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Emergence of Plastidial Intergenic Spacers as Suitable DNA Barcodes for Arid Medicinal Plant <i>Rhazya stricta</i>
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作者 Samia A. Khan Mohammed N. Baeshen +1 位作者 Hassan A. Ramadan Nabih A. Baeshen 《American Journal of Plant Sciences》 2017年第8期1774-1789,共16页
The desert plant Rhazya stricta has anticancer and antimicrobial properties, and is widely used in indigenous medicines of Saudi Arabia. However, the therapeutic benefits rely on an accurate identification of this spe... The desert plant Rhazya stricta has anticancer and antimicrobial properties, and is widely used in indigenous medicines of Saudi Arabia. However, the therapeutic benefits rely on an accurate identification of this species. The authenticity of R. stricta and other medicinal plants and herbs procured from local markets can be questionable due to a lack of clear phenotypic traits. DNA barcoding is an emerging technology for rapid and accurate species identification. In this study, six candidate chloroplastid barcodes were investigated for the authentication of R. stricta. We compared the DNA sequences from fifty locally collected and five market samples of R. stricta with database sequences of R. stricta and seven closely related species. We found that the coding regions matK, rbcL, rpoB, and rpoC1 were highly similar among the taxa. By contrast, the intergenic spacers psbK-psbI and atpF-atpH were variable loci distinct for the medicinal plant R. stricta. psbK-psbI clearly discriminated R. stricta samples as an efficient single locus marker, whereas a two-locus marker combination comprising psbK-psbI + atpF-atpH was also promising according to results from the Basic Local Alignment Search Tool and a maximum likelihood gene tree generated using PHyML. Two-dimensional DNA barcodes (i.e., QR codes) for the psbK-psbI and psbK-psbI + atpF-atpH regions were created for the validation of fresh or dried R. stricta samples. 展开更多
关键词 Rhazya STRICTA Medicinal Plant dna BARCODING matK rbcl rpoB rpoC1 atpF-atpH psbK-psbI Two-Dimensional dna Barcode QR code
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基于混沌理论与DNA动态编码的卫星图像加密算法 被引量:3
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作者 肖嵩 陈哲 +2 位作者 杨亚涛 马英杰 杨腾 《电子与信息学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2024年第3期1128-1137,共10页
针对卫星图像在传输、存储过程中涉及的信息安全问题,该文提出一种新型的基于混沌理论与DNA动态编码的卫星图像加密算法。首先,提出一种改进型无限折叠混沌映射,拓宽了原有无限折叠混沌映射的混沌区间。之后,结合改进型Chebyshev混沌映... 针对卫星图像在传输、存储过程中涉及的信息安全问题,该文提出一种新型的基于混沌理论与DNA动态编码的卫星图像加密算法。首先,提出一种改进型无限折叠混沌映射,拓宽了原有无限折叠混沌映射的混沌区间。之后,结合改进型Chebyshev混沌映射与SHA-256哈希算法,生成加密算法的密钥流,提升算法的明文敏感性。然后,利用混沌系统的状态值对Hilbert局部置乱后的像素进行DNA编码,实现DNA动态编码,解决了DNA编码规则较少所带来的容易受到暴力攻击的弱点。最后,使用混沌序列完成进一步混沌加密,从而彻底混淆原始像素信息,增加加密算法的随机性与复杂性,得到密文图像。实验结果表明,该算法具有较好的加密效果和应对各种攻击的能力。 展开更多
关键词 卫星图像加密 混沌理论 dna动态编码 哈希算法
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DNA存储场景下的大小喷泉码模型设计
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作者 崔竞松 蒋昌跃 郭迟 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2024年第1期72-82,共11页
在DNA存储等应用场景中,传统喷泉码算法需要占用额外信道资源将源文件分组数目K传递给解码端。在实际应用中,虽然可以将K嵌入在每一个编码数据分组中进行传递,但这种做法会严重浪费信道的带宽。针对上述问题,提出了一种大小喷泉码模型,... 在DNA存储等应用场景中,传统喷泉码算法需要占用额外信道资源将源文件分组数目K传递给解码端。在实际应用中,虽然可以将K嵌入在每一个编码数据分组中进行传递,但这种做法会严重浪费信道的带宽。针对上述问题,提出了一种大小喷泉码模型,通过增加小喷泉码这一带外信道来优化关键参数的传递。小喷泉码将每个编码分组中有关参数K所占用空间的粒度降至1 bit,有效减少了带宽资源的消耗。此外,小喷泉码还能适应由于DNA存储介质不均匀所导致的编码序列不定长的限制条件,一定条件下甚至可以完全不占用额外信道带宽。 展开更多
关键词 dna存储 喷泉码 LT码 规避序列
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基于DNA条形码ITS对西藏不同地理居群红景天的鉴定研究
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作者 刘青 钟迎春 +5 位作者 顿珠 王化东 郑雷 尕藏卓玛 索朗次仁 白玛次旦 《西部中医药》 2024年第9期42-45,共4页
目的:对大花红景天和长鞭红景天进行2种DNA条形码的碱基序列分析,并构建系统进化树,为大花红景天的真伪鉴定提供参考。方法:提取3份样品基因组DNA,对内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)片段进行PCR扩增,双向测序,获得其序... 目的:对大花红景天和长鞭红景天进行2种DNA条形码的碱基序列分析,并构建系统进化树,为大花红景天的真伪鉴定提供参考。方法:提取3份样品基因组DNA,对内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)片段进行PCR扩增,双向测序,获得其序列信息;运用MEGA7.0对所有样品的ITS序列及GenBank共21条进行比对、计算种内种间遗传距离,构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。结果:编号为A1~A14的大花红景天聚为一支,编号为K1~K7的长鞭红景天聚为一支;同时发现ITS序列信息变化与地域和环境明显相关。结论:将ITS序列作为DNA条形码能准确、快速地鉴别大花红景天,可为其种质资源鉴定及物种鉴别提供依据。 展开更多
关键词 大花红景天 长鞭红景天 dna条形码 ITS 鉴定
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基于混沌系统和喷泉码的DNA加密编码方法 被引量:1
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作者 袁涛 曲强 姜青山 《集成技术》 2024年第3期4-24,共21页
在这个海量数据时代,DNA是一种很好的新信息存储媒介。与传统的物理存储介质相比,它具有能耗低、存储密度高、存储寿命长等固有的优点。随着DNA存储技术的快速发展,如何保障新技术下的信息安全至关重要。为此,该文结合加密领域研究和DN... 在这个海量数据时代,DNA是一种很好的新信息存储媒介。与传统的物理存储介质相比,它具有能耗低、存储密度高、存储寿命长等固有的优点。随着DNA存储技术的快速发展,如何保障新技术下的信息安全至关重要。为此,该文结合加密领域研究和DNA编码领域研究,提出了一种基于混沌系统和喷泉码的DNA加密编码方法,利用混沌系统加密原理,在DNA喷泉码编码过程中进行加密,在保留DNA喷泉码特性的同时,保障了编码信息的安全性。该方法可用于任意类型数据,可实现高信息密度和任意约束条件的DNA编码。同时,通过仿真实验证明,该方法可以有效抵抗多种密码学攻击,并对DNA存储过程产生的数据错误有一定纠错能力。 展开更多
关键词 dna存储 加密 喷泉码 信息安全
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Beyond a Quartic Polynomial Modeling of the DNA Double-Helix Genetic Code 被引量:3
6
作者 Hans Hermann Otto 《Journal of Applied Mathematics and Physics》 2021年第10期2558-2577,共20页
By combination of finite number theory and quantum information, the complete quantum information in the <em>DNA</em> genetic code has been made likely by <em>Planat et al</em>. (2020). In the p... By combination of finite number theory and quantum information, the complete quantum information in the <em>DNA</em> genetic code has been made likely by <em>Planat et al</em>. (2020). In the present contribution a varied quartic polynomial contrasting the polynomial used by <em>Planat et al</em>. is proposed that considered apart from the golden mean also the fifth power of this dominant number of nature to adapt the code information. The suggested polynomial is denoted as <em>g</em>(<em>x</em>) = <em>x</em><sup>4</sup> - <em>x</em><sup>3</sup> - (4 - <em><i style="white-space:normal;">&#981;</i></em><sup>2</sup> )<em>x</em><sup>2</sup> + (4 – <i>&#981;</i><sup>2</sup>)x + 1, where <img src="Edit_40efe764-d690-499f-8424-129f9ca46f78.bmp" alt="" /> is the golden mean. Its roots are changed to more golden mean based ones in comparison to the <em>Planat</em> polynomial. The new coefficients 4 – <em>&#981;</em><sup>2</sup> instead of 4 would implement the fifth power of the golden mean indirectly applying <img src="Edit_5b44b644-3f59-4fad-a586-ec5345ba6be4.bmp" alt="" />. As an outlook, it should be emphesized that the connection between genetic code and resonance code of the <em>DNA</em> may lead us to a full understanding of how nature stores and processes compacted information and what indeed is consciousness linking everything with each other suggestedly mediated by all-pervasive dark constituents of matter respectively energy. The number-theoretical approach to <em>DNA</em> coding leads to the question about the helical structure of the electron. 展开更多
关键词 dna Genetic code dna Resonance code Qartic Polymial Golden Mean Silver Mean Fifth Power of the Golden Mean Fiboacci Number 13 α-Helix Icosahedron Equation Number Theory Quantum Computation Consciousness Dark Energy Electron’s Structure
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抗明文攻击的动态DNA编码数字图像加密算法
7
作者 黄湧 雷通 《计算技术与自动化》 2024年第2期138-144,共7页
针对传统图像加密算法易受明文攻击的问题,提出了结合DNA动态编码和离散混沌系统的数字图像加密算法。首先,选取动力学特性复杂且计算复杂度低的离散混沌系统,为图像密码系统提供优质熵源。接着,设计明文相关机制生成混沌加密序列以抵... 针对传统图像加密算法易受明文攻击的问题,提出了结合DNA动态编码和离散混沌系统的数字图像加密算法。首先,选取动力学特性复杂且计算复杂度低的离散混沌系统,为图像密码系统提供优质熵源。接着,设计明文相关机制生成混沌加密序列以抵御选择明文攻击。然后,利用混沌序列对图像比特平面置乱,并依次进行DNA编码、混淆和解码的操作。最后,执行比特平面混淆以获得最终的密文。理论分析和实验结果表明,本文的图像加密算法具有密钥空间大、相邻像素相关性强、直方图统计特性优良等特性,该算法在抵抗明文攻击时的鲁棒性。 展开更多
关键词 dna编码 图像加密 混沌系统
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基于Julia集和DNA编码的彩色图像加密算法
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作者 朱静 杭后俊 +3 位作者 郭萍 程永建 吴亚玲 孙永妍 《计算机与数字工程》 2024年第8期2479-2483,2504,共6页
安全性在图像传输过程中至关重要,为了保证图像信息的安全传输,提出了一种基于Julia集和DNA编码的彩色图像加密算法,该算法使用边界具有混沌性的Julia集作为密钥,并使用幻方置乱对Julia集边界放大区域进行密钥转化,得到密钥图像,结合DN... 安全性在图像传输过程中至关重要,为了保证图像信息的安全传输,提出了一种基于Julia集和DNA编码的彩色图像加密算法,该算法使用边界具有混沌性的Julia集作为密钥,并使用幻方置乱对Julia集边界放大区域进行密钥转化,得到密钥图像,结合DNA随机编码对明文图像进行扩散,得到最终密文图像。Julia集密钥仅需要几个简单的参数生成,大大减少了密钥的存储空间。Julia集的混沌性使得密钥随参数的细微修改而发生明显变化,无法正常解密。DNA随机编码有效解决了单一编码方式易受明文攻击的问题。仿真结果表明,论文算法在密钥敏感性、信息熵、抗噪声和差分攻击等方面具有较高的安全性。 展开更多
关键词 JULIA集 dna编码 幻方 混沌 图像加密
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基于DNA编码及整数混沌的彩色图像加密算法研究
9
作者 陈飞 徐嘉俊 王嘉欣 《舰船电子对抗》 2024年第1期84-88,共5页
数字图像具有相邻像素相关性强,冗余度高等特点。打破数字图像相邻像素的相关性,提高密文图像及密钥是目前图像加密方案的研究热点。针对上述问题,设计了一种基于Tent映射及DNA编码的图像加密方案。该方案先利用猫映射及Zigzag变换对图... 数字图像具有相邻像素相关性强,冗余度高等特点。打破数字图像相邻像素的相关性,提高密文图像及密钥是目前图像加密方案的研究热点。针对上述问题,设计了一种基于Tent映射及DNA编码的图像加密方案。该方案先利用猫映射及Zigzag变换对图像进行二次置乱,打破明文图像相邻像素之间的相关性。其次利用二维整数Tent映射生成的伪随机序列对置乱图像加密。DNA编码规则有8种,利用Tent映射生成的伪随机序列作为选取DNA编码规则的参数,最终形成密文图像。从直方图、信息熵等方面进行分析,结果表明该方案密码学特性强、安全性高。 展开更多
关键词 TENT映射 dna编码 二次置乱
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适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法的研究 被引量:30
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作者 段中岗 黄琼林 +6 位作者 杨锦芬 刁玲武 詹若挺 何瑞 徐晖 严萍 陈蔚文 《中药新药与临床药理》 CAS CSCD 北大核心 2009年第5期480-484,共5页
目的建立适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法。方法以6种富含次生代谢物质的药用顽拗植物为材料,对7种DNA提取方法进行比较。结果CTAB法3对中药材具有通用性,操作简便、快速,提取的DNA浓度和合格率比其他对照方法高,能满足DNA条形码... 目的建立适合中药材DNA条形码分析的DNA提取方法。方法以6种富含次生代谢物质的药用顽拗植物为材料,对7种DNA提取方法进行比较。结果CTAB法3对中药材具有通用性,操作简便、快速,提取的DNA浓度和合格率比其他对照方法高,能满足DNA条形码PCR扩增的要求。该方法主要特点:(1)用3%的CTAB浓度代替常用的2%CTAB;(2)采用1%的PVP与0.2%β-巯基乙醇共同去除杂质和防止DNA降解;(3)采用10000r/min离心15min去除蛋白质等杂质。结论CTAB法3是适合中药材DNA条形码研究的DNA提取方法。 展开更多
关键词 中药材 dna提取方法 dna条形码
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基于改进的粒子群遗传算法的DNA编码序列优化 被引量:28
11
作者 崔光照 李小广 +2 位作者 张勋才 王延峰 李翠玲 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2010年第2期311-316,共6页
在DNA计算中,DNA编码序列的设计是影响DNA计算可靠性的重要手段.在不同的DNA序列设计中,应该选择适当的约束条件,并且根据相应的约束条件提出每个DNA应该相应满足的评估公式.文中从DNA编码设计应满足的多约束条件中选取适当的约束条件,... 在DNA计算中,DNA编码序列的设计是影响DNA计算可靠性的重要手段.在不同的DNA序列设计中,应该选择适当的约束条件,并且根据相应的约束条件提出每个DNA应该相应满足的评估公式.文中从DNA编码设计应满足的多约束条件中选取适当的约束条件,提出评估公式,并采用改进的粒子群遗传算法来解决多目标优化问题.同时根据得到的序列与已有序列在综合适应度函数结果上进行对比,结果证明了该方法的有效性. 展开更多
关键词 dna计算 dna编码 多目标优化 改进的粒子群遗传算法
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数据存储新方向:DNA分子存储技术 被引量:12
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作者 崔光照 刘玉琳 张勋才 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2006年第26期29-32,35,共5页
存储技术已经成为提高计算机系统的关键。DNA存储技术是一种基于生物分子的数据存储技术。作为生物分子计算机领域的一个重要分支,由于它具有存储密度高、硬件成本低廉、存取高度并行性、扩充性强、储存长久性等优点,极有可能替代传统... 存储技术已经成为提高计算机系统的关键。DNA存储技术是一种基于生物分子的数据存储技术。作为生物分子计算机领域的一个重要分支,由于它具有存储密度高、硬件成本低廉、存取高度并行性、扩充性强、储存长久性等优点,极有可能替代传统的存储系统。这里首先回顾了DNA存储技术的起源与发展,接着介绍了其存储原理、研究的内容与方法,最后对DNA存储技术的发展进行了展望。 展开更多
关键词 存储技术 dna存储器 dna计算 编码
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遗传密码和DNA序列的高维空间数字编码 被引量:17
13
作者 陈惟昌 陈志华 +2 位作者 陈志义 王自强 邱红霞 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期760-768,共9页
二进制数字化编码是信息科学最基本的编码方式。用0(00)、1(01)、2(10)和3(11)4个数码对4种碱基(C、T、A、G)进行二进制数字编码 ,共有24种可能的编码组合 ,其中8种满足碱基互补法则 ,它们是拓扑等价的。按碱基分子量大小排列的编码格式... 二进制数字化编码是信息科学最基本的编码方式。用0(00)、1(01)、2(10)和3(11)4个数码对4种碱基(C、T、A、G)进行二进制数字编码 ,共有24种可能的编码组合 ,其中8种满足碱基互补法则 ,它们是拓扑等价的。按碱基分子量大小排列的编码格式 :0123/CTAG是最理想的编码格式。用二进制数对DNA的字符序列进行编码 ,有以下优点 :1)压缩信息冗余度 ,提高编码效率 ;2)可以对碱基的结构、功能基团、碱基互补、氢键强弱等性质进行编码 ;3)DNA序列的数字编码具有严格的大小顺序 ,即具有全序性质 ;4)DNA数字编码的对称性程度 ,与遗传密码简并度的对称性一致 ,并可得出氨基酸遗传密码的高维空间连通性简并法则 ;5)可以方便求出任意碱基重复单元的重复系列的数字编码法则 ;6)根据高维空间汉明编码距离的定义 ,可以确定任意多个DNA序列之间的信息距离和它们的交空间和并空间 ,对DNA序列生物信息学的分析研究有重要意义 ;7)DNA序列的数字编码可以方便进行各种数学运算和逻辑运算 ,对促进DNA生物计算机的发展 ,可有重大推动作用。 展开更多
关键词 数字编码 dna序列 遗传密码 高维空间
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中国境内不同地理型东方蜜蜂线粒体DNA tRNA^(leu)~COⅡ基因多态性研究 被引量:44
14
作者 姜玉锁 赵慧婷 +4 位作者 姜俊兵 曹果清 张桂贤 朱文进 郭传甲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2007年第7期1535-1542,共8页
【目的】从线粒体水平上探讨中国境内不同地理型东方蜜蜂的系统发育关系,为东方蜜蜂亚种分化的研究及我国境内东方蜜蜂资源的保护与合理开发利用提供基础资料。【方法】采用公开的E2、H2引物对11个不同地理型东方蜜蜂线粒体DNA tRNAleu... 【目的】从线粒体水平上探讨中国境内不同地理型东方蜜蜂的系统发育关系,为东方蜜蜂亚种分化的研究及我国境内东方蜜蜂资源的保护与合理开发利用提供基础资料。【方法】采用公开的E2、H2引物对11个不同地理型东方蜜蜂线粒体DNA tRNAleu~COⅡ基因进行了PCR扩增、测序,并利用相关软件和网站进行了序列比较分析。【结果】该序列长度为471bp;序列中共有9个位点发生变异;序列相似性均在99%以上;限制性酶切分析表明:云南保山东方蜜蜂缺少一个SwaⅠ酶切位点;部分编码蛋白序列比对表明,海南海口和吉林安图东方蜜蜂各有一个氨基酸发生变异。与GeneBank上公开登录的国内外有关东方蜜蜂相关序列的比较表明,单纯利用非编码区序列对比,不能把日本蜜蜂同中国大陆的东方蜜蜂区别开来;COⅡ基因部分序列对比显示,东方蜜蜂的线粒体类型包括:日本-韩国型、中国大陆型、中国台湾型、马来西亚沙巴州-印度黑色蜜蜂型、中国海南型、印度黄色蜜蜂型、泰国南部型和印度黑色蜜蜂型。【结论】中国境内不同地理型东方蜜蜂存在着较明显的遗传分化,其中海南东方蜜蜂由于长期的海岛隔离形成了一个独特的类群,支持了通过形态学认定的海南东方蜜蜂为东方蜜蜂的一个新亚种的观点。本研究部分测序结果已在美国国家生物信息中心(NCBI)网站GeneBank上登录,登录号为:DQ385854,DQ388602~DQ388609。 展开更多
关键词 东方蜜蜂 线粒体dna 非编码区 细胞色素氧化酶Ⅱ 序列分析
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基于柑橘及其近缘属植物DNA条形码的叶绿体编码序列筛选 被引量:12
15
作者 于杰 闫化学 +1 位作者 鲁振华 周志钦 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第2期341-348,共8页
【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校... 【目的】通过对柑橘及其近缘属植物叶绿体4种编码序列的测定分析,获得能进行DNA条形编码的特征序列,为进一步研究叶绿体非编码区序列奠定基础。【方法】对柑橘及其近缘属植物59份样品进行matK、rpoB、rpoC1、rbcL测序,序列比对与人工校正,计算属间、种间、种内的遗传距离,比较序列间的差异,建立系统发育树。【结果】4种序列中,matK序列在属间、种间差异最大,与其它序列相比具有显著性差异,rbcL序列次之,而rpoB、rpoC1序列两者间没有显著性差异。【结论】matK序列是柑橘及其近缘属植物DNA条形码的未来研究中一个重要的候选片段。 展开更多
关键词 柑橘属 近缘属 dna条形码 编码序列
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DNA计算编码研究及其算法 被引量:12
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作者 朱翔鸥 刘文斌 孙川 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第7期1169-1174,共6页
编码问题仍是目前DNA计算中的重点和难点之一,实践证明通过有效的编码设计能够提高DNA计算过程中可靠性.本文介绍了约束条件的生物学特性,分析了约束条件与编码数量的关系,并给出编码的计数公式.文中设计了一种基于三字母表{A,T,C}的线... 编码问题仍是目前DNA计算中的重点和难点之一,实践证明通过有效的编码设计能够提高DNA计算过程中可靠性.本文介绍了约束条件的生物学特性,分析了约束条件与编码数量的关系,并给出编码的计数公式.文中设计了一种基于三字母表{A,T,C}的线性码的编码构造算法,并对运行结果进行了比较分析,同时分析了结果编码的热力学性质.最后指出DNA计算编码存在的问题及下一步的研究方向. 展开更多
关键词 dna计算 编码 线性码 算法
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基于叶绿体DNA变异的山荆子种质遗传多样性和系统演化 被引量:8
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作者 高源 王大江 +4 位作者 王昆 丛佩华 张彩霞 李连文 朴继成 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期600-611,共12页
【目的】山荆子是中国原产苹果属植物中分布最广泛的种,母系遗传的叶绿体基因组的非编码区适用于较低的分类阶元(如科、属)的系统研究。对野外考察新收集的山荆子种质的叶绿体DNA(cpDNA)非编码区进行测序,解析其序列遗传变异,从母系遗... 【目的】山荆子是中国原产苹果属植物中分布最广泛的种,母系遗传的叶绿体基因组的非编码区适用于较低的分类阶元(如科、属)的系统研究。对野外考察新收集的山荆子种质的叶绿体DNA(cpDNA)非编码区进行测序,解析其序列遗传变异,从母系遗传基因的角度探究山荆子不同居群的遗传多样性和系统演化关系,为我国山荆子种质资源的起源演化以及收集和保护提供理论依据。【方法】利用4对叶绿体DNA引物扩增新收集的215份山荆子种质资源的4个非编码区trnH-psb A、trnS-trnG spacer+intron、trnT-5’trnL和5’trnL-trnF,对每个基因间区正反向测序获得的序列进行人工校对后,使用MEGA 7.0进行序列拼接和比对,并构建山荆子不同居群间基于遗传距离的Neighbour-Joining系统发育树;使用DnaSP ver5.10.01计算叶绿体DNA的遗传多样性参数,计算不同居群间的基因流和基因分化;利用Arlequin v3.5分析标准分子变异(AMOVA);运用NetWork ver4.6.1.2构建种内居群间的叶绿体DNA单倍型邻接网络关联图。【结果】4个叶绿体DNA非编码区经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为3 777 bp,共有171个多态性变异位点,其中包含150个插入-缺失位点、20个简约信息位点和1个单一突变位点。在215份山荆子种质中,trnH-psb A、trnS-trnG spacer+intron、trnT-5’trnL和5’trnL-trnF区域的变异位点数量分别为26、32、103和10个,单倍型数量分别为8、8、6和4个,合并之后的叶绿体DNA片段的单倍型为24个。核苷酸多样性最高的区域为trnT-5’trnL(Pi=0.01174),单倍型(基因)多样性最高的为trnS-trnG spacer+intron(Hd=0.599),最低的为5’trnL-trnF(Hd=0.228)。215份山荆子种质叶绿体DNA多样性较高(Hd=0.727,Pi=0.00577)。Tajima’s D检验中,4个cpDNA区域在各检验水平上均不显著,检测的4个cpDNA区域在进化上遵循中性模型。AMOVA分析表明遗传变异主要存在于群体内部。【结论】供试4个叶绿体DNA非编码区适合苹果属山荆子种质遗传多样性和系统演化分析。在叶绿体DNA水平导致山荆子群体进化的原因不是自然选择,而是突变压力和遗传漂变。群体间遗传分化与其地理距离不完全相关。山荆子可能为多点起源,推测黑龙江和吉林,内蒙古,甘肃和山西为3个可能的起源地区。 展开更多
关键词 山荆子 叶绿体dna 非编码区 遗传多样性 系统演化
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珍稀绢丝昆虫柳蚕的DNA条形编码与系统进化初步分析 被引量:10
18
作者 濮佳明 武松 +6 位作者 霍锡敏 王欢 夏润玺 李喜升 王振东 罗朝斌 刘彦群 《蚕业科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第1期154-159,共6页
利用DNA测序技术获得柳蚕(Actias selene)线粒体细胞色素酶C亚基Ⅰ基因(COI)5′端574 bp的片段,作为用于柳蚕种质资源分子鉴定的DNA条形编码(GenBank:FJ358505)。测定的柳蚕COI基因序列与其它大蚕蛾科绢丝昆虫的COI序列一样,均表现出偏... 利用DNA测序技术获得柳蚕(Actias selene)线粒体细胞色素酶C亚基Ⅰ基因(COI)5′端574 bp的片段,作为用于柳蚕种质资源分子鉴定的DNA条形编码(GenBank:FJ358505)。测定的柳蚕COI基因序列与其它大蚕蛾科绢丝昆虫的COI序列一样,均表现出偏好于碱基T的倾向(AT skew=-0.179)。在所分析的蚕类昆虫中,柳蚕与合目大蚕蛾的遗传距离最小(0.120),而与蓖麻蚕之间的遗传距离最大(0.138)。构建的NJ和UPGMA分子树中,大蚕蛾科的柳蚕属、柞蚕属、蓖麻蚕属、大乌桕蚕属、栗蚕属均各自形成一个支系,并且明显形成两个分支:大蚕蛾族(saturni-ini),包括柳蚕、柞蚕和栗蚕;眉纹大蚕蛾族(attacini),包括蓖麻蚕和大乌桕蚕。这一结果与传统分类一致。 展开更多
关键词 柳蚕 线粒体细胞色素酶C亚基Ⅰ基因 dna条形编码 系统进化
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基于混沌和DNA动态编码的图像加密算法 被引量:19
19
作者 田海江 雷鹏 王永 《吉林大学学报(工学版)》 EI CAS CSCD 北大核心 2014年第3期801-806,共6页
以时空混沌模型作为核心控制方程,设计了一种基于动态DNA编码的图像加密算法。该算法使用耦合映像格子(Coupled map lattices,CML)中格子的状态值来编制索引,然后根据索引值选择像素点的DNA编码规则。由于对像素点的DNA编码是动态变化的... 以时空混沌模型作为核心控制方程,设计了一种基于动态DNA编码的图像加密算法。该算法使用耦合映像格子(Coupled map lattices,CML)中格子的状态值来编制索引,然后根据索引值选择像素点的DNA编码规则。由于对像素点的DNA编码是动态变化的,很好地解决了DNA编码规则少所带来的安全隐患,提高了算法的安全性。在加密图像的过程中,还通过密文反馈和混沌系统的迭代来增强算法的混淆和扩散特性。仿真实验表明,算法具有很好的安全性,适合应用于图像加密。 展开更多
关键词 计算机应用 混沌 图像加密 dna编码 耦合映像格子
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DNA计算中编码序列的过滤函数研究 被引量:2
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作者 王子成 周康 +1 位作者 罗亮 强小利 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2008年第32期10-11,21,共3页
构造了用于DNA编码序列过滤的函数,并给出了DNA序列编码的算法,采用该文设计的过滤函数和算法所得到的DNA编码序列,能够满足一定的组合约束条件,并满足一定热力学条件,大大提高了DNA编码字的质量,有利于提高DNA计算的可靠性。
关键词 dna计算 dna编码 编码过滤函数
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