甘宁黄土高原阿拉善黄鼠鼠疫疫源地鼠疫菌耐链霉素rpsL基因突变位点的检测

目的 通过检测甘宁黄土高原阿拉善黄鼠鼠疫疫源地鼠疫菌耐链霉素rpsL基因位点,掌握该地区鼠疫菌对链霉素的敏感性,以期为今后该地区鼠疫的治疗及临床用药提供参考依据。方法 根据鼠疫菌rpsL基因序列及我国发现的耐链霉素菌株(S19960127)突变位点分别设计非突变菌株FAM(128∶A)和突变菌株VIC(128∶G)两种MGB探针,通过TaqMan-MGB探针法对1962—1991年分离自甘宁黄土高原阿拉善黄鼠鼠疫自然疫源地的49株代表性鼠疫菌进行耐链霉素rpsL基因突变位点检测。结果 被试菌株对应检测rpsL(128∶A),49株FAM染料RFU峰值均为阳性,其RFU峰值>2 000,阴性<200;对应检测rpsL(128∶G)未检测到VIC染料RFU峰值阳性菌株,RFU峰值均<200,阳性对照>1 000,该疫源地分离的鼠疫菌未发现耐链霉素菌株。结论 甘宁黄土高原阿拉善黄鼠鼠疫疫源地49株鼠疫菌对链霉素均敏感。TaqMan-MGB探针荧光定量PCR体系具有较高灵敏性、特异性,可应用于鼠疫菌耐药性监测。

武汉地区结核分枝杆菌氨基糖苷类抗生素耐药分离株rpsL和rrs基因特征分析

目的阐明武汉地区结核分枝杆菌分离株氨基糖苷类药物耐药相关基因rpsL和rrs的分子突变特征。方法从武汉医疗救治中心共收集69株结核分枝杆菌的临床菌株,包括耐链霉素(SM)菌株35株(其中4株同时对卡那霉素耐药)和SM敏感菌株34株(其中全敏感20株)。采用PCR直接测序法分析rpsL和rrs基因的分子突变特征。结果 35株SM耐药株中有26株(74.3%)检测到rpsL突变,突变位点集中在第43位和第88位密码子,并发现了1个新的突变类型Lys88Glu;13株耐药株(37.1%)检测到四种不同类型的rrs基因突变,分别为A1401G(17.1%,6/35)、A514C(14.3%,5/35)、G1487A(2.9%,1/35)和C517T(2.9%,1/35),1株全敏感菌株的rrs基因发生了C1029T突变。卡那霉素耐药株中只有3株检测到了rrs突变,并发现了一种rrs基因尚未见报道的G1487A突变类型。结论结核分枝杆菌对氨基糖苷类药物的耐药与rpsL和rrs突变相关,耐药基因突变类型存在地域差异。

结核分枝杆菌链霉素耐药临床分离株rpsL基因突变特征分析

目的了解我国结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)rpsL基因突变特征及其与链霉素耐药的相关性,并评价其应用价值。方法对302株结核分枝杆菌临床分离株的rpsL基因采用聚合酶链反应-直接测序(PCR-DS)进行检测。结果 59株对INH、RFP、SM、EMB和PAS全部敏感,rpsL基因没有突变,61株对SM敏感的耐药株有6株突变,SM敏感菌株突变率为5.00%(6/120)。182株SM耐药MTB,rpsL基因突变率为70.33%,其中43位密码子赖氨酸转变为精氨酸(Lys43Arg)突变率为52.20%;88位密码子有4种突变类型,突变率为17.58%;86位密码子精氨酸转变为谷氨酰胺(Arg86Gln)突变率为0.55%。SM耐药株的rpsL基因突变率明显高于SM敏感株的基因突变率,两者之间的差异有统计学意义,χ2=125.05,P<0.05。结论 rpsL基因突变与结核分枝杆菌链霉素耐药高度相关,其中Lys43Arg突变是主要突变类型,PCR-DS检测rpsL基因突变可以用于临床结核菌链霉素耐药的快速检测。

聚合酶链反应-单链构象多态性技术检测耐多药结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL突变的研究

目的 应用PCR SSCP技术快速检测耐INH ,RFP ,SM结核分支杆菌分离株KatG、rpoB、rpsL基因突变 ,评价其在检测结核分支杆菌耐药性方面的价值。方法 32株耐INH、RFP、SM结核分支杆菌临床分离株及 2 5株结核分支杆菌敏感分离株用PCR SSCP方法分别检测 ,rpoB、KatG、rpsL基因突变。结果 32株耐多药结核分支杆菌分离株中 ,rpoB、KatG、rpsLPCR扩增产物PCR SSCP分别有 2 8株 (87.5 % )rpoB基因 ,19株 (5 9.3% )KatG基因和 2 3株 (71.9% )rpsL基因电泳条带与结核分支杆菌标准株H3 7Rv电泳条带相比有明显差异 ,而 2 5株结核分支杆菌敏感株的PCR SSCP条带与结核分支杆菌H3 7Rv相似 ,特异性为 10 0 %。结论 PCR SSCP方法敏感、特异 ,可快速检测结核分支杆菌rpoB、KatG、rpsL耐药基因突变 。

耐链霉素结核分枝杆菌rpsL基因高突变位点43Codon分子信标检测的实验研究

目的选择耐链霉素(STR)结核分枝杆菌rpsL基因主要突变位点密码子43序列设计分子信标探针及扩增体系,并建立运用荧光显微镜及图像分析软件检测荧光结果及定性判断的方法。方法运用软件Beacon designer设计43Codon分子信标探针及建立其扩增体系,采用荧光显微镜观测反应后的荧光信号及图像分析软件定性判断结果。结果包含43Codon rpsL基因聚合酶链反应(PCR)扩增产物条带清晰;通过荧光显微镜观测到标准株及耐STR株PCR产物与分子信标探针杂交后荧光信号区别明显;67株耐STR与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,P<0.05和P<0.01的耐STR组检出率为80%。结论分子信标技术是一种具有高灵敏、高特异核酸检测技术;采用荧光显微镜观测荧光信号具有更强的荧光信号识别、放大功能及结果判断更准确等优点。

荧光显微观测Rpsl基因突变DNA分子探针杂交研究

目的选择结核杆菌耐链霉素(Sm)Rpsl基因包含88codon突变位点的序列设计分子信标,建立扩增体系及分子信标芯片检测方法。方法运用软件:Beacon designer设计Rpsl基因包含88codon突变位点的分子信标及及其单侧延长臂分子信标,建立其扩增体系及分子信标芯片检测方法,应用荧光显微镜观测荧光信号。结果通过荧光显微镜观测到标准株及耐SM株PCR产物与分子信标杂交后荧光信号区别明显;51株耐链霉素(SM)与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,P(0.05和P(0.01的耐SM组Rpsl基因88codon突变检出率为61%。结论分子信标技术是一种具有高灵敏核酸点突变检测技术。单侧延长臂分子信标对解决分子信标在芯片表面固定难题提供了一种有效方法,采用荧光显微镜观测荧光信号具有更强的荧光信号识别、放大功能及结果判断更准确等优点。

武汉地区结核分枝杆菌链霉素耐药分离株rpsL基因分子特征研究

探讨武汉地区结核分枝杆菌链霉素(SM)耐药临床分离株rpsL基因分子特征。收集71株临床分离株,采用刃天青法测定临床分离株对SM的最低抑菌浓度(MIC),同时用直接测序法分析rpsL基因的突变情况;用RD105基因缺失检测法鉴定71株临床分离株中"北京基因型"菌株。结果显示20株SM敏感株rpsL基因未发现突变(MICs<0.25 mg/L);51株SM耐药株中,35株(68.6%)检测到rpsL基因突变,主要发生在第43位和88位密码子,MIC1 mg/L的SM耐药株(低水平耐药株)总突变率低于MIC2mg/L(高水平耐药株);北京基因型与耐药株的相关性不大。研究表明SM耐药菌株rpsL基因突变类型存在地域差异;rpsL突变与SM高水平耐药的相关性在本研究中关联度不大;"北京基因型"菌株在武汉地区呈流行趋势。

多耐药临床分离株结核杆菌rpsL基因重组大肠杆菌-结核杆菌穿梭质粒pMV261/rpsL的构建及其功能鉴定

目的:构建多耐药临床分离株结核杆菌rpsL基因重组大肠杆菌-结核杆菌穿梭质粒pMV261/rpsL及其功能鉴定。方法:制备临床分离株多耐药结核杆菌基因组DNA,PCR扩增该株结核杆菌rpsL基因,构建及鉴定该株结核杆菌rpsL基因重组穿梭质粒PMV261/rpsL,重组穿梭质粒PMV261/rpsL电转化结核杆菌H37Rv株及其鉴定。结果:成功地构建了重组大肠杆菌-结核杆菌穿梭质粒PMV261/rpsL;重组大肠杆菌-结核杆菌穿梭质粒PMV261/rpsL电转化结核杆菌H37Rv株获得成功,并且重组质粒PMV261/rpsL电转化后的结核杆菌H37Rv株对链霉素耐药。结论:该临床分离株多耐药结核分支杆菌对链霉素耐药的机制仅仅是由于rpsL基因的93bp、94bp处碱基突变所致,耐药性是一个基因突变的结果,是单基因型。

多耐药临床分离株结核分支杆菌耐药基因rpsL的克隆表达及功能的初步研究

制备多耐药临床分离株结核分支杆菌基因组DNA,PCR扩增其耐药基因rpsL基因和rrS基因,同时进行测序分析,结果显示该株多耐药临床分离株结核分支杆菌的rpsL基因的93、94bp处的碱基发生了突变,碱基C、C突变为T、T,使得相对应的编码氨基酸由脯氨酸(Pro)突变为亮氨酸(Leu);而rrS基因未发生核苷酸的插入、缺失或取代;进一步构建该株多耐药临床分离株结核分支杆菌耐药基因rpsL高效原核表达重组载体pGEX-λT/rpsL,所构建的重组质粒pGEX-λT/rpsL在大肠杆菌中高效表达了38kD的融合蛋白.结果提示,该株多耐药临床分离株结核分支杆菌对链霉素耐药仅仅是由于rpsL基因的个别碱基突变,是单基因型的,在国内外属首次研究发现.

SM耐药结核杆菌rpsL88codon突变发夹探针检测研究

目的:应用发夹DNA探针检测结核杆菌耐链霉素(SM)rpsL88codon点突变,并对照测序结果。方法:运用软件Beacondesigner设计rpsL88codon的发夹DNA探针,建立其扩增体系及发夹DNA探针芯片检测方法;比较相应扩增产物测序结果。结果:通过ScanArray Express观测到标准株及耐SM-PCR产物与发夹DNA探针杂交后信号区别明显;耐SM组rpsL88codon突变检出率为60%,发夹DNA探针检测方法与测序法符合率85%。结论:rpsL88codon突变是结核杆菌耐链霉素的主要原因之一,发夹DNA探针技术是一种高灵敏的核酸点突变检测技术,并与测序结果有较好的检测符合率。

牛结核分支杆菌临床分离株rpsL,rpoB,KatG基因突变分析

采用噬菌体生物扩增法对本实验室分离鉴定的25株奶牛结核分支杆菌进行药敏分析,检测出14株耐链霉素、利福平、异烟肼菌株.用PCR扩增耐药株的rpsL基因片段(370 bp)、rpoB基因片段(213 bp)和KatG基因片段(458 bp),并对目的片段进行测序分析,其中5株耐链霉素菌株的rpsL基因在43位点发生突变,均由赖氨酸密码子(AAG)突变为精氨酸密码子(AGG);5株利福平耐药株的rpoB基因在531位点、526位点、511位点发生突变,其中有3株分离株的rpoB基因在531位点发生点突变,1株分离株的rpoB基因在526位点发生突变,1株分离株的rpoB基因在531位点和511位点发生了较为少见的联合突变;4株异烟肼耐药菌株,其中2株在315位点发生碱基突变,2株在463位点发生碱基突变.

丁烯基多杀菌素高产菌株的巴龙霉素抗性筛选

为了提高须糖多孢菌Saccharopolyspora pogona的丁烯基多杀菌素产量水平,利用核糖体工程技术,对其进行巴龙霉素抗性筛选,在10×MIC巴龙霉素浓度下,分离得到巴龙霉素自发抗性突变株54株。通过对原始菌株和突变株代谢产物变化的初步研究发现,相比于原始菌株,丁烯基多杀菌素组分在抗性突变株中的合成能力有明显差异,有6株抗性突变株的产量明显高于原始菌株,约20%左右的突变株产量提高,约45%左右的突变株产量降低。其中突变株P-7的丁烯基多杀菌素产量提高幅度最大,相比原始菌株提高2.2倍。对巴龙霉素抗性突变株P-7进行DNA序列分析,在编码核糖体S12蛋白的rps L基因保守区域中发现点突变,第314位的C突变为A,由脯氨酸突变为谷氨酰胺;第320位的C突变为T,由丙氨酸突变为缬氨酸。

中国部分地区结核分支杆菌耐利福平、异烟肼和链酶素耐药基因的检测

目的研究我国部分地区耐利福平(RFP)、异烟肼(INH)和链酶素(SM)结核分支杆菌临床分离株rpoB基因、KatGr、psL基因突变情况,评价其耐药分子机制。方法采用PCR和聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)对373株结核分支杆菌临床分离株(其中敏感株148株,耐RFPI、NH、SM株共225株)rpoB基因、KatG和rpsL基因进行检测。并对其中19株SSCP阴性的耐RFP株用双脱氧末端终止法进行测序分析。结果安徽省、北京市、上海市、河北省、河南省、辽宁省、吉林省结核分支杆菌耐RFP临床分离株rpoB基因突变率分别为90%、91%、90%、91%、90%、93%、91%;KatG基因突变率分别为69%、63%、71%、68%、67%、68%、65%,rpsL基因突变率71%、69%、74%、68%、70%、61%、76%,分别为经统计学处理不同地区间无显著性差异(χ2=0.46,P>0.05)。同时rpoB基因敏感株均无突变,特异性为100%;KatG基因有3株发生突变,特异性为98%。19株SSCP阴性耐药株中经测序6株在531位密码子TCG→TTG,1株526位密码子CAC→TAC,7株发生在516位密码子GAC→GTC,5株未改变。结论我国不同地区耐利福平、异烟肼和链霉素的rpoB、KatGr、psL耐药基因突变率大致相同,rpoB基因、KatG和rpsL基因突变分别是耐RFP、INH和SM结核分支杆菌耐药性产生的主要分子机制,PCR-SSCP可快速检测结核分支杆菌RFPI、NH和SM耐药性。

复合PCR-膜芯片技术对结核分枝杆菌链霉素耐药性的快速检测

目的 应用复合聚合酶链反应 (复合 PCR) -膜芯片技术快速检测结核分枝杆菌对链霉素 ( SM)的耐药性。方法 设计与合成用于检测结核分枝杆菌耐 SM基因 rps L和 rrs的寡核苷酸探针制作膜芯片 ,与结核分枝杆菌分离株生物素标记的 rps L和 rrs基因复合 PCR产物进行反向斑点杂交 ,并与 PCR-单链构象多态性 ( PCR- SSCP)和 PCR-直接测序 ( PCR- DS)结果比较。结果 5 2株结核分枝杆菌临床分离株中 ,9株敏感株rps L和 rrs基因的 SSCP图谱、膜芯片杂交结果与标准株完全相同 ;4 3株耐 SM菌株中 ,33株存在 rps L 基因4 3位密码子 AAG→ AGG突变 ,5株有 rrs基因 5 13位 A→C突变 ,1株有 rrs基因 5 13位 A→ T突变 ,突变率为 90 .7%。结论 膜芯片技术检测结核分枝杆菌耐 SM基因型灵敏度高、特异性强、简便、快速 。

构建链霉菌小型基因文库的新型正选择克隆载体

目的构建链霉菌小型基因文库是获得链霉菌基因的一个重要手段,常规使用的克隆载体常有着一定程度的假阳性,因此构建的高效率的克隆载体有着实际的意义。方法本研究通过重叠延伸PCR手段将一个96bp的多克隆位点序列插入至rpsL基因的启动子和开放阅读框之间,将此DNA片段克隆至pBluescript KS（-）而获得了新型的正选择克隆载体pLS975。结果 pLS975有18个酶切位点可用于外源DNA片段的克隆,重组克隆以氨苄青霉素抗性和链霉素抗性进行筛选,宿主菌为链霉素抗性菌株如Escherichia coli DH10B。两个小型基因文库的制备显示pLS975具有很高的克隆效率（96%~100%）。结论 pLS975可成为构建链霉菌小型基因文库的良好载体。

羊种布鲁氏菌疫苗株PCR-RFLP鉴定方法的建立

为建立一种羊种布鲁氏菌Rev.1疫苗株PCR-RFLP鉴定方法,利用羊种布鲁氏菌Rev.1具有链霉素抗性的特性,选取与链霉素抗性相关编码核糖体蛋白S12的rps L基因为模板设计引物,经PCR扩增后,将产物进行Nci I酶切,发现羊种布鲁氏菌疫苗株Rev.1出现约500 bp条带,而不具有链霉素抗性的羊种布鲁氏菌株16M则出现384 bp条带。结果表明,PCR-RFLP方法能够用于羊种布鲁氏菌Rev.1疫苗株的鉴定,这为今后区分羊种布鲁氏菌疫苗株Rev.1免疫与野株感染提供了基础。

糖尿病合并肺结核患者耐多药结核分枝杆菌基因突变的检测

目的:探讨耐多药结核分枝杆菌临床分离株rPOB、KatG和rpsL基因突变在糖尿病合并肺结核患者耐药性检测中的应用价值。方法:采用聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)技术对41株自糖尿病合并肺结核患者痰液中培养分离的同时耐利福平(RFP)、异烟肼(INH)、链霉素(SM)的多耐药临床分离株和46株对RFP、INH、SM敏感株的rPOB、KatG、rpsL基因突变状况。结果:46株药物敏感株的rPOB、KatG、rpsL基因SSCP图谱正常,特异性为100%。PCR扩增产物SSCP分析结果显示:41株多耐药临床分离株中,36株rPOB基因图谱异常,26株KatG基因图谱异常,29株rpsL基因图谱异常,检测敏感性分别为rPOB(87.8%)、KatG(63.4%),rpsL(70.7%)。结论:结核分枝杆菌对RFP、INH、SM产生耐药性的机制主要是由于rPOB、KatG和rpsL基因突变所致。

变性高压液相色谱技术在检测结核分枝杆菌对链霉素耐药性中的应用

目的利用变性高压液相色谱（DHPLC）技术快速检测结核分枝杆菌rpsL基因的突变，从而对结核分枝杆菌是否耐受链霉素类药物做出初步判断。方法体外药物敏感性试验，确定122株结核分枝杆菌临床分离株对链霉素的敏感程度。提取试验菌株基因组DNA。扩增rpsL基因片段；分别与H37Rv标准株的相应PCR产物混合、杂交后，利用WAVE核苷酸片段分析系统对各杂交产物进行DHPLC检测；序列测定结果与相应的DHPLC检测结果进行比较以验证DHPLC检测的准确性。通过比较药物敏感性和DHPLC检测结果。建立两者之间的对应关系。此外我们还检测了32株对链酶素敏感的临床分离株进行了DHPLC法检测。以明确该检测方法的特异性。结果结核分枝杆菌临床分离株对链霉素耐药性经体外实验证明，rpsL基因43位氨基酸突变通常会引起较高程度的链霉素耐药性。88位氨基酸突变菌株对链霉素的耐药性较低。链霉素耐药菌中发生rpsL基因突变的菌株约占78．69％（96／122）。其中以43位氨基酸突变为主（75．41％）。利用DHPLC技术检测rpsL基因突变，虽然不能检出缺失突变形式，但与直接测序法相比检出率为98．95％（95／96）。对所有耐受链霉素的结核分枝杆菌临床分离株而言。利用DHPLC技术可以达到77．87％（95／122）的耐药菌检出率，与序列测定法的检出率相近（96／122）。并且根据DHPLC检测图谱能够很好地判断rpsL基因的碱基突变形式。32株链酶素株的DHPLC检测图谱都与H37Rv标准株相同。结论DHPLC法是快速检测出结核分枝杆菌rpsL基因碱基突变的好方法．具有很高的特异性和敏感性。对链霉素耐药菌而言，碱基突变与结核分枝杆菌耐受链霉素类抗生素存在高度的相关关系，因此DHPLC技术用于临床早期检测结核病人对链霉素的耐药性具有良好的应用前景。

应用TaqMan-MGB探针RT-qPCR技术对青海省海南州鼠疫菌耐链霉素rpsL基因突变位点的检测

目的研究青海省海南藏族自治州(海南州)鼠疫疫源地鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)对链霉素的敏感性,以便在突发鼠疫疫情中能精准地指导鼠疫临床用药。方法根据鼠疫菌基因序列设计特异性引物,以S19960127菌株核糖体蛋白S12编码基因(rpsL基因)突变位点和野生型鼠疫菌株rpsL基因位点分别设计探针,利用TaqMan-MGB探针技术对海南州1954-2009年分离的87株鼠疫菌进行耐链霉素rpsL基因突变位点检测。结果87株被试菌株的野生型A碱基的羧基荧光素(FAM)探针检测结果均为阳性,每个反应管内荧光信号达到设定的阈值时所经历的循环数(Ct)值在18.74~21.93,相对荧光单位(RFU)峰值>2000;S19960127的Ct值为25.42,RFU峰值<200;阴性对照RFU峰值<200。所有被试菌株突变型G碱基的亚磷酰胺(VIC)探针检测结果均为阴性,Ct值在20.04~24.79,RFU峰值<200;S19960127的Ct值为17.56,RFU峰值>1000;阴性对照RFU峰值<200。实验结果显示海南州鼠疫疫源地87株鼠疫菌基因序列第128位的碱基未发生A→G突变,该疫源地未检出耐链霉素鼠疫菌株。结论海南州鼠疫疫源地87株鼠疫菌对链霉素均敏感。鉴于细菌耐药性基因的产生与传播特征,应持续开展监测并建立鼠疫菌耐药性监测网络,以便能及时发现并控制耐药菌的传播。

TaqMan-小沟结合物荧光探针对青海省青南地区104株鼠疫菌链霉素耐药基因rpsL突变位点的筛查

目的了解青海省青南地区rpsL基因点突变引起鼠疫菌耐链霉素的现状,为今后青南地区突发人间鼠疫的精准临床用药及预防耐药发生提供理论依据。方法筛选1957—2009年青海省青南地区取自鼠疫患者、媒介昆虫体内及中间宿主的104株代表性鼠疫菌,用赫氏平皿进行分离培养,采用十二烷基磺酸钠裂解和苯酚-氯仿法提取代表性鼠疫菌的DNA,针对我国链霉素耐药基因rpsL基因设计引物及TaqMan-小沟结合物(minor groove binder,MGB)探针Probe1[FAM]和Probe2[VIC],利用TaqMan-MGB荧光探针的实时荧光聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术,对青南地区104株鼠疫菌链霉素耐药位点rpsL基因的突变情况进行检测。结果青南地区104株被试菌株FAM检测结果均为阳性,对应检测rpsL(128:A),相对荧光单位(relative fluorescence unit,RFU)峰值>1000,阴性<200。所有被试菌株VIC检测结果均为阴性,对应检测rpsL(128:G),RFU峰值<200,阳性>1000。即青南地区104株鼠疫菌中未发现耐链霉素rpsL基因点突变菌株。结论了解到青南地区鼠疫菌耐链霉素菌株分布情况,为青南地区预防耐药发生以及鼠疫菌临床治疗提供了基础数据。