基因芯片技术检测结核分枝杆菌对利福平和异烟肼耐药水平和katG、inhA、oxyR-ahpC以及rpoB基因突变位置的关联性分析

结核分枝杆菌（mycobacterium tuberculosis,MTB）是一种能够引起结核病的病原菌,除了能够引起常见的肺结核外,还能够侵犯全身多个器官引起相应结核病。肺结核病是由结核分枝杆菌引起的呼吸系统传染病,人感染结核分枝杆菌后是否发病与免疫功能密切相关。目前结核病的诊断和治疗面临着巨大挑战,尤其是难治性结核病及耐药结核病的诊断及有效治疗问题。

吉林省耐多药结核分枝杆菌rpoB及katG基因突变特征分析

目的分析吉林省耐多药结核分枝杆菌临床分离株rpoB、katG基因突变特点,为建立本省快速耐多药检测方法提供参考。方法对吉林省耐多药结核分枝杆菌菌株扩增rpoB、katG基因测序后比对分析。结果耐多药结核分枝杆菌rpoB、katG基因的突变率分别为83.53%和70.6%,突变类型包括点突变、联合突变和缺失。在rpoB基因中,82.30%突变发生在RRDR区域,最常见突变位点为rpoB 531、rpoB 526、rpoB 516。KatG基因突变率为70.6%,最常见突变位点为katG315,占所有突变的68.55%。结论吉林省耐多药结核分枝杆菌最常见突变位点为rpoB531、rpoB 526、rpoB 516和katG 315。

云南省异烟肼耐药结核分枝杆菌katG和inhA基因突变特征

目的分析云南省异烟肼耐药结核分枝杆菌katG和inhA基因突变特征。方法采用PCR方法对云南省异烟肼耐药结核分枝杆菌进行katG和inhA基因扩增,并将扩增产物进行基因测序后比对分析。结果88株异烟肼耐药菌株中,耐药基因与表型药敏结果的符合率为82.95%(73/88),katG和inhA基因突变率分别为75.00%(66/88)和9.09%(8/88)。最为常见的基因突变位点为katG315(67.05%)和inhA-15(7.95%),katG315位点基因突变主要表现为Ser315Thr(59.09%,52/88)。耐多药与单耐异烟肼菌株中katG基因突变比例,差异有统计学意义(χ^(2)=4.190,P=0.041),而inhA基因及katG315、inhA-15位点基因突变比例,差异无统计学意义(P>0.05)。结论云南省异烟肼耐药以katG315和inhA-15基因突变为主,MDR菌株中katG基因突变率高于异烟肼单耐,目前基于基因突变的分子检测技术是检测异烟肼耐药的有效手段。

聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测耐多药结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL突变的研究

目的 应用PCR SSCP技术快速检测耐INH ,RFP ,SM结核分支杆菌分离株KatG、rpoB、rpsL基因突变 ,评价其在检测结核分支杆菌耐药性方面的价值。方法 32株耐INH、RFP、SM结核分支杆菌临床分离株及 2 5株结核分支杆菌敏感分离株用PCR SSCP方法分别检测 ,rpoB、KatG、rpsL基因突变。结果 32株耐多药结核分支杆菌分离株中 ,rpoB、KatG、rpsLPCR扩增产物PCR SSCP分别有 2 8株 (87.5 % )rpoB基因 ,19株 (5 9.3% )KatG基因和 2 3株 (71.9% )rpsL基因电泳条带与结核分支杆菌标准株H3 7Rv电泳条带相比有明显差异 ,而 2 5株结核分支杆菌敏感株的PCR SSCP条带与结核分支杆菌H3 7Rv相似 ,特异性为 10 0 %。结论 PCR SSCP方法敏感、特异 ,可快速检测结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL耐药基因突变 。

耐多药结核杆菌分离林KatG及inhA基因变异的研究

目的用直接测序法研究临床分离的多耐药结核杆菌的katG和inhA的基因变异机理。方法用未见报还katG和inhA基因中的片须为引物，PCR法扩增产物，克隆后大量制备质粒，经全自动测序系统测定其DNA序列。结果15株耐INH≥1ug/ml的细菌均有katG突变，主要为点突变。其中14株有463位和315位AA密码子改变。13个变异位点中，9个未见文献报告。关于inhA变异，在18个耐INH≥1ug/ml的菌株中，全部出现inhA基因变异，主要为点突变和缺失，其中又以单个位点变异为主。各菌株之间变异不同。耐式菌株中，katG和inhA同时出现变异的比例较大。结论结核杆菌耐药基因变异机理复杂，我国分离的多耐药结核菌株与国外的菌株上述二基因变异特点不同。

PCR-SSCP技术直接快速检测痰标本中结核分支杆菌rpoB,katG,ahpC基因突变的研究

目的应用PCR -SSCP技术直接快速检测痰标本中结核分支杆菌rpoB ,katG及ahpC基因突变 ,评价此方法用于结核分支杆菌利福平 (RFP)及异烟肼 (INH)耐药性试验的意义。方法以结核分支杆菌H3 7Rv为对照 ,30例耐RFP(单耐或多耐 )、2 1例耐INH(单耐和多耐 )的结核分支杆菌临床分离株及 10例敏感菌株 ;39例菌阳肺结核患者及 30例非结核性肺部疾病患者痰标本 ,采用PCR SS CP技术检测痰标本和菌株中的结核杆菌rpoB ,katG ,ahpC基因突变 ,并与药敏试验对照。结果PCR -SSCP检测痰标本中结核分支杆菌rpoB ,katG及ahpC基因突变的阳性率分别为 79% (31/ 39)、46 % (18/39)及 5 % (2 / 39)。结论PCR -SSCP可望成为直接检测临床痰标本中结核分支杆菌耐利福平及耐异烟肼的快速方法。

广东地区临床分离结核分枝杆菌KatG、rpoB、rpsL耐药基因变异研究

目的本研究主要针对从广东地区500例疑似结核病患者痰液中分离的结核分枝杆菌对异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)耐药情况与其对应的突变基因katG、rpoB、rpsL关系研究。方法采用PCR和DNA测序法对结核分枝杆菌临床分离株katG、rpoB和rpsL基因进行序列分析。结果分离得到耐INH35株、耐RFP27株、耐SM25株。INH耐药株katG基因突变率为71.4%(25/35),RFP耐药株rpoB基因的突变率为81.5%(22/27),SM耐药株rpsL基因突变率为76%(19/25);INH以Ser315Thr突变60%(21/35)最常见,RFP以Ser531Leu突变55.6%(15/27)最常见,SM以Lys43Arg位氨基酸突变72%(18/25)常见。结论 katG、rpoB和rpsL基因突变被证实是广东地区结核分枝杆菌INH、RFP和SM耐药性产生的主要分子机制,PCR-DNA测序法可快速检测结核分枝杆菌INH、RFP和SM耐药性。

六安地区结核分枝杆菌耐药基因katG和rpoB的突变特征

目的分析临床分离的结核分枝杆菌katG和rpoB基因的突变情况与耐药之间的关系,了解六安地区耐药结核分枝杆菌的基因突变特征。方法采用比例法对六安地区65株结核分枝杆菌临床分离株进行药敏试验;通过特异性引物,对目的基因片段katC和rpoB进行扩增、测序后进行分析。结果 60株结核分枝杆菌中分别有有9株耐异烟肼和14株耐利福平,其中同时耐异烟肼和利福平的6株。9株耐异烟肼菌株中,4株katG在315(A GC→ACC或ACA)位点发生突变,占44.4%;14株耐利福平菌株中,11株rpoB分别在516(GAC→GTC)、526(CAC→CGC或TAC)和531(TCG→TTG)位点发生突变,占总耐药菌株的78.6%;6株同时对利福平和异烟肼耐药,其中5株katG或rpoB基因发生突变,占83.3%。结论六安地区结核分枝杆菌耐异烟肼和耐利福平分别主要是由katG和rpoB基因突变引起,其中耐异烟肼主要在315(AGC→ACC或ACA)位,而耐利福平在516(GAC→GTC)、526(GAC→CGC或TAC)和531(TCG→TTG)位,都发生了突变。

奶牛结核分枝杆菌rpoB和katG基因突变与多重耐药的相关性

本试验旨在研究奶牛结核分枝杆菌rpoB和katG基因突变与耐药性之间的关系。将临床分离的30株牛源结核分枝杆菌,利用噬菌体生物扩增法(phage amplified biologically assay,PhaB)检测其对利福平(RFP)和异烟肼(INH)的药物敏感性,采用聚合酶链式反应—DNA直接测序法(PCR-DS)扩增rpoB和katG基因并测序,分析rpoB和katG基因突变及其耐药相关性。15株表型耐药菌株中4株单耐RFP,PCR产物直接测序后发现3株在rpoB基因531位点发生突变,突变率为75.00%(3/4);9株单耐INH菌株中7株发生突变,6株katG基因315位点基因突变,突变率为85.71%(6/7),1株发现463位点密码子基因突变,突变率为14.29%(1/7);2株耐RFP的同时也对INH耐药,测序发现2株均在rpoB基因的531位点和katG基因的315位点发生突变。所有菌株均未发现rpoB和katG基因的缺失。rpoB基因531位点和katG基因315位点的突变是RFP和INH产生耐药性的主要机制;检测牛源结核分枝杆菌RFP耐药性的同时可以初步筛选耐多药结核分枝杆菌。

耐多药结核分枝杆菌KatG及rpoB基因变异的研究

目的建立快速检测耐多药结核分枝杆菌的分子药敏方法,掌握盐城、南通地区结核分枝杆菌KatG及rpoB基因的突变特点,了解耐药分子机制及探索痰标本结核分枝杆菌耐INH、RFP直接检测的可行性。方法对收集的47例耐INH、RFP的结核分枝杆菌临床痰分离株行PCR-自动测序法检测KatG及rpoB基因突变,以结核分枝杆菌标准株H37Rv为参比菌株,应用BACTEC460TB快速培养系统进行自动培养、药敏。结果47例耐INH、RFP分离株结核分枝杆菌KatG及rpoB基因突变阳性分别为29/47、39/47,两者同时突变率为47%。结论PCR-直接测序法敏感、特异,是可靠快速检测结核分枝杆菌KatG及rpoB基因突变,适合于临床肺结核患者MDR-TB痰标本耐药性的快速检测。

牛结核分支杆菌临床分离株rpsL,rpoB,KatG基因突变分析

采用噬菌体生物扩增法对本实验室分离鉴定的25株奶牛结核分支杆菌进行药敏分析,检测出14株耐链霉素、利福平、异烟肼菌株.用PCR扩增耐药株的rpsL基因片段(370 bp)、rpoB基因片段(213 bp)和KatG基因片段(458 bp),并对目的片段进行测序分析,其中5株耐链霉素菌株的rpsL基因在43位点发生突变,均由赖氨酸密码子(AAG)突变为精氨酸密码子(AGG);5株利福平耐药株的rpoB基因在531位点、526位点、511位点发生突变,其中有3株分离株的rpoB基因在531位点发生点突变,1株分离株的rpoB基因在526位点发生突变,1株分离株的rpoB基因在531位点和511位点发生了较为少见的联合突变;4株异烟肼耐药菌株,其中2株在315位点发生碱基突变,2株在463位点发生碱基突变.

牛结核分枝杆菌临床分离株rpoB、KatG基因突变分析

为了解牛结核分枝杆菌临床分离菌株对利福平(RFP)、异烟肼(INH)的分子耐药机制,本研究采用噬菌体生物扩增法对分离并鉴定的25株牛结核分枝杆菌进行药敏分析,筛选出9株耐利福平、异烟肼菌株,PCR扩增耐药株的rpoB基因片段(213bp)和KatG基因片段(458bp)并测序。通过对耐药基因的测序分析,5株利福平耐药株的rpoB基因在531位点(RNA聚合酶β-亚基编码基因起始密码子起,下同)、526位点、511位点发生突变,其中有3株rpoB基因531位点发生突变,1株rpoB基因526位点突变;1株rpoB基因在531位点和511位点发生了较为少见的联合突变;4株异烟肼耐药菌株,其中2株在315位点(KatG蛋白编码基因起始密码子起,下同)发生碱基突变,2株在463位点发生碱基突变。

Direct detection of rpoB and katG gene mutations of Mycobacterium tuberculosis in clinical samples

Objectives: To study the rpoB and katG gene mutation rate and its markers.Methods: Cross-sectional study methods were used to study Tuberculosis. A total of 45 sputum samples were collected from Annapurna Neurological Institute and Allied sciences. Then, acid fast bacilli staining were performed. Positive and negative samples were carried for conventional polymerase chain reaction identification and electrophoresis.Results: Out of 45 samples, 3 were acid fast bacilli positive and the rest were negative.Male participants were more as compare to female participants and the mutation in rpoB and katG gene was found similar i.e. 6.66% among the total samples.Conclusions: We can conclude that genetic mutation in Mycobacterium tuberculosis can be identified directly from the clinical samples. However, we have carried this study in less sample size and to validate research on large number of sample is recommended.

用PCR-SSCP技术检测结核分支杆菌rpoB,KatG,rpsL基因突变

目的 用PCR -SSCP技术检测肺结核患者痰及分离株结核分支杆菌rpoB ,KatG ,rpsL基因突变 ,了解耐药分子机制及探索痰标本结核分支杆菌耐RFP ,INH ,SM直接检测的可行性。方法 对 3 2例耐INH ,RFP ,SM肺结核患者临床痰标本及 3 0株耐INH ,RFP ,SM结核分支杆菌临床分离株行PCR -SSCP方法检测rpoB ,KatG ,rpsL基因突变。结果 3 2份耐多药临床痰标本中rpoB ,KatG ,rpsL基因扩增产物SSCP其电泳条带与结核分支杆菌标准株H3 7Rv电泳条带相比 ,基因突变阳性分别为 2 8/ 3 2 ,19/ 3 2 ,2 3 / 3 2 ,3 0例结核分支杆菌临床分离株rpoB ,KatG ,rpsL基因突变阳性为2 8/ 3 0 ,18/ 3 0 ,2 2 / 3 0。结论 PCR -SSCP方法敏感、特异 ,可快速检测结核分支杆菌rpoB ,KatG ,rpsL基因突变 。

耐多药结核分枝杆菌KatG及rpoB基因变异的研究

目的 :建立快速检测耐多药结核分枝杆菌的分子药敏方法 ,掌握南通地区结核分枝杆菌 Kat G及 rpo B基因的突变特点 ,探索结核分枝杆菌耐异烟肼、利福平直接检测的可行性。方法 :收集 47例耐异烟肼、利福平的结核分枝杆菌临床分离株行 PCR结合 DNA直接测序法检测 Kat G及 rpo B基因突变。以结核分枝杆菌标准株 H37Rv为参比菌株 ,应用 BACTEC460 TB快速培养系统进行结核分枝杆菌自动培养、药敏。结果 :47例耐异烟肼、利福平分离株结核分枝杆菌 Kat G及 rpo B基因突变阳性分别为 2 9例 (61.7% )、43例 (91.5 % ) ,两者同时突变 2 6例 (5 5 .3 % )。结论 :PCR-直接测序法敏感、特异、可靠实用 ,可快速检测结核分枝杆菌 Kat G及 rpo B基因突变 ,用于临床耐多药结核快速检测。

南宁市某医院2014-2017年结核分枝杆菌rpoB、katG和inhA突变监测分析

目的了解某院结核分枝杆菌rpoB、katG和inhA突变特征及耐药性。方法采集经聚合酶链反应(PCR)鉴定为结核分枝杆菌的标本2 624份,采用线性探针(LipA)法检测rpoB、katG和inhA突变。结果 2 072份结果有效,rpoB、katG及inhA突变率依次是14.77%、12.11%及2.80%;相关利福平、异烟肼耐药率及耐多药率为14.77%、14.62%、9.60%。异烟肼耐药株中katG 315位突变占82.84%,rpoB突变株中突变频率居前的位点是531(63.40%)、H526Y或H526D(11.11%)、其他H526(8.50%),突变类型中"突变型探针出现并对应野生型探针缺失"占81.37%。结论该院结核分枝杆菌rpoB、katG和inhA突变特征与国内文献报道相近,相关利福平、异烟肼耐药率及耐多药率高于广西平均水平。

广西百色地区结核分枝杆菌利福平和异烟肼耐药基因特征

目的:分析百色地区结核分枝杆菌利福平耐药相关基因rpoB及异烟肼耐药相关基因KatG、inhA的突变特征。方法:收集128例结核病患者痰液标本,分离培养结核分枝杆菌并检测利福平及异烟肼耐药性,提取耐药菌株DNA,分析耐药相关基因突变特征。结果:耐利福平菌株rpo B基因突变率为75%(27/36),531位点突变率为59.3%(16/27)。耐异烟肼菌株KatG、inhA基因突变率为44.1%(15/34),其中315位点突变率为66.7%(10/15),出现2个新的突变位点279(4/15)和427(1/15)。inhA 5位点突变率为13.3%(2/15),inhA 16位点突变率为6.7%(2/15),3株为KatG和inhA联合突变。结论:百色地区耐多药结核分枝杆菌耐药性产生与rpoB、katG和inhA基因突变相关,检测本地区结核分枝杆菌耐多药相关基因突变为进一步研究耐药机制及耐药结核病的快速检测提供依据。

广西百色地区结核分枝杆菌异烟肼耐药基因特征分析

目的分析百色市地区结核分枝杆菌异烟肼耐药相关基因KatG、inhA的突变特征。方法收集128例结核病患者痰液标本,采用改良罗氏培养基分离培养结核分枝杆菌,绝对浓度法检测异烟肼耐药性,提取耐药菌株DNA,PCR扩增耐药结核分枝杆菌katG、inhA基因序列并分析异烟肼耐药相关基因突变特征。结果分离培养出98例结核分枝杆菌,34株对异烟肼耐药,耐药率为36.7%,耐药菌株KatG基因突变率为44.1%(15/34),其中315位点突变率为66.7%(10/15),出现两个新的突变位点为279(4/15)和427(1/15)。inhA 5位点突变率为13.3%(2/15),inhA 16位点突变率为6.7%(1/15),3株均为katG和inhA联合突变。结论百色地区耐异烟肼结核分枝杆菌耐药性产生与katG和inhA基因突变相关,检测本地区结核分枝杆菌katG和inhA基因突变可预测结核分枝杆菌对异烟肼的耐药性。

PCR-SSCP法检测结核分枝杆菌耐药性

目的 :探讨耐多药结核分枝杆菌耐药基因突变与耐药性的关系以及聚合酶链反应 单链构象多态性分析 (poly merasechainreaction singlestrandcinformationpolymorphism ,PCR SSCP)方法的临床应用价值 .方法 :用PCR SSCP方法检测 5 8株结核分枝杆菌临床分离株katG ,rpoB ,rpsL基因突变并与常规药敏试验检测结果进行对比 .结果 :经常规药敏试验检测 ,5 8株结核分枝杆菌临床分离株中共有 4 1株耐药 ,其中 ,耐异烟肼 (INH)为 35株 ,高耐药株 2 7株 ;耐利福平(RFP)为 31株 ,高耐药株 2 4株 ;耐链霉素 (SM)有 31株 ,高耐药株 2 6株 .同时耐 3种药物的有 2 1株 (5 1 .2 % ) ,耐 2种药物的 1 4株 (34.1 % ) ,单耐药株 6株 (1 4 .6 % ) .PCR SSCP方法对 5 8株临床分离株katG ,rpoB ,rpsL基因突变的检测率为4 0 % (2 3/5 8) ,4 5 % (2 6 /5 8) ,38% (2 2 /5 8) ,其中检出 3个基因同时突变的有 1 3株 (32 % ) ,2种基因突变的 1 2株 (2 9% ) ,1种基因突变的有 1 0株 (2 3.8% ) .常规药敏试验与PCR SSCP法检出结核分枝杆菌同时耐 3种药物的符合率为 6 1 .9% (1 3/2 1 ) ,检出耐 2种药物的符合率为 85 .7% (1 2 /1 4 ) ,检出耐 1种药物的符合率为 5 0 % (3/6 ) .高耐药株中突变率为 80 .5 %(6 2 /77) ,低耐药株中突变率?

中国部分地区结核分支杆菌耐利福平、异烟肼和链酶素耐药基因的检测

目的研究我国部分地区耐利福平(RFP)、异烟肼(INH)和链酶素(SM)结核分支杆菌临床分离株rpoB基因、KatGr、psL基因突变情况,评价其耐药分子机制。方法采用PCR和聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)对373株结核分支杆菌临床分离株(其中敏感株148株,耐RFPI、NH、SM株共225株)rpoB基因、KatG和rpsL基因进行检测。并对其中19株SSCP阴性的耐RFP株用双脱氧末端终止法进行测序分析。结果安徽省、北京市、上海市、河北省、河南省、辽宁省、吉林省结核分支杆菌耐RFP临床分离株rpoB基因突变率分别为90%、91%、90%、91%、90%、93%、91%;KatG基因突变率分别为69%、63%、71%、68%、67%、68%、65%,rpsL基因突变率71%、69%、74%、68%、70%、61%、76%,分别为经统计学处理不同地区间无显著性差异(χ2=0.46,P>0.05)。同时rpoB基因敏感株均无突变,特异性为100%;KatG基因有3株发生突变,特异性为98%。19株SSCP阴性耐药株中经测序6株在531位密码子TCG→TTG,1株526位密码子CAC→TAC,7株发生在516位密码子GAC→GTC,5株未改变。结论我国不同地区耐利福平、异烟肼和链霉素的rpoB、KatGr、psL耐药基因突变率大致相同,rpoB基因、KatG和rpsL基因突变分别是耐RFP、INH和SM结核分支杆菌耐药性产生的主要分子机制,PCR-SSCP可快速检测结核分支杆菌RFPI、NH和SM耐药性。