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桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析 被引量:18
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作者 陈仁芳 张泽 +3 位作者 唐洲 余茂德 徐立 王茜玲 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2011年第8期1553-1561,共9页
【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点... 【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列,探讨系统学价值。【方法】67份桑资源,经DNA提取、PCR扩增、测序,测序结果用软件拼接、比对,并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析,计算其长度、G+C(或A+T)含量、变异位点、信息位点,将3个序列合并,以构树、柘树为外类群,采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS(包括5.8S)基本序列长度为576 bp,变异范围为576—590 bp,G+C含量为59.55%—62.25%,40个信息位点;trnL-F(包括tRNA-Leu内含子)基本序列长度为923 bp,变异范围为920—924 bp,A+T含量为65.87%—66.31%,23个信息位点;rps16内含子基本序列长度为929 bp,变异范围为923—929 bp,A+T含量为67.28%—67.49%,17个信息位点。3个序列的最适碱基进化模型分别为(GTR+G)、(GTR)和(GTR+G),可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222,3个片段合并最适碱基进化模型为(GTR+G),基于模型用MP法分析,在2 538个位点中,有80个信息位点。分支图结果表明,首先将黑桑(M.nigra)分出,其它桑种分成2支,第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑,第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限,单独研究桑属系统学,价值不大,与ITS序列合并研究,则能增加分支图的信息位点,使分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图,新疆黑桑为最原始类型,乌克兰等栽培种为进化类型。 展开更多
关键词 桑属 ITS、trnL-F、rps16序列 MP分析法 进化关系
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特色桑品种资源ITS、TrnL-F和rps16序列与亲缘关系分析 被引量:5
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作者 刘玲 张佳钰 +7 位作者 范小敏 陈祥平 柯皓天 黄昊翔 贾庭豪 李天星 付乐章 陈仁芳 《植物遗传资源学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期1074-1079,共6页
为了更好地开发利用特色桑树品种,分析了龙桑、龙须桑等12个特色桑资源ITS、TrnL-F、rps16碱基序列的长度、G+C含量、亲缘关系、遗传距离及信息变异位点。结果表明,ITS间隔区(包括5.8S)全长为576-590 bp,G+C含量59.38%-60.17%;TrnL-... 为了更好地开发利用特色桑树品种,分析了龙桑、龙须桑等12个特色桑资源ITS、TrnL-F、rps16碱基序列的长度、G+C含量、亲缘关系、遗传距离及信息变异位点。结果表明,ITS间隔区(包括5.8S)全长为576-590 bp,G+C含量59.38%-60.17%;TrnL-F间隔区(包括TrnL内含子)全长为920-923 bp,G+C含量为34.02%-34.24%;rps16内含子全长为929-947 bp,G+C含量为32.51%-33.26%。亲缘关系分析显示,分支图首先将外类群—构树分出,紧接着分出的是新疆黑桑。再依次为咸丰长穗桑、钦州长果桑、神农华桑、广东大10、雅安白桑、斯里兰卡1号、湖北蒙桑4号、龙桑、和田白桑,龙须桑、剑持、小冠桑在分支树的最顶层。根据外类群确定法,新疆黑桑为原始类型,龙须桑、剑持、小冠桑为最进化类型。遗传距离分析显示,新疆黑桑、剑持、咸丰长穗桑、钦州长果桑、小冠桑与其他桑属材料的遗传距离分别为1.0-1.3、0.2-0.3、0.1-0.4、0.1-0.2、0-0.3,龙桑、斯里兰卡1号、雅安白桑、和田白桑、广东大10、龙须桑、湖北蒙桑4号与其他桑属材料间遗传距离差异不大。信息变异位点分析显示共有14个信息位点,占总位点数的0.5564%。变异主要发生在外类群—构树和新疆黑桑,且变异大多集中在ITS区域。ITS、TrnL-F和rps16三片段分析桑属的亲缘关系,信息位点不足,有待深入研究。 展开更多
关键词 特色桑资源 ITS、TrnL-F、rps16序列 遗传距离 亲缘关系
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基于叶绿体DNA rps16序列的福建泰宁野生铁皮石斛多样性分析 被引量:4
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作者 曹奕鸯 江金兰 +2 位作者 李永清 雷伏贵 叶炜 《福建农业学报》 CAS 北大核心 2016年第8期833-838,共6页
为了解福建泰宁野生铁皮石斛种源的多样性,对75份泰宁野生铁皮石斛及其他石斛属药用植物叶绿体DNArps16序列进行分析。结果表明:75份石斛属药用植物种间平均遗传距离为0.006 6,泰宁野生铁皮石斛种内平均遗传距离为0.00 06。38份泰宁野... 为了解福建泰宁野生铁皮石斛种源的多样性,对75份泰宁野生铁皮石斛及其他石斛属药用植物叶绿体DNArps16序列进行分析。结果表明:75份石斛属药用植物种间平均遗传距离为0.006 6,泰宁野生铁皮石斛种内平均遗传距离为0.00 06。38份泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNArps16序列比对后,共得到5个多态性位点,多态性位点数占总数的25%,种内基于K-2P遗传距离最大为0.003 4,表明泰宁野生铁皮石斛叶绿体DNA rps16序列变异较大,多样性较高。此外,在泰宁野生铁皮石斛的5种rps16核苷酸序列中,T2型、T65型、D5型为参比铁皮石斛种质中的独有类型。 展开更多
关键词 铁皮石斛 叶绿体DNA rps16序列
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基于叶绿体DNA RPS16序列的血叶兰多样性分析 被引量:3
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作者 郑涛 邹龙运 +3 位作者 蔡坤秀 杨俊杰 江莉 陈振东 《福建热作科技》 2022年第2期1-5,共5页
为了解闽南地区血叶兰种质资源的多样性,对8份血叶兰叶绿体DNA RPS16序列进行分析。结果表明,8份血叶兰种质资源的遗传距离范围在0~0.108之间,共136个多态位点,占总数的34%。利用MEGA7.0软件,基于K-2P遗传距离,采用邻接法构建系统进化... 为了解闽南地区血叶兰种质资源的多样性,对8份血叶兰叶绿体DNA RPS16序列进行分析。结果表明,8份血叶兰种质资源的遗传距离范围在0~0.108之间,共136个多态位点,占总数的34%。利用MEGA7.0软件,基于K-2P遗传距离,采用邻接法构建系统进化树模型,将8份叶绿体DNARPS16分两个分支:S6和S1/S2/S3/S4/S5/S7/S8,应用clustalW对两两基因进行序列比对,一致性在78.69%~99.75%之间,表明血叶兰叶绿体DNA RPS16有着较大的变异。 展开更多
关键词 血叶兰 叶绿体DNA rps16序列
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12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列与亲缘关系分析
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作者 范小敏 陈祥平 +7 位作者 柯皓天 张泽华 孙伟亭 付云 张群才 魏亮 梁燕梅 陈仁芳 《四川蚕业》 2012年第1期7-10,21,共5页
报道了12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列长度、G+C%、变异位点及亲缘关系,分析了它们的栽培适生范围。ITS序列576-590 bp,G+C%59.45-60.17,27个变异位点。TrnL-F基因间区920-923bp,G+C%34.02-34.24,5个变异位点,rps16内含子929bp,G+C... 报道了12个特殊桑资源ITS,TrnL-F,rps16序列长度、G+C%、变异位点及亲缘关系,分析了它们的栽培适生范围。ITS序列576-590 bp,G+C%59.45-60.17,27个变异位点。TrnL-F基因间区920-923bp,G+C%34.02-34.24,5个变异位点,rps16内含子929bp,G+C%32.51-33.26;19个变异位点。神农架华桑♀与珙县川桑有较近的亲缘关系,宜长江流域栽植。龙桑、龙须桑、新疆白桑、剑持、小官桑与神农鸡桑1号、改良鼠返、乌克兰白桑有较近的亲缘关系,雅安白桑与神农架山桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以北栽植。雅周桑与湖北蒙桑4号、四川高海拔鸡桑有较近的亲缘关系,宜在长江流域山区栽植。广东桑"大十"与湖北白桑、越南白桑、印度55有较近的亲缘关系,钦州长果桑与斯里兰卡桑3号有较近的亲缘关系,咸丰长穗桑与利川长穗桑有较近的亲缘关系,宜长江流域以南栽植。 展开更多
关键词 桑属 特殊桑资源 ITS TrnL-F rps16序列 亲缘关系 适生区域
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中国鹤虱属(Lappula Moench)分子系统学研究 被引量:1
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作者 黄建峰 张明理 《干旱区研究》 CSCD 北大核心 2012年第5期811-815,共5页
以黄花软紫草(Arnebia guttata Bunge)和双柱紫草(Coldenia procumbens L.)为外类群,用PAUP*4.0对鹤虱属(Lappula Moench)13个代表种的核糖体ITS和叶绿体rpS16序列进行分子系统发育分析。采用最大简约法和最大似然法对获得的序列矩阵进... 以黄花软紫草(Arnebia guttata Bunge)和双柱紫草(Coldenia procumbens L.)为外类群,用PAUP*4.0对鹤虱属(Lappula Moench)13个代表种的核糖体ITS和叶绿体rpS16序列进行分子系统发育分析。采用最大简约法和最大似然法对获得的序列矩阵进行分析,得到一致性进化树。拓扑结构显示,Lappula为单系类群,前人对该属属下阶元的划分带有一定的人为主观性,不能完全真实反映其系统发育关系。结合形态学特征,得出该属植物大致沿着花由小型到大型,果实由同型到异型,小坚果边缘有瘤或刺到具翅这样的路线演化的。 展开更多
关键词 鹤虱属(Lappula) ITS序列 rps16序列 系统发育
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