烟粉虱不同地理种群的mtDNA COI基因序列分析及其系统发育

烟粉虱Bemisia tabaci(Gennadius)是一种世界性的重要害虫并具有多种生物型。本文利用mtDNA COI基因片段对国内外12个地理种群烟粉虱的生物型进行了鉴定并对其来源进行了分析。序列比较和系统发育分析结果表明,采自北京海淀、河南郑州、山东枣庄、江苏南京、上海闵行、海南海口等地的烟粉虱与来自美国California州、Texas州、Arizona州以及以色列的B型烟粉虱的同源性达到99.8%～100%,由此可见目前在中国广大地区暴发成灾的烟粉虱生物型为B型;而采自云南省昆明地区一品红寄主植物上的烟粉虱与来自摩洛哥和西班牙的Q型烟粉虱具有极高的同源性,该烟粉虱生物型为Q型,这也是首次报道Q型烟粉虱入侵中国。

扩展青霉PF898碱性脂肪酶基因组DNA的克隆及序列分析

扩展青霉 (Penicilliumexpansum)PF898可产生一种具有重要工业生产价值的碱性脂肪酶(PEL) .在通过 3′RACE和 5′RACE获得PEL完整的cDNA序列的基础上 ,通过PCR方法首次克隆了该脂肪酶的完整的基因组DNA序列 (GenBank登录号为AF330 6 35 ) .该脂肪酶DNA全长 14 0 4bp ,包括PEL编码区、3′非翻译区和部分 5′非翻译区基因的序列 .编码区DNA由 1135个碱基组成 ,含有 5个内含子 ,大小分别为 5 8bp、4 7bp、5 0bp、5 6bp和 6 9bp .在已报道的丝状真菌脂肪酶中 ,PEL基因的内含子数量最多 ,而其大小与其它丝状真菌脂肪酶基因的内含子一样 ,均为只有几十个碱基的小内含子 .PCR扩增获得的PLEDNA序列还包括由 195个碱基组成的 3′端非编码区序列 ,74个碱基的部分 5′端非编码区序列 .PELDNA全长序列中的 - 2 4至 - 2 7nt为TATAbox ,终止码TGA下游15 6nt出现AATAAA序列 ,TGA下游 182位出现poly(A)尾 ,为典型的真核基因结构 .同源性序列分析表明 ,PEL与其它真菌来源脂肪酶的基因组DNA序列同源性约为 39%～ 4 9% ,PEL内含子之间或PEL内含子与其它丝状真菌脂肪酶基因的内含子之间的序列同源性约 4 2 %～ 5 7% .

大熊猫基因组微卫星DNA的分离与序列分析

以 pBS+为克隆载体 ,构建圈养大熊猫基因组DNA的小插入文库 .分别用生物素标记的 (CAC) 5和γ - 32 P -dATP标记的 (CA) 15寡核苷酸为探针 ,对重组质粒进行斑点杂交 ,获得 15个阳性克隆 ,并测定了插入片段的DNA序列 .其中有一部分序列已被分析 ,本文对剩余的 8个DNA序列进行分析 ,发现它们大小不一 ,从 2 5 9bp～ 881bp ,有 6个序列含有不同重复单位的一、二、四核苷酸的完整串联重复 .斑点杂交和Southern杂交证明 ,这些序列均来自大熊猫基因组 .上述结果为利用PCR技术研究大熊猫遗传多样性和了解大熊猫基因组结构积累资料 .表 2参

桑树叶绿体基因组DNA的提取及部分序列分析

改进Milligan法 ,提取了桑树叶绿体基因组DNA(cpDNA)。利用特异性引物 ,从cpDNA基因组扩增出tRNL tRNF基因。再用随机引物对同一种桑基因组DNA及cpDNA进行RAPD分析 ,表明提取的DNA是具有相当纯度的cpDNA。进一步用XbaⅠ和HindⅢ进行了cpDNA的酶切和克隆。通过酶切鉴定 ,已克隆到 5个片段 ,对其中 1个片段的 70 0bp序列进行了分析 ,推测克隆的片段可能为trnK基因的内含子。

中华哲水蚤线粒体DNA COI基因序列分析

采用苯酚 氯仿 异戊醇(25∶24∶1)提取、异丙醇沉淀、酒精洗涤、TE缓冲液保存方法提取了采自胶州湾青岛海域的中华哲水蚤基因组DNA;以相应引物经PCR扩增得到线粒体DNA细胞色素氧化酶 I亚基基因(mtCOI)片段;PCR产物采用化学法进行质粒重组(载体pGEM T Easy Vector)、热休克转化重组质粒至大肠杆菌感受态细胞(JM109)、氨苄LB培养基扩大培养;测序.结果表明,中华哲水蚤线粒体COI碱基大小为710 bp(国际基因库索引号AY665663),其碱基组成A、C、G、T含量分别为24.23%、19.15%、22.54%和34.08%;G+C含量为41.69%,A+T为58.31%.

大鼠肝再生增强因子基因组DNA的克隆化与序列分析

根据大鼠肝再生增强因子 (Augmenterofliverregeneration ,ALR)cDNA序列设计特异性引物 ,采用多聚酶链反应 (PCR)法自Wistar大鼠基因组DNA中扩增出大鼠ALR基因组DNA ,全长为 15 0 8nbp ,结构为 3个外显子和 2个内含子 ,外显子长度分别为 18bp、197bp和 16 3bp ,各编码 6个、6 4个和 5 5个氨基酸残基 ,长度与小鼠、人类ALR的外显子一致。

马铃薯块茎GBSS Ⅰ基因的cDNA克隆及其序列特征分析

以马铃薯普通栽培种"甘农薯2号"块茎为材料,利用RNA提取试剂盒提取总RNA,通过RT-PCR技术和DNA序列测定分析,证实获得了马铃薯颗粒结合淀粉合成酶(GBSS I)基因的cDNA序列。该cDNA全长1824bp,包括607个氨基酸和1个终止密码子序列,且与原序列(accession number X58453)同源性为99.78%,但与其他科植物GBSS基因的同源性较低,注册该基因到GenBank中,注册号为EU403426。利用生物信息学相关软件分析预测GBSS I基因cDNA序列编码的蛋白质功能和结构,结果发现,该蛋白与其他15种植物GBSS蛋白一样,具有3个完全保守区域,并具许多重要功能位点,且与农杆菌淀粉合成酶具有相似三级结构模型,表明该蛋白具淀粉合成功能。

HSV1-tk基因的部分DNA序列分析

采用PCR技术从商品质粒pHSV10 6扩增出HSV1 tk基因 (112 8bp) ,PCR产物用BamHⅠ和EcoRⅠ双酶切后定向克隆至真核表达载体pcDNA3,然后以重组质粒pcTK为模板 ,tk基因的 5′端引物为DNA测序引物进行部分DNA序列分析 .部分DNA序列分析证明PCR产物为HSV1 tk基因正确无误 ,成功筛选到HSV1 tk基因的真核表达载体pcTK 。

中国“玉露”桃ACC氧化酶基因组DNA的序列测定及其结构分析

中国“玉露”桃ＡＣＣ氧化酶基因组ＤＮＡ的序列测定及其结构分析＠金勇丰＠张耀洲＠张上隆￥浙江农业大学园艺系￥浙江农业大学生物化学研究所中国“玉露”桃ＡＣＣ氧化酶基因组ＤＮＡ的序列测定及其结构分析①金勇丰１张耀洲２张上隆１（１浙江农业大学园艺系，杭州３１００２...

Beaglf犬选择素E基因组DNA的克隆、序列分析及同源性比较

目的 选择素是细胞粘附分子大家族中的一大类成员 ,在炎性反应及血管生成等诸多方面发挥重要作用。本研究对 BEAGL E犬选择素 E基因组 DNA进行克隆、序列分析及同源性比较。方法 采用分段 PCR的方法 ,经过 PCR扩增、T载体克隆、序列分析、基因拼接及同源性比较等实验步骤。结果 首次获得了具有完整开放阅读框架的 Beagle犬 E- selectin基因组序列 ,通过对其基因结构和同源性比较分析 ,证明该基因在人、猪、犬各种间具有高度的同源性。结论 由于验证了选择素 E基因在种间的高度同源性 。

黑熊四川亚种线粒体DNA cytb基因的克隆及全序列分析

采用PCR克隆技术对黑熊四川亚种线粒体DNA cytb基因进行克隆、测序。黑熊四川亚种线粒体DNA cytb基因的全序列为1140 bp,CG含量为46.23％。与AB020910和U23558两个黑熊cytb序列的变异共有61处.其中T-C转换共有36处.A—G转换共有23处。仅有2处发生T-A颠抉,碱基突变率为5.35％.其中转换率96.72％,颠换率为3.28％。密码子第3个碱基发生变异的有48个。

PCR-SSCP-DNA序列分析法检测人肺癌中K-ras基因突变

应用聚合酶链式反应（ＰＣＲ）－单链构象多态性（ＳＳＣＰ）－ＤＮＡ序列分析法，对４０例肺癌样品中Ｋ－ｒａｓ基因突变进行检测。ＰＣＲ－ＳＳＣＰ银染分析，突变检出率为３０％（１２／４０），发现于肺腺癌的Ｋ－ｒａｓ基因突变率为４４％（１２／２７）；ＤＮＡ序列分析，１２例筛选突变阳性样品中的１１例检出了突变位点，９０％的突变发生于１２密码子，其突变谱以Ｇ→Ｔ颠换（占４０％）和Ｇ→Ａ转换（占６０％）为主。本研究结果显示ＳＳＣＰ银染分析对大量样品进行阳性筛选有很好的应用价值，ＰＣＲ－ＳＳＣＰ－ＤＮＡ序列分析法是检测基因突变的有效手段。

沙田柚无机焦磷酸酶基因的cDNA克隆及序列分析

植物自交不亲和性是植物生殖过程中普遍存在的一种现象,是植物特异性识别并拒绝自身花粉或亲缘关系很相近的花粉的一种遗传机制。无机焦磷酸酶(inorganic pyrophosphatase,IPPase)在植物生长发育方面起重要作用。该研究根据沙田柚花柱消减文库中EST序列(无机焦磷酸酶基因内部片段),设计了2对特异引物5'-GSP1,5'-n GSP1,3'-GSP2 and 3'-n GSP2,通过SMART-RACE PCR技术从所构建的沙田柚花柱抑制性消减文库中克隆了沙田柚无机焦磷酸酶基因的c DNA全长序列,利用Blastn、DNAman和Expasy软件对所克隆的基因进行同源性分析,以及基因编码的氨基酸的分子量、等电点、疏水性等理化性质分析。结果表明:IPPase基因c DNA全长为1 136 bp(Gen Bank登录号为KF990474),开放阅读框(ORF)全长为654 bp,共编码217个氨基酸,包括170 bp 5'UTR和312 bp的3'UTR;编码的蛋白质的分子量为24.4 k Da,等电点为5.96;蛋白结构域分析显示沙田柚IPPase与焦磷酸酶具有相同的保守结构域;对沙田柚IPPase蛋白质序列进行疏水性分析,结果表明沙田柚IPPase基因编码的肽链中疏水性最大值约为3.21,最小值约为-2.98,属于亲水性蛋白,无跨膜区域;Blastn搜索的结果显示,沙田柚IPPase基因序列与多种植物的IPP基因高度同源;序列分析表明,沙田柚IPPase基因核苷酸的同源性与毛果杨(Populus trichocarpa)和橡胶树(Hevea brasiliensis)IPPase基因均为87%;氨基酸序列与克莱门柚(Citrus clementina)无机焦磷酸酶完全一致。该研究结果可为深入研究无机焦磷酸酶在沙田柚自交不亲和中的作用机理提供基础。

运用抗性基因同源序列标记快速进行水稻种质资源DNA指纹图谱分析

用2个抗性基因同源序列(RGA)引物分析了菲律宾国家水稻所水稻种质资源库中265个抗或感水稻东格鲁病(RTV)的种质资源的遗传差异。引物CLRR的分辨能力极高,共扩增出了48条多态带,平均每个品种28.6条。每个品种平均扩增出46.9条多态带。DNA指纹图谱分析结果表明,通过变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,RGA引物能有效地分析群体材料在分子遗传上的差异,这说明RGA标记是水稻种质资源DNA指纹快速识别的理想选择。通过聚类分析还发现本研究的水稻品种间存在很大的遗传差异。

DNA序列分析法对新的B(A)型等位基因的检测分析

目的:对一ABO血型血清学定型违反一般血型遗传规律的家系进行研究,探讨B(A)血型的鉴定方法和新的B(A)型等位基因检测方法。方法:用血清学血型方法、PCR-SSP法和ABO基因第6及第7外显子直接测序的方法对B(A)血型和B(A)型等位基因进行检测。结果:该家系中血型血清学定型为AB型的成员DNA序列分析测定基因型为B(A)/O型,而PCR-SSP法检测AB型成员的基因型为O/O型。结论:应采用DNA序列分析法才能准确测定汉族人群中B(A)血型,而用PCR-SSP法检测可能引起误诊。

人的基因组及DNA序列分析──过去、现在及将来（下）

对ＤＮＡ序列分析方法如毛细管电泳、阵列毛细管电泳、超薄层板电泳作了详细评述。并对正在研究开发不用电泳分离的直接测序新技术和新方法，如质谱法、原子探针法（扫描隧道显微镜、原子力显微镜）、杂交法、流动式单分子荧光检测法等进行了评论。

人骨肉瘤p21^(WAF1)基因表达及其DNA序列分析

目的 检测人骨肉瘤组织中 p2 1WAF1基因的表达及其DNA序列变化。方法 采用原位杂交及免疫组化法检测p2 1WAF1mRNA及p2 1蛋白的表达 ,SSCP方法检测骨肉瘤 p2 1WAF1exon3DNA突变 ,双脱氧核苷酸末端终止法进行DNA的直接测序。结果 ①免疫组织化学结果显示 :p2 1蛋白表达阳性率在骨肉瘤中为17 7% (8/ 4 5 ) ;在骨纤维结构不良中为 5 0 % (5 / 10 )。二者的差异有统计学意义 (P <0 0 5 ) ;②原位杂交结果显示 :p2 1WAF1mRNA表达阳性率在骨肉瘤中为 4 2 % (19/ 4 5 ) ;在骨纤维结构不良中为 80 % (8/ 10 )。二者的差异有统计学意义 (P <0 0 5 ) ;③DNA序列分析结果显示 :骨肉瘤中 p2 1WAF1exon3的 6 0 9位碱基处发生C→T突变 ,突变率为 4 4 4 % (16 / 36 )。结论 ①随着骨肿瘤恶性度的升高 ,p2 1WAF1mRNA及p2 1蛋白的表达下降。②p2 1WAF1mRNA在骨肉瘤中的表达对预后有影响。③该实验对中国人群骨肉瘤中的 p2 1WAF1基因的DNA多态性位点进行了新的定位 。

雨生红球藻β-胡萝卜素酮化酶基因的cDNA和基因组DNA克隆及序列分析

根据已知的β-胡萝卜素酮化酶(β-carotene ketolase,BKT)的cDNA序列设计引物,利用长距离PCR扩增获得了bkt基因的cDNA完整编码片段及基因组DNA片段,并对这些片断进行了序列测定。cDNA和基因组DNA比对结果表明该基因至少包括5个内含子,它们的剪切位点皆符合GU-AG规律。在比对结果中同时还发现一个19bp的短序列重复,该重复序列在bkt的cDNA和基因组DNA上都发生了多次重复,推测在BKT的表达调控中可能具有一定功能。另外,在序列比对过程中还发现本实验所获得的cDNA和基因组DNA序列与前人报道的cDNA序列之间都存在多处单碱基差异和19bp的短序列差异。

γ射线诱导质粒pGEM-3Zf(-)DNA lacZ基因突变的序列分析

利用质粒ｐＧＥＭ－３Ｚｆ（－）ＤＮＡ上带有的ｌａｃＺ基因，通过Ｘ－ｇａｌ显色平板筛选经６０Ｃｏγ辐射诱导形成的突变体。对４个突变体的ｌａｃＺ基因进行序列分析发现，所有突变体无一例外地检测到碱基变化。在被测序的４８９ｂｐ范围内，一个突变体发生的碱基变异达２－７个位点。碱基变异的类型包括颠换（５７％）、转换（１９％）、缺失（１９％）及插入（５％）。在碱基置换中，以Ｃ／Ｇ→Ａ／Ｔ颠换最多（占５０％）。在组成ＤＮＡ的四种碱基中，以Ｇ变异最频（７１％）。对碱基突变位点的分析表明，在总计１５个突变位点中有６个位点分别出现２次碱基改变，而且每个位点都是同种碱基改变。虽然上述碱基变异在ｌａｃＺ基因上的分布有些分散。