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Effort and Contribution of T-DNA Insertion Mutant Library for Rice Functional Genomics Research in China:Review and Perspective 被引量:4
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作者 Yuxiao Chang Tuan Long Changyin Wu 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2012年第12期953-966,共14页
With the completion of the rice (Oryza sativa L.) genome-sequencing project, the rice research community proposed to characterize the func- tion of every predicted gene in rice by 2020. One of the most effective and... With the completion of the rice (Oryza sativa L.) genome-sequencing project, the rice research community proposed to characterize the func- tion of every predicted gene in rice by 2020. One of the most effective and high-throughput strategies for studying gene function is to employ genetic mutations induced by insertion elements such as T-DNA or transposons. Since 1999, with support from the Ministry of Science and Technology of China for Rice Functional Genomics Programs, large-scale T-DNA insertion mutant populations have been generated in Huazhong Agricultural University, the Chinese Academy of Sciences and the Chinese Academy of Agricultural Sciences. Currently, a total of 372,346 mutant lines have been generated, and 58,226 T-DNA or Tos17 flanking sequence tags have been isolated. Using these mutant resources, more than 40 genes with potential applications in rice breeding have already been identified. These include genes involved in biotic or abiotic stress responses, nutrient metabolism, pollen development, and plant architecture. The functional analysis of these genes will not only deepen our understanding of the fundamental biological questions in rice, but will also offer valuable gene resources for developing Green Super Rice that is high-yielding with few inputs even under the poor growth conditions of many regions of Africa and Asia. 展开更多
关键词 Flanking sequence tags functional genomics insertion site rice T-dna insertion mutant library.
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Shotgun法测序制备高纯度水稻基因组DNA的方法探讨(英文)
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作者 杨继良 王辉 +4 位作者 王庆华 李军 刘斌 金德敏 王斌 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第5期744-748,共5页
在用散弹 (shotgun)法测定水稻 (OryzasativaL .ssp .indica)基因组全序列的过程中 ,叶绿体和线粒体DNA的污染问题非常严峻 .应用脉冲场电泳 (PFGE)技术对水稻基因组DNA进行纯化 ,结果表明它能够有效去除叶绿体和线粒体DNA ,使其污染率... 在用散弹 (shotgun)法测定水稻 (OryzasativaL .ssp .indica)基因组全序列的过程中 ,叶绿体和线粒体DNA的污染问题非常严峻 .应用脉冲场电泳 (PFGE)技术对水稻基因组DNA进行纯化 ,结果表明它能够有效去除叶绿体和线粒体DNA ,使其污染率从 3%降低到 0 2 % .同时 ,比较了水稻绿苗和黄化苗的DNA得率 ,以及HB法和NIB法制备大分子质量(HMW)DNA的异同 .最后提出一套制备水稻基因组DNA的方法 ,包括黄化苗培养 ;细胞核的分离、包埋和裂解 ;脉冲场电泳纯化、回收聚集在低熔点 (LMP)胶中的水稻HMWDNA .用该方法所得的水稻基因组DNA ,纯度高 (无叶绿体和线粒体DNA污染 )、基因组完整 (机械剪切和降解少 )、回收率高 (操作过程中DNA损失少 ) .另外 ,首次报道在融化的低熔点(LMP)胶中对水稻HMWDNA于 38℃进行超声波处理 ,能够获得用于shotgun文库和梯度文库构建所需要的各种DNA片段(1 5~ 3kb ,3~ 12kb) 。 展开更多
关键词 shotgun 测序 水稻 基因组dna 纯化
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水稻重复DNA顺序克隆pRRD3的研究 被引量:1
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作者 黄雯 龙燕 +2 位作者 许莉萍 王春新 刘良式 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 1998年第3期216-222,共7页
用DNA复性动力学方法克隆到一个水稻(OryzasativaL.)中度重复DNA顺序。不同限制性内切酶消化和Southern杂交分析显示,这段重复DNA顺序以串联加散布的形式存在于水稻基因组中;序列分析表明在它内部含... 用DNA复性动力学方法克隆到一个水稻(OryzasativaL.)中度重复DNA顺序。不同限制性内切酶消化和Southern杂交分析显示,这段重复DNA顺序以串联加散布的形式存在于水稻基因组中;序列分析表明在它内部含有一个典型的植物启动子序列TGTATAAATA;以pRRD3克隆片段作探针,对水稻34个品种进行拷贝数测定,在野生稻与栽培稻、籼稻与粳稻之间均存在拷贝数上的明显差异;对AA基因组不同亚型水稻DNA进行Southern杂交分析,得到基因组亚型特异的杂交带谱,说明该重复顺序是研究水稻进化和分类的一个有用探针。 展开更多
关键词 水稻 重复dna顺序 基因组亚型特异 克隆
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DNA Polymorphism Among Yewei B, V20B, and Oryza minuta J. S. Presl. ex C. B. Presl. 被引量:8
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作者 Bing-Ran ZHAO Quan-Hua XING +6 位作者 Hong-Ai XIA He-Hua YANG De-Min JIN Xia LIU Song-Wen WANG Bin WANG Long-Ping YUAN 《Journal of Integrative Plant Biology》 SCIE CAS CSCD 2005年第12期1485-1492,共8页
The new cytoplasmic male sterile (CMS) line Yewei A and its maintainer line Yewei B, with better agronomic characteristics, have been developed from a mutant of V20B (a rice maintainer line) through transformation... The new cytoplasmic male sterile (CMS) line Yewei A and its maintainer line Yewei B, with better agronomic characteristics, have been developed from a mutant of V20B (a rice maintainer line) through transformation of genomic DNA of wild rice (Oryza minuta J. S. Presl. ex C. B. Presl.). Analysis of molecular markers, DNA sequences, and Southern blot revealed that high DNA polymorphism exists between the mutant and its receptor, indicating that the special DNA fragment from O. minuta may be integrated into the genome of Yewei B. Therefore, transformation of genomic DNA from distant relatives to the plant of a target receptor may open an avenue for creating a new rice germplasm. 展开更多
关键词 dna sequence genomic dna introduction GERMPLASM molecular markers wild rice.
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水稻外源DNA导入变异系与受体的农艺性状差异及其基因变异分析 被引量:2
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作者 孙一丹 胡远艺 +3 位作者 彭彦 毛毕刚 王津津 赵炳然 《杂交水稻》 CSCD 北大核心 2013年第2期62-67,91,共7页
野威B是将小粒野生稻基因组DNA通过穗茎注射法导入杂交水稻保持系V20B后创造的变异系,其在株型、稻米品质和产量相关性状上都发生了明显变化。通过全基因组测序,比较分析了野威B与V20B中27个可能与变异性状有关的基因,发现野威B在与株... 野威B是将小粒野生稻基因组DNA通过穗茎注射法导入杂交水稻保持系V20B后创造的变异系,其在株型、稻米品质和产量相关性状上都发生了明显变化。通过全基因组测序,比较分析了野威B与V20B中27个可能与变异性状有关的基因,发现野威B在与株型相关的基因中存在21个SNP和30个InDel,其中有10个SNP和4个InDel位于编码序列;在稻米品质相关的基因中存在124个SNP和28个InDel,其中25个SNP位于编码序列;在产量相关基因中存在65个SNP和42个InDel,其中有10个SNP和2个InDel位于编码序列。位于编码序列的变异中,有24个SNP为错义突变,导致部分编码氨基酸的极性或电荷状态改变,有4个InDel变异为移码突变,导致编码的氨基酸序列改变。为寻找引起变异系野威B表型变化的关键基因及位点提供依据。 展开更多
关键词 水稻 外源dna导入 穗茎注射法 基因变异 全基因组测序
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