sRNA SdsR敲除后沙门菌的转录组分析

sRNA SdsR是σS调节子的成员,控制着细菌全局适应性反应,为探明sRNA SdsR敲除后沙门菌的转录组变化情况,本研究利用Illumina NovaSeq 6000高通量测序技术,对沙门菌LT2标准株和sRNA SdsR缺失株进行高通量测序,全方位预测SdsR的潜在靶基因的种类和功能;采用DESeq对基因表达进行差异分析,并对差异表达基因进行GO富集分析和KEGG pathway分析,进一步筛选差异表达基因行使的生物学功能以及所参与的信号途径;通过qRT-PCR验证部分差异基因结果的准确性。结果显示:对照组和实验组共筛选出25 731 760条和26 866 200条Clean Reads,DESeq差异分析获得差异基因共127个,其中基因表达量下调74个,上调53个;GO富集分析显示,显著差异表达基因主要富集在二醇分解代谢过程、乙二醇分解代谢过程等684个生物过程;KEGG pathway分析显示,显著差异表达基因主要参与丙酸代谢、双组分系统、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等27个信号途径;对筛选的10个差异基因进行qRT-PCR进行验证,结果显示,差异表达基因的mRNA转录水平与DESeq预测的结果上下调节趋势完全符合,表明测序结果可靠。本研究丰富了sRNA SdsR的靶基因数目,为进一步研究sRNA SdsR的作用机理、调控机制以及沙门菌的致病机制提供了基础。

鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR靶基因的预测及验证分析

【目的】筛选鼠伤寒沙门菌sRNA SdsR的靶基因,为明确s RNA与靶基因的互作以及沙门菌的致病机制奠定基础。【方法】利用TargetRNA2软件预测sRNA SdsR的靶标,基于前期的s RNA SdsR敲除后转录组测序结果,将预测到的基因注释到GO、KEGG以及eggNOG数据库中进行分析,通过RT-qPCR对预测到的杂交能量较高的部分靶基因进行验证。【结果】TargetRNA2软件预测到29个靶标,其中hemA、STM0951、mreC、STM1252、dcoC的杂交能量较高,且能与sRNA SdsR有连续的碱基匹配,分别与鼠伤寒沙门菌血红素合成、氧化还原过程、草酰乙酸脱羧酶的合成、膜的组成部分、细胞质蛋白的合成有关。RT-qPCR结果显示,相对于野生菌株3409,敲除s RNA SdsR后hemA、mreC的表达分别下调0.70和0.39倍;STM0951、STM1252、dcoC的表达分别上调0.51、0.35和1.86倍。【结论】hemA、STM0951、mreC、STM1252、dcoC基因很可能受s RNA SdsR的直接调控且对某些靶基因的表达有促进作用。