杨树叶绿体3′rps12基因,rps7基因和ndhB基因片段的克隆及序列分析

通过烟草叶绿体相关序列设计引物 ,从杨树的叶绿体基因组中克隆出 2个相邻的DNA片段 .经分析发现 ,这 2个DNA片段包含核糖体蛋白 3′rps12、rps7基因和NADH脱氢酶第二亚基ndhB基因片段 .利用DNAMAN等软件 ,将扩增到的杨树叶绿体DNA片段与烟草、拟南芥、玉米和黑松的相关序列进行比较 ,证实所扩增的片段具有较高的保守性 ,尤其是在这 3个基因的编码区 ,同源性均在 90 %以上 .插入或缺失常发生在基因间隔区 ,同源性在 80 %左右 ;对其编码区所推导的氨基酸序列进行了比较 ,同源性均在 92 %以上 .首次克隆了杨树叶绿体的部分DNA序列 ,详细报道并分析了杨树 3′rps12、rps7基因和ndhB基因片段及其边界序列信息 .所报告的基因序列均已登录GenBank .

大熊猫核糖体蛋白亚基RPS7基因的克隆及序列分析

目的了解大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)核糖体蛋白亚基RPS7基因的结构及其与已报道的人和其他哺乳动物核糖体蛋白亚基RPS7基因的同源性。方法运用RT-PCR技术,从大熊猫的肌肉组织总RNA中对核糖体蛋白亚基RPS7基因的表达序列进行克隆、测序;采用Gnescan软件,对所克隆的基因序列进行氨基酸序列推定;采用ORF finder软件进行DNA序列的开放阅读框(ORF)查找;采用DNAMAN Version6,对基因序列和氨基酸序列进行同源性比较;采用Ex2PASy Proteomics Server软件进行蛋白质功能位点和生化特性预测分析。结果大熊猫RPS7基因的表达序列全长为589bp,ORF为585bp,编码194个氨基酸,该蛋白的相对分子质量为22.12685×103,等电点为10.09,含有1个N-糖基化位点,2个依赖于cAMP和cGMP的蛋白激酶磷酸化位点,4个蛋白激酶C磷酸化位点,1个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点,2个十四(烷)酰化位点,2个酰胺化位点及1个RPS7蛋白signature位点。进一步分析结果显示,大熊猫RPS7基因的表达序列及其编码的氨基酸序列与已报道的部分哺乳动物具有很高的相似性。结论运用分子生物学原理与相应的技术手段,成功地扩增出大熊猫RPS7基因的表达序列,并对其编码的蛋白进行了初步分析,丰富和完善了哺乳动物RPS7基因资料库。

吸血和约氏疟原虫感染对大劣按蚊血细胞中rpS7转录的影响

目的 观察血餐和约氏疟原虫感染对大劣按蚊血细胞中核糖体蛋白S7(Ribosomalprotein ,rpS7)转录的影响。方法 同批 3～ 5d龄大劣按蚊分为正常组 (N)、吸正常血组 (B)和感染约氏疟原虫组 (I) ,分别在血餐后 1、2、3、7d ,离心法同时收集 3组各 5 0只雌大劣按蚊血细胞总RNA ,所有样品进行RT PCR后 ,各吸取 10ulPCR产物进行琼脂糖凝胶电泳 ,凝胶图像分析系统扫描并读取数据 ,并对所得数据进行统计学分析。结果 3组大劣按蚊血细胞rpS7mRNA的RT PCR扩增产物量无显著差异 (P >0 0 5 )。结论 类似于人类和小鼠 β actin ,以及冈比亚按蚊rpS7。

油菜叶绿体核糖体蛋白基因rps7的克隆和序列分析(英文)

从甘蓝型油菜 (Brassicanapuscv .H1 65)叶绿体基因组克隆得到了编码核糖体蛋白的基因rps7。经序列分析得知 ,该基因编码区包含 468个核苷酸 ,编码一个分子量为 2 0 1 0 9D、由 1 55个氨基酸组成的蛋白质。该基因的核苷酸和编码的氨基酸序列与烟草对应基因的同源性皆高达 97% ;而与水稻对应基因的同源性分别为 90 %和 84%。该基因不含内含子 ,没有典型的SD序列 ,但在 5’端 - 2 5～- 2 2位发现一个与烟草psbA基因的顺式作用元件RBS2完全相同的TGAT框。与烟草和水稻的同源序列比较 ,该基因在 3’端非编码区变异较大 ,发生了多次插入和缺失。构建了包含该基因在内的一个 1 .0kbDNA的限制性内切酶图谱。所报告的基因序列已登录GenBank。

稳定干扰核糖体蛋白RPS7基因表达的宫颈癌HeLa细胞株的建立

目的建立稳定抑制RPS7基因表达的宫颈癌HeLa细胞株。方法设计并合成靶向人RPS7基因的shRNA寡核苷酸片段，克隆到逆转录病毒载体pSIREN中，构建重组质粒pSIREN-RPS7-shRNA，转染293T细胞，将包装产生的重组逆转录病毒感染宫颈癌HeLa细胞，经嘌呤霉素筛选获得稳定的细胞克隆，用real-timePCR和Western印迹检测细胞中RPS7mRNA和蛋白表达水平。结果获得了经测序鉴定正确的重组逆转录病毒质粒，逆转录病毒感染HeLa细胞后用嘌呤霉素筛选出的稳定细胞中，RPS7mRNA和蛋白水平均显著低于干扰对照细胞。结论成功构建了靶向人RPS7基因的shRNA逆转录病毒载体，建立了稳定抑制RPS7基因表达的宫颈癌HeLa细胞株．为进一步研究RPS7在宫颈癌中的生物学功能和作用机制提供了可靠的细胞模型。

棉花叶绿体70S核糖体S7蛋白基因的克隆和序列分析

叶绿体基因组具有高度保守性,来源于不同植物的叶绿体基因的同源性很高。应用PCR技术,从棉花叶绿体基因组中扩增并克隆了长度为1.okb的叶绿体DNA片段。该片段含有叶绿体核糖体小亚基S7蛋白基因rps7。采用限制性内切酶消化连接的策略构建亚克隆,并测定了该片段的全部核苷酸序列。结果表明,棉花叶绿体rps7基因与烟草、水稻的相应基因同源性很高,分别为97.9％和89.5％,3’非编码区的同源性分别为96.3％和83.9％。本文首次报道了棉花叶绿体rps7基因的序列,并讨论了它的功能及保守性。

基于生物信息学分析核糖体蛋白S7与乳腺癌预后和免疫浸润的关系

目的基于生物信息学分析核糖体蛋白S7(RPS7)与乳腺癌预后和免疫浸润的关系。方法从TCGA数据库获取乳腺癌表达谱数据及相关临床数据,然后使用TCGA、UALCAN、HPA、STRING、TIMER数据库和Kaplan-Meier法分析RPS7与乳腺癌预后和免疫浸润的关系。结果RPS7在乳腺癌中低表达,并与年龄和雌激素受体(Estrogen Receptor,ER)状态、孕激素受体(Progesterone Receptor,PR)状态及PAM50显著相关。RPS7高表达的患者与预后不良显著相关。通过功能富集分析表明,RPS7的生物学功能主要富集在角质化作用方面,分子功能主要富集于肽链内切酶抑制剂活性方面。经KEGG分析发现,RPS7可能影响神经组织的交互作用和蛋白质的消化吸收途径。此外,RPS7表达与B细胞、树突状细胞、调节性T细胞、CD8+T细胞和T细胞的免疫浸润水平呈显著正相关。结论RPS7可能为一种新的与乳腺癌预后和免疫浸润相关的生物标志物。

新型共刺激分子B7RP-1的研究进展

B7RP-1(B7 related protein 1)是B7家族的新成员,可持续表达于B淋巴细胞表面。它与其特异性受体ICOS(Inducible costimulator)的结合在机体再次体液免疫应答过程中T细胞的增殖、活化、Th2型细胞因子分泌以及B细胞的增殖、分化、抗体分泌等方面发挥了重要的调节作用。B7RP-1/ICOS信号途径在机体抗感染、抗肿瘤、抗移植排斥等细胞免疫应答过程中也发挥了重要的作用。