橡胶树SAM-SSR体系的优化

以橡胶树品种热研88-13为试材,研究了橡胶树SAM-SSR法中各个过程(酶切、连接、抑制性和预扩增)中各因素对SAM法结果的影响。实验结果表明:5UMseⅠ和5UPstⅠ双酶切1h为最合适酶切浓度、方式和时间;100～300ng为适宜的DNA模板浓度;合适的连接温度和时间为16℃连接过夜;连接产物和抑制性PCR产物分别稀释20倍,为抑制性PCR和预扩增PCR的适宜模板浓度。SAM扩增产物用8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶检测,结果显示,扩增条带分布在200～750bp之间,能够满足建立橡胶树SSR基因组文库的需要。

橡胶树MSAP技术体系的优化与建立

通过对酶切反应最少酶用量及选择性扩增体系的优化,建立了橡胶树MSAP最佳反应体系。研究结果表明,500 ng橡胶树叶片基因组DNA,用EcoRⅠ、HpaⅡ和MspⅠ各0.5 U,在37℃酶切4 h,即可完全酶切。优化的选择性扩增体系为:Mg2+1.5 mmol/L、dNTPs 250μmol/L、引物0.15μmol/L、Taq DNA聚合酶1 U;使用该体系,可获得清晰稳定的橡胶树MSAP图谱。

遍历平面上给定线段序列的快速方法

笔者针对平面上不相交线段序列的遍历问题进行研究,分析Rubber-band算法在解决该问题时的局限性,提出采用凸链分解与分段组合优化相结合的技术,设计一个时间复杂度为O(nlog^2n)的快速求解算法——BST算法,并采用事后分析方法,对BST算法与Rubber-band算法进行了对比。结果表明,BST算法的性能优于Rubber-band算法,是到目前为止求解该问题的最优算法。