绿绒蒿属藏药植物ndhF和rbcL序列片段特征分析

应用叶绿体ndhF和rbcL序列对绿绒蒿属藏药植物欧贝:长叶绿绒蒿Meconopsis lancifolia、全缘叶绿绒蒿Meconopsis integrifolia、红花绿绒蒿Meconopsis punicea、尼泊尔绿绒蒿Meconopsis napaulensis;刺儿恩:总状绿绒蒿Meconopsis racemosa、多刺绿绒蒿Meconopsis horridula进行鉴别,对其序列特征差异和亲缘关系进行分析。PCR直接测序后获得六种绿绒蒿的rbcL和ndhF的部分序列。用Clustal X2.1和MEGA6.06等软件分析得到任意两种间均有变异位点和遗传距离,根据rbcL和ndhF基因部分序列数据分别建立系统树。rbcL序列分析显示,任意两种间有变异位点;ndhF序列分析显示,除总状绿绒蒿(居群1)和多刺绿绒蒿序列无明显差异外,其他任意两种间均有位点变异。根据叶绿体ndhF和rbcL基因序列数据可以很好的鉴别6种绿绒蒿属藏药植物。

射干及类似药用植物叶绿体rbcL基因序列分析

目的 对射干Belamcandachinensis(L .)DC .,鸢尾IristectorumMaxim .,野鸢尾I .dichotomaPall.,蝴蝶花I.japonicaThunb .和德国鸢尾I.germaicaL .等 5种药用植物进行叶绿体rbcL基因序列分析 ,并对其亲缘关系进行探讨。方法 CTAB(Cetyltrimelhylammoniumbromide,CTAB)法提取总DNA ,用作者设计的引物对鸢尾科 5种药用植物的叶绿体rbcL(ribulose 1,5 bisphosphatecarboxyloseLargeGene ,rbcL)基因进行扩增 ,PCR扩增产物纯化后 ,用ABI3 10DNA自动测序仪测序。结果 获得射干和 4种鸢尾属药用植物叶绿体rbcL基因部分序列 (约 75 0bp) ,除德国鸢尾外 ,其余 4种药用植物的rbcL基因序列为首次获得 ;用clustal 8 0 ,MEGA 2 0等软件分析统计获得的目的基因片段 ,得到碱基突变点 ,遗传距离 [碱基差异数 ( 1 0 0 0～ 2 0 0 0 0 )、颠换数为 ( 0 0 0 0～ 9 0 0 0 )、转换数为 ( 0 0 0 0～ 14 0 0 0 ) ],根据rbcL基因部分序列数据建立分子系统树。结论 根据叶绿体rbcL基因序列数据可以很好的鉴别

大豆rbcL基因克隆、序列分析及原核表达

利用叶绿体基因组保守性的特征,根据菜豆、豌豆、烟草的rbcL基因序列设计引物,从大豆叶绿体DNA中克隆rbcL基因,全长序列为1 488bp,包括1 449bp的开放阅读框,编码482个氨基酸。相似性比较显示,此序列与其它10个物种rbcL基因核苷酸的同源性为85.37%～95.31%,氨基酸的同源性为90.87%～96.47%。将该基因与表达载体pET-30a(+)连接,转化大肠杆菌Rosseta感受态细胞,PCR和酶切鉴定筛选阳性克隆,阳性菌液IPTG诱导后经10%SDS-PAGE分析,结果显示,诱导表达出分子量约为60kD的特异融合蛋白。

黄角苔叶绿体rbcL基因编码区的序列分析

测定了黄角苔（Ｐｈａｅｏｃｅｒｏｓｌａｅｖｉｓ（Ｌ．）Ｐｒｏｓｋ）叶绿体ｒｂｃＬ基因编码区的１３９８个核苷酸序列，并且由此推导出对应的氨基酸序列．此基因中密码子的第２和第３位上Ａ／Ｔ所占的比例较高，分别为５３６％和７７５％．黄角苔ｒｂｃＬ基因的编码区与花旗松、菠菜、玉米和雷氏衣藻间在核苷酸序列上的同源性分别为８４０％，８１５％，７９３％和７６３％；在氨基酸序列上的同源性分别为９１．０％，８９．９％，８８．５％和８９．３％．为研究角苔植物的系统发育提供了核苷酸序列方面的资料．

部分苔藓植物rbcL基因PCR-RFLP分析

运用 RFL P方法对苔藓类 6个科 9种植物叶绿体 rbc L基因的 PCR产物进行酶切分析 ,根据样本之间多态性片段 ,采用单联法对它们的遗传距离进行聚类分析 ,构建树状分支图 ,以此对苔藓植物的系统发育及其系统位置进行了初步探讨。

基于叶绿体基因rbcL和psbA-trnH间区探讨石杉科植物系统关系(英文)

关于石杉科Huperziaceae植物的分类,一直存在一些争议。在旧的分类体系中石杉科植物被包含在一个混合的石松科Lycopodiaceae和多谱系的石松属Lycopodium中。本文利用叶绿体rbcL基因和psbA-trnH基因间区序列探讨石杉科植物的系统位置及石杉科内部的分类关系,用最大简约法和邻接法对自测序列结合由GenBank下载的rbcL及psbA-trnH基因间区序列进行系统发育分析。结果显示,石杉科与Phylloglossum属关系较近,与石松科关系较疏远。在石杉科中热带石杉属Huperzia植物和马尾杉属Phlegmariurus植物的关系要比它们与其他石杉属植物更近。所以,我们的rbcL基因数据不支持秦仁昌关于石杉科分为石杉属和马尾杉属的分类处理。但是,因为我们的psbA-trnH序列没有包括热带种类,对石杉属植物和马尾杉属植物的关系无验证。因此需要更多的样品和序列数据进一步探讨石杉科的演化关系。

凤尾蕨科旱生蕨类rbcL基因的适应性进化和共进化分析

核酮糖-1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶(Rubisco,EC 4.1.1.39)是植物参与光合作用的关键酶,其大亚基由叶绿体rbcL基因编码。为深入理解凤尾蕨科植物对干旱生境的分子适应机制,本研究以53种凤尾蕨科旱生植物的rbcL基因为对象,展开适应性进化和共进化研究。采用位点间可变ω比值模型以及SLAC、REL和FEL等方法进行的适应性进化分析显示:在氨基酸水平上共有15个正选择位点(66S、84E、139L、235G、245I、252A、273Y、295K、296N、299M、307G、330E、349S、365F、404A),其中位点245I、252A和273Y对维持Rubisco功能起重要作用。共进化分析共鉴定出2组共进化位点,分别由139L、273Y、295K和273Y、295K、349S组成,这些氨基酸位点间的共进化方式与蛋白质的疏水性和分子量都显著相关。以上结果一方面支持基于ω比值检验DNA编码序列发生适应性进化的有效性,另一方面也提示凤尾蕨科植物对干旱生境的适应可能与rbcL基因的适应性进化有关。

基于rbcL基因序列的欧洲菟丝子分子检测

菟丝子属(Cuscuta L.)被列为我国禁止进境的植物检疫性有害生物,目前进出境口岸使用常规形态学鉴定方法对菟丝子属的检测很难鉴定到种。本文通过扩增寄生于大豆上的6种菟丝子的1,5-二磷酸核酮糖羧化酶/加氧酶大亚基基因(rbcL)序列,通过Clustal X比对分析该6种菟丝子基因序列的差异,设计了针对欧洲菟丝子的特异引物,实现了对欧洲菟丝子(Cuscuta europaea)快速、准确的PCR分子检测,灵敏度达到单粒种子,满足各口岸对欧洲菟丝子的检测需求。

红豆杉科及相关类群rbcL基因PCR-RFLP分析

运用RFLP方法对红豆杉科及相关类群 1 4种植物叶绿体rbcL基因PCR产物进行限制酶酶切分析 ,共获 2 9个酶切变异位点。采用PHYLIP软件包对限制位点变异数据进行极大简约法分析得到 1 8个步长为 6的最简约树并求得一致树 ,结果显示 :(1 )红豆杉科和三尖杉科属单系群 ;(2 )穗花杉属Amento taxus以置于红豆杉科内为宜 ,不支持将穗花杉属独立成科的处理方式 ;(3 )白豆杉应为红豆杉科内一个属Pseudotaxus;(4)三尖杉属内篦子三尖杉地位特殊 ,可设篦子三尖杉组 ;(5 )不赞同将竹柏类从罗汉松属中分离出去成立新科 ;(6 )红豆杉科、三尖杉科和罗汉松科三者间 ,前两者的关系更为接近。

青天葵及其混伪品的rbcL基因序列鉴定研究(英文)

本研究旨在利用植物DNA条形候选片段rbcL基因的序列信息鉴别青天葵及其混伪品。采用试剂盒法提取青天葵及其混伪品的叶片总DNA,一对通用引物应用于PCR扩增和双向测序。采用DNAMAN、CLUSTALX和MEGA4.0等软件进行序列拼接比对、遗传距离分析和聚类分析。获得的青天葵及其混伪品rbcL基因序列长度为502 bp,3个类型的青天葵序列完全一致,它们与毛叶芋兰之间存在5处差异;青天葵种内K2P遗传距离小于其与混伪品的种间K2P遗传距离;NJ聚类树显示,各物种均表现出单系性,并与其它物种相互区别。表明rbcL基因可用于鉴别青天葵及其混伪品。

甘薯叶绿体rbcL基因的克隆与序列分析

根据烟草、水稻和菠菜叶绿体的全基因组序列设计引物,以甘薯的叶绿体基因组DNA为模板,PCR扩增包含甘薯叶绿体rbcL完整基因(GenBank登录号为AY942199)在内的一段序列。序列分析表明:此片段的全长为1627bp,包括1443bp的编码区序列在内,推测编码480个氨基酸,同时构建了此片段的限制性酶切图谱。相似性比较显示,此基因编码区序列与烟草、菠菜、小麦、水稻、玉米、矮牵牛、紫花苜蓿、拟南芥、莨菪、葡萄以及甜菜的rbcL基因核苷酸的同源性为85%～98%,氨基酸的同源性为92%～95%。

石斛属植物rbcL基因序列变异和系统发育初步研究

目的探讨10种石斛植物叶绿体rbcL基因序列变异和系统发育关系。方法根据Genebank已经公布的植物rbcL基因序列设计一对引物,用于石斛rbcL基因PCR扩增。基因序列排列用Clustal X软件完成,应用Seqnconverter软件分析序列的长度、GC含量、GpC量、GCskew值等;用Mega4.1软件分析转换值、颠换值、转换/颠换比;采用最大简约法（maximum parsimony method）获得最大简约系统树;应用自展法（bootstrap）检验系统树,自展次数为1000次。结果10种石斛植物叶绿体rbcL基因的长度范围为944~950bp,其中536bp为保守位点,466bp为变异位点,439bp为具有系统发育信息的信息位点。基因中GC含量为40.61%~41.37%,GpC含量为4.03%~4.78%,GCskew值为0.0432~0.0821。序列转换/颠换比（Si/Sv）为0.9。结论利用PCR和核酸测序方法可以获得rbcL基因的核苷酸序列,能为石斛植物的系统发育研究提供核苷酸序列方面的资料。

甘蔗属及其近缘属种的rbcL基因序列变异和系统发育初步研究(英文)

甘蔗属及其近缘属种在分类关系上非常复杂 ,存在不少混乱。目前关于它们的分类学研究主要是基于形态学和同工酶水平 ,而基因水平上的报道很少。我们对甘蔗属及其近缘属种的部分rbcL基因片段 (1137bp)进行了测序比较 ,以期探讨rbcL基因能否用于研究甘蔗属及其近缘种之间的亲缘关系。序列比较显示rbcL基因在甘蔗属和近缘属种间的变异极低 ,一些来自不同属的个体序列完全一致 ,而某些同属内不同种个体却略有差异。这些结果表明rbcL基因在甘蔗属及其近缘属种之间的进化速率缓慢而不稳定 ,难以用于系统发育研究。不过 ,不同聚类方法都将斑茅与其它属种分开 ,放在玉米与甘蔗属和其它近缘属种分枝的外部 ,提示斑茅不应列入甘蔗属或蔗茅属 ,而应独立为一属。

苜蓿叶绿体DNA的提取及其Rbcl基因片段的克隆

[目的]获得高纯度的苜蓿叶绿体DNA(cpDNA)和Rbcl基因片段。[方法]采用改进的高盐低pH法分离和纯化苜蓿叶绿体DNA;利用叶绿体基因组进化中高度保守的特点,设计引物,从苜蓿叶绿体基因组中扩增Rbcl基因,利用生物学软件对测序结果进行分析。[结果]经检测分析,获得了产率较高和纯度较好的苜蓿叶绿体DNA,并用PCR方法扩增获得了1 130 bp的Rbcl基因片段。该基因片段有17个常用的限制性内切酶酶切位点,与烟草、水稻、菜豆、玉米、甘薯和甜菜中Rbcl基因核苷酸的同源性为85.6%～90.6%。[结论]为构建苜蓿叶绿体表达载体和通过叶绿体生物反应器生产药用蛋白等奠定了基础。

马尾树科的系统位置:来自rbcL基因核苷酸序列的证据

本文根据叶绿体基因ｒｂｃＬ的核苷酸序列证据讨论了单型科———马尾树科的系统关系。数据矩阵中包括了马尾树科及其它“高等”金缕梅类各科，并分别利用Ｃｕｎｏｎｉａｃｅａｅ科的Ｂａｕｅｒａ属，“低等”金缕梅类植物连香树属和枫香树属作为外类群进行分支分析。两种分析的结果是一致的。在ｒｂｃＬ基因树上，马尾树属和被用于分析的胡桃科各属紧密地结合在一起，支持马尾树科和胡桃科有非常近的亲缘关系。

菊花rbcL基因电子克隆及生物信息学、适应性进化分析

目的:利用电子克隆技术获得菊花叶绿体中编码核酮糖-1,5-二磷酸羧化氧化酶大亚基rbcL基因,并对该电子克隆的菊花rbcL基因序列、编码氨基酸的特性及适应性进化进行分析。方法:根据相关文献,利用电子克隆方法克隆出菊花rbcL完整基因序列,对其进行生物信息学分析、结构建模和评价。结果:通过电子克隆获得菊花rbcL基因完整的开放阅读框序列,该系列长1 452bp,编码氨基酸483个。在预测电子克隆菊花rbcL基因编码蛋白的二级结构中,主要有α螺旋19个,β折叠18个。通过适应性进化分析找到7个氨基酸正选择位点(228S,255V,279T,309M,328S,439T,449T)。结论:电子克隆获得菊花rbcL基因的完整序列为以后实验研究提供一定的参考数据,对所编码的蛋白质适应性研究有利于探究对菊科植物适应环境的机制。

小球藻核rDNA ITS与叶绿体rbcL基因序列分析及应用

用核基因组rDNA的内转录间隔区（ITS）和叶绿体rbcL基因对小球藻属（Chlorella）6株小球藻的种间和种内关系进行了分析。克隆序列与GenBank数据库检索到的相关小球藻序列（ITS和rbcL序列各为15条）一起进行比较分析。结果显示：ITS序列长度在小球藻种内高度保守，在种间变异较大；而rbcL序列长度在种间和种内水平都高度保守。15株小球藻ITS序列间遗传距离在0．000～0．663之间；而15株小球藻rbcL序列间距离在0．000～0．216之间。6株实验藻中原始小球藻F-2与蛋白核小球藻F-5、F-9近似种内关系；蛋白核小球藻820与普通小球藻Cvq亲缘关系极近；椭圆小球藻Ce与其它5株小球藻亲缘关系最远。研究表明将变异程度较高的核ITS序列与相对保守的叶绿体rbcL基因相结合可以用于小球藻系统发生分析和分子鉴定。

葡萄叶绿体rbcL基因的结构分析

以玫瑰香葡萄（Ｖｉｔｉｓｖｉｎｉｆｅｒａ Ｌ．）为材料，克隆了含有叶绿体ｒｂｃ Ｌ基因的３．１ ｋｂ Ｂａｍ ＨⅠ片段，构建了该基因的限制性酶切图谱，测定了该基因的核苷酸序列。所测的核苷酸序列总长度为２００４ ｂｐ，其中基因的编码区为１４２８ ｂｐ，编码一个含４７５ 个氨基酸的蛋白质，其分子量约为５３ ｋＤ；测定基因的５上游含启动子的部分共３５８ ｂｐ，包括－ １０ 区（ＴＡＡＡＡＴ）、－ ３５区（ＴＴＧＣＧＣ）和ＳＤ 序列（ＧＧＡＧＧ）；基因的３下游区共２１８ ｂｐ，含有３ 个转录茎环终止结构。玫瑰香葡萄ｒｂｃ Ｌ基因编码区的核苷酸序列与烟草、矮牵牛、菠菜、苜蓿、水稻和玉米之间的同源性分别为９１．５％ 、９１．４％ 、９０．２％ 、８９．８％ 、８６．３％ 和８４．５％ ；推导出的氨基酸序列的同源性分别为９２．２％ 、９１．６％ 、９２．２％ 、９３．７％ 、９３．５％ 和９０．１％ 。

rbcL基因序列分析对连香树科和交让木科系统位置的重新评价———兼论低等金缕梅类的关系

测定了悬铃木科和金缕梅科５个亚科的６个代表种的ｒｂｃＬ基因序列，对低等金缕梅类植物及新近提出的相关类群进行了分子系统发育分析，获得４个最简约树。简约树步长为８９３，其ＣＩ值和ＲＩ值分别为０．５５８和０．５９１。连香树科和交让木科与金缕梅科及虎耳草科关系较近。尽管增加了金缕梅科的取样密度，它们之间进一步的关系仍未得到分辨，结合它们的形态特征，连香树科和交让木科应置于金缕梅目内。ｒｂｃＬ基因树上反映出传统的“低等”金缕梅类成员领春木科与毛茛类植物聚在一起；悬铃木科与昆栏树科和水青树科关系较近，而与金缕梅科关系较远；杜仲科与低等金缕类的核心科———金缕梅科的关系似乎较除连香树科之外的其它低等金缕类成员近。低等金缕类植物由一些古老、孤立的科组成，且是多系的。