二者之间关联性可了解废水中关键微生物菌群的功能作用。

基于Illumina MiSeq高通量测序的燕麦种带细菌多样性及功能分析

采用高通量测序法,分析7份来自不同地区的燕麦种带细菌群落的细菌丰度、Alpha多样性、Beta多样性和物种组成差异,并采用PICRUSt和FAPROTAX功能预测的方法分析了各种带细菌间的丰度差异。结果显示:1)7份燕麦中共获得5187个细菌可操作分类单元(OTUs),主要归属于33个门、180个目和435个属。2)基于OTUs的丰度及注释信息,7份燕麦种带细菌群落中变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、放线菌门和蓝菌门为优势菌门,立克次氏体目和鞘脂单胞菌目为优势菌目,鞘氨醇单胞菌属、Solibacter和假节杆菌属为优势菌属。3) Alpha多样性和Beta多样性表明不同燕麦品种的细菌群落多样性和群落结构具有较大差异,其中LXY-5具有最大的Alpha多样性。LEFSe分析更进一步显示不同的燕麦品种生物标记的物种不同。4) PICRUSt和FAPROTAX功能预测分析表明,燕麦种带细菌群落主要有代谢、有机系统和人类疾病3个代谢通路,分属于有42个KEGG和24个COG的二级代谢途径;FAPROTAX功能注释后共获得52个生态功能。研究结果为明确燕麦种带细菌多样性及开发新型基因资源提供了理论依据。

16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎手术时机选择的研究

目的探讨16S-rRNA测序技术分析早产儿肠道细菌基因组指导新生儿坏死性小肠结肠炎(NEC)手术时机选择。方法前瞻性选择2021年1月至2022年6月百色市人民医院需要手术治疗的NEC患儿30例为观察组,选择同期内科保守治疗的Ⅰ期15例和Ⅱa期15例患者为对照组。采用HiSeq测序平台,借助双端测序模式进行高通量二代测序,比较两组多样性指数、优势均属丰度及不同优势菌比值等;绘制受试者操作特征(ROC)曲线,分析16S-rRNA测序技术的指导价值。结果60例患者60份样本中共获得细菌84个,且两组样品均为副杆状菌属最高,其次为Ruminococcus、Blautia、Aeromonas和Fusobacterium;两组肠道菌群上述菌门丰度存在差异(P<0.05);从粪便标本中共获得有效序列7347481条,人均130857条,测序平均覆盖度为(92.15±5.61)%;观察组手术治疗的NEC患儿中香农-维纳(Shannon)及辛普森多样性(Simpson)指数低于对照组内科保守治疗患儿,差异有统计学意义(P<0.05);ROC曲线结果表明,16S-rRNA测序技术在NEC患儿手术时机选择中的指导AUC为0.846,指导灵敏度为87.51%,特异度为83.16%。结论NEC患儿常伴有肠道细菌基因组改变,且菌群结构的变化与患儿病情严重程度有关,通过16S-rRNA测序技术能指导NEC患儿手术治疗时机。

基于高通量测序技术研究菊苣酸对PDCoV感染仔猪肠道菌群影响的研究

为评价菊苣酸改善猪德尔塔冠状病毒(PDCoV)感染仔猪后引起其的肠道菌群失衡,本研究设置菊苣酸组、菊苣酸+感染组、感染组和空白组的仔猪结肠内容物样品进行16S rRNA基因高通量测序(Illumina Mi Seq),利用生物信息学软件对各组仔猪肠道微生物菌群多样性、菌群组成及物种差异进行分析。Alpha多样性分析显示,感染组仔猪结肠菌群多样性和丰度最低,菌群失衡;与感染组相比,菊苣酸+感染组仔猪结肠菌群多样性和丰度呈上升趋势。Beta多样性分析显示,菊苣酸+感染组的菌群结构与菊苣酸组、空白组相似,但与感染组存在差异。门、科、属、OUT水平的Venn分析显示,4个实验组中,菊苣酸组仔猪结肠菌群数量最多,感染组仔猪结肠菌群数量最少;菊苣酸+感染组仔猪结肠菌群数量与空白组相近。菌群群落组成分析显示,与空白组、菊苣酸组、菊苣酸+感染组相比,感染组仔猪的厚壁菌门(Firmicutes)、杆菌科(Lactobacillaceae)和乳杆菌属(Lactobacillus)的丰度呈升高趋势,拟杆菌门(Bacteroidota)的丰度降低趋势。菌群物种差异分析显示,互养菌门(Synergistota)的细菌丰度在空白组和菊苣组中呈显著增加,瘤胃球菌种(Ruminococcaceae)的细菌在感染组中的丰度最低。以上结果表明,仔猪口服菊苣酸后再以PDCoV感染,可改善PDCoV感染引起仔猪肠道菌群的失衡,恢复其肠道菌群的多样性和丰度。本研究为菊苣酸改善PDCoV感染引起仔猪肠道菌群的失衡提供了参考依据。

基于高通量测序分析苗药血人参根和根瘤内生菌的多样性

目的:探究血人参根和根瘤内生细菌的组成差异,筛选优势内生菌菌株。方法:通过对16S rRNA基因进行高通量测序,对血人参根及根瘤中内生菌进行物种注释、分类、物种多样性和组间差异分析。结果:血人参根和根瘤内生菌总计含有5 574个OTU,隶属于30门79纲192目324科587属。根部的内生菌总计有5 518个OTU,在门分类水平上相对丰度较高的主要为变形菌门Proteobacteria、放线菌门Actinobacteriota,在属水平上相对丰度较高的为游动放线菌属Actinoplanes和norank_f__Kineosporiaceae属,其平均相对丰度分别为18.60%、10.05%;根瘤中内生菌总计有895个OTU,在门分类水平上相对丰度较高的为变形菌门Proteobacteria,在属水平上慢生根瘤菌属Bradyrhizobium占据绝对优势,其平均相对丰度为97.87%。血人参根瘤中内生菌的Shannon、ACE及Chao指数均显著低于根中(P<0.05)。根瘤内参与氨基酸的转运和代谢,细胞的复制、重组和修复,细胞的生物发生等功能菌群相对丰度较高。结论:血人参根瘤中内生菌以埃氏慢生根瘤菌和大豆慢生根瘤菌为主,且与根部相比,物种多样性水平低、群落结构更为单一、物种分布不均匀。

基于高通量测序技术解析菌草酒发酵过程中细菌菌群变化

以11个不同发酵时期的菌草酒酒醅样品为研究对象,通过高通量测序技术初步解析菌草酒发酵过程中细菌菌群结构的变化。结果表明,菌草酒发酵过程中细菌菌群在不断调整和平衡,共注释到14个门、32个纲、62个目、89个科、117个属。优势细菌门(平均相对丰度>1%)有3个,分别为厚壁菌门(Firmicutes)、蓝藻菌门(Cyanobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)。优势细菌属有7个,其中未知菌属(unidentified)和魏斯氏菌属(Weissella)为发酵前期的绝对优势细菌属。片球菌属(Pediococcus)、乳酸菌属(Lactobacillus)、乳球菌属(Lactococcus)、泛生菌属(Pantoea)和芽孢杆菌(Bacillus)为发酵中后期的主要优势细菌属。主成分分析(PCA)结果表明,发酵0 d和2 d的样品较为接近,发酵0.5 d、1 d、3 d和5 d的样品较为接近,发酵7~21 d的样品距离较为接近,发酵30 d的样品与其他样本距离较远,说明不同发酵时期菌草酒酒醅样品的细菌菌群相似程度具有阶段性,且与发酵时间有关。

基于高通量测序分析不同地区魔芋根际土壤细菌群落多样性

以昆明、宁德、南阳3地区魔芋种植区域土壤为研究对象,使用Illumina MiSeq高通量测序技术,对细菌16S rRNA的V3~V4可变区进行测序,探究魔芋不同地区魔芋根际土壤中细菌群落结构和多样性的差异。结果表明,3处魔芋根际土壤样品共得到383726条有效序列,昆明、宁德、南阳样品分别得到2452种、2798种、2906种操作分类单元(OTUs)。Chao1指数、Ace指数、Shannon指数分析结果显示,3处土壤样品中细菌物种丰富度和多样性存在显著差异(P<0.05)。在属水平上,3地区魔芋根际土壤中细菌种类存在差异。昆明土壤样品中优势菌属(相对丰度≥1%)有12个,其中热酸菌属(Acidothermus)和芽单胞菌属(Gemmatimonas)为其独有;宁德土壤样品中优势菌属有7个,其中微杆菌属(Microbacterium)为其特有;南阳土壤样品中优势菌属有8个,芽孢杆菌属(Bacillus)为其独有。表明不同地区魔芋根际土壤细菌优势菌属存在明显不同。

基于高通量测序技术的广西咸梅细菌多样性分析

采用Illumina MiSeq高通量测序技术对广西地区9份咸梅样品的细菌多样性和群落结构进行解析。结果表明:咸梅样品中特有细菌种类较多但含量少,不同样品中细菌丰富度和多样性存在差异。优势细菌门分别为变形菌门(Proteobacteria)、硬壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),平均相对含量分别为66.97%、21.50%、5.30%和4.20%,优势细菌属及其相对含量分别是雷尔氏菌属(Ralstonia)53.28%、乳杆菌属(Lactobacillus)10.36%、伯克氏菌属(Burkholderia)6.16%、诺卡氏菌属(Nocardia)2.74%、芽孢杆菌属(Bacillus)1.75%、假单胞菌属(Pelomonas)1.35%和另枝菌属(Alistipes)1.00%。在对优势细菌属进行相关性分析后发现,雷尔氏菌属(Ralstonia)与伯克氏菌属(Burkholderia)和假单胞菌属(Pelomonas)均呈显著正相关(P<0.05),芽孢杆菌属(Bacillus)与另枝菌属(Alistipes)之间存在显著正相关(P<0.05),还有部分优势菌属间存在拮抗或竞争关系,乳杆菌属(Lactobacillus)与雷尔氏菌属(Ralstonia)和伯克氏菌属(Burkholderia)均呈显著负相关(P<0.05)。

基于高通量测序天麻土壤细菌群落结构分析

采集昭通彝良荞山镇不同年份种植天麻的土壤样品,记录采集样本名称和样品编号;选取其中3组,通过高通量测序技术,分析天麻种植土壤原壤、一麻壤和方竹壤的细菌群落结构变化及不同土壤中细菌物种丰度的差异。结果表明:原壤中特有细菌OTU>方竹壤>一麻壤;种植并收获一茬箭麻后,与原壤相比一麻壤中特有细菌明显减少,优势细菌丰度降低;种植方竹修复后,方竹壤中特有细菌数量恢复。说明通过种植当地经济作物方竹能修复天麻土壤细菌群落结构。

基于高通量测序的湘派卤牛肉细菌多样性分析

目的:为湘派卤牛肉保鲜保味,延长货架期。方法:对不同贮藏时间(0,4,8,12,16 d)的湘派卤牛肉样品中细菌进行多样性测序。结果:高通量测序共获得有效基因序列1 116 813条,平均每个样品74 454条。Alpha多样性分析表明,LNR8d中细菌丰度最高,LNR4d中细菌丰度最低;细菌门水平结果表明,在贮藏期间,15个卤牛肉样品中的优势菌门主要有:厚壁菌门、变形菌门和蓝细菌门。细菌属水平结果表明,LNR0d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;LNR4d的样品中优势菌属为巨大球菌属;LNR8d的样品中优势菌属为肠杆菌属;在LNR12d的样品中优势菌属为芽孢杆菌属;在LNR16d的样品中优势菌属为unidentified_Chloroplast。PCoA分析显示15个样品的组内样本之间距离较大,表明其菌群差异性较大。LEfSe分析表明,LNR4d~LNR16d样品中属水平下贡献最大的细菌菌群分别为巨大球菌属、微小杆菌属、乳杆菌属。结论:研究揭示了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌多样性,探索了湘派卤牛肉贮藏过程中的细菌变化情况及其优势菌属。