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REP-PCR及ERIC-PCR法对分离自海产品副溶血性弧菌分型分析 被引量:10
1
作者 马月姣 孙晓红 +3 位作者 赵勇 卢瑛 吴启华 潘迎捷 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第10期263-267,共5页
目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软... 目的:采用细菌基因外重复回文序列扩增(REP-PCR)和肠道细菌基因间重复序列扩增(ERIC-PCR)两种方法对副溶血性弧菌2株标准株,13株实验室保存菌株和73株分离菌株共88株进行分子分型。方法:通过REP和ERIC-PCR指纹图谱扩增,利用NTsys-pc软件采用Dice系数对指纹图谱进行聚类结果分析。结果:所有供试菌株可通过此两种方法进行分型得到清晰的指纹图谱,并反映出副溶血性弧菌具有丰富的遗传多样性,REP-PCR扩增出5~9条分布在609~4200bp之间的条带,可将副溶血性弧菌分为5个群12类型,分辨指数达0.93,其中tdh+株在相似系数0.86时可聚类在第Ⅰ群;ERIC-PCR扩增出5~11条分布在400~7593bp之间的条带,将副溶血性弧菌分为7个群11个类型,分辨指数为0.94,其中tdh+株在相似系数0.76时可聚类在第Ⅰ群。结论:两种方法均显现出很好的分型能力,能够很好地将环境分离tdh+菌株和标准菌株聚类在一起,其中REP-PCR较ERIC-PCR重复性更好。 展开更多
关键词 副溶血性弧菌 TDH 肠内细菌基因组间重复序列分析 细菌基因外重复回文序列扩增 分型
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鸡产气荚膜梭菌遗传多样性的REP-PCR分析 被引量:8
2
作者 郑晓丽 倪学勤 +2 位作者 曾东 JOSHUA Gong 宋振银 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期383-388,共6页
为探讨鸡产气荚膜梭菌流行现状的调查方法,采用REP-PCR(repetitive extragenic palindromicPCR)技术对四川省10个规模化鸡场分离得到的34株A型产气荚膜梭菌进行了遗传多样性分析,并与AFLP(amplified fragment length polymorphism)方法... 为探讨鸡产气荚膜梭菌流行现状的调查方法,采用REP-PCR(repetitive extragenic palindromicPCR)技术对四川省10个规模化鸡场分离得到的34株A型产气荚膜梭菌进行了遗传多样性分析,并与AFLP(amplified fragment length polymorphism)方法进行了分型比较。结果显示,尽管REP-PCR分型方法只能将34株产气荚膜梭菌分为7个亚型,但是,仍然表现出对产气荚膜梭菌菌株的较高的鉴别能力,不失为一种简便、快速、可靠的产气荚膜梭菌分型方法。经对亚型分布情况进行分析,表明产气荚膜梭菌的流行特点与地区差异相关,不同鸡场产气荚膜梭菌的亚型差异明显,而同一鸡场的亚型较单一,以一种亚型为主,交叉有少数其他亚型;优势基因型为REP-PCR基因1型、2型和3型。证实,REP-PCR技术适用于鸡产气荚膜梭菌遗传多样性分析。 展开更多
关键词 产气荚膜梭菌 遗传多样性 基因组重复序列聚合酶链式反应
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老年人根面菌斑内氏放线菌临床分离株基因型多样性分析 被引量:2
3
作者 郭斌 杨帆 +2 位作者 贾岳 夏茜 周学东 《华西口腔医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2010年第6期646-648,652,共4页
目的分析老年人根面菌斑中内氏放线菌临床株的基因型多样性,探讨内氏放线菌基因型与根面龋的关系。方法选择老年根面龋患者20例设为根面龋组,无根面龋老年人20例设为无龋组。根面龋组以暴露的无龋根面和根面龋损部位为取样位点,无龋组... 目的分析老年人根面菌斑中内氏放线菌临床株的基因型多样性,探讨内氏放线菌基因型与根面龋的关系。方法选择老年根面龋患者20例设为根面龋组,无根面龋老年人20例设为无龋组。根面龋组以暴露的无龋根面和根面龋损部位为取样位点,无龋组以暴露的根面为取样位点,刮取菌斑进行临床株的分离鉴定,并利用基因外重复回文序列聚合酶链反应(REP-PCR)分析内氏放线菌基因型的多样性。结果 2组共分离出内氏放线菌299株,选择156株进行REP-PCR分析,分离出61个不同的基因型。根面龋组无龋根面分离的57株内氏放线菌有25个基因型,根面龋损部位分离的34株有25个基因型,无龋组分离的65株有26个基因型:内氏放线菌基因型存在多样性。单个取样位点的基因型数目存在差异(P<0.05)。结论多种基因型的内氏放线菌参与了根面龋的发生。 展开更多
关键词 内氏放线菌 根面龋 基因型 基因外重复回文序列聚合酶链反应
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耐阿米卡星铜绿假单胞菌氨基糖苷类耐药基因及其基因型研究 被引量:8
4
作者 由然 孙立颖 《检验医学》 CAS 北大核心 2010年第5期341-344,共4页
目的了解耐阿米卡星(AMK)铜绿假单胞菌(Pa)的氨基糖苷类修饰酶基因和氨基糖苷耐药基因的存在情况及其基因型。方法对临床分离的72株多重耐药Pa(其中对AMK耐药Pa组和对AMK敏感Pa组各36株)分别用聚合酶链反应(PCR)测定9种主要的氨基糖苷... 目的了解耐阿米卡星(AMK)铜绿假单胞菌(Pa)的氨基糖苷类修饰酶基因和氨基糖苷耐药基因的存在情况及其基因型。方法对临床分离的72株多重耐药Pa(其中对AMK耐药Pa组和对AMK敏感Pa组各36株)分别用聚合酶链反应(PCR)测定9种主要的氨基糖苷类修饰酶基因和2种氨基糖苷耐药基因,用基因外重复回文序列(REP)-PCR进行基因型研究。结果在分组研究中AMK耐药Pa组表现为aac(6′)-Ⅰ和aac(3)-Ⅱ基因同时阳性的占42.4%,aac(6′)-Ⅰ和ant(2″)-Ⅰ基因同时阳性的占36.4%,是耐药组的主要修饰酶基因;AMK敏感Pa组表现为aac(6′)-Ⅰ基因阳性的占50.0%,aac(3)-Ⅱ基因阳性的占33.2%,是敏感组的主要修饰酶基因。2种氨基糖苷耐药基因(RmtA和RmtD)均为阴性。REP-PCR显示耐药菌株可分为A~G 7型,其中AMK耐药Pa组的主要分型为F型(其中尤以F1型为多);AMK敏感Pa组以E型为多见。结论通过2种或多种氨基糖苷类修饰酶同时作用于AMK是Pa对AMK耐药的重要途径之一。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 阿米卡星 氨基糖苷类修饰酶基因 RmtA基因 RmtD基因 基因外重复回文序列-聚合酶链反应
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亚胺培南耐药鲍曼不动杆菌分子流行病学研究 被引量:1
5
作者 蒋伟 常东 +2 位作者 张恒 王伟哲 于勇 《感染.炎症.修复》 2010年第2期83-86,共4页
目的:从基因水平了解多重耐药鲍曼不动杆菌临床感染的流行情况,为控制其流行爆发提供实验数据。方法:收集本院亚胺培南耐药鲍曼不动杆菌29株,用琼脂稀释法测定13种常用抗菌药物对其的最低抑菌浓度(MI(),采用细菌基因组重复序列聚合酶链... 目的:从基因水平了解多重耐药鲍曼不动杆菌临床感染的流行情况,为控制其流行爆发提供实验数据。方法:收集本院亚胺培南耐药鲍曼不动杆菌29株,用琼脂稀释法测定13种常用抗菌药物对其的最低抑菌浓度(MI(),采用细菌基因组重复序列聚合酶链反应(REP-PCR)检测上述菌株的分子流行病学特征。结果:29株鲍曼不动杆菌对头孢他啶、头孢吡肟、环丙沙星、左氧氟沙星等的耐药率分别为96.8%、100.0%、100.0%、50%。29株鲍曼不动杆菌分离自ICU、烧伤科、呼吸科3个科室,经REP-PCR检测分为A型13株、B1型7株、B2型5株、B3型4株。结论:我院在3个科室多重耐药鲍曼不动杆菌流行较严重基因分析表明在不同病房不同标本同一时间段内检测出的细菌具有高度同源性;多黏菌素对临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌具有很好的活性。 展开更多
关键词 鲍曼不动杆菌 分子流行病学 重复片段聚合酶链反应基因指纹分析
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新疆维吾尔族肠道中高产胞外多糖双歧杆菌的筛选及其抗氧化活性 被引量:4
6
作者 蔡静静 徐晓裕 +4 位作者 张艳 张亚川 魏小晶 阚泽宇 倪永清 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2020年第8期144-151,共8页
使用Wilkins-Chalgren厌氧菌琼脂和BSM培养基作为筛选平板,结合重复基因外回文序列-聚合酶链式反应和16S rRNA序列分析,对新疆维吾尔族婴儿及其母亲粪便中的双歧杆菌(Bifidobacterium)进行分离鉴定,并筛选出高产胞外多糖的双歧杆菌,测... 使用Wilkins-Chalgren厌氧菌琼脂和BSM培养基作为筛选平板,结合重复基因外回文序列-聚合酶链式反应和16S rRNA序列分析,对新疆维吾尔族婴儿及其母亲粪便中的双歧杆菌(Bifidobacterium)进行分离鉴定,并筛选出高产胞外多糖的双歧杆菌,测定其多糖的抗氧化活性以及菌株的耐受性和黏附性。结果显示,20份粪便样品中共分离出52株双歧杆菌,其中假小链双歧杆菌(B.pseudocatenulatum)14株,假长双歧杆菌(B.pseudolongum)8株,两歧双歧杆菌(B.bifidum)9株,短双歧杆菌(B.breve)7株,长双歧杆菌婴儿亚种(B.longum subsp.infantis)5株,动物双歧杆菌乳亚种(B.animal subsp.lactis)6株以及长双歧杆菌(B.longum)3株。经过表型初筛和苯酚-硫酸法复筛,共筛选出7株高产胞外多糖的双歧杆菌,37℃发酵36 h后胞外多糖产量均可达400 mg/L以上。抗氧化活性实验结果表明7株双歧杆菌所产的胞外多糖对过氧化氢自由基、超氧阴离子自由基、羟自由基和1,1-二苯基-2-三硝基苯肼自由基均有一定的清除能力。此外,菌株BF66-16相较于其他几株双歧杆菌具有较强的胃肠液耐受性以及黏附性,因此来源于婴儿粪便的BF66-16可以作为潜在的抗氧化菌株应用于制药和食品工业中。 展开更多
关键词 双歧杆菌 重复基因外回文序列-聚合酶链式反应 胞外多糖 抗氧化活性
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微卫星多态性和重复序列PCR分析技术在热带假丝酵母菌基因分型中的应用 被引量:2
7
作者 汪国庆 李贞 彭奕冰 《诊断学理论与实践》 2019年第1期77-81,共5页
目的:评估微卫星多态性分析技术和重复序列PCR分析技术在临床热带假丝酵母菌基因分型中的应用。方法:收集2014年8月到2015年11月来自上海4家医院临床分离的热带假丝酵母菌共50株,分别以Ca21、Ca22、Com21两两组合为引物,选用最合适的引... 目的:评估微卫星多态性分析技术和重复序列PCR分析技术在临床热带假丝酵母菌基因分型中的应用。方法:收集2014年8月到2015年11月来自上海4家医院临床分离的热带假丝酵母菌共50株,分别以Ca21、Ca22、Com21两两组合为引物,选用最合适的引物组合进行重复序列聚合酶链反应(repetitive extragenic palindromic polymerase chain reaction,REP-PCR)后电泳获得REP-PCR分型。采用Ctrm1、Ctrm10、Ctrm12这3种微卫星标记进行微卫星多态性分析。比较2种基因分型方法的结果和分辨力。结果:REP-PCR以Ca21-Com21引物组合的分型效果最好,50株热带假丝酵母菌经REP-PCR分型得到共7种REP-PCR型,鉴别力指数(index of discriminatory power, DP)为0.75。经多态性分型得30种基因型,DP为0.97。结论:微卫星多态性分析简便、快捷,分辨力高于REP-PCR检测,可作为实验室基因分型的首选方法。 展开更多
关键词 热带假丝酵母菌 基因分型 重复序列PCR 微卫星多态性技术
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烧伤病房鲍氏不动杆菌耐药性趋势和同源性分析 被引量:5
8
作者 孙珍 向军 +1 位作者 宋菲 郇京宁 《中华烧伤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期92-94,共3页
目的 监测烧伤病房鲍氏不动杆菌耐药性趋势和同源性情况.方法收集2008年11月-2009年2月、2010年6-9月笔者单位住院烧伤患者创面、血液和静脉导管分离的鲍氏不动杆菌26株,采用K-B纸片扩散法检测该菌对阿米卡星、庆大霉素等13种临床常用... 目的 监测烧伤病房鲍氏不动杆菌耐药性趋势和同源性情况.方法收集2008年11月-2009年2月、2010年6-9月笔者单位住院烧伤患者创面、血液和静脉导管分离的鲍氏不动杆菌26株,采用K-B纸片扩散法检测该菌对阿米卡星、庆大霉素等13种临床常用抗生素的耐药性,用重复序列PCR法检测基因分型.对细菌耐药率数据进行x2检验.结果 (1)26株鲍氏不动杆菌中多药耐药菌株16株、泛耐药菌株9株,菌株对庆大霉素、哌拉西林、哌拉西林/他唑巴坦、头孢呋辛、头孢噻肟、头孢他啶、头孢吡肟、环丙沙星、亚胺培南和美罗培南的耐药率均高达90.00%以上;对头孢哌酮/舒巴坦的耐药率最低,为42.31%(11/26).26株鲍氏不动杆菌对13种抗生素的耐药率比较,差异有统计学意义(42.31%~100.00%,χ2=97.371,P<0.05).(2)26株鲍氏不动杆菌共分为7个基因型:A型17株,B型3株,C型2株,D、E、F、G型各1株.17株A型菌株中,2008、2009年各1株,2010年15株;创面来源11株、血液和静脉导管来源共6株.结论笔者单位烧伤病房近年来存在鲍氏不动杆菌同一克隆株A型的流行,对临床常用抗生素呈多药耐药或泛耐药趋势.目前头孢哌酮/舒巴坦是治疗烧伤患者鲍氏不动杆菌感染的首选药物. 展开更多
关键词 烧伤 鲍氏不动杆菌 基因型 抗菌药 抗药性 重复序列PCR
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水库水非点源粪便污染微生物源追踪法鉴定 被引量:3
9
作者 顾玲 李伟伟 +5 位作者 丁震 汪华 周璐 董晨 胡晓抒 陈晓东 《中国公共卫生》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期644-647,共4页
目的应用细菌基因组重复序列PCR技术(rep-PCR)微生物源追踪方法对江苏省盱眙县桂五水库中粪便污染来源进行追踪。方法分别采集不同季节水库周边已知来源粪便标本,分离大肠埃希菌作为指示菌,建立已知污染源指示菌rep-PCR特征指纹库,用基... 目的应用细菌基因组重复序列PCR技术(rep-PCR)微生物源追踪方法对江苏省盱眙县桂五水库中粪便污染来源进行追踪。方法分别采集不同季节水库周边已知来源粪便标本,分离大肠埃希菌作为指示菌,建立已知污染源指示菌rep-PCR特征指纹库,用基因聚类分析软件计算平均正确归类率,进行判别分析和多元方差分析;同期采集水库水样,分离并确认指示菌,进行rep-PCR扩增,与已知污染源数据库进行对比,判断水样中指示菌污染来源。结果将已知源数据库分为2,3,4,5和9类时,平均正确归类率分别为89.19%,77.58%,76.69%,75.25%和70.92%;已知源数据库可区分指示菌的不同来源。对534株水库水样指示菌微生物源追踪结果显示,人、鸡、鸭、鹅、狗、猪、牛、羊和野生动物各占26.49%,14.74%,7.77%,5.78%,3.98%,7.97%,10.96%,8.76%和8.57%。结论桂五水库粪便污染来源种类繁多,其中人、鸡和牛为主要污染源;该方法为查找水体粪便污染来源及污染整改效果评估提供了新技术。 展开更多
关键词 微生物源追踪 大肠埃希菌 细菌基因组重复序列PCR技术(rep-PCR) 平均正确归类率 粪便污染
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应用不同微生物源追踪方法追踪水库中粪便污染来源 被引量:6
10
作者 顾玲 丁震 +7 位作者 汪华 陈晓东 李伟伟 叶珣 刘晓阳 张磊 林龙 胡晓抒 《中国卫生检验杂志》 CAS 2010年第2期249-252,共4页
目的:用两种不同的微生物源追踪(Microbial source tracking,MST)方法对江苏省盱眙县桂五水库粪便污染来源进行追踪。方法:于春、夏、秋、冬4季分别采集水库周边已知来源粪便标本,分离大肠埃希菌并作为指示菌,分别建立已知源指示菌细菌... 目的:用两种不同的微生物源追踪(Microbial source tracking,MST)方法对江苏省盱眙县桂五水库粪便污染来源进行追踪。方法:于春、夏、秋、冬4季分别采集水库周边已知来源粪便标本,分离大肠埃希菌并作为指示菌,分别建立已知源指示菌细菌基因组重复序列PCR(repetitive Extragenic Palindromic-Polymerase chain reaction,rep-PCR)特征指纹库和已知源指示菌抗生素敏感性(Antibiotic Resistance Analysis,ARA)数据库,并分别用统计分析及试验设计软件(JMP7.0软件)和基因聚类分析软件(Bionumerics 4.0软件)计算平均正确归类率(Average Rate of Correct Classification,ARCC),以检验各自的宿主来源区分效果。同期采集水样,膜过滤法分离并确认指示菌,分别进行rep-PCR扩增和ARA试验,并分别与已知源指示菌rep-PCR特征指纹库和ARA数据库进行统计学比对,判断桂五水库中粪便污染来源。结果:将已知源指示菌rep-PCR特征指纹库和ARA数据库分别分为2、3、4、5和9类时,平均正确归类率分别为:89.19%、77.58%、76.69%、75.25%、70.92%和88.59%、84.98%、80.81%、79.58%、76.71%。两个已知源指示菌数据库均可较好地区分指示菌的不同来源。rep-PCR微生物源追踪和ARA微生物源追踪分别对534和547株水样指示菌进行了分析,判别分析结果分别显示人、鸡、鸭、鹅、狗、猪、牛、羊和野生动物各占26.49%、14.74%、7.77%、5.78%、3.98%、7.97%、10.96%、8.76%、8.57%和32.72%、8.78%、1.28%、2.01%、9.51%、12.98%、1.83%、28.34%、1.83%。结论:水体标本监测结果显示桂五水库粪便污染来源种类繁多,两种方法追踪结果不尽相同,rep-PCR法提示人、鸡和牛为主要污染源,ARA法结果显示人、羊和猪是最主要的污染贡献者,这可能与两法所选指示菌不完全相同有关,也可能是方法本身的差异导致源追踪结果有差异。 展开更多
关键词 微生物源追踪 大肠埃希菌 细菌基因组重复序列PCR 抗生素敏感性试验 平均正确归类率 粪便污染
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Characterization of 1-Aminocyclopropane-1-Carboxylate(ACC) Deaminase-Containing Pseudomonas spp.in the Rhizosphere of Salt-Stressed Canola 被引量:2
11
作者 A.R.AKHGAR M.ARZANLOU +1 位作者 P.A.H.M.BAKKER M.HAMIDPOUR 《Pedosphere》 SCIE CAS CSCD 2014年第4期461-468,共8页
When exposed to biotic or abiotic stress conditions, plants produce ethylene from its immediate precursor 1-aminocyclopropane-1- carboxylate (ACC), leading to retarded root growth and senescence. Many plant growth-p... When exposed to biotic or abiotic stress conditions, plants produce ethylene from its immediate precursor 1-aminocyclopropane-1- carboxylate (ACC), leading to retarded root growth and senescence. Many plant growth-promoting rhizobacteria contain the enzyme ACC deaminase and this enzyme can cleave ACC to form a-ketobutyrate and ammonium, thereby lowering levels of ethylene. The aim of this study was to isolate and characterize ACC deaminase-producing bacteria from the rhizosphere of salt-stressed canola (Brassica napus L.). Out of 105 random bacterial isolates, 15 were able to utilize ACC as the sole source of nitrogen. These 15 isolates were also positive for indole acetic acid (IAA) production. Phylogenetic analysis based on partial 16S rDNA sequences showed that all isolates belonged to fluorescent Pseudomonas spp. In the canola rhizosphere investigated in this study, Pseudomonas fluorescens was the dominant ACC deaminase-producing species. Cluster analysis based on BOX-AIR-based repetitive extragenic palindromic-polymerase chain reaction (BOX-PCR) patterns suggested a high degree of genetic variability in ACC deaminase-producing P. fluorescens strains. The presence of indigenous ACC-degrading bacteria in the rhizosphere of canola grown in saline soils indicates that these bacteria may contribute to salinity tolerance. 展开更多
关键词 BOX-AiR-based repetitive extragenic palindromie-polymerase chain reaction (BOX-PCR) ethylene indole acetic acid phylogenetic analysis plant growth-promoting rhizobacteria (PGPR) Pseudomonas fluorescens
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